Clinical pharmacogenomic testing of KRAS, BRAF and EGFR mutations by high resolution melting analysis and ultra-deep pyrosequencing

BACKGROUND: Epidermal growth factor receptor (EGFR) and its downstream factors KRAS and BRAF are mutated in several types of cancer, affecting the clinical response to EGFR inhibitors. Mutations in the EGFR kinase domain predict sensitivity to the tyrosine kinase inhibitors gefitinib and erlotinib in lung adenocarcinoma, while activating point mutations in KRAS and BRAF confer resistance to the anti-EGFR monoclonal antibody cetuximab in colorectal cancer. The development of new generation methods for systematic mutation screening of these genes will allow more appropriate therapeutic choices. METHODS: We describe a high resolution melting (HRM) assay for mutation detection in EGFR exons 19-21, KRAS codon 12/13 and BRAF V600 using formalin-fixed paraffin-embedded samples. Somatic variation of KRAS exon 2 was also analysed by massively parallel pyrosequencing of amplicons with the GS Junior 454 platform. RESULTS: We tested 120 routine diagnostic specimens from patients with colorectal or lung cancer. Mutations in KRAS, BRAF and EGFR were observed in 41.9%, 13.0% and 11.1% of the overall samples, respectively, being mutually exclusive. For KRAS, six types of substitutions were detected (17 G12D, 9 G13D, 7 G12C, 2 G12A, 2 G12V, 2 G12S), while V600E accounted for all the BRAF activating mutations. Regarding EGFR, two cases showed exon 19 deletions (delE746-A750 and delE746-T751insA) and another two substitutions in exon 21 (one showed L858R with the resistance mutation T590M in exon 20, and the other had P848L mutation). Consistent with earlier reports, our results show that KRAS and BRAF mutation frequencies in colorectal cancer were 44.3% and 13.0%, respectively, while EGFR mutations were detected in 11.1% of the lung cancer specimens. Ultra-deep amplicon pyrosequencing successfully validated the HRM results and allowed detection and quantitation of KRAS somatic mutations. CONCLUSIONS: HRM is a rapid and sensitive method for moderate-throughput cost-effective screening of oncogene mutations in clinical samples. Rather than Sanger sequence validation, next-generation sequencing technology results in more accurate quantitative results in somatic variation and can be achieved at a higher throughput scale.

Alternancia de códigos en la expresión del caso partitivo

En esta comunicación pretendemos aportar evidencias empíricas a favor de la estructurade los nominales propuesta por Martí (1994: 94). De acuerdo con este análisis los nominales indefinidos son cuantificadores SQ que seleccionan una proyección funcional de caso partitivo (encabezada en español por de)

Nosocomial bacteremia due to an as yet unclassified acinetobacter genomic species 17-like strain.

We describe a case of bacteremia due to an as yet unclassified Acinetobacter genomic species 17-like strain. The recognition of this microorganism as non-Acinetobacter baumannii may have important epidemiological implications, as it relieves the hospital of the implementation of barrier precautions for patients infected or colonized as may be necessary with a multiresistant A. baumannii epidemic.

Ordre de mots i estructura informativa a la llengua de Francesc Eiximenis

En aquest estudi s’examina la llengua d’alguns textos de Francesc Eiximenis (concretament, el ‘Dotzè del Crestià’ i les cartes autògrafes publicades per Martí 2002) per tal d’aprofundir en la distribució de l’estructura informativa i el consegüent ordre de mots que utilitza l’autor. L’objectiu d’aquesta comunicació és aprofundir en els casos d’ avantposició del català antic que correspon a una estructura de focalització feble (no contrastiva)

Psychometric characteristics of the Spanish version of instruments to measure neck pain disability

BACKGROUND. The NDI, COM and NPQ are evaluation instruments for disability due to NP. There was no Spanish version of NDI or COM for which psychometric characteristics were known. The objectives of this study were to translate and culturally adapt the Spanish version of the Neck Disability Index Questionnaire (NDI), and the Core Outcome Measure (COM), to validate its use in Spanish speaking patients with non-specific neck pain (NP), and to compare their psychometric characteristics with those of the Spanish version of the Northwick Pain Questionnaire (NPQ). METHODS. Translation/re-translation of the English versions of the NDI and the COM was done blindly and independently by a multidisciplinary team. The study was done in 9 primary care Centers and 12 specialty services from 9 regions in Spain, with 221 acute, subacute and chronic patients who visited their physician for NP: 54 in the pilot phase and 167 in the validation phase. Neck pain (VAS), referred pain (VAS), disability (NDI, COM and NPQ), catastrophizing (CSQ) and quality of life (SF-12) were measured on their first visit and 14 days later. Patients' self-assessment was used as the external criterion for pain and disability. In the pilot phase, patients' understanding of each item in the NDI and COM was assessed, and on day 1 test-retest reliability was estimated by giving a second NDI and COM in which the name of the questionnaires and the order of the items had been changed. RESULTS. Comprehensibility of NDI and COM were good. Minutes needed to fill out the questionnaires [median, (P25, P75)]: NDI. 4 (2.2, 10.0), COM: 2.1 (1.0, 4.9). Reliability: [ICC, (95%CI)]: NDI: 0.88 (0.80, 0.93). COM: 0.85 (0.75,0.91). Sensitivity to change: Effect size for patients having worsened, not changed and improved between days 1 and 15, according to the external criterion for disability: NDI: -0.24, 0.15, 0.66; NPQ: -0.14, 0.06, 0.67; COM: 0.05, 0.19, 0.92. Validity: Results of NDI, NPQ and COM were consistent with the external criterion for disability, whereas only those from NDI were consistent with the one for pain. Correlations with VAS, CSQ and SF-12 were similar for NDI and NPQ (absolute values between 0.36 and 0.50 on day 1, between 0.38 and 0.70 on day 15), and slightly lower for COM (between 0.36 and 0.48 on day 1, and between 0.33 and 0.61 on day 15). Correlation between NDI and NPQ: r = 0.84 on day 1, r = 0.91 on day 15. Correlation between COM and NPQ: r = 0.63 on day 1, r = 0.71 on day 15. CONCLUSION. Although most psychometric characteristics of NDI, NPQ and COM are similar, those from the latter one are worse and its use may lead to patients' evolution seeming more positive than it actually is. NDI seems to be the best instrument for measuring NP-related disability, since its results are the most consistent with patient's assessment of their own clinical status and evolution. It takes two more minutes to answer the NDI than to answer the COM, but it can be reliably filled out by the patient without assistance. TRIAL REGISTRATION Clinical Trials Register NCT00349544.

Aproximació a l'evolució del paisatge vegetal a les comarques de la Selva i del Vallès

L'objectiu d'aquest article és presentar les línies bàsiques de l'evolució del paisatge vegetal d'una part d'una àrea geogràfica que des de l'antiguitat ha estat un passadís històric d'assentaments i comunicacions i que comprèn les comarques de la Selva, del Vallès Oriental i del Vallès Occidental Biogeogràficament es tracta d'una zona de contacte entre el món mediterrani, representat a nivell climàtic per l'alzinar litoral, i l'eurosiberià, que té com a principals comunitats climàtiques la roureda de roure martinenc i la fageda amb el·lèbor verd

Viatge al Marroc de la Secció de Geografia de la Universitat de Girona, 24-30 d'abril de 2000

A group of teachers and students of the Geography Unit of the University of Girona conducted a field trip in a part of Northern Morocco, which once belonged to the Spanish Protectorate. The visit took place between 24th and 30th April 2000. Some teachers of the University of Tetouan accompanied the group and offered comprehensive geographical explanations of the area, including physical, social and economic aspects

Estudio transversal sobre la prevalencia de la Enfermedad Metabólica Ósea (EMO) y Nutrición Parenteral Domiciliaria (NPD) en España: datos del Grupo NADYA

Patients with intestinal failure who receive HPN are at high risk of developing MBD. The origin of this bone alteration is multifactorial and depends greatly on the underlying disease for which the nutritional support is required. Data on the prevalence of this disease in our environment is lacking, so NADYA-SEMPE group has sponsored this transversal study with the aim of knowing the actual MBD prevalence. MATERIAL AND METHODS: Retrospective data from 51 patients from 13 hospitals were collected. The questionnaire included demographic data as well as the most clinically relevant for MBD data. Laboratory data (calciuria, PTH, 25 -OH -vitamin D) and the results from the first and last bone densitometry were also registered. RESULTS: Bone mineral density had only been assessed by densitometry in 21 patients at the moment HPN was started. Bone quality is already altered before HPN in a significant percentage of cases (52%). After a mean follow up of 6 years, this percentage increases up to 81%. Due to retrospective nature of the study and the low number of subjects included it has not been possible to determine the role that HPN plays in MBD etiology. Only 35% of patients have vitamin D levels above the recommended limits and the majority of them is not on specific supplementation. CONCLUSIONS: HPN is associated with very high risk of MBD, therefore, management protocols that can lead to early detection of the problem as well as guiding for follow up and treatment of these patients are needed.

Els Atles comarcals de Catalunya: un producte innovador per a uns continguts tradicionals

La present comunicació pretén ressenyar l’aportació dels Atles comarcals de Catalunya al coneixement del nostre territori com una obra no només de caire acadèmic sinó també divulgatiu i aplicat. En primer lloc, es constata la filiació de l’obra al llegat de la geografia clàssica catalana i a les aportacions tradicionals —monografies i les obres generals― que han disseccionat el país des de l’òptica comarcal. En segon lloc, es detalla el seu procés de concepció i elaboració. Finalment, es destaquen les innovacions que el nou format CD-Rom i les possibilitats d’interacció cartogràfica amb servidors externs suposen en el sentit d’innovació respecte de les aportacions anteriors

Laboratorios clínicos : proceso de soporte

Publicado en la página web de la Consejería de Salud: www.juntadeandalucia.es/salud (Consejería de Salud / Profesionales / Nuestro Compromiso por la Calidad / Procesos de Soporte). Grupo de trabajo: Cristóbal Aguilera Gámiz (Coordinador); Javier Aznar Martín; Manuel Durán Serantes; Félix Gascón Luna; Tomás de Haro Muñoz; Mª Luisa Hortas Nieto; Fernando López Rubio; Francisco J. Martí Tuñón; Vidal Pérez Valero; Gemma Ramírez Ramírez; Esperanza Ruiz Ruda

El municipi de Barcelona i les parròquies del seu entorn al segle XIV

L'articulació política del pla de Barcelona en l'època medieval es va basar en l'existència de dos territoris: d'una banda, una gran àrea que va coincidir amb la plana entre les desembocadures del Llobregat i del Besòs, on les autoritats locals exerciren alguna funció de control judicial. D'altra banda, un territori molt més petit, anomenat Hort i Vinyet (Parròquia de Sants i Sarrià Sant Martí Provençals), on la jurisdicció civil i penal del Consell de Cent era absoluta. L'objectiu d'aquest treball és mostrar, en primer lloc, que el territori anomenat Hort i Vinyet no existia i, d'altra banda, que l'extens territori no era subjecte a la jurisdicció municipal

La Depuradora del segle XXI

A partir de la reflexió sobre la situació actual i futura de les depuradores d’aigües, s’estudia l’obtenció d’un model conceptual de possible depuradora del segle XXI, entenent l’EDAR del segle XXI com a una instal•lació quegestioni de manera òptima les aigües residuals urbanes d’una població mitjana. (El cas pràctic es concreta en l’EDAR de Figueres)

Muntatge d’una memòria en el sistema microprocessat Olorim

Aquest projecte parteix d'un projecte anterior realitzat per un company d'escola, en el qual es pretenia muntar un sistema per obtenir un diagnòstic dels pacients que pateixen bruxisme. El sistema que aquest company va muntar constava de dos subsistemes: el sistema de captura, encarregat de capturar el senyal mitjançant sensors i pretractar el senyal i el sistema de processament de dades, encarregat de rebre les dades provinents del sistema de captura mitjançant una ràdio sintonitzada a la freqüència 432,95MHz, que després s'envien al convertidor A/D de l'Olorim i s'emmagatzemen a la memòria interna de l'Olorim. Aquest projecte pretén millorar l'apartat de capacitat per a les dades i oferir major portabilitat mitjançant una targeta SD. Per dur a terme aquesta millora es recullen les dades emmagatzemades a la memòria interna del sistema microprocessat i s’emmagatzemen en una memòria SD. Les dades s'emmagatzemen a la targeta SD dins un fitxer creat prèviament amb l'ordinador, el qual ha de ser el primer fitxer que es crea a la targeta, ja que ha d'estar en sectors consecutius. En aquest fitxer s'aniran emmagatzemant les dades que ens proporcioni el sistema de captura en format RAW

Integració d’un visualitzador de volums en una plataforma de reconstrucció de mapes de fibres del cervell

Estudi, disseny i implementació d’un algorisme de visualització de volums i integrar-lo en la plataforma DTIWeb de visualització i processament de dades de DTI. La plataforma DTIWeb és una plataforma desenvolupada conjuntament entre el Laboratori de Gràfics i Imatge de la Universitat de Girona i d’Institut de Diagnòstic per la imatge de l’Hospital Josep Trueta de Girona. Aquesta plataforma integra els mètodes bàsics de reconstrucció de fibres del cervell. La principal limitació de la plataforma és que no suporta la visualització de models 3D. Aquest fet limita el seu us en la pràctica clínica habitual ja que es fa difícil la interpretació dels mapes de connectivitat que genera

Projecte de millora de l’explotació de vaquí de llet ‘Mas Batlle’ de Vilademires

Ampliació i millora de l’explotació ‘Mas Batlle’, construint una nau de producció, el femer per emmagatzemar les dejeccions un temps mínim de 6 mesos i construint també un cobert per a la maquinària. L’explotació està situada al veïnat de Vilademires, dins el municipi de Cabanelles, Alt Empordà (Girona)