Regulation of mitotic BubR1 phosphorylation by the BubR1 pseudokinase domain

BubR1 est une protéine importante dans le point de contrôle de la mitose pour la stabilisation des interactions entre kinétochores et microtubules (KT-MT). Ces fonctions protègent de la ségrégation anormale des chromosomes et de l’instabilité du génome. BubR1 possède des sites de phosphorylation mitotique hautement conservés dans le domaine régulant l’attachement des kinétochores (KARD), où S676 et S670 sont phosphorylées respectivement par la kinase polo-like 1 (Plk1) et par la kinase cycline-dépendante 1 (Cdk1). Ces sites de phosphorylation sont essentiels pour le recrutement de la phosphatase PP2A-B56, qui stabilise les interactions KT-MT. Nos résultats montrent que la délétion entière ou des mutations qui déstabilisent le domaine pseudokinase de BubR1, causent la perte de phosphorylation des résidus S676 et S670 en mitose. Notre hypothèse est que le domaine pseudokinase de BubR1 peut jouer un rôle essentiel dans la régulation de la phosphorylation du KARD et donc dans la stabilisation des interactions KT-MT.

L'État comme partenaire du développement de l'économie sociale ou récupérateur de projets à bon compte?

Depuis quelques années, nous connaissons une recrudescence du nombre d'entreprises d'économie sociale qui touchent différents secteurs mais surtout ceux délaissés par l'entreprise marchande jugés non solvables. Le développement de cette nouvelle économie sociale, issue d'une part de divers mouvements sociaux qui revendiquent leur part dans la répartition de la richesse et d'autre part par la crise de l'emploi qui ne finit plus de faire des laissés pour compte, ne se fait pas sans heurts et non plus sans soulever un certain nombre de questionnements par rapport au modèle traditionnel de développement. Ces questionnements toucheront essentiellement la place que l'on veut donner aux acteurs qui colorent le développement d'une société dans un souci d'une plus large démocratie: voulons-nous une société inclusive de tous les acteurs qui la forme ou allons-nous continuer à faire perdurer le modèle de développement favorisant l'exclusion et la marginalisation des membres qui ne font pas partie de l'économie marchande? Si chacun a un rôle à jouer dans la redéfinition des rapports d'échanges entre tous les acteurs, nous conviendrons que l'État, par son rôle de redistribution de la richesse et de régulation, doit certainement se positionner quant à la place que chacun devra occuper à l'intérieur de la société. Dans cette perspective, nous nous attarderons sur le rôle de l'État dans la transformation de ces rapports sociaux. Afin de tenter de comprendre cet intérêt que porte l'État pour cette nouvelle économie sociale, nous tracerons dans un premier temps, un historique des mouvements sociaux et économiques à l'origine du développement des entreprises d'économie sociale. Nous distinguerons les deux types d'économie sociale qu'a connu le Québec: l'ancienne et la nouvelle. Par ailleurs, considérant que l'économie sociale n'est pas un modèle de développement (Lévesque, 1999) mais qu'elle s'insère dans les modèles reconnus de développement d'après-guerre (Lévesque et Mendell, 1999) tels qu'on les connaît: le modèle social-démocrate traditionnel, le modèle néo-libéral, le modèle de la démocratie économique et sociale, nous verrons lequel de ces modèles s'inscrit le mieux dans une perspective d'inclusion de tous les acteurs de la société, y compris ceux et celles qui ne font pas partie de l'économie marchande. Par ailleurs, nous verrons, par quelques exemples que, par le passé, ce soutien intéressé de l'État s'est soldé par une récupération de ces initiatives de la société civile pour les institutionnaliser à bon compte. Selon que l'on considère qu'il y a eu plus d'avantages que d'inconvénients à cette institutionnalisation, nous verrons s'il y a lieu de se réjouir de la recrudescence de cette économie sociale ou, au contraire, se méfier de cette bienveillance de l'État à l'égard de cette nouvelle économie sociale. Enfin, nous verrons que des conditions favorables à l'émergence de projets d'économie sont essentielles dans la reconnaissance de l'État. On parle ici d'un apport technique et financier pour soutenir la réalisation d'entreprises d'économie sociale, mais également, à une plus grande échelle, un refaçonnement des politiques qui visent un travail de recomposition du tissu social grandement touché dans la foulée des récentes réformes sociales.

Implication de la leptine et du glucose maternel dans le développement de l’adiposité chez le nouveau-né

Résumé: Le surpoids et l’obésité dans la population pédiatrique sont des préoccupations grandissantes à l’échelle mondiale. Actuellement, au Canada, près de 21 % des jeunes Canadiens âgés de 2 à 5 ans présentent un surpoids et malheureusement, 6 % d’entre eux souffrent d’obésité. De plus, 80 % de ces enfants risquent d’être obèses à l’âge adulte, ce qui mène à plusieurs impacts sur la santé. Afin de prévenir l’obésité infantile, il est important d’identifier des facteurs de risques, notamment ceux se produisant tôt dans la vie. Plusieurs études ont démontré l’importance de l’environnement fœtal dans l’établissement de la santé métabolique à long terme. Le poids à la naissance a souvent été utilisé comme marqueur de l’exposition prénatale. Cependant, le poids à la naissance n’est qu’un marqueur grossier. L’adiposité à la naissance a été identifiée comme un facteur de risque plus important puisqu’elle permet de prédire de l’adiposité durant l’enfance. Les deux déterminants maternels majeurs de la croissance fœtale sont le statut pondéral et la glycémie maternelle. Récemment, une adipokine a été suggérée comme un déterminant potentiel dans la programmation fœtale de l’obésité. La leptine, qui est produite par les adipocytes, joue un rôle important dans la balance énergétique, mais elle semble aussi importante dans le développement de l’obésité postnatale. Durant la grossesse, le placenta produit une large quantité de leptine et la majorité est sécrétée du côté maternel. Appuyés par le fait que la leptine maternelle circulante est le reflet de la sécrétion placentaire de leptine, nous avons émis l’hypothèse que la leptine maternelle serait associée à l’adiposité du nouveau-né, et ce, indépendamment de la glycémie maternelle. Nous avons étudié la leptine durant l’hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) chez les femmes enceintes au 2e trimestre. Nous avons montré, chez les femmes en surpoids ou obèse, qu’une plus haute leptine maternelle était lié à une adiposité néonatale augmentée à la naissance. D’un autre côté, chez les femmes minces, une glycémie élevée était liée à une adiposité néonatale augmentée. Ces associations sont indépendantes de la parité, du statut tabagique, du gain de poids durant la grossesse, des triglycérides maternels, du mode d’accouchement, du sexe du nouveau-né et de l’âge gestationnel à la naissance. Ces résultats suggèrent une régulation différentielle entre ces deux marqueurs métaboliques maternels et l’adiposité néonatale, selon le statut pondéral pré-grossesse.

Analysis of radiation induced DNA damage by LC-MS/MS in isolated and cellular DNA

Abstract: It is well established that ionizing radiation induces a variety of damage in DNA by direct effects that are mediated by one-electron oxidation and indirect effects that are mediated by the reaction of water radiolysis products, e.g., hydroxyl radicals (•OH). In cellular DNA, direct and indirect effects appear to have about an equal effect toward DNA damage. We have shown that ϒ-(gamma) ray irradiation of aqueous solutions of DNA, during which •OH is the major damaging ROS can lead to the formation several lesions. On the other hand, the methylation and oxidative demethylation of cytosine in CpG dinucleotides plays a critical role in the gene regulation. The C5 position of cytosine in CG dinucleotides is frequently methylated by DNA methyl transferees (DNMTs) and constitutes 4-5% of the total cytosine. Here, my PhD research work focuses on the analysis of oxidative base modifications of model compounds of methylated and non methylated oligonucleotides, isolated DNA (calf-thymus DNA) and F98 cultured cell by gamma radiation. In addition, we identified a series of modifications of the 2-deoxyribose moiety of DNA arising from the exposure of isolated and cellular DNA to ionizing radiation. We also studied one electron oxidation of cellular DNA in cultured human HeLa cells initiated by intense nanosecond 266 nm laser pulse irradiation, which produces cross-links between guanine and thymine bases (G*-T*). To achieve these goals, we developed several methods based on mass spectrometry to analyze base modifications in isolated DNA and cellular DNA.

Caractérisation structurale de l'aptamère du riborégulateur SAM-I

La détermination de la structure d’une molécule dans une cellule est souvent la première étape à la compréhension de son mode d’action. Un exemple flagrant est le riborégulateur, qui est un ARN hautement structuré capable de lier un ligand et de modifier la régulation génique chez les bactéries. Cette étude se penche sur la structure de l’aptamère d’un riborégulateur pouvant se lier au métabolite S-adénosylméthionine (SAM), qui est impliqué dans des réactions de méthylations essentielles dans une cellule. Plus précisément, le modèle sélectionné pour ces travaux provient de la famille SAM-I et est composé de quatre tiges (P1 à P4). En utilisant des techniques biophysiques telles le FRET et le single-molecule FRET (sm-FRET), nous pouvons comprendre plus en détails le dynamisme structural du repliement de l’aptamère qui se passe en deux étapes. La première étape de repliement de l’aptamère est constituée par la formation de l’état intermédiaire induite par la liaison du magnésium. Cet état a été caractérisé grâce à des mutations nucléotidiques bloquant des changements conformationnels spécifiques. Aussi, cette étude a permis d’ajouter des détails biophysiques sur la dernière étape de repliement de l’aptamère induite par la liaison de SAM. La réorganisation finale du site de liaison implique une rotation de la tige P1. D’ailleurs, la formation de la tige P1 permet le contrôle direct de l’expression génétique. Ces deux étapes permettent à l’aptamère du riborégulateur SAM d’adopter sa structure native essentielle à l’arrêt de transcription. En bref, nous décrivons en détail les mécanismes structuraux expliquant le fonctionnement du riborégulateur SAM. Certains de ces mécanismes pourraient être communs à plusieurs classes de riborégulateurs, d’où l’intérêt de prospecter d’autres cibles.

Negative regulation of the hepatic fibrogenic response by suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1)

Abstract: Suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1) is an indispensable regulator of IFN-γ signaling and has been implicated in the regulation of liver fibrosis. However, it is not known whether SOCS1 mediates its anti-fibrotic functions in the liver directly, or via modulating IFN-γ, which has been implicated in attenuating hepatic fibrosis. Additionally, it is possible that SOCS1 controls liver fibrosis by regulating hepatic stellate cells (HSC), a key player in fibrogenic response. While the activation pathways of HSCs have been well characterized, the regulatory mechanisms are not yet clear. The goals of this study were to dissociate IFN-γ-dependent and SOCS1-mediated regulation of hepatic fibrogenic response, and to elucidate the regulatory functions of SOCS1 in H SC activation. Liver fibrosis was induced in Socs1[superscript -/-]Ifng[superscript -/-] mice with dimethylnitrosamine or carbon tetrachloride. Ifng[superscript -/-] and C57BL/6 mice served as controls. Following fibrogenic treatments, Socs1[superscript -/-]Ifng[superscript -/-] mice showed elevated serum ALT levels and increased liver fibrosis com-pared to mice Ifng[superscript -/-]. The latter group showed higher alanine aminotransferase (ALT) levels and fibrosis than C57BL/6 controls. The livers of Socs1-deficient mice showed bridging fibrosis, which was associated with increased accumulation of myofibroblasts and abundant collagen deposition. Socs1-deficient livers showed increased expression of genes coding for smooth muscle actin, collagen, and enzymes involved in remodeling the extracellular matrix, namely matrix metalloproteinases and tissue inhibitor of metalloproteinases. Primary HSCs from Socs1-deficient mice showed increased proliferation in response to growth factors such as HGF, EGF and PDGF, and the fibrotic livers of Socs1-deficient mice showed increased expression of the Pdgfb gene. Taken together, these data indicate that SOCS1 controls liver fibrosis independently of IFN-γ and that part of this regulation may occur via regulating HSC proliferation and limiting growth factor availability.

Involvement of Beta-arrestin 1 and Beta-arrestin 2 in store operated calcium entry

Résumé : La variation de la [Ca2+] intracellulaire participe à nombreux de processus biologiques. Les cellules eucaryotes expriment à la membrane plasmique une variété de canaux par lesquelles le calcium peut entrer. Dans les cellules non excitables, deux mécanismes principaux permettent l'entrée calcique; l'entrée capacitative de Ca2+ via Orai1 (SOCE) et l'entrée calcique activé par un récepteur (ROCE). Plusieurs protéines clés sont impliquées dans la régulation de ces voies d'entrée calcique, ainsi que dans l'homéostasie calcique. TRPC6 est un canal calcique impliquée dans l'entrée calcique dans les cellules à la suite d’une stimulation d’un récepteur hormonal. TRPC6 transloque à la membrane cellulaire et il y demeure jusqu'à ce que le stimulus soit retiré. Les mécanismes qui régulent le trafic et l'activation de TRPC6 sont cependant encore peu connus. Des découvertes récentes ont démontré qu'il y a un rôle potentiel de Rho kinase dans l'activité de TRPC6. Rho kinase est activée par la petite protéine G RhoA qui peut être activée par les protéines G hétérotrimériques Gα12 et Gα13. En plus de Gα12 et Gα13, les protéines de désensibilisation des GPCR β -arrestin 1 et / ou β-arrestin 2 peuvent aussi activer RhoA. Le but de notre étude est d'examiner la participation des protéines Gα12/13 et β-arrestin 1/ β-arrestin 2 dans l'activation de TRPC6 et de la protéine Orai1. Nous avons utilisé des ARN interférant (siRNA) spécifiques pour induire une réduction de l'expression de Gα12/13 ou β-arrestin 1/β-arrestin 2. La conséquence sur l’entrée de Ca2+ dans les cellules a été ensuite déterminée par imagerie calcique en temps réel suite à une stimulation par la vasopressine (AVP), thapsigargin ou carbachol. Nous avons donc identifié que dans des cellules A7r5, une lignée cellulaire de musculaires lisses vasculaires où le canal TRPC6 exprimé de manière endogène, la diminution de l’expression des protéines Gα12 ou Gα13 ne semble pas modifier l’entrée Ca2+ induit par l’AVP par rapport aux cellules témoins. D'autre part, la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 dans des cellules HEK 293 ainsi que des cellules HEK 293 exprimant de façon stable TRPC6 (cellules T6.11) ont augmenté l’entrée de Ca2+ induite par thapsigargin, un activateur pharmacologique de SOCE. Des études de co-immunoprécipitation démontrent une interaction entre la β-arrestin 1 et STIM1, alors qu'aucune interaction n'a été observée entre les β-arrestin 1 et Orai1. Nous avons de plus montré à l'aide d'analyse en microscopie confocale que la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 n’influence pas la quantité d’Orai1 à la périphérie cellulaire. Cependant, des résultats préliminaires indiquent que la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 augmente la quantité de STIM1-YFP dans l'espace intracellulaire et diminue sa quantité à la périphérie cellulaire. En conclusion, nous avons montré que les β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 sont impliquées dans l'entrée capacitative de Ca2+ (SOCE) et contrôlent la quantité de STIM1 dans le réticulum endoplasmique.

Études de la liaison du complexe Ku aux télomères et du délai de croissance des survivants de type I chez Saccharomyces cerevisiae

L’extrémité des chromosomes linéaires est une structure nucléoprotéique très conservée chez les organismes eucaryotes. Elle est constituée du télomère et des régions sous-télomériques répétées (STR) qui sont placées en amont du télomère. Chez la levure bourgeonnante, on trouve deux types de télomère, les télomères XY’ et les télomères X, qui se distinguent par la nature des STR positionnées en amont des répétitions télomériques. Le télomère et les STR sont liés par pas moins de dix protéines qui vont participer au maintien et à la régulation de l’extrémité chromosomique nécessaires à la stabilité du génome. Le télomère protège ainsi le chromosome de dégradations ou encore de fusions avec d’autres chromosomes. Le maintien de la taille du télomère est assuré par la télomérase, une transcriptase inverse, qui permet l’ajout de répétitions pour pallier leur perte lors de la phase de réplication durant le cycle cellulaire. Lorsque la télomérase est absente, deux types particuliers de cellules, les survivants de type I et les survivants de type II, peuvent maintenir leurs télomères grâce aux mécanismes de recombinaison homologue. Chez l’humain, les répétitions télomériques sont également liées par un certain nombre de protéines nécessaires au maintien de la stabilité de l’extrémité chromosomique. L’implication des télomères dans les processus de cancérisation, de vieillissement, mais également dans des maladies congénitales fait de cette structure un pivot dans le domaine de la recherche fondamentale. Dans 10 % des cas de cancers, l’allongement n’est pas dû à une réactivation de la télomérase comme c’est en général le cas, mais est inhérent à des processus de recombinaison homologue, comme chez la levure. Les homologies de séquences, de protéines, mais aussi de mécanismes de régulation des télomères avec les cellules humaines, font de S. cerevisiae un excellent modèle d’étude. Cette thèse se divise en trois chapitres. Les deux premiers traitent de l’interaction du complexe yKu avec les télomères de type XY’ dans le chapitre 1 puis de son interaction avec les télomères de type X dans le chapitre 2. Le chapitre 3 traite du comportement d’un type de survivant chez S. cerevisiae. Le chapitre 1 porte donc sur l’analyse des sites de liaison aux télomères XY’ du complexe yKu par la technique de ChEC in vivo. yKu intervient dans de nombreux processus de régulation des télomères, mais aussi dans un mécanisme de réparation des cassures double-brin de l’ADN (DSBs), la NHEJ (Non homologous end-joining). Les résultats présentés dans cette partie appuient un modèle dans lequel yKu aurait plusieurs sites de liaison aux télomères et dans les répétitions télomériques interstitielles. Nous supposons que la liaison du complexe se ferait lors de la formation d’une cassure de type « one-sided break » générée à la suite du passage de la fourche de réplication à l’intérieur des répétitions télomériques. Le chapitre 2 est également une étude des sites de liaison par la technique de ChEC in vivo du complexe yKu, mais cette fois-ci aux télomères X. Les observations faites dans cette partie viennent corroborer les résultats du chapitre 1 de la liaison de yKu à la jonction entre le télomère et les STRs, de plus elle met en évidence des interactions potentielles du complexe avec les éléments X laissant supposer l’existence d’un potentiel repliement du télomère sur la région sous-télomérique chez la levure. Enfin, le chapitre 3 est axé sur l’étude du comportement des survivants de type I, des cellules post-sénescences qui maintiennent leurs télomères par un processus de recombinaison homologue, le mécanisme de BIR (break-induced replication) en l’absence de télomérase. Les survivants de type I présentent une croissance lente liée à un arrêt du cycle cellulaire en phase G2/M qui dépend de la protéine de contrôle Rad9, dont l’activité est en général induite par des cassures double-brin. Ce chapitre a permis d’apporter des précisions sur la croissance lente probablement inhérente à un berceau télomérique très restreint chez ce type cellulaire.

Criblage génétique à la recherche de nouveaux gènes essentiels influençant l’homéostasie des télomères chez Saccharomyces cerevisiae : Un défi de tailles.

Résumé : Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, la régulation de la longueur des télomères témoigne de la compensation entre mécanismes d'érosion (exonucléases, réplication semi-conservative et résection), facteurs d’élongation (la télomérase, transcriptase inverse à l'action retrouvée dans 90% des cancers humains) et actions de diverses protéines de régulation télomérique spécifiques, conférant aux télomères leur caractère de « capuchon » protégeant les extrémités des chromosomes eucaryotes. Afin de savoir si les gènes impossibles à déléter, car essentiels à la survie cellulaire, jouent aussi un rôle sur l’homéostasie télomérique, j'ai réalisé un criblage génétique utilisant des mutants tet-off de la levure pour lesquels la sous-expression considérable d'un gène essentiel a été induite de façon conditionnelle. Ceci permet d’étudier les effets qui en résultent sur l’homéostasie des télomères. Au total, mon travail a traité plus de 662 gènes essentiels pour lesquels j'ai analysé le phénotype de longueur des télomères de manière qualitative par comparaison des télomères de souches mutées par rapport à ceux de souches de type sauvage. Puis, grâce à l’amélioration technique que j'ai mise au point, la quantification de la taille des répétitions télomériques de 300 de ces souches a déjà pu être précisément analysée. Il est notable que tous les gènes essentiels étudiés ici ont des effets très différents qui résultent en des chromosomes possédant des télomères de longueur très inégale. Pour près de 40% des mutants analysés, les tailles de télomères sont apparues critiquement différentes de celles normalement présentées par la levure, beaucoup de ces gènes essentiels étant impliqués dans des mécanismes affectant le cycle cellulaire, la réparation, etc. La majorité des gènes criblés apporte un important complément d’information dans une littérature presque inexistante sur les effets de gènes essentiels de la levure au niveau de la biologie des télomères. C’est le cas des mutations de YHR122W (montrant des télomères long) et YOR262W (télomères courts), deux gènes qui sont apparus d'après mes résultats nécessaires au maintien de l'homéostasie télomérique (prenant place dans un grand ensemble de gènes que j’ai dénommé gènes ETL pour Essential for Telomere Length Maintenance).

L’impact de la pratique de méditation de compassion sur l’empathie des psychothérapeutes : trois études de cas

Au cours des trois dernières décennies, un nombre grandissant de chercheurs et de cliniciens se sont intéressés à la méditation comme stratégie de régulation attentionnelle et émotionnelle. Plusieurs études ont mis en évidence un lien entre la pratique de la méditation en pleine conscience, l’alliance thérapeutique et l’empathie. Plus récemment, des pratiques méditatives portant sur l’amour bienveillant et la compassion ont également suscité l’intérêt de la communauté scientifique. Les pratiques de méditation de compassion pourraient s’avérer tout aussi utiles que la pleine conscience dans le développement de l’empathie et offriraient de surcroit une certaine protection contre la fatigue empathique. L’objectif principal de cette thèse consiste à mieux comprendre l’impact de la méditation de compassion sur l’empathie des psychothérapeutes. À cette fin, la thèse est composée de deux articles explorant le lien entre la méditation de compassion et l’empathie des psychothérapeutes sous des angles complémentaires. Le premier article présente une revue des écrits portant sur le lien entre la pratique de la méditation de compassion et l’empathie des psychothérapeutes. L’objectif de cette revue des écrits est de répondre à la question suivante : la méditation de compassion peut-elle contribuer au développement de l’empathie des psychothérapeutes? Étant donné les nombreux liens et les chevauchements entre les pratiques de méditation en pleine conscience et les pratiques de méditation de compassion, les études portant sur le lien entre pleine conscience et empathie sont également considérées dans cette revue des écrits. Il apparaît, au terme de cette revue de littérature, que les pratiques de méditation de compassion peuvent augmenter l’activation de circuits neuronaux importants pour l’empathie. Ces pratiques de méditation semblent également améliorer l’empathie affective et la justesse de la perception empathique lorsque ces variables sont mesurées à l’aide d’échelles d’auto-évaluation. La méditation de compassion diminuerait également l’intensité des affects négatifs accompagnant l’empathie pour la douleur d’autrui. Tout en permettant de constater que la méditation de compassion semble avoir des impacts positifs sur divers aspects de l’empathie, la revue des écrits présentée dans le premier chapitre a permis de relever certaines limites des études citées et de suggérer quelques pistes de recherches futures. Ainsi, on note que la méditation en pleine conscience et la méditation de compassion sont souvent présentées conjointement et ce, à des participants n’ayant aucune expérience préalable de méditation. Cela fait en sorte qu’il est difficile de déterminer avec certitude si les bienfaits rapportés par les participants sont attribuables à la méditation de compassion, ou s’ils sont simplement dûs au fait que les participants ont entamé une pratique de méditation. Cela soulève donc la question suivante : quel est l’impact spécifique de la méditation de compassion sur l’empathie des psychothérapeutes, au delà des bienfaits qu’ils retirent déjà de la méditation en pleine conscience? C’est à cette question que tente de répondre l’étude conduite dans le cadre de la présente thèse et qui constitue l’objet du deuxième article. Dans le cadre de cette étude, un entraînement à la méditation de compassion a été offert à trois psychothérapeutes d’expérience ayant déjà une pratique régulière de la méditation en pleine conscience. L’entraînement proposé consistait en une pratique guidée de la méditation de compassion, offerte sur un enregistrement audio-numérique, à raison de vingt minutes par jour, à tous les deux jours, pendant quatre semaines. Des entrevues semi-structurées ont eu lieu avant l’entraînement, puis au terme des quatre semaines d’entraînement, de même que lors d’un suivi effectué quatre semaines plus tard. Une analyse compréhensive du récit phénoménologique des participants a mis en lumière des changements touchant quatre aspects principaux de l’expérience empathique : 1) la relation à soi; 2) l’expérience empathique elle-même; 3) l’expérience d’une relation thérapeutique; et 4) l’intégration du changement. À travers ces quatre aspects, des changements touchant diverses dimensions de l’expérience empathique sont abordés comme : la compassion pour soi, la pression de performance, la qualité de la présence à l’autre, l’acceptation de l’autre, la tolérance à la souffrance, et l’amour altruiste. Cette étude a donc permis de constater que même des psychothérapeutes d’expérience ayant déjà une pratique régulière de méditation en pleine conscience peuvent retirer des bienfaits de la méditation de compassion, tant au niveau de leur expérience empathique qu’au niveau de la prévention de la fatigue empathique et de l’épuisement professionnel. Cette thèse apporte donc une contribution originale à la compréhension de l’impact spécifique de la méditation de compassion sur l’empathie des psychothérapeutes en permettant de mieux saisir, à partir d’une perspective phénoménologique, l’influence de cette pratique de méditation sur divers aspects et dimensions de l’expérience empathique. En donnant la parole à des psychothérapeutes d’expérience ayant déjà une pratique de méditation en pleine conscience, l’étude met en lumière les bienfaits propres à la méditation de compassion au niveau de l’expérience empathique et au niveau de la prévention de la fatigue empathique. À ce titre, elle offre des pistes permettant d’améliorer tant la formation de base que la formation continue des psychothérapeutes en s’appuyant sur des données scientifiques probantes.

Évaluation formative et TIC pour une meilleure intégration des apprentissages en biochimie clinique

Dans cette recherche, l’enseignante-chercheuse analyse la méthode d’enseignement, les activités d’apprentissage et les modalités d’évaluation de la portion théorique du cours de stage en biochimie clinique dans le cadre du programme Technologie d’analyses biomédicales (140.BO) offert au Collège de Rosemont. Dans les années précédant la recherche, les stagiaires avaient formulé certains problèmes dont: un contenu trop lourd et le manque d’interactivité. Ces contraintes ont obligé l’enseignante-chercheuse à se questionner sur le processus pédagogique et sur la relation d’apprentissage. De plus, le manque d’intégration des connaissances des stagiaires mis en évidence lors de la préparation de l’examen national de la SCSLM et la baisse de performance à ces mêmes examens ont été les éléments déclencheurs de la recherche. Trois approches pédagogiques ont été utilisées afin de favoriser l’intégration des apprentissages et faire progresser les étudiantes et les étudiants vers un résultat acceptable en fin de stage. Premièrement, il a fallu passer par une réorganisation de contenu. Deuxièmement, nous avons mis en place un environnement plus interactif favorisant l’évaluation formative à l’aide de la plate-forme pédagogique Moodle. Troisièmement, nous avons introduit un mode d’évaluation formative qui s’harmonise à l’évaluation sommative. Toutes ces étapes ont été effectuées afin de faire progresser l’étudiante et l’étudiant et de l’informer clairement de ses performances pour qu’elle ou qu’il en arrive à intégrer les nombreuses notions théoriques en biochimie. Il est important de préciser que c’est à partir des assises du cadre de référence de cette recherche qu’il a été possible de dégager des actions pour innover notre pratique pédagogique. C’est par l’évaluation formative s’inscrivant dans diverses modalités de régulation ou d’autorégulation de l’apprentissage, permettant l’accès à la reprise à l’aide des questionnaires interactifs de la plate-forme pédagogique Moodle que nous avons mis en place une première solution. Comme deuxième solution, l’enseignante-chercheuse a présenté à chaque étape, par sujet de révision, une évaluation formative à des fins sommatives avec la possibilité d’une deuxième tentative. Les performances qui y ont été évaluées, ont été modifiables et ont contribué à la note de fin d’étape. Le but de notre démarche était de trouver des réponses à la question de recherche: L’évaluation formative par l’utilisation des technologies améliorera-t-elle les apprentissages des étudiantes et des étudiants en biochimie à la fin du programme d’étude en Techniques d’analyses biomédicales? La conception du scénario pédagogique ainsi que la mise à l’essai du matériel servant à l’évaluation formative à travers les outils interactifs de la plate-forme Moodle, ont tous été aussi importants. Dans le cadre du choix méthodologique, les trois objectifs spécifiques de la recherche ont été respectés, c’est-à-dire: 1. Concevoir le matériel servant à l’évaluation formative et le générer sur la plate-forme informatisée; 2. Mettre en application l’utilisation des nouveaux éléments d’apprentissage et des processus d’évaluation; 3. Vérifier si l’évaluation formative influencera l’apprentissage qui aura pour but une meilleure intégration des connaissances. Par le volet qualitatif de l’étude, l’enseignante-chercheuse vise à comprendre ce qui a été formulé par les étudiantes et les étudiants relativement à une démarche d’évaluation formative, interactive et continue générée par l’usage de l’outil informatisé Moodle. Cette démarche d’apprentissage assisté par ordinateur comprenait des applications d’évaluation formative élaborées sur la plate-forme pédagogique Moodle pour que les étudiantes et les étudiants en arrivent à cibler plus facilement leurs lacunes. Ainsi, les étudiantes et les étudiants étaient en mesure d’y remédier immédiatement par la fonction régulatrice propre à l’évaluation formative à l’aide des TIC. Ce qui situe la recherche dans le pôle de l’innovation, c’est l’intégration des TIC qui a permis d’établir les modalités d’évaluation formative à des fins sommatives, une reprise en deux temps, dans une perspective d’intégration des apprentissages. Par la collecte de données, se rangeant sous le paradigme interprétatif, la grille d’appréciation et l’entrevue semi-dirigée ont permis de faire ressortir ce que les étudiantes et les étudiants ont noté comme éléments d’approbation ou de valorisation de l’enseignement et de l’apprentissage. Dans le volet quantitatif de l’étude, l’enseignante-chercheuse a analysé les résultats des examens du parcours de stage dans l’intérêt de savoir s’il y a eu amélioration des apprentissages des étudiantes et des étudiants en stage à la fin du programme. De ces étapes, l’interprétation des données recueillies a permis d’alimenter la réflexion sur les principales approches mises en place dans les cours théoriques du stage en biochimie clinique. Cette étape a contribué à supporter l’objectivation du sens produit de cette recherche. Les résultats obtenus et l’interprétation qui en résulte présente que l’ensemble des stagiaires s’accorde à dire que les tests formatifs, le processus d’évaluation formative à des fins sommatives, une reprise en deux temps et le contenu interactif sur la plate-forme Moodle, permettent de faire des liens entre les connaissances déjà acquises, d’intégrer la matière et contribue à stimuler leur motivation à fournir un effort soutenu. L’utilisation des ressources du système de gestion de l’apprentissage Moodle a permis d’établir des modes d’évaluation formative dans une perspective d’intégration des apprentissages. Ces résultats sont intéressants puisqu’il a été possible de constater les difficultés des stagiaires aux examens, de relier des questions à des objectifs moins bien réussis et pour lesquels les étudiantes et les étudiants affirment ne pas avoir assez de temps d’enseignement à propos de ces notions théoriques. L’enseignante-chercheuse a alors entrepris une démarche d’amélioration continue de sa pratique pédagogique et de l’environnement numérique d’apprentissage. Entre 2012 et 2015, elle a utilisé une grille d’évaluation et a analysé les résultats des examens lui permettant de mieux cibler les ressources à améliorer pour favoriser la réussite de ses étudiantes et de ses étudiants. Elle poursuit sa réflexion à propos des conditions d’appropriation des connaissances théoriques en biochimie et aux interventions les plus susceptibles d’assurer l’intégration des apprentissages.

Les microARNs

International audience

Nitrate metabolism in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum

Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires retrouvés dans la plupart des écosystèmes aquatiques du globe. Ces organismes amènent une contribution substantielle à la production primaire des océans, soit en tant que membre du phytoplancton, soit en tant que symbiontes des anthozoaires formant les récifs coralliens. Malheureusement, ce rôle écologique majeur est souvent négligé face à la capacité de certaines espèces de dinoflagellés à former des fleurs d'eau, parfois d'étendue et de durée spectaculaires. Ces floraisons d'algues, communément appelées "marées rouges", peuvent avoir de graves conséquences sur les écosystèmes côtiers, sur les industries de la pêche et du tourisme, ainsi que sur la santé humaine. Un des facteurs souvent corrélé avec la formation des fleurs d'eau est une augmentation dans la concentration de nutriments, notamment l’azote et le phosphore. Le nitrate est un des composants principaux retrouvés dans les eaux de ruissellement agricoles, mais également la forme d'azote bioaccessible la plus abondante dans les écosystèmes marins. Ainsi, l'agriculture humaine a contribué à magnifier significativement les problèmes associés aux marées rouges au niveau mondial. Cependant, la pollution ne peut pas expliquer à elle seule la formation et la persistance des fleurs d'eau, qui impliquent plusieurs facteurs biotiques et abiotiques. Il est particulièrement difficile d'évaluer l'importance relative qu'ont les ajouts de nitrate par rapport à ces autres facteurs, parce que le métabolisme du nitrate chez les dinoflagellés est largement méconnu. Le but principal de cette thèse vise à remédier à cette lacune. J'ai choisi Lingulodinium polyedrum comme modèle pour l'étude du métabolisme du nitrate, parce que ce dinoflagellé est facilement cultivable en laboratoire et qu'une étude transcriptomique a récemment fourni une liste de gènes pratiquement complète pour cette espèce. Il est également intéressant que certaines composantes moléculaires de la voie du nitrate chez cet organisme soient sous contrôle circadien. Ainsi, dans ce projet, j'ai utilisé des analyses physiologiques, biochimiques, transcriptomiques et bioinformatiques pour enrichir nos connaissances sur le métabolisme du nitrate des dinoflagellés et nous permettre de mieux apprécier le rôle de l'horloge circadienne dans la régulation de cette importante voie métabolique primaire. Je me suis tout d'abord penché sur les cas particuliers où des floraisons de dinoflagellés sont observées dans des conditions de carence en azote. Cette idée peut sembler contreintuitive, parce que l'ajout de nitrate plutôt que son épuisement dans le milieu est généralement associé aux floraisons d'algues. Cependant, j’ai découvert que lorsque du nitrate était ajouté à des cultures initialement carencées ou enrichies en azote, celles qui s'étaient acclimatées au stress d'azote arrivaient à survivre près de deux mois à haute densité cellulaire, alors que les cellules qui n'étaient pas acclimatées mourraient après deux semaines. En condition de carence d'azote sévère, les cellules arrivaient à survivre un peu plus de deux semaines et ce, en arrêtant leur cycle cellulaire et en diminuant leur activité photosynthétique. L’incapacité pour ces cellules carencées à synthétiser de nouveaux acides aminés dans un contexte où la photosynthèse était toujours active a mené à l’accumulation de carbone réduit sous forme de granules d’amidon et corps lipidiques. Curieusement, ces deux réserves de carbone se trouvaient à des pôles opposés de la cellule, suggérant un rôle fonctionnel à cette polarisation. La deuxième contribution de ma thèse fut d’identifier et de caractériser les premiers transporteurs de nitrate chez les dinoflagellés. J'ai découvert que Lingulodinium ne possédait que très peu de transporteurs comparativement à ce qui est observé chez les plantes et j'ai suggéré que seuls les membres de la famille des transporteurs de nitrate de haute affinité 2 (NRT2) étaient réellement impliqués dans le transport du nitrate. Le principal transporteur chez Lingulodinium était exprimé constitutivement, suggérant que l’acquisition du nitrate chez ce dinoflagellé se fondait majoritairement sur un système constitutif plutôt qu’inductible. Enfin, j'ai démontré que l'acquisition du nitrate chez Lingulodinium était régulée par la lumière et non par l'horloge circadienne, tel qu'il avait été proposé dans une étude antérieure. Finalement, j’ai utilisé une approche RNA-seq pour vérifier si certains transcrits de composantes impliquées dans le métabolisme du nitrate de Lingulodinium étaient sous contrôle circadien. Non seulement ai-je découvert qu’il n’y avait aucune variation journalière dans les niveaux des transcrits impliqués dans le métabolisme du nitrate, j’ai aussi constaté qu’il n’y avait aucune variation journalière pour n’importe quel ARN du transcriptome de Lingulodinium. Cette découverte a démontré que l’horloge de ce dinoflagellé n'avait pas besoin de transcription rythmique pour générer des rythmes physiologiques comme observé chez les autres eukaryotes.

Effets préventifs et thérapeutiques des polyphénols dans un modèle in vitro et in vivo de maladie inflammatoire de l’intestin : caractérisation des polyphénols de la pelure de pomme et de la canneberge par spectrométrie de masse

La muqueuse intestinale est exposée à des agents oxydants provenant de l’ingestion d’aliments modifiés, de cellules immuno-inflammatoires et de la flore intestinale. Une diète élevée en fruits et légumes peut diminuer le stress oxydant (SOx) ainsi que l’inflammation via plusieurs mécanismes. Ces effets bénéfiques peuvent être attribuables à leur contenu élevé en polyphénols. La première étude de mon doctorat consistait à tester l’hypothèse que les polyphénols extraits de pelures de pomme (DAPP) pouvaient diminuer le stress oxydant et l'inflammation impliqués dans les maladies inflammatoires de l'intestin (MII). Nous avons caractérisé les polyphénols des DAPP par spectrométrie de masse (LC-MS) et examiné leur potentiel antioxydant et anti-inflammatoire au niveau des cellules intestinales. L’identification des structures chimiques des polyphénols a été effectuée par LC-MS. Le SOx a été induit par l’ajout du complexe fer/ascorbate (Fe/Asc, 200 µM/2 mM) et l’inflammation par la lipopolysaccharide (LPS, 200µg/mL) à des cellules intestinales Caco-2/15 pré-incubées avec les DAPP (250 µg/mL). L’effet du SOx est déterminé par le dosage du malondialdéhyde (MDA), de la composition des acides gras polyinsaturés et de l’activité des enzymes antioxydantes endogènes (SOD et GPx). L’impact des DAPP sur l’inflammation a été testé par l’analyse de l’expression des marqueurs inflammatoires: cyclooxygénase-2 (COX-2), le facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-a et l’interleukine-6 (IL-6) et les facteurs de transcription NF-KB, Nrf-2 et PGC1α par immunobuvardage. Nos données ont montré que les flavonols et les flavan-3-ols constituent les composés polyphénoliques majoritaires des DAPP. L’ajout de Fer2+/Asc a provoqué une augmentation de la peroxidation lipidique comparativement aux cellules contrôles, un appauvrissement des acides gras polyinsaturés n-3 et n-6, et une modulation des enzymes antioxydantes, se traduisant par une augmentation de l’activité de la SOD et une diminution de la GPx. En contrepartie, les DAPP ont exhibé leur potentiel à corriger la plupart des perturbations, y compris l’expression protéique anormalement élevée du COX-2 et la production de la prostaglandine E2 (PGE2), ainsi que l’inflammation telle que réflétée par les facteurs NF-κB, TNF-α et IL-6. Par ailleurs, les mécanismes sous-jacents à ces changements bénéfiques des DAPP ont fait intervenir les facteurs de transcription antioxydants (Nrf-2, PGC1α). Vraisemblablement, cette première étude a permis de démontrer la capacité des DAPP à amoindrir le SOx et à réduire l’inflammation, deux processus étroitement impliqués dans les MII. Dans la deuxième étape de mon doctorat, nous avons voulu comparer les résultats de DAPP à ceux des polyphénols dérivant de la canneberge qui est considérée par la communauté scientifique comme le fruit ayant le plus fort potentiel antioxydant. À cette fin, nous avons caractérisé l’effet des composés polyphénoliques de la canneberge (CPC) sur le SOx, la défense antioxydante et l’inflammation au niveau intestinal tout en définissant leur métabolisme intraluminal. Les différents CPC ont été séparés selon leur poids moléculaire par chromatographie et leurs structures chimiques ont été identifiées par LC-MS. Suite à une pré-incubation des cellules Caco-2/15 avec les extraits CPC (250 µg/mL), le Fe/Asc et la LPS ont été administrés comme inducteurs du SOx et de l’inflammation, respectivement. La caractérisation globale des CPC a révélé que les acides phénoliques composaient majoritairement l’extrait de canneberge de petit poids moléculaire (LC) alors que les flavonoïdes et les procyanidines dimériques/trimériques représentaient l’extrait de poids moléculaire moyen (MC) tout en laissant les procyanidines oligo et polymériques à l’extrait de haut poids moléculaire (HC). Les CPC ont permis de restaurer la plupart des perturbations engendrées dans les Caco-2/15 par le Fe/Asc et le LPS. Les CPC exhibaient le potentiel d’abaisser les niveaux de MDA, de corriger la composition des acides gras polyinsaturés n-3 et n-6, d’augmenter l’activité des enzymes antioxydantes (SOD, GPx et CAT) et d’élever l’expression de Nrf2 et PGC1α. En outre, les CPC pouvaient aussi réduire les niveaux élevés des protéines inflammatoires COX-2, TNF-α et IL-6 ainsi que la production des PGE2 par un mécanisme impliquant le NF-κB. Au niveau mitochondrial, les procyanidines oligomériques ont réussi à corriger les dysfonctions reliées à la production d’énergie (ATP), l’apoptose (Bcl-2, Cyt C et AIF) et le statut des facteurs de transcription mitochondriaux (mtTFA, mtTFB1, mtTFB2). Dans le but de bien comprendre les mécanismes d’action des CPC, nous avons défini par LC-MS les composés polyphénoliques qui ont été transportés ou absorbés par l’entérocyte. Nos analyses soulignent le transport (i) des acides cinnamiques et benzoïques (LC); (ii) la quercétine glycosylée et conjuguée et les procyanidines dimériques de type A (MC); et (iii) l’épicatéchine et les procyanidines oligomériques (HC). Les processus de métabolisation (méthylation, glucuronidation et sulfatation) au niveau de l’entérocyte ont probablement permis le transport de ces CPC surtout sous leur forme conjuguée. Les procyanidines oligomériques ayant un degré de polymérisation supérieur à 2 (HC) ont semblé adhérer aux cellules Caco-2/15. L’épicatéchine suivi par les procyanidines dimériques de type A ont été trouvés majoritaires au niveau des mitochondries. Même si nous ignorons encore l’action biologique de chaque composé polyphénolique, nous pouvons suggérer que leurs effets combinatoires exercent des fonctions antioxydantes, anti-inflammatoires et mitochondriales dans le modèle intestinal Caco-2/15. Dans une troisième étape, nous avons procédé à l’évaluation des aspects préventifs et thérapeutique des DAPP tout en sondant les mécanismes sous-jacents dans une étude préclinique. À cette fin, nous avons exploité le modèle de souris avec colite expérimentale provoquée par le Dextran Sulfate de Sodium (DSS). L’induction de l’inflammation intestinale chez la souris C57BL6 a été effectuée par l’administration orale de DSS à 2.5% pendant 10 jours. Des doses physiologiques et supra-physiologiques de DAPP (200 et 400 mg/kg/j, respectivement) ont été administrées par gavage pendant 10 jours pré- et post-DSS. L’inflammation par le DSS a provoqué une perte de poids, un raccourcissement du côlon, le décollement dystrophique de l’épithélium, l’exulcération et les infiltrations de cellules mono et polynucléaires au niveau du côlon. De plus, le DSS a induit une augmentation de la peroxidation lipidique, une régulation à la baisse des enzymes antioxydantes, une expression protéique à la hausse de la myéloperoxidase (MPO), du COX-2 et de la production des PGE2. Par ailleurs, les DAPP ont permis de corriger ou du moins d’alléger la plupart de ces anomalies en situation préventive ou thérapeutique, en plus d’abaisser l’expression protéique de NF-κB et des cytokines inflammatoires (TNF-a et l’IL-6) tout en stimulant les facteurs de transcription antioxydants (Nrf-2, PGC1α). Conséquemment, les polyphénols des DAPP ont exhibé leur puissant pouvoir antioxydant et anti-inflammatoire au niveau intestinal dans un modèle in vivo. Leurs actions sont associées à la régulation des voies de signalisation cellulaire et des changements dans la composition du microbiote. Ces trois projets de recherche permettent d’envisager l’évaluation des effets préventifs et thérapeutiques des DAPP cliniquement chez les patients avec des désordres inflammatoires de l’intestin.