Identification of CNVs on the genome of Brazilian chicken lines.

2016

Haida Totem Poles: Reflections of a Society

The Haida were a First Nations group located on the Northwest Coast of Canada. They were exceptional wood carvers that produced various types of works, the most monumental of which were their totem poles. This dissertation analyses 26 of these open architectural structures, each of which belonged to one of the following five types: frontal, mortuary, memorial, house post, or corner post. Of the representations found on poles, 28 different figures were identified. However, individual poles were found to contain between one and fourteen different figures with frontal poles generally featuring the most. The predominant figures on the inventoried poles proved to be birds, humans, and bears. An iconographic structure of a tripartite character was detected that reflects the religious ideology of the Haida population with birds being featured at the top of the poles, humans in the middle, and bears at the lowest point. It also suggests the possible transition from a hunter-gatherer economy to a food producing economy.***********************************************************************************Os Haida foram um grupo das Primeiras Nações que habitaram a costa Noroeste do Canadá. Eram excepcionais escultores de madeira, tendo produzido variados tipos de artefactos, dos quais os totem poles eram os mais monumentais. Na presente dissertação são analisadas 26 dessas estruturas arquitectónicas de exterior, sendo que cada uma delas pertenceria a um dos seguintes cinco tipos: frontal, funerário, memorial, travemestra, ou postes de esquina. Das representações encontradas nos postes, foram individualizadas 28 figuras. No entanto, em postes isolados foi possível identificar entre uma e catorze figuras distintas, sendo os postes frontais os que apresentavam, geralmente, o maior número. A análise destes postes permitiu detectar uma estrutura iconográfica tripartida que reflectia a ideologia religiosa das populações Haida, representando-se as aves no topo, os humanos a meio, e os ursos na base dos postes. Por outro lado, foi possível sugerir, para estas populações, a transição de uma economia baseada na caça-recolecção para uma economia de produção alimentar.

Elucidating the role of glycans in leucocyte function

RESUMO:O processo de glicosilação é a modificação pós-traducional de proteínas mais comum e está envolvido em vários processos fisiológicos e patológicos. Especificamente, certos perfis glicosídeos estão correlacionados a estados específicos de diferenciação celular, e podem modular vários eventos celulares, como sinalização celular, migração celular e interações hospedeiro-patogénio. Assim sendo, a glicosilação desempenha um papel crucial na modulação de vários processos imunológicos. No entanto, permanece por esclarecer como as estruturas glicosídicas influenciam a imunidade. Especificamente, algumas estruturas glicosídicas terminais que estão modificadas pela ligação de ácido siálico desempenham um papel importante em várias funções do sistema imune, nomeadamente migração leucocitária em contexto de inflamação e ativação de células imunes. Como tal, este trabalho teve como objectivo investigar como a expressão de certos glicanos influencia componentes importantes da resposta imune inata e adaptativa. Este trabalho está dividido em três componentes principais: 1) A imunidade está amplamente dependente da habilidade das células circulantes migrarem para os tecidos inflamados, sendo que a ligação de leucócitos à Eselectina endotelial é o primeiro passo. Assim, nós analisámos a estrutura e função dos ligandos de E-selectina que são expressos pelas células humanas mononucleares de sangue periférico (PBMCs), fornecendo novos conhecimentos para a compreensão dos intervenientes moleculares que mediam a ligação dos monócitos, células CD4+ e CD8+T e células B ao endotélio vascular. Surpreendentemente, os monócitos apresentaram maior capacidade de ligação à E-selectina comparativamente aos linfócitos. Esta observação pode ser explicada pelo facto de os monócitos humanos expressarem, uniformemente, um vasto reportório de glicoproteínas que exibem afinidade de ligação à E-selectina, nomeadamente: as glicoformas do CD43 (CD43E) e do CD44 (HCELL), em adição à já previamente reportada glicoforma da PSGL-1 (CLA). Consistentemente, a diferente capacidade que as diversas populações linfocitárias apresentam de se ligar à E-selectina, está integralmente relacionada com a sua expressão de glicoproteínas com afinidade de ligação à E-selectina. Enquanto que as células CD4+T apresentam uma elevada reatividade à E-selectina, as células CD8+T e B demonstram pouca ou nenhuma capacidade de ligação à E-selectina. Esta atividade de ligação à E-selectina das células CD4+T é conferida pela expressão de HCELL, em adição às já previamente reportadas CLA e CD43E. As células CD8+ T não expressam HCELL e apenas expressam pequenas quantidades de CLA e CD43E, enquanto que as células B não expressam ligandos de Eselectina. Mais, a exofucosilação da superfície destas células, levou ao dramático aumento da expressão dos ligandos de E-selectina em todos as populações leucocitárias, verificando-se que a criação de certos ligandos de E-selectina está dependente do tipo de célula, após fucosilação. Colectivamente, estes resultados redefinem o nosso conhecimento acerca dos mecanismos moleculares que governam o tráfico das células mononucleares de sangue periférico em contexto de inflamação. 2) A habilidade das células dendríticas (DCs) para extravasarem em locais de inflamação é crucial para o sucesso da terapia com DCs. Assim, analisámos a estrutura e função das moléculas de adesão que mediam a migração transendotelial (TEM) das DCs. Para isso, foram usadas DCs geradas a partir da diferenciação de monócitos (mo-DCS), obtidos quer pelo métodos de separação imuno-magnética de células CD14+ (CD14-S) ou por isolamento por aderência ao plástico (PA-S). Os resultados obtidos indicam que as glicoformas de ligação à Eselectina de PSGL-1, CD43 e CD44 são expressas pelas CD14-S mo-DCs, enquanto que as PA-S mo-DCs expressam apenas CLA. É importante notar que a ligação do CD44 nas mo-DCs, mas não nas PA-S mo-DCs, desencadeia a ativação e consequente adesão da VLA-4 ao endotélio na ausência de um gradiente de quimiocinas. Procedeu-se também à análise dos ligandos E-selectina expressos em mo-DCs geradas a partir de monócitos do sangue do cordão umbilical (UCB) e, inesperadamente, as UCB mo-DCs não expressam qualquer glicoproteína com reatividade à E-selectina. Além disso, a exofucosilação das mo- DCs humanas utilizando uma α(1,3)-fucosiltransferase aumenta significativamente a expressão de HCELL e, portanto, estas células apresentam uma capacidade aumentada para se ligarem à E-selectina em condições de fluxo hemodinâmico. Estes resultados destacam o papel do HCELL no desencadeamento do TEM das CD14-S mo-DCs e sugerem que estratégias para potenciar a expressão de HCELL poderão impulsionar o recrutamento de mo-DCs para locais de inflamação. 3) Outro obstáculo para alcançar o sucesso promissor de vacinas baseadas em DCs é o estabelecimento de abordagens eficientes que poderão melhorar o estado de maturação e apresentação antigénica das DCs. Por conseguinte, foram investigadas abordagens alternativas que podem superar este obstáculo. Através da remoção de ácido siálico de superfície celular das DCs, conseguiu-se induzir a maturação de DC humanas e de ratinhos. Notavelmente, tanto as DCs humanas como as de ratinho, ao serem desialiladas mostraram uma capacidade aumentada para induzir a proliferação de células T, para secretar citocinas Th1 e para induzir a morte específica de células tumorais. Em adição, as DCs desialiladas apresentam uma maior capacidade de apresentação cruzada de antigénios tumorais às células T citotóxicas. Colectivamente, o presente estudo oferece uma visão chave para optimizar a capacidade das DCs em induzir respostas imunitárias anti-tumorais, e indica que o tratamento com sialidase é uma nova tecnologia para melhorar a eficácia e aplicabilidade das vacinas baseadas em DCs. Coletivamente, os nossos resultados demostram como a glicosilação e a sua manipulação podem modular a imunidade. Concretamente, através de uma reação de exofucosilação conseguimos aumentar fortemente a capacidade de os leucócitos extravasarem para os tecidos afectados, enquanto que a remoção dos níveis de ácido siálico da superfície celular das DCs, induz potentes respostas anti-tumorais mediadas por células T citotóxicas. ---------------------------- ABSTRACT: Glycosylation is the most widely form of protein post-translational modification and is involved in many physiological and pathological processes. Specifically, certain patterns of glycosylation are associated with determined stages of cell differentiation and can modulate processes like cell-signaling and migration and host-pathogen interactions. As such, glycosylation plays a crucial role in the modulation of several immune events. However, how glycans execute this immune-modulation and, therefore, influence immunity is still poorly unknown. Specifically, some terminal sialic acid-modified determinants are known to be involved in several physiological immune processes, including leukocyte trafficking into sites of inflammation and cell immune activation. Therefore, in this work, we sought to investigate more deeply how the expression of these glycosidic structures affects events form both innate and adaptive immune responses. To this end, we divided our work into three main parts: 1) Immunity critically depends on the ability of sentinel circulating cells to infiltrate injured sites, of which leukocyte binding to endothelial E-selectin is the critical first step. Thus, we first analyzed the structure and function of the E-selectin ligands expressed on native human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), providing novel insights into the molecular effectors governing adhesion of circulating monocytes, and of circulating CD4+T, CD8+T and B cells, to vascular endothelium under hemodynamic shear conditions. Strikingly, monocytes show a higher ability to tether and roll on endothelial cells than lymphocyte subsets. This is due to the fact that human circulating monocytes uniformly display a wide repertoire of E-selectin binding glycoproteins, namely the E-selectin-binding glycoforms of CD43 (CD43E) and CD44 (HCELL), in addition to the previously described E-selectin-binding glycoform of PSGL-1 (CLA). In addition, we also observed a differential ability of the different lymphocyte subsets to bind to Eselectin under hemodynamic shear stress conditions, and these differences were highly correlated with their individual expression of E-selectin binding glycoproteins. While CD4+T cells show a robust E-selectin binding ability, CD8+T and B cells show little to no E-selectin reactivity. CD4+T cell potent Eselectin rolling activity is conferred by HCELL expression, in addition to the previously reported E-selectin-binding glycoproteins CD43E and CLA. CD8+T cells display no HCELL and low amounts of CLA and CD43E, whereas B cells lack E-selectin ligand expression. Moreover, enforced exofucosylation of cell surface of these cells noticeably increases expression of functional E-selectin ligands among all leukocytes subsets, with cell type-dependent specificity in the protein scaffolds that are modified. Taken together, these findings redefine our understanding of the molecular mechanisms governing the trafficking patterns of PBMCs that are relevant in the context of acute or chronic inflammatory conditions. 2) The ability of circulating dendritic cells (DCs) to extravasate at inflammatory sites is critical to the success of DC-based therapies. Therefore, we assessed the structure and function of adhesion molecules mediating the transendothelial migration (TEM) of human monocyte derived-DCs (mo-DCs), obtained either by CD14 positive immune-magnetic selection (CD14-S) or by plastic adherence of blood monocytes (PA-S). We report for the first time that the E-selectin binding glycoforms of PSGL-1, CD43 and CD44 are all expressed on CD14-S mo-DCs, in contrast to PA-S mo-DCs that express only CLA. Importantly, CD44 engagement on CD14-S mo-DCs, but not on PA-S mo-DCs, triggers VLA-4-dependent adhesiveness and programs TEM in absence of chemokine gradient. We also analyzed the E-selectin ligands expressed on mo-DCs generated from umbilical cord blood (UCB) monocytes, and unexpectedly, UCB mo-DCs do not express any glycoprotein with E-selectin reactivity. Furthermore, exoglycosylation of human mo-DCs using an α(1,3)-fucosyltransferase significantly increases expression of HCELL, and therefore exofucosylated mo-DCs exhibit an augmented ability to bind to E-selectin under hemodynamic shear stress conditions. These findings highlight a role for HCELL engagement in priming TEM of CD14-S mo-DCs, and suggest that strategies to enforce HCELL expression could boost mo-DC recruitment to inflammatory sites.3) Another obstacle to achieve the promising success of DC-based vaccines is the establishment of efficient approaches that could successfully enhance maturation and cross-presentation ability of DCs. Therefore, we investigated an alternative approach that can overcome this problem. Through removal of sialic acid content from DC cell surface we are able to elicit maturation of both human and mouse DCs. Notably, desialylated human and murine DCs showed enhanced ability to induce autologous T cell to proliferate, to secrete Th1 cytokines and to kill tumor cells. Moreover, desialylated DCs display enhanced cross-presentation of tumor antigens to cytotoxic CD8+ T cells. Collectively, this study offers key insight to optimize the ability of DCs to boost anti-tumor immune responses, and indicates that the treatment with an exogenous sialidase is a powerful new technology to improve the efficacy and applicability of DC-based vaccines. Overall, our findings show how glycosylation and its manipulation can modulate immunity. Concretely, through an exofucosylation reaction we are able to greatly augment the ability of leukocytes to extravasate into injured tissues, while removal of sialic acid moieties from cell surface of DCs, significantly potentiate their ability to induce anti-tumor cytotoxic T cell-mediate responses.

Informe preliminar del Crucero de Otoño 1966 (Cabo Blanco - Ilo)

Describe la investigación realizada por el Crucero bio-oceanográfico 6605 del B.A.P. Unanue, correspondiente a la estación Otoño del año 1966, efectuada en dos etapas. El estudio obtuvo información sobre el desove de la anchoveta y otros peces mediante la recolección del plancton con red Hensen, así como se investigó la presencia de cardúmenes de peces por medio de ecosonda y sonar, se efectuaron también observaciones de aves y mamíferos marinos.

Informe preliminar del Crucero 6608 - 09 de invierno 1966 (Máncora - Ilo)

Describe las acciones desplegadas por el crucero del B.A.P. Unanue, correspondiente al invierno de 1967, en el que se investigó el área entre el 04º00´s y 17º35´S ocupándose de 168 estaciones de rutina distribuidas en 20 perfiles. Durante todo el recorrido se investigó la presencia de cardúmenes de peces por medio de los equipos de ecosonda y radar y se realizaron observaciones sobre presencia de aves y mamíferos marinos.

Informe preliminar del Crucero 6611 de la primavera de 1966 (Cabo Blanco - Punta Coles)

Describe las acciones realizadas por el Crucero 6611, a bordo del B.A.P. Unanue, correspondiente a la primavera de 1966, efectuadas en 130 estaciones con 17 perfiles desde Punta Coles hasta Máncora y Punta Aguja. Así mismo, estudian las principales condiciones hidrográficas, biológicas y la distribución del desove de la anchoveta así como la del plancton y las aves marinas.

Informe preliminar del Crucero 6705 - 06 del otoño de 1967 (Cabo Blanco - Ilo)

Describe las actividades realizadas de acuerdo al plan operacional del año 1967 afín de determinar las condiciones físicas y químicas del mar así como la distribución de huevos y larvas de anchovetas y otros peces, la distribución de cardúmenes atribuibles a anchoveta y la distribución de aves guaneras.

Informe preliminar del Crucero Unuane 6711. 18 noviembre - 20 diciembre. Primavera 1967

Informe del crucero de primavera 6711 a bordo del Unanue, que formó parte del programa de cruceros del Instituto del Mar del Perú para 1967. El mar fue explorado de Cabo Blanco a Ilo, mediante 19 perfiles perpendiculares a la costa que incluyeron 137 estaciones de observación, con un recorrido de 4870 millas.

Investigaciones adicionales de la pesquería de la anchoveta (Engraulis ringens) en el Perú

Examina las relaciones de los efectos de la población de aves guaneras y la pesquería comercial sobre la abundancia y cosecha total sostenible de la anchoveta. Ademas estudia las relaciones promedios entre esfuerzo pesquero, abundancia de la población y cosecha total aprovechando de un modelo generalizado de productividad de poblaciones de peces, afín de proporcionar algunas bases adicionales para decidir si algún otro modelo es más apropiado en este caso que la logística de Verhulst - Pearl.

Informe preliminar del crucero de invierno 1965 (Mácora - Morro Sama)

Describe información acerca del desove de la anchoveta mediante la recolección de planctoncon red hansen. Así mimso, presenta investigaciones sobre la presencia de cardúmenes de peces por medio del eco-sonda y sonar, observaciones de aves y mamiferos marinos.

Variación latitudinal y estacional en la dieta del Guanay (Leucocarbo Bougainvilli) y el Piquero Peruano (Sula Variegata) en la costa peruana

Se estudió la dieta del guanay y el piquero peruano a partir de 4.425 bolos residuales y 1.220 regúrgitos respectivamente, en cinco áreas guaneras de la costa, con el objeto de conocer sus variaciones. La anchoveta Engraulis ringens fue la presa predominante, 42,30º;0 en guanay y 76.23º/o en piquero, encontrándose diferencias altamente significativas en el consumo de esta presa entre zonas y entre meses muestreados. Las variaciones latitudinales mostraron tendencias similares a los patrones de distribución conocidos de este recurso: gran disponibilidad en la zona norte-centro, escasez en la zona de San Juan y poca disponibilidad en la zona sur. Estacionalmente la dieta del guanay no presentó ninguna tendencia, sin embargo, los cambios en el consumo de anchoveta en la dieta del piquero mostraron mayor disponibilidad de esta presa en meses de verano respecto a los meses de invierno. Estas fluctuaciones en las dietas muestran que la oferta de alimento en el sistema de afloramiento peruano, fue bastante variable durante el período de estudio y que la disponibilidad de anchoveta presenta grandes variaciones tanto en el espacio como en el tiempo. La continuación de estos estudios permitirá monitorear permanentemente los cambios en la distribución y abundancia de los stocks de peces que forman parte de su alimento.

Las dietas del guanay y del piquero peruano como indicadores de la abundancia y distribución de anchoveta

Los guanayes Leucocarbo (Phalacrocorax) bougainvillii y piqueros Sula variegata, a pesar de alimentarse de una amplia gama de peces, consumen principalmente la anchoveta Engraulis ringens. Se han encontrado fuertes correlaciones entre la biomasa de anchoveta estimada por métodos hidroacústicos y la propor­ción de anchoveta encontrada en los regúrgitos de ambas especies de aves. Asimismo, las variaciones latitudinales en el consumo de anchoveta por guanayes refleja la disponibilidad de este recurso en el litoral. La dieta del piquero no muestra claramente la disponibilidad de anchoveta en la costa, debido probablemente a la estrategia de forrajeo de la especie. Estacionalmente, los guanayes presentan ligeras tendencias en el consumo de anchoveta, observándose mayor consumo en invierno y primavera, época cuando consumirían un mayor número de ejemplares de menor tamaño. En piqueros, en cambio se observa que el consumo de anchoveta es mayor en meses de verano, meses en los cuales el recurso se concentra cerca a la costa. La utilización oportuna de la información proporcionada a partir del monitoreo de la dieta de estas aves en las islas y puntas del litoral permitiría conocer, periódicamente y a un muy bajo costo, los cambios en abundancia y distribución del stock de anchoveta, complementando así la información que anualmente se obtiene mediante los cruceros de evaluación acústica y las estadísticas que perió­dicamente se obtienen de las pesquerías.

Recuperación, erosión y retención de otolitos en bolos de Guanay: ¿son los bolos realmente buenos indicadores de la dieta?

Se estudió el porcentaje de recuperación, el grado de erosión y el tiempo máximo de retención de los otolitos en 13 guanayes en cautiverio. Las aves fueron alimentadas individualmente con peces enteros y frescos previamente medidos y marcados; produciendo en promedio (n=13) bolos en 55,05% de los días que duró el experimento. El 37,81% de las aves produjeron bolos con otolitos al día siguiente de haber consumido su alimento (n=2.134). En estos bolos se encontró que sólo el 14,79% de los otolitos y el 26,61 % de los cristalinos ingeridos son recuperados, variando el porcentaje de recuperación de acuerdo a la especie consumida. Se encontraron diferencias al comparar la distribución por tallas de las principales presas ingeridas con la distribución por tallas de estas especies reconstruida a partir de las longitudes o pesos de los otolitos recuperados. El 80% a 100% de los otolitos retenidos permanecen como máximo hasta tres días en el tracto digestivo del guanay, los otolitos grandes pueden permanecer hasta 9 días. La metodología que se propone permite tener una mejor aproximación de la dieta y mayor precisión al estimar el consumo de cada presa. Es posible estimar la cantidad real de alimento ingerido si se conoce el porcentaje de recuperación de los otolitos de las principales presas consumidas. Los resultados de este trabajo muestran que sin duda la información que proporcionan los bolos residuales es valiosa, pues permite conocer con gran precisión las pro­porciones en que se consumieron cada una de las presas. Sin embargo, la información sobre tallas de peces consumidos que se puede obtener a partir de los otolitos recuperados, plantea aún problemas que deben ser resueltos, en los cuales se deberá continuar investigando.

Estudios sobre la dieta en piqueros como indicadores de la estructura por tallas de los stocks de Anchoveta en el mar peruano

Las tallas de anchoveta consumida por el piquero Sula variegata fueron comparadas con aquéllas capturadas por la pesquería industrial, tanto a partir de datos generales como son los desembarques en los puertos, como a partir de datos precisos como son la captura en embarcaciones que trabajan en áreas cercanas a las islas de estudio. El presente trabajo busca demostrar que la información que se obtiene por intermedio de la dieta de los piqueros puede suplir la carencia de datos provenientes de la pesquería. No se encontraron diferencias significativas al comparar las tallas de anchoveta consumida por piqueros y la capturada por la pesquería en la mayoría de los casos (92,86% con puertos y el 85,71 % con embarcaciones). Los índices de similitud fueron elevados (>0,60) en el 78,57% de las comparaciones con puertos (n=28) y el 85,71 % con embarcaciones (n=7). Correlaciones superiores a 0,70 resultaron del 75% de las relaciones con puer­tos y del 71,43% con embarcaciones; valores de 0,70 equivalen a coeficientes de determinación de 0,50, que indican un 50% de variaciones debido a factores inherentes al piquero o la pesquería. Hay que considerar que existe un rango de profundidades en el cual la pesquería puede capturar parte del recurso no disponible para los piqueros y que los piqueros pueden alimentarse de cardúmenes de anchoveta de menor tamaño que podrían no ser de interés para la pesquería, estos serían en todo caso los factores responsables. Los resultados obtenidos muestran que los estudios sobre la dieta de piqueros pueden ser útiles en el monitoreo de la estructura por tallas del stock de anchoveta, sobre todo en períodos de veda, ante la ausencia de información oportuna proveniente de los desembarques.

Informe de la Cuarta sesión del panel de expertos de la evaluación del stock de anchoveta peruana

Se presenta una revisión de los sucesos de las pesquerías en el lapso desde la anterior reunión del Panel en Julio, 1972 y de lo que se piensa ha tenido lugar en el recurso y en su medio ambiente; se indican diversas líneas de investigación del stock. Se resume la evidencia colateral acerca de los stocks y de su medio ambiente; ésta se relaciona con el fenómeno de El Niño, con las aves guaneras, el aumento de las capturas de sardinas, el contenido graso de la anchoveta y los estadios de maduración de la misma. Cada una de estas entidades indican que recientemente han prevalecido condiciones especiales en el ambiente de la anchoveta, en la biota asociada y en ciertos aspectos de su fisiología. Se ha hecho una detallada revisión de varios tipos de investigación de las poblaciones de anchoveta y de las evidencias que, acerca del estado del recurso, pueden derivarse de tales investigaciones. Se examinó la evidencia obtenida del uso de equipo acústico en el estudio de la distribución de stocks y en la estimación de su abundancia; el trabajo se realizó mediante exploraciones de varias embarcaciones (exploraciones Eureka) y de exploraciones especiales con el barco de investigación SNP-1; también se hizo uso de equipo eco-integrador. Se discuten las fuentes de errores sistemáticos existentes en ese trabajo. Se llega a la conclusión que lo que ese trabajo indicó fue que en Febrero de 1973 existía alrededor de 4 millones de toneladas de anchoveta.