958 resultados para Parshall et al algorithm
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De nombreuses recommandations de pratique clinique (RPC) ont été publiées, en réponse au développement du concept de la médecine fondée sur les preuves et comme solution à la difficulté de synthétiser et trier l'abondante littérature médicale. Pour faire un choix parmi le foisonnement de nouvelles RPC, il est primordial d'évaluer leur qualité. Récemment, le premier instrument d'évaluation standardisée de la qualité des RPC, appelé " AGREE " pour appraisal of guidelines for research and evaluation, a été validé. Nous avons comparé - avec l'aide de la grille " AGREE " - les six principales RPC publiées depuis une dizaine d'années sur le traitement de la schizophrénie : (1) les Recommandations de l'Agence nationale pour le développement de l'évaluation médicale (ANDEM) ; (2) The American Psychiatric Association (APA) practice guideline for the treatment of patients with schizophrenia ; (3) The quick reference guide of APA practice guideline for the treatment of patients with schizophrenia [APA - guide rapide de référence] ; (4) The schizophrenia patient outcomes research team (PORT) treatment recommandations ; (5) The Texas medication algorithm project " T-MAP " ; (6) The expert consensus guideline for the treatment of schizophrenia. Les résultats de notre étude ont ensuite été comparés avec ceux d'une étude similaire publiée en 2005 par Gæbel et al. portant sur 24 RPC abordant le traitement de la schizophrénie, réalisée également avec l'aide de la grille " AGREE " et deux évaluateurs [Br J Psychiatry 187 (2005) 248-255]. De manière générale, les scores des deux études ne sont pas trop éloignés et les deux évaluations globales des RPC convergent : chacune des six RPC est perfectible et présente différemment des points faibles et des points forts. La rigueur d'élaboration des six RPC est dans l'ensemble très moyenne, la prise en compte de l'opinion des utilisateurs potentiels est lacunaire et un effort sur la présentation des recommandations faciliterait leur utilisation clinique. L'applicabilité des recommandations est également peu considérée par les auteurs. Globalement, deux RPC se distinguent et peuvent être fortement recommandées selon les critères de la grille " AGREE " : " l'APA - guide rapide de référence " et le " T-MAP ".
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Résumé: Le développement rapide de nouvelles technologies comme l'imagerie médicale a permis l'expansion des études sur les fonctions cérébrales. Le rôle principal des études fonctionnelles cérébrales est de comparer l'activation neuronale entre différents individus. Dans ce contexte, la variabilité anatomique de la taille et de la forme du cerveau pose un problème majeur. Les méthodes actuelles permettent les comparaisons interindividuelles par la normalisation des cerveaux en utilisant un cerveau standard. Les cerveaux standards les plus utilisés actuellement sont le cerveau de Talairach et le cerveau de l'Institut Neurologique de Montréal (MNI) (SPM99). Les méthodes de recalage qui utilisent le cerveau de Talairach, ou celui de MNI, ne sont pas suffisamment précises pour superposer les parties plus variables d'un cortex cérébral (p.ex., le néocortex ou la zone perisylvienne), ainsi que les régions qui ont une asymétrie très importante entre les deux hémisphères. Le but de ce projet est d'évaluer une nouvelle technique de traitement d'images basée sur le recalage non-rigide et utilisant les repères anatomiques. Tout d'abord, nous devons identifier et extraire les structures anatomiques (les repères anatomiques) dans le cerveau à déformer et celui de référence. La correspondance entre ces deux jeux de repères nous permet de déterminer en 3D la déformation appropriée. Pour les repères anatomiques, nous utilisons six points de contrôle qui sont situés : un sur le gyrus de Heschl, un sur la zone motrice de la main et le dernier sur la fissure sylvienne, bilatéralement. Evaluation de notre programme de recalage est accomplie sur les images d'IRM et d'IRMf de neuf sujets parmi dix-huit qui ont participés dans une étude précédente de Maeder et al. Le résultat sur les images anatomiques, IRM, montre le déplacement des repères anatomiques du cerveau à déformer à la position des repères anatomiques de cerveau de référence. La distance du cerveau à déformer par rapport au cerveau de référence diminue après le recalage. Le recalage des images fonctionnelles, IRMf, ne montre pas de variation significative. Le petit nombre de repères, six points de contrôle, n'est pas suffisant pour produire les modifications des cartes statistiques. Cette thèse ouvre la voie à une nouvelle technique de recalage du cortex cérébral dont la direction principale est le recalage de plusieurs points représentant un sillon cérébral. Abstract : The fast development of new technologies such as digital medical imaging brought to the expansion of brain functional studies. One of the methodolgical key issue in brain functional studies is to compare neuronal activation between individuals. In this context, the great variability of brain size and shape is a major problem. Current methods allow inter-individual comparisions by means of normalisation of subjects' brains in relation to a standard brain. A largerly used standard brains are the proportional grid of Talairach and Tournoux and the Montreal Neurological Insititute standard brain (SPM99). However, there is a lack of more precise methods for the superposition of more variable portions of the cerebral cortex (e.g, neocrotex and perisyvlian zone) and in brain regions highly asymmetric between the two cerebral hemipsheres (e.g. planum termporale). The aim of this thesis is to evaluate a new image processing technique based on non-linear model-based registration. Contrary to the intensity-based, model-based registration uses spatial and not intensitiy information to fit one image to another. We extract identifiable anatomical features (point landmarks) in both deforming and target images and by their correspondence we determine the appropriate deformation in 3D. As landmarks, we use six control points that are situated: one on the Heschl'y Gyrus, one on the motor hand area, and one on the sylvian fissure, bilaterally. The evaluation of this model-based approach is performed on MRI and fMRI images of nine of eighteen subjects participating in the Maeder et al. study. Results on anatomical, i.e. MRI, images, show the mouvement of the deforming brain control points to the location of the reference brain control points. The distance of the deforming brain to the reference brain is smallest after the registration compared to the distance before the registration. Registration of functional images, i.e fMRI, doesn't show a significant variation. The small number of registration landmarks, i.e. six, is obvious not sufficient to produce significant modification on the fMRI statistical maps. This thesis opens the way to a new computation technique for cortex registration in which the main directions will be improvement of the registation algorithm, using not only one point as landmark, but many points, representing one particular sulcus.
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Neuronal dynamics are fundamentally constrained by the underlying structural network architecture, yet much of the details of this synaptic connectivity are still unknown even in neuronal cultures in vitro. Here we extend a previous approach based on information theory, the Generalized Transfer Entropy, to the reconstruction of connectivity of simulated neuronal networks of both excitatory and inhibitory neurons. We show that, due to the model-free nature of the developed measure, both kinds of connections can be reliably inferred if the average firing rate between synchronous burst events exceeds a small minimum frequency. Furthermore, we suggest, based on systematic simulations, that even lower spontaneous inter-burst rates could be raised to meet the requirements of our reconstruction algorithm by applying a weak spatially homogeneous stimulation to the entire network. By combining multiple recordings of the same in silico network before and after pharmacologically blocking inhibitory synaptic transmission, we show then how it becomes possible to infer with high confidence the excitatory or inhibitory nature of each individual neuron.
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Le sentiment d'efficacité parentale est d'une importance fondamentale pour la mise en place de pratiques parentales adaptées (Williams et al., 1987). Notre étude adopte le point de vue de la mère, et s'intéresse à comprendre comment le sentiment d'efficacité, les pratiques maternelles et la position socioéconomique de la mère influencent le développement de l'enfant. Nous nous basons sur la théorie du sentiment d'efficacité de Bandura (2003), et nous avons utilisé trois instruments : la Liste des tâches parentales (Sanders & Wooley, 2001), l'Echelle des compétences éducatives parentales (Terrisse & Larose, 2001) et le Questionnaire sur les points forts et les points faibles de Goodman (1997). Dans notre étude qui porte sur un échantillon composé de 85 mères (N=85), nous nous sommes intéressés d'une part aux types de liens existant entre le sentiment d'efficacité parentale, les pratiques parentales, les comportements de l'enfant et la position socioéconomique de la mère. D'autre part, nous nous sommes intéressés à comparer les résultats obtenus par les mères jeunes avec ceux obtenus avec des mères plus matures. Les résultats principaux suggèrent que les mères estimant avoir des pratiques libérales perçoivent davantage les troubles de l'hyperactivité chez leur enfant que les mères estimant avoir des pratiques normatives. Par ailleurs, les résultats montrent qu'une relation étroite entre la perception des problèmes de développement chez l'enfant et un sentiment d'efficacité faible chez les mères. Ces résultats soulignent l'importance, afin de prévenir les problèmes de développement chez l'enfant, de la mise en place de la part du parent de pratiques parentales adaptées à l'enfant et de la présence d'un sentiment d'efficacité parentale élevé. De plus, ces deux variables s'avèrent particulièrement importantes lorsque la mère est jeune et confrontée à un contexte socioéconomique difficile, du fait que les pratiques parentales adaptées et le sentiment d'efficacité parentale protègent l'enfant des influences négatives d'un contexte hostile à son développement. Ainsi, nous pouvons conclure en soulignant l'importance, dans les interventions préventives des problèmes développementaux chez les enfants, de se cibler sur le développement du sentiment d'efficacité, sur l'amélioration de la qualité des pratiques parentales, sans oublier la nécessité de soigner la qualité du contexte socioéconomique.
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El origen y progresivo desarrollo de la agricultura es probablemente el primer ejemplo de interacción recíproca a gran escala entre la humanidad y el medio ambiente. Por tanto, reconstruir las condiciones ambientales que caracterizaron la adopción de la agricultura es de gran interés de cara a conocer sus causas potenciales, así como para comprender los efectos a largo plazo de la economía agrícola sobre el ambiente. En este trabajo presentamos la metodología desarrollada por nuestro equipo para reconstruir las condiciones climáticas y de cultivo en la agricultura primitiva, basada en el análisis de la composición isotópica de carbono (enriquecimiento en 13C) y nitrógeno (enriquecimiento en 15N) en restos vegetales recuperados de yacimientos arqueológicos. El análisis de 13C en cariópsides de cereales carbonizadas ha permitido cuantificar la disponibilidad hídrica de los cultivos en diversos yacimientos de la Península Ibérica y el Creciente Fértil, así como estimar su rendimiento en el pasado, mientras que el análisis de 15N, nos aporta información cualitativa sobre las condiciones nutricionales. Por otro lado, el análisis de 13C en restos forestales (carbones) ha permitido cuantificar las condiciones climáticas (precipitación y déficit hídrico) en los mismos yacimientos, aportando así información sobre el marco climático en el que se desarrollaron los cultivos.
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Some records of vascular flora from the Alta Ribagorga and the Vall d'Aran are commented. Observations about their habitat are given. Findings of Avenula marginate ssp. pyrenaica, Carex ferruginea, Carum verticillatum and Ranunculus trichophyllus ssp. lutulentus seem to be the most interesting ones.
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Lorsqu'un individu est confronté à une situation stressante, une des réponses les plus saillantes est l'activation de l'axe HPA, caractérisée par le déclenchement d'un taux élevé de glucocorticoïdes dans le sang. De manière générale, cette réponse hormonale est adaptative et elle a pour but la mobilisation des ressources physiques et cognitives de l'individu pour une action spécifique (Axelrod & Reisine, 1984; Chrousos & Gold, 1992; N. M. Kaplan, 1988; McEwen, 2004). Cependant, lorsque une personne est confrontée très tôt dans son développement, et de manière répétée, à des situations de stress, cette réponse physiologique peut s'altérer, devenir inadaptée (Anand, 1993; Bremner et al., 1995; Meaney et al., 1996; Mirescu, Peters, & Gould, 2004; Plotsky & Meaney, 1993; Sapolsky, 2000) et être associée à des troubles cognitifs (McEwen & Sapolsky, 1995) et émotionnels (McEwen, 2000). A l'âge adulte, le résultat de ces altérations psychoneuroendocriniennes se traduit au cours de l'activation de l'axe HPA et elles sont visibles lors de situations de stress moins intenses (Graham, Heim, Goodman, Miller, & Nemeroff, 1999; Mirescu et al., 2004; Stam, Bruijnzeel, & Wiegant, 2000; A. Taylor, Fisk, & Glover, 2000). La dysregulation de l'axe HPA semble représenter un facteur de vulnérabilité lié à des dysfonctionnements psychiques et physiologiques chez les adultes (Heim, Ehlert, & Hellhammer, 2000; Heim & Nemeroff, 1999; Heim, Newport, Mletzko, Miller, & Hemeroff, 2008). Cependant, des facteurs de protection peuvent influencer à leur tour ces vulnérabilités. La littérature, basée sur des études translationnelles (animaux, humains), converge vers le postulat selon lequel la dimension relationnelle apportée par l'environnement est fondamentale dans le développement des vulnérabilités physiologiques et psychiques du sujet. Dans ce sens, les relations d'attachement ont été particulièrement étudiées. A l'âge adulte, par exemple, la qualité des représentations d'attachement semble influencer directement l'expression de gènes impliqués dans les réponses hormonales de stress (Biagini, Pich, Carani, Marrama, & Agnati, 1998; Caldji, Diorio, & Meaney, 2000; Dallman, 2000; De Kloet, Rosenfeld, Van Eekelen, Sutanto, & Levine, 1988; Rincon-Cortes & Sullivan, 2014; Romeo, Tang, & Sullivan, 2009; van Oers, de Kloet, Whelan, & Levine, 1998), illustrant ainsi une perspective épigénétique. Traumatismes précoces et réponses de stress, leur association avec la santé mentale, l'attachement et l'ocytocine Deux objectifs principaux définissent ce travail de doctorat. Le premier est de comprendre comment un événement à portée traumatique, qui a eu lieu pendant la période périnatale, l'enfance ou l'adolescence, peut s'inscrire au niveau physiologique (axe hypotalamico- hypophysaire-surrénalien - axe HPA), au niveau psychopathologique ou encore au niveau de la régulation émotionnelle au cours de l'âge adulte. A ce propos, nous avons évalué les réponses physiologiques (telles que le Cortisol, l'ACTH et l'ocytocine), la présence de psychopathologies (relatives à l'axe I du DSM-IV) et les réponses émotionnelles (telles que la perception au stress) au cours d'une situation de stress de nature psychosociale, induite en laboratoire. Le deuxième objectif de ce travail est de savoir si les représentations d'attachement peuvent médiatiser ces effets, chez des individus exposés à différents événements à portée traumatique. Dans ce but, trois populations ont été considérées. La première est relative à des jeunes adultes nés grands prématurés ; la deuxième, concerne des femmes adultes ayant vécu un ou plusieurs abus sexuels au cours de leur enfance ou de leur adolescence et enfin la troisième est constituée de personnes adultes qui ont survécu à une maladie grave (cancer) pendant leur enfance ou leur adolescence. Enfin, ces trois populations sont comparées à des groupes contrôle. La prise en considération de différents types de traumatismes a permis de relever : premièrement, qu'un événement à portée traumatique de nature différente, peut influencer de manière semblable les structures neuronales, par exemple l'hypocortisolémie ; deuxièmement, qu'un dysfonctionnement de l'axe HPA n'aboutit pas nécessairement à la présence de signes de souffrance mentale ; enfin, des effets protecteurs ont été mis en évidence. Ces facteurs sont sous-tendus, d'un point de vue psychologique, par les représentations d'attachement et, d'un point de vue physiologique, par la sécrétion d'ocytocjne périphérique. Traumatismes précoces et réponses de stress, leur association avec la santé mentale, l'attachement et l'ocytocine -- When an individual is faced by a stressful situation, one of the most notable responses is the activation of the HPA axis, which is characterized by a heightened level of glucocortisoids in the blood. In general, this is an adaptive hormonal response which prepares the individual both physically and cognitively for a specific action (Axelrod & Reisine, 1984; Chrousos & Gold, 1992; N. M. Kaplan, 1988; McEwen, 2004). However, should a person be confronted to stressful situations very early and repeatedly in their development, this physiologic response may be altered and become maladapted (Anand, 1993; Bremner et al., 1995; Meaney et al., 1996; Mirescu et al., 2004; Plotsky & Meaney, 1993; Sapolsky, 2000) which can be associated to emotional (McEwen, 2000) and cognitive disorders(McEwen & Sapolsky, 1995). Throughout adulthood, the result of these psychoneuroendocrine alterations affects the activation of the HPA axis and are noticeable during less intense stressful situations (Graham et al., 1999; Mirescu et al., 2004; Stam et al., 2000; A. Taylor et al., 2000). HPA axis dysregulation appears to represent a factor of vulnerability linked to psychological and physical disorders in adults (Heim, Ehlert, et al., 2000; Heim & Nemeroff, 1999; Heim, Newport, et al., 2008). Nonetheless, these vulnerabilities may be influenced by further protection factors. The literature, based on translational studies (animals and humans), suggests that relationships formed in the context of the individual's environment are fundamental in the development of their physiological and psychological vulnerabilities. Thus, attachment relationships have been particularly studied. In adulthood, for example, the quality of attachment representations appear to influence directly the expression of genes involved in the hormonal responses to stress (Biagini et al., 1998; Caldji et al., 2000; Dallman, 2000; De Kloet et al., 1988; Rincon-Cortes & Sullivan, 2014; Romeo et al., 2009; van Oers et al., 1998). With the goal to study these dimensions, two principal objectives define these doctoral study. The first is to understand how an event considered to be traumatic, which took place during early infancy, infancy, or adolescence, could influence physiology (HPA axis), psychopathology or emotional regulation during adulthood. Therefore we have evaluated the presence of psychopathologies (relative to axis I of the DSM), physiological responses (such as Cortisol, ACTH and oxytocin) and emotional responses (such as perception of stress) throughout a psychosocial stress situation, conducted in a laboratory setting. The second objective of this study is to understand if attachment representations can mediate these effects, in individuals exposed to three different types of traumatic events. Therefore, three populations have been considered. The first is young adults who were born prematurely; the second concerns adult women who have suffered sexual abuse, on one or more occasions, during their childhood or adolescence; finally the third group is constituted of people who have survived a grave childhood illness. These populations were all compared to control groups. The consideration of different types of traumatic events has demonstrated, firstly, that different events which are considered to be traumatic can similarly influence neuronal structures, for example hypocortisolism. Secondly, that an HPA axis disorder does not necessarily lead to the presence of mental signs of distress, as is the case for those born very prematurely. Finally, protective effects were demonstrated, distinctively from a psychological point of view, by attachment representations and furthermore by peripheral oxytocin secretion from a physiological perspective.
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We have analyzed the heat stress response in the yeast Saccharomyces cerevisiae by determining mRNA levels and transcription rates for the whole transcriptome after a shift from 25uC to 37uC. Using an established mathematical algorithm, theoretical mRNA decay rates have also been calculated from the experimental data. We have verified the mathematical predictions for selected genes by determining their mRNA decay rates at different times during heat stress response using the regulatable tetO promoter. This study indicates that the yeast response to heat shock is not only due to changes in transcription rates, but also to changes in the mRNA stabilities. mRNA stability is affected in 62% of the yeast genes and it is particularly important in shaping the mRNA profile of the genes belonging to the environmental stress response. In most cases, changes in transcription rates and mRNA stabilities are homodirectional for both parameters, although some interesting cases of antagonist behavior are found. The statistical analysis of gene targets and sequence motifs within the clusters of genes with similar behaviors shows that both transcriptional and post-transcriptional regulons apparently contribute to the general heat stress response by means of transcriptional factors and RNA binding proteins.
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Background: Design of newly engineered microbial strains for biotechnological purposes would greatly benefit from the development of realistic mathematical models for the processes to be optimized. Such models can then be analyzed and, with the development and application of appropriate optimization techniques, one could identify the modifications that need to be made to the organism in order to achieve the desired biotechnological goal. As appropriate models to perform such an analysis are necessarily non-linear and typically non-convex, finding their global optimum is a challenging task. Canonical modeling techniques, such as Generalized Mass Action (GMA) models based on the power-law formalism, offer a possible solution to this problem because they have a mathematical structure that enables the development of specific algorithms for global optimization. Results: Based on the GMA canonical representation, we have developed in previous works a highly efficient optimization algorithm and a set of related strategies for understanding the evolution of adaptive responses in cellular metabolism. Here, we explore the possibility of recasting kinetic non-linear models into an equivalent GMA model, so that global optimization on the recast GMA model can be performed. With this technique, optimization is greatly facilitated and the results are transposable to the original non-linear problem. This procedure is straightforward for a particular class of non-linear models known as Saturable and Cooperative (SC) models that extend the power-law formalism to deal with saturation and cooperativity. Conclusions: Our results show that recasting non-linear kinetic models into GMA models is indeed an appropriate strategy that helps overcoming some of the numerical difficulties that arise during the global optimization task.
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This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.
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El estudio realizado demuestra la existencia de una polémica entre el uso terapéutico, por parte de profesionales, y el uso con finalidades lúdicas de la práctica que dificulta su implantación en España. Juzgar la eficacia de la biblioterapia es una tarea compleja, puesto que es difícil delimitar hasta qué punto los cambios experimentados por el paciente de deben a su uso o responden a otros factores (medicación u otras terapias). Para potenciar el uso de la biblioterapia, se propone incentivar una cooperación transversal entre profesionales de la salud y de la información para así crear una red de trabajo que garantice la calidad de su aplicación.
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The analysis of the shape of excitation-emission matrices (EEMs) is a relevant tool for exploring the origin, transport and fate of dissolved organic matter (DOM) in aquatic ecosystems. Within this context, the decomposition of EEMs is acquiring a notable relevance. A simple mathematical algorithm that automatically deconvolves individual EEMs is described, creating new possibilities for the comparison of DOM fluorescence properties and EEMs that are very different from each other. A mixture model approach is adopted to decompose complex surfaces into sub-peaks. The laplacian operator and the Nelder-Mead optimisation algorithm are implemented to individuate and automatically locate potential peaks in the EEM landscape. The EEMs of a simple artificial mixture of fluorophores and DOM samples collected in a Mediterranean river are used to describe the model application and to illustrate a strategy that optimises the search for the optimal output.
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En este trabajo se explicitanlos resultados de los análisis esporopoiínicos realizados en múltiples niveles del Cretácico terminal-Terciario basa1 en el sector N:E. de la Península Ibérica. Los datos de los que actualmente se dispone permiten deducir variaciones climáticas significativas entre el Maastrichtiense y el Ilerdiense inferior-medio en el sector pirenaico catalano-aragonés. Es muy evidente que esos cambios climáticos no guardan una relación exacta con el límite actualmente aceptado entre el Cretácico y el Terciario. Finalmente hay que considerar que a faltade datos cronoe~tratigr~cos claramente fiables (vertebrados, micromamíferos, ... ), los datos suministrados por la paleoflora solo permiten aproximaciones, sobre todo si, como sucede en la zona estudiada, los datos corresponden a una sucesión vertical no completamente contínua.
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Un conjunt de professors de les facultats de Química i Farmàcia de la Universitat de Barcelona hem elaborat un material docent en suport electrònic, d"accés lliure a la xarxa, que descriu el procediment pràctic de diverses operacions bàsiques de treball al laboratori químic. L"objectiu principal és crear un material docent que serveixi de suport a l"aprenentatge dels estudiants i a la tasca docent del professorat involucrat en l"ensenyament del treball pràctic en l"etapa d"inici dels estudis universitaris.
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Aquest document conté conversa 02, un "xerrada al sofà després d'un dinar a fora de casa" que forma part del Corpus Oral de Conversa Col·loquial (COC). El COC és un component del Corpus de Català Contemporani de la Universitat de Barcelona (CCCUB), un arxiu de corpus de llengua catalana oral contemporània que ha estat confegit pel grup de recerca Grup d'Estudi de la Variació (GEV) amb la finalitat de contribuir a l'estudi de la variació dialectal, social i funcional en la llengua catalana. Aquest i altres materials del CCCUB són accessibles directament al Dipòsit Digital de la UB (http://diposit.ub.edu) o a través del web del CCCUB (http://www.ub.edu/cccub).