Shape-keeping elements in tRNA

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Seawater carbonate chemistry and crab Necora puber size and elements in tissue during experiments, 2010

Ocean acidification (OA) is predicted to play a major role in shaping species biogeography and marine biodiversity over the next century. We tested the effect of medium-term exposure to OA (pH 8.00, 7.30 and 6.70 for 30 d) on acid-base balance in the decapod crab Necora puber-a species that is known to possess good extracellular buffering ability during short-term exposure to hypercapnic conditions. To determine if crabs undergo physiological trade-offs in order to buffer their haemolymph, we characterised a number of fundamental physiological functions, i.e. metabolic rate, tolerance to heat, carapace and chelae [Ca2+] and [Mg2+], haemolymph [Ca2+] and [Mg2+], and immune response in terms of lipid peroxidation. Necora puber was able to buffer changes to extracellular pH over 30 d exposure to hypercapnic water, with no evidence of net shell dissolution, thus demonstrating that HCO3- is actively taken up from the surrounding water. In addition, tolerance to heat, carapace mineralization, and aspects of immune response were not affected by hypercapnic conditions. In contrast, whole-animal O2uptake significantly decreased with hypercapnia, while significant increases in haemolymph [Ca2+] and [Mg2+] and chelae [Mg2+] were observed with hypercapnia. Our results confirm that most physiological functions in N. puber are resistant to low pH/hypercapnia over a longer period than previously investigated, although such resistance comes at the expenses of metabolic rates, haemolymph chemistry and chelae mineralization.

Major element compositions, minerals and trace elements at DSDP Leg 67 Holes

Mineralogical (microprobe) and geochemical (X-ray fluorescence, neutron activation analyses) data are given for 18 samples of volcanic rocks from the Guatemala Trench area (Deep Sea Drilling Project Leg 67). Typical fresh oceanic tholeiites occur in the trench itself (Hole 500) and in its immediate vicinity on the Cocos Plate (Site 495). Several samples (often reworked) of "spilitic" oceanic tholeiites are also described from the Trench: their mineralogy (greenschist facies association - actinolite + plagioclase + chlorite) and geochemistry (alteration, sometimes linked to manganese and zinc mineralization) are shown to result from high-temperature (300°-475°C) hydrothermal sea water-basalt interactions. The samples studied are depleted in light rare-earth elements (LREE), with the exception of the slightly LREE-enriched basalts from Hole 500. The occurrence of such different oceanic tholeiites in the same area is problematic. Volcanic rocks from the Guatemala continental slope (Hole 494A) are described as greenschist facies metabasites (actinolite + epidote + chlorite + plagioclase + calcite + quartz), mineralogically different from the spilites exposed on the Costa Rica coastal range (Nicoya Peninsula). Their primary magmatic affinity is uncertain: clinopyroxene and plagioclase compositions, together with titanium and other hygromagmaphile element contents, support an "active margin" affinity. The LREE-depleted patterns encountered in the present case, however, are not frequently found in orogenic samples but are typical of many oceanic tholeiites.

La divination par les sorts dans le monde oriental méditerranéen du IIe au VIe siècle après J.-C. : étude comparative des sortes Homericae, sortes Astrampsychi et tables d'astragalomancie en Asie mineure

Cette thèse se propose de comparer exhaustivement trois systèmes de divination par voie de tirage au sort qui ont été contemporains dans l’antiquité tardive. À l’aide d’une analyse rigoureuse des thèmes évoqués, des stratégies rhétoriques employées, du vocabulaire présent et des probabilités d’obtention des réponses offertes, plusieurs points communs ressortent. Les énoncés positifs et négatifs se veulent, dans tous les cas, équilibrés et ils optent souvent pour des variantes temporelles afin de tempérer les prédictions. Lorsqu’ils ne s’appliquent pas à des questions spécifiques, ils misent sur l’imaginaire des consultations littéraires qui allie proverbes et éléments épiques, sans toutefois déroger des thèmes communs liés aux préoccupations quotidiennes des consultants. La rhapsodomancie s’inscrit dans cette mouvance et prouve à quel point l’épopée est une source propice à l’élaboration de systèmes oraculaires, sans jamais que le contexte narratif et littéraire des vers sélectionnés n’entre en jeu.

Du terme prédicatif au cadre sémantique : méthodologie de compilation d'une ressource terminologique pour les termes arabes de l'informatique

La description des termes dans les ressources terminologiques traditionnelles se limite à certaines informations, comme le terme (principalement nominal), sa définition et son équivalent dans une langue étrangère. Cette description donne rarement d’autres informations qui peuvent être très utiles pour l’utilisateur, surtout s’il consulte les ressources dans le but d’approfondir ses connaissances dans un domaine de spécialité, maitriser la rédaction professionnelle ou trouver des contextes où le terme recherché est réalisé. Les informations pouvant être utiles dans ce sens comprennent la description de la structure actancielle des termes, des contextes provenant de sources authentiques et l’inclusion d’autres parties du discours comme les verbes. Les verbes et les noms déverbaux, ou les unités terminologiques prédicatives (UTP), souvent ignorés par la terminologie classique, revêtent une grande importance lorsqu’il s’agit d’exprimer une action, un processus ou un évènement. Or, la description de ces unités nécessite un modèle de description terminologique qui rend compte de leurs particularités. Un certain nombre de terminologues (Condamines 1993, Mathieu-Colas 2002, Gross et Mathieu-Colas 2001 et L’Homme 2012, 2015) ont d’ailleurs proposé des modèles de description basés sur différents cadres théoriques. Notre recherche consiste à proposer une méthodologie de description terminologique des UTP de la langue arabe, notamment l’arabe standard moderne (ASM), selon la théorie de la Sémantique des cadres (Frame Semantics) de Fillmore (1976, 1977, 1982, 1985) et son application, le projet FrameNet (Ruppenhofer et al. 2010). Le domaine de spécialité qui nous intéresse est l’informatique. Dans notre recherche, nous nous appuyons sur un corpus recueilli du web et nous nous inspirons d’une ressource terminologique existante, le DiCoInfo (L’Homme 2008), pour compiler notre propre ressource. Nos objectifs se résument comme suit. Premièrement, nous souhaitons jeter les premières bases d’une version en ASM de cette ressource. Cette version a ses propres particularités : 1) nous visons des unités bien spécifiques, à savoir les UTP verbales et déverbales; 2) la méthodologie développée pour la compilation du DiCoInfo original devra être adaptée pour prendre en compte une langue sémitique. Par la suite, nous souhaitons créer une version en cadres de cette ressource, où nous regroupons les UTP dans des cadres sémantiques, en nous inspirant du modèle de FrameNet. À cette ressource, nous ajoutons les UTP anglaises et françaises, puisque cette partie du travail a une portée multilingue. La méthodologie consiste à extraire automatiquement les unités terminologiques verbales et nominales (UTV et UTN), comme Ham~ala (حمل) (télécharger) et taHmiyl (تحميل) (téléchargement). Pour ce faire, nous avons adapté un extracteur automatique existant, TermoStat (Drouin 2004). Ensuite, à l’aide des critères de validation terminologique (L’Homme 2004), nous validons le statut terminologique d’une partie des candidats. Après la validation, nous procédons à la création de fiches terminologiques, à l’aide d’un éditeur XML, pour chaque UTV et UTN retenue. Ces fiches comprennent certains éléments comme la structure actancielle des UTP et jusqu’à vingt contextes annotés. La dernière étape consiste à créer des cadres sémantiques à partir des UTP de l’ASM. Nous associons également des UTP anglaises et françaises en fonction des cadres créés. Cette association a mené à la création d’une ressource terminologique appelée « DiCoInfo : A Framed Version ». Dans cette ressource, les UTP qui partagent les mêmes propriétés sémantiques et structures actancielles sont regroupées dans des cadres sémantiques. Par exemple, le cadre sémantique Product_development regroupe des UTP comme Taw~ara (طور) (développer), to develop et développer. À la suite de ces étapes, nous avons obtenu un total de 106 UTP ASM compilées dans la version en ASM du DiCoInfo et 57 cadres sémantiques associés à ces unités dans la version en cadres du DiCoInfo. Notre recherche montre que l’ASM peut être décrite avec la méthodologie que nous avons mise au point.

Modélisation d'éléments finis pour les interactions fluide-structure

Cette thèse concerne la modélisation des interactions fluide-structure et les méthodes numériques qui s’y rattachent. De ce fait, la thèse est divisée en deux parties. La première partie concerne l’étude des interactions fluide-structure par la méthode des domaines fictifs. Dans cette contribution, le fluide est incompressible et laminaire et la structure est considérée rigide, qu’elle soit immobile ou en mouvement. Les outils que nous avons développés comportent la mise en oeuvre d’un algorithme fiable de résolution qui intégrera les deux domaines (fluide et solide) dans une formulation mixte. L’algorithme est basé sur des techniques de raffinement local adaptatif des maillages utilisés permettant de mieux séparer les éléments du milieu fluide de ceux du solide que ce soit en 2D ou en 3D. La seconde partie est l’étude des interactions mécaniques entre une structure flexible et un fluide incompressible. Dans cette contribution, nous proposons et analysons des méthodes numériques partitionnées pour la simulation de phénomènes d’interaction fluide-structure (IFS). Nous avons adopté à cet effet, la méthode dite «arbitrary Lagrangian-Eulerian» (ALE). La résolution fluide est effectuée itérativement à l’aide d’un schéma de type projection et la structure est modélisée par des modèles hyper élastiques en grandes déformations. Nous avons développé de nouvelles méthodes de mouvement de maillages pour aboutir à de grandes déformations de la structure. Enfin, une stratégie de complexification du problème d’IFS a été définie. La modélisation de la turbulence et des écoulements à surfaces libres ont été introduites et couplées à la résolution des équations de Navier-Stokes. Différentes simulations numériques sont présentées pour illustrer l’efficacité et la robustesse de l’algorithme. Les résultats numériques présentés attestent de la validité et l’efficacité des méthodes numériques développées.

Diario, pour piano seul, de Heber Schuenemann - du déchiffrage de l'oeuvre à son interprétation: démarche et réflexions d'une pianiste

Cette thèse porte sur la recherche-création ayant menée à l’apprentissage et l’exécution publique de Diário, œuvre pour piano du compositeur brésilien Heber Schuenemann (né en 1971). Dans ce cycle, qui comprend 23 courtes pièces, le compositeur explore la notion de « hasard », propre à la musique aléatoire. Il utilise également des techniques de composition s’apparentant au sérialisme et au minimalisme. Après avoir présenté les principales caractéristiques des courants musicaux propres à l’œuvre, la chercheuse-pianiste procède à une analyse de l’œuvre, décrivant la structure et les techniques de composition de chaque pièce. Par la suite, elle décrit sa propre démarche d’interprète – du déchiffrage de l’œuvre à sa prestation publique et à son enregistrement en studio – et elle commente son expérience à la lumière de la littérature pertinente. Sont abordées, notamment, les difficultés inhérentes au déchiffrage d’une œuvre atonale et les diverses étapes menant à l’identification de ses éléments structuraux; les difficultés relatives à la technique pianistique; l’importance du regroupement d’unités et de l’acquisition d’automatismes corporels; la définition de l’image artistique. Des pistes pédagogiques favorisant l’enseignement et l’apprentissage de l’œuvre sont également présentées.

Stratégie d'amélioration de la résistance mécanique des zones de connecteurs

Le bois subit une demande croissante comme matériau de construction dans les bâtiments de grandes dimensions. Ses qualités de matériau renouvelable et esthétique le rendent attrayant pour les architectes. Lorsque comparé à des produits fonctionnellement équivalents, il apparait que le bois permet de réduire la consommation d’énergie non-renouvelable. Sa transformation nécessite une quantité d’énergie inférieure que l’acier et le béton. Par ailleurs, par son origine biologique, une structure en bois permet de stocker du carbone biogénique pour la durée de vie du bâtiment. Maintenant permis jusqu’à six étages de hauteur au Canada, les bâtiments de grande taille en bois relèvent des défis de conception. Lors du dimensionnement des structures, les zones des connecteurs sont souvent les points critiques. Effectivement, les contraintes y sont maximales. Les structures peuvent alors apparaitre massives et diminuer l’innovation architecturale. De nouvelles stratégies doivent donc être développées afin d’améliorer la résistance mécanique dans les zones de connecteurs. Différents travaux ont récemment porté sur la création ou l’amélioration de types d’assemblage. Dans cette étude, l’accent est mis sur le renforcement du bois utilisé dans la région de connexion. L’imprégnation a été choisie comme solution de renfort puisque la littérature démontre qu’il est possible d’augmenter la dureté du bois avec cette technique. L’utilisation de cette stratégie de renfort sur l’épinette noire (Picea Mariana (Mill.) BSP) pour une application structurale est l’élément de nouveauté dans cette recherche. À défaut d’effectuer une imprégnation jusqu’au coeur des pièces, l’essence peu perméable de bois employée favorise la création d’une mince couche en surface traitée sans avoir à utiliser une quantité importante de produits chimiques. L’agent d’imprégnation est composé de 1,6 hexanediol diacrylate, de triméthylopropane tricacrylate et d’un oligomère de polyester acrylate. Une deuxième formulation contenant des nanoparticules de SiO2 a permis de vérifier l’effet des nanoparticules sur l’augmentation de la résistance mécanique du bois. Ainsi, dans ce projet, un procédé d’imprégnation vide-pression a servi à modifier un nouveau matériau à base de bois permettant des assemblages plus résistants mécaniquement. Le test de portance locale à l’enfoncement parallèle au fil d’un connecteur de type tige a été réalisé afin de déterminer l’apport du traitement sur le bois utilisé comme élément de connexion. L’effet d’échelle a été observé par la réalisation du test avec trois diamètres de boulons différents (9,525 mm, 12,700 mm et 15,875 mm). En outre, le test a été effectué selon un chargement perpendiculaire au fil pour le boulon de moyen diamètre (12,700 mm). La corrélation d’images numériques a été utilisée comme outil d’analyse de la répartition des contraintes dans le bois. Les résultats ont démontré une portance du bois plus élevée suite au traitement. Par ailleurs, l’efficacité est croissante lorsque le diamètre du boulon diminue. C’est un produit avec une valeur caractéristique de la portance locale parallèle au fil de 79% supérieure qui a été créé dans le cas du test avec le boulon de 9,525 mm. La raideur du bois a subi une augmentation avoisinant les 30%. Suite au traitement, la présence d’une rupture par fissuration est moins fréquente. Les contraintes se distribuent plus largement autour de la région de connexion. Le traitement n’a pas produit d’effet significatif sur la résistance mécanique de l’assemblage dans le cas d’un enfoncement du boulon perpendiculairement au fil du bois. De même, l’effet des nanoparticules en solution n’est pas ressorti significatif. Malgré une pénétration très faible du liquide à l’intérieur du bois, la couche densifiée en surface créée suite au traitement est suffisante pour produire un nouveau matériau plus résistant dans les zones de connexion. Le renfort du bois dans la région des connecteurs doit influencer le dimensionnement des structures de grande taille. Avec des éléments de connexion renforcés, il sera possible d’allonger les portées des poutres, multipliant ainsi les possibilités architecturales. Le renfort pourra aussi permettre de réduire les sections des poutres et d’utiliser une quantité moindre de bois dans un bâtiment. Cela engendrera des coûts de transport et des coûts reliés au temps d’assemblage réduits. De plus, un connecteur plus résistant permettra d’être utilisé en moins grande quantité dans un assemblage. Les coûts d’approvisionnement en éléments métalliques et le temps de pose sur le site pourront être revus à la baisse. Les avantages d’un nouveau matériau à base de bois plus performant utilisé dans les connexions permettront de promouvoir le bois dans les constructions de grande taille et de réduire l’impact environnemental des bâtiments.

Towards a performance based design of shear walls based on damage criteria = Vers un dimensionnement performanciel des murs de refend basé sur des critères d'endommagement

Le dimensionnement basé sur la performance (DBP), dans une approche déterministe, caractérise les objectifs de performance par rapport aux niveaux de performance souhaités. Les objectifs de performance sont alors associés à l'état d'endommagement et au niveau de risque sismique établis. Malgré cette approche rationnelle, son application est encore difficile. De ce fait, des outils fiables pour la capture de l'évolution, de la distribution et de la quantification de l'endommagement sont nécessaires. De plus, tous les phénomènes liés à la non-linéarité (matériaux et déformations) doivent également être pris en considération. Ainsi, cette recherche montre comment la mécanique de l'endommagement pourrait contribuer à résoudre cette problématique avec une adaptation de la théorie du champ de compression modifiée et d'autres théories complémentaires. La formulation proposée adaptée pour des charges monotones, cycliques et de type pushover permet de considérer les effets non linéaires liés au cisaillement couplé avec les mécanismes de flexion et de charge axiale. Cette formulation est spécialement appliquée à l'analyse non linéaire des éléments structuraux en béton soumis aux effets de cisaillement non égligeables. Cette nouvelle approche mise en œuvre dans EfiCoS (programme d'éléments finis basé sur la mécanique de l'endommagement), y compris les critères de modélisation, sont également présentés ici. Des calibrations de cette nouvelle approche en comparant les prédictions avec des données expérimentales ont été réalisées pour les murs de refend en béton armé ainsi que pour des poutres et des piliers de pont où les effets de cisaillement doivent être pris en considération. Cette nouvelle version améliorée du logiciel EFiCoS a démontrée être capable d'évaluer avec précision les paramètres associés à la performance globale tels que les déplacements, la résistance du système, les effets liés à la réponse cyclique et la quantification, l'évolution et la distribution de l'endommagement. Des résultats remarquables ont également été obtenus en référence à la détection appropriée des états limites d'ingénierie tels que la fissuration, les déformations unitaires, l'éclatement de l'enrobage, l'écrasement du noyau, la plastification locale des barres d'armature et la dégradation du système, entre autres. Comme un outil pratique d'application du DBP, des relations entre les indices d'endommagement prédits et les niveaux de performance ont été obtenus et exprimés sous forme de graphiques et de tableaux. Ces graphiques ont été développés en fonction du déplacement relatif et de la ductilité de déplacement. Un tableau particulier a été développé pour relier les états limites d'ingénierie, l'endommagement, le déplacement relatif et les niveaux de performance traditionnels. Les résultats ont démontré une excellente correspondance avec les données expérimentales, faisant de la formulation proposée et de la nouvelle version d'EfiCoS des outils puissants pour l'application de la méthodologie du DBP, dans une approche déterministe.

Parallelisation of a 3-D electromagnetic scattering code

A high-frequency time domain finite element scattering code using a combination of edge and piecewise constant elements on unstructured tetrahedral meshes is described. A comparison of computation with theory is given for scattering from a sphere. A parallel implementation making use of the bulk synchronous parallel (BSP) programming model is described in detail; a BSP performance model of the parallelized field calculation is derived and compared to timing measurements on up to 128 processors on a Cray T3D.

Perspective d'un développement rural durable : le cas des Hmongs du Laos

Résumé : Le développement durable est un processus d'évolution dans lequel toutes les ethnies coexistent en harmonie avec un environnement sain. Depuis une quarantaine d'années, le Laos a connu de nombreux bouleversements. Des groupes minoritaires, dont les Hmongs, ont subi les contrecoups des changements socio-politiques et économiques. Les Hmongs, qui habitent les régions montagneuses et qui pratiquent l'agriculture itinérante, sont particulièrement touchés par des inégalités économiques et sociales malgré la politique d'égalité ethnique. Les transformations progressives de leur méthode d'utilisation du sol, de leur mode de production et de leur mode de vie itinérants en sédentarisation durable deviennent fondamentales et cruciales. Les Hmongs défavorisés aspirent fortement à de meilleures conditions de vie tout comme les populations qui vivent dans les plaines. En effet, les Hmongs, qui habitent dans les régions de Lakhasipsong et de Longsan, province de Vientiane, s'adaptent aux nouvelles conditions de transformation socio-économique, soient la sédentarisation du mode de production et du mode de vie. On peut affirmer que le développement rural et communautaire permet la sédentarisation des Hmongs et que ces derniers sont aptes à s'adapter à la vie moderne. La méthode d'enquête par entrevue sur la base d'un sondage employée sur le terrain nous a permis de découvrir les caractéristiques de développement durable autant socio-économique que politique dans la province de Vientiane avec application particulière aux Hmongs. Les résultats de l'enquête démontrent que les stratégies de sédentarisation sans relocalisation et avec relocalisation sur l'initiative soit personnelle soit gouvernementale ont fait leurs preuves. Des changements dans les modes de production et de vie ont non seulement permis une meilleure utilisation du sol, une augmentation de la production et une amélioration des conditions de vie mais aussi une meilleure préservation de l'écosystème.||Abstract : Sustainable development is an evolutionary process in which all ethnie groups live in harmony with a healthy environment. For approximately forty years, Laos has been subjected to many disruptions. Minority groups, like the Hmong, have felt the full impact of the numerous socio-political and economic changes that took place in the country. The Hmong, in particular, who live in mountainous regions and practice slash and burn agriculture, have suffered from economic and social inequality policies praticed by previous governments. The progressive transformation of their methods of land use, their mode of production and their migrant life style must clearly be understood before any attempt at a sedentary life style with a view to a sustainable development be undertaken. The underprivileged Hmong aspire to better living conditions comparable to those of people living in the plains. More precisely, the Hmong, who live in Lakhasipsong and Longsan in the province of Vientiane, adapt to their new conditions of social and economic transformation by fixing into place their mode of production and their lifestyle. We can state that the rural community development taking place allows an effective sédentarisation for the Hmong and, that they are able to adapt themselves to modem life. The survey method by interview and randown sampling on the ground permits us to discover elements of farming development within the socio-economic as well as political life in Vientiane province with a particular application to the Hmong. The survey results in showing that settling down strategies without relocation or with relocation on personal or governmental initiative are truly operational. Changes in the mode of production and life style have not only permitted a better land use, an increased production and a better life style but also, a better conservation of the environment.

Politisations différentielles et acculturations mutuelles en contexte autoritaire : ethnographie d'une inversion du cens électoral

Français L'observation ethnographique des politisations différentielles pendant une campagne électorale en contexte autoritaire changeant est un analyseur privilégié de plusieurs processus. Sur un plan empirique, elle donne à voir les modalités diversifiées d'appropriation du moment électoral par les acteurs, les tentatives d'ajustement d'une partie de la gauche marocaine à la perte de son électorat de granit et aux transformations du marché électoral, mais également un mouvement de fond : celui de l'inversion ponctuelle du principe censitaire, en lien avec la désertion des urnes par les plus dotés culturellement et matériellement et avec la mutation du vote urbain populaire. Sur un plan théorique, l'examen des tâtonnements en oeuvre - avant leur naturalisation - permet de poursuivre le dialogue entre les travaux sur le clientélisme politique et sur la politisation, au croisement des approches socio-historiques et de sociologie politique, en contextes autoritaires et démocratiques. Il montre l'intérêt de dépasser les oppositions entre conceptions restrictives et extensives de la politisation, pour se saisir processuellement et in situ des politisations différentielles des acteurs, des registres et des pratiques. English Differential Forms of Politicization and Mutual Acculturation in an Authoritarian ContextThe ethnographic observation of differential forms of politicization during an electoral campaign in a changing authoritarian context is an ideal means of analyzing a number of processes. Empirically, it enables us to observe the actors' diverse ways of appropriating the electoral moment, a Moroccan leftist party's attempts to adjust to the loss of its electoral base and the transformations of the electoral market. It also enables us to observe a one-time reversal of the symbolic voting restrictions, in correlation with the desertion of the polls by the those best equipped to participate, both culturally and materially, and with the transformation of the urban popular vote. In theoretical terms, examination of such ongoing processes - before their stabilization - allows us to follow the interplay between the work on political clientelism and on politicization, at the intersection of sociohistorical and political sociological approaches, in authoritarian and democratic contexts. It demonstrates the value of moving beyond the opposition between restrictive and extensive conceptions of politicization, to grasp the process in situ of differential forms of the politicization of actors, registers and practices.

Patterns of rare earth and other trace elements in Paleogene and Miocene clayey sediments from the Mondego platform (Central Portugal)

In the present study the origin of clay deposits occurring in an inland platform, in central Portugal, was investigated by their mineralogical and chemical composition. The clay deposits, exploited for ceramic industry are composed of silt-clay facies, the Monteira Member and the Arroça Member, which are assigned to the Coja Formation (Paleogene) and the Campelo Formation (Miocene), respectively. These clayey facies show almost compositional homogeneity, especially concerning texture. The mineralogical composition of the Monteira Member displays slightly higher content in smectite and interstratified clay minerals, which is supported by the chemical composition of samples analyzed. Both members present similar REE patterns, displaying an intense weathering record and little variation in the source area composition. Minor element geochemistry suggests low content in heavy minerals and transition metals. REE patterns and ratios of geochemical parameters support the dominant metasedimentary provenance, with a granite source contribution and also mature recycled sediments of continental origin. The study results’ suggest that the clays of these two members have the same source in terms of lithology and recycled sediments from the Hesperian massif. During the deposition of the Arroça Member, a major remobilization of the Monteira Member is suggested, explaining the geochemical similarity of both facies.

STRUCTURAL ANALYSIS OF RIBOSOME BINDING ELEMENTS OF THE 3´ UTR IN TWO POSITIVE-STRAND PLANT RNA VIRUSES

Turnip crinkle virus (TCV) and Pea enation mosaic virus (PEMV) are two positive (+)-strand RNA viruses that are used to investigate the regulation of translation and replication due to their small size and simple genomes. Both viruses contain cap-independent translation elements (CITEs) within their 3´ untranslated regions (UTRs) that fold into tRNA-shaped structures (TSS) according to nuclear magnetic resonance and small angle x-ray scattering analysis (TCV) and computational prediction (PEMV). Specifically, the TCV TSS can directly associate with ribosomes and participates in RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) binding. The PEMV kissing-loop TSS (kl-TSS) can simultaneously bind to ribosomes and associate with the 5´ UTR of the viral genome. Mutational analysis and chemical structure probing methods provide great insight into the function and secondary structure of the two 3´ CITEs. However, lack of 3-D structural information has limited our understanding of their functional dynamics. Here, I report the folding dynamics for the TCV TSS using optical tweezers (OT), a single molecule technique. My study of the unfolding/folding pathways for the TCV TSS has provided an unexpected unfolding pathway, confirmed the presence of Ψ3 and hairpin elements, and suggested an interconnection between the hairpins and pseudoknots. In addition, this study has demonstrated the importance of the adjacent upstream adenylate-rich sequence for the formation of H4a/Ψ3 along with the contribution of magnesium to the stability of the TCV TSS. In my second project, I report on the structural analysis of the PEMV kl-TSS using NMR and SAXS. This study has re-confirmed the base-pair pattern for the PEMV kl-TSS and the proposed interaction of the PEMV kl-TSS with its interacting partner, hairpin 5H2. The molecular envelope of the kl-TSS built from SAXS analysis suggests the kl-TSS has two functional conformations, one of which has a different shape from the previously predicted tRNA-shaped form. Along with applying biophysical methods to study the structural folding dynamics of RNAs, I have also developed a technique that improves the production of large quantities of recombinant RNAs in vivo for NMR study. In this project, I report using the wild-type and mutant E.coli strains to produce cost-effective, site-specific labeled, recombinant RNAs. This technique was validated with four representative RNAs of different sizes and complexity to produce milligram amounts of RNAs. The benefit of using site-specific labeled RNAs made from E.coli was demonstrated with several NMR techniques.