PAnalyzer: A software tool for protein inference in shotgun proteomics

Background Protein inference from peptide identifications in shotgun proteomics must deal with ambiguities that arise due to the presence of peptides shared between different proteins, which is common in higher eukaryotes. Recently data independent acquisition (DIA) approaches have emerged as an alternative to the traditional data dependent acquisition (DDA) in shotgun proteomics experiments. MSE is the term used to name one of the DIA approaches used in QTOF instruments. MSE data require specialized software to process acquired spectra and to perform peptide and protein identifications. However the software available at the moment does not group the identified proteins in a transparent way by taking into account peptide evidence categories. Furthermore the inspection, comparison and report of the obtained results require tedious manual intervention. Here we report a software tool to address these limitations for MSE data. Results In this paper we present PAnalyzer, a software tool focused on the protein inference process of shotgun proteomics. Our approach considers all the identified proteins and groups them when necessary indicating their confidence using different evidence categories. PAnalyzer can read protein identification files in the XML output format of the ProteinLynx Global Server (PLGS) software provided by Waters Corporation for their MSE data, and also in the mzIdentML format recently standardized by HUPO-PSI. Multiple files can also be read simultaneously and are considered as technical replicates. Results are saved to CSV, HTML and mzIdentML (in the case of a single mzIdentML input file) files. An MSE analysis of a real sample is presented to compare the results of PAnalyzer and ProteinLynx Global Server. Conclusions We present a software tool to deal with the ambiguities that arise in the protein inference process. Key contributions are support for MSE data analysis by ProteinLynx Global Server and technical replicates integration. PAnalyzer is an easy to use multiplatform and free software tool.

Techniques for spatial analysis and visualization of benthic mapping data: final report

The mapping and geospatial analysis of benthic environments are multidisciplinary tasks that have become more accessible in recent years because of advances in technology and cost reductions in survey systems. The complex relationships that exist among physical, biological, and chemical seafloor components require advanced, integrated analysis techniques to enable scientists and others to visualize patterns and, in so doing, allow inferences to be made about benthic processes. Effective mapping, analysis, and visualization of marine habitats are particularly important because the subtidal seafloor environment is not readily viewed directly by eye. Research in benthic environments relies heavily, therefore, on remote sensing techniques to collect effective data. Because many benthic scientists are not mapping professionals, they may not adequately consider the links between data collection, data analysis, and data visualization. Projects often start with clear goals, but may be hampered by the technical details and skills required for maintaining data quality through the entire process from collection through analysis and presentation. The lack of technical understanding of the entire data handling process can represent a significant impediment to success. While many benthic mapping efforts have detailed their methodology as it relates to the overall scientific goals of a project, only a few published papers and reports focus on the analysis and visualization components (Paton et al. 1997, Weihe et al. 1999, Basu and Saxena 1999, Bruce et al. 1997). In particular, the benthic mapping literature often briefly describes data collection and analysis methods, but fails to provide sufficiently detailed explanation of particular analysis techniques or display methodologies so that others can employ them. In general, such techniques are in large part guided by the data acquisition methods, which can include both aerial and water-based remote sensing methods to map the seafloor without physical disturbance, as well as physical sampling methodologies (e.g., grab or core sampling). The terms benthic mapping and benthic habitat mapping are often used synonymously to describe seafloor mapping conducted for the purpose of benthic habitat identification. There is a subtle yet important difference, however, between general benthic mapping and benthic habitat mapping. The distinction is important because it dictates the sequential analysis and visualization techniques that are employed following data collection. In this paper general seafloor mapping for identification of regional geologic features and morphology is defined as benthic mapping. Benthic habitat mapping incorporates the regional scale geologic information but also includes higher resolution surveys and analysis of biological communities to identify the biological habitats. In addition, this paper adopts the definition of habitats established by Kostylev et al. (2001) as a “spatially defined area where the physical, chemical, and biological environment is distinctly different from the surrounding environment.” (PDF contains 31 pages)

¿Actores o consumidores de imágenes?

Revista con LCC: Reconocimiento – NoComercial – SinObraDerivada (by-nc-nd)

SteelConverter and Caltech VirtualShaker: Rapid Nonlinear Cloud-Based Structural Model Conversion and Analysis

STEEL, the Caltech created nonlinear large displacement analysis software, is currently used by a large number of researchers at Caltech. However, due to its complexity, lack of visualization tools (such as pre- and post-processing capabilities) rapid creation and analysis of models using this software was difficult. SteelConverter was created as a means to facilitate model creation through the use of the industry standard finite element solver ETABS. This software allows users to create models in ETABS and intelligently convert model information such as geometry, loading, releases, fixity, etc., into a format that STEEL understands. Models that would take several days to create and verify now take several hours or less. The productivity of the researcher as well as the level of confidence in the model being analyzed is greatly increased.

It has always been a major goal of Caltech to spread the knowledge created here to other universities. However, due to the complexity of STEEL it was difficult for researchers or engineers from other universities to conduct analyses. While SteelConverter did help researchers at Caltech improve their research, sending SteelConverter and its documentation to other universities was less than ideal. Issues of version control, individual computer requirements, and the difficulty of releasing updates made a more centralized solution preferred. This is where the idea for Caltech VirtualShaker was born. Through the creation of a centralized website where users could log in, submit, analyze, and process models in the cloud, all of the major concerns associated with the utilization of SteelConverter were eliminated. Caltech VirtualShaker allows users to create profiles where defaults associated with their most commonly run models are saved, and allows them to submit multiple jobs to an online virtual server to be analyzed and post-processed. The creation of this website not only allowed for more rapid distribution of this tool, but also created a means for engineers and researchers with no access to powerful computer clusters to run computationally intensive analyses without the excessive cost of building and maintaining a computer cluster.

In order to increase confidence in the use of STEEL as an analysis system, as well as verify the conversion tools, a series of comparisons were done between STEEL and ETABS. Six models of increasing complexity, ranging from a cantilever column to a twenty-story moment frame, were analyzed to determine the ability of STEEL to accurately calculate basic model properties such as elastic stiffness and damping through a free vibration analysis as well as more complex structural properties such as overall structural capacity through a pushover analysis. These analyses showed a very strong agreement between the two softwares on every aspect of each analysis. However, these analyses also showed the ability of the STEEL analysis algorithm to converge at significantly larger drifts than ETABS when using the more computationally expensive and structurally realistic fiber hinges. Following the ETABS analysis, it was decided to repeat the comparisons in a software more capable of conducting highly nonlinear analysis, called Perform. These analyses again showed a very strong agreement between the two softwares in every aspect of each analysis through instability. However, due to some limitations in Perform, free vibration analyses for the three story one bay chevron brace frame, two bay chevron brace frame, and twenty story moment frame could not be conducted. With the current trend towards ultimate capacity analysis, the ability to use fiber based models allows engineers to gain a better understanding of a building’s behavior under these extreme load scenarios.

Following this, a final study was done on Hall’s U20 structure [1] where the structure was analyzed in all three softwares and their results compared. The pushover curves from each software were compared and the differences caused by variations in software implementation explained. From this, conclusions can be drawn on the effectiveness of each analysis tool when attempting to analyze structures through the point of geometric instability. The analyses show that while ETABS was capable of accurately determining the elastic stiffness of the model, following the onset of inelastic behavior the analysis tool failed to converge. However, for the small number of time steps the ETABS analysis was converging, its results exactly matched those of STEEL, leading to the conclusion that ETABS is not an appropriate analysis package for analyzing a structure through the point of collapse when using fiber elements throughout the model. The analyses also showed that while Perform was capable of calculating the response of the structure accurately, restrictions in the material model resulted in a pushover curve that did not match that of STEEL exactly, particularly post collapse. However, such problems could be alleviated by choosing a more simplistic material model.

Vulnerabilidade de enfermeiros no cuidado a pacientes com HIV/Aids: um estudo de representações sociais

Vulnerabilidade e empoderamento apresentam-se como elementos presentes na vida profissional e pessoal dos enfermeiros. Delimitou-se como objeto de estudo as representações sociais elaboradas por enfermeiros que cuidam de pacientes com HIV/Aids acerca de sua vulnerabilidade no contexto do cuidar em enfermagem. O objetivo geral foi analisar as representações sociais construídas por enfermeiros acerca de sua vulnerabilidade no contexto do cuidado que exercem. Trata-se de pesquisa qualitativa, descritiva e exploratória, orientada pelo referencial teórico-metodológico das Representações Sociais em sua abordagem processual. Participaram do estudo trinta enfermeiros de um hospital público municipal do Rio de Janeiro. Como técnicas de coleta de dados foram utilizados o questionário sociodemográfico e a entrevista semiestruturada em profundidade. Como técnica de análise de dados adotou-se a análise de conteúdo temático-categorial proposta por Bardin, sistematizada por Oliveira e operacionalizada pelo software QSR NVivo 9.0. Entre os sujeitos, há predomínio do gênero feminino, da faixa etária de 41 a 45 anos, da realização de pós-graduação lato sensu e de tempo de atuação mínimo de 16 anos em HIV/Aids. Sete categorias emergiram na segmentação do material discursivo: 1) O acesso a informações, a formação profissional e o desenvolvimento da naturalização da aids através da experiência: elementos de vulnerabilidade e de empoderamento; 2) A instituição hospitalar e sua infraestrutura como polo de vulnerabilidade e de empoderamento nas construções simbólicas de enfermeiros que cuidam de pacientes com HIV/Aids; 3) Entre o risco e a prevenção: a vulnerabilidade e o empoderamento no contexto dos acidentes ocupacionais biológicos e as práticas preventivas adotadas por enfermeiros frente ao HIV/Aids no cotidiano hospitalar; 4) Relações interpessoais entre enfermeiro e paciente soropositivo para o HIV enquanto mediadoras da vulnerabilidade e do empoderamento de ambos; 5) As limitações psíquicas enfrentadas por enfermeiros no vivenciar do trabalho junto a portadores do HIV/Aids; 6) A busca pela espiritualidade e pela religiosidade como bases de apoio para a vida profissional contextualizada na aids; e 7) O HIV e a aids no contexto de diferentes modalidades de relacionamento: a presença do risco como elemento organizador da discursividade. Na vida profissional, as representações sociais da vulnerabilidade são compostas pela fragilidade, pelo risco e pela dificuldade. O empoderamento, por sua vez, emerge sustentado por um tripéformado pela proteção, suporte e satisfação como elementosdo bem-estar. Na vida pessoal, o risco possui centralidade nas representações. Já o empoderamento se mostra oriundo do bem-estar e da proteção. Conclui-se que a reconstrução sociocognitiva da vulnerabilidade e do empoderamento permitiu o acesso ao arsenal simbólico do qual o grupo dispõe para a superação do que o ameaça. Vulnerabilidade e empoderamento são, portanto, diversificados e mutáveis em suas bases e produtos e, em movimentos de balanço e contrabalanço, corporificam a díade vulnerabilidade-empoderamento.

Diseño, Modelado y Análisis por Elementos Finitos de un Cuadro de Bicicleta de Carretera.

[ES]El objetivo de este proyecto es llevar a cabo el diseño conceptual, modelado y análisis estructural de un cuadro de bicicleta de geometría de carretera, empleando herramientas de Diseño Asistido por Ordenador y software de Análisis con Elementos Finitos. El modelo inicial será analizado y optimizado de cara a que cumpla los requerimientos resitentes del escenario de cargas asumido. El propósito de este proyecto es completar la primera fase de un hipotético caso de producción.

A representação social do cuidado ao paciente soropositivo ao HIV/Aids entre profissionais de saúde

Este estudo tem como objetivo identificar a estrutura representacional do cuidado em saúde ao paciente soropositivo ao HIV/Aids entre os profissionais da equipe de saúde, descrever a representação do cuidado em saúde através das abordagens estrutural e processual, analisar o cuidado em saúde a partir das representações construídas por essa equipe e discutir a mudança de conhecimentos e práticas de cuidado em saúde a partir das representações. Pesquisa qualitativa, descritiva e exploratória, orientada pela Teoria das Representações Sociais. Os sujeitos do estudo foram profissionais de saúde atuantes em instituições públicas no Rio de Janeiro, sendo na primeira etapa, 148 profissionais de 20 instituições e, na segunda, 23 de duas instituições. A coleta de dados deu-se através de questionários de caracterização, evocações livres e entrevista semiestruturada. A análise dos dados utilizou o quadro de quatro casas a partir do software EVOC 2003, a análise de similitude e a análise lexical pelo software Alceste 4.10. Com relação à estrutura da Representação, destaca-se que o Núcleo Central foi composto por: amor, acolhimento, informação, respeito, adesão-tratamento e não-discriminação, que indicam uma dimensão relacionada aos aspectos afetivos, práticos e funcionais do cuidado. Na zona de contraste, ressalta-se a presença da proteção-profissional. A partir da análise de similitude foi possível perceber a tendência à centralidade do léxico amor. Ele organiza a representação e possui forte ligação com o termo solidariedade. Na análise realizada pelo Alceste, foram definidas seis classes: A constituição da equipe de saúde e o processo de cuidar: definições, práticas e dificuldades; As práticas de proteção adotadas pelos profissionais frente ao HIV; As formas de enfrentamento diante do diagnóstico positivo ao HIV; Atitudes profissionais: avaliações e julgamentos; As memórias sociais sobre a aids: origem, circulação, informação e imagens e, por fim, A epidemia de aids nos dias atuais. Conclui-se que a representação social do cuidado entre profissionais de saúde tem, em sua estrutura e organização, a interação sustentada por uma arqueologia que se liga aos considerados sentimentos nobres e às ações de abnegação e de superação humanas, tendo como elemento central o amor que caracteriza suas ações e influencia sua práxis. A importância da oferta desse cuidado amoroso está em sua relação com a humanização das ações assistenciais, atendendo à demanda do indivíduo durante a manifestação da doença, respeitando sua singularidade como ser humano e facilitando seu processo de adoecimento e busca pela melhoria da saúde.

Modos de pensar e de fazer: o cuidado de enfermagem à pessoa com HIV/Aids representado pela equipe de enfermagem

Este estudo propõe uma reflexão acerca do cuidado de enfermagem e suas práticas voltadas à pessoa com HIV/Aids desenvolvido por profissionais da equipe de enfermagem. O objetivo geral foi analisar as representações sociais e as práticas de cuidado de enfermagem a pessoa com HIV/Aids para a equipe de enfermagem que atua no Programa de DST/Aids no Município do Rio de Janeiro. Trata-se de uma pesquisa qualitativa, fundamentada na Teoria das Representações Sociais. Quanto à metodologia este estudo foi desenvolvido com 16 unidades de saúde inseridas no Programa Nacional de DST-Aids do Ministério da Saúde, que prestam assistência a pessoas que vivem com HIV/Aids em nível ambulatorial. Participaram desse estudo 37 profissionais, sendo 20 enfermeiros e 17 técnicos e auxiliares de enfermagem. Os dados foram coletados através de entrevista semiestruturada, tendo sido analisadas através da utilização do software ALCESTE 4.10; e questionário de identificação sócio-profissional, cuja análise de dados foi realizada com estatística descritiva. A partir da análise ALCESTE foram definidas 7 classes, divididas em dois blocos temáticos, sendo o primeiro denominado O HIV/Aids e seus impactos sociais através do olhar da equipe de enfermagem. Este bloco abarcou 3 classes, sendo elas: Preconceito e vulnerabilidade no cotidiano do cuidado de enfermagem de pessoas atingidas pelo HIV/Aids (classe1); As relações familiares e o envolvimento com o HIV/Aids (classe 4) e Memórias sócio profissionais sobre o HIV/Aids (classe 7). O segundo bloco temático denomina-se O HIV/Aids e as práticas de cuidado, e abarca 4 classes da análise, denominadas: A complexidade do atendimento ambulatorial da pessoa com HIV/Aids (classe 2); As práticas de cuidado da equipe de enfermagem e da equipe multiprofissional (classe 3); A educação em saúde como prática do cuidado de enfermagem (classe 5) e Medidas de proteção e biossegurança dos profissionais de enfermagem (classe 6). No primeiro bloco observa-se as representações da doença, os estigmas enfrentados pela pessoa com HIV/Aids, as relações com familiares e profissionais de saúde e as memórias da equipe de enfermagem com relação a doença. Observa-se que mesmo após ter havido mudanças no perfil da doença, as marcas do passado ainda se fazem presentes no cotidiano desses sujeitos, o que se reflete no cuidado de enfermagem, nas relações familiares e na vida em sociedade. O segundo bloco descreve as práticas institucionais e profissionais de cuidado à pessoa com HIV/Aids, observando-se o destaque da autoproteção no cuidado de enfermagem aos sujeitos com HIV/Aids. Também são destacados elementos como o cuidado do outro, tais como o vínculo, a postura acolhedora, o apoio psicológico e o relacionamento interpessoal, que são modalidades reconhecidas como participantes das práticas de cuidado, assim como a educação em saúde. Conclui-se que os diversos conteúdos que compõem as representações sociais e as práticas de cuidado de enfermagem a pessoa com HIV/Aids se apresentam sentimentos, práticas, atitudes, memórias, conceitos e imagens atuais e antigas, com a presença do cuidado instrumental, mas também do cuidado relacional.

Ecological computer programs: the importance of being friendly

A discussion is presented on the topic of statistical data analysis in the field of ecology, emphasizing the importance of computer programmes being user friendly for the ecologist. Particular reference is given to TWINSPAN, CANOCO and PATN and the applications of these programmes to tropical fisheries and coastal zone management.

As relações estabelecidas entre a terapia Reiki e o bem estar subjetivo mediadas pelas representações sociais

O objetivo do presente estudo é analisar o impacto da terapia Reiki no bem estar subjetivo e suas representações sociais em uma universidade pública do Rio de Janeiro. Trata-se de uma pesquisa quanti-qualitativa, com abordagem experimental, apoiado na Teoria de Representações Sociais. O grupo estudado foi composto de 60 sujeitos que não tiverem acesso à terapia anteriormente entrevistados antes e depois de três sessões de Reiki. Os dados foram coletados através de quatro instrumentos: questionário de identificação dos sujeitos, questionário de representação social do Reiki, questionário de evocação livre e escala de Bem estar Subjetivo. A análise dos dados foi realizada com estatística descritiva e inferencial com o software SPSS 19, análise estrutural e análise de conteúdo das representações sociais, a partir do software EVOC. Os sujeitos participantes são do sexo feminino (88,33%); nível superior (76,66%); discentes de ensino superior e médio e enfermeiros (48,34%); está empregado (56,67%); renda pessoal inferior a R$ 1.000,00 (41,67%); solteiro (61,67%); vive sozinho (68,33%); tem companheiro fixo (68,33%); sem doença (58,33%); uso de terapia não convencional (63,33%); tem religião (88,33%) e religião católica (33,33%) e evangélica (21,67%). Quanto às representações sociais, a busca do Reiki antes e depois do experimento revelou duas categorias com maior frequência, que são: equilíbrio da saúde mental, antes (35,44%) e depois (50,65%) e equilíbrio da saúde física, antes (16,46%) e depois (27,27%). Quanto à estrutura representacional do Reiki, o possível núcleo central dos dois grupos analisados foi composto pelas palavras energia, relaxamento e tranquilidade, configurando-se como uma dimensão funcional e positiva do Reiki e não apresentando variação da representação antes e depois da realização da terapia. O estudo experimental apresentou como resultados: No experimento I: diferença estatisticamente significante na dimensão afeto positivo, com escore maior no grupo de sujeitos que recebeu a terapia Reiki comparado aos que não receberam. No experimento II: diferença estatisticamente significante na dimensão afeto negativo, com escore maior no grupo de sujeitos que recebeu informação do Reiki associado à religiosidade comparado àqueles que receberam outros tipos de informação. E no experimento III: na dimensão afeto positivo, observou-se que todos os escores se elevaram, apontando para um efeito generalizado e inespecífico da realização do Reiki e da informação sobre o afeto positivo, exceto no que se refere à informação de espiritualidade que apresentou inversão das médias. No afeto negativo observou-se que todos os escores diminuíram, apontando para um efeito generalizado e inespecífico da realização do Reiki.Na dimensão cognitiva as médias dos escores antes e depois das manipulações experimentais praticamente não se alteraram. Conclui-se que a terapia Reiki favoreceu na manutenção do equilíbrio energético dos usuários, através de relaxamento, tranquilidade e sentimentos positivos, proporcionando, assim, efeitos psicológicos saudáveis, nutrindo e fortificando o campo energético dos usuários que participaram do estudo.

A síndrome de burnout e suas representações entre profissionais de saúde de um hospital geral

A tese tem como objetivo geral analisar a ocorrência da síndrome de burnout e suas representações sociais entre profissionais de saúde de um hospital público universitário do Rio de Janeiro. Caracteriza-se como um estudo quanti-qualitativo, descritivo, transversal, a partir de uma amostra intencional, totalizando 101 participantes. Os instrumentos de coleta de dados foram um questionário contendo a técnica de evocações livres, a escala de caracterização do burnout (ECB) e um roteiro de entrevista semiestruturada. A análise de dados se deu por meio do uso do software EVOC 2005 e da construção do quadro de quatro casas para as evocações livres; o software SPSS 20 e análises estatísticas descritivas e inferenciais para a ECB; e a análise de conteúdo temático categorial para as entrevistas semidiretivas. Os resultados apontam que os profissionais de saúde possuem uma representação social da síndrome de burnout alicerçada em duas dimensões, uma física e outra psicológica; observa-se a prevalência de conteúdos predominantemente negativos nessa representação, sobretudo, em relação ao contexto de trabalho no hospital. Também mostram a existência da representação social da síndrome de burnout estruturada a partir dos termos estresse e cansaço que fazem parte do provável núcleo central dessa representação. Observou-se que há ocorrência da síndrome de burnout entre enfermeiros e médicos do campo cirúrgico do hospital e que tal ocorrência apresenta relação com as variáveis psicossociais e sóciodemográficas. Releva-se a importância dessas variáveis, assinalando o seu papel regulador na ocorrência e desenvolvimento da síndrome. Conclui-se destacando as condições de trabalho para a construção das representações nas profissões de saúde e para a determinação da síndrome de burnout, sobretudo no campo cirúrgico. Os resultados poderão contribuir para a compreensão do campo teórico da síndrome de burnout, especialmente, no que se refere à sua determinação e ao seu desenvolvimento, lançando luz para o seu diagnóstico e sua prevenção