Effects of passage history and sampling bias on phylogenetic reconstruction of human influenza A evolution

In this paper we determine the extent to which host-mediated mutations and a known sampling bias affect evolutionary studies of human influenza A. Previous phylogenetic reconstruction of influenza A (H3N2) evolution using the hemagglutinin gene revealed an excess of nonsilent substitutions assigned to the terminal branches of the tree. We investigate two hypotheses to explain this observation. The first hypothesis is that the excess reflects mutations that were either not present or were at low frequency in the viral sample isolated from its human host, and that these mutations increased in frequency during passage of the virus in embryonated eggs. A set of 22 codons known to undergo such “host-mediated” mutations showed a significant excess of mutations assigned to branches attaching sequences from egg-cultured (as opposed to cell-cultured) isolates to the tree. Our second hypothesis is that the remaining excess results from sampling bias. Influenza surveillance is purposefully biased toward sequencing antigenically dissimilar strains in an effort to identify new variants that may signal the need to update the vaccine. This bias produces an excess of mutations assigned to terminal branches simply because an isolate with no close relatives is by definition attached to the tree by a relatively long branch. Simulations show that the magnitude of excess mutations we observed in the hemagglutinin tree is consistent with expectations based on our sampling protocol. Sampling bias does not affect inferences about evolution drawn from phylogenetic analyses. However, if possible, the excess caused by host-mediated mutations should be removed from studies of the evolution of influenza viruses as they replicate in their human hosts.

Neural basis of lexical-semantic processing and integration of symbolic gestures with words

Three studies investigated the relation between symbolic gestures and words, aiming at discover the neural basis and behavioural features of the lexical semantic processing and integration of the two communicative signals. The first study aimed at determining whether elaboration of communicative signals (symbolic gestures and words) is always accompanied by integration with each other and, if present, this integration can be considered in support of the existence of a same control mechanism. Experiment 1 aimed at determining whether and how gesture is integrated with word. Participants were administered with a semantic priming paradigm with a lexical decision task and pronounced a target word, which was preceded by a meaningful or meaningless prime gesture. When meaningful, the gesture could be either congruent or incongruent with word meaning. Duration of prime presentation (100, 250, 400 ms) randomly varied. Voice spectra, lip kinematics, and time to response were recorded and analyzed. Formant 1 of voice spectra, and mean velocity in lip kinematics increased when the prime was meaningful and congruent with the word, as compared to meaningless gesture. In other words, parameters of voice and movement were magnified by congruence, but this occurred only when prime duration was 250 ms. Time to response to meaningful gesture was shorter in the condition of congruence compared to incongruence. Experiment 2 aimed at determining whether the mechanism of integration of a prime word with a target word is similar to that of a prime gesture with a target word. Formant 1 of the target word increased when word prime was meaningful and congruent, as compared to meaningless congruent prime. Increase was, however, present for whatever prime word duration. In the second study, experiment 3 aimed at determining whether symbolic prime gesture comprehension makes use of motor simulation. Transcranial Magnetic Stimulation was delivered to left primary motor cortex 100, 250, 500 ms after prime gesture presentation. Motor Evoked Potential of First Dorsal Interosseus increased when stimulation occurred 100 ms post-stimulus. Thus, gesture was understood within 100ms and integrated with the target word within 250 ms. Experiment 4 excluded any hand motor simulation in order to comprehend prime word. The effect of the prior presentation of a symbolic gesture on congruent target word processing was investigated in study 3. In experiment 5, symbolic gestures were presented as primes, followed by semantically congruent target word or pseudowords. In this case, lexical-semantic decision was accompanied by a motor simulation at 100ms after the onset of the verbal stimuli. Summing up, the same type of integration with a word was present for both prime gesture and word. It was probably subsequent to understanding of the signal, which used motor simulation for gesture and direct access to semantics for words. However, gesture and words could be understood at the same motor level through simulation if words were preceded by an adequate gestural context. Results are discussed in the prospective of a continuum between transitive actions and emblems, in parallelism with language; the grounded/symbolic content of the different signals evidences relation between sensorimotor and linguistic systems, which could interact at different levels.

Relações filogenéticas das espécies de Crenicichla Heckel, 1840 e Teleocichla Kullander, 1988 (Teleostei: Cichlidae)

São reconhecidos 90 nomes específicos válidos de Crenicichla e oito de Teleocichla. Juntos, os dois gêneros-alvo do presente estudo compreendem quase 1/5 da diversidade total de Cichlinae, subfamília neotropical de Cichlidae. Apesar das espécies de Crenicichla e Teleocichla formarem um clado bem corroborado através de filogenias baseadas tanto em dados morfológicos quanto em dados moleculares, as relações entre as suas espécies foram ainda pouco estudadas. Os dois estudos filogenéticos de Crenicichla conhecidos são parcialmente discordantes entre si e incorporaram apenas uma parcela da diversidade do grupo. Baseados apenas em dados moleculares, não foram acompanhados por um estudo de caracteres morfológicos que indicariam as sinapomorfias ou características diagnósticas para identificação dos grupos monofiléticos delimitados. No presente estudo, os principais objetivos consistem em testar o monofiletismo do grupo formado pelas espécies de Crenicichla e Teleocichla e identificar e definir unidades monofiléticas dentro desse grupo, com base na análise cladística de caracteres morfológicos. Como objetivo secundário, são testadas as recentes hipóteses de relações filogenéticas dessas espécies com as demais espécies de ciclídeos neotropicais. Foram incluídas todas as espécies válidas de Teleocichla e 54 espécies válidas de Crenicichla (60% das espécies válidas), além de uma espécie nova de Teleocichla e cinco prováveis espécies novas de Crenicichla. 20 representantes de diferentes linhagens de Cichlinae foram incluídos, totalizando 88 táxons terminais. As análises cladísticas foram realizadas a partir de uma matriz com 211 caracteres provenientes do estudo comparado de morfologia externa, incluindo padrões de colorido e osteologia. Além da análise com pesagens igualitárias, foram explorados também os resultados das análises com pesagem implícita utilizando diferentes valores da variável k e com pesagem sucessiva. A partir da comparação e discussão dos resultados obtidos a partir das diferentes análises, a topologia obtida através da análise com pesagem implícita utilizando o valor de k=3 foi escolhida para obtenção das inferências filogenéticas. Duas classificações alternativas foram discutidas e, a fim de minimizar mudanças nomenclaturais, aquela baseada no reconhecimento de subgêneros de Crenicichla correspondendo aos grupos monofiléticos encontrados foi preferida em detrimento da proposta baseada no reconhecimento de vários gêneros. Isso porque o posicionamento de Crenicichla macrophthalma (espécie-tipo de Crenicichla) continua sendo considerado instável. O gênero Crenicichla é corroborado como um grande clado formado por todas as espécies de Crenicichla e Teleocichla incluídas e é sustentado por 40 sinapomorfias não-ambíguas. Um complexo cenário foi encontrado quanto às relações entre as espécies de Crenicichla, com várias linhagens dentro desse grande grupo, assim como era previsto de acordo com estudos filogenéticos prévios. As relações entre essas linhagens, por outro lado, são ainda instáveis, podendo variar de acordo com os diferentes tipos de pesagem aplicados e apresentam algumas divergências em relação aos estudos prévios, que também divergem entre si. Teleocichla é um grupo monofilético dentro de Crenicichla e foi considerado como um de seus oito subgêneros. O subgênero Crenicichla é constituído apenas por Crenicichla macrophthalma. Os seis subgêneros restantes (Wallaciia, Batrachops, Hemeraia, Saxatilia, Lugubria e Lacustria) correspondem totalmente ou parcialmente a grupos de espécies de Crenicichla previamente existentes na literatura. Em Lacustria, quatro complexos de espécies foram delimitados: C. missioneira, C. scotti, C. jaguarensis e C. lacustris sensu stricto. Foram listadas as espécies nominais de cada subgênero e uma diagnose para auxiliar a identificação dos mesmos foi elaborada. Uma nova hipótese de relações de Crenicichla em Cichlinae é inferida a partir da análise realizada, na qual Crenicichla é grupo-irmão de um clado formado por Chaetobranchus flavescens e todos os representantes de Cichlasomatini e Geophagini incluídos

Capacidade funcional e saúde bucal relacionada à qualidade de vida de idosos

É de extrema importância estudar a relação entre capacidade funcional e saúde bucal relacionado à qualidade vida, para auxiliar nos fatores intervenientes tanto no cuidado odontológico como em outras áreas de atenção à saúde do idoso, além de adequar planos de tratamento as reais necessidades de cada indivíduo, proporcionando melhor qualidade de vida. O objetivo desse estudo foi investigar a capacidade funcional e saúde bucal relacionada à qualidade de vida do idoso. Foram incluídos na pesquisa idosos acima de 65 anos que residem em área de cobertura da Estratégia Saúde da Família de Bauru. Foram investigadas, através de entrevistas, as variáveis capacidade funcional (Índice de Katz), saúde bucal relacionada à qualidade de vida (OHIP-14), condições socioeconômicas e comorbidades. Foram excluídos da pesquisa idosos que apresentavam alterações de compreensão e expressão da comunicação, Para a realização da análise estatística foi utilizado o Teste de Pearson ao nível de significância de 0,05 e a Regressão Linear Multivariada, ao nível de significância de p 0,01. Participaram da pesquisa 238 idosos com 65 anos ou mais, sendo que 56,3% tinham entre 65 e 74 anos e 43,7% tinham 75 anos ou mais, a média geral de idade foi 74,5 anos. Quanto ao sexo, 55,5% eram mulheres, houve predominância da raça branca (65,1%). Quanto a variável capacidade funcional, 8,8% apresentaram incapacidade funcional intermediária ou severa. Sobre os aspectos socioeconômicos, 61,3% dos idosos apresentaram renda mensal de até dois salários mínimos, 88,2% eram aposentados ou pensionistas, 68,9% tinham algum grau de escolaridade e 57,1% eram casados ou mantinham uma união estável. Quanto a saúde bucal relacionada à qualidade de vida, 20,6% dos entrevistados se sentiram desconfortáveis para mastigar alguns tipos de alimentos. A hipertensão arterial foi a comorbidade mais relatada pelos entrevistados (75,6%). As dimensões dificuldade para mastigar (0,21; p<0,05) e necessidade de parar as refeições (0,21; p<0,05) do instrumento OHIP-14 apresentaram correlação estatisticamente significante com o Índice de Katz. Através da análise multivariada, foi observado que quanto maior a incapacidade menos o idoso se preocupa com a saúde bucal. A alimentação é um aspecto importante da vida diária de qualquer pessoa, especialmente o idoso que apresenta doenças crônicas em maior quantidade e severidade conforme o envelhecimento acontece. Além disso, a incapacidade apresentou tendência de aumento com a idade, no entanto a literatura não permite concluir que o envelhecimento em si seja causa da incapacidade funcional. A maior limitação do estudo se relaciona ao próprio desenho epidemiológico, pois o estudo transversal não permite inferências de causalidade, no entanto a amplitude do grupo etário nesta pesquisa permite observar tendências sobre a capacidade funcional e a saúde bucal relacionada à qualidade de vida em idosos. A incapacidade funcional aumentou com a idade e apresentou tendência de maior impacto negativo na saúde bucal relacionada a qualidade de vida dificultando a realização de refeições.

Validação de uma estrutura de análise ofensiva no basquetebol baseada no sequenciamento de dinâmicas de criação de espaço

A inferência de estratégias ofensivas em esportes coletivos pode ser realizada a partir da análise dos padrões de jogo observados durante a disputa. Para que isso ocorra, há a necessidade da formalização de classes de comportamentos específicos para a modalidade de forma a discriminar perfis de jogo com base na identificação das ações mais recorrentes. No basquetebol as ações são encadeadas ao longo da posse de bola, sendo que os diferentes tipos de sequências de ações contêm características que os diferenciam e podem influenciar diretamente no desfecho do ataque. Nesse trabalho foi apresentada uma proposta contendo diferentes possibilidades de sequenciamento de dinâmicas ofensivas baseadas em um modelo teórico descrito na literatura. Os procedimentos de validação do sequenciamento de dinâmicas ofensivas e os testes de reprodutibilidade e objetividade realizados junto a técnicos de basquetebol apresentaram valores elevados demonstrando a consistência dos critérios para a elaboração de 27 tipos de concatenações dependentes (Qui-quadrado >0,78). Além disso, a estrutura desenvolvida foi concluída através da aplicação do constructo a jogos de basquetebol da liga profissional Americana (NBA) (28 partidas, dentre as quais 10 partidas do confronto entre Spurs x Thunder, 10 partidas referentes ao confronto entre Heat e Pacers e 8 partidas da disputa envolvendo Heat e Spurs, sendo analisados ambos os ataques em cada confronto, válidos pela temporada regular e na fase de playoffs). Os resultados gerados a partir da análise foram apresentados através de árvores de decisão e grafos de modo a facilitar a visualização dos comportamentos identificados. A árvore de decisão apresentou as ações na sequência exata em que ocorreram nas posses de bola, enquanto os grafos mostraram os encadeamentos mais recorrentes entre duas dinâmicas ofensivas. Assim ambas as técnicas se mostraram complementares e auxiliaram na observação e análise dos perfis de jogo de cada equipe e na realização de inferências acerca de sua estratégia ofensiva. A formalização dos tipos de sequenciamento de ações ofensivas pode auxiliar treinadores e profissionais do basquetebol no desenho de estratégias, análise dos padrões de suas equipes e adversários e estruturação de sessões de treinamento que considerem os comportamentos ofensivos de modo dinâmico e contextualizado dentro de um encadeamento lógico de ações de jogo

Climate simulation for 125 kyr BP with a coupled ocean-atmosphere general circulation model

The ECHAM-1 T21/LSG coupled ocean-atmosphere general circulation model (GCM) is used to simulate climatic conditions at the last interglacial maximum (Eemian. 125 kyr BP). The results reflect thc expected surface temperature changes (with respect to the control run) due to the amplification (reduction) of the seasonal cycle of insolation in the Northern (Southern) Hemisphere. A number of simulated features agree with previous results from atmospheric GCM simulations e.g. intensified summer southwest monsoons) except in the Northern Hemisphere poleward of 30 degrees N. where dynamical feedback, in the North Atlantic and North Pacific increase zonal temperatures about 1 degrees C above what would be predicted from simple energy balance considerations. As this is the same area where most of the terrestrial geological data originate, this result suggests that previous estimates of Eemian global average temperature might have been biased by sample distribution. This conclusion is supported by the fact that the estimated global temperature increase of only 0.3 degrees C greater than the control run ha, been previously shown to be consistent a with CLIMAP sea surface temperature estimates. Although the Northern Hemisphere summer monsoon is intensified. globally averaged precipitation over land is within about 1% of the present, contravening some geological inferences bur not the deep-sea delta(13)C estimates of terrestrial carbon storage changes. Winter circulation changes in the northern Arabian Sea. driven by strong cooling on land, are as large as summer circulation changes that are the usual focus of interest, suggesting that interpreting variations in the Arabian Sea. sedimentary record solely in terms of the summer monsoon response could sometimes lead to errors. A small monsoonal response over northern South America suggests that interglacial paleotrends in this region were not just due to El Nino variations.

Extração de casos de teste utilizando Redes de Petri hierárquicas e validação de resultados utilizando OWL.

Este trabalho propõe dois métodos para teste de sistemas de software: o primeiro extrai ideias de teste de um modelo desenvolvido em rede de Petri hierárquica e o segundo valida os resultados após a realização dos testes utilizando um modelo em OWL-S. Estes processos aumentam a qualidade do sistema desenvolvido ao reduzir o risco de uma cobertura insuficiente ou teste incompleto de uma funcionalidade. A primeira técnica apresentada consiste de cinco etapas: i) avaliação do sistema e identificação dos módulos e entidades separáveis, ii) levantamento dos estados e transições, iii) modelagem do sistema (bottom-up), iv) validação do modelo criado avaliando o fluxo de cada funcionalidade e v) extração dos casos de teste usando uma das três coberturas de teste apresentada. O segundo método deve ser aplicado após a realização dos testes e possui cinco passos: i) primeiro constrói-se um modelo em OWL (Web Ontology Language) do sistema contendo todas as informações significativas sobre as regras de negócio da aplicação, identificando as classes, propriedades e axiomas que o regem; ii) em seguida o status inicial antes da execução é representado no modelo através da inserção das instâncias (indivíduos) presentes; iii) após a execução dos casos de testes, a situação do modelo deve ser atualizada inserindo (sem apagar as instâncias já existentes) as instâncias que representam a nova situação da aplicação; iv) próximo passo consiste em utilizar um reasoner para fazer as inferências do modelo OWL verificando se o modelo mantém a consistência, ou seja, se não existem erros na aplicação; v) finalmente, as instâncias do status inicial são comparadas com as instâncias do status final, verificando se os elementos foram alterados, criados ou apagados corretamente. O processo proposto é indicado principalmente para testes funcionais de caixa-preta, mas pode ser facilmente adaptado para testes em caixa branca. Obtiveram-se casos de testes semelhantes aos que seriam obtidos em uma análise manual mantendo a mesma cobertura do sistema. A validação provou-se condizente com os resultados esperados, bem como o modelo ontológico mostrouse bem fácil e intuitivo para aplicar manutenções.

IARG-AnCora: anotación de los corpus AnCora con argumentos implícitos

IARG-AnCora tiene como objetivo la anotación con papeles temáticos de los argumentos implícitos de las nominalizaciones deverbales en el corpus AnCora. Estos corpus servirán de base para los sistemas de etiquetado automático de roles semánticos basados en técnicas de aprendizaje automático. Los analizadores semánticos son componentes básicos en las aplicaciones actuales de las tecnologías del lenguaje, en las que se quiere potenciar una comprensión más profunda del texto para realizar inferencias de más alto nivel y obtener así mejoras cualitativas en los resultados.

Diacronia i neologia: canvi semàntic, subjectivació i representació del pensament. El català esmar, des de ‘taxar’ fins a ‘inferir’ i ‘imaginar’ i més enllà

L’estudi de la neologia és indestriable de l’estudi del canvi lingüístic i, doncs, de la diacronia. Ens proposem ací descriure el procés de canvi semàntic que va experimentar el verb esmar, forma patrimonial del llatí *adaestimare, paral·lela del cultisme estimar. Aquesta recerca es fonamenta en l’aprofitament dels corpus textuals i altres materials despullats manualment. Sobre aquests materials, s’ha assajat l’anàlisi de la subjectivació i de les inferències que proposa la teoria de la inferència invitada del canvi semàntic (= TIICS).

Semantic change and intersubjectification: The origin of reprise evidential conditional in Old Catalan

The reprise evidential conditional (REC) is nowadays not very usual in Catalan: it is restricted to journalistic language and to some very formal genres (such as academic or legal language), it is not present in spontaneous discourse. On the one hand, it has been described among the rather new modality values of the conditional. On the other, the normative tradition tended to reject it for being a gallicism, or to describe it as an unsuitable neologism. Thanks to the extraction from text corpora, we surprisingly find this REC in Catalan from the beginning of the fourteenth century to the contemporary age, with semantic and pragmatic nuances and different evidence of grammaticalization. Due to the current interest in evidentiality, the REC has been widely studied in French, Italian and Portuguese, focusing mainly on its contemporary uses and not so intensively on the diachronic process that could explain the origin of this value. In line with this research, that we initiated studying the epistemic and evidential future in Catalan, our aim is to describe: a) the pragmatic context that could have been the initial point of the REC in the thirteenth century, before we find indisputable attestations of this use; b) the path of semantic change followed by the conditional from a ‘future in the past’ tense to the acquisition of epistemic and evidential values; and c) the role played by invited inferences, subjectification and intersubjectification in this change.

Agricultural Labour Market Flexibility in the EU and Candidate Countries. Factor Markets Working Document No. 49, June 2013

Factor markets that function well are a crucial condition for the competitiveness and growth of agriculture. Institutions and regulation may give rise to agricultural labour market heterogeneity, which could have important effects on the functioning of the labour market and other agricultural factor markets in EU member states. This paper first defines the institutional framework for the labour market, and then presents a brief literature review of previous studies of labour market institutional frameworks. Based on the literature, a survey to characterise agricultural labour markets was undertaken, which was implemented for a selection of EU27 and EU candidate countries, with responses based on expert opinion. The survey data were then used to construct indices of labour market flexibility/rigidity for the countries examined. These indices were used to make inter-country labour market comparisons and to draw inferences about the institutions and functioning of the agricultural labour market.

Planktonic foraminiferal preservation in Plio/Pleistocene sediments from the western equatorial Atlantic and Caribbean

Records of mean sortable silt and planktonic foraminiferal preservation from the Ceará Rise (western equatorial Atlantic) and from the Caribbean are presented to analyze the Pliocene (3.5-2.2 Ma) to Pleistocene (1.6-0.3 Ma) evolution of near-bottom current strength and the carbonate corrosiveness of deep water. During the mid-Pleistocene climate transition (~1 Ma) a drastic decrease in glacial bottom current strength and an increase in carbonate corrosiveness is registered, demonstrating a substantial decrease in the glacial contribution of the Lower North Atlantic Deep Water (LNADW) to the Atlantic Ocean. Also, an increased sensitivity to eccentricity orbital forcing is registered after the MPT. By contrast, carbonate preservation increases considerably in the deep Caribbean in response to a strong and persistent stable contribution of Upper North Atlantic Deep Water (UNADW). We found evidence for the strongest and most stable circulation within the LNADW cell during the Northern Hemisphere cooling period between ~3.2 and 2.75 Ma. This is in agreement with the 'superconveyor model' which postulates that the highest NADW production took place prior to ~2.7 Ma. A considerable decrease in bottom current strength and planktonic foraminiferal preservation is observed synchronous with the first occurrence of large-scale continental ice sheets in the Northern Hemisphere. This documents the final termination of the 'superconveyor' at ca. 2.75 Ma. However, our data do not support a 'superconveyor' in the interval between 3.5 and 3.2 Ma when high-amplitude fluctuations in bottom current flow and preservation in planktonic foraminifera are observed. Because of the great sensitivity of NADW production to changes in surface water salinity, we assume that the high-amplitude fluctuations of LNADW circulation prior to ~3.2 Ma are linked to changes in the Atlantic salinity budget. After 2.75 Ma they are primarily controlled by ice-sheet forcing. In contrast to the stepwise deterioration of planktonic foraminiferal preservation in the western deep Atlantic, a trend toward better preservation from the Pliocene to Pleistocene is observed in the deep Caribbean. This indicates a long-term increase in the contribution of UNADW to the Atlantic Ocean.

Pliocene-Pleistocene stack of globally distributed benthic stable oxygen isotope records

We present a 5.3-Myr stack (the ''LR04'' stack) of benthic d18O records from 57 globally distributed sites aligned by an automated graphic correlation algorithm. This is the first benthic delta18O stack composed of more than three records to extend beyond 850 ka, and we use its improved signal quality to identify 24 new marine isotope stages in the early Pliocene. We also present a new LR04 age model for the Pliocene-Pleistocene derived from tuning the delta18O stack to a simple ice model based on 21 June insolation at 65 N. Stacked sedimentation rates provide additional age model constraints to prevent overtuning. Despite a conservative tuning strategy, the LR04 benthic stack exhibits significant coherency with insolation in the obliquity band throughout the entire 5.3 Myr and in the precession band for more than half of the record. The LR04 stack contains significantly more variance in benthic delta18O than previously published stacks of the late Pleistocene as the result of higher resolution records, a better alignment technique, and a greater percentage of records from the Atlantic. Finally, the relative phases of the stack's 41- and 23-kyr components suggest that the precession component of delta18O from 2.7-1.6 Ma is primarily a deep-water temperature signal and that the phase of d18O precession response changed suddenly at 1.6 Ma.