Nouvelle approche pour modifier le tropisme des vecteurs adénoviraux à l’aide de ligands bispécifiques

L’adénovirus a été étudié dans l’optique de développer de nouveaux traitements pour différentes maladies. Les vecteurs adénoviraux (AdV) sont des outils intéressants du fait qu’ils peuvent être produits en grandes quantités (1X1012 particules par millilitre) et de par leur capacité à infecter des cellules quiescentes ou en division rapide. Les AdVs ont subi bon nombre de modifications pour leur permettre de traiter des cellules tumorales ou pour transporter des séquences génétiques exogènes essentielles pour le traitement de maladies monogéniques. Toutefois, les faibles niveaux d’expression du récepteur primaire de l’adénovirus, le CAR (récepteur à l’adénovirus et au virus coxsackie), réduit grandement l’efficacité de transduction dans plusieurs tumeurs. De plus, certains tissus normaux comme les muscles n’expriment que très peu de CAR, rendant l’utilisation des AdVs moins significative. Pour pallier à cette limitation, plusieurs modifications ont été générées sur les capsides virales. L’objectif de ces modifications était d’augmenter l’affinité des AdVs pour des récepteurs cellulaires spécifiques surexprimés dans les tumeurs et qui seraient exempts dans les tissus sains avoisinant. On peut mentionner dans les approches étudiées: l’utilisation de ligands bispécifiques, l’incorporation de peptides dans différentes régions de la fibre ou la substitution par une fibre de sérotypes différents. Notre hypothèse était que les domaines d’interaction complémentaire (K-Coil et ECoil) permettraient aux ligands de s’associer aux particules virales et d’altérer le tropisme de l’AdV. Pour ce faire, nous avons inclus un domaine d’interaction synthétique, le K-Coil,dans différentes régions de la fibre virale en plus de générer des mutations spécifiques pour abolir le tropisme naturel. Pour permettre la liaison avec les récepteurs d’intérêt dont l’EGF-R, l’IGF-IR et le CEA6, nous avons fusionné le domaine d’interaction complémentaire, le E-Coil, soit dans les ligands des récepteurs ciblés dont l’EGF et l’IGF-I, soit sur un anticorps à un seul domaine reconnaissant la protéine membranaire CEA6, l’AFAI. Suite à la construction des différents ligands de même que des différentes fibres virales modifiées, nous avons determiné tout d’abord que les différents ligands de même que les virus modifiés pouvaient être produits et que les différentes composantes pouvaient interagir ensemble. Les productions virales ont été optimisées par l’utilisation d’un nouveau protocole utilisant l’iodixanol. Ensuite, nous avons démontré que l’association des ligands avec le virus arborant une fibre modifiée pouvait entraîner une augmentation de transduction de 2 à 21 fois dans différentes lignées cellulaires. À cause de la difficulté des adénovirus à infecter les fibres musculaires occasionnée par l’absence du CAR, nous avons cherché à savoir si le changement de tropisme pourrait accroître l’infectivité des AdVs. Nous avons démontré que l’association avec le ligand bispécifique IGF-E5 permettait d’accroître la transduction autant dans les myoblastes que dans les myotubes de souris. Nous avons finalement réussi à démontrer que notre système pouvait induire une augmentation de 1,6 fois de la transduction suite à l’infection des muscles de souriceaux MDX. Ces résultats nous amènent à la conclusion que le système est fonctionnel et qu’il pourrait être évalué dans des AdVs encodant pour différents gènes thérapeutiques.

Macro-analyse quantitative des facteurs d’émergence des émeutes : une nouvelle approche de compréhension mondiale des violences collectives

Les calculs statistiques ont été effectués à l'aide du logiciel SPSS.

Développement d’une nouvelle méthode d’analyse multi-résidus par LDTD/APCI-MS/MS pour la quantification de pesticides et de produits pharmaceutiques dans les eaux usées

Une nouvelle méthode d'extraction en phase solide (SPE) couplée à une technique d'analyse ultrarapide a été développée pour la détermination simultanée de neuf contaminants émergents (l'atrazine, le déséthylatrazine, le 17(béta)-estradiol, l'éthynylestradiol, la noréthindrone, la caféine, la carbamazépine, le diclofénac et le sulfaméthoxazole) provenant de différentes classes thérapeutiques et présents dans les eaux usées. La pré-concentration et la purification des échantillons a été réalisée avec une cartouche SPE en mode mixte (Strata ABW) ayant à la fois des propriétés échangeuses de cations et d'anions suivie d'une analyse par une désorption thermique par diode laser/ionisation chimique à pression atmosphérique couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LDTD-APCI-MS/MS). La LDTD est une nouvelle méthode d'introduction d'échantillon qui réduit le temps total d'analyse à moins de 15 secondes par rapport à plusieurs minutes avec la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem traditionnelle (LC-MS/MS). Plusieurs paramètres SPE ont été évalués dans le but d'optimiser l'efficacité de récupération lors de l'extraction des analytes provenant des eaux usées, tels que la nature de la phase stationnaire, le débit de chargement, le pH d'extraction, le volume et la composition de la solution de lavage et le volume de l'échantillon initial. Cette nouvelle méthode a été appliquée avec succès à de vrais échantillons d'eaux usées provenant d'un réservoir de décantation primaire. Le recouvrement des composés ciblés provenant des eaux usées a été de 78 à 106%, la limite de détection a été de 30 à 122 ng L-1, alors que la limite de quantification a été de 88 à 370 ng L-1. Les courbes d'étalonnage dans les matrices d'eaux usées ont montré une bonne linéarité (R2 > 0,991) pour les analytes cibles ainsi qu’une précision avec un coefficient de variance inférieure à 15%.

De regione et moribus Canadensium seu Barbarorum Novæ Franciæ : Les «Barbares de Nouvelle-France», texte anonyme (1616) édité par Joseph de Jouvency (1710)

Le De regione et moribus Canadensium seu Barbarorum Novæ Franciæ a toujours été présenté comme un texte rédigé par le jésuite Joseph de Jouvency. Pourtant, une étude plus approfondie montre que certains éléments ne peuvent provenir ni d'un religieux, ni du XVIIIe siècle. On aurait plutôt à faire avec un auteur laïc du début du XVIIe siècle, qui a des informations de première main, puisqu'il est lui-même à Québec. Ce qui en fait un document précieux et un témoin privilégié de l’histoire du début de la Nouvelle-France, bien que traduit et retravaillé par des Jésuites. Jouvency, en l'insérant dans les Historiæ Societatis Jesu, l'a en effet censuré et a ajouté quelques passages au texte original. Quelle est l'opinion du véritable auteur, ce Français vivant à Québec, sur les « Barbares de Nouvelle-France » qu'il rencontre? Une étude du texte montre qu'il dépeint à la fois les bonnes et les mauvaises coutumes des tribus autochtones, nous renseignant ainsi sur l'état des indigènes peu après l'arrivée des premiers véritables colons de la Nouvelle-France. Une traduction française accompagne l'analyse du texte.

Nouvelle approche en théorie des jeux comportementale

Il a été démontré en laboratoire que l’équilibre de Nash n’était pas toujours un bon indicateur du comportement humain. Différentes théories alternatives (aversion à l’inégalité, réciprocité et norme sociale) ont vu le jour pour combler les lacunes de la théorie classique, mais aucune d’elles ne permet d’expliquer la totalité des phénomènes observés en laboratoire. Après avoir identifié les lacunes de ces modèles, ce mémoire développe un modèle qui synthétise dans un tout cohérent les avancées de ceux-ci à l’aide de préférences hétérogènes. Afin d’augmenter la portée du modèle, une nouvelle notion d’équilibre, dite comportementale, est ajoutée au modèle. En appliquant le nouveau modèle à des jeux simples, nous pouvons voir comment il élargit le nombre de comportements pouvant être modélisé par la théorie des jeux.

L'exposition virtuelle : nouvelle forme de diffusion et de représentation des œuvres

Depuis longtemps déjà, les arts visuels se démarquent par leurs rapports proches quoique créatifs avec les développements technologiques des sociétés modernes. Pour les musées, Internet constitue une opportunité de rejoindre des publics qui s’avèrent de prime abord moins accessibles. Ce nouvel acteur dans le monde de l'art occupe une place croissante dans la présentation des oeuvres tout en jouant un rôle déterminant dans la diffusion et donc dans le retentissement qu'elles ont auprès de publics aux attentes changeantes. Alors que le musée diffusait autrefois ses collections et connaissances par les expositions et les catalogues, le cyberespace est aujourd’hui un nouveau lieu public qu’il lui convient d’investir. L’internaute est souvent isolé dans sa quête d’une « trouvaille » parmi la diversité de l’offre technologique. Nous proposons l’image alternative du flâneur comme métaphore opérationnelle afin d’analyser la relation entre l’internaute et l’exposition. Les oeuvres sont transposées dans le virtuel par le médium numérique, le même langage qui sous-tend l’exposition dans son ensemble, un transfert dont les implications sont nombreuses. La reproduction, par sa nature désacralisée, autorise la manipulation virtuelle. C’est une nouvelle forme de participation qui est exigée des spectateurs, non pas en termes d’acquisition rationnelle de connaissances, mais de manière ludoéducative, par cette même manipulation de l’image. Dans le but de souligner l’authenticité de l’oeuvre originale par la présentation de son équivalent numérique, l’exposition virtuelle est souvent médiatrice et documentaire avant tout, privilégiant l’observation technologique didactique.

L’aspect économique de la rhétorique amoureuse dans la comédie nouvelle et l’élégie érotique romaine

L’identification des contraintes financières et sociales qui sont sous-entendues dans la situation des personnages amoureux de la comédie de Ménandre – à partir de ses pièces et fragments subsistants et de ses adaptations en langue latine par Térence – permet d’éclairer la rhétorique de séduction ou de dissuasion employée par les divers personnages types de ce genre littéraire. Or, il existe un parallèle étroit entre ces discours et situations dramatiques et l’élégie érotique qui fleurit quelques siècles plus tard à Rome sous la plume de Tibulle, Properce et Ovide. Certains aspects déroutants de la rhétorique de séduction employée par les élégistes sont élucidés lorsqu’on les comprend dans le contexte dramatique de la comédie nouvelle : notamment, le poète narrateur se positionne dans la situation du jeune protagoniste amoureux de la comédie et la bien-aimée à qui il s’adresse se trouve dans la situation de la courtisane indépendante qui figure dans plusieurs pièces comiques. Cette recherche conclut qu’il existe une tension financière entre l’amant élégiaque et sa maîtresse qui, bien qu’elle soit passée sous silence par les poètes, influence les arguments utilisés par le narrateur à son égard et les propos imaginés ou rapportés de sa bien-aimée en retour.

Une nouvelle méthode smoothed particle hydrodynamics : simulation des interfaces immergées et de la dynamique Brownienne des molécules avec des interactions hydrodynamiques

Dans cette thèse, nous présentons une nouvelle méthode smoothed particle hydrodynamics (SPH) pour la résolution des équations de Navier-Stokes incompressibles, même en présence des forces singulières. Les termes de sources singulières sont traités d'une manière similaire à celle que l'on retrouve dans la méthode Immersed Boundary (IB) de Peskin (2002) ou de la méthode régularisée de Stokeslets (Cortez, 2001). Dans notre schéma numérique, nous mettons en oeuvre une méthode de projection sans pression de second ordre inspirée de Kim et Moin (1985). Ce schéma évite complètement les difficultés qui peuvent être rencontrées avec la prescription des conditions aux frontières de Neumann sur la pression. Nous présentons deux variantes de cette approche: l'une, Lagrangienne, qui est communément utilisée et l'autre, Eulerienne, car nous considérons simplement que les particules SPH sont des points de quadrature où les propriétés du fluide sont calculées, donc, ces points peuvent être laissés fixes dans le temps. Notre méthode SPH est d'abord testée à la résolution du problème de Poiseuille bidimensionnel entre deux plaques infinies et nous effectuons une analyse détaillée de l'erreur des calculs. Pour ce problème, les résultats sont similaires autant lorsque les particules SPH sont libres de se déplacer que lorsqu'elles sont fixes. Nous traitons, par ailleurs, du problème de la dynamique d'une membrane immergée dans un fluide visqueux et incompressible avec notre méthode SPH. La membrane est représentée par une spline cubique le long de laquelle la tension présente dans la membrane est calculée et transmise au fluide environnant. Les équations de Navier-Stokes, avec une force singulière issue de la membrane sont ensuite résolues pour déterminer la vitesse du fluide dans lequel est immergée la membrane. La vitesse du fluide, ainsi obtenue, est interpolée sur l'interface, afin de déterminer son déplacement. Nous discutons des avantages à maintenir les particules SPH fixes au lieu de les laisser libres de se déplacer. Nous appliquons ensuite notre méthode SPH à la simulation des écoulements confinés des solutions de polymères non dilués avec une interaction hydrodynamique et des forces d'exclusion de volume. Le point de départ de l'algorithme est le système couplé des équations de Langevin pour les polymères et le solvant (CLEPS) (voir par exemple Oono et Freed (1981) et Öttinger et Rabin (1989)) décrivant, dans le cas présent, les dynamiques microscopiques d'une solution de polymère en écoulement avec une représentation bille-ressort des macromolécules. Des tests numériques de certains écoulements dans des canaux bidimensionnels révèlent que l'utilisation de la méthode de projection d'ordre deux couplée à des points de quadrature SPH fixes conduit à un ordre de convergence de la vitesse qui est de deux et à une convergence d'ordre sensiblement égale à deux pour la pression, pourvu que la solution soit suffisamment lisse. Dans le cas des calculs à grandes échelles pour les altères et pour les chaînes de bille-ressort, un choix approprié du nombre de particules SPH en fonction du nombre des billes N permet, en l'absence des forces d'exclusion de volume, de montrer que le coût de notre algorithme est d'ordre O(N). Enfin, nous amorçons des calculs tridimensionnels avec notre modèle SPH. Dans cette optique, nous résolvons le problème de l'écoulement de Poiseuille tridimensionnel entre deux plaques parallèles infinies et le problème de l'écoulement de Poiseuille dans une conduite rectangulaire infiniment longue. De plus, nous simulons en dimension trois des écoulements confinés entre deux plaques infinies des solutions de polymères non diluées avec une interaction hydrodynamique et des forces d'exclusion de volume.

La protection du savoir traditionnel comme partie intégrante d’une nouvelle approche de la propriété intellectuelle

Cet article, à travers une analyse des caractéristiques du savoir traditionnel et du cadre juridique international de la propriété intellectuelle, montre que le savoir traditionnel des peuples autochtones ne peut pas être protégé par le système actuel de propriété intellectuelle, tel que défini notamment dans l'Accord sur les ADPIC, bien qu'il soit reconnu fondamental pour la conservation de la diversité biologique comme dans la Convention sur la Diversité Biologique. Dans ce contexte de normes antinomiques, cet article explore les perspectives d'avenir de la protection des droits des peuples autochtones en matière de propriété intellectuelle, et envisage la médiation pour aller au-delà de l'incompatibilité manifeste des deux sphères.

La convergence de la sécurité informatique et la protection des données à caractère personnel : vers une nouvelle approche juridique

Le développement exponentiel des réseaux informatiques a largement contribué à augmenter le volume des renseignements personnels disponibles et à remplacer les méthodes désuètes de collecte des renseignements par des méthodes plus rapides et plus efficaces. La vie privée et le contrôle sur les informations personnelles, tels que nous les connaissions il y a quelques décennies, sont des notions difficilement compatibles avec la société ouverte et commerciale comme la nôtre. Face à cette nouvelle réalité menaçante pour les droits et libertés de l’homme, il est essentiel de donner un cadre technique et légal stable qui garantisse une protection adéquate de ces données personnelles. Pour rester dans le marché ou bénéficier de la confiance des individus, les entreprises et les gouvernements doivent posséder une infrastructure de sécurité efficace. Cette nouvelle donne a tendance à devenir plus qu’une règle de compétitivité, elle se transforme en une authentique obligation légale de protéger les données à caractère personnel par des mesures de sécurité adéquates et suffisantes. Ce mémoire aborde justement ces deux points, soit l’étude du développement d’une obligation légale de sécurité et l’encadrement juridique de la mise en place d’un programme de sécurisation des données personnelles par des mesures de sécurités qui respectent les standards minimaux imposés par les textes législatifs nationaux et internationaux.

Abstraction et plasticité sonore : une nouvelle approche à la composition de musique acousmatique

« La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU). »

Raconter une nouvelle vie Canada: Un projet de soutien à l'action collective ciblant les oppressions vécues par les Caribéennes anglophones de Montréal

Essai présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l’obtention du grade de Maîtrise ès Art (M.A.) en service social

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

La schizophrénie dissociative : nouvelle entité clinique, trouble comorbide ou autres considérations nosographiques

L’existence d’un sous-type dissociatif de schizophrénie a été suggérée par plusieurs auteurs pour rendre compte des présentations symptomatologiques d’un groupe de personnes dont le diagnostic principal est dans le spectre de la schizophrénie mais qui présentent aussi des symptômes dissociatifs (Ross, 2004; Şar et al., 2010; Van der Hart, Witztum, & Friedman, 1993). D’origine traumatique, ce type de portrait clinique où symptômes psychotiques et dissociatifs s’entremêlent aurait été décrit il y a déjà plus d’un siècle (Janet & Raymond, 1898) mais serait disparu dans les années ’30, assimilé au concept de « schizophrénie » (Rosenbaum, 1980). C’est dans un nouveau contexte nosographique que le concept de schizophrénie dissociative refait surface. En effet, la nosographie psychiatrique a pris un tournant en 1980 lorsque l’approche préconisée par le DSM est devenue descriptive plutôt que basée sur des conceptualisations psychanalytiques. Du coup, les affections d’alors ont été divisées en troubles dont les symptômes ont tendance à se manifester ensemble (Cooper, 2004) et la comorbidité entre les troubles a augmenté. Étant donné la comorbidité fréquemment rapportée entre les troubles psychotiques et dissociatifs, la similarité phénoménologique de leurs symptômes, ainsi que leur possible étiologie traumatique, Ross (2004) a proposé une série de critères permettant de diagnostiquer une schizophrénie dissociative. L’objectif principal de cette thèse est donc d’établir si la schizophrénie dissociative, telle que définie par Ross (2004), existe. Le premier article porte sur la problématique et le contexte théorique ayant mené à la question de recherche. Il vise à faire un survol des enjeux entourant la question de la schizophrénie dissociative et rend compte des écrits scientifiques sur la symptomatologie similaire entre les troubles psychotiques et dissociatifs, sur leur étiologie traumatique et sur les études sur la dissociation et la schizophrénie. Le deuxième article est quant à lui un article empirique rendant compte de la méthodologie utilisée pour répondre à la question de recherche. En effet, aucune étude jusqu’ici n’a testé systématiquement les critères de la schizophrénie dissociative. Nos résultats démontrent que 24% de notre échantillon (N=50) pourrait recevoir le diagnostic de schizophrénie dissociative avec les critères proposés par Ross (2004). Toutefois, ces critères posant problème, une modification a été proposée et une prévalence de 14% a alors été trouvée. Des vignettes cliniques sont présentées afin de comparer nos participants avec ceux rapportés ailleurs. Les liens entre symptômes psychotiques et dissociatifs sont discutés en essayant de conceptualiser la schizophrénie dissociative de différentes manières, soit comme une nouvelle entité clinique, comme un trouble comorbide ou dans un contexte nosographique psychodynamique.