IDENTIFICATION OF Leishmania infantum IN PUERTO IGUAZÚ, MISIONES, ARGENTINA

 The emergence of zoonotic visceral leishmaniasis (ZVL) in Latin America is a growing public health problem. The urbanization of ZVL has been observed in different countries around the world, and there are a growing number of reports drawing attention to the emergence of this infection in new locations, as well as its increase in previously established areas of endemicity. In the city of Posadas, Misiones province, Northeastern Argentina, the transmission of ZVL associated with canines and Lutzomyia longipalpis was first reported in 2006. In the city of Puerto Iguazú, also in Misiones province, the first human case of ZVL was reported in February 2014. From 209 surveyed dogs, 15 (7.17%) were identified as positive by serological and/or parasitological methods. Amplification was observed in 14 samples and in all cases the species implicated was Leishmania infantum. To the authors’ knowledge, this is the first molecular characterization of L. infantum from dogs in this area.

Controlo de acesso móvel

O mercado de smartphones tem vindo a crescer massivamente nos últimos anos, bem como a diversi cação das suas funcionalidades no dia-a-dia de cada pessoa. O mercado aberto de aplicações para estes equipamentos também tem sofrido uma forte evolução o que permite uma maior qualidade e competitividade pela apresentação de produtos. O conceito de casas inteligentes está cada vez mais presente e é algo que as pessoas se estão a acomodar de forma gradual. Para acompanhar tal feito, é necessário desenvolver as capacidades dos equipamentos que estas pessoas mais usam para que estes possam dar resposta a estas necessidades. Para o caso atual irão ser estudadas as fechaduras inteligentes. Os sistemas comercializados atualmente, são tipicamente sistemas proprietários e apresentam algumas limitações ou faltas (ex: ao nível da segurança, incapacidade de abranger um largo número de dispositivos móveis ou mesmo ao nível do preço). Neste contexto, e com base na caracterização das soluções de controlo de acesso atuais, foi estudada a viabilidade de, usando uma abordagem assente em tecnologias não proprietárias (i.e., abertas), desenvolver soluções de controlo de acesso com características comparáveis com os sistemas proprietários actuais e, eventualmente, ultrapassando os limites e falhas identi cados. Dadas estas premissas o sistema de controlo de acesso móvel pensado envolve um computador BeagleBone Black e a tecnologia sem os Bluetooth. Este sistema permite a fácil integração do computador com qualquer smartphone atual e é dotado de fortes características de segurança e privacidade. O sistema foi concebido inicialmente para ser implementado em fechaduras de portas mas com possibilidade de expansão para outros equipamentos. Além disso, o sistema permitirá também o acesso a terceiros após a devida autorização do dono.

Navegação web anónima e segura

A Web aproximou a humanidade dos seus pares a um nível nunca antes visto. Com esta facilidade veio também o cibercrime, o terrorismo e outros fenómenos característicos de uma sociedade tecnológica, plenamente informatizada e onde as fronteiras terrestres pouco importam na limitação dos agentes ativos, nocivos ou não, deste sistema. Recentemente descobriu-se que as grandes nações “vigiam” atentamente os seus cidadãos, desrespeitando qualquer limite moral e tecnológico, podendo escutar conversas telefónicas, monitorizar o envio e receção de e-mails, monitorizar o tráfego Web do cidadão através de poderosíssimos programas de monitorização e vigilância. Noutros cantos do globo, nações em tumulto ou envoltas num manto da censura perseguem os cidadãos negando-lhes o acesso à Web. Mais mundanamente, há pessoas que coagem e invadem a privacidade de conhecidos e familiares, vasculhando todos os cantos dos seus computadores e hábitos de navegação. Neste sentido, após o estudo das tecnologias que permitem a vigilância constante dos utilizadores da Web, foram analisadas soluções que permitem conceder algum anónimato e segurança no tráfego Web. Para suportar o presente estudo, foi efetuada uma análise das plataformas que permitem uma navegação anónima e segura e um estudo das tecnologias e programas com potencial de violação de privacidade e intrusão informática usados por nações de grande notoriedade. Este trabalho teve como objetivo principal analisar as tecnologias de monitorização e de vigilância informática identificando as tecnologias disponíveis, procurando encontrar potenciais soluções no sentido de investigar a possibilidade de desenvolver e disponibilizar uma ferramenta multimédia alicerçada em Linux e em LiveDVD (Sistema Operativo Linux que corre a partir do DVD sem necessidade de instalação). Foram integrados recursos no protótipo com o intuito de proporcionar ao utilizador uma forma ágil e leiga para navegar na Web de forma segura e anónima, a partir de um sistema operativo (SO) virtualizado e previamente ajustado para o âmbito anteriormente descrito. O protótipo foi testado e avaliado por um conjunto de cidadãos no sentido de aferir o seu potencial. Termina-se o documento com as conclusões e o trabalho a desenvolver futuramente.

Estudo de vulnerabilidades em aplicações web e o seu reflexo em domínios Portugueses

Muito se tem falado sobre revolução tecnológica e do aparecimento constante de novas aplicações Web, com novas funcionalidades que visam facilitar o trabalho dos utilizadores. Mas será que estas aplicações garantem que os dados transmitidos são tratados e enviados por canais seguros (protocolos)? Que garantias é que o utilizador tem que mesmo que a aplicação utilize um canal, que prevê a privacidade e integridade de dados, esta não apresente alguma vulnerabilidade pondo em causa a informação sensível do utilizador? Software que não foi devidamente testado, aliado à falta de sensibilização por parte dos responsáveis pelo desenvolvimento de software para questões de segurança, levam ao aumento de vulnerabilidades e assim exponenciam o número de potenciais vítimas. Isto aliado ao efeito de desinibição que o sentimento de invisibilidade pode provocar, conduz ao facilitismo e consequentemente ao aumento do número de vítimas alvos de ataques informáticos. O utilizador, por vezes, não sabe muito bem do que se deve proteger, pois a confiança que depõem no software não pressupõem que os seus dados estejam em risco. Neste contexto foram recolhidos dados históricos relativos a vulnerabilidades nos protocolos SSL/TLS, para perceber o impacto que as mesmas apresentam e avaliar o grau de risco. Para além disso, foram avaliados um número significativo de domínios portugueses para perceber se os mesmos têm uma vulnerabilidade específica do protocolo SSL/TLS.

MOLECULAR INVESTIGATION OF HEMOTROPIC MYCOPLASMAS IN HUMAN BEINGS, DOGS AND HORSES IN A RURAL SETTLEMENT IN SOUTHERN BRAZIL

SUMMARY The aims of this study were to determine the prevalence of hemoplasmas in a rural Brazilian settlement's population of human beings, their dogs and horses, highly exposed to tick bites; to identify the tick species parasitizing dogs and horses, and analyze factors associated with their infection. Blood samples from 132 dogs, 16 horses and 100 humans were screened using a pan-hemoplasma SYBR green real-time PCR assay followed by a species-specific TaqMan real-time PCR. A total of 59/132 (44.7%) dog samples were positive for hemoplasmas (21 Mycoplasma haemocanisalone, 12 ' Candidatus Mycoplasma haematoparvum' alone and 21 both). Only 1/100 (1.0%) human sample was positive by qPCR SYBR green, with no successful amplification of 16S rRNA or 23 rRNA genes despite multiple attempts. All horse samples were negative. Dogs >1 year of age were more likely to be positive for hemoplasmas ( p= 0.0014). In conclusion, although canine hemoplasma infection was highly prevalent, cross-species hemoplasma transmission was not observed, and therefore may not frequently occur despite overexposure of agents and vectors.

Expressão em Escherichia coli de antigénios do Cell fusing agent virus (Flaviviridae: Flavivirus) como proteína de fusão

RESUMO: O Cell Fusing Agent Vírus (CFAV), considerado como o primeiro “flavivírus específicos de insectos” (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, não replicando em células de vertebrados. Apesar de ter sido identificado há mais de três décadas (1975), a verdade é que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogenético com alguns outros flavivírus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes géneros colhidos em diferentes regiões do globo, este vírus poderá ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas básicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheçam uma ou mais proteínas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antigénios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimização de protocolos que permitiram a expressão e purificação parcial de quatro proteínas [duas proteínas estruturais (C e E) e duas não estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como proteínas de fusão com “caudas” (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expansão do CFAV foram utilizadas células Aedes albopictus (C6/36). Após a realização da extracção do RNA viral e a obtenção de cDNA, procedeu-se amplificação, por RT-PCR, das regiões codificantes das proteínas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers específicos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expressão pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expressão. Após da indução, expressão e purificação das proteínas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas proteínas produzidas através do método Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.

Regulation of PLK4 levels and activity to ensure centriole number control

Dissertation presented to obtain a Ph.D degree in Cellular Biology

Echinococcus granulosus sensu lato GENOTYPES IN DOMESTIC LIVESTOCK AND HUMANS IN GOLESTAN PROVINCE, IRAN

Cystic echinococcosis (CE) is a globally parasitic zoonosis caused by larval stages of Echinococcus granulosus. This study investigated E. granulosus genotypes isolated from livestock and humans in the Golestan province, northern Iran, southeast of the Caspian sea, using partial sequencing data of the cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) and NADH dehydrogenase 1 (nad1) mitochondrial genes. Seventy E. granulosus isolates were collected from animals in slaughterhouses: 18 isolates from sheep, 40 from cattle, nine from camels, two from buffaloes and one from a goat, along with four human isolates (formalin-fixed, paraffin-embedded tissues) from CE patients of provincial hospitals. All isolates were successfully analysed by PCR amplification and sequencing. The sequence analysis found four E. granulosus genotypes among the 74 CE isolates: G1 (78.3%), G2 (2.7%), G3 (15%) and G6 (4%). The G1-G3 complex genotype was found in all of the sheep, goat, cattle and buffalo isolates. Among the nine camel isolates, the frequency of G1-G3 and G6 genotypes were 66.7% and 33.3%, respectively. All four human CE isolates belonged to E. granulosus sensu stricto. This study reports the first occurrence of the G2 genotype in cattle from Iran and confirms the previously reported G3 genotype in camels in the same country.

Métodos Preditivos de Metastização Ganglionar Adicional em Cancro da Mama com Gânglio Sentinela Positivo

Objectivos As recomendações para a realização de linfadenectomia axilar nos doentes com cancro da mama em estádio precoce e sujeitas a biópsia de gânglio sentinela com presença de macrometástase foram recentemente actualizadas, baseadas nos últimos estudos publicados (Z0011 e IBCSG 23-01). Mantém-se, no entanto, alguma controvérsia na decisão de não realização de cirurgia radical axilar nos doentes com gânglio sentinela positivo. Têm sido desenvolvidos métodos preditivos de metastização ganglionar adicional. Um dos mais conhecidos, desenvolvido no Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC), recorre a variáveis do tumor e características do gânglio sentinela. Mais recentemente com a utilização de métodos moleculares (como o One Step Nucleic Acid - OSNA) para estudo do gânglio sentinela tem sido avaliada a capacidade preditiva da quantidade total de cópias mRNA da citoqueratina 19. Pretende-se estudar na nossa amostra a capacidade preditiva do nomograma do MSKCC e da carga tumoral total. Propõe-se ainda avaliar o número de macrometástases encontradas na biópsia de gânglio sentinela e sua relação na metastização ganglionar adicional. Material e métodos Avaliação retrospectiva de 819 doentes com cancro da mama (Tis – T2) submetidos a biópsia de gânglio sentinela no Centro Hospitalar de Lisboa Central durante o período de 1 de Janeiro de 2005 e 31 de Dezembro de 2013. Foram identificados 123 doentes com gânglio sentinela positivo que realizaram linfadenectomia axilar imediata. A análise do gânglio sentinela foi executada por métodos histológicos em 78 doentes e por método molecular (OSNA) em 45 doentes. Os dois grupos foram estudados separadamente, tendo sido no primeiro aplicado o nomograma do MSKCC e no segundo obtida a carga tumoral total. Utilizou-se o modelo de regressão logística para analisar o poder preditivo e discriminativo destes dois métodos. Adicionalmente, para avaliar a potencial importância do número de macrometástases na metastização ganglionar adicional, foi ajustado um novo modelo de regressão logística considerando esta variável e a carga tumoral total. Ambos os métodos foram também avaliados através da área sob a curva ROC (AUC) e do teste de Hosmer-Lemeshow, respectivamente. O nível de significância adoptado foi α = 0.05. O estudo estatístico foi realizado com recurso ao SPSS. Resultados No grupo em que foi aplicado o nomograma do MSKCC obteve-se uma AUC=0.67 (I.C. 95% = 0.55 – 0.79), e no grupo em que foi avaliada a carga tumoral total uma AUC=0.78 (I.C. 95% = 0.64 – 0.91). Os poderes preditivos de ambos foram, respectivamente, p=0.15 e p=0.46. Constatou-se que o desempenho do modelo resultante da junção da carga tumoral total com o número de macrometástases encontradas no estudo do gânglio sentinela foi bastante satisfatório (AUC=0.87, I.C 95% = 0.76 – 0.98, poder preditivo p=0.33). Conclusão Foi validado externamente o modelo do MSKCC para a amostra em estudo, apresentando uma menor acuidade discriminativa em relação ao estudo original (AUC=0.67 versus AUC=0.75). Por outro lado, após verificação da homogeneidade de ambos os grupos no que diz respeito a todas as variáveis de interesse, conclui-se que a carga tumoral total aparenta uma maior acuidade preditiva e discriminativa na metastização ganglionar adicional que o nomograma do MSKCC. Quando desenvolvido um modelo agregando a carga tumoral total avaliada por OSNA e o número de macrometástases no gânglio sentinela, obteve-se uma capacidade discriminativa ainda superior. A carga tumoral total avaliada por OSNA, ou esta incluída num modelo conjunto com o número de macrometástases obtidas no estudo do gânglio sentinela, poderão representar importantes ferramentas preditivas. Serão no entanto necessários estudos adicionais com amostras superiores para consolidar estes resultados. Bibliografia 1. Giuliano AE, McCall L, Beitsch P, Whitworth PW, Blumencranz P, Leitch AM, et al. Locoregional recurrence after sentinel lymph node dissection with or without axillary dissection in patients with sentinel lymph node metastases: the American College of Surgeons Oncology Group Z0011 randomized trial. Ann Surg. Setembro de 2010;252(3):426–32; discussion 432–3. 2. Galimberti V, Cole BF, Zurrida S, Viale G, Luini A, Veronesi P, et al. Axillary dissection versus no axillary dissection in patients with sentinel-node micrometastases (IBCSG 23-01): a phase 3 randomised controlled trial. Lancet Oncol. Abril de 2013;14(4):297–305. 3. Bevilacqua JLB, Kattan MW, Fey JV, Cody HS, Borgen PI, Van Zee KJ. Doctor, what are my chances of having a positive sentinel node? A validated nomogram for risk estimation. J Clin Oncol. 20 de Agosto de 2007;25(24):3670–9. 4. Piñero A, Canteras M, Moreno A, Vicente F, Giménez J, Tocino A, et al. Multicenter validation of two nomograms to predict non-sentinel node involvement in breast cancer. Clin Transl Oncol. Fevereiro de 2013;15(2):117–23. 5. Banerjee SM, Michalopoulos NV, Williams NR, Davidson T, El Sheikh S, McDermott N, et al. Detailed evaluation of one step nucleic acid (OSNA) molecular assay for intra-operative diagnosis of sentinel lymph node metastasis and prediction of non-sentinel nodal involvement: experience from a London teaching hospital. Breast. Agosto de 2014;23(4):378–84. 6. Peg V, Espinosa-Bravo M, Vieites B, Vilardell F, Antúnez JR, de Salas MS, et al. Intraoperative molecular analysis of total tumor load in sentinel lymph node: a new predictor of axillary status in early breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. Maio de 2013;139(1):87–93. 7. Tiernan JP, Verghese ET, Nair A, Pathak S, Kim B, White J, et al. Systematic review and meta-analysis of cytokeratin 19-based one-step nucleic acid amplification versus histopathology for sentinel lymph node assessment in breast cancer. Br J Surg. Março de 2014;101(4):298–306. 8. Heilmann T, Mathiak M, Hofmann J, Mundhenke C, van Mackelenbergh M, Alkatout I, et al. Intra-operative use of one-step nucleic acid amplification (OSNA) for detection of the tumor load of sentinel lymph nodes in breast cancer patients. J Cancer Res Clin Oncol. Outubro de 2013;139(10):1649–55. 9. Chaudhry A, Williams S, Cook J, Jenkins M, Sohail M, Calder C, et al. The real-time intra-operative evaluation of sentinel lymph nodes in breast cancer patients using One Step Nucleic Acid Amplification (OSNA) and implications for clinical decision-making. Eur J Surg Oncol. Fevereiro de 2014;40(2):150–7.

Label-free detection of biomolecules with Ta2O5-based field effect devices

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Nanotecnologias e Nanociências

Parameter estimation in the presence of auxiliary information

Dissertação para obtenção do Grau de Doutora em Estatística e Gestão de Risco, Especialidade em Estatística

Sensitivity of polymerase chain reaction for detection of known aliquots of Trypanosoma cruzi in the blood of mice: an in vitro study

To evaluate the sensitivity of polymerase chain reaction (PCR) to reveal known number of trypomastigote in the blood of mice, three separate experiments were done. First: To eight samples of 500mul of normal mice blood, one aliquot of 1, 2, 3, 4, 5, 10, and 50 trypomastigotes respectively, were added. Second and third: 10 aliquots with 1 and 10 with 2 trypomastigotes were added to samples of 500mul of normal mice blood. Positive control: 500mul of blood containing 100,000 trypomastigotes. For kDNA minicircles amplification by PCR the primers:S35 and S36 were used. PCR revealed products of 330 b.p in the positive controls. When only one sample with the aliquots of 1 or 2 trypomastigotes was examined, results were negative; results were positive with aliquots of 3 to 50 trypomastigotes. In the 2nd and 3rd experiments, 9/10 aliquots with one parasite and 9/10 with 2 trypomastigotes were positive revealing a high sensitivity of this reaction. In conclusion, the presence of one single parasite in 500mul of blood, is enough for a positive PCR. This method could be used as a complement to the various parasitological cure tests in treated mice, when low volumes of blood are individually examined.

Recommendations for the detection of Leptospira in urine by PCR

In the present study PCR was applied to detect leptospires in human urine. Several approaches for sample processing were evaluated to optimize the detection of leptospires in urine mixed with this bacterium. Furthermore, some changes in the composition of the reaction mix were studied. No amplification was observed in acidic urine, therefore neutralization of the sample immediately after collection is strongly recommended. PBS gave better results than Tris or NaOH as neutralizing reagents. Freezing and thawing of samples before processing yielded negative results. Elimination of epithelial cells, leukocytes and crystals by centrifugation at 3,000 rpm at room temperature increased sensitivity. In addition, both the washing step after collecting leptospires by centrifugation and the inclusion of 0.1% bovine serum albumin in the reaction mix minimized the interference of other inhibitory compounds. These modifications were useful to improve the detection of Leptospira in urine by PCR.

Polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism analysis of the ITS2 region for differatiation of Brazilian Biomphalaria intermediate hosts of the Schistosoma mansoni

We sequenced the internal transcribed spacer 2 of the ribosomal DNA (ITS2-DNAr) from the three Schistosoma mansoni intermediate hosts in Brazil: Biomphalaria glabrata, Biomphalaria tenagophila and Biomphalaria straminea. Analysis of a restriction map from those sequences allowed us to select putative restriction enzymes able to identify the snail species under study. Four restriction enzymes were used and HpaII provided simple species-specific profiles easily visualized in polyacrylamide gels. The use of ITS2 is advantageous as it provides a small fragment of 460 bp which may be easily amplified by PCR. In the current work, we showed that the amplification of ITS2-DNAr together with HpaII enzyme restriction is an auxiliary molecular tool for the morphological identification of such snails as well as for taxonomic and phylogenetic studies of neotropical planorbids.

Evaluation of a commercial test based on ligase chain reaction for direct detection of Mycobacterium tuberculosis in respiratory specimens

A ligase chain reaction DNA amplification method for direct detection of Mycobacterium tuberculosis (Abbott LCx MTB) in respiratory specimens was evaluated. Results from LCx MTB Assay were compared with those from acid fast bacilli smear, culture, and final clinical diagnosis for each patient. A total of 297 respiratory specimens (sputum and bronchial lavage) from 193 patients were tested. The sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of LCx vs culture were 92.7%, 93%, 67.8% and 98.7%, respectively. When compared to the clinical final diagnosis, the sensitivity, specificity, PPV and NPV for LCx were 88.9%, 96.8%, 86.5% and 97.4%, respectively. The sensitivity of LCx MTB assay was 75% for smear-negative, culture positive samples. The results indicate that LCx MTB assay is a rapid, simple and valuable technique as a complementary tool for the diagnosis of tuberculosis.