Mapping the quality of life experience in Alfama: a case study in Lisbon, Portugal.

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Detection and identification of dengue virus isolates from Brazil by a simplified reverse transcription - polymerase chain reaction (RT-PCR) method

We show here a simplified RT-PCR for identification of dengue virus types 1 and 2. Five dengue virus strains, isolated from Brazilian patients, and yellow fever vaccine 17DD as a negative control, were used in this study. C6/36 cells were infected and supernatants were collected after 7 days. The RT-PCR, done in a single reaction vessel, was carried out following a 1/10 dilution of virus in distilled water or in a detergent mixture containing Nonidet P40. The 50 µl assay reaction mixture included 50 pmol of specific primers amplifying a 482 base pair sequence for dengue type 1 and 210 base pair sequence for dengue type 2. In other assays, we used dengue virus consensus primers having maximum sequence similarity to the four serotypes, amplifying a 511 base pair sequence. The reaction mixture also contained 0.1 mM of the four deoxynucleoside triphosphates, 7.5 U of reverse transcriptase, 1U of thermostable Taq DNA polymerase. The mixture was incubated for 5 minutes at 37ºC for reverse transcription followed by 30 cycles of two-step PCR amplification (92ºC for 60 seconds, 53ºC for 60 seconds) with slow temperature increment. The PCR products were subjected to 1.7% agarose gel electrophoresis and visualized by UV light after staining with ethidium bromide solution. Low virus titer around 10 3, 6 TCID50/ml was detected by RT-PCR for dengue type 1. Specific DNA amplification was observed with all the Brazilian dengue strains by using dengue virus consensus primers. As compared to other RT-PCRs, this assay is less laborious, done in a shorter time, and has reduced risk of contamination

Stability of the Transthyretin Molecule as a Key Factor in

Transthyretin (TTR) protects against A-Beta toxicity by binding the peptide thus inhibiting its aggregation. Previous work showed different TTR mutations interact differently with A-Beta, with increasing affinities correlating with decreasing amyloidogenecity of the TTR mutant; this did not impact on the levels of inhibition of A-Beta aggregation, as assessed by transmission electron microscopy. Our work aimed at probing differences in binding to A-Beta by WT, T119M and L55P TTR using quantitative assays, and at identifying factors affecting this interaction. We addressed the impact of such factors in TTR ability to degrade A-Beta. Using a dot blot approach with the anti-oligomeric antibody A11, we showed that A-Beta formed oligomers transiently, indicating aggregation and fibril formation, whereas in the presence of WT and T119M TTR the oligomers persisted longer, indicative that these variants avoided further aggregation into fibrils. In contrast, L55PTTR was not able to inhibit oligomerization or to prevent evolution to aggregates and fibrils. Furthermore, apoptosis assessment showed WT and T119M TTR were able to protect against A-Beta toxicity. Because the amyloidogenic potential of TTR is inversely correlated with its stability, the use of drugs able to stabilize TTR tetrameric fold could result in increased TTR/ABeta binding. Here we showed that iododiflunisal, 3-dinitrophenol, resveratrol, [2-(3,5-dichlorophenyl)amino] (DCPA) and [4- (3,5-difluorophenyl)] (DFPB) were able to increase TTR binding to A-Beta; however only DCPA and DFPB improved TTR proteolytic activity. Thyroxine, a TTR ligand, did not influence TTR/A-Beta interaction and A-Beta degradation by TTR, whereas RBP, another TTR ligand, not only obstructed the interaction but also inhibited TTR proteolytic activity. Our results showed differences between WT and T119M TTR, and L55PTTR mutant regarding their interaction with A-Beta and prompt the stability of TTR as a key factor in this interaction, which may be relevant in AD pathogenesis and for the design of therapeutic TTR-based therapies.

Desenvolvimento de um método potenciométrico para deteção de salmonella typhimurium

A Salmonella é um microrganismo responsável por grande parte das doenças alimentares, podendo por em causa a saúde pública da área contaminada. Uma deteção rápida, eficiente e altamente sensível e extremamente importante, sendo um campo em franco desenvolvimento e alvo de variados e múltiplos estudos na comunidade cientifica atual. Foi desenvolvido um método potenciométrico para a deteção de Salmonellas, com elétrodos seletivos de iões, construídos em laboratório com pontas de micropipetas, fios de prata e sensores com composição otimizada. O elétrodo indicador escolhido foi um ESI seletivo a cadmio, para redução da probabilidade de interferências no método, devido a pouca abundancia do cadmio em amostras alimentares. Elétrodos seletivos a sódio, elétrodos de Ag/AgCl de simples e de dupla juncão foram também construídos e caracterizados para serem aplicados como elétrodos de referência. Adicionalmente otimizaram-se as condições operacionais para a analise potenciométrica, nomeadamente o elétrodo de referencia utilizado, condicionamento dos elétrodos, efeito do pH e volume da solução amostra. A capacidade de realizar leituras em volumes muito pequenos com limites de deteção na ordem dos micromolares por parte dos ESI de membrana polimérica, foi integrada num ensaio com um formato nao competitivo ELISA tipo sanduiche, utilizando um anticorpo primário ligado a nanopartículas de Fe@Au, permitindo a separação dos complexos anticorpo-antigénio formados dos restantes componentes em cada etapa do ensaio, pela simples aplicação de um campo magnético. O anticorpo secundário foi marcado com nanocristais de CdS, que são bastante estáveis e é fácil a transformação em Cd2+ livre, permitindo a leitura potenciométrica. Foram testadas várias concentrações de peroxido de hidrogénio e o efeito da luz para otimizar a dissolução de CdS. O método desenvolvido permitiu traçar curvas de calibração com soluções de Salmonellas incubadas em PBS (pH 4,4) em que o limite de deteção foi de 1100 CFU/mL e de 20 CFU/mL, utilizando volumes de amostra de 10 ƒÊL e 100 ƒÊL, respetivamente para o intervalo de linearidade de 10 a 108 CFU/mL. O método foi aplicado a uma amostra de leite bovino. A taxa de recuperação media obtida foi de 93,7% } 2,8 (media } desvio padrão), tendo em conta dois ensaios de recuperação efetuados (com duas replicas cada), utilizando um volume de amostra de 100 ƒÊL e concentrações de 100 e 1000 CFU/mL de Salmonella incubada.

Indicadores de qualidade para a contratualização de cuidados paliativos

RESUMO - Âmbito e objectivos: O presente trabalho incide sobre a área dos cuidados paliativos, nomeadamente, visa contribuir para uma maior efectividade do processo de aquisição e acompanhamento deste tipo de cuidados. Neste contexto, e como objectivo principal do estudo, foram identificados os indicadores chave, na vertente da qualidade, indispensáveis para a conceptualização de um modelo de contratualização e, consequentemente, para assegurar a monitorização, acompanhamento e avaliação da actividade realizada. Método e metodologias: Numa primeira fase, foi conduzida uma pesquisa documental tendente ao levantamento dos indicadores, na dimensão da qualidade, em utilização nos cuidados paliativos em vários países, tendo sido escolhidos aqueles que apresentavam indicadores já validados, designadamente, o Canadá, Reino Unido, Austrália, Espanha e EUA. Desta forma, foram seleccionados os indicadores comuns aos vários países estudados, para efeitos de discussão e consensualização, no âmbito de uma Técnica de Grupo Nominal, passíveis de integrarem um modelo de contratualização nesta área em Portugal. Apresentação e discussão de resultados: Da pesquisa documental resultaram 188 indicadores na dimensão qualidade, em utilização nos países estudados, tendo sido identificados 19 indicadores comuns. Estes indicadores foram submetidos a discussão e consensualização em reunião de peritos, tendo sido hierarquizados os sete indicadores mais adequados para a contratualização em cuidados paliativos: composição de uma equipa interdisciplinar; capacidade de resposta doentes tratados/pedido de acesso; avaliação inicial e periódica das necessidades (oito domínios); acessibilidade farmacológica; congruência entre os cuidados prestados e os desejados; prática regular de reuniões multidisciplinares; conferência familiar, pelo menos 2 vezes. Conclusões: No panorama nacional, não se conhecem indicadores unanimemente ratificados como adequados à avaliação da efectividade, qualidade e eficiência dos cuidados paliativos. Por outro lado, atento o objectivo do presente trabalho, a informação recolhida a nível internacional devolveu indicadores aplicáveis maioritariamente num contexto da avaliação da prestação dos cuidados paliativos, e Indicadores de Qualidade para a Contratualização de Cuidados Paliativos em Portugal x/ 93 não tanto num contexto de um processo de contratualização efectivo. Assim, partindo destes indicadores, em utilização nos vários países estudados, o estudo permitiu identificar sete indicadores considerados como adequados para a contratualização destes cuidados, em Portugal. -------------- ABSTRACT - Scope and objectives: This work focuses on the palliative care area, in particular, aims to contribute to greater effectiveness of the monitoring and procurement process of this type of care. In this context, as the main objective of the study, key indicators were identified regarding the quality issue, crucial to the conceptualization of a contracting model, and consequently to ensure the monitoring, supervising and evaluating of the undertaken activities. Method and methodology: Initially, a documentary research was held. That research aimed to surveying the indicators in their dimension of quality, regarding their use in palliative care throughout several countries. The chosen countries already had validated indicators, namely, Canada, United Kingdom , Australia, Spain and the USA. Thus, the indicators selected were common to all the above mentioned countries, for discussion purposes and agreement, as part of a Nominal Group Technique, that could integrate a model of contracting in this area in Portugal. Presentation and result discussion: The documentary research resulted in 188 quality indicators in use in the referred countries, 19 of those indicators were common to all countries. These indicators were submitted for discussion and agreement at a meeting of experts, having been ranked the seven most appropriate indicators for palliative care contracting: composition of an interdisciplinary team; response ability to the patients / access requests, initial and periodic assessment of the needs (eight areas), pharmacology accessibility; congruence between the desired care and its effective provision and regular practice of multidisciplinary meetings, family conferences, at least two times. Conclusions: In the national scene, unanimously ratified as suitable indicators to assess the effectiveness, efficiency and quality of palliative care are unknown. On other hand, given the objective of this work, the international collection of information has given applicable indicators mostly in the context of assessing the provision of palliative care, rather than an effective contracting process context. Thus, based on these indicators in use in the studied countries, the study itself identified seven indicators considered appropriate for the contracting of such care in Portugal.

Desenvolvimento de programação offline e de novos processos robotizados de lixamento

Atualmente a vantagem competitiva de uma empresa passa pela sua rápida adaptação às variações de procura do mercado, sendo necessário garantir elevados níveis de produtividade e, simultaneamente, grande flexibilidade, indispensável ao fabrico de pequenos lotes. A necessidade de ajuste do processo e a diminuição da média de vida do produto levam a paragens cada vez mais frequentes da célula de fabrico para programação e afinação, com consequentes perdas de produtividade. De forma a dar resposta a estes problemas, neste trabalho é testada a viabilidade da utilização da programação e simulação offline de tarefas de lixamento na Grohe Portugal, complementando a solução com o desenvolvimento de um novo método de afinação do programa, permitindo uma adaptação às flutuações do processo produtivo. Para isso foi necessário analisar o estado da arte dos robôs industriais na área de acabamento superficial e respetivos métodos de programação. Em seguida, após um trabalho prévio rigoroso de preparação e modelação da célula de trabalho, é possível fazer a programação offline das várias rotinas e trajetórias complexas que compõem um ciclo de lixamento de um produto, contribuindo para o aumento da qualidade do produto final sem comprometer os níveis de produtividade. Nesta dissertação são descritos e detalhados alguns dos procedimentos fulcrais no sucesso da aplicação deste método de programação. Por último é feita uma nova abordagem ao método de ajuste ponto-a-ponto convencional, desenvolvendo-se para isso um sistema de ajuste automático do programa, dotando o robô da capacidade de se adaptar às variações do processo, assegurando a consistência do mesmo. Foram realizados testes em pequena escala, extrapolando-se os resultados para a aplicação deste novo método no processo produtivo da Grohe Portugal, como forma de complemento ao método convencional de ajuste ponto-a-ponto do programa, reduzindo o tempo de paragem da célula de trabalho.

Evaluation of Etest and macrodilution broth method for antifungal susceptibility testing of Candida sp strains isolated from oral cavities of AIDS patients

A comparison of the Etest and the reference broth macrodilution susceptibility test for fluconazole, ketoconazole, itraconazole and amphotericin B was performed with 59 of Candida species isolated from the oral cavities of AIDS patients. The Etest method was performed according to the manufacturer's instructions, and the reference method was performed according to National Committee for Clinical Laboratory Standards document M27-A guidelines. Our data showed that there was a good correlation between the MICs obtained by the Etest and broth dilution methods. When only the MIC results at ± 2 dilutions for both methods were considered, the agreement rates were 90.4% for itraconazole, ketoconazole and amphotericin B and 84.6% for fluconazole of the C. albicans tested. In contrast, to the reference method, the Etest method classified as susceptible three fluconazole-resistant isolates and one itraconazole-resistant isolate, representing four very major errors. These results indicate that Etest could be considered useful for antifungal sensitivity evaluation of yeasts in clinical laboratories.

Sistema de apoio à decisão do rastreio do cancro da mama

O estudo do rastreio do cancro da mama funciona não só como um benefício, mas também como um método que pode causar controvérsias nas mulheres consideradas saudáveis antes de se submeterem ao rastreio. Assim, a necessidade do utente adquirir conhecimento sobre as vantagens e desvantagens do rastreio do cancro da mama é fundamental para decidir se, se submete ou não, a este rastreio. A decisão do paciente é crucial na decisão final e as consequências já devem ser do seu conhecimento. Com este estudo, pretendeu-se o desenvolvimento de um Sistema de Informação (SI) na Web, que funcione como auxiliar no processo de tomada de decisão para a realização do rastreio do cancro da mama. A decisão do componente do SI é fundamental, com o objetivo de auxiliar os utilizadores no processo de tomada de decisão para a realização do rastreio do cancro da mama. O desenvolvimento da plataforma “Decidir”, apresenta-se numa aplicação crucial no domínio médico da decisão do rastreio do cancro da mama, onde referências às suas controvérsias e benefícios são fundamentais para um melhor cuidado de saúde. Para esse efeito foram implementadas duas ferramentas para ajudar na decisão de realizar ou não o rastreio do cancro da mama. A primeira ferramenta resulta na decisão pessoal de cada indivíduo (paciente/profissionais de saúde), que pode ser variável, conforme um conjunto de proposições relevantes no aspeto pessoal e clínico para a tomada de decisão do rastreio nesta área.

Desenvolvimento de métodos de extração de resíduos de antimicrobianos e quantificação em amostras alimentares

O leite é um alimento complexo, pela sua composição rico em água, proteínas, lípidos, vitaminas e minerais. Devido ao seu alto valor nutricional é fundamental para a amamentação de crianças e animais em crescimento, pois fornece componentes fundamentais para o desenvolvimento e manutenção da saúde. Os antimicrobianos são amplamente utilizados como uma medida terapêutica no tratamento de infeções bacterianas, profilaxia e como promotores de crescimento (aditivos). A presença de resíduos de antimicrobianos no leite pode representar riscos para a saúde humana, como reações alérgicas em indivíduos hipersensíveis e resistências. Os objetivos deste estudo são o desenvolvimento de novos métodos de limpeza e de pré- concentração para amostras de leite, por meio de extração em fase sólida (SPE), com a finalidade de realizar uma melhor identificação e quantificação de antimicrobiana por Cromatografia Líquida de Alta Performance (HPLC). Todos os métodos desenvolvidos são de fácil execução, com taxas de recuperação dos agentes antimicrobianos viáveis, com uma percentagem de recuperação a partir de 85%. O método cromatográfico utilizado para a deteção e quantificação (HPLC-DAD) têm os limites de deteção (LD) entre 2.43ng / mL e 1.62ng / mL e os limites de quantificação (LQ) entre 7,36 ng / mL e 4.92 ng / mL, o que significa este método vai de encontro às diretrizes estipuladas pela União Europeia para os agentes antimicrobianos estudados. A combinação dos métodos propostos de limpeza e pré-concentração por SPE e multirresíduo por HPLC-DAD permite, por conseguinte, a deteção e quantificação de resíduos de antibióticos no leite, tornando esta uma alternativa importante e útil no processo de controlo de qualidade para a indústria de alimentos e outras área.

Disposable immunosensor using a simple method for oriented antibody immobilization for label-free real-time detection of an oxidative stress biomarker implicated in cancer diseases

This work proposes a novel approach for a suitable orientation of antibodies (Ab) on an immunosensing platform, applied here to the determination of 8-hydroxy-2′-deoxyguanosine (8OHdG), a biomarker of oxidative stress that has been associated to chronic diseases, such as cancer. The anti-8OHdG was bound to an amine modified gold support through its Fc region after activation of its carboxylic functions. Non-oriented approaches of Ab binding to the platform were tested in parallel, in order to show that the presented methodology favored Ab/Ag affinity and immunodetection of the antigen. The immunosensor design was evaluated by quartz-crystal microbalance with dissipation, atomic force microscopy, electrochemical impedance spectroscopy (EIS) and square-wave voltammetry. EIS was also a suitable technique to follow the analytical behavior of the device against 8OHdG. The affinity binding between 8OHdG and the antibody immobilized in the gold modified platform increased the charge transfer resistance across the electrochemical set-up. The observed behavior was linear from 0.02 to 7.0 ng/mL of 8OHdG concentrations. The interference from glucose, urea and creatinine was found negligible. An attempt of application to synthetic samples was also successfully conducted. Overall, the presented approach enabled the production of suitably oriented Abs over a gold platform by means of a much simpler process than other oriented-Ab binding approaches described in the literature, as far as we know, and was successful in terms of analytical features and sample application.

The effect of method, standard and sample components on the total antioxidant capacity of commercial waters assessed by optical conventional assays

The total antioxidant capacity (TAC) of 28 flavoured water samples was assessed by ferric reducing antioxidant potential (FRAP), oxygen radical absorbance capacity (ORAC), trolox equivalent antioxidant capacity (TEAC) and total reactive antioxidant potential (TRAP) methods. It was observed that flavoured waters had higher antioxidant activity than the corresponding natural ones. The observed differences were attributed to flavours, juice and vitamins. Generally, higher TAC contents were obtained on lemon waters and lower values on guava and raspberry flavoured waters. Lower and higher TACs were obtained by TRAP and ORAC method, respectively. Statistical analysis suggested that vitamins and flavours increased the antioxidant content of the commercial waters.

Rapid automated method for on-site determination of sulfadiazine in fish farming: a stainless steel veterinary syringe coated with a selective membrane of PVC serving as a potentiometric detector in a flow-injection-analysis system

Sulfadiazine is an antibiotic of the sulfonamide group and is used as a veterinary drug in fish farming. Monitoring it in the tanks is fundamental to control the applied doses and avoid environmental dissemination. Pursuing this goal, we included a novel potentiometric design in a flow-injection assembly. The electrode body was a stainless steel needle veterinary syringe of 0.8-mm inner diameter. A selective membrane of PVC acted as a sensory surface. Its composition, the length of the electrode, and other flow variables were optimized. The best performance was obtained for sensors of 1.5-cm length and a membrane composition of 33% PVC, 66% onitrophenyloctyl ether, 1% ion exchanger, and a small amount of a cationic additive. It exhibited Nernstian slopes of 61.0 mV decade-1 down to 1.0×10-5 mol L-1, with a limit of detection of 3.1×10-6 mol L-1 in flowing media. All necessary pH/ionic strength adjustments were performed online by merging the sample plug with a buffer carrier of 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 4.9. The sensor exhibited the advantages of a fast response time (less than 15 s), long operational lifetime (60 days), and good selectivity for chloride, nitrite, acetate, tartrate, citrate, and ascorbate. The flow setup was successfully applied to the analysis of aquaculture waters. The analytical results were validated against those obtained with liquid chromatography–tandem mass spectrometry procedures. The sampling rate was about 84 samples per hour and recoveries ranged from 95.9 to 106.9%.

Local Fractional Variational Iteration Method for Local Fractional Poisson Equations in Two Independent Variables

The local fractional Poisson equations in two independent variables that appear in mathematical physics involving the local fractional derivatives are investigated in this paper. The approximate solutions with the nondifferentiable functions are obtained by using the local fractional variational iteration method.