BIOMedical search engine framework: lightweight and customized implementation of domain-specific biomedical search engines

The Smart Drug Search is publicly accessible at http://sing.ei.uvigo.es/sds/. The BIOMedical Search Engine Framework is freely available for non-commercial use at https://github.com/agjacome/biomsef

Angina pré-infarto na evolução intra-hospitalar de pacientes idosos com infarto agudo do miocárdio

FUNDAMENTO: A angina pré-infarto (API) pode ser um marcador de pré-condicionamento isquêmico. Foi demonstrada redução da área infartada, do remodelamento ventricular, da incidência de insuficiência cardíaca, choque cardiogênico ou morte, quando a API estava presente. Esses resultados foram mais evidentes em adultos, porém, não em idosos. OBJETIVO: Avaliar a relação entre API e a evolução clínica de pacientes idosos com infarto agudo do miocárdio (IAM). MÉTODOS: Estudo tipo série de casos com grupo de comparação. Foram incluídos 36 pacientes com diagnóstico de IAM com elevação do segmento ST. Os pacientes foram distribuídos em grupo A (21 pacientes com API) e grupo B (15 pacientes sem API). RESULTADOS: A idade média da população estudada foi 70,5 anos. A maioria (73%) dos pacientes era do sexo masculino. O índice de massa corpórea médio foi 25,3 kg/m2. A amostra era constituída por 77,8% de hipertensos, 27,8% de diabéticos e 32,4% de dislipidêmicos. Dor torácica tipo A foi relatada por 71,4% dos estudados. A maioria (72,2%) dos idosos foi classificada em Killip I. Os desfechos clínicos nos grupos A e B foram: angina pós-infarto 9,5% versus 20%, p=0,630; insuficiência cardíaca 23,8% versus 13,3%, p=0,674; revascularização de urgência 4,8% versus 6,7%, p=1; arritmia cardíaca 0% versus 6,7%, p=0,417. Não foi constatado nenhum caso de reinfarto, choque cardiogênico e morte até 30 dias em ambos os grupos. CONCLUSÃO: A presença da angina pré-infarto não se associou com uma melhor evolução clínica em idosos acometidos por IAM nesta série de casos.

Sistemas de Tipos para Verificación de Programas Concurrentes. Type Systems for Concurrent Programs Verification.

La programación concurrente es una tarea difícil aún para los más experimentados programadores. Las investigaciones en concurrencia han dado como resultado una gran cantidad de mecanismos y herramientas para resolver problemas de condiciones de carrera de datos y deadlocks, problemas que surgen por el mal uso de los mecanismos de sincronización. La verificación de propiedades interesantes de programas concurrentes presenta dificultades extras a los programas secuenciales debido al no-determinismo de su ejecución, lo cual resulta en una explosión en el número de posibles estados de programa, haciendo casi imposible un tratamiento manual o aún con la ayuda de computadoras. Algunos enfoques se basan en la creación de lenguajes de programación con construcciones con un alto nivel de abstración para expresar concurrencia y sincronización. Otros enfoques tratan de desarrollar técnicas y métodos de razonamiento para demostrar propiedades, algunos usan demostradores de teoremas generales, model-checking o algortimos específicos sobre un determinado sistema de tipos. Los enfoques basados en análisis estático liviano utilizan técnicas como interpretación abstracta para detectar ciertos tipos de errores, de una manera conservativa. Estas técnicas generalmente escalan lo suficiente para aplicarse en grandes proyectos de software pero los tipos de errores que pueden detectar es limitada. Algunas propiedades interesantes están relacionadas a condiciones de carrera y deadlocks, mientras que otros están interesados en problemas relacionados con la seguridad de los sistemas, como confidencialidad e integridad de datos. Los principales objetivos de esta propuesta es identificar algunas propiedades de interés a verificar en sistemas concurrentes y desarrollar técnicas y herramientas para realizar la verificación en forma automática. Para lograr estos objetivos, se pondrá énfasis en el estudio y desarrollo de sistemas de tipos como tipos dependientes, sistema de tipos y efectos, y tipos de efectos sensibles al flujo de datos y control. Estos sistemas de tipos se aplicarán a algunos modelos de programación concurrente como por ejemplo, en Simple Concurrent Object-Oriented Programming (SCOOP) y Java. Además se abordarán propiedades de seguridad usando sistemas de tipos específicos. Concurrent programming has remained a dificult task even for very experienced programmers. Concurrency research has provided a rich set of tools and mechanisms for dealing with data races and deadlocks that arise of incorrect use of synchronization. Verification of most interesting properties of concurrent programs is a very dificult task due to intrinsic non-deterministic nature of concurrency, resulting in a state explosion which make it almost imposible to be manually treat and it is a serious challenge to do that even with help of computers. Some approaches attempts create programming languages with higher levels of abstraction for expressing concurrency and synchronization. Other approaches try to develop reasoning methods to prove properties, either using general theorem provers, model-checking or specific algorithms on some type systems. The light-weight static analysis approach apply techniques like abstract interpretation to find certain kind of bugs in a conservative way. This techniques scale well to be applied in large software projects but the kind of bugs they may find are limited. Some interesting properties are related to data races and deadlocks, while others are interested in some security problems like confidentiality and integrity of data. The main goals of this proposal is to identify some interesting properties to verify in concurrent systems and develop techniques and tools to do full automatic verification. The main approach will be the application of type systems, as dependent types, type and effect systems, and flow-efect types. Those type systems will be applied to some models for concurrent programming as Simple Concurrent Object-Oriented Programming (SCOOP) and Java. Other goals include the analysis of security properties also using specific type systems.

Entwicklung einer benutzerfreundlichen Software zur Berechnung von Rundfunk-Sendeantennen

Die Abteilung Sendertechnik des Norddeutschen Rundfunks betreibt die Sender zur Versorgung der Rundfunknutzer und befasst sich unter anderem mit der Planung und Optimierung von Sendeantennen. Das Ziel dieser Bachelorarbeit war die Entwicklung einer Software, mit der Horizontaldiagramme von Antennen erstellt, angepasst und dokumentiert werden können. Dafür wurde eine vorhandene LabVIEW-Software in ihren Grundzügen übernommen, in eine neue, in Java entwickelte Programmumgebung übertragen und dort erweitert und optimiert. Die Arbeit dokumentiert die Grundlagen der Sendeantennenplanung und die programmiertechnischen Entwicklungsschritte bis hin zur fertiggestellten und funktionsfähigen Software. Im Speziellen geht sie dabei auf die Berechnung von Antennensystemen, die Erstellung von Horizontaldiagrammen sowie die objektorientierte Programmierung und die Erstellung von grafischen Benutzeroberflächen ein. Dabei werden die einzelnen Entwicklungsschritte dokumentiert und erläutert sowie die Validierung der Software beschrieben.

Morfologia do Mycobacterium leprae hominis e do M. leprae muris: estudo baseado na microscopia electrônica e de contraste de fases

Hansen's Bacillus: By electron microscopy this bacillus shows membrane and halo, this being more visible when sorrounding the globi or bundles of bacilli; shows, also, free granules of various sizes which were before considered as dust of the dyes; shows external granules bound with the membrane and some times branching. By phases contrast microscopy examining leproma suspensions and subcataneous lymph at 400 x we saw many free granules with intense rotatory movement; granulated bacilli with screw, skip or stroke motion, producing slow progressive motion. All such elementes are surrounded by a halo, corresponding to the classical gloea. By a patient and delayed examination we were able to see that the internal granules are motile and help the progression of the bacilli, giving the impression that the cytoplasm is liquid. By a lasting observation we could see the larger granules form prolapse, like a pseudopode and abandon the bacilli and going in very rapid rotatory movement. There are branched bacilli; there are pedunculated fred granules like comets. The addition of a drop of formol at the preparation stops all movements. Stefansky's Bacillus: Repeated examination by RCA electron microscope, type EMU-25 of fresh suspensions of rat lepromas, led us to confirm the close relationship between human and murine leprosy agents. We examined also material from carabo (Lepra bubalorum) from Java, but due to fixation, the material was unsuitable for comparative studies. The Stefansky's bacilli showed also emmbranes and halos, internal or external granules (smaller than those of Hansen's bacillus). The bacilli shaded by chromium look thicker and shorter than those of Hansen. Due to electron bombardment both, Hansen's and Stefansky's baccilli suffer considerable alterations in their structure, showing black barrs of chromatin condensation at their extremities as also in their centers. By phase microscopy the Stefansky's bacilli showed elements with 1, 2 (bipolar), 3 or more internal small granules, developing identical movements as those of Hansen. The globi seem to be non-motile but the free bacilli appearing around the globi show intense movement. At 1000 x the examination is less satisfactory than at 400 x. The addition of formol solution in the preparation suppresses all movements, even the brownian, but the material becomes more suitable for the study of static morphology of the bacilli. CONCLUSION - The electron and phases contrast microscopy of leprous material from different types and phases of the disease may explain some of the unknown aspects of the biology and morphology of the bacilli.

Dance movement patterns recognition

"Es tracta d'un projecte dividit en dues parts independents però complementàries, realitzades per autors diferents. Aquest document conté originàriament altre material i/o programari només consultable a la Biblioteca de Ciència i Tecnologia"

Laboratorio virtual de sistemas digitales

El projecte "Laboratori virtual de sistemes digitals" és un simulador de l'aula de pràctiques de l'assignatura de sistemes digitals, desenvolupat en Java. Integra tots els components que es troben els estudiants de la matèria quan han de realitzar les pràctiques: placa, xips, cables, generador d'ones, oscil·loscopi.... I es permetrà així la implementació i prova de circuits digitals. També pretén ser una eina útil pel funcionament de la part pràctica de l'assignatura, sent un recurs gratuït i accessible gràcies a Internet.

Simulació d'arquitectures VLIW

L'objectiu d'aquest projecte es dissenyar i implementar en Java una interfície gràfica que permeti simular l'arquitectura VLIW. Ha d'interactuar amb un simulador ja existent, VEX, i amb l'usuari. VEX permet analitzar, desenvolupar i depurar codi escrit en C sobre un processador VLIW configurable, des dels recursos hardware fíns al comportament de la "caché". L'interfície gràfica desenvolupada es diu JavaVEX. Té el gran avantatge d'evitar la introducció de les comandes de text que necesita VEX perquè son substituïdes per elements. És una eina més intuïtiva, ràpida i eficient. JavaVEX mostra informació sobre el codi C traduït a instruccions VLIW de fins a 4 operacions. També mostra els resultats de les instrucciones VLIW simulades. JavaVEX s'ha incorporat a un LiveCD. Així es pot executar l'aplicació sobre qualsevol ordinador. La finalitat docent de JavaVEX és ser utilitzada en les pràctiques de l'assignatura Arquitectura per a Computadors 2.

Internet au service du patrimoine. Cartographie dynamique de l'inventaire des géotopes d'importance nationale

L'inventaire des géotopes d'importance nationale, aujourd'hui proche de son état final, est le fruit d'un long travail de sélection, de documentation ainsi que de définition et de numérisation des périmètres des sites initié dans les années 1990 par le groupe de travail pour la protection des géotopes en Suisse (Strasser et al. 1995, Berger et al. 2008). Il représente un outil au service de la diffusion et à la promotion du géopatrimoine suisse, auprès de la population en général et des professionnels des géosciences en particulier, dans un but de valorisation patrimoniale et de protection et par une sensibilisation à la valeur particulière et à la vulnérabilité des géotopes.¦C'est dans cet objectif qu'a été développée une interface cartographique rendant accessible sur Internet le contenu de cet inventaire. L'outil de web mapping utilisé - GoogleMaps API - permet en effet d'enrichir une interface de navigation intuitive de diverses fonctions additionnelles offertes par la cartographie sur internet (Kraak 2004, Plewe 2007). La carte n'est donc pas seulement une représentation de la réalité permettant la localisation de différents objets, mais également un outil de recherche thématique et spatiale ainsi qu'un index reliant chaque objet cartographié à diverses informations.¦Porte d'accès aux données des site à une échelle individuelle ou globale, mais aussi outil d'exploration, cette interface propose plusieurs niveaux d'utilisation, correspondant aux diverses interactions possibles avec ces données : naviguer et découvrir les sites, réaliser des sélections multiples, comparer les géotopes à d'autres données, comme l'inventaire fédéral des paysages. L'utilisateur peut ainsi produire à chaque fois la carte qui répond à ses besoins et à ses questions. En donnant à tous accès au contexte et aux particularités de chaque site par delà la globalité abstraite de l'inventaire, cette application se veut avant tout un outil au service de la médiation du géopatrimoine.

Gestor d'expedients per l'Institut Municipal d'Hisenda

El projecte recull el treball portat a càrrec per l’anàlisi, disseny i implementació d’una eina per l’Institut Municipal D’Hisenda de l’Ajuntament de Barcelona que compleixi les necessitats d’un sistema d’informació capaç de gestionar els expedients que genera una sèrie de tributs, les sancions que comporten així com la documentació necessària per la comunicació amb el ciutadà. Per realitzar l’aplicació s’han utilitzat tecnologies que ens permeten treballar en l’entorn web, un nucli programat en llenguatge Java sobre la plataforma MVC de Struts, tot sobre un servidor d’aplicacions WebSphere i un motor de base de dades Oracle.

J2EE tienda virtual application framework

En el siguiente documento podrá encontrar de una forma clara y entendedora, a través de la creación de un sencillo aplicativo, el mecanismo para la creación de una aplicación J2EE basada en el framework de desarrollo Yakarta Struts. En el mismo partirá desde cero, desde el inicio en la captación de requerimientos, pasando por la etapa de análisis y diseño y la posterior implementación.

Desarrollo de un prototipo para el Geoportal del Centro Temático Europeo de Usos del Suelo e Información Espacial de la Agencia Europea del Medio Ambiente

El projecte ha estat elaborat amb la col•laboració del LIGIT i del ETC LUSI. Serveix per a gestionar les Metadades i visualitzar-les a través del Web. El programari utilitzat és Geonetwork opensource, gestiona Metadades conformes als estàndards OGC i ISO. S'han implementat, a través de local o a través de connexions a servidors Web com Dav, CSW o OAI-PMH, en MckoiDB. Es visualitzen en el seu visor, a través de connexions a servidors de mapes WMS i ArcIMS i en visors externs com GoogleEarth. S'ha millorat l'aspecte gràfic i implementat amb noves funcionalitats editant el codi dels fitxers interns com Javascript, XML, XSL, Java

Desenvolupament d'un servidor d'informació geogràfica

L'explosió d'aplicacions a Internet basades en oferir serveis de localització, com són portals web de mobilitat o aplicacions de seguiment de vehicles en línia han motivat aquest projecte. Google Maps ens permet afegir mapes fàcilment en un lloc web amb la seva API, però OpenLayers, una llibreria JavaScript lliure ens dóna l'opció de carregar cobertures de mapa i marcadors des de qualsevol font. OpenStreetMap proporciona dades geogràfiques de manera lliure, com per exemple mapes de carrers i carreteres. Un estudi acurat de l'estructura i agrupació de les dades en el format OSM i el desenvolupament d'un servidor basat en el model de tessel·les, són els principals elements de partida per crear la nostra pròpia font de dades cartogràfiques. En aquest projecte s'analitza i processa DXF Drawing eXchange Format passant al format OSM. Un fitxer OSM conté la informació geogràfica necessària per a la base de dades espaial a partir de la qual, entre d'altres aplicacions, es podran visualitzar els mapes propis en una aplicació de seguiment de vehicles o en un portal web.