Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de proteínas alvo do genoma do Mycobacterium tuberculosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo da dinâmica conformacional das enzimas Chiquimato Quinase e 5-enolpiruvilchiquimato-3-Fosfato Sintase (EPSPS) de Mycobacterium tuberculosis através do monitoramento da troca isotópica hidrogênio/deutério por espectrometria de massas ESI

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação rápida do perfil de sensibilidade do agente da tuberculose às drogas sintéticas ou extratos vegetais empregando Mycobacterium tuberculosis contendo o gene da luciferase

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Adenopatia cervical tuberculosa em crianças: aspectos epidemiológicos, clínicos e laboratoriais

A tuberculose constitui um sério problema de saúde pública, sendo o M. tuberculosis o principal agente da doença no Brasil. Entre as formas extra pulmonares, a ganglionar periférica é uma das mais freqüentes na infância, apesar de pouco estudada. Com o objetivo de avaliar a incidência e conhecer os aspectos epidemiológicos, clínicos e laboratoriais da tuberculose ganglionar foram atendidas no ambulatório do Hospital Ofir Loiola, no período de janeiro de 1995 a dezembro de 1996, 73 crianças entre 0-14 anos, de ambos os sexos, portadoras de linfadenopatia cervical. A amostra foi dividida em dois grupos: o primeiro constituído por 61 crianças com adenopatias de outras etiologias e o segundo formado de 12 pacientes com etiologia tuberculosa. Nesse período, para as adenopatias tuberculosas, a taxa anual de incidência na área metropolitana de Belém, por 100 mil habitantes, foi de 1,03 e para o grupo de outras etiologias a incidência foi de 4,27 e 6,15 para os anos de 1995 e 1996, respectivamente. Verificou-se que a maioria das adenopatias na infância foram inespecíficas (64,4%), entretanto, quando consideradas somente as de etiologia conhecida, o risco relativo de ser tuberculose foi de 1,17. A análise comparativa entre os dois grupos não revelou diferença estatisticamente significativa no que tange à faixa etária, sexo, estado nutricional, apresentação clínica inicial, cadeias ganglionares comprometidas e características dos linfonodos. Em ambos foi observado maior incidência em pré-escolares e no sexo masculino. O comprometimento do estado nutricional pode ter contribuído para o aumento da morbidade em 41,7% dos casos de tuberculose. A presença de massa cervical constitui a queixa principal nos dois grupos embora durante o exame tenha sido constatado comprometimento ganglionar generalizado em 75,1% das crianças com adenopatia tuberculosa. Quanto à duração dos sintomas, os casos de adenopatia tuberculosa foram atendidos a partir do primeiro mês de doença e tiveram como manifestação clínica abscesso frio em 25% dos casos. A fonte de infecção foi identificada em 1/3 dos pacientes. A reação tuberculínica com leitura >10mm foi positiva em 63,6% das crianças tuberculosas. Entre os exames bacteriológicos realizados, a cultura constituiu o elemento fundamental para o diagnóstico de tuberculose, obtendo-se 100% de positividade nos exames realizados; a baciloscopia foi de menor importância. O exame histopatológico com lesão granulomatosa compatível com tuberculose foi observado em 88,9% dos casos. O comprometimento pulmonar associado esteve presente em 27, 3% das crianças tuberculosas. A resposta à terapêutica com esquema padronizado pelo Ministério da Saúde foi satisfatória, não tendo sido observados efeitos colaterais aos medicamentos utilizados.

Diversidade genética das espécies de micobactérias não tuberculosas identificadas em laboratório de referência para o diagnóstico da tuberculose na região Norte

Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções associadas às micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, o conhecimento da frequência e as espécies envolvidas nas infecções pulmonares no Brasil são limitados. Neste trabalho foi avaliada a ocorrência de espécies de MNT isoladas no Laboratório de Micobactérias do Instituto Evandro Chagas, Laboratório de Regional de Saúde Pública da Região Norte. Foram analisadas todas as MNT isoladas de espécimes clínicos pulmonares e não pulmonares de indivíduos com infecção, de acordo com os critérios da American Thoracic Society e Ministério da Saúde entre os anos de 2004 a 2007. As MNT foram caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e sequenciamento dos genes do RNAr 16S, hsp65, rpoB. Foram identificados 51 indivíduos com infecção pulmonar, sendo as seguintes MNT envolvidas: M. abscessus (n=2), M. bolletii (n=4), M. massiliense (n=9), M. avium (n=5), M. colombiense (n=5), M. fortuitum (n=4), M. simiae (n=2), M. interjectum (n=4), M. intracellulare (n=5), M. kansasii (n=1), M. scrofulaceum (n=1) e M. terrae (n=1). Em oito indivíduos foram isoladas MNT não identificadas ao nível de espécie, podendo representar nova entidade taxonômica pertencente ao complexo M.simiae. O presente estudo descreveu a diversidade de MNT isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará, Região Amazônica Brasileira. O achado de casos infecções pulmonares diagnosticados e tratados sem sucesso por vários meses como tuberculose apontam para a necessidade de isolamento e identificação da micobactéria envolvida antes estabelecimento de falência terapêutica.

Construção de um painel com isolados clínicos de Mycobacterium tuberculosis com genes de resistência a quimioterápicos, para o estudo de novas drogas anti-TB

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Caracterização genética de micobactérias não tuberculosas isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará

Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções causadas por micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, dados sobre frequência e espécies envolvidas em infecções pulmonares no Brasil são limitados, principalmente em estados da Região Norte do Brasil. O conhecimento das espécies de MNT associadas às infecções pulmonares tem importância clínica e epidemiológica, sendo as técnicas moleculares ferramentas capazes de oferecer um diagnóstico espécie-específico, o qual é necessário para a instituição de terapia adequada. O presente trabalho descreve a diversidade de MNT isoladas de espécimes pulmonares encaminhados ao Instituto Evandro Chagas entre 1999 e 2011 para pesquisa de micobactérias. As MNT foram inicialmente caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e reidentificadas por sequenciamento dos genes RNAr 16S, hsp65, rpoB e região ITS1. De acordo com os achados, o método de PRA-hsp65 mostrou-se uma ferramenta prática para identificação MNT, permitindo a distinção de uma grande variedade de espécies de forma rápida, simples e barata, em comparação com o sequenciamento. Além disso, como sugerido no presente estudo, de acordo com a diversidade de espécies local, este método pode ser passível de modificações para proporcionar maior poder discriminatório. Para isolados do complexo Mycobacterium avium (MAC), a aplicação da análise de sequência do gene rpoB não se mostrou como alternativa adequada para discriminação de isolados do Estado do Pará, gerando resultados discrepantes com baixa resolução taxonômica. Um espectro particular de MNT foi associado aos casos de infecção pulmonar na região, representado principalmente por espécies dos complexos M. chelonae-M. abscessus (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii), M. avium (M. avium, M. intracellulare e M. colombiense) e M. simiae (M. simiae e taxa não nomeados). Dentre esse último, duas potenciais espécies foram detectadas, M. paraensis sp. nov. e M. amazoniensis sp. nov., sendo propostas como novos membros do complexo M. simiae. Entre os indivíduos afetados, as principais características encontradas foram sexo feminino, a idade superior a 50 anos, etnia parda e história de infecção prévia por tuberculose. Embora este estudo não demonstre a real magnitude de infecções pulmonares por MNT no Estado do Pará, ele descreve a diversidade de espécies e claramente retrata a importância desse grupo na região, chegando a representar 13,5% dos isolamentos micobacterianos em um laboratório de referência. Conjuntamente a esse achado, a identificação de casos de MNT em indivíduos presuntivamente diagnosticados com TB, indica a necessidade de confirmação bacteriológica, especialmente nos casos de resistência primária ao esquema básico da tuberculose.

Caracterização dos níveis plasmáticos e do polimorfismo +874T/A no gene IFN-γ em pacientes com diferentes formas clínicas da tuberculose

Considerando a importância do interferon gama (IFN-γ) na imunidade protetora contra o Mycobacterium tuberculosis e o papel funcional do polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) IFNG +874T/A na produção de IFN-γ, no presente estudo investigamos a relação desse polimorfismo genético com suscetibilidade à tuberculose. Fizeram parte do estudo um total de 129 pacientes com tuberculose pulmonar (TBP), 33 com tuberculose extrapulmonar (TBEP) e em 156 profissionais da saúde, negativos para tuberculose, com resultados tuberculínicos (PPD+ e PPD-) dos quais foi coletada uma amostra de 5 mL de sangue total. As concentrações séricas de IFN-g foram mensuradas usando um ensaio imunoenzimático. O polimorfismo na posição +874A no gene IFN-g foi investigado por meio da técnica de ASO-PCR (allele specific oligonucleotide – polymerase chain reaction). Verificamos uma associação entre a presença do alelo +874A e do genótipo +874AA com a tuberculose ativa (p<0.0001, CI=95%, 1.64 - 3.22), ao mesmo tempo em que o alelo +874Te genótipo +874TT estiveram em maior freqüência nos indivíduos do grupo controle. A média das concentrações plasmáticas de IFN-g nos pacientes com tuberculose foi significativamente menor que aquela observada no grupo controle, como também foi menor no grupo com TBEP do que no grupo com TBP, sugerindo uma relação dos baixos níveis séricos dessa citocina na tuberculose ativa, bem como na progressão para as formas mais graves da doença. Ademais, foi observada a associação dos genótipos +874TT e +874AA com altas e baixas concentrações de IFN-γ, respectivamente, tanto nos pacientes com tuberculose quanto no grupo controle. Assim sendo, os resultados sugerem uma associação do polimorfismo do gene IFNG +874T/A com suscetibilidade à infecção pelo M. tuberculosis na população estudada.

Micobacteriose não tuberculosa pulmonar em hospital de referência no Estado do Pará: espécies mais frequentes, apresentação radiológica e evolução clínica

As micobactérias não tuberculosas (MNT) estão amplamente presentes no ambiente, tendo sido isoladas em águas naturais, sistemas de distribuição de água, solo e animais. Caracterizam-se pela presença de ácido micólico na parede celular. Em geral, são adquiridas através de inalação de gotículas de água contendo micobactérias. Podem causar formas variadas de doença como linfadenite, pulmonar, cutânea e disseminada. São patógenos oportunistas, com patogenicidade variável, que requerem defeitos na imunidade local ou sistêmica, congênitos ou adquiridos para causar doenças em humanos. Foram avaliados aspectos epidemiológicos, clínicos e radiológicos de 44 casos de micobacteriose não tuberculosa na forma pulmonar no Hospital João de Barros Barreto (HUJBB) através de estudo retrospectivo e foram tratados e acompanhados 21/44 (47,7%) pacientes durante um período de seis a dezessete meses através de estudo do tipo coorte prospectivo. Os dados mostraram um incremento de mais de 100% no número de casos a partir do ano de 2010 em relação aos anos anteriores no HUJBB. As micobactérias mais isoladas foram M. intracellulare (22,7%) e M. massiliense (20,5%). As condições mais frequentemente associadas à doença incluíram tratamento prévio para tuberculose (93,2%), bronquiectasias (59%), HIV (11,4%), asma (9,1%) e doença pulmonar obstrutiva crônica (9,1%). Não foram observadas diferenças nos aspectos radiológicos entre as espécies, exceto na análise das radiografias de tórax, onde atelectasias foram mais frequentes nos grupo M. massiliense do que no grupo de M. abscessus. A resposta ao tratamento de acordo com a análise das culturas para micobactérias mostrou que em 58,8% dos casos ocorreu negativação, persistência da positividade em 11,7% e positividade após negativação inicial em 11,7%. Durante o período de acompanhamento, a taxa de óbito foi de 17,7%. Os dados sugerem que a forma pulmonar da micobacteriose não tuberculosa tem se tornado uma doença com importância cada vez maior em nossa região. Adicionalmente, a resposta ao tratamento tem sido bastante satisfatória quando comparada à literatura. Entretanto, é necessário um seguimento desses pacientes por período mais prolongado para estabelecer o real desfecho da nossa abordagem terapêutica.

Uso do spoligotyping para genotipagem de Mycobacterium tuberculosis obtidos a partir de lâminas coradas pela técnica de ziehl-neelsen pertencentes a pacientes com tuberculose pulmonar residentes nos municípios paraenses de Belém e Ananindeua, Pará, Brasil

A tuberculose (TB) é um grande problema de saúde pública, intimamente ligada aos fatores sócio-econômicos, e tem como principal agente etiológico o Mycobacterium tuberculosis. O Spoligotyping é uma técnica baseada em PCR-hibridização reversa que permite detectar e diferenciar simultaneamente membros do Complexo M. tuberculosis diretamente de amostras clínicas, como em amostras obtidas de lâminas de Ziehl-Neelsen (ZN), evitando problemas associados ao lento crescimento destes microrganismos, tornando-se assim uma importante ferramenta para o monitoramento de cepas em diferentes contextos epidemiológicos, sendo capaz de revelar o caráter biogeográfico destas. A possibilidade de caracterizar genética, demográfica e geograficamente estes microrganismos pode contribuir para o entendimento de como a doença é transmitida e para a implementação das ações para seu controle e combate. Desta forma, foi realizado um estudo retrospectivo que avaliou amostras obtidas a partir de lâminas coradas pela técnica de ZN, confeccionadas por laboratórios da rede pública dos municípios paraenses de Belém e Ananindeua entre outubro de 2007 e março de 2008. A maioria (61,3%) dos 163 casos incluídos no estudo pertencia ao gênero masculino e 68,0% dos casos tinham entre 20 e 49 anos, com média de idade de 38 anos. A aplicação do Spoligotyping neste tipo de amostras apresentou bom rendimento, com 146 (89,6%) padrões de hibridização completos e concordantes entre si após as duplicatas. Destes, 142 foram considerados para comparação com o banco de dados internacional de Spoligotyping (SpolDB4), dentre os quais foram observados 67 espoligotipos ou genótipos distintos, compreendendo 95 (67%) casos com padrões compartilhados por duas a 20 amostras e 47 (33%) casos com padrões únicos. Quarenta e oito (71,6%) genótipos eram conhecidos e 19 (28,4%) ainda não haviam sido relatados no SpolDB4. As famílias LAM e T foram as mais frequentes, concentrando 56 (39,4%) e 35 (24,6%) casos, respectivamente, e as famílias Haarlem e EAI compreenderam 12 (8,45%) amostras cada. A geolocalização dos casos permitiu visualizar a distribuição dos espoligotipos nos municípios estudados, evidenciando alguns agrupamentos com mesmo genótipo, mostrando-se útil para direcionar e auxiliar investigações futuras.

Direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in bovine and bubaline tissues through nested-PCR

Post-mortem bacterial culture and specific biochemical tests are currently performed to characterize the etiologic agent of bovine tuberculosis. Cultures take up to 90 days to develop. A diagnosis by molecular tests such as PCR can provide fast and reliable results while significantly decreasing the time of confirmation. In the present study, a nested-PCR system, targeting rv2807, with conventional PCR followed by real-time PCR, was developed to detect Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) organisms directly from bovine and bubaline tissue homogenates. The sensitivity and specificity of the reactions were assessed with DNA samples extracted from tuberculous and non-tuberculous mycobacteria, as well as other Actinomycetales species and DNA samples extracted directly from bovine and bubaline tissue homogenates. Regarding the analytical sensitivity, DNA of the M. bovis AN5 strain was detected up to 1.5 pg by nested-PCR, whereas DNA of M. tuberculosis H37Rv strain was detected up to 6.1 pg. The nested-PCR system showed 100% analytical specificity for MTC when tested with DNA of reference strains of non-tuberculous mycobacteria and closely-related Actinomycetales. A clinical sensitivity level of 76.7% was detected with tissues samples positive for MTC by means of the culture and conventional PCR. A clinical specificity of 100% was detected with DNA from tissue samples of cattle with negative results in the comparative intradermal tuberculin test. These cattle exhibited no visible lesions and were negative in the culture for MTC. The use of the nested-PCR assay to detect M. tuberculosis complex in tissue homogenates provided a rapid diagnosis of bovine and bubaline tuberculosis.

Formation of multiple pulmonary nodules during treatment with leflunomide

O comprometimento pulmonar é uma das manifestações extra-articulares da artrite reumatóide e pode ser devido à própria doença ou secundário às medicações utilizadas para seu tratamento. Este trabalho relata um caso de uma paciente de 60 anos de idade com diagnóstico de artrite reumatoide que evoluiu com múltiplos nódulos pulmonares durante o tratamento com leflunomida.

Effect of soybean yoghurt supplemented with isoflavones on the haemolytic activity of serum complement in mice with experimental lung metastasis of murine mammary and pulmonary adenocarcinoma

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Phase I clinical trial of cell therapy in patients with advanced chronic obstructive pulmonary disease: follow-up of up to 3 years

BACKGROUND Chronic obstructive pulmonary disease is a major inflammatory disease of the airways and an enormous therapeutic challenge. Within the spectrum of chronic obstructive pulmonary disease, pulmonary emphysema is characterized by the destruction of the alveolar walls with an increase in the air spaces distal to the terminal bronchioles but without significant pulmonary fibrosis. Therapeutic options are limited and palliative since they are unable to promote morphological and functional regeneration of the alveolar tissue. In this context, new therapeutic approaches, such as cell therapy with adult stem cells, are being evaluated.OBJECTIVE This article aims to describe the follow-up of up to 3 years after the beginning of a phase I clinical trial and discuss the spirometry parameters achieved by patients with advanced pulmonary emphysema treated with bone marrow mononuclear cells.METHODS Four patients with advanced pulmonary emphysema were submitted to autologous infusion of bone marrow mononuclear cells. Follow-ups were performed by spirometry up to 3 years after the procedure.RESULTS The results showed that autologous cell therapy in patients having chronic obstructive pulmonary disease is a safe procedure and free of adverse effects. There was an improvement in laboratory parameters (spirometry) and a slowing down in the process of pathological degeneration. Also, patients reported improvements in the clinical condition and quality of life.CONCLUSIONS Despite being in the initial stage and in spite of the small sample, the results of the clinical protocol of cell therapy in advanced pulmonary emphysema as proposed in this study, open new therapeutic perspectives in chronic obstructive pulmonary disease. It is worth emphasizing that this study corresponds to the first study in the literature that reports a change in the natural history of pulmonary emphysema after the use of cell therapy with a pool of bone marrow mononuclear cells.

Cardiovascular risk and mortality in end-stage renal disease patients undergoing dialysis: sleep study, pulmonary function, respiratory mechanics, upper airway collapsibility, autonomic nervous activity, depression, anxiety, stress and quality of life: a prospective, double blind, randomized controlled clinical trial

Background: Chronic kidney disease (CKD) is one of the most serious public health problems. The increasing prevalence of CKD in developed and developing countries has led to a global epidemic. The hypothesis proposed is that patients undergoing dialysis would experience a marked negative influence on physiological variables of sleep and autonomic nervous system activity, compromising quality of life.Methods/Design: A prospective, consecutive, double blind, randomized controlled clinical trial is proposed to address the effect of dialysis on sleep, pulmonary function, respiratory mechanics, upper airway collapsibility, autonomic nervous activity, depression, anxiety, stress and quality of life in patients with CKD. The measurement protocol will include body weight (kg); height (cm); body mass index calculated as weight/height(2); circumferences (cm) of the neck, waist, and hip; heart and respiratory rates; blood pressures; Mallampati index; tonsil index; heart rate variability; maximum ventilatory pressures; negative expiratory pressure test, and polysomnography (sleep study), as well as the administration of specific questionnaires addressing sleep apnea, excessive daytime sleepiness, depression, anxiety, stress, and quality of life.Discussion: CKD is a major public health problem worldwide, and its incidence has increased in part by the increased life expectancy and increasing number of cases of diabetes mellitus and hypertension. Sleep disorders are common in patients with renal insufficiency. Our hypothesis is that the weather weight gain due to volume overload observed during interdialytic period will influence the degree of collapsibility of the upper airway due to narrowing and predispose to upper airway occlusion during sleep, and to investigate the negative influences of haemodialysis in the physiological variables of sleep, and autonomic nervous system, and respiratory mechanics and thereby compromise the quality of life of patients.