Confocal and two-photon microscopy : image enhancement /

Confocal and two-photon microcopy have become essential tools in biological research and today many investigations are not possible without their help. The valuable advantage that these two techniques offer is the ability of optical sectioning. Optical sectioning makes it possible to obtain 3D visuahzation of the structiu-es, and hence, valuable information of the structural relationships, the geometrical, and the morphological aspects of the specimen. The achievable lateral and axial resolutions by confocal and two-photon microscopy, similar to other optical imaging systems, are both defined by the diffraction theorem. Any aberration and imperfection present during the imaging results in broadening of the calculated theoretical resolution, blurring, geometrical distortions in the acquired images that interfere with the analysis of the structures, and lower the collected fluorescence from the specimen. The aberrations may have different causes and they can be classified by their sources such as specimen-induced aberrations, optics-induced aberrations, illumination aberrations, and misalignment aberrations. This thesis presents an investigation and study of image enhancement. The goal of this thesis was approached in two different directions. Initially, we investigated the sources of the imperfections. We propose methods to eliminate or minimize aberrations introduced during the image acquisition by optimizing the acquisition conditions. The impact on the resolution as a result of using a coverslip the thickness of which is mismatched with the one that the objective lens is designed for was shown and a novel technique was introduced in order to define the proper value on the correction collar of the lens. The amoimt of spherical aberration with regard to t he numerical aperture of the objective lens was investigated and it was shown that, based on the purpose of our imaging tasks, different numerical apertures must be used. The deformed beam cross section of the single-photon excitation source was corrected and the enhancement of the resolution and image quaUty was shown. Furthermore, the dependency of the scattered light on the excitation wavelength was shown empirically. In the second part, we continued the study of the image enhancement process by deconvolution techniques. Although deconvolution algorithms are used widely to improve the quality of the images, how well a deconvolution algorithm responds highly depends on the point spread function (PSF) of the imaging system applied to the algorithm and the level of its accuracy. We investigated approaches that can be done in order to obtain more precise PSF. Novel methods to improve the pattern of the PSF and reduce the noise are proposed. Furthermore, multiple soiu'ces to extract the PSFs of the imaging system are introduced and the empirical deconvolution results by using each of these PSFs are compared together. The results confirm that a greater improvement attained by applying the in situ PSF during the deconvolution process.

Arsenic speciation by ion-exchange chromatography with on- line determination by hydride generation: electronic modification of the D.C. plasma by photon counting

A method using L-cysteine for the determination of arsenous acid (As(III)), arsenic acid (As(V)), monomethylarsonic acid (MMAA), and dimethylarsinic acid (DMAA) by hydride generation was demonstrated. The instrument used was a d.c. plasma atomic emission spectrometer (OCP-AES). Complete recovery was reported for As(III), As(V), and DMAA while 86% recovery was reported for MMAA. Detection limits were determined, as arsenic for the species listed previously, to be 1.2, 0.8, 1.1, and 1.0 ngemL-l, respectively. Precision values, at 50 ngemL-1 arsenic concentration, were f.80/0, 2.50/0, 2.6% and 2.6% relative standard deviation, respectively. The L-cysteine reagent was compared directly with the conventional hydride generation technique which uses a potassium iodide-hydrochloric acid medium. Recoveries using L-cysteine when compared with the conventional method provided the following results: similar recoveries were obtained for As(III), slightly better recoveries were obtained for As(V) and MMAA, and significantly better recoveries for DMAA. In addition, tall and sharp peak shapes were observed for all four species when using L-cysteine. The arsenic speciation method involved separation by ion exchange .. high perfonnance liquid chromatography (HPLC) with on-line hydride generation using the L.. cysteine reagent and measurement byOCP-AES. Total analysis time per sample was 12 min while the time between the start of subsequent runs was approximately 20 min. A binary . gradient elution program, which incorporated the following two eluents: 0.01 and 0.5 mM tri.. sodium citrate both containing 5% methanol (v/v) and both at a pH of approximately 9, was used during the separation by HPLC. Recoveries of the four species which were measured as peak area, and were normalized against As(III), were 880/0, 290/0, and 40% for DMAA, MMAA and As(V), respectively. Resolution factors between adjacent analyte peaks of As(III) and DMAA was 1.1; DMAA and MMAA was 1.3; and MMAA and As(V) was 8.6. During the arsenic speciation study, signals from the d.c. plasma optical system were measured using a new photon-signal integrating device. The_new photon integrator developed and built in this laboratory was based on a previously published design which was further modified to reflect current available hardware. This photon integrator was interfaced to a personal computer through an AID convertor. The .photon integrator has adjustable threshold settings and an adjustable post-gain device.

Continuous hydride generation in the presence of L- cysteine for the determination of arsenic, bismuth, antimony and tin in steels by inductively coupled plasma atomic emission spectrometry

Arsenic, bismuth, germanium, antimony and tin were simultaneously determined by continuous hydride generation and inductively coupled plasma-atomic emission spectrometry . I Hydrides were introduced into four different types of gas-liquid separators. Two of the gas-liquid separators were available in-house. A third was developed for this project and a fourth was based on a design used by CET AC. The best signal intensity was achieved by the type II frit-based gas-liquid separator, but the modified Cetac design gave promise for the future, due to low relative standard deviation. A method was developed for the determination of arsenic, bismuth, antimony and tin in low-alloy steels. Four standard reference materials from NIST were dissolved in 10 mL aqua regia without heat. Good agreement was obtained between experimental values and certified values for arsenic, bismuth, antimony and tin. The method was developed to provide the analyst with the opportunity to determine the analytes by using simple aqueous standards to prepare calibration lines. Within the limits of the samples analyzed, the method developed is independent of matrix.

The generation effect and word learning: a test of the effect of the language experience approach versus the text approach in the acquisition of new reading vocabulary

A class of twenty-two grade one children was tested to determine their reading levels using the Stanford Diagnostic Reading Achievement Test. Based on these results and teacher input the students were paired according to reading ability. The students ages ranged from six years four months to seven years four months at the commencement of the study. Eleven children were assigned to the language experience group and their partners became the text group. Each member of the language experience group generated a list of eight to be learned words. The treatment consisted of exposing the student to a given word three times per session for ten sessions, over a period of five days. The dependent variables consisted of word identification speed, word identification accuracy, and word recognition accuracy. Each member of the text group followed the same procedure using his/her partner's list of words. Upon completion of this training, the entire process was repeated with members of the text group from the first part becoming members of the language experience group and vice versa. The results suggest that generally speaking language experience words are identified faster than text words but that there is no difference in the rate at which these words are learned. Language experience words may be identified faster because the auditory-semantic information is more readily available in them than in text words. The rate of learning in both types of words, however, may be dictated by the orthography of the to be learned word.

Social comparison and body image in non or infrequent exercisers and exercisers

Body image refers to an individual's internal representation ofhis/her outer self (Cash, 1994; Thompson, Heinberg, Altabe, & Tantleff-Dunn, 1999). It is a multidimensional construct which includes an individual's attitudes towards hislher own physical characteristics (Bane & McAuley, 1998; Cash, 1994; Cash, 2004; Davison & McCabe, 2005; Muth & Cash, 1997; Sabiston, Crocker, & Munroe-Chandler, 2005). Social comparison is the process of thinking about the self in relation to others in order to determine if one's opinions and abilities are adequate and to assess one's social status (Festinger, 1954; Wood, 1996). Research investigating the role of social comparisons on body image has provided some information on the types and nature of the comparisons that are made. The act of making social comparisons may have a negative impact on body image (van den Berg et ai., 2007). Although exercise may improve body image, the impact of social comparisons in exercise settings may be less positive, and there may be differences in the social comparison tendencies between non or infrequent exercisers and exercisers. The present study examined the nature of social comparisons that female collegeaged non or infrequent exercisers and exercisers made with respect to their bodies, and the relationship of these social comparisons to body image attitudes. Specifically, the frequency and direction of comparisons on specific tal-gets and body dimensions were examined in both non or infrequent exercisers and exercisers. Finally, the relationship between body-image attitudes and the frequency and direction with which body-related social comparisons were made for non or infrequent exercisers and exercisers were examined. One hundred and fifty-two participants completed the study (n = 70 non or ill infrequent exercisers; n = 82 exercisers). Participants completed measures of social physique anxiety (SPA), body dissatisfaction, body esteem, body image cognitions, leisure time physical activity, and social comparisons. Results suggested that both groups (non or infrequent exercisers and exercisers) generally made social comparisons and most frequently made comparisons with same-sex friends, and least frequently with same-sex parents. Also, both groups made more appearance-related comparisons than non-appearance-related comparisons. Further, both groups made more negative comparisons with almost all targets. However, non or infrequent exercisers generally made more negative comparisons on all body dimensions, while exercisers made negative comparisons only on weight and body shape dimensions. MANOV As were conducted to examine if any differences on social comparisons between the two groups existed. Results of the MANOVAs indicated that frequency of comparisons with targets, the frequency of comparisons on body dimensions, and direction of comparisons with targets did not differ based on exercise status. However, the direction of comparison of specific body dimensions revealed a significant (F (7, 144) = 3.26,p < .05; 1]2 = .132) difference based on exercise status. Follow-up ANOVAs showed significant differences on five variables: physical attractiveness (F (1, 150) = 6.33,p < .05; 1]2 = .041); fitness (F(l, 150) = 11.89,p < .05; 1]2 = .073); co-ordination (F(I, 150) = 5.61,p < .05; 1]2 = .036); strength (F(I, dO) = 12.83,p < .05; 1]2 = .079); muscle mass or tone (F(l, 150) = 17.34,p < .05; 1]2 = 1.04), with exercisers making more positive comparisons than non or infrequent exercisers. The results from the regression analyses for non or infrequent exercisers showed appearance orientation was a significant predictor of the frequency of social comparisons N (B = .429, SEB = .154, /3 = .312,p < .01). Also, trait body image measures accounted for significant variance in the direction of social comparisons (F(9, 57) = 13.43,p < .001, R2adj = .68). Specifically, SPA (B = -.583, SEB = .186, /3 = -.446,p < .01) and body esteem-weight concerns (B = .522, SEB = .207, /3 = .432,p < .01) were significant predictors of the direction of comparisons. For exercisers, regressions revealed that specific trait measures of body image significantly predicted the frequency of comparisons (F(9, 71) = 8.67,p < .001, R2adj = .463). Specifically, SPA (B = .508, SEB = .147, /3 = .497,p < .01) and appearance orientation (B = .457, SEB = .134, /3 = .335,p < .01) were significant predictors of the frequency of social comparisons. Lastly, for exercisers, the results for the regression of body image measures on the direction of social comparisons were also significant (F(9, 70) = 14.65,p < .001, R2adj = .609) with body dissatisfaction (B = .368, SEB = .143, /3 = .362,p < .05), appearan.ce orientation (B = .256, SEB = .123, /3 = .175,p < .05), and fitness orientation (B = .423, SEB = .194, /3 = .266,p < .05) significant predictors of the direction of social comparison. The results indicated that young women made frequent social comparisons regardless of exercise status. However, exercisers m,a de more positive comparisons on all the body dimensions than non or infrequent exercisers. Also, certain trait body image measures may be good predictors of one's body comp~son tendencies. However, the measures which predict comparison tendencies may be different for non or infrequent exercisers and exercisers. Future research should examine the effects of social comparisons in different populations (i.e., males, the obese, older adults, etc.). Implications for practice and research were discussed.

Automatic Structure Generation using Genetic Programming and Fractal Geometry

Three dimensional model design is a well-known and studied field, with numerous real-world applications. However, the manual construction of these models can often be time-consuming to the average user, despite the advantages o ffered through computational advances. This thesis presents an approach to the design of 3D structures using evolutionary computation and L-systems, which involves the automated production of such designs using a strict set of fitness functions. These functions focus on the geometric properties of the models produced, as well as their quantifiable aesthetic value - a topic which has not been widely investigated with respect to 3D models. New extensions to existing aesthetic measures are discussed and implemented in the presented system in order to produce designs which are visually pleasing. The system itself facilitates the construction of models requiring minimal user initialization and no user-based feedback throughout the evolutionary cycle. The genetic programming evolved models are shown to satisfy multiple criteria, conveying a relationship between their assigned aesthetic value and their perceived aesthetic value. Exploration into the applicability and e ffectiveness of a multi-objective approach to the problem is also presented, with a focus on both performance and visual results. Although subjective, these results o er insight into future applications and study in the fi eld of computational aesthetics and automated structure design.

Locating home : the diverse experiences of recent newcomer youth and first generation youth within Ontario's education system

This study has found that youth who or whose parents had left their home country for fear-based reasons were less involved within their school and wider community than youth who left or whose parents left for reasons concerning their social mobility. Many existing studies focus on the challenges newcomer youth experience within the education system (see Anisef, Brown, Phythian, & Sweet, 2010), however through the use of qualitative methodologies this study expanded on the current literature by further examining why it is some youth are successful in overcoming such challenges, while others are not. This study supported what has been demonstrated in the literature regarding challenges faced by newcomer youth and resources to address such challenges. Despite challenges experienced within the education system, youth planned to complete secondary school and attend a postsecondary institution. However, not all youth anticipated remaining in Canada upon completion of their education, with youth or youth whose parents left their home country for fear-based reasons frequently discussing the possibility of returning to their or their parents' home country. Thus, perhaps these youth were less involved within their school, as their goal was not necessarily to establish or maintain connections within their community as they may have viewed residing in Canada as temporary. This finding has important implications, as there are benefits to involvement in extracurricular activities, which may assist youth in overcoming challenges encountered within the education system. Therefore, it would seem that youth who had or whose parents had left their home country for reasons concerning their social mobility may have be at an advantage within the education system with respect to their involvement in school. Perhaps then this differential involvement may at least partially explain why it is some newcomer youth are able to overcome challenges they experience in the education system, while others are not. Both policy and theoretical implications are discussed.

Explorações educacionais (educational explorations) : schooling experiences of second-generation Portuguese Canadian students

This study explores the stories and experiences of second-generation Portuguese Canadian secondary school students in Southern Ontario, Canada. The purpose of this research was to understand the educational experiences of students, specifically the successes, challenges, and struggles that the participants faced within the education system. Questions were also asked about identity issues and how participants perceived their identities influencing their educational experiences. Six Portuguese Canadian students in grades 9 to 11 were interviewed twice. The interviews ranged from 45 minutes to 90 minutes in length. Data analysis of qualitative, open-ended interviews, research journals, field notes and curricular documents yielded understandings about the participants' experiences and challenges in the education system. Eight themes emerged from data that explored the realities of everyday life for second-generatiop Portuguese Canadian students. These themes include: influences of part-time work on schooling, parental involvement, the teacher is key, challenges and barriers, the importance of peers, Portuguese Canadian identity, lack of focus on identity in curricul:um content, and the dropout problem. Recommendations in this study include the need for more community-based programs to assist students. Furthermore, teachers are encouraged to utilize strategies and curriculum resources that engage learners and integrate their histories and identities. Educators are encouraged to question power dynamics both inside and outside the school system. There is also a need for further research with Portuguese Canadian students who are struggling in the education system as well as an examination of the number of hours that students work.

Towards Equitable Access to Postsecondary Education: Learning From the Voices of First Generation Students

This qualitative, phenomenological study investigated first generation students’ perceptions of the challenges they experienced in the process of accessing higher education and the type of school-based support that was received. Particular emphasis was placed on the impact of parental education level on access to postsecondary education (PSE) and how differences in support at the primary and secondary levels of schooling influenced access. Purposeful, homogenous sampling was used to select 6 first generation students attending a postsecondary institution located in Ontario. Analysis of the data revealed that several interrelated factors impact first generation students’ access to postsecondary education. These include familial experiences and expectations, school streaming practices, secondary school teachers’ and guidance counselors’ representations of postsecondary education, and the nature of school-based support that participants received. The implications for theory, research, and practice are discussed and recommendations for enhancing school-based support to ensure equitable access to postsecondary education for first generation students are provided.

Synthesis and characterization of main-chain bile acid-based degradable polymers

Les acides biliaires sont des composés naturels existants dans le corps humain. Leur biocompatibilité, leur caractère amphiphile et la rigidité de leur noyau stéroïdien, ainsi que l’excellent contrôle de leurs modifications chimiques, en font de remarquables candidats pour la préparation de matériaux biodégradables pour le relargage de médicaments et l'ingénierie tissulaire. Nous avons préparé une variété de polymères à base d’acides biliaires ayant de hautes masses molaires. Des monomères macrocycliques ont été synthétisés à partir de diènes composés de chaînes alkyles flexibles attachées à un noyau d'acide biliaire via des liens esters ou amides. Ces synthèses ont été réalisées par la fermeture de cycle par métathèse, utilisant le catalyseur de Grubbs de première génération. Les macrocycles obtenus ont ensuite été polymérisés par ouverture de cycle, entropiquement induite le catalyseur de Grubbs de seconde génération. Des copolymères ont également été préparés à partir de monolactones d'acide ricinoléique et de monomères cycliques de triester d’acide cholique via la même méthode. Les propriétés thermiques et mécaniques et la dégradabilité de ces polymères ont été étudiées. Elles peuvent être modulées en modifiant les différents groupes fonctionnels décorant l’acide biliaire et en ayant recours à la copolymérisation. La variation des caractéristiques physiques de ces polymères biocompatibles permet de moduler d’autres propriétés utiles, tel que l’effet de mémoire de forme qui est important pour des applications biomédicales.

Spectro-imagerie optique à faible flux et comparaison de la cinématique Ha et HI d'un échantillon de galaxies proches

Un nouveau contrôleur de EMCCD (Electron multiplying Charge Coupled Device) est présenté. Il permet de diminuer significativement le bruit qui domine lorsque la puce EMCCD est utilisé pour du comptage de photons: le bruit d'injection de charge. À l'aide de ce contrôleur, une caméra EMCCD scientifique a été construite, caractérisée en laboratoire et testée à l'observatoire du mont Mégantic. Cette nouvelle caméra permet, entre autres, de réaliser des observations de la cinématique des galaxies par spectroscopie de champ intégral par interférométrie de Fabry-Perot en lumière Ha beaucoup plus rapidement, ou de galaxies de plus faible luminosité, que les caméras à comptage de photon basées sur des tubes amplificateurs. Le temps d'intégration nécessaire à l'obtention d'un rapport signal sur bruit donné est environ 4 fois moindre qu'avec les anciennes caméras. Les applications d'un tel appareil d'imagerie sont nombreuses: photométrie rapide et faible flux, spectroscopie à haute résolution spectrale et temporelle, imagerie limitée par la diffraction à partir de télescopes terrestres (lucky imaging), etc. D'un point de vue technique, la caméra est dominée par le bruit de Poisson pour les flux lumineux supérieurs à 0.002 photon/pixel/image. D'un autre côté, la raie d'hydrogène neutre (HI) à 21 cm a souvent été utilisée pour étudier la cinématique des galaxies. L'hydrogène neutre a l'avantage de se retrouver en quantité détectable au-delà du disque optique des galaxies. Cependant, la résolution spatiale de ces observations est moindre que leurs équivalents réalisés en lumière visible. Lors de la comparaison des données HI, avec des données à plus haute résolution, certaines différences étaient simplement attribuées à la faible résolution des observations HI. Le projet THINGS (The HI Nearby Galaxy Survey a observé plusieurs galaxies de l'échantillon SINGS (Spitzer Infrared Nearby Galaxies Survey). Les données cinématiques du projet THIGNS seront comparées aux données cinématiques obtenues en lumière Ha, afin de déterminer si la seule différence de résolution spatiale peut expliquer les différences observées. Les résultats montrent que des différences intrinsèques aux traceurs utilisées (hydrogène neutre ou ionisé), sont responsables de dissemblances importantes. La compréhension de ces particularités est importante: la distribution de la matière sombre, dérivée de la rotation des galaxies, est un test de certains modèles cosmologiques.

Métriques de routage dans les réseaux maillés sans fil

Ces dernières années, les technologies sans fil ont connu un essor fulgurant. Elles ont permis la mise en place de réseaux sans fil à hautes performances. Les réseaux maillées sans fil (RMSF) sont une nouvelle génération de réseaux sans fil qui offrent des débits élevés par rapport aux réseaux Wi-Fi (Wireless Fidelity) classiques et aux réseaux ad-hoc. Ils présentent de nombreux avantages telles que leur forte tolérance aux pannes, leur robustesse, leur faible coût etc. Les routeurs des RMSF peuvent disposer de plusieurs interfaces radio et chaque interface peut opérer sur plusieurs canaux distincts, c’est des RMSF multiples-radios, multiples-canaux. Ce type de réseau peut accroître de manière considérable les performances des RMSF. Cependant plusieurs problèmes subsistent et doivent être résolus notamment celui du routage. Le routage dans les RMSF demeure un défi majeur. Le but des protocoles de routage est de trouver les meilleures routes i.e. des routes qui maximisent les débits et minimisent les délais, lors de l’acheminement du trafic. La qualité des routes dans les RMSF peut être fortement affectée par les interférences, les collisions, les congestions etc. Alors les protocoles doivent être en mesure de détecter ces problèmes pour pouvoir en tenir compte lors de la sélection des routes. Plusieurs études ont été dédiées aux métriques et aux protocoles de routage dans les RMSF afin de maximiser les performances de celles ci. Mais la plupart ne prennent pas en considération toutes les contraintes telles que les interférences, le problème des stations cachées etc. Ce mémoire propose une nouvelle métrique de routage pour RMSF. Nous avons mis en place une nouvelle métrique de routage pour RMSF appelée MBP (Metric Based on Probabilities). Cette métrique est destinée aux RMSF mono-radio ou multiples-radios. Elle permet d’éviter les routes à forte ii interférence. Les résultats des simulations ont montré que MBP présente des améliorations par rapport à certaines métriques : ETT, WCETT et iAWARE qui sont connues dans le domaine.

Modélisation procédurale par composants

Le réalisme des images en infographie exige de créer des objets (ou des scènes) de plus en plus complexes, ce qui entraîne des coûts considérables. La modélisation procédurale peut aider à automatiser le processus de création, à simplifier le processus de modification ou à générer de multiples variantes d'une instance d'objet. Cependant même si plusieurs méthodes procédurales existent, aucune méthode unique permet de créer tous les types d'objets complexes, dont en particulier un édifice complet. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse proposent deux solutions au problème de la modélisation procédurale: une solution au niveau de la géométrie de base, et l’autre sous forme d'un système général adapté à la modélisation des objets complexes. Premièrement, nous présentons le bloc, une nouvelle primitive de modélisation simple et générale, basée sur une forme cubique généralisée. Les blocs sont disposés et connectés entre eux pour constituer la forme de base des objets, à partir de laquelle est extrait un maillage de contrôle pouvant produire des arêtes lisses et vives. La nature volumétrique des blocs permet une spécification simple de la topologie, ainsi que le support des opérations de CSG entre les blocs. La paramétrisation de la surface, héritée des faces des blocs, fournit un soutien pour les textures et les fonctions de déplacements afin d'appliquer des détails de surface. Une variété d'exemples illustrent la généralité des blocs dans des contextes de modélisation à la fois interactive et procédurale. Deuxièmement, nous présentons un nouveau système de modélisation procédurale qui unifie diverses techniques dans un cadre commun. Notre système repose sur le concept de composants pour définir spatialement et sémantiquement divers éléments. À travers une série de déclarations successives exécutées sur un sous-ensemble de composants obtenus à l'aide de requêtes, nous créons un arbre de composants définissant ultimement un objet dont la géométrie est générée à l'aide des blocs. Nous avons appliqué notre concept de modélisation par composants à la génération d'édifices complets, avec intérieurs et extérieurs cohérents. Ce nouveau système s'avère général et bien adapté pour le partionnement des espaces, l'insertion d'ouvertures (portes et fenêtres), l'intégration d'escaliers, la décoration de façades et de murs, l'agencement de meubles, et diverses autres opérations nécessaires lors de la construction d'un édifice complet.

The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

Comparing tolerability profile of second generation antipsychotics in schizophrenia and affective disorders : a meta-analysis

Les antipsychotiques de deuxième génération (ADG) sont de plus en plus employés dans le traitement de troubles psychiatriques. Selon de nombreuses observations cliniques, les effets secondaires reliés à la prise d’ADG diffèrent chez les patients atteints de schizophrénie (SCZ) et de maladies affectives (MA) éprouvent divers. Ainsi, il s’avère nécessaire d’étudier la fréquence et l'intensité des effets secondaires induits par les ADG qui pourraient différer selon le diagnostic. Pour ce faire, nous avons effectué une revue systématique de la littérature afin d’identifier l’ensemble des études rapportant les effets secondaires de cinq ADG (aripiprazole, olanzapine, quétiapine, rispéridone et ziprasidone) dans le traitement de la schizophrénie ou des maladies affectives. Les effets secondaires métaboliques et extrapyramidaux ont été recueillis séparément pour les deux groupes de patients, puis ont été combinés dans une méta-analyse. Des méta-régressions ainsi que des sous-analyses ont également été effectuées dans le but de regarder l’effet de différents modérateurs (i.e. âge, genre, et dose). Dans la présente méta-analyse, 107 études ont été inclues. Les résultats montrent que le traitement avec l’olanzapine a occasionné une plus importante prise de poids chez les patients SCZ comparativement aux patients MA. De plus, le traitement à la quétiapine a amené une hausse significative du taux de LDL et de cholestérol total dans le groupe SCZ par rapport au groupe MA. Selon nos résultats, les symptômes extrapyramidaux étaient plus fréquents dans le groupe MA, excepté pour le traitement à l'olanzapine qui a induit davantage de ces symptômes chez les patients SCZ. Également, nos résultats suggèrent que les patients SCZ seraient plus vulnérables à certains effets métaboliques induits par les ADG dû à une possible susceptibilité génétique ou à la présence de facteurs de risque associés au style de vie. D'autre part, les patients MA en comparaison aux SCZ étaient plus enclins à souffrir de troubles du mouvement induits par les ADG. Bref, les ADG semblent exacerber certains types d’effets secondaires tout dépendant de la maladie dans laquelle on les utilise.