Genetic variation in GIPR influences the glucose and insulin responses to an oral glucose challenge.

Glucose levels 2 h after an oral glucose challenge are a clinical measure of glucose tolerance used in the diagnosis of type 2 diabetes. We report a meta-analysis of nine genome-wide association studies (n = 15,234 nondiabetic individuals) and a follow-up of 29 independent loci (n = 6,958-30,620). We identify variants at the GIPR locus associated with 2-h glucose level (rs10423928, beta (s.e.m.) = 0.09 (0.01) mmol/l per A allele, P = 2.0 x 10(-15)). The GIPR A-allele carriers also showed decreased insulin secretion (n = 22,492; insulinogenic index, P = 1.0 x 10(-17); ratio of insulin to glucose area under the curve, P = 1.3 x 10(-16)) and diminished incretin effect (n = 804; P = 4.3 x 10(-4)). We also identified variants at ADCY5 (rs2877716, P = 4.2 x 10(-16)), VPS13C (rs17271305, P = 4.1 x 10(-8)), GCKR (rs1260326, P = 7.1 x 10(-11)) and TCF7L2 (rs7903146, P = 4.2 x 10(-10)) associated with 2-h glucose. Of the three newly implicated loci (GIPR, ADCY5 and VPS13C), only ADCY5 was found to be associated with type 2 diabetes in collaborating studies (n = 35,869 cases, 89,798 controls, OR = 1.12, 95% CI 1.09-1.15, P = 4.8 x 10(-18)).

Estabelecimento de leguminosas arbóreas em pastos de capim-marandu e tanzânia

O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho de mudas sem proteção (de cercas ou estacas) de quatro espécies de leguminosas arbóreas e uma mistura eqüitativa dessas espécies, introduzidas em pastagens de Brachiaria brizantha cv. Marandu e Panicum maximum cv. Tanzânia, na presença de gado. O delineamento experimental foi o inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 2x5, duas gramíneas (marandu e tanzânia) e quatro espécies de leguminosas (Mimosa artemisiana, Pseudosamanea guachapele, Enterolobium contortisiliquum, Acacia farnesiana e uma mistura dessas espécies), com três repetições. Avaliaram-se: altura da muda, diâmetro do caule, diâmetro da copa, sobrevivência da muda, freqüência de pastejo e ocorrência de formigas. As diferenças estatísticas entre as médias da variável canônica principal, pelo teste de Scott-Knott, indicaram a formação de três agrupamentos, tendo-se destacado o grupo formado pelos tratamentos M. artemisiana e mistura de leguminosas, nos dois pastos, mais E. contortisiliquum e A. farnesiana, nos pastos dos capins marandu e tanzânia, respectivamente. Diferenças entre as médias dos tratamentos relativas a cada variável, calculadas por meio de intervalos de confiança de Bonferroni, mostraram que mudas de M. artemisiana apresentaram maior altura e sobrevivência em pasto de capim-marandu. Mudas dessa leguminosa, sem proteção, são indicadas para ser introduzidas, nas pastagens de capim-marandu da região, na presença do gado.

Variabilidade genética e importância relativa de caracteres em acessos de germoplasma de tomateiro

O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de acessos de tomateiro do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (BGH-UFV) e avaliar a importância relativa de caracteres na determinação dessa diversidade. Setenta acessos de tomateiro foram avaliados em três experimentos em blocos ao acaso, com três repetições, com as cultivares Santa Clara e Débora Plus como testemunhas. No primeiro experimento, de janeiro a julho de 2002, foram avaliados 30 acessos; no segundo, de agosto a dezembro de 2002, e no terceiro, de janeiro a julho de 2003, 20 acessos. No estudo de diversidade genética, foram realizadas análises de variância agrupada, agrupamento das médias pelo teste de Scott-Knott e agrupamento dos acessos pelo método de Tocher. Foi realizado, também, o estudo da importância relativa de caracteres pelo método de Singh e por variáveis canônicas. A variabilidade para 16 características foi verificada pelo teste de Scott-Knott, e os acessos foram separados em dez grupos pelo agrupamento de Tocher. Existe grande diversidade genética entre acessos de tomateiro do BGH-UFV, com ampla variação tanto para características morfológicas quanto para características agronômicas e de qualidade.

Reação de genótipos de pessegueiro à ferrugem-da-folha

O objetivo deste trabalho foi identificar fontes de resistência à ferrugem-da-folha em pessegueiro. Foram realizadas três avaliações de incidência e severidade de ferrugem-da-folha em 15/1, 14/2 e 24/3 de 2005, em 17 genótipos; em 23/2/2006, a severidade foi avaliada em 12 genótipos e nos 17 já avaliados anteriormente; em 28/1/2008, avaliaram-se a incidência, a severidade e a desfolha nos 29 genótipos avaliados anteriormente, além de 'Conserva 803'; em 3/2/2008, avaliou-se o número de lesões por folha em 12 genótipos. Os dados de incidência, severidade, desfolha e número de lesões por folha, em cada ano, foram submetidos à análise de variância, e as médias dos genótipos foram comparadas pelo teste de Scott-Knott. Foram realizadas correlações de Pearson entre incidência, severidade, desfolha e lesões por folha (2008). Os dados de incidência, severidade e desfolha de 28/1/2008 e os de severidade de 23/2/2006 foram submetidos à análise multivariada. 'Olímpia' e 'Cascata 1063' apresentaram níveis aceitáveis de resistência à ferrugem-da-folha; não foi verificada imunidade à doença, mas sim eficiência de infecção diferenciada nos genótipos estudados, o que indica que o tipo de resistência encontrada pode ser horizontal. O número de lesões por folha pode ser usado para classificar genótipos de pessegueiro quanto à reação à ferrugem-da-folha.

Resistência ao acamamento de plantas e ao quebramento do colmo em milho tropical

O objetivo deste trabalho foi avaliar genótipos de milho quanto à resistência ao acamamento e ao quebramento do colmo e apresentar metodologia para avaliar essas características. Os ensaios foram realizados em blocos ao acaso, com 85 genótipos tropicais de milho e quatro repetições, em cinco locais. Foram avaliadas: as forças necessárias para o arranquio da planta e para o quebramento do colmo e o ângulo no momento do quebramento. As medições foram realizadas com equipamentos desenvolvidos para essas finalidades. Foram realizadas análises de variância e teste de Scott-Knott quanto às características. Asforças de arranquio da planta, de quebramento do colmo e ângulo no momento do quebramento do colmo interagiram significativamente com a localidade. As médias variaram de 49,43 a 76,03 kgf para a força de arranquio da planta, de 1,07 kgf a 2,76 kgf para força de quebramento do colmo, e de 16,15 a 41,18º para o ângulo de quebramento do colmo. Existe variabilidade genética para seleção quanto à resistência ao acamamento e ao quebramento do colmo em genótipos tropicais de milho. A metodologia apresentada é eficiente para a avaliação e discriminação de genótipos.

Four novel Loci (19q13, 6q24, 12q24, and 5q14) influence the microcirculation in vivo.

There is increasing evidence that the microcirculation plays an important role in the pathogenesis of cardiovascular diseases. Changes in retinal vascular caliber reflect early microvascular disease and predict incident cardiovascular events. We performed a genome-wide association study to identify genetic variants associated with retinal vascular caliber. We analyzed data from four population-based discovery cohorts with 15,358 unrelated Caucasian individuals, who are members of the Cohort for Heart and Aging Research in Genomic Epidemiology (CHARGE) consortium, and replicated findings in four independent Caucasian cohorts (n  =  6,652). All participants had retinal photography and retinal arteriolar and venular caliber measured from computer software. In the discovery cohorts, 179 single nucleotide polymorphisms (SNP) spread across five loci were significantly associated (p<5.0×10(-8)) with retinal venular caliber, but none showed association with arteriolar caliber. Collectively, these five loci explain 1.0%-3.2% of the variation in retinal venular caliber. Four out of these five loci were confirmed in independent replication samples. In the combined analyses, the top SNPs at each locus were: rs2287921 (19q13; p  =  1.61×10(-25), within the RASIP1 locus), rs225717 (6q24; p = 1.25×10(-16), adjacent to the VTA1 and NMBR loci), rs10774625 (12q24; p  =  2.15×10(-13), in the region of ATXN2,SH2B3 and PTPN11 loci), and rs17421627 (5q14; p = 7.32×10(-16), adjacent to the MEF2C locus). In two independent samples, locus 12q24 was also associated with coronary heart disease and hypertension. Our population-based genome-wide association study demonstrates four novel loci associated with retinal venular caliber, an endophenotype of the microcirculation associated with clinical cardiovascular disease. These data provide further insights into the contribution and biological mechanisms of microcirculatory changes that underlie cardiovascular disease.

Características anatômicas e morfofisiológicas de lâminas foliares de genótipos de Panicum maximum

O objetivo deste trabalho foi avaliar as características anatômicas e morfofisiológicas de lâminas foliares de genótipos de Panicum maximum e determinar quais as mais relevantes para a discriminação precoce do valor nutritivo de genótipos promissores. O experimento foi realizado entre janeiro de 2006 e novembro de 2007, em Dourados, MS. Foram avaliados 23 genótipos de P. maximum pré-selecionados do programa de melhoramento da Embrapa Gado de Corte. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com três repetições. Foram avaliadas 27 características anatômicas e morfofisiológicas de lâminas foliares em cada genótipo. Para cada característica estudada, os resultados foram agrupados pelo teste de Scott-Knott. A importância relativa das características avaliadas para a avaliação da divergência genética foi determinada pelo método de Singh. As características que melhor discriminaram os genótipos foram as proporções - na seção transversal das lâminas - das epidermes adaxial, abaxial, adaxial + abaxial, do mesofilo e do tecido vascular + esclerênquima. A área foliar específica, a área foliar e o comprimento de lâmina foram as características morfofisiológicas que mais contribuíram para a discriminação dos genótipos; porém, sua importância relativa foi muito menor que a das características anatômicas. A proporção ocupada pela bainha parenquimática dos feixes e a largura das lâminas apresentam instabilidade fenotípica.

Work Zone Simulation Model, 1999

To support the analysis of driver behavior at rural freeway work zone lane closure merge points, Center for Transportation Research and Education staff collected traffic data at merge areas using video image processing technology. The collection of data and the calculation of the capacity of lane closures are reported in a companion report, "Traffic Management Strategies for Merge Areas in Rural Interstate Work Zones". These data are used in the work reported in this document and are used to calibrate a microscopic simulation model of a typical, Iowa rural freeway lane closure. The model developed is a high fidelity computer simulation with an animation interface. It simulates traffic operations at a work zone lane closure. This model enables traffic engineers to visually demonstrate the forecasted delay that is likely to result when freeway reconstruction makes it necessary to close freeway lanes. Further, the model is also sensitive to variations in driver behavior and is used to test the impact of slow moving vehicles and other driver behaviors. This report consists of two parts. The first part describes the development of the work zone simulation model. The simulation analysis is calibrated and verified through data collected at a work zone in Interstate Highway 80 in Scott County, Iowa. The second part is a user's manual for the simulation model, which is provided to assist users with its set up and operation. No prior computer programming skills are required to use the simulation model.

Association analyses of 249,796 individuals reveal 18 new loci associated with body mass index.

Obesity is globally prevalent and highly heritable, but its underlying genetic factors remain largely elusive. To identify genetic loci for obesity susceptibility, we examined associations between body mass index and ∼ 2.8 million SNPs in up to 123,865 individuals with targeted follow up of 42 SNPs in up to 125,931 additional individuals. We confirmed 14 known obesity susceptibility loci and identified 18 new loci associated with body mass index (P < 5 × 10⁻⁸), one of which includes a copy number variant near GPRC5B. Some loci (at MC4R, POMC, SH2B1 and BDNF) map near key hypothalamic regulators of energy balance, and one of these loci is near GIPR, an incretin receptor. Furthermore, genes in other newly associated loci may provide new insights into human body weight regulation.

TL1A-DR3 interaction regulates Th17 cell function and Th17-mediated autoimmune disease.

T helper type 17 (Th17) cells play an important pathogenic function in autoimmune diseases; their regulation, however, is not well understood. We show that the expression of a tumor necrosis factor receptor family member, death receptor 3 (DR3; also known as TNFRSF25), is selectively elevated in Th17 cells, and that TL1A, its cognate ligand, can promote the proliferation of effector Th17 cells. To further investigate the role of the TL1A-DR3 pathway in Th17 regulation, we generated a TL1A-deficient mouse and found that TL1A(-/-) dendritic cells exhibited a reduced capacity in supporting Th17 differentiation and proliferation. Consistent with these data, TL1A(-/-) animals displayed decreased clinical severity in experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE). Finally, we demonstrated that during EAE disease progression, TL1A was required for the optimal differentiation as well as effector function of Th17 cells. These observations thus establish an important role of the TL1A-DR3 pathway in promoting Th17 cell function and Th17-mediated autoimmune disease.

Land use/cover classification in the Brazilian Amazon using satellite images

Land use/cover classification is one of the most important applications in remote sensing. However, mapping accurate land use/cover spatial distribution is a challenge, particularly in moist tropical regions, due to the complex biophysical environment and limitations of remote sensing data per se. This paper reviews experiments related to land use/cover classification in the Brazilian Amazon for a decade. Through comprehensive analysis of the classification results, it is concluded that spatial information inherent in remote sensing data plays an essential role in improving land use/cover classification. Incorporation of suitable textural images into multispectral bands and use of segmentation‑based method are valuable ways to improve land use/cover classification, especially for high spatial resolution images. Data fusion of multi‑resolution images within optical sensor data is vital for visual interpretation, but may not improve classification performance. In contrast, integration of optical and radar data did improve classification performance when the proper data fusion method was used. Among the classification algorithms available, the maximum likelihood classifier is still an important method for providing reasonably good accuracy, but nonparametric algorithms, such as classification tree analysis, have the potential to provide better results. However, they often require more time to achieve parametric optimization. Proper use of hierarchical‑based methods is fundamental for developing accurate land use/cover classification, mainly from historical remotely sensed data.

Differences between first episode schizophrenia and schizoaffective disorder.

BACKGROUND: The diagnostic and clinical overlap between schizophrenia and schizoaffective disorder is an important nosological issue in psychiatry that is yet to be resolved. The aim of this study was to compare the clinical and functional characteristics of an epidemiological treated cohort of first episode patients with an 18-month discharge diagnosis of schizophrenia (FES) or schizoaffective disorder (FESA). METHODS: This study was part of the larger First Episode Psychosis Outcome Study (FEPOS) which involved a medical file audit study of all 786 patients treated at the Early Psychosis Prevention and Intervention Centre between 1998 and 2000. Of this cohort, 283 patients had an 18-month discharge diagnosis of FES and 64 had a diagnosis of FESA. DSM-IV diagnoses and clinical and functional ratings were derived and validated by two consultant psychiatrists. RESULTS: Compared to FES patients, those with FESA were significantly more likely to have a later age of onset (p=.004), longer prodrome (p=.020), and a longer duration of untreated psychosis (p<.001). At service entry, FESA patients presented with a higher illness severity (p=.020), largely due to the presence of more severe manic symptoms (p<.001). FESA patients also had a greater number of subsequent inpatient admissions (p=.017), had more severe depressive symptoms (p=.011), and higher levels of functioning at discharge. DISCUSSION: The findings support the notion that these might be considered two discernable disorders; however, further research is required to ascertain the ways and extent to which these disorders are discriminable at presentation and over time.