Factors influencing success of clinical genome sequencing across a broad spectrum of disorders

To assess factors influencing the success of whole-genome sequencing for mainstream clinical diagnosis, we sequenced 217 individuals from 156 independent cases or families across a broad spectrum of disorders in whom previous screening had identified no pathogenic variants. We quantified the number of candidate variants identified using different strategies for variant calling, filtering, annotation and prioritization. We found that jointly calling variants across samples, filtering against both local and external databases, deploying multiple annotation tools and using familial transmission above biological plausibility contributed to accuracy. Overall, we identified disease-causing variants in 21% of cases, with the proportion increasing to 34% (23/68) for mendelian disorders and 57% (8/14) in family trios. We also discovered 32 potentially clinically actionable variants in 18 genes unrelated to the referral disorder, although only 4 were ultimately considered reportable. Our results demonstrate the value of genome sequencing for routine clinical diagnosis but also highlight many outstanding challenges.

A Japanese Family with Congenital Erythrocytosis Caused by Haemoglobin Bethesda

We herein present a case of congenital erythrocytosis caused by haemoglobin (Hb) Bethesda in a Japanese family. A 55-year-old asymptomatic man was referred to our hospital for the investigation of erythrocytosis, which was present in other members of his family. The patient's serum erythropoietin level was normal, and the JAK2 V617F mutation was not detected. His P50 value was mildly decreased, thus we suspected the presence of an Hb variant with a high oxygen affinity. The high-performance liquid chromatography analysis showed an abnormal Hb, and by direct sequencing we identified the Hb Bethesda variant in this patient. For the differential diagnosis, we recommend the estimation of the P50 value as a practical and useful test.

Qualidade higiénica do leite de ovelha e relação com o estado sanitário da glândula mamária

A preferência cada vez mais acentuada, por parte dos consumidores, por produtos típicos e genuínos originários de regiões geográficas específicas, determina a procura crescente de leite de ovelha, principal matéria-prima usada no fabrico de queijos tradicionais em Portugal. Segundo o Reg. 853/CE de 2004, o leite de ovelha destinado a produtos fabricados com leite cru por processos que não incluam qualquer tratamento térmico, deve ter um valor de mesófilos viáveis inferior a 500 000 por mililitro. Relativamente à contagem de células somáticas, para este leite não foi estabelecido nenhum critério ao contrário do estipulado para o leite produzido por fêmeas bovinas. O objectivo deste trabalho foi avaliar a qualidade higiénica e sanitária do leite de ovelha obtido por alguns produtores e destinado ao fabrico de queijo de Évora e investigar a eventual existência de uma relação entre os dois parâmetros citados anteriormente. Foram analisadas 269 amostras de leite de conjunto, recolhidas semanalmente, provenientes de 8 explorações equipadas com ordenha mecânica, durante o período de um ano. A todas as amostras foi feito o Teste Californiano de Mastites (TCM) e a pesquisa de resíduos de antibióticos e os parâmetros analisados foram mesófilos viáveis (MV), células somáticas (CS) e pH. Para o TCM, a moda foi 2, numa escala de 1 a 3, e todas amostras apresentaram resultado negativo à pesquisa de inibidores microbianos. A média geométrica de CS foi de 1 459 173 células somáticas por mililitro e a de MV foi de 181 574 ufc/mL. O pH médio foi de 6,81  0,08. Os elevados valores de CS obtidos traduzem a existência de uma grande prevalência de infecção intra-mamária que reduz fortemente a produção de leite e altera a sua qualidade. Por outro lado, a maior parte das explorações apresentaram valores de MV que cumpriam os critérios em vigor, relativamente ao leite destinado ao fabrico dos produtos com leite cru e sem qualquer tratamento térmico. Não se observou a existência de qualquer relação entre os valores de MV e de CS. Podemos concluir que apesar de existir uma elevada prevalência de infecção intramamária nos rebanhos em estudo, as regras de higiene relativamente à obtenção de leite estarão, provavelmente, a ser respeitadas. Contudo, uma vez que a maior parte dos microrganismos causadores de infecção intramamária é veiculada pelo leite, podendo entrar na cadeia alimentar e constituir um eventual perigo para a saúde pública, parece importante referir que a contagem de CS não deve ser negligenciada, como critério de qualidade do leite de ovelha.

Abordagens à aprendizagem em estudantes do ensino superior

Resumo - As investigações realizadas no âmbito das abordagens à aprendizagem demonstram que existem diferenças significativas entre a abordagem superficial, profunda e estratégica. As duas primeiras descrevem formas de comprometimento dos alunos com as tarefas académicas e a diferença entre ambas reside, fundamentalmente, na intenção do estudante em alcançar a compreensão pessoal ou apenas recorrer a processos de memorização mecânica. A terceira caracteriza essencialmente a atitude face ao contexto escolar com vista à obtenção dos melhores resultados (Entwistle, 2009; Lee, Johanson & Tsai, 2008). O estudo que se apresenta foi realizado com 562 estudantes de 1º ano de vários cursos de licenciatura da Universidade de Évora após avaliação do primeiro semestre. Os dados que se apresentam reportam-se às abordagens à aprendizagem e ao nível de satisfação dos estudantes tendo em conta a área científica do curso frequentado, o curso e o sucesso académico. De um modo geral encontramos que os estudantes utilizam, predominante, a abordagem profunda e a estratégica para aprender e que existe relação entre os resultados na avaliação e o nível de satisfação dos estudantes. Abstract - The investigations carried about approaches to learning demonstrate that significant differences exist between the surface, deep and strategic approaches. The first two describe the students' engagement with academic tasks. The difference between them is connected to the student's intention: achieve personal understanding or just memorization processes. The third approach characterizes attitude towards school context with a view to obtaining the best results (Entwistle, 2009; Lee, Tsai & Johanson, 2008). The study that has been conducted with 562 students from 1st year of various degree courses at the University of Évora after evaluation of the first semester. The data presented relate to approaches to learning and the level of enjoyment about scientific area, course and academic success. In general we found that students use, predominantly, the deep and strategic approach to learning and we find also a relationship between academic results and student’s enjoyment.

Análisis del potencial energético del río Toachi para la generación hidroeléctrica.

This article details how the primary studies are specified to establish the flow of energy power generation and principally the turbines design flow, starting from the analysis of how determine the flow of a basin and also the methods to define the runoff flow which generates the rainfalls in the basins, analyzing the kind of grounds. When the flow of the river (basin) and design flow are specified, the type of turbine to be used is determined and also define the best efficiency possible, taking into consideration the geography of the zone of the hydroelectric, the abacus help to choose the turbine in agreed to parameters like electricity potency, voltage drops and voltage. By using the above software previously, for the design house Sarapullo and Alluriquín Hydroelectric Project Toachi machines - Pilatón, it was determined that each generating station will have three turbines type Francis of vertical axis with their complementary systems for its operation which are designed to generate 254.4 megawatts (MW) using a flow of 33.33 m3/s. Keywords: flow, basin, electric power, runoff, hydroelectric, turbine.

Levantamiento de una base de datos para el diagnóstico de fallas en motores de combustión interna ciclo Otto con sistema MPFI mediante el análisis del sensor MAP

En el presente documento se presenta el desarrollo de la creación de una base de datos para el diagnóstico de fallas en los motores de combustión interna MPFI mediante el análisis del sensor MAP (Manifold Absolute Pressure), a través del cual se puede determinar y diagnosticar fallas en sensores, actuadores y sistemas auxiliares.

Estudio para el mejoramiento de seis centrales de climatización de la sala de tejedura de 4161.62 m2, que cuenta con 76 telares para tejido plano, de la fábrica textil "La Internacional"

En el área textil, sea esta tejeduría, hilandería, tintorería, o acabados de tela intervienen una infinidad de factores externos, relacionados con el tipo de material a procesar, se necesita tener un control riguroso de los factores externos tales como humedad relativa (HR) y temperatura, por lo que en el diseño de un área específica de cualquier planta textil, en este caso tejeduría, se invierte mucho dinero para garantizar condiciones estables de climatización tanto para el proceso como para el recurso humano.

Estudio y análisis de eficiencia de un quemador de fuel oil N. 6, con calentamiento del aire de pulverización para un caldero de 300 BPH

La presente tesis está enfocada al análisis estrictamente de la combustión de un quemador de aceite (fuel oil # 6) para un caldero degeneración de vapor de agua de 300 BHP de potencia, el cual para su atomización del combustible usa aire comprimido a 40 PSI de presión y una temperatura que va desde los 15 ºC hasta los 150 ºC según nuestra particular implementación del sistema de calentamiento. El desarrollo emprende desde un marco teórico de los quemadores, sus partes consistentes, el combustible, clasificación, propiedades y características. De manera muy particular nos centramos en el proceso de combustión por cuanto es la parte medular del presente documento, así como generalidades, fundamentos, los elementos y productos, los comportamientos de éstos en la combustión. Además enfocamos conceptos básicos de tipos de combustión. En una forma analítica se establece la ecuación general de la combustión, una evaluación de la energía liberada en el proceso, en base al volumen y composición de lso productos que intervienne en la misma, yademás de la forma de cómo calibrar el equipo o sistema para obtener combustion lo más eficiente posible, sea produciendo energía calorífica más alta posible con el mínimo requerido posible de combustión. Se enfoca en el presente documento un análisis de las relaciones termodinámicas en la combustión como: la entalpía de los elementos como de los productos, las entalpías de formación de los mismos, le energía interna de los gases productos, y de la entropía o irreversibilidades del proceso total de combustión. La determinación del calor generado más la temperatura de llama adiabática son temas fundamentales en el desarrollo del tema, es por lo tanto parte importante del documento. Ya en el análisis experimental se parte del hecho de tener instalado a modo de prueba un intercambiador de calor para calentar el aire de atomización en uncaldero específico, esto es en un caldero de 300 BHP de potencia, de generación de vapor de agua de 100 PSI de presión, en la empresa Tejidos Pintex, y el análisis va enfocado a determinar la efectividad o no de calentar el aire de atomización, y de ser así cuantificar los beneficios del sistema.

Estratégias para a valorização do coberto vegetal da Ilha de Porto Santo

No presente trabalho desenvolveram-se estudos visando a valorização do coberto vegetal da Ilha de Porto Santo, através de duas metodologias de investigação complementares: a) preservação e reintrodução na Ilha de uma espécie endémica e em risco do Arquipélago da Madeira (Olea maderensis) e de uma espécie naturalizada (Olea europaea ssp. europaea var. sylvestris), recorrendo para o efeito a técnicas de biotecnologia (micropropagação); b) análise da percepção da comunidade local e visitante sobre o fenómeno da desertificação e a valorização do coberto vegetal bem como a sua aceitação relativamente à aplicação de técnicas de biotecnologia (para micropropagar e reintroduzir espécies de oliveira na Ilha) para minimização do processo de desertificação. A dissertação estrutura-se em quatro partes principais. A Parte I caracteriza a Ilha de Porto Santo em termos geográficos, geológicos, climáticos, sócio-economicos e do uso do solo. Enquadra, ainda, o problema da desertificação, através da caracterização/evolução do coberto vegetal ao longo dos anos. Finalmente apresentam-se os objectivos gerais deste estudo. A Parte II centra-se no desenvolvimento de metodologias no âmbito da biotecnologia vegetal para propagação de espécies de O. maderensis e O. europaea ssp. europaea var. sylvestris. em larga escala. Esta parte está dividida em seis capítulos. O Capítulo II.1 aborda a distribuição geográfica das espécies de oliveira e faz uma revisão bibliográfica dos aspectos mais importantes da micropropagação de oliveira (O. europaea L.), principalmente através da micropropagação por estimulação de gomos axilares. No final deste capítulo apresentam-se os objectivos específicos desta investigação. No Capítulo II.2 faz-se a caracterização genética de genótipos de O. maderensis do Arquipélago da Madeira através da análise da ploidia e do conteúdo em DNA por citometria de fluxo (FCM) e através da detecção de polimorfismos por análise de microssatélites (SSR). Nesta análise usaram-se ainda outros genótipos, nomeadamente: O. europaea ssp. europaea var. sylvestris, O. cerasiformes e O. europaea ssp. europaea var. europaea. Este estudo contribuiu para uma melhor caracterização desta espécie e permitiu a detecção de um nível de ploidia novo no género Olea (tetraploidia). O Capítulo II.3 descreve a optimização das condições de cultura in vitro (e.g. desinfecção, meio de cultura e enraizamento) para propagar e preservar a O. maderensis. Avalia-se ainda a “performance” dos rebentos in vitro (taxas de crescimento, avaliação da aparência das folhas e estudos fisiológicos), de modo a confirmar a optimização das condições de propagação. Neste capítulo define-se um meio novo (OMG) para propagação desta espécie endémica. O Capítulo II.4 descreve dois protocolos de micropropagação e aclimatização de ambas as espécies (O. maderensis e O. europaea ssp. europaea var. sylvestris) e a qualidade das plantas (“true-to-type”) é avaliada através da possível ocorrência de variabilidade genética através de FCM (ploidia) e SSRs. O Capítulo II.5 descreve um protocolo eficiente de aclimatização ao campo de O. maderensis e avalia a “performance” das plantas micropropagadas no campo através da análise de parâmetros fisiológicos durante o processo. O Capítulo II.6 apresenta os estudos em curso relativamente às plantas de O. maderensis em aclimatização no campo, bem como a introdução de plantas micropropagadas num outro local da Ilha com um maior grau de degradação dos solos. Estas estratégias estão a ser aplicadas juntamente com a DRFRAM, no âmbito de programas de florestação em curso. Finalmente é realçada a necessidade de estudos semelhantes com outras espécies nativas. Na Parte III, são apresentados os estudos sobre a percepção da comunidade local relativamente à valorização do coberto vegetal para a minimização dos processos de degradação dos solos/desertificação. A introdução faz o enquadramento teórico sobre o fenómeno da desertificação, particularmente na Ilha de Porto Santo e sobre a percepção social da desertificação. São ainda apresentados os objectivos específicos desta investigação. A metodologia adoptada recorreu à aplicação de inquéritos por questionário à população residente e aos visitantes da Ilha de Porto Santo e ainda a realização de inquéritos por entrevista a algumas entidades e especialistas. Estes estudos permitiram verificar que existe uma nítida consciência da situação de risco da ilha, das medidas tomadas e a tomar e da premência da resolução do problema. Face ao recurso de estratégias alternativas envolvendo biotecnologia, e apesar de existir algum desconhecimento, concluiu-se ainda que a população manifesta aceitação, desde que essas estratégias valorizem o coberto vegetal e, assim, ajudem a combater a degradação biofísica dos solos. Finalmente são apresentadas as conclusões e algumas recomendações. Na Parte IV apresentam-se as conclusões gerais e perspectivas futuras, onde o potencial ambiental destas oliveiras bravas micropropagadas é destacado, bem como é considerado o alargamento da aplicação destas estratégias a outras espécies indígenas em risco, nesta Ilha (e noutros locais). São ainda resumidas as principais visões da população e das entidades e dos especialistas que poderão contribuir para apoiar a elaboração de medidas de mitigação e prevenção no combate ao processo de degradação dos solos/desertificação em curso.

Reologia dos lodos e de outros sedimentos recentes da Ria de Aveiro

Nos últimos anos têm sido construídas e estão projectadas para a construção várias obras de engenharia civil na região de Aveiro, destacando-se algumas infra-estruturas rodoviárias, ferroviárias e portuárias cujo funcionamento em pleno reveste-se de particular importância dados os seus impactos globalmente positivos na estruturação do tecido socioeconómico da região e do país. Por outro lado, aspectos como a localização geográfica litoral e o enquadramento geológico da cidade de Aveiro, cuja paisagem geomorfológica é dominada pela denominada laguna de Aveiro, são condicionadores da natureza mole, compressível e de baixa capacidade resistente dos terrenos de fundação que ocorrem nesta zona da cidade. A escolha do tema do presente trabalho de investigação, do domínio geotécnico, está associada ao reconhecido comportamento problemático desses solos quando solicitados pelas obras de engenharia civil. Deste modo, o presente trabalho pretende contribuir para a compreensão do comportamento geomecânico que caracteriza os depósitos de solos naturais de origem aluvionar, localizados na zona lagunar da cidade de Aveiro. São investigadas as relações entre o comportamento descrito para estes solos e a sua história geológica e as suas propriedades micro e macro estruturais no estado de ocorrência. Foram seleccionados quatro locais da cidade representativos da ocorrência de depósitos de solos moles nos quais foram realizados ensaios geotécnicos de campo e procedeu-se a recolha de amostras a várias profundidades para estudos geotécnicos de laboratório. Com os ensaios, foram avaliadas as características de identificação e do comportamento reológico (tensãodeformação- resistência ao corte) e a parametrização geotécnica derivada foi interpretada à luz do conhecimento adquirido em outros estudos também realizados do âmbito da geologia e da mineralogia.

Estudo de sistemas de protecção térmica húmidos sujeitos a condições de incêndio

O presente trabalho tem como principal objectivo o estudo e a interpretação dos mecanismos de transferência de calor e massa no interior de um meio poroso húmido actuando como barreira térmica de protecção em condições de incêndio, visando, sobretudo, melhorar o desempenho destes sistemas. A barreira térmica estudada é constituída por camadas de fibra de vidro, cuja face exposta à chama é protegida por uma folha de alumínio perfurada. A realização deste estudo envolveu a concepção, realização e operação de uma montagem experimental, com a qual se obteve a evolução temporal da temperatura e da taxa de evaporação de água no interior de uma amostra da barreira térmica, submetida à acção directa de uma chama. A análise do processo de protecção foi complementada com resultados obtidos por simulação numérica do processo, designadamente a evolução das propriedades térmicas, que determinam os mecanismos de transferência de calor e massa no interior da barreira. Para esse efeito foi desenvolvido um modelo matemático de simulação do processo de protecção para as barreiras em estudo, que permitiu obter resultados que acompanham bem as evoluções verificadas nos ensaios experimentais. A barreira térmica estudada mostrou claramente possuir um bom desempenho no processo de protecção, face às barreiras térmicas secas. Com a realização deste estudo identificaram-se e quantificaram-se os mecanismos de transferência de calor e massa dominantes nas diversas fases do processo de protecção, o que permitiu extrair conclusões valiosas quanto às características dos meios porosos que contribuem para o seu bom desempenho como barreiras térmicas húmidas.

Thin mercury film electrodes in dynamic speciation studies of metals

No presente trabalho, foi avaliado o desempenho e a aplicabilidade do eléctrodo de filme fino de mercúrio, em estudos de especiação dinâmica de metais vestigiais. Para tal, foram utilizadas duas técnicas electroanalíticas de redissolução: a clássica Voltametria de Redissolução Anódica (ASV) e a recentemente desenvolvida, Cronopotenciometria de Redissolução com varrimento do potencial de deposição (SSCP). As propriedades de troca-iónica e de transporte de massa de películas mistas preparadas a partir de dois polímeros com características distintas, o Nafion (NA) e o 4-Poliestireno sulfonato de sódio (PSS), foram avaliadas, antes da sua aplicação no âmbito da especiação de metais. Estas películas de NA-PSS demonstraram uma elevada sensibilidade, reprodutibilidade, estabilidade mecânica, bem como, propriedades de anti-bloqueio adequadas na modificação química do eléctrodo de filme fino de mercúrio (TMFE) e, na sua aplicação na determinação de catiões metálicos vestigiais em amostras complexas, por ASV. Para além disso, o desempenho de membranas do polielectrólito PSS em estudos de voltametria de troca-iónica (IEV) foi estudado. O objectivo desta investigação foi reunir as condições ideais na preparação de películas de PSS estáveis e com uma densidade de carga negativa elevada, de modo a aumentar a acumulação electrostática de catiões metálicos no filme polimérico e por conseguinte, conseguir incrementos no sinal voltamétrico. O desempenho e aplicabilidade do TMFE em estudos de especiação de metais vestigiais foram extendidos à SSCP como técnica analítica. Dada a elevada sensibilidade e resolução evidenciada pelo TMFE, este revelou ser uma alternativa adequada aos eléctrodos de mercúrio convencionais, podendo ser utilizado durante um dia de trabalho, sem degradação aparente do sinal analítico de SCP. As curvas de SSCP obtidas experimentalmente utilizando o TMFE estavam em concordância com aquelas previstas pela teoria. Para além disso, a constante de estabilidade (K) calculada a partir do desvio do potencial de meia-onda, para dois sistemas metal-complexo lábeis, aproxima-se não só do valor teórico, como também daquele obtido utilizando o eléctrodo de mercúrio de gota suspensa (HMDE). Adicionalmente, o critério experimental de labilidade inerente a esta técnica foi validado e o grau de labilidade para um dado sistema metal-complexo foi determinado, utilizando o filme fino de mercúrio depositado sob um eléctrodo rotativo (TMF-RDE). Este eléctrodo é muito útil na determinação de parâmetros cinéticos, como é o caso da constante de velocidade de associação (ka), uma vez que as condições hidrodinâmicas, durante a etapa de deposição, se encontram bem definidas.

Modelação molecular de associações entre aniões e receptores sintéticos

A aplicação de simulações de mecânica e dinâmica molecular ao estudo de sistemas supramoleculares tem adquirido, ao longo dos últimos anos, enorme relevância. A sua utilização não só tem levado a uma melhor compreensão dos mecanismos de formação desses mesmos sistemas, como também tem fornecido um meio para o desenvolvimento de novas arquitecturas supramoleculares. Nesta tese são descritos os trabalhos de mecânica e dinâmica molecular desenvolvidos no âmbito do estudo de associações supramoleculares entre aniões e receptores sintéticos do tipo [2]catenano, [2]rotaxano e pseudorotaxano. São ainda estudados complexos supramoleculares envolvendo receptores heteroditópicos do tipo calix[4]diquinona e pares iónicos formados por aniões halogeneto e catiões alcalinos e amónio. Os estudos aqui apresentados assentam essencialmente em duas vertentes: no estudo das propriedades dinâmicas em solução dos vários complexos supramoleculares considerados e no cálculo das energias livres de Gibbs de associação relativas dos vários iões aos receptores sintéticos. As metodologias utilizadas passaram por dinâmica molecular convencional e REMD (Replica Exchange Molecular Dynamics), para o estudo das propriedades em solução, e por cálculos de integração termodinâmica e MMPBSA (Molecular Mechanics – Poisson Boltzmann Surface Area), para a computação das energias livres de associação relativas. Os resultados obtidos, além de terem permitido uma visão mais detalhada dos mecanismos envolvidos no reconhecimento e associação dos vários receptores aos aniões e pares iónicos abordados, encontram-se, globalmente, de acordo com os análogos determinados experimentalmente, validando assim as metodologias empregadas. Em jeito de conclusão, investigou-se ainda a capacidade de um dos receptores heteroditópicos estudados para assistir favoravelmente na migração do par iónico KCl através da interface água-clorofórmio. Para tal, foram utilizadas simulações SMD (Steered Molecular Dynamics) para a computação do perfil de energia livre de Gibbs associada à migração do par iónico através da interface.