Identification of Drosophila heart-specific Cis-Regulatory Modules under Hox control

Cardiac morphogenesis is a complex process governed by evolutionarily conserved transcription factors and signaling molecules. The Drosophila cardiac tube is linear, made of 52 pairs of cardiomyocytes (CMs), which express specific transcription factor genes that have human homologues implicated in Congenital Heart Diseases (CHDs) (NKX2-5, GATA4 and TBX5). The Drosophila cardiac tube is linear and composed of a rostral portion named aorta and a caudal one called heart, distinguished by morphological and functional differences controlled by Hox genes, key regulators of axial patterning. Overexpression and inactivation of the Hox gene abdominal-A (abd-A), which is expressed exclusively in the heart, revealed that abd-A controls heart identity. The aim of our work is to isolate the heart-specific cisregulatory sequences of abd-A direct target genes, the realizator genes granting heart identity. In each segment of the heart, four pairs of cardiomyocytes (CMs) express tinman (tin), homologous to NKX2-5, and acquire strong contractile and automatic rhythmic activities. By tyramide amplified FISH, we found that seven genes, encoding ion channels, pumps or transporters, are specifically expressed in the Tin-CMs of the heart. We initially used online available tools to identify their heart-specific cisregutatory modules by looking for Conserved Non-coding Sequences containing clusters of binding sites for various cardiac transcription factors, including Hox proteins. Based on these data we generated several reporter gene constructs and transgenic embryos, but none of them showed reporter gene expression in the heart. In order to identify additional abd-A target genes, we performed microarray experiments comparing the transcriptomes of aorta versus heart and identified 144 genes overexpressed in the heart. In order to find the heart-specific cis-regulatory regions of these target genes we developed a new bioinformatic approach where prediction is based on pattern matching and ordered statistics. We first retrieved Conserved Noncoding Sequences from the alignment between the D.melanogaster and D.pseudobscura genomes. We scored for combinations of conserved occurrences of ABD-A, ABD-B, TIN, PNR, dMEF2, MADS box, T-box and E-box sites and we ranked these results based on two independent strategies. On one hand we ranked the putative cis-regulatory sequences according to best scored ABD-A biding sites, on the other hand we scored according to conservation of binding sites. We integrated and ranked again the two lists obtained independently to produce a final rank. We generated nGFP reporter construct flies for in vivo validation. We identified three 1kblong heart-specific enhancers. By in vivo and in vitro experiments we are determining whether they are direct abd-A targets, demonstrating the role of a Hox gene in the realization of heart identity. The identified abd-A direct target genes may be targets also of the NKX2-5, GATA4 and/or TBX5 homologues tin, pannier and Doc genes, respectively. The identification of sequences coregulated by a Hox protein and the homologues of transcription factors causing CHDs, will provide a mean to test whether these factors function as Hox cofactors granting cardiac specificity to Hox proteins, increasing our knowledge on the molecular mechanisms underlying CHDs. Finally, it may be investigated whether these Hox targets are involved in CHDs.

Joomla! e Microweb: soluzioni low cost per la piccola impresa

Il presente elaborato, "Joomla! e Microweb: soluzioni low cost per la piccola impresa", si pone l'obiettivo di unire un insieme di realtà differenti tra loro: esigenze economiche, piattaforme tecniche e rete sociale possono integrarsi in un circuito virtuoso. Attraverso l'analisi della piattaforma CMS Joomla!, e la sua integrazione con utilities di terze parti, è possibile velocizzare senza perdere qualità, abbattendo i costi, il processo di pubblicazione e mantenimento di un sito web. Attraverso, poi, un'efficace integrazione di Joomla! con servizi social integrati nella piattaforma stessa, è possibile venire in contatto con quelli che vengono definiti gli hub concettuali della rete, come Facebook e YouTube. Mirate politiche di marketing, soprattutto per i prodotti di nicchia, possono essere quindi portate a termine con soddisfazione senza cadere in costi eccessivamente elevati. Infine, è stato coniato il concetto di "Microweb" che sintetizza nel suo significato il processo di integrazione di servizi social e di utilities in un'unica piattaforma madre, nel caso specifico Joomla!.

I linguaggi per la programmazione web-based: l'alternativa Dart

Il Web ha subito numerose trasformazioni rispetto al passato. Si è passati da un Web statico, in cui l'unica possibilità era quella di leggere i contenuti della pagina, ad un Web dinamico e interattivo come quello dei social network. Il Web moderno è, ancora oggi, un universo in espansione. La possibilità di arricchire le pagine con contenuti interattivi, video, foto e molto altro, rende l'esperienza web sempre più coinvolgente. Inoltre la diffusione sempre più ampia di mobile device ha reso necessaria l'introduzione di nuovi strumenti per sfruttare al meglio le funzionalità di tali dispositivi. Esistono al momento tantissimi linguaggi di scripting e di programmazione, ma anche CMS che offrono a chiunque la possibilità di scrivere e amministrare siti web. Nonostante le grandi potenzialità che offrono, spesso queste tecnologie si occupano di ambiti specifici e non permettono di creare sistemi omogenei che comprendano sia client che server. Dart si inserisce proprio in questo contesto. Tale linguaggio dà a i programmatori la possibilità di poter sviluppare sia lato client sia lato server. L'obiettivo principale di questo linguaggio è infatti la risoluzione di alcune problematiche comuni a molti programmatori web. Importante in questo senso è il fatto di rendere strutturata la costruzione di programmi web attraverso l'uso di interfacce e classi. Fornisce inoltre un supporto per l'integrazione di svariate funzionalità che allo stato attuale sono gestite da differenti tecnologie. L'obiettivo della presente tesi è quello di mettere a confronto Dart con alcune delle tecnologie più utilizzate al giorno d'oggi per la programmazione web-based. In particolare si prenderanno in considerazione JavaScript, jQuery, node.js e CoffeeScript.

Computational modelling of human stem cell-derived cardiomyocytes - Texture descriptors for biological image processing

This thesis investigates two distinct research topics. The main topic (Part I) is the computational modelling of cardiomyocytes derived from human stem cells, both embryonic (hESC-CM) and induced-pluripotent (hiPSC-CM). The aim of this research line lies in developing models of the electrophysiology of hESC-CM and hiPSC-CM in order to integrate the available experimental data and getting in-silico models to be used for studying/making new hypotheses/planning experiments on aspects not fully understood yet, such as the maturation process, the functionality of the Ca2+ hangling or why the hESC-CM/hiPSC-CM action potentials (APs) show some differences with respect to APs from adult cardiomyocytes. Chapter I.1 introduces the main concepts about hESC-CMs/hiPSC-CMs, the cardiac AP, and computational modelling. Chapter I.2 presents the hESC-CM AP model, able to simulate the maturation process through two developmental stages, Early and Late, based on experimental and literature data. Chapter I.3 describes the hiPSC-CM AP model, able to simulate the ventricular-like and atrial-like phenotypes. This model was used to assess which currents are responsible for the differences between the ventricular-like AP and the adult ventricular AP. The secondary topic (Part II) consists in the study of texture descriptors for biological image processing. Chapter II.1 provides an overview on important texture descriptors such as Local Binary Pattern or Local Phase Quantization. Moreover the non-binary coding and the multi-threshold approach are here introduced. Chapter II.2 shows that the non-binary coding and the multi-threshold approach improve the classification performance of cellular/sub-cellular part images, taken from six datasets. Chapter II.3 describes the case study of the classification of indirect immunofluorescence images of HEp2 cells, used for the antinuclear antibody clinical test. Finally the general conclusions are reported.

Messung der Charmonium-Produktion und Energiekalibration für Elektronen mit dem Atlas-Experiment

Der Wirkungsquerschnitt der Charmoniumproduktion wurde unter Nutzung der Daten aus pp-Kollisionen bei s^{1/2}=7TeV, die im Jahr 2010 vom Atlas-Experiment am LHC aufgezeichnet wurden, gemessen. Um das notwendige Detektorverständnis zu verbessern, wurde eine Energiekalibration durchgeführt.rnrnrnUnter Nutzung von Elektronen aus Zerfällen des Charmoniums wurde die Energieskala der elektromagnetischen Kalorimeter bei niedrigen Energien untersucht. Nach Anwendung der Kalibration wurden für die Energiemessung im Vergleich mit in Monte-Carlo-Simulationen gemessenen Energien Abweichungen von weniger als 0,5% gefunden.rnrnrnMit einer integrierten Luminosität von 2,2pb^{-1} wurde eine erste Messung des inklusiven Wirkungsquerschnittes für den Prozess pp->J/psi(e^{+}e^{-})+X bei s^{1/2}=7TeV vorgenommen. Das geschah im zugänglichen Bereich für Transversalimpulse p_{T,ee}>7GeV und Rapiditäten |y_{ee}|<2,4. Es wurden differentielle Wirkungsquerschnitte für den Transversalimpuls p_{T,ee} und für die Rapidität |y_{ee}| bestimmt. Integration beider Verteilungen lieferte für den inklusiven Wirkungsquerschnitt sigma(pp-> J/psi X)BR(J/psi->e^{+}e^{-}) die Werte (85,1+/-1,9_{stat}+/-11,2_{syst}+/-2,9_{Lum})nb und (75,4+/-1,6_{stat}+/-11,9_{syst}+/-2,6_{Lum})nb, die innerhalb der Systematik kompatibel sind.rnrnrnVergleiche mit Messungen von Atlas und CMS für den Prozess pp->J/psi(mu^{+}mu^{-})+X zeigten gute Übereinstimmung. Zum Vergleich mit der Theorie wurden Vorhersagen mit verschiedenen Modellen in nächst-zu-führender und mit Anteilen in nächst-zu-nächst-zu-führender Ordnung kombiniert. Der Vergleich zeigt eine gute Übereinstimmung bei Berücksichtigung von Anteilen in nächst-zu-nächst-zu-führender Ordnung.

Anwendungen des Komplexe-Masse-Renormierungsschemas in effektiver Feldtheorie

Der erste Teil der vorliegenden Dissertation befasst sich mit der Untersuchung der perturbativen Unitarität im Komplexe-Masse-Renormierungsschema (CMS). Zu diesem Zweck wird eine Methode zur Berechnung der Imaginärteile von Einschleifenintegralen mit komplexen Massenparametern vorgestellt, die im Grenzfall stabiler Teilchen auf die herkömmlichen Cutkosky-Formeln führt. Anhand einer Modell-Lagrangedichte für die Wechselwirkung eines schweren Vektorbosons mit einem leichten Fermion wird demonstriert, dass durch Anwendung des CMS die Unitarität der zugrunde liegenden S-Matrix im störungstheoretischen Sinne erfüllt bleibt, sofern die renormierte Kopplungskonstante reell gewählt wird. Der zweite Teil der Arbeit beschäftigt sich mit verschiedenen Anwendungen des CMS in chiraler effektiver Feldtheorie (EFT). Im Einzelnen werden Masse und Breite der Deltaresonanz, die elastischen elektromagnetischen Formfaktoren der Roperresonanz, die elektromagnetischen Formfaktoren des Übergangs vom Nukleon zur Roperresonanz sowie Pion-Nukleon-Streuung und Photo- und Elektropionproduktion für Schwerpunktsenergien im Bereich der Roperresonanz berechnet. Die Wahl passender Renormierungsbedingungen ermöglicht das Aufstellen eines konsistenten chiralen Zählschemas für EFT in Anwesenheit verschiedener resonanter Freiheitsgrade, so dass die aufgeführten Prozesse in Form einer systematischen Entwicklung nach kleinen Parametern untersucht werden können. Die hier erzielten Resultate können für Extrapolationen von entsprechenden Gitter-QCD-Simulationen zum physikalischen Wert der Pionmasse genutzt werden. Deshalb wird neben der Abhängigkeit der Formfaktoren vom quadrierten Impulsübertrag auch die Pionmassenabhängigkeit des magnetischen Moments und der elektromagnetischen Radien der Roperresonanz untersucht. Im Rahmen der Pion-Nukleon-Streuung und der Photo- und Elektropionproduktion werden eine Partialwellenanalyse und eine Multipolzerlegung durchgeführt, wobei die P11-Partialwelle sowie die Multipole M1- und S1- mittels nichtlinearer Regression an empirische Daten angepasst werden.

Multivariate analysis methods in the search for the Higgs boson produced in association with top pairs at the ATLAS experiment at LHC.

The Large Hadron Collider, located at the CERN laboratories in Geneva, is the largest particle accelerator in the world. One of the main research fields at LHC is the study of the Higgs boson, the latest particle discovered at the ATLAS and CMS experiments. Due to the small production cross section for the Higgs boson, only a substantial statistics can offer the chance to study this particle properties. In order to perform these searches it is desirable to avoid the contamination of the signal signature by the number and variety of the background processes produced in pp collisions at LHC. Much account assumes the study of multivariate methods which, compared to the standard cut-based analysis, can enhance the signal selection of a Higgs boson produced in association with a top quark pair through a dileptonic final state (ttH channel). The statistics collected up to 2012 is not sufficient to supply a significant number of ttH events; however, the methods applied in this thesis will provide a powerful tool for the increasing statistics that will be collected during the next LHC data taking.

Localizzare e posizionare su un nuovo mercato: analisi pragmaterminologica applicata della sezione Cosmoonda di remediaerbe.it

Diese Masterarbeit entstand im Rahmen des Projekts Language Toolkit. Die Haupttätigkeit meines Praktikums lag in der Lokalisierung der Website von Remedia ins Deutsche. Zu lokalisieren waren die in Kap. 1 beschriebenen Seiten der Abteilung „Cosmoonda“ zu den von der gleichnamigen Forschungsgruppe des Unternehmens entwickelten bioenergetischen Geräten. Das zweite Kapitel umfasst eine Einführung in die Lokalisierung und bietet einen Überblick über ihre Geschichte. Am Ende des Kapitels wurden die Vorteile der elocalization behandelt und es wurde das neue Anforderungsprofil des Übersetzers beschrieben. Kap. 3 beinhaltet die Analyse der überwiegenden Sprachfunktionen sowie der Textsorten und -typen zum Zweck der bestmöglichen Übertragung der Kommunikationsabsicht des Auftraggebers. Zur Festlegung der optimalen Übersetzungsstrategie von Werbetexten tragen unterschiedliche Faktoren bei, wie z.B. die Säulen des Marketing-Mix, die im vierten Kapitel in Bezug auf die Standardisierung oder Lokalisierung von Werbebotschaften analysiert wurden. Im vorliegenden Zusammenhang spielt die Positionierung eine ausschlaggebende Rolle, weil bioenergetische Geräte einen unterschiedlichen Lebenszyklus in Ausgangs- und Zielmarkt erleben. Anhand von konkreten Beispielen wurde im fünften Kapitel gezeigt, wie die Sprachen der Unternehmen, die ähnliche Produkte und Dienstleistungen anbieten, sich auch aufgrund von kognitiven, temporellen und pragmatischen Faktoren unterscheiden. Kap. 6 enthält eine Beschreibung der praktischen Schritte des Lokalisierungsprozesses (Dokumentationsphase sowie Erstellung und Analyse von Korpora). Der vorletzte Teil bietet einen Überblick über die Komponenten sowie die Vor- und Nachteile der Nutzung von CMS. Im letzten Teil der Arbeit habe ich mich mit den translatorischen Problemen und ihren Lösungen (durch AT-Fehler verursachte evidente Translationsprobleme, Strategien zur Wiedergabe von Produktnamen, Äquivalenzen zwischen AT und ZT) auseinandergesetzt.

Pressure Swing Adsorption on Carbon Molecular Sieves for Nitrogen Production: Modelling and Simulation with Aspen Adsorption

L’azoto è uno dei prodotti principali dell’industria chimica, utilizzato principalmente per assicurare un sicuro stoccaggio di composti infiammabili. Generatori con sistemi PSA sono spesso più economici della tradizionale distillazione criogenica. I processi PSA utilizzano una colonna a letto fisso, riempita con materiale adsorbente, che adsorbe selettivamente un componente da una miscela gassosa. L’ossigeno diffonde molto più velocemente dell'azoto nei pori di setacci molecolari carboniosi. Oltre ad un ottimo materiale adsorbente, anche il design è fondamentale per la performance di un processo PSA. La fase di adsorbimento è seguita da una fase di desorbimento. Il materiale adsorbente può essere quindi riutilizzato nel ciclo seguente. L’assenza di un simulatore di processo ha reso necessario l’uso di dati sperimentali per sviluppare nuovi processi. Un tale approccio è molto costoso e lungo. Una modellazione e simulazione matematica, che consideri tutti i fenomeni di trasporto, è richiesta per una migliore comprensione dell'adsorbente sia per l'ottimizzazione del processo. La dinamica della colonna richiede la soluzione di insiemi di PDE distribuite nel tempo e nello spazio. Questo lavoro è stato svolto presso l'Università di Scienze Applicate - Münster, Germania. Argomento di questa tesi è la modellazione e simulazione di un impianto PSA per la produzione di azoto con il simulatore di processo Aspen Adsorption con l’obiettivo di permettere in futuro ottimizzazioni di processo affidabili, attendibili ed economiche basate su computazioni numeriche. E' discussa l’ottimizzazione di parametri, dati cinetici, termodinamici e di equilibrio. Il modello è affidabile, rigoroso e risponde adeguatamente a diverse condizioni al contorno. Tuttavia non è ancora pienamente soddisfacente poiché manca una rappresentazione adeguata della cinetica ovvero dei fenomeni di trasporto di materia. La messa a punto del software permetterà in futuro di indagare velocemente nuove possibilità di operazione.

Modelli matematici di cardiomiociti derivanti da cellule staminali: una nuova formulazione per riprodurre gli effetti proaritmici del blocco della corrente di potassio

I cardiomiociti derivanti da cellule staminali pluripotenti indotte (hiPSC-CMs) costituiscono un nuovo approccio per lo studio delle proprietà delle cellule cardiache sia degli individui sani che di quelli affetti da malattie ereditarie e possono rappresentare inoltre una piattaforma in vitro per la scoperta di nuovi farmaci e terapie rigenerative. Il grande impatto delle hiPSC-CMs nell’ambito della ricerca si deve soprattutto alle loro proprietà elettrofisiologiche: queste cellule non solo esprimono fenotipi genici e proprietà delle correnti ioniche tipiche delle cellule cardiache, ma sono anche in grado di riprodurre fenomeni aritmici, come le EAD, a seguito della somministrazione di farmaci. Grazie anche alla grande potenza di calcolo oggi disponibile è possibile supportare la pratica in vitro con modelli in silico, abbattendo sia i costi che i tempi richiesti dagli esperimenti in laboratorio. Lo scopo di questo lavoro è quello di simulare il comportamento delle hiPSC-CMs di tipo ventricolare in risposta alla somministrazione di farmaci che interagiscono con la corrente di potassio IKr, principale responsabile della ripolarizzazione cardiaca. L’assunzione di certi farmaci può comportare infatti una riduzione della IKr, con conseguente prolungamento della fase di ripolarizzazione del potenziale d’azione cardiaco. Questo meccanismo è causa dell’insorgenza della sindrome del QT lungo di tipo 2, che in casi estremi può degenerare in aritmie gravi. Ciò suggerisce che queste cellule rappresentano un importante strumento per la valutazione del rischio pro-aritmico che può essere facilitata da simulazioni in silico effettuate utilizzando modelli computazionali basati su dati fisiologici.

Exaggerated Pulmonary Hypertension During Mild Exercise in Chronic Mountain Sickness

Chronic mountain sickness (CMS) is an important public health problem and is characterized by exaggerated hypoxemia, erythrocytosis, and pulmonary hypertension. While pulmonary hypertension is a leading cause of morbidity and mortality in patients with CMS, it is relatively mild and its underlying mechanisms are not known. We speculated that during mild exercise associated with daily activities, pulmonary hypertension in CMS is much more pronounced.

Incidence, clinical presentation and imaging findings of cavernous malformations of the CNS. A twenty-year experience

Up to 88% of cavernous malformations (CMs) of the central nervous system can become symptomatic and cause long-term disability. The aim of this study was to document the characteristics of CMs in the catchment area of our institution.