Les cadres de lectures alternatifs : une approche non-conventionnelle pour le développement de vecteurs vaccinaux

Introduction: Les cadres de lectures alternatifs (CLA) sont utilisés par de multiples virus afin de générer plusieurs protéines à partir d'une seule séquence nucléotidique. Les épitopes dits « cryptiques », c’est-à-dire les épitopes dérivés de protéines codées dans des CLAs, ont étés dernièrement l’objet de différentes études portant sur la réponse immunitaire antivirale et les lymphocytes T cytotoxiques. Méthodologie: Afin de vérifier le potentiel immunogène d'épitopes encodés dans des CLAs programmés, trois cassettes ont été construites pour mener à l'expression de trois épitopes bien caractérisés (épitope GAG77–85 du virus de l'immunodéficience humaine de type 1; épitope NS31406-1415 du virus de l'hépatite C; épitope core18-27 du virus de l'hépatite B) à partir de trois cadres de lectures superposés. La première cassette permet une initiation alternative de la traduction, la deuxième comprend deux signaux bipartites en tandem permettant un frameshift ribosomique et la troisième est une cassette contrôle. Ces éléments ont été introduits dans des vecteurs adénoviraux. Les virions générés ont servi à immuniser des souris C57BL/6 transgéniques pour HLA-A*0201 et HLA-DR1. La réponse immunitaire induite une semaine post-immunisation a été mesurée par essai ELISpot IFN . Résultats: Dans le contexte de cassettes vaccinales, les peptides dérivés d'une initiation alternative de traduction et de changement de cadre de lecture ribosomique ribosomal peuvent être exprimés et détectés par le système immunitaire dans un modèle animal. Conclusion: Ces expériences suggèrent la possibilité de développer de nouvelles stratégies vaccinales dans le but de prévenir ou de guérir certaines maladies associées aux infections virales chroniques telles que celles causées par le virus de l’immunodéficience humaine et le virus de l’hépatite C.

Différents procédés statistiques pour détecter la non-stationnarité dans les séries de précipitation

Ce mémoire a pour objectif de déterminer si les précipitations convectives estivales simulées par le modèle régional canadien du climat (MRCC) sont stationnaires ou non à travers le temps. Pour répondre à cette question, nous proposons une méthodologie statistique de type fréquentiste et une de type bayésien. Pour l'approche fréquentiste, nous avons utilisé le contrôle de qualité standard ainsi que le CUSUM afin de déterminer si la moyenne a augmenté à travers les années. Pour l'approche bayésienne, nous avons comparé la distribution a posteriori des précipitations dans le temps. Pour ce faire, nous avons modélisé la densité \emph{a posteriori} d'une période donnée et nous l'avons comparée à la densité a posteriori d'une autre période plus éloignée dans le temps. Pour faire la comparaison, nous avons utilisé une statistique basée sur la distance d'Hellinger, la J-divergence ainsi que la norme L2. Au cours de ce mémoire, nous avons utilisé l'ARL (longueur moyenne de la séquence) pour calibrer et pour comparer chacun de nos outils. Une grande partie de ce mémoire sera donc dédiée à l'étude de l'ARL. Une fois nos outils bien calibrés, nous avons utilisé les simulations pour les comparer. Finalement, nous avons analysé les données du MRCC pour déterminer si elles sont stationnaires ou non.

Les modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives de séries chronologiques.

L'objectif du présent mémoire vise à présenter des modèles de séries chronologiques multivariés impliquant des vecteurs aléatoires dont chaque composante est non-négative. Nous considérons les modèles vMEM (modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives) présentés par Cipollini, Engle et Gallo (2006) et Cipollini et Gallo (2010). Ces modèles représentent une généralisation au cas multivarié des modèles MEM introduits par Engle (2002). Ces modèles trouvent notamment des applications avec les séries chronologiques financières. Les modèles vMEM permettent de modéliser des séries chronologiques impliquant des volumes d'actif, des durées, des variances conditionnelles, pour ne citer que ces applications. Il est également possible de faire une modélisation conjointe et d'étudier les dynamiques présentes entre les séries chronologiques formant le système étudié. Afin de modéliser des séries chronologiques multivariées à composantes non-négatives, plusieurs spécifications du terme d'erreur vectoriel ont été proposées dans la littérature. Une première approche consiste à considérer l'utilisation de vecteurs aléatoires dont la distribution du terme d'erreur est telle que chaque composante est non-négative. Cependant, trouver une distribution multivariée suffisamment souple définie sur le support positif est plutôt difficile, au moins avec les applications citées précédemment. Comme indiqué par Cipollini, Engle et Gallo (2006), un candidat possible est une distribution gamma multivariée, qui impose cependant des restrictions sévères sur les corrélations contemporaines entre les variables. Compte tenu que les possibilités sont limitées, une approche possible est d'utiliser la théorie des copules. Ainsi, selon cette approche, des distributions marginales (ou marges) peuvent être spécifiées, dont les distributions en cause ont des supports non-négatifs, et une fonction de copule permet de tenir compte de la dépendance entre les composantes. Une technique d'estimation possible est la méthode du maximum de vraisemblance. Une approche alternative est la méthode des moments généralisés (GMM). Cette dernière méthode présente l'avantage d'être semi-paramétrique dans le sens que contrairement à l'approche imposant une loi multivariée, il n'est pas nécessaire de spécifier une distribution multivariée pour le terme d'erreur. De manière générale, l'estimation des modèles vMEM est compliquée. Les algorithmes existants doivent tenir compte du grand nombre de paramètres et de la nature élaborée de la fonction de vraisemblance. Dans le cas de l'estimation par la méthode GMM, le système à résoudre nécessite également l'utilisation de solveurs pour systèmes non-linéaires. Dans ce mémoire, beaucoup d'énergies ont été consacrées à l'élaboration de code informatique (dans le langage R) pour estimer les différents paramètres du modèle. Dans le premier chapitre, nous définissons les processus stationnaires, les processus autorégressifs, les processus autorégressifs conditionnellement hétéroscédastiques (ARCH) et les processus ARCH généralisés (GARCH). Nous présentons aussi les modèles de durées ACD et les modèles MEM. Dans le deuxième chapitre, nous présentons la théorie des copules nécessaire pour notre travail, dans le cadre des modèles vectoriels et multiplicatifs avec erreurs non-négatives vMEM. Nous discutons également des méthodes possibles d'estimation. Dans le troisième chapitre, nous discutons les résultats des simulations pour plusieurs méthodes d'estimation. Dans le dernier chapitre, des applications sur des séries financières sont présentées. Le code R est fourni dans une annexe. Une conclusion complète ce mémoire.

Concept de non-violence chez le théologien processuel David Ray Griffin entre la guerre du Vietnam et celle d'Iraq (1968-2008)

La non-violence fait référence à une idéologie et un ensemble de pratiques qui ont pour caractéristique commune de rejeter la violence sous toutes ses formes dans l’actualisation quotidienne. La non-violence est cependant devenue également un outil auquel certains recourrent dans des objectifs qui ne servent pas nécessairement le bien commun. En d’autres termes, la non-violence n’est pas systématiquement un outil de paix. Elle est un moyen d’obtenir ce que l’on veut, sans recourir à la violence. Cette thèse propose une vision de la non-violence au service du bien commun. Elle puise dans l’historicité de grands événements et acteurs qui ont utilisé la non-violence pour libérer une collectivité de formes d’oppression qui amenuisaient la dignité humaine. Elle fait référence à des auteurs et acteurs qui ont influencé le théologien processuel David Ray Griffin dans sa propre démarche d’enseignement et de recherche théologiques sur une quarantaine d’années, soient de la guerre du Vietnam à celle d’Iraq. Les dates survolées vont de 1968 à 2008. Une première démarche entreprise par la recherche est de comprendre le plus précisément possible quelles sont les avenues les plus récentes concernant la non-violence et d’explorer ses influences sur la vie et la carrière du théologien processuel États-Unien David Ray Griffin. En second lieu, une rétrospective historique des événements marquants aux États-Unis permet de cerner le contexte au sein duquel Griffin a évolué et comment son discours a laissé transparaître ces influences historiques, sociales et académiques. Une analyse plus centrée sur la politique extérieure des États-Unis en matière d’économie et de militarisme aiguille vers l’identification de signes que Griffin qualifie lui-même d’anti-théologiques, ce qui l’incite à élaborer une vision paradigmatique globalisante, équilibrée selon lui, où les ressources planétaires sont redistribuées dans un souci d’équité et de justice. Pour ce faire, un tribunal international, une religion globale, à l’image de ce que propose la pensée processuelle whiteheadienne-hartshornienne sont proposés. Griffin en brosse les grands traits dans un discours où l’exhortation s’assortit d’une méthodologie et d’une pédagogie éprouvés depuis 40 ans. Une grille d’analyse des textes griffiniens est par la suite élaborée, structurant les différentes composantes fondamentales de sa pensée. Un modèle d’intégration des valeurs de la non-violence est dégagé des lectures, applicable à d’autres disciplines. Appuyé sur une tradition authentique d’auteurs non-violents, David Ray Griffin présente les caractéristiques d’un homme de paix, duquel les idéaux débordent le cadre national pour rejoindre le planétaire, dans une visée résolument sotériologique. Cette visée devient urgente alors que les événements des attentats terroristes du World Trade Center du 11 septembre 2001 font dire à Griffin que non seulement les États-Unis sont engagés dans une démarche impérialiste démoniaque, mais qu’ils contribuent de manière accélérée à la destruction de la planète. Il faut absolument, croit-il, renverser le courant et devenir, pour le monde, un leader de la réparation des écosystèmes, des économies et des sociétés. S’adjoignant des auteurs d’autres disciplines, et toujours dans un cadre processuel, Griffin entreprend le long périple pédagogique qu’est celui de convaincre le plus grand nombre d’individus possible que le temps est venu d’agir.

Échantillonnage des distributions continues non uniformes en précision arbitraire et protocole pour l'échantillonnage exact distribué des distributions discrètes quantiques

La thèse est divisée principalement en deux parties. La première partie regroupe les chapitres 2 et 3. La deuxième partie regroupe les chapitres 4 et 5. La première partie concerne l'échantillonnage de distributions continues non uniformes garantissant un niveau fixe de précision. Knuth et Yao démontrèrent en 1976 comment échantillonner exactement n'importe quelle distribution discrète en n'ayant recours qu'à une source de bits non biaisés indépendants et identiquement distribués. La première partie de cette thèse généralise en quelque sorte la théorie de Knuth et Yao aux distributions continues non uniformes, une fois la précision fixée. Une borne inférieure ainsi que des bornes supérieures pour des algorithmes génériques comme l'inversion et la discrétisation figurent parmi les résultats de cette première partie. De plus, une nouvelle preuve simple du résultat principal de l'article original de Knuth et Yao figure parmi les résultats de cette thèse. La deuxième partie concerne la résolution d'un problème en théorie de la complexité de la communication, un problème qui naquit avec l'avènement de l'informatique quantique. Étant donné une distribution discrète paramétrée par un vecteur réel de dimension N et un réseau de N ordinateurs ayant accès à une source de bits non biaisés indépendants et identiquement distribués où chaque ordinateur possède un et un seul des N paramètres, un protocole distribué est établi afin d'échantillonner exactement ladite distribution.

Towards Non Invasive Diagnosis of Scoliosis Using Semi-supervised Learning Approach

In this paper, a new methodology for the prediction of scoliosis curve types from non invasive acquisitions of the back surface of the trunk is proposed. One hundred and fifty-nine scoliosis patients had their back surface acquired in 3D using an optical digitizer. Each surface is then characterized by 45 local measurements of the back surface rotation. Using a semi-supervised algorithm, the classifier is trained with only 32 labeled and 58 unlabeled data. Tested on 69 new samples, the classifier succeeded in classifying correctly 87.0% of the data. After reducing the number of labeled training samples to 12, the behavior of the resulting classifier tends to be similar to the reference case where the classifier is trained only with the maximum number of available labeled data. Moreover, the addition of unlabeled data guided the classifier towards more generalizable boundaries between the classes. Those results provide a proof of feasibility for using a semi-supervised learning algorithm to train a classifier for the prediction of a scoliosis curve type, when only a few training data are labeled. This constitutes a promising clinical finding since it will allow the diagnosis and the follow-up of scoliotic deformities without exposing the patient to X-ray radiations.

The tautomerism, solvatochromism and non-linear optical properties of fluorescent 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxalidine-4-aminoantipyrine

The Schiff base, 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxalidine-4-aminoantipyrine, was synthesized by the condensation of 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxaldehyde with 4-aminoantipyrine. HPLC, FT-IR and NMR spectral data revealed that the compound exists predominantly in the amide tautomeric form and exhibits both absorption and fluorescence solvatochromism, large stokes shift, two electron quasireversible redox behaviour and good thermal stability, with a glass transition temperature of 104oC. The third-order non-linear optical character was studied using open aperture Z-scan methodology employing 7 ns pulses at 532 nm. The third-order non-linear absorption coefficient, b, was 1.48 x 10-6 cm W-1 and the imaginary part of the third-order non-linear optical susceptibility, Im c(3), was 3.36 x10-10 esu. The optical limiting threshold for the compound was found to be 340 MW cm-2.

The tautomerism, solvatochromism and non-linear optical properties of fluorescent 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxalidine-4-aminoantipyrine

The Schiff base, 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxalidine-4-aminoantipyrine, was synthesized by the condensation of 3-hydroxyquinoxaline-2-carboxaldehyde with 4-aminoantipyrine. HPLC, FT-IR and NMR spectral data revealed that the compound exists predominantly in the amide tautomeric form and exhibits both absorption and fluorescence solvatochromism, large stokes shift, two electron quasireversible redox behaviour and good thermal stability, with a glass transition temperature of 104 oC. The third-order non-linear optical character was studied using open aperture Z-scan methodology employing 7 ns pulses at 532 nm. The third-order non-linear absorption coefficient, b, was 1.48 x 10-6 cm W-1 and the imaginary part of the third-order non-linear optical susceptibility, Im c(3), was 3.36x10-10 esu. The optical limiting threshold for the compound was found to be 340 MW cm-2.

Alkaline Protease from a Non-toxigenic Vibrio sp.(V26) and its Applications

The thesis presents a detailed account of the alkaline protease produced by Vibrio sp.(V26) a mangrove isolate,and the application of this enzyme in different fields.The protease producer strain was identified on the basis of biochemical characteristice,putative virulence traits and 16S rRNA gene sequencing.The purification and characterization of the protease has been carried out. Along with this, an attempt has been made to identifiy the protease gene. The physical parameters as well as the media components influencing protease production were optimized using Response Surfce Methodology(RSM).The scale up of the application of the protease from Vibrio sp.(V26) in the dissociation of cells in animal cell culture,in the recovery of silver from used X-ray films as well as an ingredient in commercial detergents were investigated.

Efficient Watermarking Schemes for Speaker Verification Guaranteeing Non-repudiation

Presently different audio watermarking methods are available; most of them inclined towards copyright protection and copy protection. This is the key motive for the notion to develop a speaker verification scheme that guar- antees non-repudiation services and the thesis is its outcome. The research presented in this thesis scrutinizes the field of audio water- marking and the outcome is a speaker verification scheme that is proficient in addressing issues allied to non-repudiation to a great extent. This work aimed in developing novel audio watermarking schemes utilizing the fun- damental ideas of Fast-Fourier Transform (FFT) or Fast Walsh-Hadamard Transform (FWHT). The Mel-Frequency Cepstral Coefficients (MFCC) the best parametric representation of the acoustic signals along with few other key acoustic characteristics is employed in crafting of new schemes. The au- dio watermark created is entirely dependent to the acoustic features, hence named as FeatureMark and is crucial in this work. In any watermarking scheme, the quality of the extracted watermark de- pends exclusively on the pre-processing action and in this work framing and windowing techniques are involved. The theme non-repudiation provides immense significance in the audio watermarking schemes proposed in this work. Modification of the signal spectrum is achieved in a variety of ways by selecting appropriate FFT/FWHT coefficients and the watermarking schemes were evaluated for imperceptibility, robustness and capacity char- acteristics. The proposed schemes are unequivocally effective in terms of maintaining the sound quality, retrieving the embedded FeatureMark and in terms of the capacity to hold the mark bits. Robust nature of these marking schemes is achieved with the help of syn- chronization codes such as Barker Code with FFT based FeatureMarking scheme and Walsh Code with FWHT based FeatureMarking scheme. An- other important feature associated with this scheme is the employment of an encryption scheme towards the preparation of its FeatureMark that scrambles the signal features that helps to keep the signal features unreve- laed. A comparative study with the existing watermarking schemes and the ex- periments to evaluate imperceptibility, robustness and capacity tests guar- antee that the proposed schemes can be baselined as efficient audio water- marking schemes. The four new digital audio watermarking algorithms in terms of their performance are remarkable thereby opening more opportu- nities for further research.

Dissociated Dipoles: Image representation via non-local comparisons

A fundamental question in visual neuroscience is how to represent image structure. The most common representational schemes rely on differential operators that compare adjacent image regions. While well-suited to encoding local relationships, such operators have significant drawbacks. Specifically, each filter's span is confounded with the size of its sub-fields, making it difficult to compare small regions across large distances. We find that such long-distance comparisons are more tolerant to common image transformations than purely local ones, suggesting they may provide a useful vocabulary for image encoding. . We introduce the "Dissociated Dipole," or "Sticks" operator, for encoding non-local image relationships. This operator de-couples filter span from sub-field size, enabling parametric movement between edge and region-based representation modes. We report on the perceptual plausibility of the operator, and the computational advantages of non-local encoding. Our results suggest that non-local encoding may be an effective scheme for representing image structure.

"Genome-Wide Linkage in a Highly Consanguineous Pedigree Reveals Two Novel Loci on Chromosome 7 for Non-Syndromic Familial Premature Ovarian Failure"

Background: The human condition known as Premature Ovarian Failure (POF) is characterized by loss of ovarian function before the age of 40. A majority of POF cases are sporadic, but 10–15% are familial, suggesting a genetic origin of the disease. Although several causal mutations have been identified, the etiology of POF is still unknown for about 90% of the patients. Methodology/Principal Findings: We report a genome-wide linkage and homozygosity analysis in one large consanguineous Middle-Eastern POF-affected family presenting an autosomal recessive pattern of inheritance. We identified two regions with a LODmax of 3.26 on chromosome 7p21.1-15.3 and 7q21.3-22.2, which are supported as candidate regions by homozygosity mapping. Sequencing of the coding exons and known regulatory sequences of three candidate genes (DLX5, DLX6 and DSS1) included within the largest region did not reveal any causal mutations. Conclusions/Significance: We detect two novel POF-associated loci on human chromosome 7, opening the way to the identification of new genes involved in the control of ovarian development and function.

A parametric model for the interval censored survival times of Acacia mangium plantation in a spacing trial

Survival times for the Acacia mangium plantation in the Segaliud Lokan Project, Sabah, East Malaysia were analysed based on 20 permanent sample plots (PSPs) established in 1988 as a spacing experiment. The PSPs were established following a complete randomized block design with five levels of spacing randomly assigned to units within four blocks at different sites. The survival times of trees in years are of interest. Since the inventories were only conducted annually, the actual survival time for each tree was not observed. Hence, the data set comprises censored survival times. Initial analysis of the survival of the Acacia mangium plantation suggested there is block by spacing interaction; a Weibull model gives a reasonable fit to the replicate survival times within each PSP; but a standard Weibull regression model is inappropriate because the shape parameter differs between PSPs. In this paper we investigate the form of the non-constant Weibull shape parameter. Parsimonious models for the Weibull survival times have been derived using maximum likelihood methods. The factor selection for the parameters is based on a backward elimination procedure. The models are compared using likelihood ratio statistics. The results suggest that both Weibull parameters depend on spacing and block.

Quantitative comparison between the use of 3D vs 2D visualization tools to present building design proposals to non-spatial skilled end users

Information technology in construction (ITC) has been gaining wide acceptance and is being implemented in the construction research domains as a tool to assist decision makers. Most of the research into visualization technologies (VT) has been on the wide range of 3D and simulation applications suitable for construction processes. Despite its development with interoperability and standardization of products, VT usage has remained very low when it comes to communicating and addressing the needs of building end-users (BEU). This paper argues that building end users are a source of experience and expertise that can be brought into the briefing stage for the evaluation of design proposals. It also suggests that the end user is a source of new ideas promoting innovation. In this research a positivistic methodology that includes the comparison of 3D models and the traditional 2D methods is proposed. It will help to identify "how much", if anything, a non-spatial specialist can gain in terms Of "understanding" of a particular design proposal presented, using both methods.

Non-normal real estate return distributions by property type in the UK

Investment risk models with infinite variance provide a better description of distributions of individual property returns in the IPD UK database over the period 1981 to 2003 than normally distributed risk models. This finding mirrors results in the US and Australia using identical methodology. Real estate investment risk is heteroskedastic, but the characteristic exponent of the investment risk function is constant across time – yet it may vary by property type. Asset diversification is far less effective at reducing the impact of non‐systematic investment risk on real estate portfolios than in the case of assets with normally distributed investment risk. The results, therefore, indicate that multi‐risk factor portfolio allocation models based on measures of investment codependence from finite‐variance statistics are ineffective in the real estate context