The architecture of the human Rad54–DNA complex provides evidence for protein translocation along DNA

Proper maintenance and duplication of the genome require accurate recombination between homologous DNA molecules. In eukaryotic cells, the Rad51 protein mediates pairing between homologous DNA molecules. This reaction is assisted by the Rad54 protein. To gain insight into how Rad54 functions, we studied the interaction of the human Rad54 (hRad54) protein with double-stranded DNA. We have recently shown that binding of hRad54 to DNA induces a change in DNA topology. To determine whether this change was caused by a protein-constrained change in twist, a protein-constrained change in writhe, or the introduction of unconstrained plectonemic supercoils, we investigated the hRad54–DNA complex by scanning force microscopy. The architecture of the observed complexes suggests that movement of the hRad54 protein complex along the DNA helix generates unconstrained plectonemic supercoils. We discuss how hRad54-induced superhelical stress in the target DNA may function to facilitate homologous DNA pairing by the hRad51 protein directly. In addition, the induction of supercoiling by hRad54 could stimulate recombination indirectly by displacing histones and/or other proteins packaging the DNA into chromatin. This function of DNA translocating motors might be of general importance in chromatin metabolism.

Sequence-specific recognition of cytosine C5 and adenine N6 DNA methyltransferases requires different deformations of DNA.

DNA methyltransferases modify specific cytosines and adenines within 2-6 bp recognition sequences. We used scanning force microscopy and gel shift analysis to show that M.HhaI, a cytosine C-5 DNA methyltransferase, causes only a 2 degree bend upon binding its recognition site. Our results are consistent with prior crystallographic analysis showing that the enzyme stabilizes an extrahelical base while leaving the DNA duplex otherwise unperturbed. In contrast, similar analysis of M.EcoRI, an adenine N6 DNA methyltransferase, shows an average bend angle of approximately 52 degrees. This distortion of DNA conformation by M.EcoRI is shown to be important for sequence-specific binding.

Mapping leaf surface landscapes.

Leaf surfaces provide the ecologically relevant landscapes to those organisms that encounter or colonize the leaf surface. Leaf surface topography directly affects microhabitat availability for colonizing microbes, microhabitat quality and acceptability for insects, and the efficacy of agricultural spray applications. Prior detailed mechanistic studies that examined particular fungi-plant and pollinator-plant interactions have demonstrated the importance of plant surface topography or roughness in determining the outcome of the interactions. Until now, however, it has not been possible to measure accurately the topography--i.e., the three-dimensional structure--of such leaf surfaces or to record precise changes in patterns of leaf surface elevation over time. Using contact mode atomic force microscopy, we measured three-dimensional coordinates of upper leaf surfaces of Vaccinium macrocarpon (cranberry), a perennial plant, on leaves of two age classes. We then produced topographic maps of these leaf surfaces, which revealed striking differences between age classes of leaves: old leaves have much rougher surfaces than those of young leaves. Atomic force microscope measurements were analyzed by lag (1) autocorrelation estimates of leaf surfaces by age class. We suggest that the changes in topography result from removal of epicuticular lipids and that the changes in leaf surface topography influence phylloplane ecology. Visualizing and mapping leaf surfaces permit detailed investigations into leaf surface-mediated phenomena, improving our understanding of phylloplane interactions.

DNA loops induced by cooperative binding of transcriptional activator proteins and preinitiation complexes.

DNA conformational changes are essential for the assembly of multiprotein complexes that contact several DNA sequence elements. An approach based on atomic force microscopy was chosen to visualize specific protein-DNA interactions occurring on eukaryotic class II nuclear gene promoters. Here we report that binding of the transcription regulatory protein Jun to linearized plasmid DNA containing the consensus AP-1 binding site upstream of a class II gene promoter leads to bending of the DNA template. This binding of Jun was found to be essential for the formation of preinitiation complexes (PICs). The cooperative binding of Jun and PIC led to looping of DNA at the protein binding sites. These loops were not seen in the absence of either PICs, Jun, or the AP-1 binding site, suggesting a direct interaction between DNA-bound Jun homodimers and proteins bound to the core promoter. This direct visualization of functional transcriptional complexes confirms the theoretical predictions for the mode of gene regulation by trans-activating proteins.

High-affinity binding sites for histone H1 in plasmid DNA.

The interaction of histone H1 isolated from chicken erythrocytes with restriction fragments from plasmids pBR322 and pUC19 was studied by gel electrophoresis. Certain restriction fragments exhibited unusually high affinity for the histone, forming high molecular mass complexes at protein to DNA ratios at which the other fragments did not show evidence for binding. The highly preferred fragments are intrinsically curved, as judged by their electrophoretic mobility in polyacrylamide gels, by computer modeling, and by imaging with scanning force microscopy. However, control experiments with either curved portions of the same fragments or highly curved kinetoplast DNA fragments showed that the presence of curvature alone was not sufficient for preferential binding. By using various restriction fragments centered around the highly preferred sequence, it was found that the high-affinity binding required in addition the presence of specific sequences on both sides of the region of curvature. Thus, both curvature and the presence of specific sites seem to be required to generate high affinity.

Biochemical characterization and DNA binding properties of the MocR family member GabR, a PLP-dependent transcription factor

GabR è un fattore di trascrizione chimerico appartenente alla famiglia dei MocR/GabR, costituito da un dominio N-terminale elica-giro-elica di legame al DNA e un dominio effettore e/o di oligomerizzazione al C-terminale. I due domini sono connessi da un linker flessibile di 29 aminoacidi. Il dominio C-terminale è strutturalmente omologo agli enzimi aminotransferasici fold-type I, i quali, utilizzando il piridossal-5’-fosfato (PLP) come cofattore, sono direttamente coinvolti nel metabolismo degli aminoacidi. L’interazione contemporanea di PLP e acido γ-aminobutirrico (GABA) a GabR fa sì che questa promuova la trascrizione di due geni, gabT e gabD, implicati nel metabolismo del GABA. GabR cristallizza come un omodimero con una configurazione testa-coda. Il legame con la regione promotrice gabTD avviene attraverso il riconoscimento specifico di due sequenze dirette e ripetute (ATACCA), separate da uno spacer di 34 bp. In questo studio sono state indagate le proprietà biochimiche, strutturali e di legame al DNA della proteina GabR di Bacillus subtilis. L’analisi spettroscopica dimostra che GabR interagisce con il PLP formando l’aldimina interna, mentre in presenza di GABA si ottiene l’aldimina esterna. L’interazione fra il promotore gabTD e le forme holo e apo di GabR è stata monitorata mediante Microscopia a Forza atomica (AFM). In queste due condizioni di legame è stata stimata una Kd di circa 40 ηM. La presenza di GABA invece, determinava un incremento di circa due volte della Kd, variazioni strutturali nei complessi GabR-DNA e una riduzione del compattamento del DNA alla proteina, indipendentemente dalla sequenza del promotore in esame. Al fine di valutare il ruolo delle caratteristiche topologiche del promotore, sono state inserite cinque e dieci bp all’interno della regione spacer che separa le due sequenze ripetute dirette riconosciute da GabR. I significativi cambiamenti topologici riscontrati nel frammento aggiunto di cinque bp si riflettono anche sulla forte riduzione dell’affinità di legame verso la proteina. Al contrario, l’inserzione di 10 bp provoca solamente l’allontanamento delle sequenze ripetute dirette. L’assenza quindi di cambiamenti significativi nella topologia di questo promotore fa sì che l’affinità di legame per GabR rimanga pressoché inalterata rispetto al promotore non mutato. L’analisi del potenziale elettrostatico superficiale di GabR mostra la presenza di una fascia carica positivamente che si estende lungo un’intera faccia della proteina. Per verificare l’importanza di questa caratteristica di GabR nel meccanismo di interazione al DNA, sono stati preparati ed indagati i mutanti R129Q e K362-366Q, in cui la carica positiva superficiale risultava indebolita. L’affinità di legame dei mutanti di GabR per il DNA era inferiore rispetto alla proteina non mutata, in particolar modo nel mutante K362-366Q. Le evidenze acquisite suggeriscono che la curvatura intrinseca del promotore ed il corretto orientamento delle sequenze sulla doppia elica, più della distanza che le separa, siano critici per sostenere l’interazione con GabR. Oltre a questo, la superficie positiva di GabR è richiesta per accomodare la curvatura del DNA sul corpo della proteina. Alla luce di questo, l’interazione GabR-gabTD è un esempio di come il riconoscimento specifico di sequenze, la topologia del DNA e le caratteristiche strutturali della proteina siano contemporaneamente necessarie per sostenere un’interazione proteina-DNA stabile.

Propriedades superficiais de filmes à base de gelatina

O objetivo do presente trabalho foi caracterizar as propriedades superficiais de filmes à base de gelatina. Para o qual foram elaborados filmes de: (i) Gelatina plastificado com glicerol (G) (gelatina: 5 g/100 g SFF; glicerol: 30 g/100 g de gelatina), (ii) Gelatina reforçado com montmorilhonita (G/MMT) (gelatina: 5 g/100 g SFF; glicerol: 30 g/100 g de gelatina; MMT: 5 g/100 g de gelatina) e Gelatina plastificado com citrato de acetiltributila (G/ATB) (gelatina: 5 g/100 g SFF; ATB: 50 g/100 de gelatina; lecitina de soja: 60 g/100 g de ATB; etanol: 20 g/100 g SFF). Os filmes foram produzidos mediante o uso de um aplicador automático de filmes \"Spreading\". Logo, os filmes foram submetidos a testes para determinação da espessura, umidade e propriedades óticas (brilho, cor e opacidade). Também foi caracterizada a microestrutura por microscopia eletrônica de varredura (MEV) e microscopia de força atômica (AFM); às imagens obtidas por MEV foi aplicado um analise de imagem mediante o programa Image J, para obter o valor da dimensão fractal (DF). Depois foram caracterizadas as propriedades superficiais de ângulo de contato (AC), molhabilidade ou coeficiente de espalhamento (Se), e energia livre superficial (ELS) mediante a medida do ângulo de contato pelo método da gota séssil (água: 5 µL e 1-Bromonaftaleno: 3 µL). Para o cálculo da ELS também foi aplicado o método de Owens-Wendt. Estas caracterizações foram feitas em ambos os lados do filme, lado ar e lado placa. A natureza do filme de G/ATB influenciou na umidade e as propriedades óticas, enquanto que os filmes de G e G/MMT apresentaram características similares. Em relação à microestrutura e rugosidade, o filme de G apresentou a superfície mais homogênea e lisa, contrario ao observado no filme de G/MMT, que apresentou a maior rugosidade seguida do filme de G/ATB. Foi observado que houve uma relação entre os valores de rugosidade e DF. De acordo com o valor do AC, os filmes apresentaram um caráter hidrofóbico, pois seus valores foram superiores a 65° (em ambos os lados dos filmes), na seguinte ordem: G/MMT > G > G/ATB; sendo que o Se seguiu a mesma tendência. Cabe mencionar também que não foi encontrada uma correlação significativa entre os valores de AC e rugosidade. Em função dos valores de AC, Se e ELS (especificamente a componente polar), o filme de G/ATB apresentou o menor caráter hidrofóbico, pois apresentou menores valores de AC e maiores valores de Se em comparação com os outros dois filmes. Os valores da componente polar da G/ATB foram os maiores, explicando de melhor maneira o caráter menos hidrofóbico deste filme. Pode-se concluir que os filmes à base de gelatina elaborados no presente trabalho têm propriedades hidrofóbicas (AC>65°), sendo a G/MMT o filme com melhores características hidrofóbicas.

Nanopartículas lipídicas sólidas e vesículas cataniônicas contendo ftalocianina de cloro alumínio aplicadas nos processos fotodinâmicos

O trabalho apresentado foi realizado em duas etapas independentes e baseou-se no estudo de diferentes sistemas nanométricos para viabilizar a aplicação da ftalocianina de cloro alumínio (ClAlPc) na terapia fotodinâmica (TFD) para o tratamento do câncer de pele do tipo melanoma. O fármaco fotossensibilizante (FS) utilizado apresenta propriedades físico-químicas que lhe permitem exercer sua atividade fotodinâmica com excelência, sem a interferência do cromóforo endógeno melanina existente nas células melanocíticas. Para driblar sua elevada hidrofobicidade, ClAlPc foi encapsulada em sistemas nanométricos para administração em meio fisiológico. Inicialmente nanopartículas lipídicas sólidas (NLS) foram desenvolvidas por emulsificação direta, após um estudo de elaboração do diagrama de fases. O compritol foi o lipídio sólido escolhido para compor as NLS, com diferentes concentrações de ClAlPc. Todas as formulações desenvolvidas foram devidamente caracterizadas, com tamanho médio entre 100 e 200 nm, baixa polidispersão, potencial zeta adequadamente negativo (~|30| mV), drug loading de ClAlPc entre 76-94% (com pequena redução após 24 meses) e alta eficiência de encapsulação (E.E.). A morfologia arredondada das nanopartículas foi confirmada por microscopia eletrônica de transmissão e de força atômica. A estabilidade das NLS foi de 24 meses. A avaliação da cristalinidade do lipídio revelou a integração da ClAlPc à matriz lipídica da NLS, presença de estruturas polimórficas e grau de cristalinidade adequado, sem alterações após 24 meses. Nos estudos de difusão in vitro, observou-se que ftalocianina encapsulada nas NLS acumulam-se preferencialmente na epiderme e derme do que no estrato córneo, sem traços de permeação do ativo. Foi confirmado o caráter biocompatível das NLS sobre fibroblastos NIH-3T3. A ftalocianina encapsulada nas NLS não foi tóxica na linhagem de melanoma B16-F10 na ausência de luz, porém, apresentou excelente efeito fototóxico (0,75 ?g mL-1 de ClAlPc nanoencapsulada e irradiação entre 0,5 e 2,0 J cm-2), com redução da viabilidade celular de 87%. O segundo sistema de veiculação estudado foram as vesículas cataniônicas (VesCat), que se formam espontaneamente em água com o tensoativo TriCat 12. A obtenção das vesículas contendo ClAlPc envolve uma etapa adicional, para remoção de solvente orgânico, que foi aprimorada, reduzindo o tempo de produção em 55%. As VesCat/ClAlPc obtidas mantiveram suas propriedades físico-químicas e morfologia arredondada (confirmada por microscopia eletrônica de varredura), drug loading de 47% e alta E.E. Os resultados comprovaram que a aplicação desses dois sistemas nanométricos é altamente eficiente para aplicação da TFD no tratamento do câncer de pele do tipo melanoma ou outras doenças cutâneas, apresentando características favoráveis para avanços nos estudos de fase clínica e pré-clínica.

Polímeros condutores aplicados a sistemas-modelo de liberação controlada eletroquimicamente de drogas

Este trabalho descreve a síntese, caracterização e aplicação de sistemas poliméricos baseados em polímeros condutores em sistemas de liberação controlada de drogas. Esta tese pode ser dividida em duas partes: na primeira se apresentam os resultados da aplicação de filmes de polianilina e polipirrol na liberação de drogasmodelo como a dopamina protonada e o ácido salicílico. Na liberação de salicilato utilizou-se um filme polianilina eletrosintetizado e dopado com íons cloreto. Já para a liberação de dopamina protonada (um cátion) a liberação foi conduzida a partir de um sistema bicamadas, com um filme de polianilina recoberta com uma camada de Náfion. É mostrada a liberação controlada nos dois casos, porém também se discutem limitaçãoes deste tipo de sistema que levaram ao estudo de uma forma alternativa de controle eletroquímico utilizando polímeros condutores. A segunda parte do trabalho mostra então esta nova metodologia que se baseia em compósitos de poianilina eletropolimerizada no interior de hidrogéis de poliacrilamida. É mostrado que este novo material é eletroativo e mantém as características de intumescimento dos hidrogéis, tanto necessárias ao desenvolvimento destes sistemas de liberação controlada. Mecanismos para o crescimento e distribuição da polianilina na matriz isolante e para a atuação do compósito no controle eletroquímico da liberação são propostos com base nos dados de microscopia de força atômica, Raman e eletrônica de varredura, além de testes de liberação controlada com moléculas de diferentes cargas.

Obtenção e caracterização de PLA reforçado com nanocelulose.

A celulose é o polímero natural renovável disponível em maior abundância atualmente. Por possuir estrutura semicristalina, é possível extrair seus domínios cristalinos através de procedimentos que ataquem sua fase amorfa, como a hidrólise ácida, obtendo-se assim partículas cristalinas chamadas nanopartículas de celulose (NCs). Estas nanopartículas têm atraído enorme interesse científico, uma vez que possuem propriedades mecânicas, como módulo de elasticidade e resistência à tração, semelhantes a várias cargas inorgânicas utilizadas na fabricação de compósitos. Além disso, possuem dimensões nanométricas, o que contribui para menor adição de carga à matriz polimérica, já que possuem maior área de superfície, quando comparadas às cargas micrométricas. Nanocompósitos formados pela adição destas cargas em matrizes poliméricas podem apresentar propriedades comerciais atraentes, como barreira a gases, melhores propriedades térmicas e baixa densidade, quando comparados aos compósitos tradicionais. Como se trata de uma carga com dimensões nanométricas, obtida de fontes renováveis, uma das principais áreas de interesse para aplicação deste reforço é em biopolímeros biodegradáveis. O poli(ácido lático) (PLA), é um exemplo de biopolímero com propriedades mecânicas, térmicas e de processamento superiores a de outros biopolímeros comerciais. No presente trabalho foram obtidas nanopartículas de celulose (NCs), por meio de hidrólise ácida, utilizando-se três métodos distintos, com o objetivo de estudar o método mais eficiente para a obtenção de NCs adequadas à aplicação em compósitos de PLA. Os Métodos I e II empregam extração das NCs por meio do H2SO4, diferenciando-se apenas pela neutralização, a qual envolve diálise ou neutralização com NaHCO3, respectivamente. No Método III a extração das NCs foi realizada com H3PO4. As NCs foram caracterizadas por diferentes técnicas, como difração de raios X (DRX), análise termogravimétrica (TG), espectroscopia vibracional de absorção no infravermelho (FTIR), microscopia eletrônica de transmissão (MET) e microscopia de força atômica (MFA). Os resultados de caracterização das NCs indicaram que, a partir de todos os métodos utilizados, há formação de nanocristais de celulose (NCCs), entretanto, apenas os NCCs obtidos pelos Métodos II e III apresentaram estabilidade térmica suficiente para serem empregados em compósitos preparados por adição da carga no polímero em estado fundido. A incorporação das NCs em matriz de PLA foi realizada em câmara de mistura, com posterior moldagem por prensagem a quente. Compósitos obtidos por adição de NCs obtidas pelo Método II foram caracterizados por calorimetria exploratória diferencial (DSC), análise termogravimétrica, microscopia óptica, análises reológicas e microscopia eletrônica de varredura (MEV). A adição de NCs, extraídas pelo Método II, em matriz de PLA afetou o processo de cristalização do polímero, o qual apresentou maior grau de cristalinidade. Além disso, a adição de 3% em massa de NCs no PLA foi suficiente para alterar seu comportamento reológico. Os resultados reológicos indicaram que a morfologia do compósito é, predominantemente, composta por uma dispersão homogênea e fina da carga na fase matriz. Micrografias obtidas por MEV corroboram os resultados reológicos, mostrando, predominantemente a presença de partículas de NC em escala nanométrica. Compósitos de PLA com NCs obtidas pelo Método III apresentaram aglomerados de partículas de NC em escala micro e milimétrica, ao longo da fase matriz, e não foram extensivamente caracterizados.

Disposable electrochromic polyaniline sensor based on a redox response using a conventional camera: A first approach to handheld analysis

We present a disposable optical sensor for Ascorbic Acid (AA). It uses a polyaniline based electrochromic sensing film that undergoes a color change when exposed to solutions of ascorbic acid at pH 3.0. The color is monitored by a conventional digital camera working with the hue (H) color coordinate. The electrochromic film was deposited on an Indium Tin Oxide (ITO) electrode by cyclic voltammetry and then characterized by atomic force microscopy, electrochemical and spectroscopic techniques. An estimation of the initial rate of H, as ΔH/Δt, is used as the analytical parameter and resulted in the following logarithmic relationship: ΔH/Δt = 0.029 log[AA] + 0.14, with a limit of detection of 17 μM. The relative standard deviation when using the same membrane 5 times was 7.4% for the blank, and 2.6% (for n = 3) on exposure to ascorbic acid in 160 μM concentration. The sensor is disposable and its applicability to pharmaceutical analysis was demonstrated. This configuration can be extended for future handheld configurations.

(Bio)funcionalização de superfícies nanoestruturadas para eletrocatálise e desenvolvimento de biossensores eletroquímicos e óticos

Tese de doutoramento, Química (Química Física), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2016

Controlling Long-Range Ordered Self-assembly of Solid-Binding Peptide Monolayers on Atomically Flat Layered Materials

Thesis (Master's)--University of Washington, 2016-06

Nanostructures, Semicrytalline Morphology, and Nanoscale Confinement Effect on the Crystallization Kinetics in Self-Organized Block Copolymer/Thermoset Blends

This work reports the first instance of self-organized thermoset blends containing diblock copolymers with a crystallizable thermoset-immiscible block. Nanostructured thermoset blends of bisphenol A-type epoxy resin (ER) and a low-molecular-weight (M-n = 1400) amphiphilic polyethylene-block-poly(ethylene oxide) (EEO) symmetric diblock copolymer were prepared using 4,4'-methylenedianiline (MDA) as curing agent and were characterized by transmission electron microscopy (TEM), atomic force microscopy (AFM), small-angle X-ray scattering (SAXS), and differential scanning calorimetry (DSC). All the MDA-cured ER/EEO blends do not show macroscopic phase separation but exhibit microstructures. The ER selectively mixes with the epoxy-miscible PEO block in the EEO diblock copolymer whereas the crystallizable PE blocks that are immiscible with ER form separate microdomains at nanoscales in the blends. The PE crystals with size on nanoscales are formed and restricted within the individual spherical micelles in the nanostructured ER/EEO blends with EEO content up to 30 wt %. The spherical micelles are highly aggregated in the blends containing 40 and 50 wt % EEO. The PE dentritic crystallites exist in the blend containing 50 wt % EEO whereas the blends with even higher EEO content are completely volume-filled with PE spherulites. The semicrystalline microphase-separated lamellae in the symmetric EEO diblock copolymer are swollen in the blend with decreasing EEO content, followed by a structural transition to aggregated spherical micellar phase morphology and, eventually, spherical micellar phase morphology at the lowest EEO contents. Three morphological regimes are identified, corresponding precisely to the three regimes of crystallization kinetics of the PE blocks. The nanoscale confinement effect on the crystallization kinetics in nanostructured thermoset blends is revealed for the first time. This new phenomenon is explained on the basis of homogeneous nucleation controlled crystallization within nanoscale confined environments in the block copolymer/thermoset blends.

Molecular dynamics simulation of the structural and dynamic properties of dioctadecyldimethyl ammoniums in organoclays

The structural and dynamic properties of dioctadecyldimethylammoniums (DODDMA) intercalated into 2:1 layered clays are investigated using isothermal-isobaric (NPT) molecular dynamics (MD) simulation. The simulated results are in reasonably good agreement with the available experimental measurements, such as X-ray diffraction (XRD), atom force microscopy (AFM), Fourier transform infrared (FTIR), and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopies. The nitrogen atoms are found to be located mainly within two layers close to the clay surface whereas methylene groups form a pseudoquadrilayer structure. The results of tilt angle and order parameter show that interior two-bond segments of alkyl chains prefer an arrangement parallel to the clay surface, whereas the segments toward end groups adopt a random orientation. In addition, the alkyl chains within the layer structure lie almost parallel to the clay surface whereas those out of the layer structure are essentially perpendicular to the surface. The trans conformations are predominant in all cases although extensive gauche conformations are observed, which is in agreement with previous simulations on n-butane. Moreover, an odd-even effect in conformation distributions is observed mainly along the chains close to the head and tail groups. The diffusion constants of both nitrogen atoms and methylene groups in these nanoconfined alkyl chains increase with the temperature and methelene position toward the tail groups.