O alisamento dos resultados numa empresa: o caso do Grupo SONANGOL

Dissertação de Mestrado apresentada ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Contabilidade e Finanças sob orientação de Professor Doutor Adalmiro Alvaro Malheiro de Castro Andrade Pereira

CLOCK-controlled polyphonic regulation of circadian rhythms through canonical and noncanonical E-boxes.

In mammalian circadian clockwork, the CLOCK-BMAL1 complex binds to DNA enhancers of target genes and drives circadian oscillation of transcription. Here we identified 7,978 CLOCK-binding sites in mouse liver by chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-Seq), and a newly developed bioinformatics method, motif centrality analysis of ChIP-Seq (MOCCS), revealed a genome-wide distribution of previously unappreciated noncanonical E-boxes targeted by CLOCK. In vitro promoter assays showed that CACGNG, CACGTT, and CATG(T/C)G are functional CLOCK-binding motifs. Furthermore, we extensively revealed rhythmically expressed genes by poly(A)-tailed RNA-Seq and identified 1,629 CLOCK target genes within 11,926 genes expressed in the liver. Our analysis also revealed rhythmically expressed genes that have no apparent CLOCK-binding site, indicating the importance of indirect transcriptional and posttranscriptional regulations. Indirect transcriptional regulation is represented by rhythmic expression of CLOCK-regulated transcription factors, such as Krüppel-like factors (KLFs). Indirect posttranscriptional regulation involves rhythmic microRNAs that were identified by small-RNA-Seq. Collectively, CLOCK-dependent direct transactivation through multiple E-boxes and indirect regulations polyphonically orchestrate dynamic circadian outputs.

Relación entre anchoveta y otros componentes del ecosistema

Se hipotetiza que la mortalidad por pesca ocasiona efectos ecosistémicos, no sólo sobre la anchoveta, sino también sobre otros componentes del ecosistema, tales como los depredadores tope. El objetivo es realizar simulaciones con un modelo ecotrófico multiespecífico cubriendo el decenio de los años 2000, cambiando la mortalidad por pesca y analizando las variaciones en la biomasa de anchoveta, aves guaneras y lobos marinos. Se usó el Índice de Oscilación Peruano (IOP) para incluir una mediación que afecte la vulnerabilidad de las presas de la anchoveta. Se comparó el ajuste de los datos observados, usando dos tipos de dieta para anchoveta (fitoplanctófaga y zooplanctófaga). Se realizaron proyecciones de la biomasa, cambiando la mortalidad por pesca de 0,0 a 1,4 año-1. Las simulaciones con la dieta zooplanctófaga, que eleva el nivel trófico de la anchoveta de 2,35 a 3,36, produjo un menor ajuste entre los datos observados y simulados. La relación inversa entre la mortalidad por pesca y la biomasa desovante de la anchoveta, mostró que mortalidades por pesca entre 0,8 y 1,4 año-1 estarían asociadas a una biomasa desovante mínima de anchoveta, tomando en consideración sus relaciones multiespecíficas. También se encontró una relación inversa entre la mortalidad por pesca y las poblaciones de aves guaneras y lobos marinos.

Charting developmental EEG gamma changes in the auditory modality /

The oscillation of neuronal circuits reflected in the EEG gamma frequency may be fundamental to the perceptual process referred to as binding (the integration of various thoughts and perceptions into a coherent picture). The aim of our study was to expand our knowledge of the developmental course ofEEG gamma in the auditory modality. 2 We investigated EEG 40 Hz gamma band responses (35.2 to 43.0 Hz) using an auditory novelty oddball paradigm alone and with a visual-number-series distracter task in 208 participants as a function of age (7 years to adult) at 9 sites across the sagital and lateral axes (F3, Fz, F4, C3, Cz, C4, P3, Pz, P4). Gamma responses were operationally defined as change in power or a change in phase synchrony level from baseline within two time windows. The evoked gamma response was defined as a significant change from baseline occurring between 0 to 150 ms after stimulus onset; the induced gamma response was measured from 250 to 750 ms after stimulus onset. A significant evoked gamma band response was found when measuring changes in both power and phase synchrony. The increase in both measures was maximal at frontal regions. Decreases in both measures were found when participants were distracted by a secondary task. For neither measure were developmental effects noted. However, evoked gamma power was significantly enhanced with the presentation of a novel stimulus, especially at the right frontal site (F4); frontal evoked gamma phase synchrony also showed enhancement for novel stimuli but only for our two oldest age groups (16-18 year olds and adults). Induced gamma band responses also varied with task-dependent cognitive stimulus properties. In the induced gamma power response in all age groups, target stimuli generated the highest power values at the parietal region, while the novel stimuli were always below baseline. Target stimuli increased induced synchrony in all regions for all participants, but the novel stimulus selectively affected participants dependent on their age and gender. Adult participants, for example, exhibited a reduction in gamma power, but an increase in synchrony to the novel stimulus within the same region. Induced gamma synchrony was more sensitive to the gender of the participant than was induced gamma power. While induced gamma power produced little effects of age, gamma synchrony did have age effects. These results confirm that the perceptual process which regulates gamma power is distinct from that which governs the synchronization for neuronal firing, and both gamma power and synchrony are important factors to be considered for the "binding" hypothesis. However, there is surprisingly little effect of age on the absolute levels of or distribution of EEG gamma in the age range investigated.

Étude multicentrique sur les stratégies de ventilation mécanique employées chez les enfants avec un œdème pulmonaire lésionnel

Des études adultes sur l’œdème pulmonaire lésionnel et le Syndrome de Détresse Respiratoire Aiguë ont mené à l’établissement de recommandations sur les stratégies de ventilation mécanique à employer chez ces patients. Cependant, il n’est pas clair si les recommandations adultes sont également bénéfiques pour l’enfant. Objectif Décrire les stratégies de ventilation mécanique employées chez les enfants atteints d’un œdème pulmonaire lésionnel. Méthodes Étude épidémiologique transversale tenue dans 59 unités de Soins Intensifs Pédiatriques de 12 pays en Amérique du Nord et en Europe. Six jours d’étude ont eu lieu entre juin et novembre 2007. Les enfants atteints d’un œdème pulmonaire lésionnel étaient inclus et des données sur la sévérité de leur maladie, les paramètres de ventilation mécanique et les thérapies adjuvantes employées ont été recueillies. Résultats Des 3823 enfants dépistés, 414 (10.8%) avaient un œdème pulmonaire lésionnel et 165 (40%) ont été inclus dans l’étude (124 étaient sous ventilation mécanique conventionnelle, 27 sous ventilation à haute fréquence par oscillation et 14 sous ventilation non invasive). Dans le groupe sous ventilation conventionnelle, 43.5% étaient ventilés avec un mode contrôlé à pression, le volume courant moyen était de 8.3±3.3 ml/kg et l’utilisation de la PEP et FiO2 était hétérogène. Conclusions Cette étude démontre une hétérogénéité dans les stratégies de ventilation mécanique employées chez les enfants souffrant d’un œdème pulmonaire lésionnel. Celle-ci pourrait être en partie reliée à la robustesse des critères diagnostiques actuellement utilisés pour définir l’ALI/SDRA. Une évaluation rigoureuse de ces stratégies est nécessaire pour guider la standardisation des soins et optimiser l’issue de ces patients.

Une littérature sous tension : poétique du fragmentaire dans l'oeuvre de Pierre Michon

Ce mémoire porte sur la poétique du fragmentaire dans trois ouvrages de Pierre Michon, soit "Trois auteurs", "Maîtres et serviteurs" et "Corps du roi". Plus qu’une préoccupation d’ordre formel, le fragmentaire y apparaît avant tout comme un champ de tensions, qui se manifeste à la fois sur le plan narratif, discursif et énonciatif. Une approche essentiellement poétique, à la jonction de la linguistique, de la rhétorique et de la narratologie, permet de réfléchir au fragmentaire dans ses effets, mais aussi dans ses affects. La recherche s’articule autour de trois grands axes : la généricité, la discontinuité et la représentation. Dans un premier temps, le fragmentaire est abordé par le prisme de la généricité, qui se traduit, dans l’œuvre de Michon, par une oscillation constante entre le biographique et le romanesque. La tension entre continuité et discontinuité est ensuite étudiée : marquée par les répétitions et variations, elle se manifeste à la fois sur le plan formel (le recueil) et stylistique (la syntaxe, les figures de style). Cette tension est également à comprendre sur le plan temporel, par une prédilection pour l’instant plutôt que pour la durée. Finalement, ce mémoire interroge la répercussion du fragmentaire sur la notion de représentation, qui subit alors un infléchissement : le récit n’est plus envisagé comme représentation, mais comme figuration, cette notion étant à comprendre à la fois comme posture énonciative et dans son rapport à l’image. La figuration est étudiée à partir des scènes romanesques essaimées dans les récits du corpus.

De la télé-oralité à la télé-visualité : évolution de la fiction télévisuelle québécoise du téléroman à la sérietélé (1953-2012)

La thèse comporte deux parties. Dans la première, constatant, d’une part, que les publications de référence à l’égard de la fiction télévisuelle québécoise sont rares, et que, d’autre part, les études télévisuelles souffrent d’un manque à penser l’esthétique de la fiction, elle avance une approche nouvelle. La fiction télévisuelle est l’objet d’une évolution esthétique portée par ses deux dispositifs et scandée en trois degrés d’expression. Elle évolue d’un dispositif où le son prévaut dans le cadre de la télé-audition à un autre dispositif où l’image prédomine au sein de la télé-vision. La fiction télévisuelle réalise ce parcours en trois degrés d’expression: du degré zéro, la monstration de la parole, nommé la télé-oralité, au second degré, l’image énonciative, nommé la télé-visualité, en passant par le premier degré, une oscillation transitoire, nommé la télé-dualité. Elle remédiatise le trajet du cinéma de fiction des premiers temps à l’auteurielité, un demi-siècle plus tard. Dans la seconde partie, la thèse applique le modèle théorique au corpus téléromanesque. Elle démontre que la fiction télévisuelle québécoise connait une évolution du téléroman à la sérietélé, en passant par la télésérie et par une trilogie épistémique. Au terme du parcours réflexif, une conclusion s’impose: le téléromanesque actuel participe de plain-pied à ce qui semble être, depuis le nouveau millénaire, l’Age d’art de la fiction télévisuelle.

Analyse des propriétés électroniques de supraconducteurs à l’aide de la théorie de la fonctionnelle de la densité

Cette thèse traite de la structure électronique de supraconducteurs telle que déterminée par la théorie de la fonctionnelle de la densité. Une brève explication de cette théorie est faite dans l’introduction. Le modèle de Hubbard est présenté pour pallier à des problèmes de cette théorie face à certains matériaux, dont les cuprates. L’union de deux théories donne la DFT+U, une méthode permettant de bien représenter certains systèmes ayant des électrons fortement corrélés. Par la suite, un article traitant du couplage électron- phonon dans le supraconducteur NbC1−xNx est présenté. Les résultats illustrent bien le rôle de la surface de Fermi dans le mécanisme d’appariement électronique menant à la supraconductivité. Grâce à ces résultats, un modèle est développé qui permet d’expliquer comment la température de transition critique est influencée par le changement des fré- quences de vibration du cristal. Ensuite, des résultats de calcul d’oscillations quantiques obtenus par une analyse approfondie de surfaces de Fermi, permettant une comparaison directe avec des données expérimentales, sont présentés dans deux articles. Le premier traite d’un matériau dans la famille des pnictures de fer, le LaFe2P2. L’absence de su- praconductivité dans ce matériau s’explique par la différence entre sa surface de Fermi obtenue et celle du supraconducteur BaFe2As2. Le second article traite du matériau à fermions lourds, le YbCoIn5. Pour ce faire, une nouvelle méthode efficace de calcul des fréquences de Haas-van Alphen est développée. Finalement, un dernier article traitant du cuprate supraconducteur à haute température critique YBa2Cu3O6.5 est présenté. À l’aide de la DFT+U, le rôle de plusieurs ordres magnétiques sur la surface de Fermi est étudié. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mesures d’oscillations quan- tiques mesurées dans ce matériau.

Étude structuro-fonctionnelle de SecP43 et caractérisation de ses interactions avec SepSecS et l’ARNtSec in vitro

Selenoproteins are proteins containing selenium in the form of the 21st amino acid, selenocysteine. Selenocysteine (Sec) is directly synthesized onto its cognate tRNA (tRNA[Ser]Sec or tRNASec) and inserted into selenoproteins co-translationally with the help of various cis- and trans-acting factors. Among those factors, SecP43 has been reported to possibly play an essential role in the methylation at the 2’-hydroxylribosyl moiety in the wobble position (Um34) of Sec-tRNA[Ser]Sec and consequently reduce the expression of glutathione peroxidase 1. SecP43 also called tRNASec-associated protein has also been reported to interact in with SepSecS and tRNASec in vivo and the targeted removal of one of these proteins affected the binding of the other to the Sec-tRNASec. The initial aim of the project was to solve the structure of SecP43 by means of x-ray crystallography. Secondly, we were interested in characterizing the interaction of the latter with some of the components of the selenocysteine insertion machinery. These factors are SepSecS and tRNASec. We were able to optimize the expression and the purification of soluble form of the human homologue of SecP43 and of SepSecS by using an adapted auto-induction protocol. This was a major challenge considering that full length SecP43 has not been expressed and purify to date. We did not succeed in crystallizing SecP43. Our failure to crystallize SecP43 is probably due to the fact that it is a partially folded protein as we were able to demonstrate by SAXS (Small Angle X-ray Scattering). The SecP43 envelope calculated by SAXS displayed a rod-shape like structure. In order to enhance the stability of SecP43 required for crystallization, binding affinity studies were conducted to characterize the interaction between SecP43, tRNASec and SepSecS. We did not detect an interaction between SecP43 and tRNASec by using EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay) and gel filtration. We also could not detect an interaction between SecP43 and SepSecS using a cross-linking assay. In contrast, the tRNASec/SepSecS interaction was demonstrated by EMSA and the addition of SecP43 seemed to reduce the binding affinity. Therefore, SecP43 might induce a conformational change in SepSecS in the presence of tRNASec.

Paysages d’adolescents du Québec, saisons en regards filmiques

Le chemin pour circonscrire le rapport intime qu’ont des adolescents à leur milieu de vie via le paysage est relaté par ce texte intitulé «Paysages d’adolescents du Québec, saisons en regards filmiques». Ce travail de recherche documente ce qui de la nature ou des indices de traces sociales composent leurs images vidéographiques tournées en automne et en hiver, et ce faisant, contribue à l’exploration des valeurs qu’ils accordent au territoire. Les conclusions de cette recherche révèlent d’une part, la présence d’une oscillation entre des éléments de la nature et de la communauté dans les images filmiques et que la maison serait le vecteur principal de l’ancrage au territoire; elle est le théâtre où se développent, à petites échelles, les sensibilités paysagères des adolescents. La méthodologie qui a été développée pour arriver à ces résultats reposait sur des projets dans des écoles secondaires de la Montérégie et du Bas-Saint-Laurent dans le cadre desquels des adolescents ont filmé leur milieu puis évalué et décrit leurs images. Les analyses effectuées à l’aide d’observations récurrentes et thématiques successives ont permis de cibler plusieurs dimensions de l’interface paysagère entre l’adolescent et le territoire.

Mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans le développement des synapses GABAergiques périsomatiques et dans la plasticité corticale : rôle de l’activité neuronale et de proBDNF/p75NTR

Dans le cortex visuel des mammifères, une cellule à panier (BC) qui représente un sous-type majoritaire d’interneurones GABAergiques, innerve une centaine de neurones par une multitude de synapses localisées sur le soma et sur les dendrites proximales de chacune de ses cibles. De plus, ces cellules sont importantes pour la génération des rythmes gammas, qui régulent de nombreuses fonctions cognitives, et pour la régulation de la plasticité corticale. Bien que la fonction des BC au sein des réseaux corticaux est à l'étude, les mécanismes qui contrôlent le développement de leur arborisation complexe ainsi que de leurs nombreux contacts synaptiques n’ont pas été entièrement déterminés. En utilisant les récepteurs allatostatines couplés aux protéines G de la drosophile (AlstR), nous démontrons in vitro que la réduction de l'excitation ainsi que la réduction de la libération des neurotransmetteurs par les BCs corticales individuelles des souris, diminuent le nombre de cellules innervées sans modifier le patron d'innervation périsomatique, durant et après la phase de prolifération des synapses périsomatiques. Inversement, lors de la suppression complète de la libération des neurotransmetteurs par les BCs individuelles avec l’utilisation de la chaîne légère de la toxine tétanus, nous observons des effets contraires selon le stade de développement. Les BCs exprimant TeNT-Lc pendant la phase de prolifération sont caractérisées par des arborisations axonales plus denses et un nombre accru de petits boutons homogènes autour des somas innervés. Toutefois, les cellules transfectées avec TeNT-Lc après la phase de la prolifération forment une innervation périsomatique avec moins de branchements terminaux d’axones et un nombre réduit de boutons avec une taille irrégulière autour des somas innervés. Nos résultats révèlent le rôle spécifique des niveaux de l’activité neuronale et de la neurotransmission dans l'établissement du territoire synaptique des cellules GABAergiques corticaux. Le facteur neurotrophique dérivé du cerveau (BDNF) est un modulateur puissant de la maturation activité-dépendante des synapses GABAergiques. Grâce à l'activation et à la signalisation de son récepteur tyrosine kinase B (TrkB), la liaison de mBDNF module fortement la prolifération des synapses périsomatiques GABAergiques formés par les BCs. Par contre, le rôle du récepteur neurotrophique de faible affinité, p75NTR, dans le développement du territoire synaptique des cellules reste encore inconnu. Dans ce projet, nous démontrons que la suppression de p75NTR au niveau des BCs individuelles in vitro provenant de souris p75NTRlox induit la formation d'une innervation périsomatique exubérante. BDNF est synthétisé sous une forme précurseur, proBDNF, qui est par la suite clivée par des enzymes, y compris la plasmine activée par tPA, pour produire une forme mature de BDNF (m)BDNF. mBDNF et proBDNF se lient avec une forte affinité à TrkB et p75NTR, respectivement. Nos résultats démontrent qu’un traitement des cultures organotypiques avec la forme résistante au clivage de proBDNF (mut-proBDNF) réduit fortement le territoire synaptique des BCs. Les cultures traitées avec le peptide PPACK, qui inactive tPA, ou avec tPA altèrent et favorisent respectivement la maturation de l’innervation synaptique des BCs. Nous démontrons aussi que l’innervation exubérante formée par les BCs p75NTR-/- n’est pas affectée par un traitement avec mut-proBDNF. L’ensemble de ces résultats suggère que l'activation de p75NTR via proBDNF régule négativement le territoire synaptique des BCs corticaux. Nous avons ensuite examiné si mut-proBDNF affecte l’innervation périsomatique formée par les BCs in vivo, chez la souris adulte. Nous avons constaté que les boutons GABAergiques périsomatiques sont significativement diminués dans le cortex infusé avec mut-proBDNF par rapport à l’hémisphère non-infusé ou traité avec de la saline. En outre, la plasticité de la dominance oculaire (OD) est rétablie par ce traitement chez la souris adulte. Enfin, en utilisant des souris qui ne possèdent pas le récepteur p75NTR dans leurs BCs spécifiquement, nous avons démontré que l'activation de p75NTR via proBDNF est nécessaire pour induire la plasticité de la OD chez les souris adultes. L’ensemble de ces résultats démontre un rôle critique de l'activation de p75NTR dans la régulation et le maintien de la connectivité des circuits GABAergiques, qui commencent lors du développement postnatal précoce jusqu’à l'âge adulte. De plus, nous suggérons que l'activation contrôlée de p75NTR pourrait être un outil utile pour restaurer la plasticité dans le cortex adulte.

Studies on the Vertical Structure of Horizontal Wind Variability in the Surface Boundary Layer Over Sriharikota

The present study on the vertical structure of horizontal wind variability in the surface boundary layer over Sriharikota. Based on clock wind speed and direction measuring meteorological tower facility from seven levels in the 100 m layer. The study on wind variability and elliptical approximation of wind hodographs investigated for this tropical coastal station established that Sriharikota is of meso-scale weather entity. Wind variability ratio increases from lower levels to upper levels. In South West monsoon months the station is of high ratio values and it gets affected with meso-scale weather features like thunderstorms. Average total shears are observed greater values than scalar shears. Scalar shears are high in the lowest shear levels compared to upper levels. Semi diurnal types of oscillation in average total shears are found in south west monsoon months. During cyclonic storm passage it is observed that there can be significant difference in mean wind speed from 10 m to 100 m level, but it is not so for peak wind speeds. The variations in wind variability ratio in different months is clearly depicted its strong link to define meso-scale or synoptic –scale forcing domination for this station. Meso-scale forcing is characterized by diurnal wind variability and synoptic- scale forcing by interdiurnal wind variability.

A Diagnostic and Modeling Study on the Onset of Summer Monsoon over South Asia

This study focuses on the onset of southwest monsoon over Kerala. India Meteorological Department (IMD) has been using a semi-objective method to define monsoon onset. The main objectives of the study are to understand the monsoon onset processes, to simulate monsoon onset in a GCM using as input the atmospheric conditions and Sea Surface Temperature, 10 days earlier to the onset, to develop a method for medium range prediction of the date of onset of southwest monsoon over Kerala and to examine the possibility of objectively defining the date of Monsoon Onset over Kerala (MOK). It gives a broad description of regional monsoon systems and monsoon onsets over Asia and Australia. Asian monsoon includes two separate subsystems, Indain monsoon and East Asian monsoon. It is seen from this study that the duration of the different phases of the onset process are dependent on the period of ISO. Based on the study of the monsoon onset process, modeling studies can be done for better understanding of the ocean-atmosphere interaction especially those associated with the warm pool in the Bay of Bengal and the Arabian Sea.

AN INVESTIGATION ON AIR-SEA INTERACTION IN THE INDIAN OCEAN DURING CONTRASTING MONSOONS

The study is undertaken with an objective to investigate the linkage between air-sea fluxes in the Indian Ocean and monsoon forcing. Since the monsoon activity is linked to fluxes, the variability of surface marine meteorological fields under the variable monsoon conditions is also studied. The very objective of the present study is to document various sea surface parameters of the Indian Ocean and to examine the anomalies found in them. Hence it is attempted to relate the anomaly to the variability of monsoon over India, highlighting the occasion of contrasting monsoon periods. The analysis of anomalies of surface meteorological fields such as SST, wind speed and direction, sea level pressure and cloud cover for contrasting monsoons are also studied. During good monsoon years, the pressure anomalies are negative indicating a fall in SLP during pre-monsoon and monsoon months. The interaction of the marine atmosphere with tropical Indian Ocean and its influence on ISMR continue to be an area of active research.

Characteristics of Upper Troposphere and Lower Stratosphere in Relation to Asian Summer Monsoon

The present work is an attempt to understand the characteristics of the upper troposphere and lower stratosphere over the Asian summer monsoon region, more specifically over the Indian subcontinent. Mainly three important parameters are taken such as zonal wind, temperature and ozone over the UT/LS of the Asian summer monsoon region. It made a detailed study of its interannual variability and characteristics of theses parameters during the Indian summer monsoon period. Monthly values of zonal wind and temperature from the NCEP/NCAR reanalysis for the period 1960-2002 are used for the present study. Also the daily overpass total ozone data for the 12 Indian stations (from low latitude to high latitudes) from the TOMS Nimbus 7 satellite for the period 1979 to 1992 were also used to understand the total ozone variation over the Indian region. The study reveals that if QBO phases in the stratosphere is easterly or weak westerly then the respective monsoon is found to be DRY or below Normal . On the other hand, if the phase is westerly or weak easterly the respective Indian summer monsoon is noted as a WET year. This connection of stratospheric QBO phases and Indian summer monsoon gives more insight in to the long-term predictions of Indian summer monsoon rainfall. Wavelet analysis and EOF methods are the two advanced statistical techniques used in the present study to explore more information of the zonal wind that from the smaller scale to higher scale variability over the Asian summer monsoon region. The interannual variability of temperature for different stratospheric and tropospheric levels over the Asian summer monsoon region have been studied. An attempt has been made to understand the total ozone characteristics and its interannual variablilty over 12 Indian stations spread from south latitudes to north latitudes. Finally it found that the upper troposphere and lower stratosphere contribute significantly to monsoon variability and climate changes. It is also observed that there exists a link between the stratospheric QBO and Indian summer monsoon