Analyses génétiques : comment réagir en cas de résultats inattendus ?

Identification génétique, test de paternité, de fratrie, de maternité, tests génétiques diagnostiques, prédictifs, de porteurs et pharmacogénomiques, pénétrance de 100% ou incomplète... Ma cosa fare in questi casi? Pièges et traquenards...

Multi-scale systems analysis of plant development : beyond cellular signaling and tissue morphodynamics

Les plantes sont essentielles pour les sociétés humaines. Notre alimentation quotidienne, les matériaux de constructions et les sources énergétiques dérivent de la biomasse végétale. En revanche, la compréhension des multiples aspects développementaux des plantes est encore peu exploitée et représente un sujet de recherche majeur pour la science. L'émergence des technologies à haut débit pour le séquençage de génome à grande échelle ou l'imagerie de haute résolution permet à présent de produire des quantités énormes d'information. L'analyse informatique est une façon d'intégrer ces données et de réduire la complexité apparente vers une échelle d'abstraction appropriée, dont la finalité est de fournir des perspectives de recherches ciblées. Ceci représente la raison première de cette thèse. En d'autres termes, nous appliquons des méthodes descriptives et prédictives combinées à des simulations numériques afin d'apporter des solutions originales à des problèmes relatifs à la morphogénèse à l'échelle de la cellule et de l'organe. Nous nous sommes fixés parmi les objectifs principaux de cette thèse d'élucider de quelle manière l'interaction croisée des phytohormones auxine et brassinosteroïdes (BRs) détermine la croissance de la cellule dans la racine du méristème apical d'Arabidopsis thaliana, l'organisme modèle de référence pour les études moléculaires en plantes. Pour reconstruire le réseau de signalement cellulaire, nous avons extrait de la littérature les informations pertinentes concernant les relations entre les protéines impliquées dans la transduction des signaux hormonaux. Le réseau a ensuite été modélisé en utilisant un formalisme logique et qualitatif pour pallier l'absence de données quantitatives. Tout d'abord, Les résultats ont permis de confirmer que l'auxine et les BRs agissent en synergie pour contrôler la croissance de la cellule, puis, d'expliquer des observations phénotypiques paradoxales et au final, de mettre à jour une interaction clef entre deux protéines dans la maintenance du méristème de la racine. Une étude ultérieure chez la plante modèle Brachypodium dystachion (Brachypo- dium) a révélé l'ajustement du réseau d'interaction croisée entre auxine et éthylène par rapport à Arabidopsis. Chez ce dernier, interférer avec la biosynthèse de l'auxine mène à la formation d'une racine courte. Néanmoins, nous avons isolé chez Brachypodium un mutant hypomorphique dans la biosynthèse de l'auxine qui affiche une racine plus longue. Nous avons alors conduit une analyse morphométrique qui a confirmé que des cellules plus anisotropique (plus fines et longues) sont à l'origine de ce phénotype racinaire. Des analyses plus approfondies ont démontré que la différence phénotypique entre Brachypodium et Arabidopsis s'explique par une inversion de la fonction régulatrice dans la relation entre le réseau de signalisation par l'éthylène et la biosynthèse de l'auxine. L'analyse morphométrique utilisée dans l'étude précédente exploite le pipeline de traitement d'image de notre méthode d'histologie quantitative. Pendant la croissance secondaire, la symétrie bilatérale de l'hypocotyle est remplacée par une symétrie radiale et une organisation concentrique des tissus constitutifs. Ces tissus sont initialement composés d'une douzaine de cellules mais peuvent aisément atteindre des dizaines de milliers dans les derniers stades du développement. Cette échelle dépasse largement le seuil d'investigation par les moyens dits 'traditionnels' comme l'imagerie directe de tissus en profondeur. L'étude de ce système pendant cette phase de développement ne peut se faire qu'en réalisant des coupes fines de l'organe, ce qui empêche une compréhension des phénomènes cellulaires dynamiques sous-jacents. Nous y avons remédié en proposant une stratégie originale nommée, histologie quantitative. De fait, nous avons extrait l'information contenue dans des images de très haute résolution de sections transverses d'hypocotyles en utilisant un pipeline d'analyse et de segmentation d'image à grande échelle. Nous l'avons ensuite combiné avec un algorithme de reconnaissance automatique des cellules. Cet outil nous a permis de réaliser une description quantitative de la progression de la croissance secondaire révélant des schémas développementales non-apparents avec une inspection visuelle classique. La formation de pôle de phloèmes en structure répétée et espacée entre eux d'une longueur constante illustre les bénéfices de notre approche. Par ailleurs, l'exploitation approfondie de ces résultats a montré un changement de croissance anisotropique des cellules du cambium et du phloème qui semble en phase avec l'expansion du xylème. Combinant des outils génétiques et de la modélisation biomécanique, nous avons démontré que seule la croissance plus rapide des tissus internes peut produire une réorientation de l'axe de croissance anisotropique des tissus périphériques. Cette prédiction a été confirmée par le calcul du ratio des taux de croissance du xylème et du phloème au cours de développement secondaire ; des ratios élevés sont effectivement observés et concomitant à l'établissement progressif et tangentiel du cambium. Ces résultats suggèrent un mécanisme d'auto-organisation établi par un gradient de division méristématique qui génèrent une distribution de contraintes mécaniques. Ceci réoriente la croissance anisotropique des tissus périphériques pour supporter la croissance secondaire. - Plants are essential for human society, because our daily food, construction materials and sustainable energy are derived from plant biomass. Yet, despite this importance, the multiple developmental aspects of plants are still poorly understood and represent a major challenge for science. With the emergence of high throughput devices for genome sequencing and high-resolution imaging, data has never been so easy to collect, generating huge amounts of information. Computational analysis is one way to integrate those data and to decrease the apparent complexity towards an appropriate scale of abstraction with the aim to eventually provide new answers and direct further research perspectives. This is the motivation behind this thesis work, i.e. the application of descriptive and predictive analytics combined with computational modeling to answer problems that revolve around morphogenesis at the subcellular and organ scale. One of the goals of this thesis is to elucidate how the auxin-brassinosteroid phytohormone interaction determines the cell growth in the root apical meristem of Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), the plant model of reference for molecular studies. The pertinent information about signaling protein relationships was obtained through the literature to reconstruct the entire hormonal crosstalk. Due to a lack of quantitative information, we employed a qualitative modeling formalism. This work permitted to confirm the synergistic effect of the hormonal crosstalk on cell elongation, to explain some of our paradoxical mutant phenotypes and to predict a novel interaction between the BREVIS RADIX (BRX) protein and the transcription factor MONOPTEROS (MP),which turned out to be critical for the maintenance of the root meristem. On the same subcellular scale, another study in the monocot model Brachypodium dystachion (Brachypodium) revealed an alternative wiring of auxin-ethylene crosstalk as compared to Arabidopsis. In the latter, increasing interference with auxin biosynthesis results in progressively shorter roots. By contrast, a hypomorphic Brachypodium mutant isolated in this study in an enzyme of the auxin biosynthesis pathway displayed a dramatically longer seminal root. Our morphometric analysis confirmed that more anisotropic cells (thinner and longer) are principally responsible for the mutant root phenotype. Further characterization pointed towards an inverted regulatory logic in the relation between ethylene signaling and auxin biosynthesis in Brachypodium as compared to Arabidopsis, which explains the phenotypic discrepancy. Finally, the morphometric analysis of hypocotyl secondary growth that we applied in this study was performed with the image-processing pipeline of our quantitative histology method. During its secondary growth, the hypocotyl reorganizes its primary bilateral symmetry to a radial symmetry of highly specialized tissues comprising several thousand cells, starting with a few dozens. However, such a scale only permits observations in thin cross-sections, severely hampering a comprehensive analysis of the morphodynamics involved. Our quantitative histology strategy overcomes this limitation. We acquired hypocotyl cross-sections from tiled high-resolution images and extracted their information content using custom high-throughput image processing and segmentation. Coupled with an automated cell type recognition algorithm, it allows precise quantitative characterization of vascular development and reveals developmental patterns that were not evident from visual inspection, for example the steady interspace distance of the phloem poles. Further analyses indicated a change in growth anisotropy of cambial and phloem cells, which appeared in phase with the expansion of xylem. Combining genetic tools and computational modeling, we showed that the reorientation of growth anisotropy axis of peripheral tissue layers only occurs when the growth rate of central tissue is higher than the peripheral one. This was confirmed by the calculation of the ratio of the growth rate xylem to phloem throughout secondary growth. High ratios are indeed observed and concomitant with the homogenization of cambium anisotropy. These results suggest a self-organization mechanism, promoted by a gradient of division in the cambium that generates a pattern of mechanical constraints. This, in turn, reorients the growth anisotropy of peripheral tissues to sustain the secondary growth.

Normative Topographic ERP Analyses of Speed of Speech Processing and Grammar Before and After Grammatical Treatment.

Typically developing (TD) preschoolers and age-matched preschoolers with specific language impairment (SLI) received event-related potentials (ERPs) to four monosyllabic speech sounds prior to treatment and, in the SLI group, after 6 months of grammatical treatment. Before treatment, the TD group processed speech sounds faster than the SLI group. The SLI group increased the speed of their speech processing after treatment. Posttreatment speed of speech processing predicted later impairment in comprehending phrase elaboration in the SLI group. During the treatment phase, change in speed of speech processing predicted growth rate of grammar in the SLI group.

Predicting rapeseed oil content with near-infrared spectroscopy

The objective of this work was to establish a calibration equation and to estimate the efficiency of near-infrared reflectance (NIR) spectroscopy for evaluating rapeseed oil content in Southern Brazil. Spectral data from 124 half-sib families were correlated with oil contents determined by the chemical method. The accuracy of the equation was verified by coefficient of determination (R²) of 0.92, error of calibration (SEC) of 0.78, and error of performance (SEP) of 1.22. The oil content of ten genotypes, which were not included in the calibration with NIR, was similar to the one obtained by the standard chemical method. NIR spectroscopy is adequate to differentiate oil content of rapeseed genotypes.

The Role of Transnational Elites in shaping the evolving Field of Internet Governance

La gouvernance de l'Internet est une thématique récente dans la politique mondiale. Néanmoins, elle est devenue au fil des années un enjeu économique et politique important. La question a même pris une importance particulière au cours des derniers mois en devenant un sujet d'actualité récurrent. Forte de ce constat, c ette recherche retrace l'histoire de la gouvernance de l'Internet depuis son émergence comme enjeu politique dans les années 1980 jusqu'à la fin du Sommet Mondial sur la Société de l'Information (SMSI) en 2005. Plutôt que de se focaliser sur l'une ou l'autre des institutions impliquées dans la régulation du réseau informatique mondial, cette recherche analyse l'émergence et l'évolution historique d'un espace de luttes rassemblant un nombre croissant d'acteurs différents. Cette évolution est décrite à travers le prisme de la relation dialectique entre élites et non-élites et de la lutte autour de la définition de la gouvernance de l'Internet. Cette thèse explore donc la question de comment les relations au sein des élites de la gouvernance de l'Internet et entre ces élites et les non-élites expliquent l'emergence, l'évolution et la structuration d'un champ relativement autonome de la politique mondiale centré sur la gouvernance de l'Internet. Contre les perspectives dominantes réaliste et libérales, cette recherche s'ancre dans une approche issue de la combinaison des traditions hétérodoxes en économie politique internationale et des apports de la sociologie politique internationale. Celle-ci s'articule autour des concepts de champ, d'élites et d'hégémonie. Le concept de champ, développé par Bourdieu inspire un nombre croissant d'études de la politique mondiale. Il permet à la fois une étude différenciée de la mondialisation et l'émergence d'espaces de lutte et de domination au niveau transnational. La sociologie des élites, elle, permet une approche pragmatique et centrée sur les acteurs des questions de pouvoir dans la mondialisation. Cette recherche utilise plus particulièrement le concept d'élite du pouvoir de Wright Mills pour étudier l'unification d'élites a priori différentes autour de projets communs. Enfin, cette étude reprend le concept néo-gramscien d'hégémonie afin d'étudier à la fois la stabilité relative du pouvoir d'une élite garantie par la dimension consensuelle de la domination, et les germes de changement contenus dans tout ordre international. A travers l'étude des documents produits au cours de la période étudiée et en s'appuyant sur la création de bases de données sur les réseaux d'acteurs, cette étude s'intéresse aux débats qui ont suivi la commercialisation du réseau au début des années 1990 et aux négociations lors du SMSI. La première période a abouti à la création de l'Internet Corporation for Assigned Names and Numbers (ICANN) en 1998. Cette création est le résultat de la recherche d'un consensus entre les discours dominants des années 1990. C'est également le fruit d'une coalition entre intérêts au sein d'une élite du pouvoir de la gouvernance de l'Internet. Cependant, cette institutionnalisation de l'Internet autour de l'ICANN excluait un certain nombre d'acteurs et de discours qui ont depuis tenté de renverser cet ordre. Le SMSI a été le cadre de la remise en cause du mode de gouvernance de l'Internet par les États exclus du système, des universitaires et certaines ONG et organisations internationales. C'est pourquoi le SMSI constitue la seconde période historique étudiée dans cette thèse. La confrontation lors du SMSI a donné lieu à une reconfiguration de l'élite du pouvoir de la gouvernance de l'Internet ainsi qu'à une redéfinition des frontières du champ. Un nouveau projet hégémonique a vu le jour autour d'éléments discursifs tels que le multipartenariat et autour d'insitutions telles que le Forum sur la Gouvernance de l'Internet. Le succès relatif de ce projet a permis une stabilité insitutionnelle inédite depuis la fin du SMSI et une acceptation du discours des élites par un grand nombre d'acteurs du champ. Ce n'est que récemment que cet ordre a été remis en cause par les pouvoirs émergents dans la gouvernance de l'Internet. Cette thèse cherche à contribuer au débat scientifique sur trois plans. Sur le plan théorique, elle contribue à l'essor d'un dialogue entre approches d'économie politique mondiale et de sociologie politique internationale afin d'étudier à la fois les dynamiques structurelles liées au processus de mondialisation et les pratiques localisées des acteurs dans un domaine précis. Elle insiste notamment sur l'apport de les notions de champ et d'élite du pouvoir et sur leur compatibilité avec les anlayses néo-gramsciennes de l'hégémonie. Sur le plan méthodologique, ce dialogue se traduit par une utilisation de méthodes sociologiques telles que l'anlyse de réseaux d'acteurs et de déclarations pour compléter l'analyse qualitative de documents. Enfin, sur le plan empirique, cette recherche offre une perspective originale sur la gouvernance de l'Internet en insistant sur sa dimension historique, en démontrant la fragilité du concept de gouvernance multipartenaire (multistakeholder) et en se focalisant sur les rapports de pouvoir et les liens entre gouvernance de l'Internet et mondialisation. - Internet governance is a recent issue in global politics. However, it gradually became a major political and economic issue. It recently became even more important and now appears regularly in the news. Against this background, this research outlines the history of Internet governance from its emergence as a political issue in the 1980s to the end of the World Summit on the Information Society (WSIS) in 2005. Rather than focusing on one or the other institution involved in Internet governance, this research analyses the emergence and historical evolution of a space of struggle affecting a growing number of different actors. This evolution is described through the analysis of the dialectical relation between elites and non-elites and through the struggle around the definition of Internet governance. The thesis explores the question of how the relations among the elites of Internet governance and between these elites and non-elites explain the emergence, the evolution, and the structuration of a relatively autonomous field of world politics centred around Internet governance. Against dominant realist and liberal perspectives, this research draws upon a cross-fertilisation of heterodox international political economy and international political sociology. This approach focuses on concepts such as field, elites and hegemony. The concept of field, as developed by Bourdieu, is increasingly used in International Relations to build a differentiated analysis of globalisation and to describe the emergence of transnational spaces of struggle and domination. Elite sociology allows for a pragmatic actor-centred analysis of the issue of power in the globalisation process. This research particularly draws on Wright Mill's concept of power elite in order to explore the unification of different elites around shared projects. Finally, this thesis uses the Neo-Gramscian concept of hegemony in order to study both the consensual dimension of domination and the prospect of change contained in any international order. Through the analysis of the documents produced within the analysed period, and through the creation of databases of networks of actors, this research focuses on the debates that followed the commercialisation of the Internet throughout the 1990s and during the WSIS. The first time period led to the creation of the Internet Corporation for Assigned Names and Numbers (ICANN) in 1998. This creation resulted from the consensus-building between the dominant discourses of the time. It also resulted from the coalition of interests among an emerging power elite. However, this institutionalisation of Internet governance around the ICANN excluded a number of actors and discourses that resisted this mode of governance. The WSIS became the institutional framework within which the governance system was questioned by some excluded states, scholars, NGOs and intergovernmental organisations. The confrontation between the power elite and counter-elites during the WSIS triggered a reconfiguration of the power elite as well as a re-definition of the boundaries of the field. A new hegemonic project emerged around discursive elements such as the idea of multistakeholderism and institutional elements such as the Internet Governance Forum. The relative success of the hegemonic project allowed for a certain stability within the field and an acceptance by most non-elites of the new order. It is only recently that this order began to be questioned by the emerging powers of Internet governance. This research provides three main contributions to the scientific debate. On the theoretical level, it contributes to the emergence of a dialogue between International Political Economy and International Political Sociology perspectives in order to analyse both the structural trends of the globalisation process and the located practices of actors in a given issue-area. It notably stresses the contribution of concepts such as field and power elite and their compatibility with a Neo-Gramscian framework to analyse hegemony. On the methodological level, this perspective relies on the use of mixed methods, combining qualitative content analysis with social network analysis of actors and statements. Finally, on the empirical level, this research provides an original perspective on Internet governance. It stresses the historical dimension of current Internet governance arrangements. It also criticise the notion of multistakeholde ism and focuses instead on the power dynamics and the relation between Internet governance and globalisation.

On the Condition Monitoring of Induction machines

The research of condition monitoring of electric motors has been wide for several decades. The research and development at universities and in industry has provided means for the predictive condition monitoring. Many different devices and systems are developed and are widely used in industry, transportation and in civil engineering. In addition, many methods are developed and reported in scientific arenas in order to improve existing methods for the automatic analysis of faults. The methods, however, are not widely used as a part of condition monitoring systems. The main reasons are, firstly, that many methods are presented in scientific papers but their performance in different conditions is not evaluated, secondly, the methods include parameters that are so case specific that the implementation of a systemusing such methods would be far from straightforward. In this thesis, some of these methods are evaluated theoretically and tested with simulations and with a drive in a laboratory. A new automatic analysis method for the bearing fault detection is introduced. In the first part of this work the generation of the bearing fault originating signal is explained and its influence into the stator current is concerned with qualitative and quantitative estimation. The verification of the feasibility of the stator current measurement as a bearing fault indicatoris experimentally tested with the running 15 kW induction motor. The second part of this work concentrates on the bearing fault analysis using the vibration measurement signal. The performance of the micromachined silicon accelerometer chip in conjunction with the envelope spectrum analysis of the cyclic bearing faultis experimentally tested. Furthermore, different methods for the creation of feature extractors for the bearing fault classification are researched and an automatic fault classifier using multivariate statistical discrimination and fuzzy logic is introduced. It is often important that the on-line condition monitoring system is integrated with the industrial communications infrastructure. Two types of a sensor solutions are tested in the thesis: the first one is a sensor withcalculation capacity for example for the production of the envelope spectra; the other one can collect the measurement data in memory and another device can read the data via field bus. The data communications requirements highly depend onthe type of the sensor solution selected. If the data is already analysed in the sensor the data communications are needed only for the results but in the other case, all measurement data need to be transferred. The complexity of the classification method can be great if the data is analysed at the management level computer, but if the analysis is made in sensor itself, the analyses must be simple due to the restricted calculation and memory capacity.

Biometric analysis of protein and oil contents of soybean genotypes in different environments

The objective of this work was to identify by biometric analyses the most stable soybean parents, with higher oil or protein contents, cultivated at different seasons and locations of the state of Minas Gerais, Brazil. Forty-nine genotypes were evaluated in the municipalities of Viçosa, Visconde do Rio Branco, and São Gotardo, in the state of Minas Gerais, from 2009 to 2011. Protein and oil contents were analyzed by infrared spectrometry using a FT-NIR analyzer. The effects of genotype, environment, and genotype x environment interaction were significant. The BARC-8 soybean genotype is the best parent to increase protein contents in the progenies, followed by BR 8014887 and CS 3032PTA276-3-4. Selection for high oil content is more efficient when the crossings involve the Suprema, CD 01RR8384, and A7002 genotypes, which show high mean phenotypic values, wide adaptability, and greater stability to environmental variation.

Exploring the implementation of a medication adherence programme by community pharmacists: a qualitative study

BACKGROUND: Medication adherence has been identified as an important factor for clinical success. Twenty-four Swiss community pharmacists participated in the implementation of an adherence support programme for patients with hypertension, diabetes mellitus and/or dyslipidemia. The programme combined tailored consultations with patients about medication taking (expected at an average of one intervention per month) and the delivery of each drug in an electronic monitoring system (MEMS6?). OBJECTIVE: To explore pharmacists' perceptions and experiences with implementation of the medication adherence programme and to clarify why only seven patients were enrolled in total. SETTING: Community pharmacies in French-speaking Switzerland. METHOD: Individual in-depth interviews were audio-recorded, with 20 of the pharmacists who participated in the adherence programme. These were transcribed verbatim, coded and thematically analysed. Process quality was ensured by using an audit trail detailing the development of codes and themes; furthermore, each step in the coding and analysis was verified by a second, experienced qualitative researcher. MAIN OUTCOME MEASURE: Community pharmacists' experiences and perceptions of the determining factors influencing the implementation of the adherence programme. RESULTS: Four major barriers were identified: (1) poor communication with patients resulting in insufficient promotion of the programme; (2) insufficient collaboration with physicians; (3) difficulty in integrating the programme into pharmacy organisation; and (4) insufficient pharmacist motivation. This was related to the remuneration perceived as insufficient and to the absence of clear strategic thinking about the pharmacist position in the health care system. One major facilitator of the programme's implementation was pre-existing collaboration with physicians. CONCLUSION: A wide range of barriers was identified. The implementation of medication adherence programmes in Swiss community pharmacies would benefit from an extended training aimed at developing communication and change management skills. Individualised onsite support addressing relevant barriers would also be necessary throughout the implementation process.

Exploration of the visual system: Part 1: Dissection of the mouse eye for RNA, protein, and histological analyses

Due to the power of genetics, the mouse has become a widely used animal model in vision research. However, its eyeball has an axial length of only about 2 mm. The present protocol describes how to easily dissect the small rodent eye post mortem. This allows collecting different tissues of the eye, i.e., cornea, lens, iris, retina, optic nerve, retinal pigment epithelium (RPE), and sclera. We further describe in detail how to process these eye samples in order to obtain high‐quality RNA for RNA expression profiling studies. Depending on the eye tissue to be analyzed, we present appropriate lysis buffers to prepare total protein lysates for immunoblot and immuno‐precipitation analyses. Fixation, inclusion, embedding, and cryosectioning of the globe for routine histological analyses (HE staining, DAPI staining, immunohistochemistry, in situ hybridization) is further presented. These basic protocols should allow novice investigators to obtain eye tissue samples rapidly for their experiments.

Incidence of Garlic common latent virus in Argentina, and phylogenetic and recombination analyses of isolates

The objective of this work was to estimate the incidence and prevalence of Garlic common latent virus (GarCLV) in the main production regions of garlic (Allium sativum) in Argentina, and to perform phylogenetic and recombination analyses in isolates from these regions. Leaf samples (3,050) were taken from four garlic commercial types, in 13 departments of the four main garlic-producing provinces of Argentina, in a 1,175-ha sampling area. Virus infection was evaluated with DAS-Elisa test using specific antiserum, and the phylogenetic and recombination analyses were done with capsid protein (CP) nucleotide sequence of seven GarCLV isolates from the provinces. The incidence of GarCLV in the evaluated provinces varied between 6.7 and 22% of the samples, whereas the prevalence varied between 52.6 and 70%. In the analysis of garlic commercial types, Morado showed the highest incidence of the virus, in the province of San Juan, whereas Rosado Paraguayo had the lowest incidence, in the province of Cordoba. Nucleotide identity in the CP sequences ranged between 80.3 and 97.6%. The phylogenetic analysis shows the presence of two main groups of GarCLV and of a possible third group that would include only a German isolate. The recombination analysis between isolates from different parts of the world evidences the presence of recombinant isolates from Poland and Australia.

From dialysis to transplantation, illness experience and patients' concerns about future: A longitudinal qualitative study

Background: Transplantation is the treatment of choice when compared to dialysis. Long-term evolution of patients is rarely comprehensively described. Thirty end-stage renal disease patient's experience of illness was explored from registration for transplantation until twenty-four months after transplantation. Methods: Longitudinal semi-structured interviews were conducted, and qualitative discourse analysis performed. Findings: Before transplantation loss of quality of life (QOL), emotional fragility related to dialysis constraints were reported, and increased with waiting-time. Six months after transplantation, recovered freedom was described but acute rejection, and life-dependency to immunosuppressants generated concerns. After twelve months, long-term survival of the graft, and possible return-to-dialysis were mentioned. After twenty months graft's dysfunction, co-morbidities, immunosuppressants side effects rose concerns even though QOL persisted. Most patients report positive transformations after transplantation, which are related to graft survival and limited co-morbidities. Discussion: As time passes, patients deal with changing illness constraints, and contemplate with anxiety possible new return to dialysis and/or transplantation.

Characterization of board impurities with a Raman device

Erilaisia epäpuhtauksia kulkeutuu paperinvalmistusprosessiin ja monenlaisia saostumia muodostuu paperinvalmistuksen prosesseissa. Epäpuhtaudet voivat aiheuttaa prosessiongelmia sekä alentaa tuotteen laatua. Epäpuhtauksien alkuperän ja koostumuksen selvittäminen edellyttää usein erilaisten analyysimenetelmien käyttöä. Epäpuhtauksien luokittelu on useasti välttämätöntä ennen tarkempaa kemiallista analyysia. Paperinvalmistuksen epäpuhtauksien kvalitatiiviseen luokitteluun on yleisimmin käytetty mikroskopian, IR-spektroskopian ja analyyttisen pyrolyysin menetelmiä. Raman spektroskopia on harvinaisempi menetelmä paperiteollisuuden tutkimuksessa. Raman instrumenttien kehittyminen on ollut voimakasta viimeisen vuosikymmenen aikana. Raman spektroskopia onkin osoittanut mandollisuutensa polymeerien, lääketeollisuuden ja polttoaineteollisuuden tutkimuksissa. Tässä työssä tutkittiin erään elintarvikepakkauskartongin epäpuhtauksia Raman spektroskoopilla. Työn tavoitteena oli selvittää Raman analyysin käyttökelpoisuutta kartongin epäpuhtauksien online-luokittelussa. Tutkimukset suoritettiin Spectracoden RP-1 Raman instrumentilla. Tutkimukset osoittivat, että näytteen fluoresenssi ja näytteen hajoaminen asettavat rajoituksia epäpuhtauksien Raman analyysille. Epäpuhtauksien online-tunnistaminen toimii käytettäessä suuria lasertehoja ja säteilytysaikoja. Näytteiden laserherkkyys ja fluoresenssi rajoittavat kuitenkin suurien laiteparametrien käyttöä. Laiteparametrien pienentäminen johti mittauksien signaali-kohina suhteen alenemiseen, mikä puolestaan aiheutti online-tunnistuksen toimimattomuuden.

Qualitative structure-metabolism relationships in the hydrolysis of carbamates.

The aims of this review were 1) to compile a large number of reliable literature data on the metabolic hydrolysis of medicinal carbamates and 2) to extract from such data a qualitative relation between molecular structure and lability to metabolic hydrolysis. The compounds were classified according to the nature of their substituents (R³OCONR&supl;R²), and a metabolic lability score was calculated for each class. A trend emerged, such that the metabolic lability of carbamates decreased (i.e., their metabolic stability increased), in the following series: Aryl-OCO-NHAlkyl >> Alkyl-OCO-NHAlkyl ~ Alkyl-OCO-N(Alkyl)? ? Alkyl-OCO-N(endocyclic) ? Aryl-OCO-N(Alkyl)? ~ Aryl-OCO-N(endocyclic) ? Alkyl-OCO-NHAryl ~ Alkyl-OCO-NHAcyl?>> Alkyl-OCO-NH? > Cyclic carbamates. This trend should prove useful in the design of carbamates as drugs or prodrugs.

APROS code benchmarking inboiling water reactor accident analyses

Diplomityö käsittelee kiehutusvesilaitosten transienttien ja onnettomuuksien analysointia APROS-ohjelmiston avulla. Työ on tehty Teollisuuden Voima Oy:n (TVO) Olkiluoto 1 ja 2 laitosyksiköiden mallin pohjalta. Raportissa esitetään ohjelmiston käyttämiä yhtälöitäja laskentamalleja yleisellä tasolla. Työssä esitellään laitoksen yleispiirteet turvallisuustoimintoineen ja kuvataan ohjelmaan suureksi osaksi aiemmin luotua laskentamallia. Työssä on luetteloitu voimassa olevatlisensiointianalyysit, joiden joukosta on valittu laskentatapauksia ohjelmiston suorituskyvyn arviointia varten. Lisäksi työhön on valittu laskentatapauksia muilla kuin lisensointiin käytetyillä ohjelmilla lasketuista analyyseistä. Lisäksi on suoritettu vertailulaskuja konservatiivisen ja realistisen mallin erojen esille saamiseksi. Laskentatapauksia ovat mm. ylipainetransientti, jäähdytteen menetysonnettomuus ja oletettavissa oleva käyttöhäiriö, jossa pikasulku ei toimi (ATWS). Diplomityön edetessä laitosmallia on kehitetty edelleen lisäämällä joitakin järjestelmiä ja tarkentamalla joidenkin komponenttien kuvausta. Työssä ilmeni, että APROS soveltuu jäähdytteenmenetysonnettomuuden ja suojarakennuksen yhtäaikaiseen analyysiin. APROS.n vaste nopeisiin transientteihin jäi kuitenkin vertailutasosta. Tämän työn perusteella APROS-mallia kehitys jatkuu edelleen siten, että se soveltuisi entistä paremmin myös nopeiden transienttien ja ATWS-tilanteiden kuvaamiseen. Työssä olevaa lisensointianalyysien kuvausta tullaan käyttämään hyväksi selvitettäessä laitoksen turvallisuuden väliarviossa tarvittavien analyysien määrää ja laatua. Nyt saatuja kokemuksia voidaan hyödyntää myös mahdollisen kolmiulotteisen sydänmallin hankinnassa APROS-ohjelmistoon. Tässä diplomityössä esitettyjä parannuksia voidaan käyttää hyväksi SAFIRtutkimusohjelman hankkeiden suunnittelussa.