trome, trEST and trGEN: databases of predicted protein sequences.

We previously introduced two new protein databases (trEST and trGEN) of hypothetical protein sequences predicted from EST and HTG sequences, respectively. Here, we present the updates made on these two databases plus a new database (trome), which uses alignments of EST data to HTG or full genomes to generate virtual transcripts and coding sequences. This new database is of higher quality and since it contains the information in a much denser format it is of much smaller size. These new databases are in a Swiss-Prot-like format and are updated on a weekly basis (trEST and trGEN) or every 3 months (trome). They can be downloaded by anonymous ftp from ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases.

Ontología y conocimiento en M. Merleau-Ponty

Se ofrece aquí una revisión de la filosofía de Merleau-Ponty atendiendo a la estructura básica desde la que se conforma tanto temporal como sistemáticamente: La coimplicación radical entre la vertiente metafísica y ontológica con la gnoseológica y crítica, en cuyo seno aparece una singular filosofía antropológica de la ambigüedad». El hilo conductor es el análisis del binomio conducta humana-existencia humana» del hombre-mundo como fenómeno unitario, lo que lleva a su autor a proyectar un monismo integrador que se desarrolla bajo el postulado de una síntesis inacabada de corte fluido y ambiguo.

La inversión ontológica de la crítica en Spinoza

El presente trabajo pretende poner de relieve los rasgos esenciales que configuran la sistematización spinozista del racionalismo heredado de Descartes, analizando las diferencias abismales que separan la actitud subjetual y antropológica de la crítica cartesiana, defensora de la categoría de "individualidad", frente a la de "totalidad" preconizada por Spinoza. La tarea se lleva a cabo, concretamente, contraponiendo las nociones de "método","razón" e "ideas", tal como se entienden en uno y otro sistema.

M.Merleau-Ponty: El hombre como unidad ontológica proyectiva

Este trabajo es un intento de retomar sistemáticamente el problema de la estructuraontológica unitaria del hombre, con su dinamicidad propia, partiendo de la temáticaexpuesta en la "Estructura del comportamiento ", con lo que se pone de relieve su unidad significativa para responder de forma nueva al clásico problema de las relaciones entre el alma y el cuerpo. La respuesta merleau-pontyana implica un monismo superador de exclusivismosreductivistas por los que se habían decantado soluciones históricas a las que hay que responder, sin recaer ni en el idealismo ni en el empirismo que desconocen el significado exacto del problema, y no ofrecen ninguna respuesta aceptable al problema de la percepción.En conclusión, lo que se pretende es llevar a cabo una reconstrucción de la antropologíafenomenológica del autor, con miras a mostrar la estructura ontológica que le sirve de fundamento.

The GENCODE pseudogene resource.

BACKGROUND: Pseudogenes have long been considered as nonfunctional genomic sequences. However, recent evidence suggests that many of them might have some form of biological activity, and the possibility of functionality has increased interest in their accurate annotation and integration with functional genomics data. RESULTS: As part of the GENCODE annotation of the human genome, we present the first genome-wide pseudogene assignment for protein-coding genes, based on both large-scale manual annotation and in silico pipelines. A key aspect of this coupled approach is that it allows us to identify pseudogenes in an unbiased fashion as well as untangle complex events through manual evaluation. We integrate the pseudogene annotations with the extensive ENCODE functional genomics information. In particular, we determine the expression level, transcription-factor and RNA polymerase II binding, and chromatin marks associated with each pseudogene. Based on their distribution, we develop simple statistical models for each type of activity, which we validate with large-scale RT-PCR-Seq experiments. Finally, we compare our pseudogenes with conservation and variation data from primate alignments and the 1000 Genomes project, producing lists of pseudogenes potentially under selection. CONCLUSIONS: At one extreme, some pseudogenes possess conventional characteristics of functionality; these may represent genes that have recently died. On the other hand, we find interesting patterns of partial activity, which may suggest that dead genes are being resurrected as functioning non-coding RNAs. The activity data of each pseudogene are stored in an associated resource, psiDR, which will be useful for the initial identification of potentially functional pseudogenes.

EuroPhenome: a repository for high-throughput mouse phenotyping data.

The broad aim of biomedical science in the postgenomic era is to link genomic and phenotype information to allow deeper understanding of the processes leading from genomic changes to altered phenotype and disease. The EuroPhenome project (http://www.EuroPhenome.org) is a comprehensive resource for raw and annotated high-throughput phenotyping data arising from projects such as EUMODIC. EUMODIC is gathering data from the EMPReSSslim pipeline (http://www.empress.har.mrc.ac.uk/) which is performed on inbred mouse strains and knock-out lines arising from the EUCOMM project. The EuroPhenome interface allows the user to access the data via the phenotype or genotype. It also allows the user to access the data in a variety of ways, including graphical display, statistical analysis and access to the raw data via web services. The raw phenotyping data captured in EuroPhenome is annotated by an annotation pipeline which automatically identifies statistically different mutants from the appropriate baseline and assigns ontology terms for that specific test. Mutant phenotypes can be quickly identified using two EuroPhenome tools: PhenoMap, a graphical representation of statistically relevant phenotypes, and mining for a mutant using ontology terms. To assist with data definition and cross-database comparisons, phenotype data is annotated using combinations of terms from biological ontologies.

Comparativa entre dues BD semàntiques : OWLIM-Lite i Virtuoso

L'objectiu fonamental d'aquest treball és estudiar els conceptes bàsics de la web semàntica mitjançant l'estudi de dos sistemes de gestió de bases de dades (SGBD) utilitzats en el context de la web semàntica, OWLIM-Lite i Virtuoso, que ens permetran dissenyar i implementar una ontologia.

Implicaciones de derechos humanos en el tratado de libre comercio entre Colombia y la Unión Europea

[spa] Tras largas y complejas negociaciones, la Unión Europea celebró un acuerdo comercial con Colombia en 2010 que ha empezado a aplicarse provisionalmente el 1 de agosto de 2013. El artículo se centra en las relaciones entre Colombia y la Unión y analiza el impacto que dicho acuerdo pueda tener en el marco de las obligaciones de las partes de respetar los derechos humanos universalmente reconocidos, incluyendo derechos sociales y los derechos de los pueblos indígenas. De dicho análisis se deriva que la presencia de cláusulas democráticas o de derechos humanos en el Acuerdo es insuficiente, habida cuenta los antecedentes del SGP+ vigente hasta la entrada en vigor del nuevo acuerdo, mientras que algunos aspectos sustantivos del Acuerdo permiten augurar consecuencias negativas respecto de los sectores sociales más desfavorecidos en la República de Colombia.

Enhanced Botrytis cinerea resistance of Arabidopsis plants grown in compost may be explained by increased expression of defense-related genes, as revealed by microarray analysis

Composts are the products obtained after the aerobic degradation of different types of organic matter waste and can be used as substrates or substrate/soil amendments for plant cultivation. There is a small but increasing number of reports that suggest that foliar diseases may be reduced when using compost, rather than standard substrates, as growing medium. The purpose of this study was to examine the gene expression alteration produced by the compost to gain knowledge of the mechanisms involved in compost-induced systemic resistance. A compost from olive marc and olive tree leaves was able to induce resistance against Botrytis cinerea in Arabidopsis, unlike the standard substrate, perlite. Microarray analyses revealed that 178 genes were differently expressed, with a fold change cut-off of 1, of which 155 were up-regulated and 23 were down-regulated in compost-grown, as against perlite-grown plants. A functional enrichment study of up-regulated genes revealed that 38 Gene Ontology terms were significantly enriched. Response to stress, biotic stimulus, other organism, bacterium, fungus, chemical and abiotic stimulus, SA and ABA stimulus, oxidative stress, water, temperature and cold were significantly enriched, as were immune and defense responses, systemic acquired resistance, secondary metabolic process and oxireductase activity. Interestingly, PR1 expression, which was equally enhanced by growing the plants in compost and by B. cinerea inoculation, was further boosted in compost-grown pathogen-inoculated plants. Compost triggered a plant response that shares similarities with both systemic acquired resistance and ABA-dependent/independent abiotic stress responses.

ViralZone: recent updates to the virus knowledge resource.

ViralZone (http://viralzone.expasy.org) is a knowledge repository that allows users to learn about viruses including their virion structure, replication cycle and host-virus interactions. The information is divided into viral fact sheets that describe virion shape, molecular biology and epidemiology for each viral genus, with links to the corresponding annotated proteomes of UniProtKB. Each viral genus page contains detailed illustrations, text and PubMed references. This new update provides a linked view of viral molecular biology through 133 new viral ontology pages that describe common steps of viral replication cycles shared by several viral genera. This viral cell-cycle ontology is also represented in UniProtKB in the form of annotated keywords. In this way, users can navigate from the description of a replication-cycle event, to the viral genus concerned, and the associated UniProtKB protein records.

Implicaciones de derechos humanos en el tratado de libre comercio entre Colombia y la Unión Europea

[spa] Tras largas y complejas negociaciones, la Unión Europea celebró un acuerdo comercial con Colombia en 2010 que ha empezado a aplicarse provisionalmente el 1 de agosto de 2013. El artículo se centra en las relaciones entre Colombia y la Unión y analiza el impacto que dicho acuerdo pueda tener en el marco de las obligaciones de las partes de respetar los derechos humanos universalmente reconocidos, incluyendo derechos sociales y los derechos de los pueblos indígenas. De dicho análisis se deriva que la presencia de cláusulas democráticas o de derechos humanos en el Acuerdo es insuficiente, habida cuenta los antecedentes del SGP+ vigente hasta la entrada en vigor del nuevo acuerdo, mientras que algunos aspectos sustantivos del Acuerdo permiten augurar consecuencias negativas respecto de los sectores sociales más desfavorecidos en la República de Colombia.

Conflictivitat comunicativa en episodis d'emergència: aproximació a la cobertura informativa i la gestió institucional de l'esfondrament d'un túnel del metro al barri del Carmel de Barcelona

En aquesta investigació s’estudien els processos de producció de la informacióper part dels mitjans de comunicació i la gestió comunicativa institucional en episodis d’emergència. En concret, s’analitzen les negociacions entre els actors, les fonts informatives i el respecte deontològic en la divulgacióde les notícies. Per tal de conèixer específicament aquesta conflictivitat,s’ha escollit per a l’estudi de cas l’esfondrament d’un túnel del metro albarri del Carmel de Barcelona el gener de 2005. Per a realitzar aquesta investigació,s’ha utilitzat una perspectiva teòrica multidisciplinària. S’han pres en consideració els postulats teòrics de la sociologia, a partir del diàleg queestableixen diferents autors (Beck, Giddens, Lash i Luhmann) entre el conceptede modernitat i el nou paradigma que Beck (1998) denomina la societat del risc. També s’han tingut en compte els camps de la teoria i la sociologia de la comunicació i, més específicament, el marc teòric del periodisme i de les relacions públiques.

Ontologia de Twitter : El primer pas per inferir informació dels tweets

La web semàntica ens pot facilitar i agilitzar l'aprenentatge o recerca d'informació a través de les relacions de conceptes que ens aporta gràcies a la utilització de les ontologies. Per a la creació de la nostra ontologia hem utilitzat el programa Protégé. Per al disseny de l'ontologia ens hem basat en les funcionalitats bàsiques del Twitter.

Collective bargaining in U.S. higher education, 1960-1971 : a selective bibliography, 1972.

This document represents a substantial attempt to survey the literature of labor negotiations as it relates to the faculty in higher education.