Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60-mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality--lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering--the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955)

Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background:Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods: A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60-mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results: After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality--lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering--the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions: We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955).

Adaptación de la usabilidad del entorno de formación TELMA a las necesidades de los cirujanos expertos

Uno de los principales inconvenientes manifestados por los cirujanos a la hora de llevar a cabo su formación continuada es la elevada carga asistencial que les limita la posibilidad de asistir a cursos y estancias presenciales. Por tanto, los cirujanos necesitan otros métodos formativos distintos a la formación in situ y para ello son de gran utilidad las tecnologías web, como es el caso de la plataforma de e-Learning TELMA, que ofrezcan contenidos didácticos adaptados a cada usuario para que puedan complementar su formación con contenidos multimedia online. Estudios previos de validación de TELMA detectaron diferentes problemas respecto a su diseño y usabilidad, propiciando mayores dificultades de accesibilidad para los cirujanos expertos en relación a los cirujanos noveles. Para corregirlos, en este trabajo se han analizado las deficiencias encontradas y se han propuesto una serie de medidas fundamentadas en un conjunto de directivas de diseño web que se deberían adoptar en futuras versiones de la plataforma TELMA para tratar de solventar estas desigualdades, ofreciendo a todos los usuarios tanto expertos como noveles, las mismas facilidades de accesibilidad.

Estrategias visuales y motrices de los porteros expertos de fútbol sala en tareas de intercepción bajo presión temporal y espacial

En los últimos años, la investigación se ha preocupado crecientemente sobre la anticipación visual de los deportistas en deportes de intercepción (e.g.,Van der Kamp, Rivas, Van Doorn y Savelsbergh, 2008). Estos trabajos han mostrado de forma consistente que el rendimiento de los deportistas está regulado por tres factores que interactúan. El primero, la estructura y la dinámica de la tarea estipulan los márgenes espaciales y temporales en los que actuar (e.g., Vilar, Araújo, Davids, Correia y Esteves, 2012). También, cómo los deportistas extraen y utilizan la información disponible del entorno sobre la que guiar su conducta (e.g., Savelsbergh, Williams, Van der Kamp y Ward, 2002). Y el tercero se refiere a su anticipación y tiempos de movimiento (e.g., Dicks, Davids y Button, 2010b). El objetivo del estudio fue evaluar la evolución de las estrategias visuales y motrices cuando se manipulan las demandas espacio-temporales así como la fiabilidad de la información. Para ello, se examinaron doce porteros expertos de fútbol sala in situ mientras recibían tiros de penalti en cuatro condiciones que diferían en cuanto a distancia de disparo (penaltis desde 6 m vs. dobles penaltis desde 10m) y a la estrategia de engaño del oponente (tiros normales vs. tiros conengaño). Se grabó el rendimiento y sus tiempos de movimiento utilizando una cámara de alta velocidad (120fps) y se registró su mirada mientras intentaban interceptar los disparos empleando el sistema portátil de seguimiento de la mirada ASL MobileEye. Se analizaron las medidas derivadas de los análisis de los vídeos a través de una prueba de ANOVA (Friedman o Medidas Repetidas) y se hizo un análisis discriminante para extraer las variables del rendimiento: gol vs. parada. Los porteros pararon más tiros (61% vs. 23%), obtuvieron valores de rendimiento más altos ( 4.1 vs. 2.1 sobre 5), y acertaron el lado más frecuentemente (97% vs. 53%) en los tiros de dobles penaltis comparado con los tiros de penalti. El engaño tuvo un efecto nulo en el rendimiento de los porteros, excepto para el número de correcciones entre dobles penaltis, donde corrigieron su movimiento inicial de parada hacia el otro lado en un 23% de los tiros con engaño por un 12% en los tiros normales. Los participantes iniciaron su acción de parada antes en los penaltis comparado con los dobles penalti, no encontrándose ningún efecto de la estrategia de engaño en los tiempos de movimiento. Esas diferencias entre distancias fueron notables en las medidas del tronco y de los pies (339 y 330 ms respectivamente), los cuales pasaron de valores negativos(movimiento antes del golpeo) en los penaltis, a valores positivos (movimiento después del golpeo) en los dobles penaltis. Sin embargo, los tiempos de los brazos se mantuvieron cercanos a los 200 ms en ambos tiros de penaltis y de dobles penaltis (23 ms de diferencia media). El análisis de los patrones visuales reveló una remarcable variabilidad, tanto entre participantes como intra participantes, aunque emergió un patrón general. Los porteros tendieron a mirar hacia el cuerpo del tirador (sobre todo la cabeza) durante el comienzo de la carrera de aproximación y después, según avanzaba el jugador hacia el balón apartaban su mirada del jugador y la dirigían hacia el balón (o zona entre el balón y la pierna de apoyo). Los porteros miraron durante más tiempo al cuerpo y cambiaron de foco hacia el balón más tarde en los tiros de penalti con respecto a los tiros de doble penal ti. Así pues, este cambio de foco visual corporal hacia el balón pareció estar relacionado con los determinantes espacio-temporales (i.e., 6 vs. 10 m] más que con las estrategias de engaño del tirador o con el tiempo de inicio de los participantes. Tanto los tiros de penalti (6 m] como los de doble penalti (10 m) fueron menos veloces en los tiros con engaño en comparación con los tiros normales .. El análisis discriminante encontró que la distancia horizontal al centro (balón situado más cerca del portero) fue crucial para parar el doble penalti, siendo menos importante para el caso de los penaltis; viceversa sucedió con el tiempo de visión en los primeros momentos de vuelo del balón, resultando más predictivo de la parada en el caso de los penaltis que el de los dobles penaltis. Los resultados sugieren el uso de diferentes estrategias viso-motoras en función de la distancia de disparo. En los tiros de doble penalti (desde 10 m], los participantes esperaron a ver la información del balón (obteniendo información del golpeo y del vuelo) para coordinar sus acciones en función de esa información más fiable (Diaz, Fajen y Phillips, 2012). Así, comenzaron su acción de parada sobre los 200 ms después del golpeo, lo que les permitió moverse de forma constante hacia el mismo lado del balón, pero les dejó sin tiempo suficiente para alcanzar el balón en los casos en los que éste fue relativamente ajustado al palo. Por el contrario, en los tiros de penalti [desde 6 m], los porteros generalmente empezaron a moverse antes del golpeo, para aumentar su margen temporal de acción y así aumentar sus opciones de llegar a los balones escorados(en caso de haber acertado el lado). Esto les obligó a basar sus acciones en información temprana menos predictiva [más tiempo de visión en el cuerpo y cambio de foco más tardío) lo que les provocó un detrimento en el rendimiento. Por ejemplo, en los tiros de penalti los porteros acertaron el lado en sólo en la mitad de los casos. Así, en los penaltis los porteros se movieron hacia nno de los lados (i.e., derecha o izquierda) independientemente de la dirección final de tiro, mientras que en los dobles se encontró una relación de dependencia entre la trayectoria de los tiros y la dirección de la acción de parada (Kuhn, 1988). Por otra parte, los tiempos de inicio del movimiento del tronco y de los pies en los dobles fueron relativamente similares, mientras que en los tiros de penalti la diferencia entre participantes aumentó. Esto podría indicar que la variabilidad en el tiempo de inicio de la parada entre participantes podría verse influenciada por las demandas espacio-temporales. Por último, las intenciones de engaño de los tiradores afectaron su capacidad de tiro (más despacio) pero no provocaron ningún efecto observable en el rendimiento, tiempo de movimiento o patrones visuales de los porteros. La presentación aleatoria de los tiros en cuanto a estrategia podría haber impedido que los porteros establecieran relaciones entre las variables ópticas tempranas (i.e., información del cuerpo del tirador) y la dirección final de tiro (pero ver Dicks, Button y Davids, 2010a).

Una casa para Einstein: Konrad Wachsmann y la evolucion de un modelo prefabricado desde las casas "Christoph & Unmack A.G." al "General Panel System"

Este artículo estudia la evolución de un modelo de vivienda prefabricada en madera, ejemplificada en la casita de verano que construye Konrad Wachsmann para Albert Einstein en 1929 en Caputh, cerca de Potsdam. El físico deseaba construirse un "lugar de descanso", eligiendo la construcción en madera por su facilidad y rapidez de montaje, adaptabilidad, calidez y para que armonizara mejor con el medio ambiente en el paraje donde se insertaba. Konrad Wachsmann, que trabajaba para la firma de viviendas prefabricadas en madera "Christoph&Unmack A.G." le presentará un modelo prefabricado moderno. Esta tipología, que había evolucionado desde los diseños iniciales "nórdico escandinavos", pasando por el "jugendstil", hasta introducir un nuevo lenguaje de líneas puras, cubierta plana, y grandes ventanales iniciado por Poelzig, será ligeramente modificada por Einstein, que finalmente adjudica el encargo. Ayudado por Einstein a trasladarse a EEUU, Konrad Wachsmann continuará allí la labor de investigación sobre vivienda prefabricada junto con Walter Gropius, que dará como resultado el "General Panel System" y sus conocidas "Packaged Houses". A HOUSE FOR EINSTEIN: KONRAD WACHSMANN AND THE EVOLUTION OF A PREFABRICATED WOODEN HOUSING MODEL FROM " CHRISTOPH & UNMACK A.G." TO "GENERAL PANEL SYSTEM". This article studies the evolution of a prefabricated wooden housing model, exemplified in the summer house built by Konrad Wachsmann for Albert Einstein in 1929, in Caputh, near Potsdam. The Physician wanted to build a "resting house", choosing a wood construction because of its easy and fast assembly, adaptability, warmth and harmony with the environment where it would be inserted. Konrad Wachsmann, who worked for the wooden prefabricated houses firm "Christoph & Unmack AG", proposed Einstein a modern prefabricated wood model. This typology, which had evolved from the initial "Nordic Scandinavian" and "Jugendstil" designs to a new modern language initiated by Poelzig (with clean lines, flat roof, and large windows) will be slightly modified by Einstein, that finally hired the construction of the house. Aided by Einstein to move to USA, Konrad Wachsmann continued there his research work about prefabricated houses with Walter Gropius, giving as a results the "General Panel System" and the popular "Packaged Houses".

Estudio de la viabilidad económica de la tecnología de captura y almacenamiento de Co2

El informe más reciente del Grupo Intergubernamental de Expertos sobre el Cambio Climático (IPCC) define que las emisiones globales de CO2 deben ser recortados en un 50-80 % para el año 2050 con el fin de evitar los efectos más dañinos del cambio climático. El mundo depende actualmente de los combustibles fósiles para satisfacer el 80% de sus necesidades energéticas. La demanda de energía va en aumento y no se puede satisfacer a medio plazo únicamente por las energías renovables. Para hacer frente a los retos de esta creciente demanda de energía y la necesidad de reducir rápidamente emisiones de CO2, se necesita, entre otros, el uso de tecnologías de captura y almacenamiento de CO2. En el presente trabajo se analiza técnicamente esta tecnología y se comparan los costos de la misma según los estudios más importantes que actualmente están publicados. ABSTRACT The most recent report from the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) concluded that global CO2 emissions need to be cut by 50-80% by 2050 in order to avoid the most damaging effects of climate change. The world currently relies on fossil fuels to meet 80% of its energy needs. The demand for energy is increasing and cannot be met in the medium term solely by renewables. To address the challenges of this rising demand for energy and the need to rapidly reduce CO2 emissions, is needed, among others, the CO2 capture and storage technologies. In this paper, this technology is technically analyzed and compared the costs thereof as the most important studies that are currently published.

Explicit Expressions for Solar Panel Equivalent Circuit Parameters Based on Analytical Formulation and the Lambert W-Function

Due to the high dependence of photovoltaic energy efficiency on environmental conditions (temperature, irradiation...), it is quite important to perform some analysis focusing on the characteristics of photovoltaic devices in order to optimize energy production, even for small-scale users. The use of equivalent circuits is the preferred option to analyze solar cells/panels performance. However, the aforementioned small-scale users rarely have the equipment or expertise to perform large testing/calculation campaigns, the only information available for them being the manufacturer datasheet. The solution to this problem is the development of new and simple methods to define equivalent circuits able to reproduce the behavior of the panel for any working condition, from a very small amount of information. In the present work a direct and completely explicit method to extract solar cell parameters from the manufacturer datasheet is presented and tested. This method is based on analytical formulation which includes the use of the Lambert W-function to turn the series resistor equation explicit. The presented method is used to analyze commercial solar panel performance (i.e., the current-voltage–I-V–curve) at different levels of irradiation and temperature. The analysis performed is based only on the information included in the manufacturer’s datasheet.

Explicit expressions for solar panel equivalent circuit parameters based on analytical formulation and the Lambert W - Function

Due to the high dependence of photovoltaic energy efficiency on environmental conditions (temperature, irradiation...), it is quite important to perform some analysis focusing on the characteristics of photovoltaic devices in order to optimize energy production, even for small-scale users. The use of equivalent circuits is the preferred option to analyze solar cells/panels performance. However, the aforementioned small-scale users rarely have the equipment or expertise to perform large testing/calculation campaigns, the only information available for them being the manufacturer datasheet. The solution to this problem is the development of new and simple methods to define equivalent circuits able to reproduce the behavior of the panel for any working condition, from a very small amount of information. In the present work a direct and completely explicit method to extract solar cell parameters from the manufacturer datasheet is presented and tested. This method is based on analytical formulation which includes the use of the Lambert W-function to turn the series resistor equation explicit. The presented method is used to analyze the performance (i.e., the I - V curve) of a commercial solar panel at different levels of irradiation and temperature. The analysis performed is based only on the information included in the manufacturer's datasheet.

Una casa para Einstein: Konrad Wachsmann y la evolución de un modelo prefabricado desde las casas "Christoph & Unmack A. G." al "General Panel System"

Este artículo estudia la evolución del modelo de vivienda prefabricada en madera que construye Konrad Wachsmann para Einstein en 1929 en Caputh, cerca de Potsdam. El físico deseaba construirse un "lugar de descanso", eligiendo la construcción en madera por su facilidad y rapidez de montaje, adaptabilidad, calidez y para que armonizara mejor con el medio ambiente. Wachsmann, que trabajaba para la firma "Christoph & Unmack A.G." le presentará un modelo prefabricado moderno. Esta tipología, evolucionada desde los diseños "nórdico-escandinavo" y "jugendstil", hasta introducir un nuevo lenguaje de líneas puras, cubierta plana, y grandes ventanales, será ligeramente modificada por Einstein, que finalmente adjudica el encargo. Wachsmann continuará la labor de investigación sobre vivienda prefabricada junto con Gropius en EEUU, que dará como resultado el "General Panel System" y sus conocidas "Packaged Houses".

¿Qué conocemos sobre el comportamiento anticipatorio de los jugadores de tenis expertos durante el resto de un primer servicio?

En el caso específico de la tarea de resto de un primer servicio en tenis, el defensor debe hacer frente a enormes exigencias temporales. El 50 – 70 % de todos los puntos de un partido dependen de la calidad del servicio o del resto. Los servidores profesionales de excelencia logran 8 – 14 aces en un partido al mejor de tres set. Los cuales equivalen al 10.2 – 17.9 % de todos los primeros servicios ejecutados (Schonborn, 1999). Además, ellos son capaces deimprimirle a la bola una velocidad media de 202 km/h (Michikami y cols., 2003). Por este motivo, parece de manera evidente que el tiempo de reacción del jugador debe ser el más corto posible y el dinamismo de su respuesta viene a ser un requisito fundamental porque la bola tarda aproximadamente 0.4 segundos en llegar a la zona del restador (USPTA, 2005). Por lo tanto, de un punto de vista comportamental, los jugadores de tenis aprenden a emplear una secuencia muy particular y sistemática que consiste en efectuar un split step (despegue) en los instantes previos al golpe del oponente para retomar el contacto con el suelo (caída) en los momentos consecutivos al golpe adverso y así contribuir a un explosivo desplazamiento lateral hacia la dirección de la bola. Según Schmidt (1993) el jugador utiliza dos tipos diferentes de anticipación. En primer lugar, la anticipación temporal, relacionada a un evento evidente que va a suceder donde el sujeto debe ser capaz de prever en que instante ocurrirá. Por ejemplo "anticipar el instante del contacto bola-raqueta ». Segundo, la anticipación espacial (o del evento) que permite ayudar al jugador a predecir lo que posiblemente va a pasar en el ambiente para organizar su movimiento con antelación. Por ejemplo, « pr edecir si el atacante en tenis va a dirigir la bola hacia la izquierda o hacia la derecha ».

Evolution over time of heavy vehicle volume in toll roads: A dynamic panel data to identify key explanatory variables in Spain

Improving the knowledge of demand evolution over time is a key aspect in the evaluation of transport policies and in forecasting future investment needs. It becomes even more critical for the case of toll roads, which in recent decades has become an increasingly common device to fund road projects. However, literature regarding demand elasticity estimates in toll roads is sparse and leaves some important aspects to be analyzed in greater detail. In particular, previous research on traffic analysis does not often disaggregate heavy vehicle demand from the total volume, so that the specific behavioral patternsof this traffic segment are not taken into account. Furthermore, GDP is the main socioeconomic variable most commonly chosen to explain road freight traffic growth over time. This paper seeks to determine the variables that better explain the evolution of heavy vehicle demand in toll roads over time. To that end, we present a dynamic panel data methodology aimed at identifying the key socioeconomic variables that explain the behavior of road freight traffic throughout the years. The results show that, despite the usual practice, GDP may not constitute a suitable explanatory variable for heavy vehicle demand. Rather, considering only the GDP of those sectors with a high impact on transport demand, such as construction or industry, leads to more consistent results. The methodology is applied to Spanish toll roads for the 1990?2011 period. This is an interesting case in the international context, as road freight demand has experienced an even greater reduction in Spain than elsewhere, since the beginning of the economic crisis in 2008.

Explaining light vehicle demand evolution in interurban toll roads: a dynamic panel data analysis in Spain

Tolls have increasingly become a common mechanism to fund road projects in recent decades. Therefore, improving knowledge of demand behavior constitutes a key aspect for stakeholders dealing with the management of toll roads. However, the literature concerning demand elasticity estimates for interurban toll roads is still limited due to their relatively scarce number in the international context. Furthermore, existing research has left some aspects to be investigated, among others, the choice of GDP as the most common socioeconomic variable to explain traffic growth over time. This paper intends to determine the variables that better explain the evolution of light vehicle demand in toll roads throughout the years. To that end, we establish a dynamic panel data methodology aimed at identifying the key socioeconomic variables explaining changes in light vehicle demand over time. The results show that, despite some usefulness, GDP does not constitute the most appropriate explanatory variable, while other parameters such as employment or GDP per capita lead to more stable and consistent results. The methodology is applied to Spanish toll roads for the 1990?2011 period, which constitutes a very interesting case on variations in toll road use, as road demand has experienced a significant decrease since the beginning of the economic crisis in 2008.

Nematodes as indicators of the effect of soil fumigants on soil functioning

Debido al futuro incierto de la mayor parte de los fumigantes edáficos usados actualmente en la Unión Europea, que pueden implicar riesgos para la salud humana/animal y el medio ambiente, es necesario desarrollar programas de manejo integrado para el control de plagas de cultivos. Estos programas se incluyen como obligatorios en el Reglamento (EC) No. 1107/2009. De acuerdo con este Reglamento, es obligatoria la evaluación del riesgo asociado al uso de productos fitosanitarios sobre los organismos edáficos no diana y sus funciones, además de llevar a cabo ensayos con diferentes especies indicadoras para obtener datos de toxicidad que puedan ser usados posteriormente en la evaluación de riesgo. Sin embargo, la baja representatividad de algunas de estas especies indicadoras en el área Mediterránea supone una gran limitación. En esta situación, el Panel Científico de Productos Fitosanitarios y sus Residuos de la Autoridad Europea en Seguridad Alimentaria (EFSA), ha señalado la necesidad de modificar los datos ecotoxicológicos requeridos para evaluar los efectos adversos de los productos fitosanitarios de una manera más integrada, incluyendo criterios funcionales y estructurales mediante organismos como bacterias, hongos, protozoos y nematodos. De este modo, la EFSA ha recomendado el uso de los nematodos en la evaluación de la funcionalidad y estructura del suelo. Los nematodos están globalmente distribuidos y son morfológicamente diversos; esto junto con su gran abundancia y diversidad de respuestas a las perturbaciones edáficas, los convierte en indicadores adecuados del estado del suelo. Puesto que los nematodos interaccionan con muchos otros organismos que participan en diferentes eslabones de la red trófica edáfica, jugando papeles importantes en procesos edáficos esenciales en los agroescosistemas, la diversidad de nematodos es, a menudo, usada como indicador biológico de los efectos de las prácticas agrícolas en el estado del suelo. En los últimos años, diferentes índices basados en la comunidad nematológica han facilitado la interpretación de datos complejos sobre la ecología del suelo. Los índices de la red trófica edáfica, basados en la abundancia de grupos funcionales definidos como grupos C-P y grupos tróficos, permiten la evaluación de la funcionalidad de la red trófica edáfica. Por otra parte, la dificultad en la identificación taxonómica de nematodos para explicar su uso limitado como indicadores ecológicos, es ampliamente discutida, y existe cierta controversia en cuanto a la eficacia de los diferentes métodos de identificación de nematodos. Se argumenta que la identificación morfológica es difícil y puede llevar mucho tiempo debido a la falta de expertos especializados, y se afirma que las técnicas moleculares pueden resolver algunas limitaciones de las técnicas morfológicas como la identificación de juveniles. Sin embargo, los métodos de identificación molecular tienen también limitaciones; la mayoría de las bases de datos de secuencias de ADN están fuertemente orientadas hacia los nematodos fitoparásitos, los cuales representan sólo una parte de la comunidad edáfica de nematodos, mientras que hay poca información disponible de nematodos de vida libre a pesar de representar la mayoría de los nematodos edáficos. Este trabajo se centra en el estudio de los efectos de fumigantes edáficos en la funcionalidad del suelo a través del uso de diferentes indicadores basados en la comunidad de nematodos, como los índices de la red trófica, índices de diversidad, abundancia de los taxones más relevantes etc. También se han analizado otros indicadores funcionales relacionados con la supresividad edáfica, el ciclo de nutrientes o la actividad de la microfauna del suelo. En el capítulo 1, la diversidad de nematodos estudiada en una explotación comercial de fresa y sus alrededores durante dos campañas consecutivas en el suroeste español, fue baja en los suelos fumigados con fumigantes químicos ambas campañas y, aunque se observó una recuperación a lo largo de la campaña en la zona tratada, los suelos fumigados mostraron una condición perturbada permanente. La comunidad de nematodos estuvo más asociada al ciclo de nutrientes en la zona sin cultivar que en los suelos cultivados, y se observó poca relación entre la biomasa de las plantas y la estructura de la comunidad de nematodos. Los surcos sin tratar dentro de la zona de cultivo funcionaron como reservorio tanto de nematodos fitoparásitos como beneficiosos; sin embargo estas diferencias entre los surcos y los lomos de cultivo no fueron suficientes para mantener la supresividad edáfica en los surcos. Los suelos tratados fueron menos supresivos que los suelos sin tratar, y se observaron correlaciones positivas entre la supresividad edáfica y la estructura de la red trófica edáfica y la diversidad de nematodos. En el capítulo 2, se evaluaron los efectos de dos pesticidas orgánicos con efecto nematicida y dos nematicidas convencionales sobre las propiedades físico químicas del suelo, la diversidad de nematodos y la biomasa de las plantas en condiciones experimentales en dos tipos de suelo: suelos agrícolas poco diversos y suelos provenientes de una zona de vegetación natural muy diversos. El mayor efecto se observó en el tratamiento con neem, el cual indujo un gran incremento en el número de dauerlarvas en los suelos pobres en nutrientes, mientras que el mismo tratamiento indujo un incremento de poblaciones de nematodos bacterívoros, más estables y menos oportunistas, en los suelos del pinar ricos en materia orgánica. En el capítulo 3, se comparó la eficacia de métodos moleculares (TRFLP, Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) y morfológicos (microscopía de alta resolución) para la identificación de diferentes comunidades denematodos de España e Irlanda. Se compararon estadísticamente las diferencias y similitudes en la diversidad de nematodos, otros indicadores ecológicos y de la red trófica edáfica. Las identificaciones mediante el uso de TRFLP sólo detectó un porcentaje de los taxones presentes en las muestras de suelo identificadas morfológicamente, y los nematodos omnívoros y predadores no fueron detectados molecularmente en nuestro estudio. Los índices calculados en base a los nematodos micróboros mostraron más similitud cuando se identificaron morfológica y molecularmente que los índices basados en grupos tróficos más altos. Nuestros resultados muestran que, al menos con la técnica usada en este estudio, la identificación morfológica de nematodos es una herramienta fiable y más precisa que la identificación molecular, puesto que en general se obtiene una mayor resolución en la identificación de nematodos. En el capítulo 4, se estudiaron también los efectos de los nematicidas químicos sobre la comunidad de nematodos y la biomasa de las plantas en condiciones experimentales de campo, donde se aplicaron en una rotación de cultivo judía-col durante un ciclo de cultivo. Se aplicaron dos tipos de enmiendas orgánicas con el objetivo de mitigar el efecto negativo de los productos fitosanitarios sobre la diversidad edáfica. El efecto de los nematicidas sobre las propiedades del suelo y sobre la comunidad de nematodos fue más agudo que el efecto de las enmiendas. La incorporación de los restos de cosecha al final del ciclo de cultivo de la judía tuvo un gran efecto sobre la comunidad de nematodos, y aunque el número total de nematodos incrementó al final del experimento, se observó una condición perturbada permanente de la red trófica edáfica a lo largo del experimento. ABSTRACT Due to the uncertain future of the soil fumigants most commonly used in the EU, that might involve risks for human/animal health and the environment, there is a need to develop new integrated pest management programs, included as mandatory in the Regulation (EC) No. 1107/2009, to control crop diseases. According to this Regulation, evaluating the risk associated to the use of the plant production products (PPP) on non-target soil fauna and their function, and developing assays with different indicator species to obtain toxicity data to be used in the risk evaluation is mandatory. However, the low representativeness of some of these indicator species in the Mediterranean area is a relevant limitation. In this situation, the Scientific Panel of Plant Protection Products and their Residues of the European Food Safety Authority (EFSA) has pointed out the necessity of modifying the ecotoxicological data set required to evaluate non-target effects of PPP in a more integrated way, including structural and functional endpoints with organism such as bacteria, fungi, protists and nematodes. Thus, EFSA has recommended the use of nematodes in the assessment of the functional and structural features of the soil. Nematodes are globally distributed and morphologically diverse, and due to their high abundance and diversity of responses to soil disturbance, they are suitable indicators of the soil condition. Since nematodes interact with many other organisms as participants in several links of the soil food web, playing important roles in essential soil processes in agroecosystems, nematode diversity is often used as a biological indicator of the effects of agricultural practices on soil condition. In the last years, various indices based on soil nematode assemblages, have facilitated the interpretation of complex soil ecological data. Soil food web indices based on the abundances of functional guilds defined by C-P groups and trophic groups, permit evaluating soil food web functioning. On the other hand, the difficulty of nematode taxonomical identification is commonly argued to explain their limited used as ecological indicators, and there is a certain controversy in terms of the efficacy of various nematode identification methods. It is argued that the morphological identification is difficult and time consuming due to the lack of specialist knowledge, and it is claimed that molecular techniques can solve some limitations of morphological techniques such as the identification of juveniles. Nevertheless, molecular identification methods are limited too, since most of the DNA-based databases are strongly oriented towards plant-parasitic nematodes that represent only a fraction of the soil nematode community, while there is little information available on free-living nematodes, which represent most soil nematodes. This work focuses on the study of the effects of soil fumigants on soil functioning through the use of different indicators based on soil nematode community as soil food web indices, diversity indices, the abundance of more relevant taxa etc. Other functional indicators related to soil suppressiveness, nutrient cycling, or the activity of soil microfauna have been also studied. In chapter 1, nematode diversity assessed in a commercial strawberry farm and its surroundings for two consecutive growing seasons in southern Spain, was low in fumigated soils with chemical pesticides throughout both seasons and, although yearly recovery occurred within the treated fields, fumigated soils showed a permanent perturbed condition. The nematode community was more closely associated to nutrient cycling in the non-cropped than in the cropped soils, and the link between plant biomass and nematode community structure was weak. Non-treated furrows within the treated fields were a reservoir of both beneficial and plant-parasitic nematodes, but such difference between furrows and beds was not enough to maintain more suppressive soil assemblages in the furrows. Treated soils were less suppressive than unmanaged soils, and there was a positive and significant correlation between soil suppressiveness and soil food web structure and diversity. In chapter 2, the effects of two organic pesticides with nematicide effect and two chemical nematicides on soil physicalchemical properties, soil nematode diversity and plant biomass in experimental conditions were assessed in two types of soils: low diversity soils from an agricultural farm, and high diversity soils from a natural vegetation area. The larger effect was observed on the neem treatment, which induced a large boost of dauer juveniles in the nutrient-depleted soil, while the same treatment induced the increase of more stable, less opportunistic, populations of generalist bacterivore nematodes in the pine forest soil, rich in organic matter. In chapter 3, comparison of the efficiency of molecular (TRFLP, Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) and morphological (microscopy at high magnification) identification methods was carried out in different nematode communities from five sites of different land uses in Spain and Ireland. Differences and similarities on nematode diversity and other ecological and soil food web indices assessed by both methods, were statistically compared. Molecular identification with TRFLP only detected a percentage of the taxa present in the soil samples identified morphologically, and omnivores and predators were not detected molecularly in our study. Indices involving microbial feeding nematodes were more similar between identification methods than indices involving higher trophic links. Our results show that, at least with the technique used in this study, identifying nematodes morphologically is a reliable and more precise identification tool than molecular identification, since a higher taxonomic resolution is in general obtained compared to TRFLP. In chapter 4, the effect of chemical nematicides on nematode community descriptors and plant biomass was also studied in field conditions in an experimental area in which dazomet and dimethyl disulfide was applied in a bean-cabbage rotation system for a single season. Organic amendments were incorporated into the soil with the aim of mitigate the negative effect of the pesticides on soil diversity. The effect of the nematicides was much more noticeable than the effect of the amendments on soil properties and nematode community descriptors. The incorporation of bean crop residues into the soil at the end of bean crop cycle affected soil nematode community descriptors to a great extent, and although total number of nematodes increased at the end of the experiment, a permanent perturbed soil food web condition was observed along the experiment.

Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite

The use of microsatellite markers in large-scale genetic studies is limited by its low throughput and high cost and labor requirements. Here, we provide a panel of 45 multiplex PCRs for fast and cost-efficient genome-wide fluorescence-based microsatellite analysis in grapevine. The developed multiplex PCRs panel (with up to 15-plex) enables the scoring of 270 loci covering all the grapevine genome (9 to 20 loci/chromosome) using only 45 PCRs and sequencer runs. The 45 multiplex PCRs were validated using a diverse grapevine collection of 207 accessions, selected to represent most of the cultivated Vitis vinifera genetic diversity. Particular attention was paid to quality control throughout the whole process (assay replication, null allele detection, ease of scoring). Genetic diversity summary statistics and features of electrophoretic profiles for each studied marker are provided, as are the genotypes of 25 common cultivars that could be used as references in other studies.

Selection, training and validation process of a sensory panel for bread analysis: Influence of cultivar on the quality of breads made from common wheat and spelta wheat

A protocol of selection, training and validation of the members of the panel for bread sensory analysis is proposed to assess the influence of wheat cultivar on the sensory quality of bread. Three cultivars of bread wheat and two cultivars of spelt wheat organically-grown under the same edaphoclimatic conditions were milled and baked using the same milling and baking procedure. Through the use of triangle tests, differences were identified between the five breads. Significant differences were found between the spelt breads and those made with bread wheat for the attributes ?crumb cell homogeneity? and ?crumb elasticity?. Significant differences were also found for the odor and flavor attributes, with the bread made with ?Espelta Navarra? being the most complex, from a sensory point of view. Based on the results of this study, we propose that sensory properties should be considered as breeding criteria for future work on genetic improvement.