The Eukaryotic Promoter Database EPD: the impact of in silico primer extension.

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters, experimentally defined by a transcription start site (TSS). There may be multiple promoter entries for a single gene. The underlying experimental evidence comes from journal articles and, starting from release 73, from 5' ESTs of full-length cDNA clones used for so-called in silico primer extension. Access to promoter sequences is provided by pointers to TSS positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an EPD entry includes a description of the type and source of the initiation site mapping data, links to other biological databases and bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. Web-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria and to navigate to related databases exploiting different cross-references. Tools for analysing sequence motifs around TSSs defined in EPD are provided by the signal search analysis server. EPD can be accessed at http://www.epd. isb-sib.ch.

Aplicació web per a la gestió de comandes amb J2EE

La present memòria descriu els passos necessaris per fer l'anàlisi, el disseny i la implementació de un gestor de comandes per un empresa mitjançant l'entorn web. El projecte ha estat realitzat en llenguatge Java, ja que és un llenguatge orientat a l'objecte molt reutilitzable i que té una plataforma que és la J2EE, que la fa ideal per l'unió de pàgines web amb bases de dades.

The serine repeat antigen (SERA) gene family phylogeny in Plasmodium: the impact of GC content and reconciliation of gene and species trees.

Plasmodium falciparum is the parasite responsible for the most acute form of malaria in humans. Recently, the serine repeat antigen (SERA) in P. falciparum has attracted attention as a potential vaccine and drug target, and it has been shown to be a member of a large gene family. To clarify the relationships among the numerous P. falciparum SERAs and to identify orthologs to SERA5 and SERA6 in Plasmodium species affecting rodents, gene trees were inferred from nucleotide and amino acid sequence data for 33 putative SERA homologs in seven different species. (A distance method for nucleotide sequences that is specifically designed to accommodate differing GC content yielded results that were largely compatible with the amino acid tree. Standard-distance and maximum-likelihood methods for nucleotide sequences, on the other hand, yielded gene trees that differed in important respects.) To infer the pattern of duplication, speciation, and gene loss events in the SERA gene family history, the resulting gene trees were then "reconciled" with two competing Plasmodium species tree topologies that have been identified by previous phylogenetic studies. Parsimony of reconciliation was used as a criterion for selecting a gene tree/species tree pair and provided (1) support for one of the two species trees and for the core topology of the amino acid-derived gene tree, (2) a basis for critiquing fine detail in a poorly resolved region of the gene tree, (3) a set of predicted "missing genes" in some species, (4) clarification of the relationship among the P. falciparum SERA, and (5) some information about SERA5 and SERA6 orthologs in the rodent malaria parasites. Parsimony of reconciliation and a second criterion--implied mutational pattern at two key active sites in the SERA proteins-were also seen to be useful supplements to standard "bootstrap" analysis for inferred topologies.

Construcció d'un GIS de base municipal amb assignació automàtica del nom de carrer a les illes d'habitatges de la població de Terrassa

Aquest treball fi de carrera es basa en un estudi i posterior aplicació dels sistemes d'informació geogràfica (GIS), branca que pertany a l'àrea de les bases de dades.

Estudi dels llenguatges de consulta per a documents RDF

Aquest treball aporta una visió general de la Web Semàntica i alhora n'estudia en suficient detall les principals tecnologies relacionades. Com a objectiu final per comprovar de forma pràctica la teoria descrita, l'aplicació web permet consultar bases de dades RDF mitjançant el llenguatge de consulta SPARQL.

Generació automàtica de l'esquema de bases de dades objectes-relacional d'una aplicació a partir del seu diagrama de dades

L'objectiu d'aquest projecte de fi de carrera és obtenir una aplicació en llenguatge JAVA amb capacitat de generar, a partir d'un diagrama de classes, la representació corresponent en un esquema d'una base de dades orientada a objectes Oracle 9i.

Epidemiological pattern and mortality rates for hepatitis A in Brazil, 1980-2002: a review

The prevalence of hepatitis A virus (HAV) infection is high in developing countries, in which low standards of sanitation promote the transmission of the virus. In Latin America, which is considered an area of high HAV endemicity, most HAV-positive individuals are infected in early childhood. However, recent studies have shown that prevalence rates are decreasing. Herein, we review the data on HAV prevalence and outbreaks available in scientific databases. We also use official government data in order to evaluate mortality rates in Brazil over the last two decades. Studies conducted in the northernmost regions of Brazil have indicated that, although improved hygiene has led to a reduction in childhood exposure to HAV, the greatest exposure still occurs early in life. In the Southeastern region, the persistence of circulating HAV has generated outbreaks among individuals of low socioeconomic status, despite adequate sanitation. Nationwide, hepatitis A mortality rates declined progressively from 1980 to 2002. During that period, mortality rates in the Northern region consistently exceeded the mean national rate and those for other regions. Excluding the North, the rates in all regions were comparable. Nevertheless, the trend toward decline observed in the South was paralleled by a similar trend in the North.

Sindicació de contingut a la Web : Els formats RSS i Atom

Aquest projecte centre el seu estudi en els llenguatges de sindicació RSS i Atom, les bases de dades XML natives i el llenguatge de consulta XQUERY.

Steady-state expression of self-regulated genes.

MOTIVATION: Regulatory gene networks contain generic modules such as feedback loops that are essential for the regulation of many biological functions. The study of the stochastic mechanisms of gene regulation is instrumental for the understanding of how cells maintain their expression at levels commensurate with their biological role, as well as to engineer gene expression switches of appropriate behavior. The lack of precise knowledge on the steady-state distribution of gene expression requires the use of Gillespie algorithms and Monte-Carlo approximations. METHODOLOGY: In this study, we provide new exact formulas and efficient numerical algorithms for computing/modeling the steady-state of a class of self-regulated genes, and we use it to model/compute the stochastic expression of a gene of interest in an engineered network introduced in mammalian cells. The behavior of the genetic network is then analyzed experimentally in living cells. RESULTS: Stochastic models often reveal counter-intuitive experimental behaviors, and we find that this genetic architecture displays a unimodal behavior in mammalian cells, which was unexpected given its known bimodal response in unicellular organisms. We provide a molecular rationale for this behavior, and we implement it in the mathematical picture to explain the experimental results obtained from this network.

Bases de dades multimedia

La part del treball de recerca inclou un estudi que recull l'evolució de les bases de dades des del seu començament fins a l'actualitat, incloent-hi una previsió del futur de les bases de dades; finalment, com a aprofundiment, s'hi estudien les bases de dades multimèdia. D'altra banda, la part pràctica mira d'aplicar tots el coneixements adquirits durant l'estudi de recerca i durant les diferents assignatures de la carrera, i intenta obtenir una aplicació que es pugui fer servir en el món real.

Extracció de coneixement d'una base de dades d'explotació de màquines recreatives i d'atzar.

L'objectiu de treball ha estat mostrar les possibilitats de les aplicacions informàtiques de gestió sobre les dades amb les que treballen. Simplement mostren les dades guardades a les bases de dades d'explotació, de forma detallada o bé resumida i amb sumatoris. Sobre aquestes dades també es pot extreure coneixement.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades corporatiu

Treball de disseny i implementació d'una solució de consulta de dades sobre un magatzem de dades corporatiu creat i nodrit a partir de diverses bases de dades ja existents en una empresa. El projecte s'ha desenvolupat amb el gestor de bases de dades Oracle 10g i amb l'eina de consulta Oracle Discoverer. Les bases de dades on es trobaven les dades originals es trobaven en MS Access, i en aquest entorn s'ha desenvolupat el procés de tractament de les dades.

Generació automàtica de l'esquema de bases de dades relacional d'una aplicació a partir del seu diagrama de classes representat en XML i creació automàtica d'interfícies de control d'intercanvi d'informació

En aquest projecte, amb la finalitat d'analitzar per mitjà d'un exemple (la base de dades d'una botiga que opera en línia) algunes de les possibilitats que dóna XML, s'ha construït un sistema que permet generar bases de dades relacionals (amb SQL) a partir de diagrames de classes definits en XML. D?aquesta manera es mostra la flexibilitat que aporta XML a la definició, el processament i la transformació dels documents.

The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project.

The ENCyclopedia Of DNA Elements (ENCODE) Project aims to identify all functional elements in the human genome sequence. The pilot phase of the Project is focused on a specified 30 megabases (approximately 1%) of the human genome sequence and is organized as an international consortium of computational and laboratory-based scientists working to develop and apply high-throughput approaches for detecting all sequence elements that confer biological function. The results of this pilot phase will guide future efforts to analyze the entire human genome.

Gestió de factures electròniques TFC Microsoft .NET

El projecte genera un entorn personalitzat de gestió de factures electròniques utilitzant Visual Studio Tools, l¿entorn permet gestionar les bases de dades dels clients i dels productes oferts, generar factures i enviar-les via correu electrònic als clients en diferents formats (PDF o Word).