Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

O presente trabalho caracteriza a região 5'-terminal de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar cerca de 590 nt da região 5'-terminal do RNA viral. Foi obtido um fragmento de tamanho esperado que, após clonagem e seqüenciamento, mostrou a existência de uma região não codificadora com 92 nt e a primeira ORF, começando no primeiro AUG (posição 93) e terminando no códon UGA na posição 534. Na região não codificadora foi detectado um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal 18S. A ORF1 codifica uma proteína de 147 aminoácidos com massa molecular estimada de 17080 Da. A extremidade 3' da ORF1 sobrepõe a extremidade 5' da ORF2 em 34 nucleotídeos. Os resultados obtidos indicam que a região 5'-terminal do RNA do SBMV-SP é similar ao isolado Arkansas (SBMV-ARK) descrito na América do Norte.

Variability of the 3' terminal of the polymerase gene of Grapevine leafroll-associated virus 3 isolates from Vale do São Francisco, Brazil

Many viral diseases, including leafroll, which is of great economic importance, affect grapevines (Vitis spp.). A complex of eight viruses [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 to 8] is associated with this disease. The objective of this study was to compare the variability of the 3' terminal region of the polymerase gene of three isolates of GLRaV-3 (Grapevine leafroll-associated virus-3), from Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina-PE) with that of other isolates available at the GenBank, including an isolate from North America and another from Southern Brazil. The viral RNA was extracted from three infected ELISA reactive plants and a fragment of 340 bp was amplified, by RT-PCR, using primers that recognize that portion of the polymerase gene found between nucleotides 8267 and 8606. The three isolates from Vale do Rio São Francisco named Pet-1, Pet-2 and Pet-3, showed similarities ranging from 98% and 94%, respectively to the isolates from North America (AF037268) and Southern Brazilian (AF438411). Considering the whole genome, the main variation found was one amino acid change at position 2766 (F2766Y). These preliminary data indicate the existence of a natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines. This could be due to the vegetative propagation and long cycle of the plant, associated with the error-prone nature of RNA-dependent RNA polymerase.

Caracterização da região 3'-terminal do genoma de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

O presente trabalho caracteriza a região 3'-terminal do genoma de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar 972 nt da região 3'-terminal do RNA viral. Foi obtido fragmento de tamanho esperado que inclui o gene da proteína capsidial e a região 3'-terminal não codificadora. O gene da proteína capsidial (ORF4) contém 801 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com seqüência deduzida de 266 aminoácidos e massa molecular estimada de 28.800 Da. Sessenta e um aminoácidos terminais da ORF2 estão sobrepostos na ORF4. O "sinal de localização nuclear", encontrado dentro do "Domínio R" na região 5'-terminal da ORF4 de alguns sobemovírus, não foi identificado no SBMV-SP. Esse dado pode explicar a ausência de partículas virais do SBMV-SP no núcleo celular. A seqüência do SBMV-SP apresentou identidade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 91% e 93% com o isolado "Arkansas" (SBMV-ARK) descrito nos EUA. Os resultados obtidos indicam que o SBMV-SP e o SBMV-ARK são isolados muito proximamente relacionados.

PCR amplification and sequence analyses of reverse transcriptase-like genes in Crinipellis perniciosa isolates

Reverse transcriptase (RT) sequence analysis is an important technique used to detect the presence of transposable elements in a genome. Putative RT sequences were analyzed in the genome of the pathogenic fungus C. perniciosa, the causal agent of witches' broom disease of cocoa. A 394 bp fragment was amplified from genomic DNA of different isolates of C. perniciosa belonging to C-, L-, and S-biotypes and collected from various geographical areas. The cleavage of PCR products with restriction enzymes and the sequencing of various RT fragments indicated the presence of several sequences showing transition events (G:C to A:T). Southern blot analysis revealed high copy numbers of RT signals, forming different patterns among C-, S-, and L-biotype isolates. Sequence comparisons of the predicted RT peptide indicate a close relationship with the RT protein from thegypsy family of LTR-retrotransposons. The possible role of these retrotransposons in generating genetic variability in the homothallic C. perniciosa is discussed.

Sequence diversity in the coat protein gene of Lettuce big-vein associated virus and Mirafiori lettuce big-vein virus infecting lettuce in Brazil

Lettuce big vein associated virus (LBVaV) and Mirafiori lettuce big vein virus (MLBVV) have been found in mixed infection in Brazil causing the lettuce big vein disease. Analysis of part of the coat protein (CP) gene of Brazilian isolates of LBVaV collected from lettuce, showed at least 93% amino acid sequence identity with other LBVaV isolates. Genetic diversity among MLBVV CP sequences was higher when compared to LBVaV CP sequences, with amino acid sequence identity ranging between 91% to 100%. Brazilian isolates of MLBVV belong to subgroup A, with one RsaI restriction site on the coat protein gene. There is no indication for a possible geografical origin for the Brazilian isolates of LBVaV and MLBVV.

Functional studies on bacterial nucleotide-regulated inorganic pyrophosphatases

CBS domains are ~60 amino acid tandemly repeated regulatory modules forming a widely distributed domain superfamily. Found in thousands of proteins from all kingdoms of life, CBS domains have adopted a variety of functions during evolution, one of which is regulation of enzyme activity through binding of adenylate-containing compounds in a hydrophobic cavity. Mutations in human CBS domain-containing proteins cause hereditary diseases. Inorganic pyrophosphatases (PPases) are ubiquitous enzymes, which pull pyrophosphate (PPi) producing reactions forward by hydrolyzing PPi into phosphate. Of the two nonhomologous soluble PPases, dimeric family II PPases, belonging to the DHH family of phosphoesterases, require a transition metal and magnesium for maximal activity. A quarter of the almost 500 family II PPases, found in bacteria and archaea, contain a 120-250 amino acid N-terminal insertion, comprised of two CBS domains separated in sequence by a DRTGG domain. These enzymes are thus named CBS-PPases. The function of the DRTGG domain in proteins is unknown. The aim of this PhD thesis was to elucidate the structural and functional differences of CBS-PPases in comparison to family II PPases lacking the regulatory insert. To this end, we expressed, purified and characterized the CBS-PPases from Clostridium perfringens (cpCBS-PPase) and Moorella thermoacetica (mtCBS-PPase), the latter lacking a DRTGG domain. Both enzymes are homodimers in solution and display maximal activity against PPi in the presence of Co2+ and Mg2+. Uniquely, the DRTGG domain was found to enable tripolyphosphate hydrolysis at rates similar to that of PPi. Additionally, we found that AMP and ADP inhibit, while ATP and AP4A activate CBSPPases, thus enabling regulation in response to changes in cellular energy status. We then observed substrate- and nucleotide-induced conformational transitions in mtCBS-PPase and found that the enzyme exists in two differentially active conformations, interconverted through substrate binding and resulting in a 2.5-fold enzyme activation. AMP binding was shown to produce an alternate conformation, which is reached through a different pathway than the substrate-induced conformation. We solved the structure of the regulatory insert from cpCBS-PPase in complex with AMP and AP4A and proposed that conformational changes in the loops connecting the catalytic and regulatory domains enable activity regulation. We examined the effects of mutations in the CBS domains of mtCBS-PPase on catalytic activity, as well as, nucleotide binding and inhibition.

Avaliação das câmaras frias usadas para o armazenamento de frutas e hortaliças no entreposto terminal de São Paulo (CEAGESP): CEAGESP

O tempo de vida pós-colheita de frutas e hortaliças está diretamente relacionado à temperatura de armazenamento do produto. Em condições controladas de temperatura e umidade relativa do ar, as reações metabólicas podem ser retardadas, proporcionando melhor conservação do produto. Foram realizadas avaliações das câmaras frias destinadas à estocagem de frutas e hortaliças na Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo, CEAGESP - São Paulo - SP, com o objetivo de identificar a situação das câmaras frias utilizadas nesse entreposto. As condições de estocagem dos produtos foram avaliadas por meio dos parâmetros: temperatura do ar, umidade relativa, isolamento, equipamento frigorífico (condensador, compressor, evaporador), piso, dimensões da câmara e da porta. Avaliou-se a eficiência de uso por meio do cálculo para a determinação da carga térmica. Observou-se que maçã e pêra possuem os maiores volumes comercializados, utilizando-se de estocagem pelo frio (63,25%), seguido pela banana (24,10%). Baseando-se no volume médio de comercialização dos permissionários, constatou-se que 73,91% possuem motores superdimensionados a sua capacidade calorífica de uso.

Isquemia e reperfusão hepática total associada ao estado de choque hemorrágico controlado: efeitos no seqüestro de neutrófilos no íleo terminal e cólon sigmóide do rato

OBJETIVO: Estudar os efeitos da isquemia e reperfusão hepática total sobre acúmulo de neutrófilos no íleo terminal e cólon sigmóide de ratos, em condições de normalidade e submetidos ao estado de choque hemorrágico controlado. MÉTODO: 32 ratos Wistar, machos, foram divididos em quatro grupos de oito animais cada: grupo Sham, submetido aos procedimentos padrões com um período de 60 minutos de observação; grupo Choque, submetido a choque hemorrágico controlado (PAM = 40mmHg, 20min) seguido de reposição volêmica (Ringer lactato + sangue, 3:1) e reperfusão (60min); grupo Pringle, submetido à isquemia hepática total (15min.) e reperfusão (60min); grupo Total submetido a choque hemorrágico controlado (20min) seguido de reposição volêmica (Ringer lactato + sangue, 3:1), isquemia hepática (15min) e reperfusão (60min). Após o sacrifício dos animais, procedeu-se à contagem de neutrófilos nos segmentos intestinais. RESULTADOS: Na contagem de neutrófilos no íleo terminal, apenas o grupo Choque diferiu dos demais (p<0.001) os quais não diferiram entre si (Sham 1.33 ± 0.55, Choque 5.48 ± 2.65, Pringle 2.47 ± 1.38, Total 2.44 ± 0.56) e, no cólon sigmóide, o grupo Choque diferiu apenas do grupo Sham (p = 0.021), sem diferença entre os demais (Sham 0.66 ± 0.44, Choque 2.08 ± 1.11, Pringle 1.04 ± 0.71, Total 1.21 ± 1.03). CONCLUSÃO: Diferentemente do estado de choque hemorrágico controlado, a isquemia hepática de 15 minutos, seguida de 60 minutos de reperfusão, não causou acúmulo significativo de neutrófilos no íleo terminal e cólon sigmóide.

Confecção de piloros artificiais em íleo terminal sem secção de musculatura em ratos: estudo anátomo-patológico

OBJETIVO: Estudar, experimentalmente, a diminuição do trânsito intestinal através de piloros artificiais no íleo terminal de ratos, sem secção da musculatura entérica. MÉTODO: O estudo foi realizado em 40 ratos distribuídos em dois grupos de 20 animais cada. Foram confeccionados quatro piloros no íleo terminal de cada animal, com pontos sero-musculares separados, distribuídos circunferencialmente na alça intestinal. O Grupo 1 foi morto com 15 dias e o Grupo 2, com 30 dias. Aferimos as medidas da circunferência do intestino no transoperatório e no momento da necrópsia. RESULTADOS: No Grupo 1 houve dilatação média de 3mm no nível do primeiro piloro e de 4,15mm no quarto piloro. No Grupo 2 a dilatação média foi de 7,50mm no primeiro piloro e de 5,75mm no quarto piloro. No estudo anátomo-patológico ficou evidente a formação bem definida dos piloros. CONCLUSÃO: Não é necessário remover ou seccionar a musculatura do intestino delgado, nem a secção do plexo nervoso próprio do intestino, para promover a dilatação intestinal com esse método e, como consequência, diminuir o trânsito intestinal.

Efeito da ressecção do íleo terminal na fibrose hepática secundária à ligadura do ducto hepático comum em ratas

OBJETIVO: A evolução para fibrose hepática e, posteriormente, para cirrose são fatos bem estabelecidos na colestase extra-hepática prolongada. A despeito dos avanços nos métodos diagnósticos e terapêuticos, essas complicações continuam de difícil solução, principalmente, quando não é possível reverter a causa da colestase. Neste trabalho, procurou-se verificar, em modelo experimental de colestase pela ligadura do ducto hepático comum, se a exclusão do íleo terminal reduziria o desenvolvimento de fibrose hepática. Não houve abordagem direta da causa da colestase, mas atuou-se nos mecanismos de secreção e regulação do fluxo biliar êntero-hepático. MÉTODO: Foram utilizadas trinta e cinco ratas Wistar, distribuídas em três grupos: Grupo 1, apenas laparotomia e laparorrafia; Grupo 2, ligadura do ducto hepático comum; Grupo 3, ligadura do ducto hepático comum associada a ressecção do íleo terminal, com reconstrução do trânsito intestinal, por meio de anastomose íleo-cólon ascendente. Após trinta dias, os animais foram mortos e o fígado de cada rata foi retirado, para a análise histológica. RESULTADOS: Os resultados foram submetidos a análise estatística pelo teste de Kuskal-Wallis, com nível de significância de 95 % (p < 0,05). Verificou-se que houve fibrose hepática nos grupos 2 e 3, porém sem cirrose. O Grupo 3 apresentou fibrose menos acentuada que o Grupo 2. CONCLUSÕES: Conclui-se que a ressecção do íleo terminal associa-se a menor alteração histológica, no fígado de ratas, decorrente de colestase obstrutiva.

Estudo comparativo entre as anastomoses cervicais esofagogástrica término-terminal com e sem invaginação após esofagectomia para câncer

OBJETIVO: Avaliar a incidência de fístula e estenose da anastomose esofagogástrica cervical com invaginação do coto esofágico no interior do estômago na esofagectomia para tratamento do carcinoma do esôfago. MÉTODOS: Foram estudados dois grupos de doentes com carcinoma do esôfago torácico ou abdominal submetidos à esofagectomia subtotal e esofagogastroplastia. O grupo I (estudo) foi constituído por 29 doentes operados no período de 1998 a 2007, no qual foi realizada a anastomose esofagogástrica cervical com invaginação de segmento do coto esofágico no interior do estômago. O grupo II (controle) foi constituído por 36 doentes operados no período de 1989 a 1997 submetidos à anastomose esfagogástrica cervical término-terminal sem invaginação. RESULTADOS: No grupo I, 3 (10,3%) doentes apresentaram fístula da anastomose esofagogástrica com repercussão clínica mínima. No grupo II observou-se fístula com franca saída de saliva em 11 (30,5%) doentes. A freqüência de fístula nos doentes do grupo I foi significantemente menor (p=0,04) do que nos do grupo II. No grupo I, estenose fibrótica da anastomose ocorreu em 7 (24,1%) enfermos, ao passo que no grupo II 10 (27,7%) evoluíram com estenose, não se constatando diferença significante (p=0,72) entre esses grupos. CONCLUSÃO: No tratamento do carcinoma do esôfago, a esofagectomia com anastomose esofagogástrica cervical com invaginação do coto esofágico no interior do estômago determina menor ocorrência de fístula esofagogástrica quando comparado à anastomose sem invaginação. A incidência de estenose da anastomose esofagogástrica não diferiu em ambos os grupos.

Aspectos endoscópicos no diagnóstico de doenças que acometem o íleo terminal

O íleo compreende cerca de 3/5 distais do intestino delgado, sendo responsável pela digestão e absorção de alimentos. O diagnóstico de doenças que afetam esse segmento pode ser feito por meio de avaliação clínica e exames complementares. A colonoscopia, além da possibilidade de análise macroscópica, permite realização de biópsias para avaliação histológica. Apenas três publicações sobre a descrição das características endoscópicas do íleo terminal foram encontradas na literatura. Ainda assim, não foram encontradas descrições ou classificação em publicações que mencionavam o aspecto endoscópico do íleo terminal, sendo reportados apenas como íleo normal. Isso reforça a idéia do desconhecimento ou não aceitação dessas pela comunidade científica. Os aspectos endoscópicos desse segmento, quando afetado por diversas doenças variam de íleo endoscopicamente normal a casos que o exame macroscópico demonstra características especificas dessas doenças. Nesse estudo, existem dúvidas quanto à necessidade de biópsias desse segmento em pacientes com ileoscopia normal. Além disso, foram encontrados poucos estudos com critérios para caracterização macro e microscópica do íleo.

Depressão e ansiedade nos cuidadores de mulheres em fase terminal de câncer de mama e ginecológico

OBJETIVO: avaliar a freqüencia de ansiedade e depressão em cuidadores principais de mulheres em fase terminal de câncer de mama ou genital. MÉTODOS: para este estudo de corte transversal foram incluídos 133 cuidadores de pacientes sem possibilidades curativas, internadas no Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher, entre agosto de 2002 e maio de 2004. Das pacientes incluídas, 71 apresentavam câncer de mama e 62, câncer ginecológico. Foi aplicada a Escala Hospitalar de Ansiedade e Depressão e realizada entrevista para obter outras informações como idade, sexo, religião, parentesco com a paciente, profissão, se cuidava de outras pessoas, se a rotina dele mudou e se outras pessoas ajudavam a cuidar da paciente. Utilizou-se a regressão logística para cálculo do odds ratio (OR) e seus respectivos intervalos de confiança (IC), para avaliar a relação entre os diagnósticos de ansiedade e depressão entre os cuidadores informais. Para a análise múltipla foi considerado o critério de seleção de variáveis passo a passo. RESULTADOS: observou-se que 43% das pacientes indicaram como cuidador principal a filha e 24% o marido. A maioria dos cuidadores tinha idade superior a 35 anos (63%), 68% eram do sexo feminino, 59% estavam desempregados ou aposentados, 47% cuidavam de outra pessoa e 84% referiram mudança na rotina pelo fato de cuidar. A ansiedade foi detectada em 99 cuidadores principais (74,4%) e a depressão em 71 (53,4%), sendo estes estados fortemente relacionados entre si (OR=5,6; IC 95%: 2,2 a 15,9). Na análise bivariada, o marido apresentou menos ansiedade e, após regressão logística, apenas o fato de ser homem esteve relacionado com menor ansiedade. CONCLUSÃO: o processo de cuidar de paciente na fase terminal levou a altas taxas de ansiedade e depressão. Os homens e maridos despontaram neste estudo como cuidadores menos ansiosos.

Clonal study of avian Escherichia coli strains by fliC conserved-DNA-sequence regions analysis

The clonal relationship among avian Escherichia coli strains and their genetic proximity with human pathogenic E. coli, Salmonela enterica, Yersinia enterocolitica and Proteus mirabilis, was determined by the DNA sequencing of the conserved 5' and 3'regions fliC gene (flagellin encoded gene). Among 30 commensal avian E. coli strains and 49 pathogenic avian E. coli strains (APEC), 24 commensal and 39 APEC strains harbored fliC gene with fragments size varying from 670bp to 1,900bp. The comparative analysis of these regions allowed the construction of a dendrogram of similarity possessing two main clusters: one compounded mainly by APEC strains and by H-antigens from human E. coli, and another one compounded by commensal avian E. coli strains, S. enterica, and by other H-antigens from human E. coli. Overall, this work demonstrated that fliC conserved regions may be associated with pathogenic clones of APEC strains, and also shows a great similarity among APEC and H-antigens of E. coli strains isolated from humans. These data, can add evidence that APEC strains can exhibit a zoonotic risk.

Systematization, distribution and territory of the caudal cerebral artery on the brain's surface of the turkey (Meleagris gallopavo)

Thirty Meleagris gallopavo heads with their neck segments were used. Animals were contained and euthanized with the association of mebezonium iodide, embutramide and tetracaine hydrochloride (T 61, Intervet ) by intravenous injection. The arterial system was rinsed with cold saline solution (15°C), with 5000IU heparin and filled with red-colored latex. The samples were fixed in 20% formaldehyde for seven days. The brains were removed with a segment of cervical spinal cord and after, the dura-mater was removed and the arteries dissected. The cerebral carotid arteries, after the intercarotid anastomosis, were projected around the hypophysis, until they reached the tuber cinereum and divided into their terminal branches, the caudal branch and the rostral branch. The rostral branch was projected rostrolateralwards and gave off, in sequence, two collateral branches, the caudal cerebral and the middle cerebral arteries and the terminal branch was as cerebroethmoidal artery. The caudal cerebral artery of one antimere formed the interhemispheric artery, which gave off dorsal hemispheric branches to the convex surface of both antimeres. Its dorsal tectal mesencephalic branch, of only one antimere, originated the dorsal cerebellar artery. In the interior of the cerebral transverse fissure, after the origin of the dorsal tectal mesencephalic artery, the caudal cerebral artery emitted occipital hemispheric branches, pineal branches and medial hemispheric branches, on both antimeres. The caudal cerebral artery's territory comprehended the entire surface of the dorsal hemioptic lobe, the rostral surface of the cerebellum, the diencephalic structures, the caudal pole and the medial surface of the cerebral hemisphere and in the convex surface, the sagittal eminence except for its most rostral third. Due to the asymmetry found in the caudal cerebral arteries' ramifications, the models were classified into three types and their respective subtypes.