A Study of Ordered Gene Problems Featuring DNA Error Correction and DNA Fragment Assembly with a Variety of Heuristics, Genetic Algorithm Variations, and Dynamic Representations

Ordered gene problems are a very common classification of optimization problems. Because of their popularity countless algorithms have been developed in an attempt to find high quality solutions to the problems. It is also common to see many different types of problems reduced to ordered gene style problems as there are many popular heuristics and metaheuristics for them due to their popularity. Multiple ordered gene problems are studied, namely, the travelling salesman problem, bin packing problem, and graph colouring problem. In addition, two bioinformatics problems not traditionally seen as ordered gene problems are studied: DNA error correction and DNA fragment assembly. These problems are studied with multiple variations and combinations of heuristics and metaheuristics with two distinct types or representations. The majority of the algorithms are built around the Recentering- Restarting Genetic Algorithm. The algorithm variations were successful on all problems studied, and particularly for the two bioinformatics problems. For DNA Error Correction multiple cases were found with 100% of the codes being corrected. The algorithm variations were also able to beat all other state-of-the-art DNA Fragment Assemblers on 13 out of 16 benchmark problem instances.

The Influence of Attentional Focus on the Self-Efficacy-Performance Relationship in a Continuous Running Task

The self-efficacy-performance relationship in continuous sport tasks has been shown to be significantly reciprocal yet unequal with stronger influences in the performance-to-self-efficacy pathway rather than self-efficacy-to-performance pathway (e.g., LaForge-MacKenzie & Sullivan, 2014b). Bandura (2012) suggested that sociocognitive variables may influence this relationship. Attention as a sociocognitve factor may bias the processing of performance and self-efficacy information (Bandura, 1982, 1997; Bandura & Jourden, 1991). As confidence and attention are important aspects of peak running performance (Brewer, Van Raalte, Linder, & VanRaalte, 1991), the primary purpose of the present study was to examine the self-efficacy-performance relationship under three conditions of attentional focus. The secondary purpose was to examine self-efficacy and performance as separate constructs under the same conditions of attention. Participants ran continuously for one kilometer in one of three randomly assigned attentional focus conditions: internal-focus (n = 51), external-focus (n = 50), and control (n = 49). Self-efficacy was assessed using a one-item measure every 200 meters. Path analyses examining the primary objective revealed significant self-efficacy-to-performance pathways in all conditions: external-focus (p < .05, βs ranging from -.17 to -.32), internal-focus (p < .05, βs ranging from -.26 to -.36), and control (p < .05, βs ranging from -.29 to -.42). Significant reciprocal relationships were absent in all conditions. ANOVAs examining the secondary objectives found significantly faster performance in the control condition at the start (F (2, 147) = 3.86, p < .05) and end of the task (F (2, 147) = 3.56, p < .05). Self-efficacy was significantly higher in the internal-focus condition at the end of the task (Self-Efficacy 4 (F (2, 147) = 3.21, p < .05) and Self-Efficacy 5 (F (2, 147) = 4.74, p < .05). In contrast to previous within-trial research (e.g., LaForge-MacKenzie & Sullivan, 2014b) self-efficacy-to-performance effects were more significant and robust than performance-to-self-efficacy effects. These results provided support for Bandura’s (2012) suggestion that sociocognitive factors may have the ability to alter the causal structure of the self-efficacy-performance relationship, proposing complexities in the self-efficacy-performance relationship (Sitzmann &Yeo, 2013). Results were discussed from both theoretical and applied perspectives.

ARMA Representation of Integrated and Realized Variances

This paper derives the ARMA representation of integrated and realized variances when the spot variance depends linearly on two autoregressive factors, i.e., SR SARV(2) models. This class of processes includes affine, GARCH diffusion, CEV models, as well as the eigenfunction stochastic volatility and the positive Ornstein-Uhlenbeck models. We also study the leverage effect case, the relationship between weak GARCH representation of returns and the ARMA representation of realized variances. Finally, various empirical implications of these ARMA representations are considered. We find that it is possible that some parameters of the ARMA representation are negative. Hence, the positiveness of the expected values of integrated or realized variances is not guaranteed. We also find that for some frequencies of observations, the continuous time model parameters may be weakly or not identified through the ARMA representation of realized variances.

Déconstruction et reconstruction des communautés de pratique dans les organisations de santé professionnelles : le cas des fusions d'hôpitaux universitaires

Cette étude qui s’inscrit dans la perspective de l’action située, vise à comprendre le phénomène de (re)construction des communautés de pratique (CoPs) en contexte de fusion hospitalière. La recherche repose sur un devis d’étude de cas longitudinale qui combine plusieurs sources de données : documentaires, d’entretiens semi-directifs et d’observations de terrain. La stratégie d’analyse combine deux méthodes : l’une processuelle, permettant un ordonnancement temporel de récits d’événements et d'activités qui ont contribué à situer l’action dans le temps; l’autre selon l’approche de la théorisation ancrée, a permis la comparaison des données par leur regroupement systématique en catégories et sous catégories, tout au long de la collecte des données. La démarche de recherche processuelle adoptée, nous a conduit à révéler la dynamique de construction d’une communauté de pratique (CoP) à partir des caractéristiques inter reliées, identifiées dans la littérature et qui font référence à un engagement mutuel, une entreprise commune et un répertoire partagé. Ainsi, nos analyses montrent que le domaine d’action qui vient délimiter les points de convergence des participants, constitue le dénominateur commun de la pratique de la communauté qui met à jour des savoirs tacites et explicites qui s’échangent et se développent dans le temps. Cette pratique partagée, éminemment sociale, génère des connaissances et des règles négociées et entretenues par les membres dans le cadre de leurs rencontres. Nos analyses révèlent également que le processus d’évolution d’une communauté de pratique, s’inscrit dans une trajectoire d’apprentissages continue où se combinent de façon dynamique, des temps de participation intense, propices à la construction progressive d’une compréhension commune et négociée du domaine d’action (participation) et des temps de mise en forme de ces représentations (réification). Ici, la dialectique participation/réification qui se donne à voir, révèle un véritable travail d’organisation où la construction du sens à donner à l’action s’instruit à l’aune d’une régulation sociale omniprésente. Toutefois, le résultat de la régulation sociale, n’implique pas de facto, la rencontre d’une régulation conjointe. Plutôt, nos résultats mettent à jour un ensemble de régulations, tantôt concurrentes, tantôt en équilibre en regard du contexte dans lequel sont placés les acteurs. Enfin, nos résultats sur la dynamique de (re)construction des communautés de pratique en contexte de fusion, permettent d’appréhender le changement organisationnel non plus sous ses seuls aspects stratégiques et en direction des équipes dirigeantes, mais également sous l’angle des capacités d’acteurs « ordinaires » à l’initier dans une perspective continue et située.

Histoire, Révolution et esthétique : le temps et ses représentations dans le Tableau de Paris et le Nouveau Paris de Louis Sébastien Mercier

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université Paris-Sorbonne (Paris IV), sous la direction de M. Michel Delon.

Mental illness in modern and contemporary theatre : An analysis of representations of mental illness in a selection of plays, accompanied by a new play about schizophrenia

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les rêves durant la grossesse : étude de leur nature et de leur rôle prédictif dans l’adaptation psychologique à la maternité

De nombreux cliniciens œuvrant en périnatalité constatent que l’activité onirique est plus foisonnante et perturbée durant la grossesse. Certains croient d’ailleurs que le caractère plus vif, réaliste et marquant des rêves de cette période permette aux femmes d’avoir une plus grande accessibilité à leur monde intrapsychique, ce qui faciliterait la résolution d’enjeux relationnels laissés jusqu’alors en suspens. D’autres avancent aussi que les rêves permettent aux futures mères d’intérioriser leur rôle maternel grâce au développement de représentations mentales ayant trait, entre autres, à la future relation mère-bébé. Or, bien que ces notions soient fortement ancrées dans la littérature clinique, elles demeurent, en revanche, peu étudiées sur le plan empirique. Le premier objectif de cette thèse visait à offrir une meilleure description de l’activité onirique au troisième trimestre (≥26 semaines) d’une première grossesse, incluant le rappel onirique, la prévalence des rêves dysphoriques et le contenu des rêves. Nos résultats montrent pour la première fois que, lorsqu’ils sont collectés prospectivement, les rêves des femmes enceintes ne sont pas plus fréquents, mais ils sont nettement plus perturbés (article 1) et globalement plus négatifs (article 2) que ceux d’un groupe témoin constitué de femmes non enceintes et sans enfant. Le deuxième article montre aussi que, sur le plan thématique, les rêves de la grossesse incorporent, en plus des préoccupations typiques de cette période, des images de la femme en relation avec un enfant. Les processus plus généraux de la formation d’imageries oniriques, tels que le développement de la trame narrative et la valence des interactions entre personnages, se montrent quant à eux similaires entre les femmes enceintes et non enceintes. Le deuxième objectif de cette thèse visait à évaluer le rôle prédictif des rêves de la grossesse dans l’adaptation psychologique à la maternité, via l’étude de caractéristiques oniriques affectives et représentationnelles bien spécifiques (article 3). Nous montrons pour la première fois que les rêves qui dépeignent négativement la rêveuse et ceux qui incorporent la relation de la rêveuse avec sa propre mère prédisent indépendamment, et au-delà des symptômes dépressifs prénataux, l’adaptation de la femme aux chamboulements affectifs et relationnels que suscite la venue d’un premier enfant. Les résultats de cette thèse appuient l’hypothèse de la continuité onirique, qui stipule que les préoccupations de l’éveil transparaissent dans les rêves. Ce travail s’inscrit également dans la lignée des conceptions théoriques voulant que les rêves occupent une fonction adaptative pour l’équilibre psychologique.

Special functions of Weyl groups and their continuous and discrete orthogonality

Cette thèse s'intéresse à l'étude des propriétés et applications de quatre familles des fonctions spéciales associées aux groupes de Weyl et dénotées $C$, $S$, $S^s$ et $S^l$. Ces fonctions peuvent être vues comme des généralisations des polynômes de Tchebyshev. Elles sont en lien avec des polynômes orthogonaux à plusieurs variables associés aux algèbres de Lie simples, par exemple les polynômes de Jacobi et de Macdonald. Elles ont plusieurs propriétés remarquables, dont l'orthogonalité continue et discrète. En particulier, il est prouvé dans la présente thèse que les fonctions $S^s$ et $S^l$ caractérisées par certains paramètres sont mutuellement orthogonales par rapport à une mesure discrète. Leur orthogonalité discrète permet de déduire deux types de transformées discrètes analogues aux transformées de Fourier pour chaque algèbre de Lie simple avec racines des longueurs différentes. Comme les polynômes de Tchebyshev, ces quatre familles des fonctions ont des applications en analyse numérique. On obtient dans cette thèse quelques formules de <>, pour des fonctions de plusieurs variables, en liaison avec les fonctions $C$, $S^s$ et $S^l$. On fournit également une description complète des transformées en cosinus discrètes de types V--VIII à $n$ dimensions en employant les fonctions spéciales associées aux algèbres de Lie simples $B_n$ et $C_n$, appelées cosinus antisymétriques et symétriques. Enfin, on étudie quatre familles de polynômes orthogonaux à plusieurs variables, analogues aux polynômes de Tchebyshev, introduits en utilisant les cosinus (anti)symétriques.

Visible-light-mediated synthesis of helicenes in batch and continuous flow systems

Le présent mémoire décrit le développement d’une méthode de synthèse des hélicènes catalysée par la lumière visible. Les conditions pour la formation de [5]hélicène ont été établies par une optimisation du photocatalyseur, du solvant, du système d’oxydation et du temps réactionnel. Suite aux études mécanistiques préliminaires, un mécanisme oxydatif est proposé. Les conditions optimisées ont été appliquées à la synthèse de [6]hélicènes pour laquelle la régiosélectivité a été améliorée en ajoutant des substituants sur la colonne hélicale. La synthèse de thiohélicènes a aussi été testée en utilisant les mêmes conditions sous irradiation par la lumière visible. La méthode a été inefficace pour la formation de benzodithiophènes et de naphtothiophènes, par contre elle permet la formation du phenanthro[3,4-b]thiophène avec un rendement acceptable. En prolongeant la surface-π de la colonne hélicale, le pyrène a été fusionné aux motifs de [4]- et [5]hélicène. Trois dérivés de pyrène-hélicène ont été synthétisés en utilisant les conditions optimisées pour la photocyclisation et leurs caractéristiques physiques ont été étudiées. La méthode de cyclisation sous l’action de la lumière visible a aussi été étudiée en flux continu. Une optimisation du montage expérimental ainsi que de la source lumineuse a été effectuée et les meilleures conditions ont été appliquées à la formation de [5]hélicène et des trois dérivés du pyrène-hélicène. Une amélioration ou conservation des rendements a été observée pour la plupart des produits formés en flux continu comparativement à la synthèse en batch. La concentration de la réaction a aussi été conservée et le temps réactionnel a été réduit par un facteur de dix toujours en comparaison avec la synthèse en batch.

Deep learning of representations and its application to computer vision

L’objectif de cette thèse par articles est de présenter modestement quelques étapes du parcours qui mènera (on espère) à une solution générale du problème de l’intelligence artificielle. Cette thèse contient quatre articles qui présentent chacun une différente nouvelle méthode d’inférence perceptive en utilisant l’apprentissage machine et, plus particulièrement, les réseaux neuronaux profonds. Chacun de ces documents met en évidence l’utilité de sa méthode proposée dans le cadre d’une tâche de vision par ordinateur. Ces méthodes sont applicables dans un contexte plus général, et dans certains cas elles on tété appliquées ailleurs, mais ceci ne sera pas abordé dans le contexte de cette de thèse. Dans le premier article, nous présentons deux nouveaux algorithmes d’inférence variationelle pour le modèle génératif d’images appelé codage parcimonieux “spike- and-slab” (CPSS). Ces méthodes d’inférence plus rapides nous permettent d’utiliser des modèles CPSS de tailles beaucoup plus grandes qu’auparavant. Nous démontrons qu’elles sont meilleures pour extraire des détecteur de caractéristiques quand très peu d’exemples étiquetés sont disponibles pour l’entraînement. Partant d’un modèle CPSS, nous construisons ensuite une architecture profonde, la machine de Boltzmann profonde partiellement dirigée (MBP-PD). Ce modèle a été conçu de manière à simplifier d’entraînement des machines de Boltzmann profondes qui nécessitent normalement une phase de pré-entraînement glouton pour chaque couche. Ce problème est réglé dans une certaine mesure, mais le coût d’inférence dans le nouveau modèle est relativement trop élevé pour permettre de l’utiliser de manière pratique. Dans le deuxième article, nous revenons au problème d’entraînement joint de machines de Boltzmann profondes. Cette fois, au lieu de changer de famille de modèles, nous introduisons un nouveau critère d’entraînement qui donne naissance aux machines de Boltzmann profondes à multiples prédictions (MBP-MP). Les MBP-MP sont entraînables en une seule étape et ont un meilleur taux de succès en classification que les MBP classiques. Elles s’entraînent aussi avec des méthodes variationelles standard au lieu de nécessiter un classificateur discriminant pour obtenir un bon taux de succès en classification. Par contre, un des inconvénients de tels modèles est leur incapacité de générer deséchantillons, mais ceci n’est pas trop grave puisque la performance de classification des machines de Boltzmann profondes n’est plus une priorité étant donné les dernières avancées en apprentissage supervisé. Malgré cela, les MBP-MP demeurent intéressantes parce qu’elles sont capable d’accomplir certaines tâches que des modèles purement supervisés ne peuvent pas faire, telles que celle de classifier des données incomplètes ou encore celle de combler intelligemment l’information manquante dans ces données incomplètes. Le travail présenté dans cette thèse s’est déroulé au milieu d’une période de transformations importantes du domaine de l’apprentissage à réseaux neuronaux profonds qui a été déclenchée par la découverte de l’algorithme de “dropout” par Geoffrey Hinton. Dropout rend possible un entraînement purement supervisé d’architectures de propagation unidirectionnel sans être exposé au danger de sur- entraînement. Le troisième article présenté dans cette thèse introduit une nouvelle fonction d’activation spécialement con ̧cue pour aller avec l’algorithme de Dropout. Cette fonction d’activation, appelée maxout, permet l’utilisation de aggrégation multi-canal dans un contexte d’apprentissage purement supervisé. Nous démontrons comment plusieurs tâches de reconnaissance d’objets sont mieux accomplies par l’utilisation de maxout. Pour terminer, sont présentons un vrai cas d’utilisation dans l’industrie pour la transcription d’adresses de maisons à plusieurs chiffres. En combinant maxout avec une nouvelle sorte de couche de sortie pour des réseaux neuronaux de convolution, nous démontrons qu’il est possible d’atteindre un taux de succès comparable à celui des humains sur un ensemble de données coriace constitué de photos prises par les voitures de Google. Ce système a été déployé avec succès chez Google pour lire environ cent million d’adresses de maisons.

Managing Profound Suffering at the End-of-Life: Should expanding access to continuous deep sedation be the priority?

Commentaire / Commentary

Representations of curanderismo in Chicana/o texts

Ma thèse porte sur les représentations de curanderismo dans Chicana/o textes. Une tradition de guérison, une vision du monde, un système de croyances et de pratiques d'origines diverses, curanderismo répond aux besoins médicaux, religieux, culturels, sociaux et politiques des Chicanas/os à la fois sur le plan individuel et communautaire. Dans mon analyse de textes littéraires (Bless Me, Ultima de Rudolfo Anaya, les poèmes sélectionnés de Pat Mora, The Hungry Woman: A Mexican Medea de Cherríe Moraga) et du cours académique sur curanderismo enseigné à l'Université du Nouveau-Mexique à Albuquerque, que j’approche comme un texte culturel, curanderismo reflète les façons complexes et souvent ambiguës de représenter Chicana/o recherche d'identité, d’affirmation de soi et d’émancipation, résultat d'une longue histoire de domination et de discrimination de Chicana/o aux Etats-Unis. Dans les textes que j’aborde dans ma thèse curanderismo assume le rôle d'une puissante métaphore qui réunit une variété de valeurs, attitudes, concepts et notions dans le but ultimede célébrer le potentiel de soi-même.

Some Efficient Representations of 3D Information based on Octress

The thesis introduced the octree and addressed the complete nature of problems encountered, while building and imaging system based on octrees. An efficient Bottom-up recursive algorithm and its iterative counterpart for the raster to octree conversion of CAT scan slices, to improve the speed of generating the octree from the slices, the possibility of utilizing the inherent parallesism in the conversion programme is explored in this thesis. The octree node, which stores the volume information in cube often stores the average density information could lead to “patchy”distribution of density during the image reconstruction. In an attempt to alleviate this problem and explored the possibility of using VQ to represent the imformation contained within a cube. Considering the ease of accommodating the process of compressing the information during the generation of octrees from CAT scan slices, proposed use of wavelet transforms to generate the compressed information in a cube. The modified algorithm for generating octrees from the slices is shown to accommodate the eavelet compression easily. Rendering the stored information in the form of octree is a complex task, necessarily because of the requirement to display the volumetric information. The reys traced from each cube in the octree, sum up the density en-route, accounting for the opacities and transparencies produced due to variations in density.

Studies on some nonlinear optical phenomena-optical phase conjugation and continuous wave second harmonic generation

Nonlinear optics has emerged as a new area of physics , following the development of various types of lasers. A number of advancements , both theoretical and experimental . have been made in the past two decades . by scientists al1 over the world. However , onl y few scientists have attempted to study the experimental aspects of nonlinear optical phenomena i n I ndian laboratories. This thesis is the report of an attempt made in this direction. The thesis contains the details of the several investigations which the author has carried out in the past few years, on optical phase conjugation (OPC) and continuous wave CCVD second harmonic generation CSHG). OPC is a new branch of nonlinear optics, developed only in the past decade. The author has done a few experiments on low power OPC in dye molecules held in solid matrices, by making use of a degenerate four wave mixing CDFWND scheme. These samples have been characterised by studies on their absorption-spectra. fluorescence spectra. triplet lifetimes and saturation intensities. Phase conjugation efficiencies with r espect to the various parameters have been i nvesti gated . DFWM scheme was also employed i n achievi ng phase conjugation of a br oadband laser C Nd: G1ass 3 using a dye solution as the nonlinear medium.