EuroDia: a beta-cell gene expression resource.

Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a major disease affecting nearly 280 million people worldwide. Whilst the pathophysiological mechanisms leading to disease are poorly understood, dysfunction of the insulin-producing pancreatic beta-cells is key event for disease development. Monitoring the gene expression profiles of pancreatic beta-cells under several genetic or chemical perturbations has shed light on genes and pathways involved in T2DM. The EuroDia database has been established to build a unique collection of gene expression measurements performed on beta-cells of three organisms, namely human, mouse and rat. The Gene Expression Data Analysis Interface (GEDAI) has been developed to support this database. The quality of each dataset is assessed by a series of quality control procedures to detect putative hybridization outliers. The system integrates a web interface to several standard analysis functions from R/Bioconductor to identify differentially expressed genes and pathways. It also allows the combination of multiple experiments performed on different array platforms of the same technology. The design of this system enables each user to rapidly design a custom analysis pipeline and thus produce their own list of genes and pathways. Raw and normalized data can be downloaded for each experiment. The flexible engine of this database (GEDAI) is currently used to handle gene expression data from several laboratory-run projects dealing with different organisms and platforms. Database URL: http://eurodia.vital-it.ch.

Mapa web interactiu de Barcelona

L’objectiu principal d’aquest projecte és crear un sistema que permeti generar i gestionar un mapa de navegació interactiu per a la web i per qualsevol àmbit. Per aconseguir-ho, el projecte està dividit en dos parts: el mapa de navegació i el gestor de continguts. La primera part és una interfície gràfica on hi hauran diferents menús amb les seves categories, cadascuna amb els seus filtres, i per últim, un menú per seleccionar diferents nivells de zoom. El gestor de continguts, la segona part del projecte, és l’eina que permet gestionar via web tots els aspectes relacionats amb la configuració del mapa i la gestió de continguts (menús, punts del mapa, punts d’interès i rutes).

Desarrollo de una aplicación web para representación de datos de posicionamiento

En aquesta memòria s’explica el desenvolupament d’una eina útil que permet a l’usuari visualitzar en l’aplicació Google Maps les dades de posicionament captats en una sessió GPS. En aquest projecte, hem dissenyat una aplicació Web en la qual recollim les dades ingressades per l’usuari mitjançant un formulari. Un cop emmagatzemades aquestes dades en el servidor, la nostra eina hi executa l’aplicació encarregada del càlcul de les posicions. Aquesta és un script desenvolupat en MATLAB, que s’encarrega d’interpretar les dades subministrades per l’usuari, amb les quals es poden calcular les coordenades captades pel receptor GPS. Una vegada calculades, el software les emmagatzema en el servidor, en un arxiu .xml, que serà el que posteriorment interpretarà Google Maps gràcies al seu API. D’aquesta manera, l’usuari obtindrà el resultat visual de la sessió GPS que hagi decidit carregar sense necessitat des disposar de cap software específic per a la interpretació i el càlcul de les dades que hi ha capturat.

Des données aux connaissances, un chemin difficile: réflexion sur la place du data mining en analyse criminelle

Le "data mining", ou "fouille de données", est un ensemble de méthodes et de techniques attractif qui a connu une popularité fulgurante ces dernières années, spécialement dans le domaine du marketing. Le développement récent de l'analyse ou du renseignement criminel soulève des problèmatiques auxqwuelles il est tentant de d'appliquer ces méthodes et techniques. Le potentiel et la place du data mining dans le contexte de l'analyse criminelle doivent être mieux définis afin de piloter son application. Cette réflexion est menée dans le cadre du renseignement produit par des systèmes de détection et de suivi systématique de la criminalité répétitive, appelés processus de veille opérationnelle. Leur fonctionnement nécessite l'existence de patterns inscrits dans les données, et justifiés par les approches situationnelles en criminologie. Muni de ce bagage théorique, l'enjeu principal revient à explorer les possibilités de détecter ces patterns au travers des méthodes et techniques de data mining. Afin de répondre à cet objectif, une recherche est actuellement menée au Suisse à travers une approche interdisciplinaire combinant des connaissances forensiques, criminologiques et computationnelles.

Aplicació web per a la gestió de les noves competències

L’objectiu d’aquest projecte és desenvolupar una aplicació web per a facilitar la gestió de les noves competències, que han aparegut amb els nous plans d’estudi. Aquesta aplicació permet mantenir una base de dades amb tota la informació sobre els estudis, crear, eliminar o modificar relacions entre les competències i les assignatures, i definir com és aquesta relació, en els aspectes de com es treballen i avaluen aquestes competències. Mostra diferents opcions segons l’usuari que estigui treballant amb l’aplicació, és a dir, té un control d’accés per els usuaris.

Gene expression databases and data mining.

The DNA microarray technology has arguably caught the attention of the worldwide life science community and is now systematically supporting major discoveries in many fields of study. The majority of the initial technical challenges of conducting experiments are being resolved, only to be replaced with new informatics hurdles, including statistical analysis, data visualization, interpretation, and storage. Two systems of databases, one containing expression data and one containing annotation data are quickly becoming essential knowledge repositories of the research community. This present paper surveys several databases, which are considered "pillars" of research and important nodes in the network. This paper focuses on a generalized workflow scheme typical for microarray experiments using two examples related to cancer research. The workflow is used to reference appropriate databases and tools for each step in the process of array experimentation. Additionally, benefits and drawbacks of current array databases are addressed, and suggestions are made for their improvement.

Construcció d'una aplicació web utilitzant el mètode Rational Unified Process

Construcció d'una aplicació web a partir de les especificacions d'un client imaginari. Estudi i utilització del mètode Rational Unified Process, el més habitual actualment en la construcció de software. Disseny d'una base de dades i implementació del model lògic mitjançant un SGBD punter al mercat com Oracle.

Usabilitat d'un web d'un centre de secundària

L'objectiu del TFC és que quedi definit un mètode per a aconseguir el desenvolupament d'un web (per a un centre de secundària) fàcil d'usar, de tal manera que seguint aquest mètode es puguin portar a terme les fases que es considerin necessàries per a arribar al disseny d'algunes de les interfícies del web i que aquestes interfícies siguin fàcils d'usar.

Health Inequalities Target Data Web Tool - Updated to 2003-05

This tool contains the data for the LHO briefing "The London Health Inequalities Forecast: A briefing on inequalities in life expectancy and deaths from cancers, heart disease and stroke in London". The tool enables local areas to monitor their progress towards the national health inequalities targets for life expectancy, mortality from heart disease and stroke, and mortality from cancers.

Metodologia d'avaluació i disseny d'un test d'usuari aplicat a la web de l'institut català de la salut

La finalitat d'aquest projecte consisteix a establir una metodologia d'avaluació i disseny d'un test d'usuari. Es vol no només avaluar un lloc web en concret, sinó també establir una sèrie de pautes que es puguin aplicar a qualsevol altra aplicació futura.

Aplicació web per gestió de tornejos d'escacs amb J2EE

L'aplicació consisteix en un programa web que des d'un navegador ens permet realitzar una sèrie de consultes i de gestions contra una base de dades de tornejos d'escacs. Les gestions i consultes variaran segons el rol d'usuari sigui administrador, gestor o usuari Internet. Així, l'aplicació consta d'un servidor, una base de dades, unes classes entitat Java que treballaran a la capa de model per fer els canvis a la Base de dades, unes pàgines html i jsp, que estaran a la capa de vista, uns fitxers de configuració .xml i uns fitxers .java que actuaran a la capa de control. Els rols s'han implantat a nivell de servidor, amb una pàgina de login, i segons el rol escollit, es tindrà accés a una carpeta (zona) o altra.

Usabilitat en les pàgines web

Aquest treball de final de carrera tracta sobre la facilitat d'ús en els llocs web, la importància de tenir en compte aquest aspecte quan es dissenyen llocs i la manera d'avaluar-los. Aquesta avaluació de la facilitat d'ús s'ha centrat en webs de l'entorn d'Humanidades, i concretament en els webs d'acadèmies científiques.

Usabilidad de sitios web para personas de la tercera edad

En el present treball es definirà el cicle de vida i la metodologia que s'ha de seguir, segons el disseny centrat en l'usuari, per a un projecte web orientat a continguts específics per a persones de la tercera edat, per a això, es determinarà i justificarà quins mètodes i tècniques d'avaluació de la usabilitat són els més adequats per poder dissenyar un lloc web d'aquest tipus.

An Ontology for Open Rubric Exchange on the Web

While the Internet has given educators access to a steady supply of Open Educational Resources, the educational rubrics commonly shared on the Web are generally in the form of static, non-semantic presentational documents or in the proprietary data structures of commercial content and learning management systems.With the advent of Semantic Web Standards, producers of online resources have a new framework to support the open exchange of software-readable datasets. Despite these advances, the state of the art of digital representation of rubrics as sharable documents has not progressed.This paper proposes an ontological model for digital rubrics. This model is built upon the Semantic Web Standards of the World Wide Web Consortium (W3C), principally the Resource Description Framework (RDF) and Web Ontology Language (OWL).

MAPI: towards the integrated exploitation of bioinformatics Web Services.

BACKGROUND. Bioinformatics is commonly featured as a well assorted list of available web resources. Although diversity of services is positive in general, the proliferation of tools, their dispersion and heterogeneity complicate the integrated exploitation of such data processing capacity. RESULTS. To facilitate the construction of software clients and make integrated use of this variety of tools, we present a modular programmatic application interface (MAPI) that provides the necessary functionality for uniform representation of Web Services metadata descriptors including their management and invocation protocols of the services which they represent. This document describes the main functionality of the framework and how it can be used to facilitate the deployment of new software under a unified structure of bioinformatics Web Services. A notable feature of MAPI is the modular organization of the functionality into different modules associated with specific tasks. This means that only the modules needed for the client have to be installed, and that the module functionality can be extended without the need for re-writing the software client. CONCLUSIONS. The potential utility and versatility of the software library has been demonstrated by the implementation of several currently available clients that cover different aspects of integrated data processing, ranging from service discovery to service invocation with advanced features such as workflows composition and asynchronous services calls to multiple types of Web Services including those registered in repositories (e.g. GRID-based, SOAP, BioMOBY, R-bioconductor, and others).