The Effect of Plant Closures on Market Value: Empirical Evidence from Pulp and Paper Industry 2004-2012

The aim of this study was to research how plant closure announcements affect the market value of the largest pulp and paper industry companies in the world. Also the effect of announcements on competitors was researched and whether the location of plants, timing, reasons for the closures, and characteristics of the closing firms and competitors have an impact on the results. The overall sample included 57 events in the years 2004-2012 and event study was used as a research method. Main theories were signaling theory and spillover effect. According to empirical results, investors consider plant closure announcements as a positive signal for market value. The spillover effect on competitors was, on average, positive and characteristics of the firms and closures had an effect on the results. Furthermore, the market generally predicted the closures and overreacted to them on the announcement day and after it. It is possible for corporate management and investors to learn from the results and use them as support for their decision making.

Connexin domains relevant to the chemical gating of gap junction channels

Most cells exchange ions and small metabolites via gap junction channels. These channels are made of two hemichannels (connexons), each formed by the radial arrangement of six connexin (Cx) proteins. Connexins span the bilayer four times (M1-M4) and have both amino- and carboxy-termini (NT, CT) at the cytoplasmic side of the membrane, forming two extracellular loops (E1, E2) and one inner (IL) loop. The channels are regulated by gates that close with cytosolic acidification (e.g., CO2 treatment) or increased calcium concentration, possibly via calmodulin activation. Although gap junction regulation is still unclear, connexin domains involved in gating are being defined. We have recently focused on the CO2 gating sensitivity of Cx32, Cx38 and various mutants and chimeras expressed in Xenopus oocytes and studied by double voltage clamp. Cx32 is weakly sensitive to CO2, whereas Cx38 is highly sensitive. A Cx32 chimera containing the second half of the inner loop (IL2) of Cx38 was as sensitive to CO2 as Cx38, indicating that this domain plays an important role. Deletion of CT by 84% did not affect CO2 sensitivity, but replacement of 5 arginines (R) with sparagines (N) at the beginning of CT (C1) greatly enhanced the CO2 sensitivity of Cx32. This suggests that whereas most of CT is irrelevant, positive charges of C1 maintain the CO2 sensitivity of Cx32 low. As a hypothesis we have proposed a model that involves charge interaction between negative residues of the beginning of IL1 and positive residues of either C1 or IL2. Open and closed channels would result from IL1-C1 and IL1-IL2 interactions, respectively

The calcium-modulated proteins, S100A1 and S100B, as potential regulators of the dynamics of type III intermediate filaments

The Ca2+-modulated, dimeric proteins of the EF-hand (helix-loop-helix) type, S100A1 and S100B, that have been shown to inhibit microtubule (MT) protein assembly and to promote MT disassembly, interact with the type III intermediate filament (IF) subunits, desmin and glial fibrillary acidic protein (GFAP), with a stoichiometry of 2 mol of IF subunit/mol of S100A1 or S100B dimer and an affinity of 0.5-1.0 µM in the presence of a few micromolar concentrations of Ca2+. Binding of S100A1 and S100B results in inhibition of desmin and GFAP assemblies into IFs and stimulation of the disassembly of preformed desmin and GFAP IFs. S100A1 and S100B interact with a stretch of residues in the N-terminal (head) domain of desmin and GFAP, thereby blocking the head-to-tail process of IF elongation. The C-terminal extension of S100A1 (and, likely, S100B) represents a critical part of the site that recognizes desmin and GFAP. S100B is localized to IFs within cells, suggesting that it might have a role in remodeling IFs upon elevation of cytosolic Ca2+ concentration by avoiding excess IF assembly and/or promoting IF disassembly in vivo. S100A1, that is not localized to IFs, might also play a role in the regulation of IF dynamics by binding to and sequestering unassembled IF subunits. Together, these observations suggest that S100A1 and S100B may be regarded as Ca2+-dependent regulators of the state of assembly of two important elements of the cytoskeleton, IFs and MTs, and, potentially, of MT- and IF-based activities.

Role of the hypothalamic pituitary adrenal axis in the control of the response to stress and infection

The release of adrenocorticotropin (ACTH) from the corticotrophs is controlled principally by vasopressin and corticotropin-releasing hormone (CRH). Oxytocin may augment the release of ACTH under certain conditions, whereas atrial natriuretic peptide acts as a corticotropin release-inhibiting factor to inhibit ACTH release by direct action on the pituitary. Glucocorticoids act on their receptors within the hypothalamus and anterior pituitary gland to suppress the release of vasopressin and CRH and the release of ACTH in response to these neuropeptides. CRH neurons in the paraventricular nucleus also project to the cerebral cortex and subcortical regions and to the locus ceruleus (LC) in the brain stem. Cortical influences via the limbic system and possibly the LC augment CRH release during emotional stress, whereas peripheral input by pain and other sensory impulses to the LC causes stimulation of the noradrenergic neurons located there that project their axons to the CRH neurons stimulating them by alpha-adrenergic receptors. A muscarinic cholinergic receptor is interposed between the alpha-receptors and nitric oxidergic interneurons which release nitric oxide that activates CRH release by activation of cyclic guanosine monophosphate, cyclooxygenase, lipoxygenase and epoxygenase. Vasopressin release during stress may be similarly mediated. Vasopressin augments the release of CRH from the hypothalamus and also augments the action of CRH on the pituitary. CRH exerts a positive ultrashort loop feedback to stimulate its own release during stress, possibly by stimulating the LC noradrenergic neurons whose axons project to the paraventricular nucleus to augment the release of CRH.

Simulating the dynamics of silver market using computational market dynamics

Traditional econometric approaches in modeling the dynamics of equity and commodity markets, have, made great progress in the past decades. However, they assume rationality among the economic agents and and do not capture the dynamics that produce extreme events (black swans), due to deviation from the rationality assumption. The purpose of this study is to simulate the dynamics of silver markets by using the novel computational market dynamics approach. To this end, the daily data from the period of 1st March 2000 to 1st March 2013 of closing prices of spot silver prices has been simulated with the Jabłonska-Capasso-Morale(JCM) model. The Maximum Likelihood approach has been employed to calibrate the acquired data with JCM. Statistical analysis of the simulated series with respect to the actual one has been conducted to evaluate model performance. The model captures the animal spirits dynamics present in the data under evaluation well.

Validation of the Brazilian Children's Test of Pseudoword Repetition in Portuguese speakers aged 4 to 10 years

The phonological loop is a component of the working memory system specifically involved in the processing and manipulation of limited amounts of information of a sound-based phonological nature. Phonological memory can be assessed by the Children's Test of Nonword Repetition (CNRep) in English speakers but not in Portuguese speakers due to phonotactic differences between the two languages. The objectives of the present study were: 1) to develop the Brazilian Children's Test of Pseudoword Repetition (BCPR), a Portuguese version of the CNRep, and 2) to validate the BCPR by correlation with the Auditory Digit Span Test from the Stanford-Binet Intelligence Scale. The BCPR and Digit Span were assessed in 182 children aged 4-10 years, 84 from Minas Gerais State (42 from a rural region) and 98 from the city of São Paulo. There are subject age and word length effects causing repetition accuracy to decline as a function of the number of syllables of the pseudowords. Correlations between BCPR and Digit Span forward (r = 0.50; P <= 0.01) and backward (r = 0.43; P <= 0.01) were found, and partial correlation indicated that higher BCPR scores were associated with higher Digit Span scores. BCPR appears to depend more on schooling, while Digit Span was more related to development. The results demonstrate that the BCPR is a reliable measure of phonological working memory, similar to the CNRep.

Techniques used to identify the Brazilian variant of HIV-1 subtype B

The purpose of the present study was to compare the sensitivity and specificity of V3 enzyme immunoassay (solid phase EIA and EIA inhibition) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) with the DNA sequencing "gold standard" to identify the Brazilian HIV-1 variants of subtype B and B"-GWGR. Peripheral blood mononuclear cells were collected from 61 HIV-1-infected individuals attending a clinic in São Paulo. Proviral DNA was amplified and sequentially cleaved with the Fok I restriction enzyme. Plasma samples were submitted to a V3-loop biotinylated synthetic peptide EIA. Direct partial DNA sequencing of the env gene was performed on all samples. Based on EIA results, the sensitivity for detecting B-GPGR was 70%, compared to 64% for the Brazilian variant B"-GWGR while, the specificity of B-GPGR detection was 85%, compared to 88% for GWGR. The assessment of RFLP revealed 68% sensitivity and 94% specificity for the B-GPGR strain compared to 84 and 90% for the B"-GWGR variant. Moreover, direct DNA sequencing was able to detect different base sequences corresponding to amino acid sequences at the tip of the V3 loop in 22 patients. These results show a similar performance of V3 serology and RLFP in identifying the Brazilian variant GWGR. However, V3 peptide serology may give indeterminate results. Therefore, we suggest that V3 serology be used instead of DNA sequencing where resources are limited. Samples giving indeterminate results by V3 peptide serology should be analyzed by direct DNA sequencing to distinguish between B-GPGR and the Brazilian variant B"-GWGR.

Mitochondrial control region haplotypes of the South American sea lion Otaria flavescens (Shaw, 1800)

The South American sea lion, Otaria flavescens, is widely distributed along the Pacific and Atlantic coasts of South America. However, along the Brazilian coast, there are only two nonbreeding sites for the species (Refúgio de Vida Silvestre da Ilha dos Lobos and Refúgio de Vida Silvestre do Molhe Leste da Barra do Rio Grande), both in Southern Brazil. In this region, the species is continuously under the effect of anthropic activities, mainly those related to environmental contamination with organic and inorganic chemicals and fishery interactions. This paper reports, for the first time, the genetic diversity of O. flavescens found along the Southern Brazilian coast. A 287-bp fragment of the mitochondrial DNA control region (D-loop) was analyzed. Seven novel haplotypes were found in 56 individuals (OFA1-OFA7), with OFA1 being the most frequent (47.54%). Nucleotide diversity was moderate (π = 0.62%) and haplotype diversity was relatively low (67%). Furthermore, the median joining network analysis indicated that Brazilian haplotypes formed a reciprocal monophyletic clade when compared to the haplotypes from the Peruvian population on the Pacific coast. These two populations do not share haplotypes and may have become isolated some time back. Further genetic studies covering the entire species distribution are necessary to better understand the biological implications of the results reported here for the management and conservation of South American sea lions.

Permanent magnet synchronous generator design solution for large directdrive wind turbines: Thermal behavior of the LC DD-PMSG

Wind is one of the most compelling forms of indirect solar energy. Available now, the conversion of wind power into electricity is and will continue to be an important element of energy self-sufficiency planning. This paper is one in a series intended to report on the development of a new type of generator for wind energy; a compact, high-power, direct-drive permanent magnet synchronous generator (DD-PMSG) that uses direct liquid cooling (LC) of the stator windings to manage Joule heating losses. The main param-eters of the subject LC DD-PMSG are 8 MW, 3.3 kV, and 11 Hz. The stator winding is cooled directly by deionized water, which flows through the continuous hollow conductor of each stator tooth-coil winding. The design of the machine is to a large degree subordinate to the use of these solid-copper tooth-coils. Both steady-state and timedependent temperature distributions for LC DD-PMSG were examined with calculations based on a lumpedparameter thermal model, which makes it possible to account for uneven heat loss distribution in the stator conductors and the conductor cooling system. Transient calculations reveal the copper winding temperature distribution for an example duty cycle during variable-speed wind turbine operation. The cooling performance of the liquid cooled tooth-coil design was predicted via finite element analysis. An instrumented cooling loop featuring a pair of LC tooth-coils embedded in a lamination stack was built and laboratory tested to verify the analytical model. Predicted and measured results were in agreement, confirming the predicted satisfactory operation of the LC DD-PMSG cooling technology approach as a whole.

The role of microRNAs and retinoid signaling during spinal cord regeneration in the adult newt.

The molecular events after spinal cord injury that lead to the establishment of a permissive environment and epimorphic regeneration remain unclear. Two molecular pathway regulators that may converge to create a spinal cord regeneration-permissive environment in the urodele are retinoic acid (RA) and microRNAs (miRNAs). Recent evidence suggests that RARβ-mediated signaling is necessary for tail and caudal spinal cord regeneration in the adult newt. MicroRNAs are attractive candidates as mediators of retinoid signaling during regeneration, as their pleiotropic effects are vital in situations where global changes in gene expression are required. Thus, the overall aim of this thesis was to determine if miRNAs are involved in tail and caudal spinal cord regeneration in the adult newt, and if they act as regulators and/or effectors of retinoid signaling during this process. I have demonstrated here, for the first time, that multiple miRNAs are dysregulated in response to spinal cord injury in the adult newt, as well as in response to inhibition of retinoid signaling. Two of these miRNAs, miR-133a and miR-1, appear to target RARβ2 transcripts both in vivo and in vitro. Inhibition of RA signaling via RARβ with a selective antagonist, LE135, alters the pattern of expression of these miRNAs, which leads to an inhibition of tail regeneration. These data are indicative of a negative feed back loop, albeit potentially an indirect one. I also aimed to examine which miRNAs are affected by inhibiting RA synthesis during regeneration, and provided a long list of miRNAs that are dysregulated. These data provide the foundation for future studies on the putative roles of these miRNAs, as well as their function in retinoid signaling. Overall, these studies provide the first evidence for a role for miRNAs as mediators of retinoid signaling during caudal spinal cord regeneration in any system.

The Political and Artistic Program of Prince Petru Rares of Moldavia (1527-1538 and 1541-1546) and the Fresco Series Depicting the “Life of the Mother of God” in the Church of Humor Monastery

En 1993, l’église du monastère Humor et six autres églises du nord de la Moldavie (Roumanie) ont été classifiés comme patrimoine de l'UNESCO, en particulier en raison de leurs caractéristiques iconographiques et architecturales uniques. Construit au seizième siècle, le monastère Humor est devenu un riche centre religieux et culturel sous le patronage du prince Petru Rares de Moldavie. Ce centre a encouragé les innovations architecturales ecclésiales, ainsi qu’un programme très prolifique de fresques, extérieures et intérieures, exprimant une créativité au-delà du canon de la peinture de l'époque. La présente thèse est concentrée sur ces innovations architecturales et iconographiques, comprises à la lumière du contexte historique de ce moment unique dans l'histoire de la Moldavie, dans le siècle qui suivit la chute de Constantinople (1453). Tandis que la première partie de la thèse est concentrée sur ces circonstances historiques, et plus précisément sur l'impact du patronage du Prince Rares, la deuxième partie de la recherche est concentrée sur l'analyse des sources littéraires et de la théologie d’une série unique de fresques, placé dans la gropnita (chambre funéraire) de l’église monastique d’Humor, évoquant la vie de la Mère de Dieu. La série est un exemple extraordinaire d’interaction des textes, le Protévangile de Jacques et le Synaxarion, avec l'iconographie. Une attention particulière à l'iconographie du monastère Humor démontre le besoin de la corrélation entre texte et icône d'une part, ainsi que la nécessité d’une corrélation entre les études théologiques, l'art et l’histoire d’autre part. Un autre avantage de la recherche est de contribuer à une appréciation plus riche des trésors culturels et religieux des communautés chrétiennes de l'Europe de l'Est aux points de vue religieux et culturel, en réponse à leur reconnaissance comme patrimoine de l’UNESCO.

The Aesthetics of Madame de Staël and Mary Shelley

L’esthétique de Madame de Staël and Mary Shelley discute l’art de l’improvisation et le concept de l’enthousiasme dans les écrits de ces deux auteurs. Dans ce projet, j’explore l’esthétique d’improvisation et d’enthousiasme de Madame de Staël dans Corinne, en me référant à son autre roman Delphine, à sa pièce de théâtre Sapho, et à ses nouvelles ainsi qu’à ses textes philosophiques comme De l’Allemagne, De l’influence des passions, et De la littérature. J’argumente que Madame de Staël représente à travers le caractère de Corinne une esthétique anti-utilitaire. J’explique qu’elle évoque des valeurs cosmopolites qui valorisent une culture indigène qui est en opposition avec l’impérialisme de Napoléon. De plus, j’examine comment les improvisations de Corinne dérivent d’un enthousiasme qui est associé à la définition que Platon offre du terme. Ceci est évident par la signification que Madame de Staël présente du terme dans De L’Allemagne. J’interprète la maladie de Corinne comme étant d’origine psychosomatique qui est manifesté par la perte de son génie et par un suicide lent qui est une expression de colère contre la patriarchie. Le caractère de Corinne permet à Madame de Staël d’explorer le conflit que les femmes artistes éprouvaient entre ayant une carrière artistique et adhérant à l’idéologie domestique. Chapitre deux se concentre sur l’intérêt que Shelley démontre sur l’art de l’improvisation comme elle l’exprime dans ses lettres à propos de l’improvisateur Tommaso Sgricci. Malgré sa fascination avec la poésie extemporanée, Shelley regrette que cette forme d’art soit évanescente. Aussi, j’examine son enthousiasme pour un autre artiste, Nicolò Paganini. Son enchantement avec se violoniste virtuose est lié à des discours concernant le talent surnaturel des improvisateurs. J’argumente qu’il y a un continuum d’improvisation entre les balades orales du peuple et les improvisations de culture sophistiqué des improvisateurs de haute société. J’estime que les Shelleys collaboraient à définir une théorie d’inspiration à travers leurs intérêts pour l’art de l’improvisation. Chapitre trois considère le lien entre cosmologie et esthétique d’inspiration à travers la fonction de la musique, spécialement La Création de Joseph Haydn, dans The Last Man de Shelley. J’examine la représentation du sublime des Alpes dans le roman à travers de discours qui associent les Alpes avec les forces primordiales de la création. Les rôles de la Nécessité, Prophétie, et du Temps peuvent être compris en considérant la musique des sphères. Chapitre quatre explore les différentes définitions de terme enthousiasme dans les écrits de Shelley, particulièrement Valperga et The Last Man. Je discute l’opinion de Shelley sur Madame de Staël comme suggéré dans Lives. J’analyse les caractères qui ressemblent à Corinne dans les écrits de Shelley. De plus, je considère les sens multiples du mot enthousiasme en relation avec la Guerre civil d’Angleterre et la Révolution française. Je présente comment le terme enthousiasme était lié au cours du dix-septième siècle avec des discours médicales concernant la mélancolie et comment ceci est reflété dans les caractères de Shelley.

The Search for New Resonances in Strong Symmetry Breaking Scenarios with the ATLAS Detector

Utilisant les plus récentes données recueillies par le détecteur ATLAS lors de collisions pp à 7 et 8 TeV au LHC, cette thèse établira des contraintes sévères sur une multitude de modèles allant au-delà du modèle standard (MS) de la physique des particules. Plus particulièrement, deux types de particules hypothétiques, existant dans divers modèles théoriques et qui ne sont pas présentes dans le MS, seront étudiés et sondés. Le premier type étudié sera les quarks-vectoriels (QV) produits lors de collisions pp par l’entremise de couplages électrofaibles avec les quarks légers u et d. On recherchera ces QV lorsqu’ils se désintègrent en un boson W ou Z, et un quark léger. Des arguments théoriques établissent que sous certaines conditions raisonnables la production simple dominerait la production en paires des QV. La topologie particulière des évènements en production simple des QV permettra alors la mise en oeuvre de techniques d’optimisation efficaces pour leur extraction des bruits de fond électrofaibles. Le deuxième type de particules recherché sera celles qui se désintègrent en WZ lorsque ces bosons de jauges W, et Z se désintègrent leptoniquement. Les états finaux détectés par ATLAS seront par conséquent des évènements ayant trois leptons et de l’énergie transverse manquante. La distribution de la masse invariante de ces objets sera alors examinée pour déterminer la présence ou non de nouvelles résonances qui se manifesterait par un excès localisé. Malgré le fait qu’à première vue ces deux nouveaux types de particules n’ont que très peu en commun, ils ont en réalité tous deux un lien étroit avec la brisure de symétrie électrofaible. Dans plusieurs modèles théoriques, l’existence hypothétique des QV est proposé pour annuler les contributions du quark top aux corrections radiatives de la masse du Higgs du MS. Parallèlement, d’autres modèles prédisent quant à eux des résonances en WZ tout en suggérant que le Higgs est une particule composite, chambardant ainsi tout le sector Higgs du MS. Ainsi, les deux analyses présentées dans cette thèse ont un lien fondamental avec la nature même du Higgs, élargissant par le fait même nos connaissances sur l’origine de la masse intrinsèque des particules. En fin de compte, les deux analyses n’ont pas observé d’excès significatif dans leurs régions de signal respectives, ce qui permet d’établir des limites sur la section efficace de production en fonction de la masse des résonances.

Genetic studies on the role of type IA DNA topoisomerases in DNA metabolism and genome maintenance in Escherichia coli

Le surenroulement de l’ADN est important pour tous les processus cellulaires qui requièrent la séparation des brins de l’ADN. Il est régulé par l’activité enzymatique des topoisomérases. La gyrase (gyrA et gyrB) utilise l’ATP pour introduire des supertours négatifs dans l’ADN, alors que la topoisomérase I (topA) et la topoisomérase IV (parC et parE) les éliminent. Les cellules déficientes pour la topoisomérase I sont viables si elles ont des mutations compensatoires dans un des gènes codant pour une sous-unité de la gyrase. Ces mutations réduisent le niveau de surenroulement négatif du chromosome et permettent la croissance bactérienne. Une de ces mutations engendre la production d'une gyrase thermosensible. L’activité de surenroulement de la gyrase en absence de la topoisomérase I cause l’accumulation d’ADN hyper-surenroulé négativement à cause de la formation de R-loops. La surproduction de la RNase HI (rnhA), une enzyme qui dégrade l’ARN des R-loops, permet de prévenir l’accumulation d’un excès de surenroulement négatif. En absence de RNase HI, des R-loops sont aussi formés et peuvent être utilisés pour déclencher la réplication de l’ADN indépendamment du système normal oriC/DnaA, un phénomène connu sous le nom de « constitutive stable DNA replication » (cSDR). Pour mieux comprendre le lien entre la formation de R-loops et l’excès de surenroulement négatif, nous avons construit un mutant conditionnel topA rnhA gyrB(Ts) avec l’expression inductible de la RNase HI à partir d’un plasmide. Nous avons trouvé que l’ADN des cellules de ce mutant était excessivement relâché au lieu d'être hypersurenroulé négativement en conditions de pénurie de RNase HI. La relaxation de l’ADN a été montrée comme étant indépendante de l'activité de la topoisomérase IV. Les cellules du triple mutant topA rnhA gyrB(Ts) forment de très longs filaments remplis d’ADN, montrant ainsi un défaut de ségrégation des chromosomes. La surproduction de la topoisomérase III (topB), une enzyme qui peut effectuer la décaténation de l’ADN, a corrigé les problèmes de ségrégation sans toutefois restaurer le niveau de surenroulement de l’ADN. Nous avons constaté que des extraits protéiques du mutant topA rnhA gyrB(Ts) pouvaient inhiber l’activité de surenroulement négatif de la gyrase dans des extraits d’une souche sauvage, suggérant ainsi que la pénurie de RNase HI avait déclenché une réponse cellulaire d’inhibition de cette activité de la gyrase. De plus, des expériences in vivo et in vitro ont montré qu’en absence de RNase HI, l’activité ATP-dépendante de surenroulement négatif de la gyrase était inhibée, alors que l’activité ATP-indépendante de cette enzyme demeurait intacte. Des suppresseurs extragéniques du défaut de croissance du triple mutant topA rnhA gyrB(Ts) qui corrigent également les problèmes de surenroulement et de ségrégation des chromosomes ont pour la plupart été cartographiés dans des gènes impliqués dans la réplication de l’ADN, le métabolisme des R-loops, ou la formation de fimbriae. La deuxième partie de ce projet avait pour but de comprendre les rôles des topoisomérases de type IA (topoisomérase I et topoisomérase III) dans la ségrégation et la stabilité du génome de Escherichia coli. Pour étudier ces rôles, nous avons utilisé des approches de génétique combinées avec la cytométrie en flux, l’analyse de type Western blot et la microscopie. Nous avons constaté que le phénotype Par- et les défauts de ségrégation des chromosomes d’un mutant gyrB(Ts) avaient été corrigés en inactivant topA, mais uniquement en présence du gène topB. En outre, nous avons démontré que la surproduction de la topoisomérase III pouvait corriger le phénotype Par- du mutant gyrB(Ts) sans toutefois corriger les défauts de croissance de ce dernier. La surproduction de topoisomérase IV, enzyme responsable de la décaténation des chromosomes chez E. coli, ne pouvait pas remplacer la topoisomérase III. Nos résultats suggèrent que les topoisomérases de type IA jouent un rôle important dans la ségrégation des chromosomes lorsque la gyrase est inefficace. Pour étudier le rôle des topoisomérases de type IA dans la stabilité du génome, la troisième partie du projet, nous avons utilisé des approches génétiques combinées avec des tests de « spot » et la microscopie. Nous avons constaté que les cellules déficientes en topoisomérase I avaient des défauts de ségrégation de chromosomes et de croissance liés à un excès de surenroulement négatif, et que ces défauts pouvaient être corrigés en inactivant recQ, recA ou par la surproduction de la topoisomérase III. Le suppresseur extragénique oriC15::aph isolé dans la première partie du projet pouvait également corriger ces problèmes. Les cellules déficientes en topoisomérases de type IA formaient des très longs filaments remplis d’ADN d’apparence diffuse et réparti inégalement dans la cellule. Ces phénotypes pouvaient être partiellement corrigés par la surproduction de la RNase HI ou en inactivant recA, ou encore par des suppresseurs isolés dans la première partie du projet et impliques dans le cSDR (dnaT18::aph et rne59::aph). Donc, dans E. coli, les topoisomérases de type IA jouent un rôle dans la stabilité du génome en inhibant la réplication inappropriée à partir de oriC et de R-loops, et en empêchant les défauts de ségrégation liés à la recombinaison RecA-dépendante, par leur action avec RecQ. Les travaux rapportés ici révèlent que la réplication inappropriée et dérégulée est une source majeure de l’instabilité génomique. Empêcher la réplication inappropriée permet la ségrégation des chromosomes et le maintien d’un génome stable. La RNase HI et les topoisomérases de type IA jouent un rôle majeur dans la prévention de la réplication inappropriée. La RNase HI réalise cette tâche en modulant l’activité de surenroulement ATP-dependante de la gyrase, et en empêchant la réplication à partir des R-loops. Les topoisomérases de type IA assurent le maintien de la stabilité du génome en empêchant la réplication inappropriée à partir de oriC et des R-loops et en agissant avec RecQ pour résoudre des intermédiaires de recombinaison RecA-dépendants afin de permettre la ségrégation des chromosomes.

Interpretation of the centromere epigenetic mark to maintain genome stability

Le centromère est la région chromosomique où le kinétochore s'assemble en mitose. Contrairement à certaines caractéristiques géniques, la séquence centromérique n'est ni conservée entre les espèces ni suffisante à la fonction centromérique. Il est donc bien accepté dans la littérature que le centromère est régulé épigénétiquement par une variante de l'histone H3, CENP-A. KNL-2, aussi connu sous le nom de M18BP1, ainsi que ces partenaires Mis18α et Mis18β sont des protéines essentielles pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères. Des évidences expérimentales démontrent que KNL-2, ayant un domaine de liaison à l'ADN nommé Myb, est la protéine la plus en amont pour l'incorporation de CENP-A aux centromères en phase G1. Par contre, sa fonction dans le processus d'incorporation de CENP-A aux centromères n'est pas bien comprise et ces partenaires de liaison ne sont pas tous connus. De nouveaux partenaires de liaison de KNL-2 ont été identifiés par des expériences d'immunoprécipitation suivies d'une analyse en spectrométrie de masse. Un rôle dans l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères a été attribué à MgcRacGAP, une des 60 protéines identifiées par l'essai. MgcRacGAP ainsi que les protéines ECT-2 (GEF) et la petite GTPase Cdc42 ont été démontrées comme étant requises pour la stabilité de CENP-A incorporé aux centromères. Ces différentes observations ont mené à l'identification d'une troisième étape au niveau moléculaire pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé en phase G1, celle de la stabilité de CENP-A nouvellement incorporé aux centromères. Cette étape est importante pour le maintien de l'identité centromérique à chaque division cellulaire. Pour caractériser la fonction de KNL-2 lors de l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères, une technique de microscopie à haute résolution couplée à une quantification d'image a été utilisée. Les résultats générés démontrent que le recrutement de KNL-2 au centromère est rapide, environ 5 minutes après la sortie de la mitose. De plus, la structure du domaine Myb de KNL-2 provenant du nématode C. elegans a été résolue par RMN et celle-ci démontre un motif hélice-tour-hélice, une structure connue pour les domaines de liaison à l'ADN de la famille Myb. De plus, les domaines humain (HsMyb) et C. elegans (CeMyb) Myb lient l'ADN in vitro, mais aucune séquence n'est reconnue spécifiquement par ces domaines. Cependant, il a été possible de démontrer que ces deux domaines lient préférentiellement la chromatine CENP-A-YFP comparativement à la chromatine H2B-GFP par un essai modifié de SIMPull sous le microscope TIRF. Donc, le domaine Myb de KNL-2 est suffisant pour reconnaître de façon spécifique la chromatine centromérique. Finalement, l'élément reconnu par les domaines Myb in vitro a potentiellement été identifié. En effet, il a été démontré que les domaines HsMyb et CeMyb lient l'ADN simple brin in vitro. De plus, les domaines HsMyb et CeMyb ne colocalisent pas avec CENP-A lorsqu'exprimés dans les cellules HeLa, mais plutôt avec les corps nucléaires PML, des structures nucléaires composées d'ARN. Donc, en liant potentiellement les transcrits centromériques, les domaines Myb de KNL-2 pourraient spécifier l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé uniquement aux régions centromériques.