Negative regulators of a growth factor-mediated signaling pathway in the nematode Caenorhabditis elegans

Vulval differentiation in C. elegans is mediated by an Epidermal growth factor (EGF)- EGF receptor (EGFR) signaling pathway. I have cloned unc-101, a negative regulator of vulval differentiation of the nematode C. elegans. unc-101 encodes a homolog of AP47, the medium chain of the trans-Golgi clathrin-associated protein complex. This identity was confirmed by cloning and comparing sequence of a C. elegans homolog of AP50, the medium chain of the plasma membrane clathrin-associated protein complex. I provided the first genetic evidence that the trans-Golgi clathrin-coated vesicles are involved in regulation of an EGF signaling pathway. Most of the unc-101 alleles are deletions or nonsense mutations, suggesting that these alleles severely reduce the unc-101 activity. A hybrid gene that contains parts of unc-101 and mouse AP4 7 rescued at least two phenotypes of unc-101 mutations, the Unc and the suppression of vulvaless phenotype of let-23(sy1) mutation. Therefore, the functions of AP47 are conserved between nematodes and mammals.

unc-101 mutations can cause a greater than wild-type vulval differentiation in combination with certain mutations in sli-1, another negative regulator of the vulval induction pathway. A mutation in a new gene, rok-1, causes no defect by itself, but causes a greater than wild-type vulval differentiation in the presence of a sli-1 mutation. The unc-101; rok-1; sli-1 triple mutants display a greater extent of vulval differentiation than any double mutant combinations of unc-101, rok-1 and sli-1. Therefore, rok-1 locus defines another negative regulator of the vulval induction pathway.

I analyzed a second gene encoding an AP47 homolog in C. elegans. This gene, CEAP47, encodes a protein 72% identical to both unc-101 and mammalian AP47. A hybrid gene containing parts of unc-101 and CEAP47 sequences can rescue phenotypes of unc-101 mutants, indicating that UNC- 101 and CEAP47 proteins can be redundant if expressed in the same set of cells.

El clima de aula. Un factor decisivo en el aprendizaje de lenguas

[spa] Se ha propuesto una guía didáctica para realizar en sesiones de euskera que profundice en el conocimiento mutuo entre los alumnos para que se fomente así la creación de vinculos interpersonales basados en el diálogo, la negociación y la comprensión. Todo ello supone la generación de un ambiente de aula cálido en el que todos los alumnos (gitanos y no gitanos) se sientan respetados, reconocidos y valorados, lo que garantiza el desarrollo óptimo y el acercamiento de los alumnos a la segunda lengua

Studies on the condition factor of the Sierra Leone mangrove oyster (Crassostrea tulipa)

Sierra Leone is a tropical country where water temperatures are high throughout the year. Consequently the local oysters tend to spawn the year round, with one or two spawning peaks. The condition of such tropical oysters may not be as high as those oyesters in temperate countries since the stored glycogen is regularly utilized to form gonads. A high condition factor value indicates that the oysters have accumulated glycogen and or gonads, whereas a low condition factor value indicates that the oysters have spawned and are in the process of accumulating glycogen, which may later be utilized for gonad development. In oyster culture, condition factor studies may be supported by plankton and oyster spat settlement studies in the culture area. These studies give an indication of when oyster larvae and spat settlement are at their peak values. In Sierra Leone studies of the plankton and spat settlement are undertaken every week throughout the year. Conditions factor is obtained from the ratio weight of dry (oyster) meat x 1000/internal volume. Detailed condition factor values are shown in relation to salinity at two stations. Condition factor declines with reducing salinity, which principally occurs during the rainy season. The best times to collect spat are May to June and September to October

Flood risk management: What are the main drivers of prevention?

4 p.

Engineered discoidin domain from factor VIII binds αvβ3 integrin with antibody-like affinity

Alternative scaffolds are non-antibody proteins that can be engineered to bind new targets. They have found useful niches in the therapeutic space due to their smaller size and the ease with which they can be engineered to be bispecific. We sought a new scaffold that could be used for therapeutic ends and chose the C2 discoidin domain of factor VIII, which is well studied and of human origin. Using yeast surface display, we engineered the C2 domain to bind to αvβ3 integrin with a 16 nM affinity while retaining its thermal stability and monomeric nature. We obtained a crystal structure of the engineered domain at 2.1 Å resolution. We have christened this discoidin domain alternative scaffold the “discobody.”

Transcription factor occupancy in differentiating skeletal muscle

With recent advances in high-throughput sequencing, mapping of genome-wide transcription factor occupancy has become feasible. To advance the understanding of skeletal muscle differentiation specifically and transcriptional regulation in general, I determined the genome-wide occupancy map for myogenin in differentiating C2C12 myocyte cells. I then analyzed the myogenin map for underlying sequence content and the association between occupied elements and expression trajectories of adjacent genes. Having determined that myogenin primarily associates with expressed genes, I performed a similar analysis on occupancy maps of other transcription factors active during skeletal muscle differentiation, including an extensive analysis of co-occupancy. This analysis provided strong motif evidence for protein-protein interactions as the primary driving force in the formation of Myogenin / Mef2 and MyoD / AP-1 complexes at jointly-occupied sites. Finally, factor occupancy analysis was extended to include bHLH transcription factors in tissues other than skeletal muscle. The cross-tissue analysis led to the emergence of a motif structure used by bHLH TFs to encode either tissue-specific or "general" (public) access in a variety of lineages.

DNA-mediated oxidation of transcription factor p53

Transcription factor p53 is the most commonly altered gene in human cancer. As a redox-active protein in direct contact with DNA, p53 can directly sense oxidative stress through DNA-mediated charge transport. Electron hole transport occurs with a shallow distance dependence over long distances through the π-stacked DNA bases, leading to the oxidation and dissociation of DNA-bound p53. The extent of p53 dissociation depends upon the redox potential of the response element DNA in direct contact with each p53 monomer. The DNA sequence dependence of p53 oxidative dissociation was examined by electrophoretic mobility shift assays using radiolabeled oligonucleotides containing both synthetic and human p53 response elements with an appended anthraquinone photooxidant. Greater p53 dissociation is observed from DNA sequences containing low redox potential purine regions, particularly guanine triplets, within the p53 response element. Using denaturing polyacrylamide gel electrophoresis of irradiated anthraquinone-modified DNA, the DNA damage sites, which correspond to locations of preferred electron hole localization, were determined. The resulting DNA damage preferentially localizes to guanine doublets and triplets within the response element. Oxidative DNA damage is inhibited in the presence of p53, however, only at DNA sites within the response element, and therefore in direct contact with p53. From these data, predictions about the sensitivity of human p53-binding sites to oxidative stress, as well as possible biological implications, have been made. On the basis of our data, the guanine pattern within the purine region of each p53-binding site determines the response of p53 to DNA-mediated oxidation, yielding for some sequences the oxidative dissociation of p53 from a distance and thereby providing another potential role for DNA charge transport chemistry within the cell.

To determine whether the change in p53 response element occupancy observed in vitro also correlates in cellulo, chromatin immunoprecipition (ChIP) and quantitative PCR (qPCR) were used to directly quantify p53 binding to certain response elements in HCT116N cells. The HCT116N cells containing a wild type p53 were treated with the photooxidant [Rh(phi)2bpy]³⁺, Nutlin-3 to upregulate p53, and subsequently irradiated to induce oxidative genomic stress. To covalently tether p53 interacting with DNA, the cells were fixed with disuccinimidyl glutarate and formaldehyde. The nuclei of the harvested cells were isolated, sonicated, and immunoprecipitated using magnetic beads conjugated with a monoclonal p53 antibody. The purified immounoprecipiated DNA was then quantified via qPCR and genomic sequencing. Overall, the ChIP results were significantly varied over ten experimental trials, but one trend is observed overall: greater variation of p53 occupancy is observed in response elements from which oxidative dissociation would be expected, while significantly less change in p53 occupancy occurs for response elements from which oxidative dissociation would not be anticipated.

The chemical oxidation of transcription factor p53 via DNA CT was also investigated with respect to the protein at the amino acid level. Transcription factor p53 plays a critical role in the cellular response to stress stimuli, which may be modulated through the redox modulation of conserved cysteine residues within the DNA-binding domain. Residues within p53 that enable oxidative dissociation are herein investigated. Of the 8 mutants studied by electrophoretic mobility shift assay (EMSA), only the C275S mutation significantly decreased the protein affinity (KD) for the Gadd45 response element. EMSA assays of p53 oxidative dissociation promoted by photoexcitation of anthraquinone-tethered Gadd45 oligonucleotides were used to determine the influence of p53 mutations on oxidative dissociation; mutation to C275S severely attenuates oxidative dissociation while C277S substantially attenuates dissociation. Differential thiol labeling was used to determine the oxidation states of cysteine residues within p53 after DNA-mediated oxidation. Reduced cysteines were iodoacetamide labeled, while oxidized cysteines participating in disulfide bonds were ¹³C₂D₂-iodoacetamide labeled. Intensities of respective iodoacetamide-modified peptide fragments were analyzed using a QTRAP 6500 LC-MS/MS system, quantified with Skyline, and directly compared. A distinct shift in peptide labeling toward ¹³C₂D₂-iodoacetamide labeled cysteines is observed in oxidized samples as compared to the respective controls. All of the observable cysteine residues trend toward the heavy label under conditions of DNA CT, indicating the formation of multiple disulfide bonds potentially among the C124, C135, C141, C182, C275, and C277. Based on these data it is proposed that disulfide formation involving C275 is critical for inducing oxidative dissociation of p53 from DNA.

A prática educativa como expressão da prática profissional no contexto da equipe de saúde da família no município do Rio de Janeiro

Este estudo teve como objeto as práticas educativas em saúde desenvolvidas no Programa de Saúde da Família (PSF), no Município do Rio de Janeiro. O objetivo geral foi a compreensão das práticas educativas realizadas pelos profissionais que atuam no PSF. O interesse se deu pelo fato de reconhecer o PSF como espaço privilegiado no desenvolvimento de práticas educativas voltadas para a conscientização popular, nos aspectos sociais, políticos e da saúde, pelas suas características de atuação em território definido, e na lógica de vigilância à saúde. Ressalta-se a importância da Educação em Saúde como estratégia de intervenção por uma sociedade mais saudável. Trata-se de pesquisa qualitativa descritiva, realizada entre 2007 e 2008. A análise dos dados foi orientada pelo método de Análise de Conteúdo. Os dados foram coletados através de entrevista semi-estruturada, com cinco equipes de saúde da família, totalizando vinte profissionais. Na análise foram identificadas quatro categorias: organização do processo de trabalho, papel do profissional na equipe, organização da prática educativa e fatores que interferem na realização das práticas educativas. Na análise verificou-se que os profissionais enfrentam dificuldades no planejamento das práticas educativas, relacionadas, principalmente, à falta de capacitação pedagógica e à dificuldade de organização do processo de trabalho, centrado no modelo biomédico. Os agentes comunitários se destacam na realização das atividades, com o apoio da equipe, principalmente da enfermeira. Os temas são escolhidos, prioritariamente, a partir da identificação das necessidades de saúde dos usuários pelos profissionais. Verifica-se que há dificuldade na definição dos objetivos das práticas educativas. Predomina o formato de grupos, voltados para a promoção da saúde, mas também com enfoque preventivista. Verifica-se a presença de práticas com outras formas de relação entre profissionais e usuários, num exercício de cidadania para a qualidade de vida. A avaliação é realizada informalmente, entre os profissionais e, geralmente, se detém à quantidade de usuários participantes, ou na constatação de mudança de comportamento do usuário. Os fatores que interferem dizem respeito às relações estabelecidas entre os profissionais, e entre estes e os usuários. A violência associada ao narcotráfico surge como fator que prejudica a atividade no território. As capacitações em prática educativa também são mencionadas. Verifica-se que a forma de organização do processo de trabalho influencia fortemente, visto que a realização das práticas educativas depende diretamente da dinâmica dada ao trabalho, e do espaço destinado para essa atividade na divisão do trabalho. As questões relacionadas à infra-estrutura são relatadas, principalmente, no que diz respeito à escassez de material, recursos financeiros, e espaço físico inadequado. Percebe-se que a falta da sistematização da prática educativa parece comprometer as transformações necessárias para o seu aprimoramento e reflete a falta de compreensão dos profissionais sobre a importância do processo educativo para a saúde e como instrumento de transformação social e política dos sujeitos. Percebe-se, ainda, a necessidade de investimentos para a qualificação do profissional do PSF, não somente em relação às práticas educativas, mas também para que seja possível operar as mudanças necessárias para a reorientação do modelo de atenção à saúde proposto pelo PSF.

Questionário sobre o consumo de álcool e drogas entre profissionais de saúde: um estudo exploratório

A droga na atualidade é considerada uma ameaça para a humanidade. Nos países em desenvolvimento, o álcool é o principal fator de risco, dentre as demais substâncias psicoativas. Existem poucos estudos sobre a prevalência do uso de drogas nos locais de trabalho no Brasil, e sobre os meios de enfrentamento das instituições empregadoras frente ao consumo de drogas por seus trabalhadores e as condições que levam a tal uso. O estudo foi estruturado em duas etapas: 1) revisão bibliográfica de instrumentos auto-aplicáveis sobre drogas entre trabalhadores e 2) elaboração e aplicação de um questionário auto-aplicável sobre o consumo de drogas entre trabalhadores. Foi traçado os seguintes objetivos: 1 etapa - Levantar os estudos publicados, que apresentam como objeto o uso de álcool e drogas por trabalhadores, entre os anos de 1998 e 2008; Identificar e analisar os instrumentos auto-aplicáveis, que mensuram a prevalência e o padrão de consumo de drogas em trabalhadores, utilizados pelos estudos; e Subsidiar o desenvolvimento de um questionário auto-aplicável sobre o padrão de consumo de álcool e drogas entre trabalhadores; 2 etapa - Desenvolver um questionário auto-aplicável que permite identificar a prevalência e padrão de consumo de álcool e drogas entre profissionais de saúde, assim como, as formas de enfrentamento por parte do trabalhador e das instituições empregadoras; Realizar análise descritiva do questionário desenvolvido e de seus principais resultados; e Avaliar a compreensão das perguntas do questionário desenvolvido, a partir das sugestões e respostas marcadas pelos sujeitos do estudo. Trata-se de uma pesquisa quantitativa, descritiva e exploratória realizada com 111 alunos de pós-graduação latu sensu de uma Faculdade Pública de Enfermagem situada na Cidade do Rio de Janeiro. Através da revisão bibliográfica verificamos que existem poucos instrumentos auto-aplicáveis sobre o padrão de consumo de álcool e drogas entre trabalhadores. Foi construído um questionário visando identificar informações sócio-demográficas, a história profissional, informações sobre o consumo de álcool e outras drogas, informações sobre o estresse laboral, e informações sobre as formas de enfrentamento por parte do trabalhador e das instituições empregadoras sobre o consumo de drogas. Pela análise do questionário aplicado, observou-se que algumas questões foram de difícil compreensão e precisam ser reformuladas, a fim de melhorar a compreensão dos respondentes, já que um questionário auto-aplicável deve ser auto-explicativo. As escalas AUDIT e Job Stress Scale se mostraram importantes para identificar problemas relacionados ao álcool e o estresse laboral. O álcool foi a droga mais utilizada pelos profissionais de saúde, seguido pelas substâncias psicoativas. Portanto, deve-se dar um enfoque sobressalente para a questão do fenômeno das drogas no ambiente de trabalho, promovendo programas de prevenção e de qualidade de vida ao trabalhador. Ressalta-se, também, a importância de abordar as questões sobre drogas nas graduações da área da saúde, promovendo o conhecimento do futuro profissional quanto aos riscos e danos decorrentes do uso e abuso de drogas.

A new method of measuring the waveguide dispersion factor and the thermo-optic coefficient of long-period fiber gratings

Based on the Mach-Zehnder effect between the core mode and the cladding modes, the interference fringes are formed by a pair of cascaded long-period fiber gratings (CLPFGs). Theoretical analyses show that the spectral spacing and the wavelength of these fringes are functions of the waveguide dispersion factor gamma, which is a characterizing parameter to LPFG and with theoretical and applicational significance. By measuring the characteristics of the transmission spectra of CLPFGs, the absolute value of gamma can be obtained. At the same time, the thermo-optic coefficient of effective refractive index difference between core and cladding modes, p, can also be obtained by measured the temperature sensitivity of these fringes. In the experiments, \gamma\ and mu were measured by this method to be 0.874 and 4.08 x 10(-5) degreesC(-1), respectively, for LPFGs with period of 450 mum and with a HE14 resonant peak at 1554 nm. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.