Caracterização molecular de três espécies de Trachycephalus (Anura: Hylidae) : investigando potenciais híbridos interespecíficos

Animais híbridos representam um desafio à taxonomia e sistemática, pois correspondem a unidades evolutivas geralmente sem clara delimitação morfológica, comportamental e genética. Híbridos podem ser morfologicamente intermediários aos parentais ou, devido à introgressão e retrocruzamentos, suas características podem se misturar tornando difícil sua identificação. Uma das formas de identificação de híbridos é por meio de ferramentas de biologia molecular, que ao utilizarem marcadores de DNA mitocondrial (herança exclusiva materna) e DNA nuclear (herança materna e paterna), permitem a comparação entre informações genéticas. Além da hibridização existem outras fontes de conflito entre dados moleculares provenientes do DNA mitocondrial e DNA nuclear, como por exemplo a retenção de polimorfismos ancentrais. Em localidades do Espírito Santo, Brasil, foram coletados indivíduos de morfologia distinta de Trachycephalus mesophaeus e T. nigromaculatus, que são as únicas espécies do gênero conhecidas nesse estado. Porém, estudos piloto usando o gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI) agruparam esses espécimes com amostras de T. typhonius. Devido a estas incongruências, foram sequenciados fragmentos de dois genes mitocondriais - COI e Nicotinamida Desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um exon nuclear (tirosinase) de 173 indivíduos de Trachycephalus, de forma a esclarecer as identificações taxonômicas e investigar a correspondência entre caracteres morfológicos e genéticos nesta linhagem, na sua área de ocorrência As filogenias moleculares, divergências genéticas, redes de haplótipos e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) confirmaram as três espécies acima mencionadas como linhagens evolutivas distintas e revelaram mais sete indivíduos potencialmente híbridos, mas morfologicamente assinalados a T. mesophaeus, T. nigromaculatus ou T. typhonius.. Devido à taxa de evolução lenta da tirosinase, as espécies mais recentes T. typhonius e T. nigromaculatus parecem não terem sido sorteadas completamente nesse gene. Já T. mesophaeus, que é a espécie mais antiga das três, foi recuperada inequivocamente em todas as análises. De forma inédita, as análises moleculares evidenciaram a ocorrência de introgressão bidirecional entre T. nigromaculatus e T. typhonius e entre T. nigromaculatus e T. mesophaeus, sendo que há indícios de indivíduos F1 (cruzamentos entre espécies parentais puras gerando híbridos). A utilização do gene ND2 mostrou-se mais eficiente do que o gene COI nas filogenias e, apesar da tirosinase ser um gene nuclear de evolução lenta, contribuiu para a identificação de incongruências citonucleares. Nossos resultados mostram que a história filogenética de Trachycephalus é complexa e que o uso de marcadores nucleares de evolução mais rápida e ampliação dessas análises para outras espécies do gênero podem revelar mais eventos de hibridização.

Maternal Recognition of Pregnancy in the Mare : a mini review

Nos equinos, um grande número de eventos das fases iniciais do desenvolvimento embrionário são únicos e distintos daqueles que se verificam em outras espécies, incluindo os críticos mas pouco esclarecidos mecanismos de reconhecimento materno da gestação. Este processo fisiológico, através do qual o concepto sinaliza a sua presença ao organismo materno assegurando a manutenção do corpo lúteo (CL) primário e, consequentemente, dos níveis de progesterona necessários à sobrevivência e desenvolvimento do embrião, está pouco esclarecido. De facto, ainda não é claro qual o sinal embrionário primário que assegura a manutenção do CL nos equinos e, apesar do número de potenciais factores que contribuem para o reconhecimento e manutenção da gestação não parar de crescer, nenhum é capaz por si só de satisfazer todos os critérios que caracterizam um factor anti-luteolítico ou luteostático. Por outro lado, é geralmente aceite o conceito de que o reconhecimento materno da gestação é um fenómeno fisiológico de extrema importância e que qualquer falha, quer no envio quer na recepção do sinal apropriado, pode levar a morte embrionária. De facto, a perda de gestações durante ou à volta do espaço de tempo em que ocorre o reconhecimento materno da gestação (i.e dias 10-16 após a ovulação) é comum mas imprevisível (e, portanto, difícil de controlar e prevenir) na prática clínica, sendo uma causa de grandes perdas económicas.

Polimorfismos genéticos no gene XRCC3 e dano no DNA em trabalhadores expostos ocupacionalmente a formaldeído

A exposição a formaldeído (FA), classificado como cancerígeno pela International Agency for Cancer Research (IARC), está epidemiologicamente associada a cancro e a alterações nucleares detectáveis pelo ensaio dos micronúcleos por bloqueio da citocinese (CBMN). Este método permite determinar vários marcadores de genotoxicidade, nomeadamente micronúcleos – biomarcadores de quebra ou perda de cromossomas; pontes nucleoplásmicas – biomarcador de re-arranjo cromossómico, pouca reparação e fusão de telómeros e, protusões nucleares – biomarcador de DNA amplificado. O gene X-ray repair cross-complementing group 3 (XRCC3) está envolvido na reparação de ligações cruzadas na recombinação de homólogos e quebras na cadeia dupla de DNA. Foi reportado pelo menos um polimorfismo no gene, o Thr241Met que tem sido associado a um aumento do dnao no DNA em vários estudos.

Sistema de suporte à decisão de anteprojecto de mini-hídrica

O presente documento tem como principal objectivo efectuar uma abordagem aos diversos aspectos que constituem um Sistema de Suporte à Decisão de um Anteprojecto de Centrais Mini-Hídricas. A energia é, nos dias de hoje, um dos temas políticos com mais relevância para a nossa sociedade, muito em particular para os países que não dispõem de recursos energéticos de origem fóssil. O preço do petróleo e seus derivados tem tendência para aumentar, embora possa ter períodos de decréscimo; a escassez associada a estes recursos tenderá a originar uma futura escalada de preços. Com a crescente preocupação com o ambiente, nomeadamente com as emissões de gases poluentes, devido à utilização de combustíveis fósseis para gerar electricidade, é cada vez mais imperioso optar por recursos com menor impacte ambiental e, de preferência, renováveis. A promoção e a utilização de fontes de energia renováveis para a produção energética resultam da necessidade de garantir um desenvolvimento sustentável para a sociedade actual e futura, sendo a energia hídrica uma boa solução alternativa. Após uma análise das questões técnicas e económicas relacionadas com as Centrais Mini-Hídricas, foi utilizada uma aplicação informática, Solver Premium®, que tem como suporte o Excel®, visando a maximização do potencial hidroeléctrico e a respectiva viabilidade económica entre vários cenários colocados para um pequeno aproveitamento hídrico em estudo. Os estudos de viabilidade são uma mais-valia para um agente de decisão; com a informação replicada pela aplicação informática utilizada, é possível obter com rapidez e uma curta margem de erro a decisão do melhor investimento, considerando várias hipóteses no projecto em análise.

Papel do polimorfismo Pro12 Ala no gene PPAR Gama 2 na obesidade e diabetes mellitus tipo 2 - uma meta análise

A obesidade e a diabetes mellitus tipo 2 (DM2) são considerados dois grandes problemas de saúde pública. A má alimentação e a falta de atividade física encontram-se entre os principais desencadeadores de um crescente número de indivíduos obesos, diabéticos e com sensibilidade à insulina diminuída. Este aumento tem motivado a comunidade científica a investigar cada vez mais para o elevado contributo da herança genética associada aos fatores sociais e nutricionais. O gene dos recetores ativados por proliferadores do peroxissoma gama 2 (PPARγ2) desempenha um papel importante no metabolismo lipídico. Uma vez que o PPARγ2 é maioritariamente expresso no tecido adiposo, uma redução moderada da sua atividade tem influência na sensibilidade à insulina, diabetes, e outros parâmetros metabólicos. Vários estudos sugerem que tanto fatores genéticos como fatores ambientais (tais como a dieta), poderão estar envolvidos na formação de padrões associados ao polimorfismo Pro12Ala com a composição corporal em diferentes populações humanas. Os diversos estudos genéticos envolvendo o estudo do polimorfismo Pro12Ala do PPARγ2 na suscetibilidade de possuir risco de diabetes e obesidade em várias populações têm proposto conclusões diversas. Em alguns parece haver mais associações do que outros e, às vezes, não demonstram sequer associação. Desta forma, o presente trabalho teve como objectivo contribuir para a elucidação do impacto do polimorfismo Pro12Ala do PPARγ2 na resistência à insulina associada à DM2 e na obesidade, mediante estudo sistematizado da literatura existente até à data, através de meta análise. Do total de uma pesquisa de 63 publicações, foram incluídos 32 artigos no presente estudo, sendo que destes 25 foram incluídos na síntese qualitativa e 11 incluídos na sintese quantitativa. No presente trabalho pode-se concluir que existe evidência estatística que suporta a hipótese de que o polimorfismo Pro12Ala do PPARγ2 pode ser considerado um fator protetor para a DM2 [p <0,05 e OR (odds ratio) 0,702, com IC (intervalos de confiança) com valores que nunca incluem o 1]. No entanto, e mediante os mesmos pressupostos, o mesmo polimorfismo pode ser considerado um fator de risco ao desenvolvimento de obesidade, pela evidência estatística [p <0,05 e OR de 1,196, com IC com valores que nunca incluem o 1].

Implementação da técnica Silver In Situ Hibridization para avaliação do status do gene EGFR em doentes com CPNPC

Avaliação do estado do gene Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR), por Silver In Situ Hibridization (SISH), tem-se destacado como biomarcador preditivo na resposta à terapêutica. O principal objectivo foi optimizar a etapa de recuperação por calor da metodologia automatizada SISH Dual-Colour, em carcinomas pulmonares fixados em formol durante 24 e 72 horas. A optimização levou a um aumento da preservação do contorno nuclear e da intensidade e contraste dos sinais para os dois tempos de fixação, permitindo avaliar o estado do EGFR em 83,3% dos casos em estudo. A SISH Dual-Colour é uma alternativa para avaliar o estado do EGFR.

Avaliação da expressão do gene BDNF em doenças neurodegenerativas

O Factor Neurotrófico Derivado do Cérebro (BDNF) está associado a processos de crescimento, diferenciação e sobrevivência das células neuronais. A expressão diferencial do BDNF, particularmente no hipocampo, está relacionada com a manifestação clínica de algumas doenças do foro psiquiátrico e cognitivo como a doença de Huntington, Alzheimer, depressão e esquizofrenia. Este trabalho pretende dar conhecimento das técnicas utilizadas para avaliar a expressão do gene BDNF. As técnicas de ELISA, IHC e Western blot, por permitirem a avaliação precisa da expressão de BDNF, são úteis para uma melhor compreensão, diagnóstico e tratamento de algumas doenças neurodegenerativas.

Can power laws help us understand gene and proteome information?

Proteins are biochemical entities consisting of one or more blocks typically folded in a 3D pattern. Each block (a polypeptide) is a single linear sequence of amino acids that are biochemically bonded together. The amino acid sequence in a protein is defined by the sequence of a gene or several genes encoded in the DNA-based genetic code. This genetic code typically uses twenty amino acids, but in certain organisms the genetic code can also include two other amino acids. After linking the amino acids during protein synthesis, each amino acid becomes a residue in a protein, which is then chemically modified, ultimately changing and defining the protein function. In this study, the authors analyze the amino acid sequence using alignment-free methods, aiming to identify structural patterns in sets of proteins and in the proteome, without any other previous assumptions. The paper starts by analyzing amino acid sequence data by means of histograms using fixed length amino acid words (tuples). After creating the initial relative frequency histograms, they are transformed and processed in order to generate quantitative results for information extraction and graphical visualization. Selected samples from two reference datasets are used, and results reveal that the proposed method is able to generate relevant outputs in accordance with current scientific knowledge in domains like protein sequence/proteome analysis.

Polimorfismo I/D do gene da enzima conversora da angiotensina

Em Portugal, no ano de 2009, existiam 983 mil indivíduos com Diabetes mellitus (DM), dos quais 90% DM tipo 2 (DM2). Um dos principais factores de risco para o desenvolvimento da DM2 é a obesidade. A DM2 está, desta forma, associada a um estilo de vida sedentário, quer pela diminuição do metabolismo da glicose, quer pela sua associação à obesidade devido ao aumento dos níveis de glicose como consequência da sobrealimentação. Outros factores como a lipotoxicidade e o stress oxidativo também têm sido considerados como responsáveis pela disfunção das células-beta pancreáticas. O gene da enzima conversora da angiotensina (ECA) é altamente polimórfico, sendo associado como factor predisponente para diferentes patologias como a DM. O polimorfismo melhor descrito até à actualidade é o de Inserção/Delecção (I/D), consistindo na inserção de um fragmento Alu de 287bp no intrão 16 do gene DCP1. A actividade pró-inflamatória e pró-oxidativa desta enzima sobre o pâncreas, bem como a sua actuação nos processos de fibrose, podem em parte auxiliar na compreensão do processo que origina esta patologia. O polimorfismo I/D torna-se assim um óptimo candidato para a detecção de indivíduos susceptíveis.Este estudo tem como objectivo analisar a distribuição do polimorfismo I/D, bem como a sua possível relação com a incidência de DM e com os níveis de glicose.

Mini-Exame do Estado Mental: características psicométricas em idosos ambulatoriais

OBJETIVO: Avaliar as características de medida do Mini-Exame do Estado Mental em idosos atendidos em um ambulatório geral. MÉTODOS: O total de 303 indivíduos (>65 anos) foi submetido à avaliação geriátrica com vários instrumentos, inclusive o Mini-Exame do Estado Mental. Foram calculadas a sensibilidade, a especificidade, os valores preditivos positivo e negativo e a curva ROC. RESULTADOS: A sensibilidade, a especificidade, os valores preditivos positivo e negativo e a área sob a curva ROC foram 80,8%, 65,3%, 44,7%, 90,7% e 0,807, respectivamente (ponto de corte 23/24). O melhor ponto de corte para indivíduos analfabetos foi 18/19 (sensibilidade =73,5%; especificidade =73,9%), e para aqueles com instrução escolar foi 24/25 (sensibilidade =75%; especificidade =69,7%). CONCLUSÕES: Para o rastreamento cognitivo de idosos atendidos em ambulatórios gerais pelo Mini-Exame do Estado Mental, a escolaridade deverá ser considerada para a adoção do ponto de corte mais adequado.

Regulation of antioxidant enzymes gene expression in the yeast Saccharomyces cerevisiae during stationary phase

Gene expression of three antioxidant enzymes, Mn superoxide dismutase (MnSOD), Cu,Zn superoxide dismutase (Cu,ZnSOD), and glutathione reductase (GR) was investigated in stationary phase Saccharomyces cerevisiae during menadione-induced oxidative stress. Both GR and Cu,ZnSOD mRNA steady state levels increased, reaching a plateau at about 90 min exposure to menadione. GR mRNA induction was higher than that of Cu,ZnSOD (about 14-fold and 9-fold after 90 min, respectively). A different pattern of response was obtained for MnSOD mRNA, with a peak at about 15 min (about 8-fold higher) followed by a decrease to a plateau approximately 4-fold higher than the control value. However, these increased mRNA levels did not result in increased protein levels and activities of these enzymes. Furthermore, exposure to menadione decreased MnSOD activity to half its value, indicating that the enzyme is partially inactivated due to oxidative damage. Cu,ZnSOD protein levels were increased 2-fold, but MnSOD protein levels were unchanged after exposure to menadione in the presence of the proteolysis inhibitor phenylmethylsulfonyl fluoride. These results indicate that the rates of Cu,ZnSOD synthesis and proteolysis are increased, while the rates of MnSOD synthesis and proteolysis are unchanged by exposure to menadione. Also, the translational efficiency for both enzymes is probably decreased, since increases in protein levels when proteolysis is inhibited do not reflect the increases in mRNA levels. Our results indicate that oxidative stress modifies MnSOD, Cu,ZnSOD, and GR gene expression in a complex way, not only at the transcription level but also at the post-transcriptional, translational, and post-translational levels.

Tubulin cofactor A gene silencing in mammalian cells induces changes in microtubule cytoskeleton, cell cycle arrest and cell death

Microtubules are polymers of alpha/beta-tubulin participating in essential cell functions. A multistep process involving distinct molecular chaperones and cofactors produces new tubulin heterodimers competent to polymerise. In vitro cofactor A (TBCA) interacts with beta-tubulin in a quasi-native state behaving as a molecular chaperone. We have used siRNA to silence TBCA expression in HeLa and MCF-7 mammalian cell lines. TBCA is essential for cell viability and its knockdown produces a decrease in the amount of soluble tubulin, modifications in microtubules and G1 cell cycle arrest. In MCF-7 cells, cell death was preceded by a change in cell shape resembling differentiation.

Q192R polymorphism of the paraoxonase-1 gene as a risk factor for obesity in Portuguese women

Introduction - Obesity became a major public health problem as a result of its increasing prevalence worldwide. Paraoxonase-1 (PON1) is an esterase able to protect membranes and lipoproteins from oxidative modifications. At the PON1 gene, several polymorphisms in the promoter and coding regions have been identified. The aims of this study were i) to assess PON1 L55M and Q192R polymorphisms as a risk factor for obesity in women; ii) to compare PON1 activity according to the expression of each allele in L55M and Q192R polymorphisms; iii) to compare PON1 activity between obese and normal-weight women. Materials and methods - We studied 75 healthy (35.9±8.2 years) and 81 obese women (34.3±8.2 years). Inclusion criteria for obese subjects were body mass index ≥30 kg/m2 and absence of inflammatory/neoplasic conditions or kidney/hepatic dysfunction. The two PON1 polymorphisms were assessed by real-time PCR with TaqMan probes. PON1 enzymatic activity was assessed by spectrophotometric methods, using paraoxon as a substrate. Results - No significant differences were found for PON1 activity between normal and obese women. Nevertheless, PON1 activity was greater (P<0.01) for the RR genotype (in Q192R polymorphism) and for the LL genotype (in L55M polymorphism). The frequency of allele R of Q192R polymorphism was significantly higher in obese women (P<0.05) and was associated with an increased risk of obesity (odds ratio=2.0 – 95% confidence interval (1.04; 3.87)). Conclusion - 55M and Q192R polymorphisms influence PON1 activity. The allele R of the Q192R polymorphism is associated with an increased risk for development of obesity among Portuguese Caucasian premenopausal women.

Relationship of PON1 192 and 55 gene polymorphisms to calcific valvular aortic stenosis

Introduction and Objectives - Paraoxonases may exert anti-atherogenic action by reducing lipid peroxidation. Previous studies examined associations between polymorphisms in the paraoxonase 1 (PON1) gene and development of coronary artery disease (CAD), with inconsistent results. Given the similarities in clinical and pathophysiological risk factors of CAD and calcific aortic valve stenosis (CAVS), we postulated a link between PON1 alleles and CAVS progression. Methods - We investigated the association between PON1 55 and 192 single nucleotide polymorphisms (SNPs), their enzyme activity, and CAVS progression assessed by aortic valve area and transvalvular peak velocity in 67 consecutive patients with moderate CAVS and 251 healthy controls. Results - PON1 paraoxonase activity was higher in CAVS patients (P<0.001). The PON1 genotype Q192R SNP (P=0.03) and variant allele (R192) (P=0.01) frequencies differed between CAVS patients and controls. Significant association existed between PON1 enzyme activity, phenotypic effects of PON1 192 genotype polymorphisms, and CAVS progression, but not between PON1 55 and high-density lipoprotein (P=0.44) or low-density lipoprotein cholesterol (P=0.12), between 192 genotype and high-density lipoprotein (P=0.24) or low-density lipoprotein cholesterol (P=0.52). Conclusion - The PON1 genotype Q192R SNP has an important effect on CAVS disease progression. This study helps outline a genotype-phenotype relationship for PON1 in this unique population.

Gene expression regulation and lineage evolution: the North and South tale of the hybrid polyploid Squalius alburnoides complex

The evolution of hybrid polyploid vertebrates, their viability and their perpetuation over evolutionary time have always been questions of great interest. However, little is known about the impact of hybridization and polyploidization on the regulatory networks that guarantee the appropriate quantitative and qualitative gene expression programme. The Squalius alburnoides complex of hybrid fish is an attractive system to address these questions, as it includes a wide variety of diploid and polyploid forms, and intricate systems of genetic exchange. Through the study of genome-specific allele expression of seven housekeeping and tissue-specific genes, we found that a gene copy silencing mechanism of dosage compensation exists throughout the distribution range of the complex. Here we show that the allele-specific patterns of silencing vary within the complex, according to the geographical origin and the type of genome involved in the hybridization process. In southern populations, triploids of S. alburnoides show an overall tendency for silencing the allele from the minority genome, while northern population polyploids exhibit preferential biallelic gene expression patterns, irrespective of genomic composition. The present findings further suggest that gene copy silencing and variable expression of specific allele combinations may be important processes in vertebrate polyploid evolution.