941 resultados para 12S rRNA
Resumo:
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Pós-graduação em Genética - IBILCE
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The current taxonomy of the Teredinidae (shipworms) is wholly based on morphology and up to now no molecular studies of the phylogeny of this group have been published. In the present study the relationships between four genera of the subfamilies Teredininae and Bankiinae were established and the efficiency of the 16S rRNA gene in characterizing four Teredinidae species was tested. Phylogenetic trees support the grouping of Bankia fimbriatula with Nausitora fusticula and of Neoteredo reynei with Psiloteredo healdi, but the genetic distances do not justify the classification of these species into two distinct subfamilies. The results show that B. fimbriatula, N. reynei and P. healdi specimens from the coast of the Brazilian state of Pará have five distinct 16S rRNA haplotypes, with one N. reynei haplotype differing from the other haplotypes in respect to at least seven sequences sites, indicating the existence of two very distinct sympatric lineages.
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The ongoing decline in abundance and diversity of shark stocks, primarily due to uncontrolled fishery exploitation, is a worldwide problem. An additional problem for the development of conservation and management programmes is the identification of species diversity within a given area, given the morphological similarities among shark species, and the typical disembarkation of processed carcasses which are almost impossible to differentiate. The main aim of the present study was to identify those shark species being exploited off northern Brazil, by using the 12S-16S molecular marker. For this, DNA sequences were obtained from 122 specimens collected on the docks and the fish market in Bragança, in the Brazilian state of Pará. We identified at least 11 species. Three-quarters of the specimens collected were either Carcharhinus porosus or Rhizoprionodon sp, while a notable absence was the daggernose shark, Isogomphodon oxyrhyncus, previously one of the most common species in local catches. The study emphasises the value of molecular techniques for the identification of cryptic shark species, and the potential of the 12S-16S marker as a tool for phylogenetic inferences in a study of elasmobranchs.
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We sequenced part of the 16S rRNA mitochondrial gene in 17 extant taxa of Pilosa (sloths and anteaters) and used these sequences along with GenBank sequences of both extant and extinct sloths to perform phylogenetic analysis based on parsimony, maximum-likelihood and Bayesian methods. By increasing the taxa density for anteaters and sloths we were able to clarify some points of the Pilosa phylogenetic tree. Our mitochondrial 16S results show Bradypodidae as a monophyletic and robustly supported clade in all the analysis. However, the Pleistocene fossil Mylodon darwinii does not group significantly to either Bradypodidae or Megalonychidae which indicates that trichotomy best represents the relationship between the families Mylodontidae, Bradypodidae and Megalonychidae. Divergence times also allowed us to discuss the taxonomic status of Cyclopes and the three species of three-toed sloths, Bradypus tridactylus, Bradypus variegatus and Bradypus torquatus. In the Bradypodidae the split between Bradypus torquatus and the proto-Bradypus tridactylus / B. variegatus was estimated as about 7.7 million years ago (MYA), while in the Myrmecophagidae the first offshoot was Cyclopes at about 31.8 MYA followed by the split between Myrmecophaga and Tamandua at 12.9 MYA. We estimate the split between sloths and anteaters to have occurred at about 37 MYA.
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The king weakfish (pescada-gó in Portuguese - Macrodon ancylodon (Sciaenidae), a demersal (bottom-feeding) species found in South America Atlantic coastal waters from the Gulf of Paria in Venezuela to Baia Blanca in Argentina, is an economically important species because of its abundance and wide acceptance by consumers. Because of its wide distribution this fish may be subject to geographic isolation and this may have resulted in distinct populations along its coastal range. Considering that this species represents an important economic resource, confirmation of whether M. ancylodon is a single species or there are different genetic stocks spread over its wide distribution would be an important contribution to conservation policies and population management of the king weakfish. To investigate differences between king weakfish populations we used the cytochrome b and 16S rRNA genes to characterize M. ancylodon specimens caught throughout its South American range from Venezuela to Argentina. Our results clearly distinguished two genetically different groups which show nucleotide divergence and genetic structuring patterns that strongly suggest they may be different species, disagreeing with the widely accepted traditional taxonomy that accepts only one species of Macrodon in the western Atlantic.
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A infecção pela Helicobacter pylori é uma das mais comuns em humanos, admite-se que é adquirida na infância e que é uma das principais causas de gastrite e úlcera gástrica na vida adulta. Entre os vários métodos de diagnósticos da infecção pela H. pylori, a reação e cadeia da polimerase (PCR) tem mostrado alta sensibilidade para a detecção desta bactéria em amostras gástricas, orais fecais. Com o objetivo de padronizar a técnica de PCR para detectar a presença da H. pylori nas fezes e comparar com o método de diagnóstico sorológico, utilizou-se uma amostra de 79 crianças provenientes de um estudo soroepidemiológico realizado em Belém-Pará, no ano de 2003. O DNA total foi extraído das fezes através de um protocolo padronizado neste estudo baseado na associação dos métodos de fervura em resina quelante e digestão por proteinase, seguido por fenol-clorofórmio. Para a amplificação do DNA utilizou-se iniciadores para o gene 16S rRNA para o gênero Helicobacter e para detecção específica da H. pylori utilizou-se iniciadores para trecho do gene ureA. O fragmento foi visualizado em gel de agarose 2% corado com brometo de etídio. A presença da H. pylori foi verificada em 69,62% (55/79) dos pacientes. A análise comparativa entre o ensaio sorológico e a PCR ureA, revelou que a técnica molecular apresenta um melhor desempenho no diagnóstico de H. pylori em fezes (p = 0,0246). A aplicação da técnica da PCR em amostras fecais de crianças, por ser um procedimento não invasivo e altamente eficiente pode ser utilizada para detecção da infecção pela H. pylori tanto na rotina laboratorial como em pesquisas de interesse epidemiológico.
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções associadas às micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, o conhecimento da frequência e as espécies envolvidas nas infecções pulmonares no Brasil são limitados. Neste trabalho foi avaliada a ocorrência de espécies de MNT isoladas no Laboratório de Micobactérias do Instituto Evandro Chagas, Laboratório de Regional de Saúde Pública da Região Norte. Foram analisadas todas as MNT isoladas de espécimes clínicos pulmonares e não pulmonares de indivíduos com infecção, de acordo com os critérios da American Thoracic Society e Ministério da Saúde entre os anos de 2004 a 2007. As MNT foram caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e sequenciamento dos genes do RNAr 16S, hsp65, rpoB. Foram identificados 51 indivíduos com infecção pulmonar, sendo as seguintes MNT envolvidas: M. abscessus (n=2), M. bolletii (n=4), M. massiliense (n=9), M. avium (n=5), M. colombiense (n=5), M. fortuitum (n=4), M. simiae (n=2), M. interjectum (n=4), M. intracellulare (n=5), M. kansasii (n=1), M. scrofulaceum (n=1) e M. terrae (n=1). Em oito indivíduos foram isoladas MNT não identificadas ao nível de espécie, podendo representar nova entidade taxonômica pertencente ao complexo M.simiae. O presente estudo descreveu a diversidade de MNT isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará, Região Amazônica Brasileira. O achado de casos infecções pulmonares diagnosticados e tratados sem sucesso por vários meses como tuberculose apontam para a necessidade de isolamento e identificação da micobactéria envolvida antes estabelecimento de falência terapêutica.
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A infecção pela Helicobacter pylori é uma das mais comuns em humanos e apesar de possuir tropismo pelo estômago, pode ser encontrada na cavidade oral, mantendo uma relação comensal com o hospedeiro, enquanto a cárie dental também é uma doença infecciosa e resulta do metabolismo da placa bacteriana. Ambas as infecções apresentam alta prevalência em países em desenvolvimento, pois estas populações estão mais expostas a fatores ambientais de risco, e normalmente são adquiridas durante a infância. A prevalência destas infecções foi investigada na cavidade oral de escolares assintomáticos para doenças gástricas, provenientes de uma população de Belém-Pa, relacionando-se a alguns parâmetros de higiene e saúde bucal, condição socioeconômica e fatores de susceptibilidade genética como os grupos sanguíneos ABO e Lewis. Foram investigados 104 indivíduos, com idade média de 17 anos. De todos os participantes foram coletadas amostras de saliva e placa dental. A saliva foi coletada para identificação do estado secretor ABO e Lewis e estimação dos parâmetros salivares, e ambas, saliva e placa dental, foram coletadas para analise molecular dos genes 16S RNAr da H. pylori e FUT2. A H. pylori foi detectada em 79,8% dos escolares, com freqüência de 66,35% na placa dental e 58,65% na saliva. A prevalência de cárie foi de 82,8% na população estudada. A avaliação clínica da saúde bucal mostrou que o CPO-D médio encontrado foi de 3,53. Observou-se que a experiência de cárie tende a aumentar à medida que acresce a idade e que a infecção por H. pylori foi maior na primeira infância. O grau de instrução e o número de visitas ao dentista mostraram diferenças significantes em relação a presença de H. pylori. A distribuição fenotípica dos grupos sanguíneos ABO e Lewis não mostrou diferenças significantes entre indivíduos infectados e não-infectados, que expliquem haver maior susceptibilidade genética para infecção por H. pylori e cárie dental. No conjunto desta analise as elevadas freqüências encontradas denotam a necessidade de cuidados e tratamento das doenças dentais, como a cárie e sugere-se que a H. pylori na cavidade oral pode contribuir para a infecção e re-infecção do estômago após tratamento.
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Oscilações intrassazonais são fatores controladores da variabilidade pluviométrica interanual de áreas tropicais. O conhecimento de como os modelos numéricos reproduzem suas variabilidades é importante para entender melhor suas atuações e subsidiar operações de previsão de tempo e clima. Neste artigo investiga-se a sensibilidade de um modelo de downscaling dinâmico de precipitação na reprodução das oscilações intrassazonais observadas no setor norte do Nordeste do Brasil (SNNEB - 45ºW-37ºW e 2ºS-12ºS) no período de 1974 a 2000. Os resultados mostraram que a precipitação simulada sobre o SNNEB explicou aproximadamente 70% da variabilidade da precipitação observada no trimestre fevereiro a abril nesta região. Estatísticas de médias, desvios normalizados e percentuais neste trimestre, nessa região, em anos de contrastes climáticos nos Oceanos Pacífico e Atlântico Tropicais, também foram bem capturadas pela precipitação simulada através do downscaling. Análises espectrais com uso de ondeletas mostraram que o downscaling dinâmico tem potencial para reproduzir picos espectrais de precipitação observada no SNNEB nas escalas acima de 8 dias, e nas escalas entre 64 e 128 dias para o período de 01 de janeiro a 30 de junho.
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Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)