Cognitive strategies for reducing energy consumption in wireless sensor networks

El consumo energético de las Redes de Sensores Inalámbricas (WSNs por sus siglas en inglés) es un problema histórico que ha sido abordado desde diferentes niveles y visiones, ya que no solo afecta a la propia supervivencia de la red sino que el creciente uso de dispositivos inteligentes y el nuevo paradigma del Internet de las Cosas hace que las WSNs tengan cada vez una mayor influencia en la huella energética. Debido a la tendencia al alza en el uso de estas redes se añade un nuevo problema, la saturación espectral. Las WSNs operan habitualmente en bandas sin licencia como son las bandas Industrial, Científica y Médica (ISM por sus siglas en inglés). Estas bandas se comparten con otro tipo de redes como Wi-Fi o Bluetooth cuyo uso ha crecido exponencialmente en los últimos años. Para abordar este problema aparece el paradigma de la Radio Cognitiva (CR), una tecnología que permite el acceso oportunista al espectro. La introducción de capacidades cognitivas en las WSNs no solo permite optimizar su eficiencia espectral sino que también tiene un impacto positivo en parámetros como la calidad de servicio, la seguridad o el consumo energético. Sin embargo, por otra parte, este nuevo paradigma plantea algunos retos relacionados con el consumo energético. Concretamente, el sensado del espectro, la colaboración entre los nodos (que requiere comunicación adicional) y el cambio en los parámetros de transmisión aumentan el consumo respecto a las WSN clásicas. Teniendo en cuenta que la investigación en el campo del consumo energético ha sido ampliamente abordada puesto que se trata de una de sus principales limitaciones, asumimos que las nuevas estrategias deben surgir de las nuevas capacidades añadidas por las redes cognitivas. Por otro lado, a la hora de diseñar estrategias de optimización para CWSN hay que tener muy presentes las limitaciones de recursos de estas redes en cuanto a memoria, computación y consumo energético de los nodos. En esta tesis doctoral proponemos dos estrategias de reducción de consumo energético en CWSNs basadas en tres pilares fundamentales. El primero son las capacidades cognitivas añadidas a las WSNs que proporcionan la posibilidad de adaptar los parámetros de transmisión en función del espectro disponible. La segunda es la colaboración, como característica intrínseca de las CWSNs. Finalmente, el tercer pilar de este trabajo es teoría de juegos como algoritmo de soporte a la decisión, ampliamente utilizado en WSNs debido a su simplicidad. Como primer aporte de la tesis se presenta un análisis completo de las posibilidades introducidas por la radio cognitiva en materia de reducción de consumo para WSNs. Gracias a las conclusiones extraídas de este análisis, se han planteado las hipótesis de esta tesis relacionadas con la validez de usar capacidades cognitivas como herramienta para la reducción de consumo en CWSNs. Una vez presentada las hipótesis, pasamos a desarrollar las principales contribuciones de la tesis: las dos estrategias diseñadas para reducción de consumo basadas en teoría de juegos y CR. La primera de ellas hace uso de un juego no cooperativo que se juega mediante pares de jugadores. En la segunda estrategia, aunque el juego continúa siendo no cooperativo, se añade el concepto de colaboración. Para cada una de las estrategias se presenta el modelo del juego, el análisis formal de equilibrios y óptimos y la descripción de la estrategia completa donde se incluye la interacción entre nodos. Con el propósito de probar las estrategias mediante simulación e implementación en dispositivos reales hemos desarrollado un marco de pruebas compuesto por un simulador cognitivo y un banco de pruebas formado por nodos cognitivos capaces de comunicarse en tres bandas ISM desarrollados en el B105 Lab. Este marco de pruebas constituye otra de las aportaciones de la tesis que permitirá el avance en la investigación en el área de las CWSNs. Finalmente, se presentan y discuten los resultados derivados de la prueba de las estrategias desarrolladas. La primera estrategia proporciona ahorros de energía mayores al 65% comparados con una WSN sin capacidades cognitivas y alrededor del 25% si la comparamos con una estrategia cognitiva basada en el sensado periódico del espectro para el cambio de canal de acuerdo a un nivel de ruido fijado. Este algoritmo se comporta de forma similar independientemente del nivel de ruido siempre que éste sea espacialmente uniformemente. Esta estrategia, a pesar de su sencillez, nos asegura el comportamiento óptimo en cuanto a consumo energético debido a la utilización de teoría de juegos en la fase de diseño del comportamiento de los nodos. La estrategia colaborativa presenta mejoras respecto a la anterior en términos de protección frente al ruido en escenarios de ruido más complejos donde aporta una mejora del 50% comparada con la estrategia anterior. ABSTRACT Energy consumption in Wireless Sensor Networks (WSNs) is a known historical problem that has been addressed from different areas and on many levels. But this problem should not only be approached from the point of view of their own efficiency for survival. A major portion of communication traffic has migrated to mobile networks and systems. The increased use of smart devices and the introduction of the Internet of Things (IoT) give WSNs a great influence on the carbon footprint. Thus, optimizing the energy consumption of wireless networks could reduce their environmental impact considerably. In recent years, another problem has been added to the equation: spectrum saturation. Wireless Sensor Networks usually operate in unlicensed spectrum bands such as Industrial, Scientific, and Medical (ISM) bands shared with other networks (mainly Wi-Fi and Bluetooth). To address the efficient spectrum utilization problem, Cognitive Radio (CR) has emerged as the key technology that enables opportunistic access to the spectrum. Therefore, the introduction of cognitive capabilities to WSNs allows optimizing their spectral occupation. Cognitive Wireless Sensor Networks (CWSNs) do not only increase the reliability of communications, but they also have a positive impact on parameters such as the Quality of Service (QoS), network security, or energy consumption. These new opportunities introduced by CWSNs unveil a wide field in the energy consumption research area. However, this also implies some challenges. Specifically, the spectrum sensing stage, collaboration among devices (which requires extra communication), and changes in the transmission parameters increase the total energy consumption of the network. When designing CWSN optimization strategies, the fact that WSN nodes are very limited in terms of memory, computational power, or energy consumption has to be considered. Thus, light strategies that require a low computing capacity must be found. Since the field of energy conservation in WSNs has been widely explored, we assume that new strategies could emerge from the new opportunities presented by cognitive networks. In this PhD Thesis, we present two strategies for energy consumption reduction in CWSNs supported by three main pillars. The first pillar is that cognitive capabilities added to the WSN provide the ability to change the transmission parameters according to the spectrum. The second pillar is that the ability to collaborate is a basic characteristic of CWSNs. Finally, the third pillar for this work is the game theory as a decision-making algorithm, which has been widely used in WSNs due to its lightness and simplicity that make it valid to operate in CWSNs. For the development of these strategies, a complete analysis of the possibilities is first carried out by incorporating the cognitive abilities into the network. Once this analysis has been performed, we expose the hypotheses of this thesis related to the use of cognitive capabilities as a useful tool to reduce energy consumption in CWSNs. Once the analyses are exposed, we present the main contribution of this thesis: the two designed strategies for energy consumption reduction based on game theory and cognitive capabilities. The first one is based on a non-cooperative game played between two players in a simple and selfish way. In the second strategy, the concept of collaboration is introduced. Despite the fact that the game used is also a non-cooperative game, the decisions are taken through collaboration. For each strategy, we present the modeled game, the formal analysis of equilibrium and optimum, and the complete strategy describing the interaction between nodes. In order to test the strategies through simulation and implementation in real devices, we have developed a CWSN framework composed by a CWSN simulator based on Castalia and a testbed based on CWSN nodes able to communicate in three different ISM bands. We present and discuss the results derived by the energy optimization strategies. The first strategy brings energy improvement rates of over 65% compared to WSN without cognitive techniques. It also brings energy improvement rates of over 25% compared with sensing strategies for changing channels based on a decision threshold. We have also seen that the algorithm behaves similarly even with significant variations in the level of noise while working in a uniform noise scenario. The collaborative strategy presents improvements respecting the previous strategy in terms of noise protection when the noise scheme is more complex where this strategy shows improvement rates of over 50%.

Estudio de los factores que condicionan, a escala local, la presencia de Epidendrum rhopalostele (Orchidaceae): Implicaciones para su conservación

El análisis de los factores que determinan el establecimiento y supervivencia de orquídeas epífitas, incluyen: a) las condiciones microambientales de los bosques que las mantienen, b) preferencias por las características de los hospederos donde crecen, c) limitación en la dispersión de semillas, d) interacciones planta-planta, y e) asociaciones micorrízicas para la germinación y resultan esenciales para el desarrollo de estrategias para la conservación y manejo de este grupo de plantas. Este trabajo ha evaluado la importancia de estos factores en Epidendrum rhopalostele, orquídea epífita del bosque de niebla montano, a través de los análisis de los patrones espaciales de los árboles que la portan y de la propia orquídea, a escala de población, estudios de asociación y métodos moleculares. Estos últimos han consistido en el uso de marcadores AFLP para el análisis de la estructura genética de la orquídea y en la secuenciación-clonación de la región ITS para la identificación de los hongos micorrízicos asociados. El objetivo de esta tesis es, por tanto, una mejor comprensión de los factores que condicionan la presencia de orquídeas epífitas en los remanentes de bosque de niebla montano y una evaluación de las implicaciones para la conservación y mantenimiento de sus hábitats y la permanencia de sus poblaciones. El estudio fue realizado en un fragmento de bosque de niebla montano de sucesión secundaria situado al este de la Cordillera Real, en los Andes del sur de Ecuador, a 2250 m.s.n.m y caracterizado por una pendiente marcada, temperatura media anual de 20.8°C y precipitación anual de 2193 mm. En este fragmento se mapearon, identificaron y caracterizaron todos los árboles presentes con DBH > 1 cm y todos los individuos de Epidendrum rhopalostele. Así mismo se tomaron muestras de hoja para obtener ADN de todas las orquídeas registradas y muestras de raíces de individuos con flor de E. rhopalostele, uno por cada forófito, para el análisis filogenético de micorrizas. Análisis espaciales de patrones de puntos basados en la K de Ripley y la distancia al vecino más cercano fueron usados para los árboles, forófitos y la población de E. rhopalostele. Se observó que la distribución espacial de árboles y forófitos de E. rhopalostele no es aleatoria, ya que se ajusta a un proceso agregado de Poisson. De ahí se infiere una limitación en la dispersión de las semillas en el fragmento estudiado y en el establecimiento de la orquídea. El patrón de distribución de la población de E. rhopalostele en el fragmento muestra un agrupamiento a pequeña escala sugiriendo una preferencia por micro-sitios para el establecimiento de la orquídea con un kernel de dispersión de las semillas estimado de 0.4 m. Las características preferentes del micro-sitio como tipos de árboles (Clusia alata y árboles muertos), tolerancia a la sombra, corteza rugosa, distribución en los dos primeros metros sugieren una tendencia a distribuirse en el sotobosque. La existencia de una segregación espacial entre adultos y juveniles sugiere una competencia por recursos limitados condicionada por la preferencia de micro-sitio. La estructura genética de la población de E. rhopalostele analizada a través de Structure y PCoA evidencia la presencia de dos grupos genéticos coexistiendo en el fragmento y en los mismos forófitos, posiblemente por eventos de hibridización entre especies de Epidendrum simpátricas. Los resultados del análisis de autocorrelación espacial efectuados en GenAlex confirman una estructura genético-espacial a pequeña escala que es compatible con un mecanismo de dispersión de semillas a corta distancia ocasionada por gravedad o pequeñas escorrentías, frente a la dispersión a larga distancia promovida por el viento generalmente atribuida a las orquídeas. Para la identificación de los micobiontes se amplificó la región ITS1-5.8S-ITS2, y 47 secuencias fueron usadas para el análisis filogenético basado en neighborjoining, análisis bayesiano y máximum-likelihood que determinó que Epidendrum rhopalostele establece asociaciones micorrízicas con al menos dos especies diferentes de Tulasnella. Se registraron plantas que estaban asociadas con los dos clados de hongos encontrados, sugiriendo ausencia de limitación en la distribución del hongo. Con relación a las implicaciones para la conservación in situ resultado de este trabajo se recomienda la preservación de todo el fragmento de bosque así como de las interacciones existentes (polinizadores, micorrizas) a fin de conservar la diversidad genética de esta orquídea epífita. Si fuere necesaria una reintroducción se deben contemplar distancias entre los individuos en cada forófito dentro de un rango de 0.4 m. Para promover el reclutamiento y regeneración de E. rhopalostele, se recomienda que los forófitos correspondan preferentemente a árboles muertos o caídos y a especies, como Clusia alata, que posean además corteza rugosa, sean tolerantes a la sombra, y en el área del sotobosque con menor luminosidad. Además es conveniente que las orquídeas en su distribución vertical estén ubicadas en los primeros metros. En conclusión, la limitación en la dispersión, las características del micro-sitio, las interacciones intraespecíficas y con especies congenéricas simpátricas y las preferencias micorrízicas condicionan la presencia de esta orquídea epífita en este tipo de bosque. ABSTRACT The analysis of factors that determine the establishment and survival of epiphytic depends on factors such as a) microenvironmental conditions of forest, b) preference for host characteristics where orchids grow, c) seed dispersal limitation, d) plant-plant interaction, e) priority mycorrhizal associations for germination, are essential for the development of strategies for management and conservation. This work evaluated the importance of these factors in Epidendrum rhopalostele, an epiphytic orchid of montane cloud forest through the analysis of spatial patterns of host trees and the orchid, in a more specific scale, with association studies and molecular methods, including AFLPs for orchid population genetic structure and the sequencing of the ITS region for associated mycorrhizal fungi. The aim of this thesis is to understand the factors that condition the presence of epiphytic orchids in the remnants of montane cloud forest and to assess the implications for the conservation and preservation of their habitats and the persistence of the orchid populations. The study was carried out in a fragment of montane cloud forest of secondary succession on the eastern slope of Cordillera Real in the Andes of southern Ecuador, located at 2250 m a.s.l. characterized by a steep slope, mean annual temperature of 20.8°C and annual precipitation of 2193 mm. All trees with DBH > 1 cm were mapped, characterized and identified. All E. rhopalostele individuals present were counted, marked, characterized and mapped. Leaf samples of all orchid individuals were collected for DNA analysis. Root samples of flowering E. rhopalostele individuals were collected for phylogenetic analysis of mycorrhizae, one per phorophyte. Spatial point pattern analysis based on Ripley`s K function and nearest neighbor function was used for trees, phorophytes and orchid population. We observed that spatial distribution of trees and phorophytes is not random, as it adjusts to a Poisson cluster process. This suggests a limitation for seed dispersal in the study fragment that is affecting orchid establishment. Furthermore, the small-scale spatial pattern of E. rhopalostele evidences a clustering that suggests a microsite preference for orchid establishment with a dispersal kernel of 0.4 m. Microsite features such as types of trees (dead trees or Clusia alata), shade tolerance trees, rough bark, distribution in the first meters suggest a tendency to prefer the understory for their establishment. Regarding plant-plant interaction a spatial segregation between adults and juveniles was present suggesting competition for limited resources conditioned for a microsite preference. Analysis of genetic structure of E. rhopalostele population through Structure and PCoA shows two genetic groups coexisting in this fragment and in the same phorophyte, possibly as a result of hybridization between sympatric species of Epidendrum. Our results of spatial autocorrelation analysis develop in GenAlex confirm a small-scale spatial-genetic structure within the genetic groups that is compatible with a short-distance dispersal mechanism caused by gravity or water run-off, instead of the long-distance seed dispersal promoted by wind generally attributed to orchids. For mycobionts identification ITS1-5.8S-ITS2 rDNA region was amplified. Phylogenetic analysis was performed with neighborjoining, Bayesian likelihood and maximum-likelihood for 47 sequences yielded two Tulasnella clades. This orchid establishes mycorrhizal associations with at least two different Tulasnella species. In some cases both fungi clades were present in same root, suggesting no limitation in fungal distribution. Concerning the implications for in situ conservation resulting from this work, the preservation of all forest fragment and their interactions (pollinators, mycorrhiza) is recommended to conserve the genetic diversity of this species. If a reintroduction were necessary, distances between individuals in each phorophyte within a range of 0.4 m, are recommended. To promote recruitment and regeneration of E. rhopalostele it is recommended that phorophytes correspond to dead or fallen trees or species, such as Clusia alata. Trees that have rough bark and are shade tolerant are also recommended. Furthermore, regarding vertical distribution, it is also convenient that orchids are located in the first meter (in understory, area with less light). In conclusion, limitation on seed dispersal, microsite characteristics, plant-plant interactions or interaction with cogeneric sympatric species and mycorrhizal preferences conditioned the presence of this epiphytic orchid in this fragment forest.

Crecimiento forestal en el bosque tropical de montaña: efectos de la diversidad florística y de la manipulación de nutrientes

El bosque tropical de montaña, es considerado zona de mega diversidad y de alto grado de endemismo, por las diferentes zonas ecológicas que presenta. Durante las últimas décadas estos bosques han recibido mayor atención por parte de investigadores, sin embargo, aún existe poca investigación en determinar cuáles son las respuestas de los bosques a los cambios ambientales a los que son sometidos. Estos bosques están sufriendo serias amenazas como pérdida de cobertura vegetal y cambios en los ciclos de nutrientes. El trabajo se dividió en cuatro objetivos específicos. i) Caracterización y análisis de patrones altitudinales de la riqueza de especies en el bosque tropical de montaña en el sur del Ecuador; con el fin de conocer cómo varía la diversidad de especies riqueza lo largo de un gradiente altitudinal. ii) Conocer los patrones espaciales del crecimiento en tres remanentes boscosos de un bosque tropical de montaña para determinar cómo la vecindad y la semejanza funcional de ésta influyen en el crecimiento forestal. iii) Conocer los efectos de la fertilización en el crecimiento diamétrico de especies arbóreas, en el bosque tropical de montaña; se analizó cómo reaccionan los árboles a la adición de nutrientes N y P en tres tipos de bosque. iv) Saber la respuesta de la comunidad de árboles a la adición de nutrientes en el bosque montano andino; este objetivo se basó con el supuesto de la deficiencia de tres tipos de nutrientes N, P y Ca, en esta formación boscosa y cómo reaccionan los árboles a la adición de nutrientes. El presente trabajo se llevó a cabo, en el bosque tropical de montaña que se encuentra localizada en la parte adyacente del Parque Nacional Podocarpus (PNP) en la cordillera del Consuelo, forma parte de la cadena oriental de los Andes del sur del Ecuador El trabajo de desarrollo entre los años 2008 y 2014. Para abordar el primer objetivo se establecieron 54 parcelas ubicadas aleatoriamente a lo largo de un gradiente altitudinal (3 niveles de altitud) y se e midieron e identificaron todos los individuos mayores a 5cm de DAP. Se construyó una filogenia con Phylocom y se calcularon diferentes componentes de diversidad para cada parcela ( riqueza taxonómica, diversidad filogenética y edad media de las especies). Ajustando modelos lineares se contrastó el efecto de la altitud sobre dichos componentes y se vio que la riqueza taxonómica y la edad media de las especies aumentaron con la altitud, en sentido contrario a las predicciones de la "hipótesis del conservadurismo tropical" (Tropical Conservatism Hypothesis). Para abordar el segundo objetivo se realizó una remedición de todos los árboles cartografiados en tres parcelas permanentes de alrededor de 5000 m2 cada una, representativas de tres estados diferentes de la sucesión del bosque montano. A partir de las coordenadas y de los datos de registrados, y empleando diferentes funciones de correlación de marca se analizó la distribución espacial del tamaño y del crecimiento relativo y del tamaño. Se constató que mientras que el tamaño de los árboles presentó una correlación espacial negativa, el crecimiento presentó correlación espacial positiva, en ambos casos a distancias cortas. El rango y la magnitud de ambas correlaciones aumentaron al avanzar la sucesión. La distribución espacial del crecimiento mostró una correlación negativa con la distribución espacial de tamaños. Por otro lado, la distribución espacial del crecimiento mostró una correlación negativa para árboles semejantes funcionalmente y positiva cuando se calculó entre árboles con diferente estrategia funcional. En conjunto, los resultados obtenidos señalan un aumento de la importancia de procesos competitivos y una mayor estructuración espacial del crecimiento y de la distribución de tamaños al avanzar la sucesión. Para el tercer y cuarto objetivo se instalaron 52 parcelas distribuidas en bloques donde se fertilizaron dos veces al año durante 6,4 años, se identificaron todos los individuos mayores a 10 cm de DAP, y se midió el crecimiento diamétrico durante estos años Con la adición de nutrientes realizada a los diferentes tipos de bosque en la gradiente altitudinal, encontramos que el efecto sobre el crecimiento diamétrico en la comunidad varia con el rango altitudinal, y el tipo de nutriente, analizando a nivel de las especies, en la mayoría de los casos las especies comunes no tuvieron cambios significativos a la adición de nutrientes. Los resultados de este estudio aportan nuevas evidencias para el entendimiento de la diversidad, estructura y dinámica de los bosques tropicales de montaña. ABSTRACT The montane tropical forest is considered a megadiverse habitat that harbor an enormous degree of endemism. This is mainly due to the high degree of environmental heterogeneity found and the presence of different well defined ecological areas. These forests have received more attention during the last decades, however, the information regarding the responses of these forests to environmental change, is still scarce. These forests are seriously endangered and are suffering serious threats, such as loss of vegetative cover, changes in the nutrient cycles. The work was divided in four specific objectives: i) Characterization and analysis of the species richness altitudinal patterns in the montane tropical forest of south Ecuador. Specifically, how species diversity changes along altitudinal gradients. ii) Exploring the spatial patterns of tree growth in three remnants of a montane tropical forest, and analyze how tree neighborhood and functional similarity among trees influence tree growth. Tropical Conservatism Hypothesis iii) Understanding the effects of fertilization in arboreal species growth (increase in diameter) of the montane tropical forest. Specifically we studied the effects of P and N addition on three different forests across an altitudinal gradient. iv) Know the response of the community of trees to the addition of nutrients in the Andean montane forest; this objective was based on the supposition of deficiency of three types of nutrients: P, N and Ca in this forest all formation and how the trees react to the addition of these nutrients. The present work was carried out in the montane tropical forest located in Bombuscaro, San Francisco and Cajanuma close to Podocarpus National Park (PNP) on Consuelo mountain range (Andean oriental range) at South of Ecuador. Field work was carried out during 2008 and 2014. To address the first objective, we randomly placed 54 plots along an altitudinal gradient. In these plots, every individual larger than 5 cm of DBH was measured and identified. A phylogeny was build with Phylocom and different diversity components (taxonomic richness, phylogenetic diversity and average species age) were computed for each plot. Linear models were used to test the effects of altitude on the diversity components. Our results showed that, contrary to the Tropical Conservatism Hypothesis, both taxonomic richness and average species age increased with altitude. To address our second objective, all mapped trees in three successional permanent plots (around ~5000 m2 each) were re-measured. Using different mark correlation functions, we analyzed the spatial distribution of tree-size and tree relative growth rate. Whereas tree size showed negative spatial correlation at fine spatial scales, relative growth rate showed positive correlation at the same scales. The range and magnitude of those correlations increased along successional stage. The spatial distribution of the relative growth rate was negatively correlated with the spatial distribution of tree sizes. Additionally, we found that the spatial correlation of the relative growth rate was negative for functionally similar trees and positive when computed for functionally different trees. In synthesis, our results point to an increase of competitive processes and strong spatial structure of relative growth rate and tree size along succession. For the third and fourth objectives, 52 plots were placed in a block design and were fertilized twice a year for 6,4 years. In these plots all the individuals with DBH > 10 cm were identified, and the diametrical growth was measured during these years. The nutrient addition at the three different altitude forests, revealed that the effect on the diametrical growth in the community varied with the altitudinal range. When analyzed at species level, the addition of nutrients was no significant in most cases. These results represent new evidences that will improved our understanding of diversity patterns and structure, and the dynamics of tropical montane forests.

Telemetría de vehículos FSAE con microcontrolador PIC32 y transceptor de radio CC1101

Quizás el campo de las telecomunicaciones sea uno de los campos en el que más se ha progresado en este último siglo y medio, con la ayuda de otros campos de la ciencia y la técnica tales como la computación, la física electrónica, y un gran número de disciplinas, que se han utilizado estos últimos 150 años en conjunción para mejorarse unas con la ayuda de otras. Por ejemplo, la química ayuda a comprender y mejorar campos como la medicina, que también a su vez se ve mejorada por los progresos en la electrónica creados por los físicos y químicos, que poseen herramientas más potentes para calcular y simular debido a los progresos computacionales. Otro de los campos que ha sufrido un gran avance en este último siglo es el de la automoción, aunque estancados en el motor de combustión, los vehículos han sufrido enormes cambios debido a la irrupción de los avances en la electrónica del automóvil con multitud de sistemas ya ampliamente integrados en los vehículos actuales. La Formula SAE® o Formula Student es una competición de diseño, organizada por la SAE International (Society of Automotive Engineers) para estudiantes de universidades de todo el mundo que promueve la ingeniería a través de una competición donde los miembros del equipo diseñan, construyen, desarrollan y compiten en un pequeño y potente monoplaza. En el ámbito educativo, evitando el sistema tradicional de clases magistrales, se introducen cambios en las metodologías de enseñanza y surge el proyecto de la Fórmula Student para lograr una mejora en las acciones formativas, que permitan ir incorporando nuevos objetivos y diseñar nuevas situaciones de aprendizaje que supongan una oportunidad para el desarrollo de competencias de los alumnos, mejorar su formación como ingenieros y contrastar sus progresos compitiendo con las mejores universidades del mundo. En este proyecto se pretende dotar a los alumnos de las escuelas de ingeniería de la UPM que desarrollan el vehículo de FSAE de una herramienta de telemetría con la que evaluar y probar comportamiento del vehículo de FSAE junto con sus subsistemas que ellos mismos diseñan, con el objetivo de evaluar el comportamiento, introducir mejoras, analizar resultados de una manera más rápida y cómoda, con el objetivo de poder progresar más rápidamente en su desarrollo, recibiendo y almacenando una realimentación directa e instantánea del funcionamiento mediante la lectura de los datos que circulan por el bus CAN del vehículo. También ofrece la posibilidad de inyectar datos a los sistemas conectados al bus CAN de manera remota. Se engloba en el conjunto de proyectos de la FSAE, más concretamente en los basados en la plataforma PIC32 y propone una solución conjunta con otros proyectos o también por sí sola. Para la ejecución del proyecto se fabricó una placa compuesta de dos placas de circuito impreso, la de la estación base que envía comandos, instrucciones y datos para inyectar en el bus CAN del vehículo mediante radiofrecuencia y la placa que incorpora el vehículo que envía las tramas que circulan por el bus CAN del vehículo con los identificadores deseados, ejecuta los comandos recibidos por radiofrecuencia y salva las tramas CAN en una memoria USB o SD Card. Las dos PCBs constituyen el hardware del proyecto. El software se compone de dos programas. Un programa para la PCB del vehículo que emite los datos a la estación base, codificado en lenguaje C con ayuda del entorno de desarrollo MPLAB de Microchip. El otro programa hecho con LabView para la PCB de la estación base que recibe los datos provenientes del vehículo y los interpreta. Se propone un hardware y una capa o funciones de software para los microcontroladores PIC32 (similar al de otros proyectos del FSAE) para la transmisión de las tramas del bus CAN del vehículo de manera inalámbrica a una estación base, capaz de insertar tramas en el bus CAN del vehículo enviadas desde la estación base. También almacena estas tramas CAN en un dispositivo USB o SD Card situado en el vehículo. Para la transmisión de los datos se hizo un estudio de las frecuencias de transmisión, la legislación aplicable y los tipos de transceptores. Se optó por utilizar la banda de radiofrecuencia de uso común ISM de 433MHz mediante el transceptor integrado CC110L de Texas Instruments altamente configurable y con interfaz SPI. Se adquirieron dos parejas de módulos compatibles, con amplificador de potencia o sin él. LabView controla la estación que recoge las tramas CAN vía RF y está dotada del mismo transceptor de radio junto con un puente de comunicaciones SPI-USB, al que se puede acceder de dos diferentes maneras, mediante librerías dll, o mediante NI-VISA con transferencias RAW-USB. La aplicación desarrollada posee una interfaz configurable por el usuario para la muestra de los futuros sensores o actuadores que se incorporen en el vehículo y es capaz de interpretar las tramas CAN, mostrarlas, gráfica, numéricamente y almacenar esta información, como si fuera el cuadro de instrumentos del vehículo. Existe una limitación de la velocidad global del sistema en forma de cuello de botella que se crea debido a las limitaciones del transceptor CC110L por lo que si no se desea filtrar los datos que se crean necesarios, sería necesario aumentar el número de canales de radio para altas ocupaciones del bus CAN. Debido a la pérdida de relaciones con el INSIA, no se pudo probar de manera real en el propio vehículo, pero se hicieron pruebas satisfactorias (hasta 1,6 km) con una configuración de tramas CAN estándar a una velocidad de transmisión de 1 Mbit/s y un tiempo de bit de 1 microsegundo. El periférico CAN del PIC32 se programará para cumplir con estas especificaciones de la ECU del vehículo, que se presupone que es la MS3 Sport de Bosch, de la que LabView interpretará las tramas CAN recibidas de manera inalámbrica. Para poder probar el sistema, ha sido necesario reutilizar el hardware y adaptar el software del primer prototipo creado, que emite tramas CAN preprogramadas con una latencia también programable y que simulará al bus CAN proporcionando los datos a transmitir por el sistema que incorpora el vehículo. Durante el desarrollo de este proyecto, en las etapas finales, el fabricante del puente de comunicaciones SPI-USB MCP2210 liberó una librería (dll) compatible y sin errores, por lo que se nos ofrecía una oportunidad interesante para la comparación de las velocidades de acceso al transceptor de radio, que se presuponía y se comprobó más eficiente que la solución ya hecha mediante NI-VISA. ABSTRACT. The Formula SAE competition is an international university applied to technological innovation in vehicles racing type formula, in which each team, made up of students, should design, construct and test a prototype each year within certain rules. The challenge of FSAE is that it is an educational project farther away than a master class. The goal of the present project is to make a tool for other students to use it in his projects related to FSAE to test and improve the vehicle, and, the improvements that can be provided by the electronics could be materialized in a victory and win the competition with this competitive advantage. A telemetry system was developed. It sends the data provided by the car’s CAN bus through a radio frequency transceiver and receive commands to execute on the system, it provides by a base station on the ground. Moreover, constant verification in real time of the status of the car or data parameters like the revolutions per minute, pressure from collectors, water temperature, and so on, can be accessed from the base station on the ground, so that, it could be possible to study the behaviour of the vehicle in early phases of the car development. A printed circuit board, composed of two boards, and two software programs in two different languages, have been developed, and built for the project implementation. The software utilized to design the PCB is Orcad10.5/Layout. The base station PCB on a PC receives data from the PCB connected to the vehicle’s CAN bus and sends commands like set CAN filters or masks, activate data logger or inject CAN frames. This PCB is connected to a PC via USB and contains a bridge USB-SPI to communicate with a similar transceiver on the vehicle PCB. LabView controls this part of the system. A special virtual Instrument (VI) had been created in order to add future new elements to the vehicle, is a dashboard, which reads the data passed from the main VI and represents them graphically to studying the behaviour of the car on track. In this special VI other alums can make modifications to accommodate the data provided from the vehicle CAN’s bus to new elements on the vehicle, show or save the CAN frames in the form or format they want. Two methods to access to SPI bus of CC110l RF transceiver over LabView have been developed with minimum changes between them. Access through NI-VISA (Virtual Instrument Software Architecture) which is a standard for configuring, programming, USB interfaces or other devices in National Instruments LabView. And access through DLL (dynamic link library) supplied by the manufacturer of the bridge USB-SPI, Microchip. Then the work is done in two forms, but the dll solution developed shows better behaviour, and increase the speed of the system because has less overload of the USB bus due to a better efficiency of the dll solution versus VISA solution. The PCB connected to the vehicle’s CAN bus receives commands from the base station PCB on a PC, and, acts in function of the command or execute actions like to inject packets into CAN bus or activate data logger. Also sends over RF the CAN frames present on the bus, which can be filtered, to avoid unnecessary radio emissions or overflowing the RF transceiver. This PCB consists of two basic pieces: A microcontroller with 32 bit architecture PIC32MX795F512L from Microchip and the radio transceiver integrated circuit CC110l from Texas Instruments. The PIC32MX795F512L has an integrated CAN and several peripherals like SPI controllers that are utilized to communicate with RF transceiver and SD Card. The USB controller on the PIC32 is utilized to store CAN data on a USB memory, and change notification peripheral is utilized like an external interrupt. Hardware for other peripherals is accessible. The software part of this PCB is coded in C with MPLAB from Microchip, and programming over PICkit 3 Programmer, also from Microchip. Some of his libraries have been modified to work properly with this project and other was created specifically for this project. In the phase for RF selection and design is made a study to clarify the general aspects of regulations for the this project in order to understand it and select the proper band, frequency, and radio transceiver for the activities developed in the project. From the different options available it selects a common use band ICM, with less regulation and free to emit with restrictions and disadvantages like high occupation. The transceiver utilized to transmit and receive the data CC110l is an integrated circuit which needs fewer components from Texas Instruments and it can be accessed through SPI bus. Basically is a state machine which changes his state whit commands received over an SPI bus or internal events. The transceiver has several programmable general purpose Inputs and outputs. These GPIOs are connected to PIC32 change notification input to generate an interrupt or connected to GPIO to MCP2210 USB-SPI bridge to inform to the base station for a packet received. A two pair of modules of CC110l radio module kit from different output power has been purchased which includes an antenna. This is to keep away from fabrication mistakes in RF hardware part or designs, although reference design and gerbers files are available on the webpage of the chip manufacturer. A neck bottle is present on the complete system, because the maximum data rate of CC110l transceiver is a half than CAN bus data rate, hence for high occupation of CAN bus is recommendable to filter the data or add more radio channels, because the buffers can’t sustain this load along the time. Unfortunately, during the development of the project, the relations with the INSIA, who develops the vehicle, was lost, for this reason, will be made impossible to test the final phases of the project like integration on the car, final test of integration, place of the antenna, enclosure of the electronics, connectors selection, etc. To test or evaluate the system, it was necessary to simulate the CAN bus with a hardware to feed the system with entry data. An early hardware prototype was adapted his software to send programed CAN frames at a fixed data rate and certain timing who simulate several levels of occupation of the CAN Bus. This CAN frames emulates the Bosch ECU MS3 Sport.

Estudio de los parámetros necesarios para establecer las medidas de actuación por tipos de buques en situaciones de emergencia después de un accidente

La “Actuación en la Crisis”, objetivo principal de esta tesis, trata de establecer y concretar los procedimientos y apoyos desde tierra y a bordo de los buques, tanto técnicos como operacionales, a seguir por el Capitán y tripulación de un buque después de un accidente, en especial cuando el buque tiene un riesgo importante de hundimiento o necesidad de abandono. La aparición de este concepto es relativamente reciente, es decir desde el año 1995, después de los estudios y propuestas realizados, por el Panel de Expertos de IMO, como consecuencia del hundimiento del buque de pasaje y carga rodada, Estonia, en el que perdieron la vida más de 850 personas a finales de Septiembre de 1994. Entre las propuestas recomendadas y aceptadas por los gobiernos en la Conferencia Internacional SOLAS 1995, figuraba este concepto novedoso, que luego fue adoptado de una forma generalizada para todos los tipos de buques, que hasta entonces sólo disponían de documentos dispersos y a veces contradictorios para la actuación en estos momentos de peligro, que dio lugar a un profundo tratamiento de este problema, que iba a afectar a los buques, tanto en los conceptos y parámetros de proyecto, como a la propia operación del buque. La tesis desarrolla los fundamentos, estado del arte, implantación y consecuencias sobre la configuración y explotación del buque, que han dado lugar a una serie de documentos, que se han incluido en diversos Convenios Internacionales, Códigos y otros documentos de obligada aplicación en la industria naval generados en IMO (SOLAS, Retorno Seguro a Puerto, Plano y Libro de Control de Averías, ISM). La consecuencia más novedosa e interesante de este concepto ha sido la necesidad de disponer cada compañía explotadora del buque, de un servicio importante de “apoyo en la crisis”, que ha dado lugar a implantar un “servicio de emergencia especial”, disponible las 24 horas del día y 365 de año que ofrecen las Sociedades de Clasificación. El know-how de los accidentes que tratan estos servicios, hacen que se puedan establecer ciertas recomendaciones, que se centran, en que el buque tenga, por sus propios medios, una posibilidad de aumentar el KM después de una avería, la garantía de la resistencia estructural adecuada y el aumento del tiempo de hundimiento o el tiempo de mantenimiento a flote (otro tipo de averías vinculadas con la maquinaria, equipo o protección y lucha contra incendios, no son objeto de tesis). Las conclusiones obtenidas, son objeto de discusión especialmente en IACS e IMO, con el fin de establecer las aplicaciones pertinentes, que permitan dar al buque una mayor seguridad. Como objetivo principal de esta tesis es establecer estos puntos de mejora consecuencia de esta actuación en la crisis, con la aportación de varias soluciones que mejorarían los problemas mencionados para los tres tipos de buques que consideramos más importantes (pasaje, petroleros y bulkcarriers) La tesis recorre, desde el principio en 1995, la evolución de esta actuación en la crisis, hasta el momento actual., los puntos básicos que se establecen, que van muy de la mano de la llamada “cultura de seguridad”, objetivo nacido durante los años 90, con el fin de implantar una filosofía distinta para abordar el tratamiento de la seguridad del buque, a la que se venía aplicando hasta el momento, en donde se contemplaba tratar el tema de forma singular y específica para cada caso. La nueva filosofía, trataba de analizar el problema, desde un aspecto global y por tanto horizontal, realizando un estudio exhaustivo de las consecuencias que tendría la aplicación de una nueva medida correctora, en los restantes equipos y sistemas del buque., relativos al proyecto, configuración, operación y explotación del buque. Se describen de manera sucinta las profundas investigaciones a que dio lugar todo lo anterior, estando muchas de ellas, vinculadas a grandes proyectos europeos. La mayor parte de estos proyectos fueron subvencionados por la Comunidad Económica Europea durante la primera década del siglo actual. Dentro de estas investigaciones, donde hay que destacar la participación de todos los agentes del sector marítimo europeo, se hacen imprescindibles la utilización de dos herramientas novedosas para nuestro sector, como son el “Estudio de Riesgos” y la “Evaluación de la Seguridad”, más conocida técnicamente por su nombre ingles “Safety Assessment”, cuyos principios también son incluidos en la tesis. Además se especifican las bases sobre las que se establecen la estabilidad intacta y en averías, con nuevos conceptos, no tratados nunca hasta entonces, como la “altura crítica de agua en cubierta” para la cual el buque se hundiría sin remisión, “estado de la mar” en la que se puede encontrar el buque averiado, el cálculo del tiempo de hundimiento, u otros aspectos como el corrimiento de la carga, o bien el tratamiento de los problemas dinámicos en el nuevo “Código de Estabilidad Intacta”. Con respecto a la resistencia estructural, especialmente el estudio de la “resistencia estructural después de la avería”, que tiene en cuenta el estado de la mar en la que se encontraría el buque afectado. Se analizan los tipos de buques mencionados uno por uno y se sacan, como aportación fundamental de esta tesis, separadamente, las acciones y propuestas a aplicar a estos buques. En primer lugar, las relativas al proyecto y configuración del buque y en segundo lugar, las de operación, explotación y mantenimiento, con el fin de acometer, con garantías de éxito, la respuesta a la ayuda en emergencia y la solución a la difícil situación que pueden tener lugar en condiciones extremas. Para ver el efecto de algunas de las propuestas que se incluyen, se realizan y aplican concretamente, a un buque de pasaje de carga rodada, a un petrolero y a un bulkcarrier, para demostrar el mejor comportamiento de estos buques en situación de emergencia. Para ello se han elegido un buque ejemplo para cada tipo, efectuándose los cálculos de estabilidad y resistencia longitudinal y comparar la situación, en la que quedaría el buque averiado, antes y después de la avería. La tesis se completa con una estadística real de buques averiados de cada uno de estos tres tipos, distinguiendo el tipo de incidente y el número de los buques que lo han sufrido, considerándose como más importantes los incidentes relacionados con varadas, colisiones y fuego resumiéndose lo más relevante de esta aportación también importante de esta tesis. ABSTRACT The "Response in an emergency" is the main objective of this thesis, it seeks to establish and define procedures for technical and operational support onboard and shore, to be followed by the captain and crew on of a ship after an accident, especially when the ship has a significant risk of sinking or a need to abandon it. The emergence of this concept is relatively recent, in 1995, after studies and proposals made by the Panel of Experts IMO, following the sinking of the “Estonia” vessel, where more than 850 people died in late September 1994. In the International Convention SOLAS 1995, among the recommended proposals and accepted regulations, this new concept was included, which was later adopted for all types of ships which until then had only scattered some documents, sometimes including contradictory actions in emergency situations. This led to a profound treatment of this problem, which would affect the vessels in both the concepts and design parameters, as to the proper operation of the vessel. The thesis develops the foundations, state of the art, implementation and consequences on the design and operation of the vessel, this has led to a series of Circulars and Regulations included in several International Codes and Conventions issued by IMO which are required to be complied with (SOLAS Safe Return to Port, Damage Control Plan and Booklet, ISM). The most novel and interesting consequence of this concept has been the need for every company operating the ship to have a shore based support service in emergency situations which has led to implement special emergency services offered by Class Societies which are available 24 hours a day, 365 days per year. The know-how of these services dealing with all types of accidents can establish certain recommendations, which focus on the ship capability to increase the KM after damage. It can also be determined adequate structural strength and the increase of the capsizing time or time afloat (other types of damages associated with the machinery, equipment or firefighting, are not the subject of this thesis). The conclusions are discussed especially in IACS and IMO, in order to establish appropriate applications to improve the security of the vessels. The main objective of this thesis is to establish actions to improve emergency actions, resulting from different responses in the crisis, with the contribution of several solutions that improve the problems mentioned for three types of ships that we consider most important (passenger vessels, tankers and bulk carriers) The thesis runs from the beginning in 1995 to date, the evolution of the response on the crisis. The basics established during the 90s with the "safety culture" in order to implement a different philosophy to address the treatment of the safety of the ship, which was being previously implemented, as something singular and specific to each case. The new philosophy tried to analyse the problem from a global perspective, doing an exhaustive study of the consequences of the implementation of the new regulation in the ship systems and equipment related to the design, configuration and operation of the vessel. Extensive investigations which led to the above are described, many of them being linked to major European projects. Most of these projects were funded by the European Union during the first decade of this century. Within these investigations, which it must be highlighted the participation of all players in the European maritime sector, a necessity to use two new tools for our industry, such as the "Risk Assessment" and "Safety Assessment" whose principles are also included in the thesis. The intact and damage stability principles are established including new concepts, never treated before, as the "critical height of water on deck" for which the ship would sink without remission, "sea state" where the damaged vessel can be found, calculation of capsizing time, or other aspects such cargo shifting or treatment of dynamic problems in the new Intact Stability Code in development. Regarding the structural strength, it has to be especially considered the study of the "residual strength after damage", which takes into account the state of the sea where the vessel damaged can be found. Ship types mentioned are analysed one by one, as a fundamental contribution of this thesis, different actions and proposals are established to apply to these types of vessels. First, those ones relating to the design and configuration of the vessel and also the ones related to the operation and maintenance in order to support successfully responses to emergency situations which may occur in extreme situations. Some of the proposals are applied specifically to a RoRo passenger ship, an oil tanker and a bulkcarrier, to demonstrate the improved performance of these vessels damaged. An example for each type vessel has been chosen, carrying out stability and longitudinal strength calculations comparing the situation of the ship before and after damage. The thesis is completed with incidents statics for each of these three types, distinguishing the type of incident and the number of ships having it. The most important incidents considered are the ones related to groundings, collisions and fire being this other relevant contribution of this thesis.

DISCURSOS E PRÁTICAS FUNDAMENTALISTAS NA IGREJA PRESBITERIANA DO BRASIL (2002-2008) UMA ANÁ-LISE DA PRETENSA POSIÇÃO DE EQÜIDISTÂNCIA DOS EXTREMOS FUNDAMENTALISTAS E LIBERAIS

Em diversas ocasiões, os líderes da Igreja Presbiteriana do Brasil revelaram o desejo de uma eqüidistância teológica dos extremos liberais e fundamentalistas. Entretanto, os dis-cursos e as práticas dessa instituição eclesiástica contrastam com esse posicionamento ofici-al. Além disso, essa pretensa posição de eqüidistância dos extremos liberais e fundamenta-listas não denota fronteiras rígidas, mas é um instrumento eficaz de legitimação do poder nos momentos de reconfiguração do campo religioso, principalmente em situações de crises internas. Outrossim, após a redemocratização do Brasil e o conseqüente aumento de plura-lismo religioso, houve a transformação do campo social brasileiro, provocando dificuldades em setores mais conservadores dessa instituição. Atualmente, procura-se revitalizar a pró-pria tradição religiosa diante das ameaças de sua dissolução impostas pelos processos e-mancipatórios modernos e pela influência das concepções seculares e supostamente atéias da vida (como o feminismo, a luta em defesa dos direitos reprodutivos, a união civil entre pessoas do mesmo sexo, o chamado ―movimento de lésbicas, gays, bissexuais, travestis e transgêneros‖ etc.). No campo religioso, os resultados imediatos dessa postura de reação em face das transformações sociais impostas pela modernidade são: (1) misoginia; (2) aquela manifestação de ativismo político-religioso de caráter conservador os protestantes de pen-dor fundamentalista, cuja expansão no Brasil se vem processando há muitas décadas, em ritmo sabidamente veloz, com base em um modelo de proselitismo muito bem-sucedido entre as camadas mais pobres da população brasileira, por todo território nacional.(AU)

DISCURSOS E PRÁTICAS FUNDAMENTALISTAS NA IGREJA PRESBITERIANA DO BRASIL (2002-2008) UMA ANÁ-LISE DA PRETENSA POSIÇÃO DE EQÜIDISTÂNCIA DOS EXTREMOS FUNDAMENTALISTAS E LIBERAIS

Em diversas ocasiões, os líderes da Igreja Presbiteriana do Brasil revelaram o desejo de uma eqüidistância teológica dos extremos liberais e fundamentalistas. Entretanto, os dis-cursos e as práticas dessa instituição eclesiástica contrastam com esse posicionamento ofici-al. Além disso, essa pretensa posição de eqüidistância dos extremos liberais e fundamenta-listas não denota fronteiras rígidas, mas é um instrumento eficaz de legitimação do poder nos momentos de reconfiguração do campo religioso, principalmente em situações de crises internas. Outrossim, após a redemocratização do Brasil e o conseqüente aumento de plura-lismo religioso, houve a transformação do campo social brasileiro, provocando dificuldades em setores mais conservadores dessa instituição. Atualmente, procura-se revitalizar a pró-pria tradição religiosa diante das ameaças de sua dissolução impostas pelos processos e-mancipatórios modernos e pela influência das concepções seculares e supostamente atéias da vida (como o feminismo, a luta em defesa dos direitos reprodutivos, a união civil entre pessoas do mesmo sexo, o chamado ―movimento de lésbicas, gays, bissexuais, travestis e transgêneros‖ etc.). No campo religioso, os resultados imediatos dessa postura de reação em face das transformações sociais impostas pela modernidade são: (1) misoginia; (2) aquela manifestação de ativismo político-religioso de caráter conservador os protestantes de pen-dor fundamentalista, cuja expansão no Brasil se vem processando há muitas décadas, em ritmo sabidamente veloz, com base em um modelo de proselitismo muito bem-sucedido entre as camadas mais pobres da população brasileira, por todo território nacional.(AU)

Pex19p Interacts with Pex3p and Pex10p and Is Essential for Peroxisome Biogenesis in Pichia pastoris

We report the cloning and characterization of Pichia pastoris PEX19 by complementation of a peroxisome-deficient mutant strain. Import of peroxisomal targeting signal 1- and 2-containing peroxisomal matrix proteins is defective in pex19 mutants. PEX19 encodes a hydrophilic 299-amino acid protein with sequence similarity to Saccharomyces cerevisiae Pex19p and human and Chinese hamster PxF, all farnesylated proteins, as well as hypothetical proteins from Caenorhabditis elegans and Schizosaccharomyces pombe. The farnesylation consensus is conserved in PpPex19p but dispensable for function and appears unmodified under the conditions tested. Pex19p localizes predominantly to the cytosolic fraction. Biochemical and two-hybrid analyses confirmed that Pex19p interacts with Pex3p, as seen in S. cerevisiae, but unexpectedly also with Pex10p. Two-hybrid analysis demonstrated that the amino-terminal 42 amino acids of Pex19p interact with the carboxyl-terminal 335 amino acids of Pex3p. In addition, the extreme carboxyl terminus of Pex19p (67 amino acids) is required for interaction with the amino-terminal 380 amino acids of Pex10p. Biochemical and immunofluorescence microscopy analyses of pex19Δ cells identified the membrane protein Pex3p in peroxisome remnants that were not previously observed in S. cerevisiae. These small vesicular and tubular (early) remnants are morphologically distinct from other Pppex mutant (late) remnants, suggesting that Pex19p functions at an early stage of peroxisome biogenesis.

Pex17p Is Required for Import of Both Peroxisome Membrane and Lumenal Proteins and Interacts with Pex19p and the Peroxisome Targeting Signal–Receptor Docking Complex in Pichia pastoris

Pichia pastoris PEX17 was cloned by complementation of a peroxisome-deficient strain obtained from a novel screen for mutants disrupted in the localization of a peroxisomal membrane protein (PMP) reporter. PEX17 encodes a 267-amino-acid protein with low identity (18%) to the previously characterized Saccharomyces cerevisiae Pex17p. Like ScPex17p, PpPex17p contains a putative transmembrane domain near the amino terminus and two carboxyl-terminal coiled-coil regions. PpPex17p behaves as an integral PMP with a cytosolic carboxyl-terminal domain. pex17Δ mutants accumulate peroxisomal matrix proteins and certain integral PMPs in the cytosol, suggesting a critical role for Pex17p in their localization. Peroxisome remnants were observed in the pex17Δ mutant by morphological and biochemical means, suggesting that Pex17p is not absolutely required for remnant formation. Yeast two-hybrid analysis demonstrated that the carboxyl terminus of Pex19p was required for interaction with Pex17p lacking the carboxyl-terminal coiled-coil domains. Biochemical evidence confirmed the interaction between Pex19p and Pex17p. Additionally, Pex17p cross-linked to components of the peroxisome targeting signal–receptor docking complex, which unexpectedly contained Pex3p. Our evidence suggests the existence of distinct subcomplexes that contain separable pools of Pex3p, Pex19p, Pex17p, Pex14p, and the peroxisome targeting signal receptors. These distinct pools may serve different purposes for the import of matrix proteins or PMPs.

Dramatically decreased high density lipoprotein cholesterol, increased remnant clearance, and insulin hypersensitivity in apolipoprotein A-II knockout mice suggest a complex role for apolipoprotein A-II in atherosclerosis susceptibility

Apolipoprotein (apo) A-II is the second most abundant apolipoprotein in high density lipoprotein (HDL). To study its role in lipoprotein metabolism and atherosclerosis susceptibility, apo A-II knockout mice were created. Homozygous knockout mice had 67% and 52% reductions in HDL cholesterol levels in the fasted and fed states, respectively, and HDL particle size was reduced. Metabolic turnover studies revealed the HDL decrease to be due to both decreased HDL cholesterol ester and apo A-I transport rate and increased HDL cholesterol ester and apo A-I fractional catabolic rate. The apo A-II deficiency trait was bred onto the atherosclerosis-prone apo E-deficient background, which resulted in a surprising 66% decrease in cholesterol levels due primarily to decreased atherogenic lipoprotein remnant particles. Metabolic turnover studies indicated increased remnant clearance in the absence of apo A-II. Finally, apo A-II deficiency was associated with lower free fatty acid, glucose, and insulin levels, suggesting an insulin hypersensitivity state. In summary, apo A-II plays a complex role in lipoprotein metabolism, with some antiatherogenic properties such as the maintenance of a stable HDL pool, and other proatherogenic properties such as decreasing clearance of atherogenic lipoprotein remnants and promotion of insulin resistance.

Lamellar lipoproteins uniquely contribute to hyperlipidemia in mice doubly deficient in apolipoprotein E and hepatic lipase

Remnants of triglyceride-rich lipoproteins containing apolipoprotein (apo) B-48 accumulate in apo E-deficient mice, causing pronounced hypercholesterolemia. Mice doubly deficient in apo E and hepatic lipase have more pronounced hypercholesterolemia, even though remnants do not accumulate appreciably in mice deficient in hepatic lipase alone. Here we show that the doubly deficient mice manifest a unique lamellar hyperlipoproteinemia, characterized by vesicular particles 600 Å–1,300 Å in diameter. As seen by negative-staining electron microscopy, these lipoproteins also contain an electron-lucent region adjacent to the vesicle wall, similar to the core of typical lipoproteins. Correlative chemical analysis indicates that the vesicle wall is composed of a 1:1 molar mixture of cholesterol and phospholipids, whereas the electron-lucent region appears to be composed of cholesteryl esters (about 12% of the particle mass). Like the spherical lipoproteins of doubly deficient mice, the vesicular particles contain apo B-48, but they are particularly rich in apo A-IV. We propose that cholesteryl esters are removed from spherical lipoproteins of these mice by scavenger receptor B1, leaving behind polar lipid-rich particles that fuse to form vesicular lipoproteins. Hepatic lipase may prevent such vesicular lipoproteins from accumulating in apo E-deficient mice by hydrolyzing phosphatidyl choline as scavenger receptor B1 removes the cholesteryl esters and by gradual endocytosis of lipoproteins bound to hepatic lipase on the surface of hepatocytes.

Supernovae, an accelerating universe and the cosmological constant

Observations of supernova explosions halfway back to the Big Bang give plausible evidence that the expansion of the universe has been accelerating since that epoch, approximately 8 billion years ago and suggest that energy associated with the vacuum itself may be responsible for the acceleration.

Particle components of dark matter

Particle candidates for astrophysical dark matter are reviewed, with particular emphasis on the lightest supersymmetric particle and the axion. The former is now constrained by accelerator experiments to have a mass above about 40 GeV, and ongoing searches at accelerators, in space, and in underground experiments have a good chance to detect it. A reevaluation of the constraint on the axion from supernova 1987a leaves open an interesting window where it may be detected if it constitutes the galactic halo.

X-ray emission from clusters and groups of galaxies

Recent major advances in x-ray imaging and spectroscopy of clusters have allowed the determination of their mass and mass profile out to ≈1/2 the virial radius. In rich clusters, most of the baryonic mass is in the gas phase, and the ratio of mass in gas/stars varies by a factor of 2–4. The baryonic fractions vary by a factor of ≈3 from cluster to cluster and almost always exceed 0.09 h50−[3/2] and thus are in fundamental conflict with the assumption of Ω = 1 and the results of big bang nucleosynthesis. The derived Fe abundances are 0.2–0.45 solar, and the abundances of O and Si for low redshift systems are 0.6–1.0 solar. This distribution is consistent with an origin in pure type II supernova. The amount of light and energy produced by these supernovae is very large, indicating their importance in influencing the formation of clusters and galaxies. The lack of evolution of Fe to a redshift of z ≈ 0.4 argues for very early enrichment of the cluster gas. Groups show a wide range of abundances, 0.1–0.5 solar. The results of an x-ray survey indicate that the contribution of groups to the mass density of the universe is likely to be larger than 0.1 h50−2. Many of the very poor groups have large x-ray halos and are filled with small galaxies whose velocity dispersion is a good match to the x-ray temperatures.

Drying Increases Intracellular Partitioning of Amphiphilic Substances into the Lipid Phase1 : Impact on Membrane Permeability and Significance for Desiccation Tolerance

Previously we proposed that endogenous amphiphilic substances may partition from the aqueous cytoplasm into the lipid phase during dehydration of desiccation-tolerant organ(ism)s and vice versa during rehydration. Their perturbing presence in membranes could thus explain the transient leakage from imbibing organisms. To study the mechanism of this phenomenon, amphiphilic nitroxide spin probes were introduced into the pollen of a model organism, Typha latifolia, and their partitioning behavior during dehydration and rehydration was analyzed by electron paramagnetic resonance spectroscopy. In hydrated pollen the spin probes mainly occurred in the aqueous phase; during dehydration, however, the amphiphilic spin probes partitioned into the lipid phase and had disappeared from the aqueous phase below 0.4 g water g−1 dry weight. During rehydration the probes reappeared in the aqueous phase above 0.4 g water g−1 dry weight. The partitioning back into the cytoplasm coincided with the decrease of the initially high plasma membrane permeability. A charged polar spin probe was trapped in the cytoplasm during drying. Liposome experiments showed that partitioning of an amphiphilic spin probe into the bilayer during dehydration caused transient leakage during rehydration. This was also observed with endogenous amphipaths that were extracted from pollen, implying similar partitioning behavior. In view of the fluidizing effect on membranes and the antioxidant properties of many endogenous amphipaths, we suggest that partitioning with drying may be pivotal to desiccation tolerance, despite the risk of imbibitional leakage.