Prominent use of distal 5’ transcription start sites and discovery of a large number of additional exons in ENCODE regions

This report presents systematic empirical annotation of transcript products from 399 annotated protein-coding loci across the 1% of the human genome targeted by the Encyclopedia of DNA elements (ENCODE) pilot project using a combination of 5' rapid amplification of cDNA ends (RACE) and high-density resolution tiling arrays. We identified previously unannotated and often tissue- or cell-line-specific transcribed fragments (RACEfrags), both 5' distal to the annotated 5' terminus and internal to the annotated gene bounds for the vast majority (81.5%) of the tested genes. Half of the distal RACEfrags span large segments of genomic sequences away from the main portion of the coding transcript and often overlap with the upstream-annotated gene(s). Notably, at least 20% of the resultant novel transcripts have changes in their open reading frames (ORFs), most of them fusing ORFs of adjacent transcripts. A significant fraction of distal RACEfrags show expression levels comparable to those of known exons of the same locus, suggesting that they are not part of very minority splice forms. These results have significant implications concerning (1) our current understanding of the architecture of protein-coding genes; (2) our views on locations of regulatory regions in the genome; and (3) the interpretation of sequence polymorphisms mapping to regions hitherto considered to be "noncoding," ultimately relating to the identification of disease-related sequence alterations.

Analgesia e sedação durante a instalação do cateter central de inserção periférica em neonatos

Objetivou-se caracterizar as estratégias de analgesia e sedação em neonatos submetidos à instalação do cateter central de inserção periférica (CCIP) e relacioná-las ao número de punções venosas, duração do procedimento e posicionamento da ponta do cateter. Estudo transversal com coleta prospectiva de dados, realizado em uma unidade de cuidados intensivos neonatais de um hospital privado na cidade de São Paulo, no período de 31 de agosto de 2010 a 01 de julho de 2011, em que foram avaliadas 254 inserções do CCIP. A adoção de estratégias analgésicas ou sedativas ocorreu em 88 (34,6%) instalações do cateter e não esteve relacionada ao número de punções venosas, duração do procedimento ou posicionamento da ponta do cateter. As estratégias mais frequentes foram a administração endovenosa de midazolam em 47 (18,5%) e fentanil em 19 (7,3%) inserções do cateter. Recomenda-se maior adoção de estratégias analgésicas antes, durante e após o procedimento.

Volatile transport during the crystallization of anatectic melts: Oxygen, boron and hydrogen stable isotope study on the metamorphic complex of Naxos, Greece

Crystallization of anatectic melts in high-temperature metamorphic terrains releases volatile-rich magmas that can be transported into adjacent lithologies. This study addresses the variations in the oxygen, boron and hydrogen isotopic composition of aplite-pegmatite dikes that formed during the crystallization of anatectic melts in regional high-temperature metamorphism on the island of Naxos, Greece, and propagated upward into the overlying sequences of metamorphic schist. The transport distance of these dikes was increased through a significant horizontal component of travel that was imposed by contemporaneous low-angle extensional shearing. Laser fluorination oxygen isotope analyses of quartz, tourmaline, garnet, and biotite mineral separates from the aplite-pegmatite dikes show a progressive rise in delta(18)O values with increasing distance from the core. Oxygen isotope fractionations among quartz, tourmaline, and garnet show temperature variations from > 700degreesC down to similar to400degreesC. This range is considered to reflect isotopic fractionation beginning with crystallization at high temperatures in water-undersaturated conditions and then evolving through lower temperature crystallization and retrograde sub-solidus exchange. Two processes are examined for the cause of the progressive increase in delta(18)O values: (1) heterogeneous delta(18)O sources and (2) fluid-rock exchange between the aplite/pegmatite magmas and their host rock. Although the former process cannot be ruled out, there is as yet no evidence in the exposed sequences on Naxos for the presence of a suitable high delta(18)O magma source. In contrast, a tendency for the delta(18)O of quartz in the aplite/pegmatite dikes to approach that of the quartz in the metamorphic rock suggests that fluid-rock exchange with the host rock may potentially be an important process. Advection of fluid into the magma is examined based on Darcian fluid flow into an initially water-undersaturated buoyantly propagating aplitic dike magma. It is shown that such advective flow could only account for part of the O-18-enrichment, unless it were amplified by repeated injection of magma pulses, fluid recycling, and deformation-assisted post-crystallization exchange. The mechanism is, however, adequate to account for hydrogen isotope equilibration between dike and host rock. In contrast, variations in the delta(11)B values of tourmalines suggest that B-11/B-10 fractionation during crystallization and/or magma degassing was the major control of boron geochemistry rather than fluid-rock interaction and that the boron isotopic system was decoupled from that of oxygen. Copyright (C) 2003 Elsevier Ltd.

Caracterização dos solos da ilha de Santiago (Cabo Verde) numa perspectiva de sustentabilidade ambiental

As respostas geoquímicas do ambiente são controladas, em primeiro lugar, pelos processos naturais, geológicos, pedológicos, climáticos e biológicos. Sobrepondo-se a essa herança, a presença do homem adquire papel importante pelas possibilidades de alteração que promove no ambiente geoquímico a partir das concentrações urbanas, actividades industriais e agrícolas. Nos últimos anos a cartografia geoquímica tem assumido uma importância relevante já que tem sido largamente reconhecido que para se identificar e quantificar a poluição antropogénica é fundamental a existência de mapas que apresentem os valores de fundo geoquímico natural. O principal objectivo deste estudo é o estabelecimento de uma base de dados geoquímicos da ilha de Santiago (Cabo Verde) utilizando os solos como meio amostral. Esta base de dados geoquímicos permitiu caracterizar o estado actual dos solos da ilha de Santiago e estabelecer os valores de fundo geoquímico. A ilha de Santiago, com uma área de 991km2, é a maior ilha do arquipélago representando cerca de 25% da área total. Tem forma adelgaçada na direcção Norte-Sul, apresentando um comprimento máximo de 54,9km entre a ponta Moreia, a Norte, e a ponta Mulher Branca, a Sul, e uma largura máxima de 29km entre a ponta Janela, a Oeste, e a ponta Praia Baixo, a Leste. Apresenta uma altitude máxima de 1392m. No presente trabalho foram seguidas as recomendações do projecto “IGCP 259 – International Geochemical Mapping” no que se refere aos procedimentos de amostragem, preparação física das amostras, análise química e controlo de qualidade dos resultados. Na ilha de Santiago foram colhidas 278 amostras de solos correspondendo a uma densidade de amostragem de 0.28 amostras por km2. As amostras foram decompostas com uma solução modoficada de áqua régia e analisadas para 37 elementos (Ag, Al, As, Au, B, Ba, Bi, Ca, Cd, Co, Cr, Cu,Fe, Hg, K, La, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, P, Pb, S, Sb, Sc, Se, Sr, Te, Th, Ti, Tl, U, V, W and Zn) por ICP-ES. Foram ainda determinados 5 parâmetros característicos do solo (pH, condutividade, matéria orgânica, cor e textura). Os padrões geoquímicos obtidos através dos mapas de distribuição espacial foram correlacionados com vários factores designadamente a natureza da rocha mãe, o tipo de solo e ainda com algumas fontes de contaminação. A utilização da Análise em Componentes Principais permitiu distinguir diferentes tipos de associações de variáveis realçando a importância das associações do tipo geogénico relativamente às associações to tipo antropogénico. A associação Na-CE assinala as áreas onde o impacto das actividades humanas influência os valores de fundo geoquímico

Estudo taxonômico de Leschenaultia Robineau-Desvoidy (Diptera, Tachinidae)

Taxonomic study of Leschenaultia Robineau-Desvoidy (Diptera, Tachinidae). The genus Leschenaultia Robineau-Desvoidy, 1830 is redescribed. Two genera are considered as its junior synonyms: Echinomasicera Townsend, 1915 syn. nov. and Parachaetopsis Blanchard, 1959 syn. nov. Thirty two especies are treated, as follows: 18 described as new, Leschenaultia aldrichi, sp. nov. (Brazil, Santa Catarina), L. arnaudi sp. nov. (Haiti, La Salle), L. bergenstammi sp. nov. (Peru, San Martin), L. bessi sp. nov. (Brazil, Santa Catarina), L. bigoti sp. nov. (Peru, Huanuco), L. blanchardi sp. nov. (Equador, Cuenca), L. braueri sp. nov. (Brazil, Mato Grosso), L. brooksi sp. nov. (Brazil, Rio de Janeiro), L. coquilletti sp. nov. (Brazil, Santa Catarina); L. cortesi sp. nov. (Venezuela, Maracay), L. currani sp. nov. (Brazil, São Paulo), L. loewi sp. nov. (Mexico, Vera Cruz), L. macquarti sp. nov. (U. S. A., Arizona), L. reinhardi sp. nov. (Canada, Quebec), L. sabroskyi sp. nov. from (U. S. A., California), L. schineri sp. nov. (U. S. A., California), L. thompsoni sp. nov. (Mexico, Mexico City), L. townsendi sp. nov. (Mexico, Puebla), and 14 known species, for these, diagnoses are given: L. adusta (Loew, 1872); L. americana (Brauer & Bergenstamm, 1893); L. bicolor (Macquart, 1846) = L. fusca (Townsend, 1916) syn. nov.; = Parachaetopsis proseni Blanchard, 1959 syn. nov.; L. ciliata (Macquart, 1848); L. exul (Townsend, 1892); L. fulvipes (Bigot, 1887); L. grossa Brooks, 1947; L. halisidotae Brooks, 1947; L. hospita Reinhard, 1952; L. hystrix (Townsend, 1915) comb. nov., L. jurinioides (Townsend, 1895); L. leucophrys (Wiedemann, 1830) = Leschenaultia latifrons (Walker, 1852) syn. nov. = Parachaeta nigricalyptrata (Macquart, 1855) syn. nov.; L. montagna (Townsend, 1912); L. nuda Thompson, 1963. One species was not examined, Leschenaultia nigrisquamis (Townsend, 1892), and two were not recognized, L. trichopsis (Bigot, 1887) and L. hirta Robineau-Desvoidy, 1830. Keys for Nearctic and Neotropical species (only for males) are provided, as well as geographical distribution and illustrations for each species.

Consultoria em Gestão de Recursos Naturais – Áreas Protegidas São Nicolau

São Nicolau apresenta uma configuração da qual ressaltam duas situações distintas: - um corpo principal, cujo contorno se assemelha ao do continente africano e um prolongamento oriental de 22.5 km, localmente designado por Ponta Norte. O corpo principal estende-se no sentido N-S e em 22.5 km, desde a Ponta Espechim à Ponta da Vermelharia e no sentido W-E desde a Ponta Bronco até à base N (alt. 138 m) no Campo da Preguiça, ao longo de 15.3 km. A extensão oriental vai desde o Campo da Preguiça até à Ponta à Ponta Pélam, no extremo leste. Na morfologia geral de S. Nicolau, com realce para as formações salientes de relevo, destacam-se: as plataformas costeiras de cotas baixas que contornam quase toda a ilha e que se relacionam com os derrames basálticos da última fase lávica, em parte recobertos por materiais piroclásticos ou depósitos de materiais de escorrimento; as formas de relevo acidentado que se erguem continuamente da superfície costeira e a crista montanhosa central, de relevos majestosos e miudamente talhados pela erosão e que são mais influenciados pelos ventos húmidos que sopram de Nordeste. O clima da ilha tem, em grande parte, características de extrema aridez, aridez acentuada e semi-aridez. Toda plataforma circundante, de baixo relevo, exceptuando a correspondente à fachada exposta a nordeste, apresenta características de extrema aridez. As faces viradas a E, S e W, plataformas de colinas salientes, formas residuais de relevo e vertentes escarpadas, demarcam-se pela sua acentuada aridez, enquanto que a fachada montanhosa exposta a NE apresenta características de região semi-árida. A fachada montanhosa exposta a NE, apresenta, características, de zonas sub-húmidas, a partir de 200/300 m até 600/700 m e de zonas húmidas, nas zonas do ponto culminante da ilha ou seja, Monte Gordo. Monte Gordo, Monte do Alto das Cabaças, considerados os centros de maior concentração de espécies da flora autóctone e da vegetação natural da ilha, e Fajã de Cima e Lombo Pelado, zonas de maior concentração do dragoeiro (Dracaena draco), são as áreas propostas para protecção.

Consultoria em Gestão de Recursos Naturais – Áreas Protegidas S. Vicente

A ilha de S. Vicente faz parte do grupo de barlavento do arquipélago de Cabo Verde. Apresenta uma configuração um pouco alongada no sentido W-E e dimensões máximas de 29.5 km desde a Ponta Machado à Ponta Calhau e de 16.5 no sentido N-S, desde a Ponta João Évora até à Ponta da Calheta Grande, no extremo meridional. A morfologia geral da ilha caracteriza-se pela existência de superfícies de aplanação, relevos intermédios e cercadura montanhosa onde se insere Monte Verde, zona mais beneficiada pela humidade transportada pelos ventos húmidos e queda de chuvas, sendo por isso o espaço onde se concentra a maior parte da vegetação natural da ilha. Atendendo a critérios como qualidade e quantidade da sua vegetação, foram seleccionadas as áreas de Monte Verde (devido à sua diversidade florística) e Ribeira de Vinha, devido à sua vegetação natural específica, como espaços naturais a serem protegidos.

Contrasting magma types and timing of intrusion in the Permian layered mafic complex of Mont Collon (Western Alps, Valais, Switzerland): evidence from U/Pb zircon and 40Ar/39Ar amphibole dating

We have selected and dated three contrasting rock-types representative of the magmatic activity within the Permian layered mafic complex of Mont Collon, Austroalpine Dent Blanche nappe, Western Alps. A pegmatitic gabbro associated to the main cumulus sequence yields a concordant U/Pb zircon age of 284.2 +/- 0.6 Ma, whereas a pegmatitic granite dike crosscutting the latter yields a concordant age of 282.9 +/- 0.6 Ma. A Fe-Ti-rich ultrabasic lamprophyre, crosscutting all other lithologies of the complex, yields an 40Ar/39Ar plateau age of 260.2 +/- 0.7 Ma on a kaersutite concentrate. All ages are interpreted as magmatic. Sub-contemporaneous felsic dikes within the Mont Collon complex are ascribed to anatectic back-veining from the country-rock, related to the emplacement of the main gabbroic body in the continental crust, which is in accordance with new isotopic data. The lamprophyres have isotopic compositions typical of a depleted mantle, in contrast to those of the cumulate gabbros, close to values of the Bulk Silicate Earth. This indicates either contrasting sources for the two magma pulses - the subcontinental lithospheric mantle for the gabbros and the underlying asthenosphere for the lamprophyres - or a single depleted lithospheric source with variable degrees of crustal contamination of the gabbroic melts during their emplacement in the continental crust. The Mont Collon complex belongs to a series of Early Permian mafic massifs, which emplaced in a short time span about 285-280 Ma ago, in a limited sector of the post-Variscan continental crust now corresponding to the Austroalpine/ Southern Alpine domains and Corsica. This magmatic activity was controlled in space and time by crustal-scale transtensional shear zones.

Responsabilidade do armador por abalroação

Esta dissertação tem por objectivo delimitar os rasgos que configuram a responsabilidade do armador pelos danos derivados da abalroação marítima. Neste trabalho centraremos a atenção no regime previsto no Código Marítimo de Cabo Verde, mas também atenderemos a Convenção de Bruxelas de 1910 sobre abalroação, a normativa estrangeira inspirada nela, entre os quais particularmente a da Espanha e a do Direito comparado. Qualquer expedição marítima está sujeita a certos perigos donde pode resultar perdas, danos e despesas para o navio, carga e pessoas. Com efeito o facto destes danos ou gastos terem um carácter extraordinário, não se lhes atribui nenhuma característica comum que permita unificá-los juridicamente. Em alguns casos, os danos ou gastos interessam somente as partes comprometidas contratualmente no transporte de pessoas ou coisas, e coloca-se simplesmente um problema de assumir os riscos no âmbito destes contratos. Em outros casos, tratase de eventos que geram uma responsabilidade civil extracontratual frente a terceiros alheios a viagem. Nos textos legais mais modernos (el Codice della Navigacione italiano de 1942, la Ley de Navegación argentina de 1973, la Ley de Navegación mexicana de 1994) aparece a expressão “acidentes de navegação” de conteúdo material mais abrangente do que a prévia “avarias”, mas com uma força unificadora bem marcante. Resulta então que é a especialidade derivada do dado técnico (a navegação marítima) o que justifica que certos acidentes marítimos mereçam um tratamento jurídico particularizado em relação aos danos extracontratuais contidos no Código civil. E esta especialidade é a que apresentam a abalroação, a avaria grossa, a assistência marítima, os bens resultantes de um naufrágio e certa classe de danos causados a terceiros por contaminação por hidrocarbonetos ou por outras substâncias nocivas ou perigosas transportadas, ou mesmo pelo combustível do navio. A abalroação é, sem dúvida, o risco mais grave que corre uma expedição marítima, sobretudo se tivermos em conta a importância das avarias que dela A responsabilidade do armador por abalroação resultam. A produção de uma abalroação ou de qualquer outro acidente coloca diversas questões, como por exemplo, a determinação dos supostos concretos em que devem ser indemnizados os danos causados, as pessoas obrigadas a indemnizá-los, a quantia da reparação, etc.; em definitiva, coloca-se a necessidade de se precisar do regime jurídico aplicável a abalroação. As disposições relativamente a abalroação contidas no Código Marítimo de Cabo Verde, na Convenção de 1910 e na normativa estrangeira, configuram um regime de responsabilidade civil extracontratual que constitui uma aplicação concreta dos princípios comuns da responsabilidade aquiliana. O Código civil traça as linhas básicas do regime de responsabilidade civil, a que será necessário recorrer, quando a normativa marítima não apresenta soluções para as questões resultantes do regime de responsabilidade civil por abalroação. A metodologia utilizada nesta dissertação, tem por base a pesquisa, entrevista e investigação científica quer no Direito Comparado com recurso a outros ordenamentos jurídicos, como no Direito Positivo com recurso aos instrumentos legais e convencionais. O plano de exposição deste trabalho divide-se em quatro Capítulos. O primeiro Capítulo centraliza-se na normativa reguladora da abalroação que deve delimitar-se, por princípio, das restantes normativas devido a introdução do termo técnico “acidente de navegação”. O segundo Capítulo foca-se no estudo do conceito de abalroação marítima e determinação das suas diversas modalidades em matéria de abalroação, tanto por culpa unilateral como por culpa comum. No terceiro Capítulo analisam-se os elementos que delimitam a responsabilidade extracontratual do armador pelos danos derivados da abalroação marítima. Desta maneira é possível, por uma parte, identificar os sujeitos que devem responder pelos danos referidos e, por outra, diferenciar este tipo da responsabilidade contratual, concretizando a normativa aplicável às abalroações constitutivos de ilícito penal. Capítulo quarto contempla por um lado, o Direito consagrado, em qualquer ordenamento jurídico, que é o de compensar ao prejudicado por qualquer dano causado, por outro lado identificar os sujeitos que devem indemnizar ou solicitar indemnização. Por último, as conclusões, permitem fazer uma resenha geral de todo o trabalho.

Problémas de Recursos Hídricos em Ilhas - Exemplo da Ilha de Santiago - Caso da Bacia Hidrográfica da Ribeira Grande da Cidade Velha e Bacia Hidrográfica da Ribeira Seca

As ilhas de Cabo Verde elevam-se de um soco submarino, em forma de ferradura, situado a uma profundidade da ordem de 3.000 metros. Deste soco emergem três pedestais bem distintos1. A Norte, compreendendo as ilhas de St° Antão, S. Vicente, St.ª Luzia e S. Nicolau e os ilhéus Boi, Pássaros, Branco e Raso. A Leste e a Sul, com as ilhas do Sal, Boa Vista, Maio e Santiago e os ilhéus Rabo de Junco, Curral de Dadó, Fragata, Chano, Baluarte e de Santa Maria. A Oeste, compreendendo as ilhas do Fogo e da Brava e os ilhéus Grande, Luís Carneiro e de Cima (Fig. 1 - Mapa de Cabo Verde e distribuição das ilhas nos três pedestais). A formação das ilhas teria sido iniciada por uma actividade vulcânica submarina central, mais tarde completada por uma rede físsural manifestada nos afloramentos. A maior parte das ilhas é dominada por emissões de escoadas lávicas e de materiais piroclásticos (escórias, bagacinas ou "lapilli" e cinzas) subaéreos, predominantemente basálticas. O Arquipélago de Cabo Verde fica localizado na margem Oriental do Atlântico Norte, a cerca de 450 Km da Costa Ocidental da África e a cerca de 1.400 Km a SSW das Canárias, limitado pelos paralelos 17° 13' (Ponta Cais dos Fortes, Ilha de St° Antão) e 14º 48' (Ponta de Nho Martinho, Ilha Brava), de latitude Norte e pelos meridianos de 22° 42' (ilhéu Baluarte, Ilha da Boa Vista) e 25° 22' (Ponta Chã de Mangrado, Ilha de St° Antão) de longitude Oeste de Greenwich. O Arquipélago de Cabo Verde fica situado a cerca de 2.000 Km a Leste do actual "rift" da "Crista Média Atlântica" e a Oeste da zona de quietude magnética ("quite zone"), entre as isócronas dos 120 e 140 M.A., segundo Vacquier (1972), e a dos 107 e 153 M.A., segundo Haynes & Rabinowitz (1975), argumentos invocados para se considerar que as ilhas teriam sido geradas em ambiente oceânico. O Arquipélago de Cabo Verde fica situado numa região elevada do actual fundo oceânico, que faz parte da "Crista de Cabo Verde" (" Cape Verde Rise"), e que na vizinhança das ilhas corresponde a um domo com cerca de 400 Km de largura (Lancelot et al., 1977). Presume-se que um domo daquelas dimensões representa um fenómeno importante, possivelmente relacionado com descompressão e fusão parcial (Le Bas, 1980) que forneceria a fonte dos magmas que originaram as ilhas (Stillman et al., 1982). As ilhas se teriam implantado por um mecanismo do tipo "hot-spot", de acordo com alguns autores.

Relatório Preliminar sobre a Biodiversidade - Complexo de Árias protegidas do Leste da Ilha da Boa Vista

O Complexo de Áreas Protegidas do Leste da Ilha da Boa Vista (CAPLBV) inclui áreas terrestres, costeiras e marinhas bem como algumas colinas de baixa altitude em suas zonas terrestres (como a Ponta de Chã de Tarafe e o Monumento Natural de Monte Estância) na parte oriental da ilha da Boa Vista e estende-se por uma vasta área desde a Ponta de Ajudante a sul até a Ponta de Chã de Tarafe a norte. A biodiversidade da ilha da Boa Vista é caracterizada pela existência de várias comunidades de fauna e flora representativas dos ecossistemas costeiros e marinhos de Cabo Verde, da qual se destaca a tartaruga marinha Caretta caretta que aqui tem a sua principal área de desova em Cabo Verde. A vegetação costeira inclui Sporobolus spicatus, Cakile maritima, Sesuvium sesuvioides, Zygophylum fontanesii e Zygophylum simplex, sendo que as espécies mais representativas nas áreas lagunares são Arthrocnemum glaucum, Zygophylum waterlotii, Zygophylum fontanesii, Sporobolus minutus, Sporobolus spicatus e Cyperus bulbosus. A avifauna associada inclui Charadrius alexandrinus, Himantopus himantopus, Arenaria interpres, Pluvialis squatarola, Tringa nebularia, Ardea cinerea, Egretta garcetta, Ibis bulbucus, Platalea leucorodia, Pandion haliaetus, Fregata magnificens, Calonectris edwardsii, Sula leucogaster, Phaethon aethereus, Pelagodroma marina e Oceanodroma castro. As comunidades de corais ao longo da costa da ilha da Boa Vista, nomeadamente no ilhéu de Sal Rei e na baía das Gatas são das mais diversificadas e abundantes de todo o território de Cabo Verde (Cabo Verde 2000, 2001). As espécies do género Conus apresentam uma elevada diversidade e um elevado grau de endemismo. Várias espécies de tubarões e peixes pelágicos bem como mamíferos marinhos se reproduzem nas águas costeiras da Boa Vista. O presente relatório tem como objectivo caracterizar o ambiente terrestre, costeiro e marinho em geral, identificar e avaliar a situação da biodiversidade na área proposta para fazer parte do CAPLBV e nas áreas circundantes, através do levantamento, com recurso à pesquisa bibliográfica e saídas de campo, da diversidade e abundância da flora e fauna, em especial das espécies em vias de extinção e as endémicas, das espécies com importância ecológica no contexto internacional decorrente da posição biogeográfica do arquipélago e das espécies com importância ecológica e económica para a ilha da Boa Vista bem como para o arquipélago de Cabo Verde.