Local and Regional Scale Determinants of Biodiversity Patterns in Boreal Agricultural Landscapes

This thesis examines the local and regional scale determinants of biodiversity patterns using existing species and environmental data. The research focuses on agricultural environments that have experienced rapid declines of biodiversity during past decades. Existing digital databases provide vast opportunities for habitat mapping, predictive mapping of species occurrences and richness and understanding the speciesenvironment relationships. The applicability of these databases depends on the required accuracy and quality of the data needed to answer the landscape ecological and biogeographical questions in hand. Patterns of biodiversity arise from confounded effects of different factors, such as climate, land cover and geographical location. Complementary statistical approaches that can show the relative effects of different factors are needed in biodiversity analyses in addition to classical multivariate models. Better understanding of the key factors underlying the variation in diversity requires the analyses of multiple taxonomic groups from different perspectives, such as richness, occurrence, threat status and population trends. The geographical coincidence of species richness of different taxonomic groups can be rather limited. This implies that multiple geographical regions should be taken into account in order to preserve various groups of species. Boreal agricultural biodiversity and in particular, distribution and richness of threatened species is strongly associated with various grasslands. Further, heterogeneous agricultural landscapes characterized by moderate field size, forest patches and non-crop agricultural habitats enhance the biodiversity of rural environments. From the landscape ecological perspective, the major threats to Finnish agricultural biodiversity are the decline of connected grassland habitat networks, and general homogenization of landscape structure resulting from both intensification and marginalization of agriculture. The maintenance of key habitats, such as meadows and pastures is an essential task in conservation of agricultural biodiversity. Furthermore, a larger landscape context should be incorporated in conservation planning and decision making processes in order to respond to the needs of different species and to maintain heterogeneous rural landscapes and viable agricultural diversity in the future.

Local alignment refinement using structural assessment.

Homology modeling is the most commonly used technique to build a three-dimensional model for a protein sequence. It heavily relies on the quality of the sequence alignment between the protein to model and related proteins with a known three dimensional structure. Alignment quality can be assessed according to the physico-chemical properties of the three dimensional models it produces.In this work, we introduce fifteen predictors designed to evaluate the properties of the models obtained for various alignments. They consist of an energy value obtained from different force fields (CHARMM, ProsaII or ANOLEA) computed on residue selected around misaligned regions. These predictors were evaluated on ten challenging test cases. For each target, all possible ungapped alignments are generated and their corresponding models are computed and evaluated.The best predictor, retrieving the structural alignment for 9 out of 10 test cases, is based on the ANOLEA atomistic mean force potential and takes into account residues around misaligned secondary structure elements. The performance of the other predictors is significantly lower. This work shows that substantial improvement in local alignments can be obtained by careful assessment of the local structure of the resulting models.

Local shockwave-application prevents flap necrosis

Objective: Local shockwave-application (SW) has shown to improve healing of various tissues and decrease necrosis of flaps. Though, there is no data about the optimal time-point of SW-application with regard to induction of ischemia (i.e. flap elevation) and subsequent effect on flap survival. Therefore we compared 2 shock-wave protocols in a model of persistent ischemia and investigated underlying mechanisms. Methods: 18 C57BL/6-mice equipped with a skinfold chamber containing a musculocutaneous flap were assigned to 3 experimental groups: 1. One session of 500 SWimpulses at 0·15 mJ/mm2 applied 24 hrs before (preconditioning) or 2. Applied 30 min after flap elevation (treatment). 3. Untreated flaps (control). Tissue necrosis,microhemodynamics, inflammation, apoptosis and angiogenesis were assessed by intravital epi-fluorescence microscopy over 10 days. Results: SW significantly reduced flap necrosis independent from the application time-point (preconditioning: 29 ± 7%; treatment: 25 ± 7% vs. control: 47 ± 2%; d10, p<0·05). This was associated with an early increase of functional capillary density (preconditioning: 236 ± 39 cm/cm2; treatment: 211 ± 33 cm/cm2 vs. control: 141 ± 7 cm/cm2; day1, p<0·05). Arteriolar diameter, red blood cell velocity and blood flow were comparable between the 3 experimental groups. SW-application significantly decreased the ischemiainduced inflammatory response (apoptotic cell death and leukocyte-endothelial interaction: (p<0·05)). Sprouts indicating angiogenesis were observed from day 7 only after SW-application. Conclusions: SW protects ischemically challenged musculocutaneous tissue. Interestingly, postoperative SW-application is as efficient as preoperative SWapplication. The protective effect induced by mechanical stress might be based on an early recruitment of ''sleeping capillaries'' maintaining nutritive perfusion and an anti-inflammatory effect within the ischemically jeopardized tissue. SWapplication provides a non-invasive alternative to local thermic and systemic pre-treatment of endangered tissues.

Severe ischemia of the hand following intra-arterial promazine injection: effects of vasodilation, anticoagulation, and local thrombolysis with tissue-type plasminogen activator.

Promazine hydrochloride was injected accidentally in the antecubital artery of a 42-year-old woman, resulting in severe ischemia of the second and third fingers of her right hand which lasted for four days before she was hospitalized. Vasodilation by combining axillary plexus block and intravenous sodium nitroprusside did not improve ischemia and local thrombolysis was performed using recombinant tissue-type plasminogen activator (50 mg over 8 hours), resulting in normalization of digital pressure in one of the two affected fingers. The outcome was favourable and amputation could be avoided.

Persisting atypical and cystic forms of Borrelia burgdorferi and local inflammation in Lyme neuroborreliosis

BACKGROUND: The long latent stage seen in syphilis, followed by chronic central nervous system infection and inflammation, can be explained by the persistence of atypical cystic and granular forms of Treponema pallidum. We investigated whether a similar situation may occur in Lyme neuroborreliosis. METHOD: Atypical forms of Borrelia burgdorferi spirochetes were induced exposing cultures of Borrelia burgdorferi (strains B31 and ADB1) to such unfavorable conditions as osmotic and heat shock, and exposure to the binding agents Thioflavin S and Congo red. We also analyzed whether these forms may be induced in vitro, following infection of primary chicken and rat neurons, as well as rat and human astrocytes. We further analyzed whether atypical forms similar to those induced in vitro may also occur in vivo, in brains of three patients with Lyme neuroborreliosis. We used immunohistochemical methods to detect evidence of neuroinflammation in the form of reactive microglia and astrocytes. RESULTS: Under these conditions we observed atypical cystic, rolled and granular forms of these spirochetes. We characterized these abnormal forms by histochemical, immunohistochemical, dark field and atomic force microscopy (AFM) methods. The atypical and cystic forms found in the brains of three patients with neuropathologically confirmed Lyme neuroborreliosis were identical to those induced in vitro. We also observed nuclear fragmentation of the infected astrocytes using the TUNEL method. Abundant HLA-DR positive microglia and GFAP positive reactive astrocytes were present in the cerebral cortex. CONCLUSION: The results indicate that atypical extra- and intracellular pleomorphic and cystic forms of Borrelia burgdorferi and local neuroinflammation occur in the brain in chronic Lyme neuroborreliosis. The persistence of these more resistant spirochete forms, and their intracellular location in neurons and glial cells, may explain the long latent stage and persistence of Borrelia infection. The results also suggest that Borrelia burgdorferi may induce cellular dysfunction and apoptosis. The detection and recognition of atypical, cystic and granular forms in infected tissues is essential for the diagnosis and the treatment as they can occur in the absence of the typical spiral Borrelia form.

Proyecto de diseño de las instalaciones de climatización y eléctrica de un local destinado a tareas de laboratorio y oficinas para una industria cerámica

El objetivo del presente proyecto será el definir, en su totalidad, las instalaciones de climatización/ventilación y eléctrica, de un local destinado a realizar las tareas de laboratorio de resistencia de materiales y oficinas para una industria cerámica. Esta iniciativa nace como una necesidad de este tipo de empresas a ofrecer unos productos de mayor calidad que la competencia, bastante dura en la zona donde se encuentran. Aún y la existencia de laboratorios homologados que ofrecen este tipo de servicios, se cree necesario este tipo de instalaciones, basados en la investigación de nuevos materiales y/o productos, pudiendo así ofrecer al cliente las máximas garantías de calidad de los productos finales obtenidos.

Proyecto de diseño de la totalidad de las instalaciones básicas de un local de restauración

La redacción del proyecto se centra en el diseño y dimensionado de las instalaciones básicas para el correcto funcionamiento de un restaurante. Como punto de partida se toma el diseño del local y sus respectivas zonas. A partir de este punto y con la normativa vigente, en concreto, el Código Técnico de la Edificación, procedemos al cálculo de las instalaciones que harán posible el servicio del local al público. Instalaciones como: eléctrica, climatización y ventilación, incendios, agua, saneamiento, gas, entre otras.

Local and Global Feature Extraction for Invariant Object Recognition

Perceiving the world visually is a basic act for humans, but for computers it is still an unsolved problem. The variability present innatural environments is an obstacle for effective computer vision. The goal of invariant object recognition is to recognise objects in a digital image despite variations in, for example, pose, lighting or occlusion. In this study, invariant object recognition is considered from the viewpoint of feature extraction. Thedifferences between local and global features are studied with emphasis on Hough transform and Gabor filtering based feature extraction. The methods are examined with respect to four capabilities: generality, invariance, stability, and efficiency. Invariant features are presented using both Hough transform and Gabor filtering. A modified Hough transform technique is also presented where the distortion tolerance is increased by incorporating local information. In addition, methods for decreasing the computational costs of the Hough transform employing parallel processing and local information are introduced.

Estratègies de desenvolupament local de la comarca de la Noguera

El present document constitueix el Treball Final de Grau de Geografia i Ordenació del Territori. Basant-se en una anàlisi socioeconòmica de la comarca de la Noguera per, posteriorment, poder aproximar-nos cap a unes interpretacions dels resultats extrets que ens permetin fer una radiografia sintètica de l’estat actual de la comarca. A partir d’aquestes interpretacions es farà una anàlisi DAFO per tal d’extreure’n les fortaleses i les debilitats principals i, a partir d’aquest, obtindre unes bases per poder obtenir un seguit d’estratègies claus que es desenvolupin a través de diferents línies d’actuació específiques. Així doncs, el treball que desenvolupat al llarg del projecte, consta d’una primera part on s’hi inclouen diferents tècniques d’obtenció d’informació que s’han après al llarg de la carrera. En una segona part s’hi presenta una tasca més personal i amb un toc d’aportació individual, amb la invenció i enfocament de les diferents estratègies de desenvolupament.

Fishery of the Goliath grouper, Epinephelus itajara (Teleostei: Epinephelidae) based on local ecological knowledge and fishery records in Yucatan, Mexico

The Goliath grouper, Epinephelus itajara, a large-bodied (similar to 2.5 m TL, > 400 kg) and critically endangered fish (Epinephelidae), is highly Vulnerable to overfishing. Although protected from fishing in many countries, its exploitation in Mexico is unregulated; a situation that puts its populations at risk. Fishery records of E. itajara are scarce, which prevents determination of its fishery status. This work aimed to elucidate the E itajara fishery in the northern Yucatan Peninsula by 1) analyzing available catch records and 2) interviewing veteran fishermen (local ecological knowledge) from two traditional landing sites: Dzilam de Bravo and Puerto Progreso. Historic fishery records from two fishing cooperatives were analyzed in order to elucidate the current situation and offer viable alternatives for conservation and management. Catches have decreased severely. Local knowledge obtained from fishermen represented a very important source of information for reconstructing the fisheries history of this species. Conservation measures that incorporate regional and international regulations on critically endangered fish species are suggested

La renda mínima d'inserció: una eina útil d’inserció social en el món local

La crisi actual ha agreujat la situació socioeconòmica de nombroses persones i famílies , esdevenint una realitat social cada vegada més complexa . Aquest nou context, ha portat a que aquesta nova bossa de persones hagin de recórrer a demanar suport als serveis socials bàsics. Persones que fins aquest moment havien estat en una situació normalitzada i en aquests moments estan en el llindar de l’exclusió social. El treball Sorgeix de la necessitat del món local, concretament de l’Àrea Bàsica de Serveis Socials del Consell Comarcal de l’Alt Penedès, de disposar d’eines d’inserció social per a les persones perceptores de la renda mínima d’inserció de la comarca, que formen part d’aquest col·lectiu en risc d’exclusió. Planteja la importància que des del món local es creïn aliances amb entitats , associacions diverses i de diferents àmbits , per tal d’adequar les respostes i les mesures d’inserció social segons la realitat de cada persona i família a través de diferents tasques col·laboratives, dins la seva comunitat, el seu entorn més immediat. Presenta la renda mínima com una via útil i necessària per lluitar contra la pobresa i a favor de la inclusió social

Les paiements pour services environnementaux de la Fondation Natura Bolivia entre logiques réciprocitaires, redistributives et marchandes

La diffusion internationale des paiements pour services environnementaux (PSE) a été interprétée en 2010 par le gouvernement bolivien d'Evo Morales comme une réponse strictement néolibérale à la nécessité d'assurer une gestion durable des ressources naturelles. Supposée amener à terme à l'éviction de toute régulation autre que marchande - qu'elle s'applique à la nature ou aux rapports entre personnes -, la mise en place de PSE n'a pas été encouragée par les autorités nationales boliviennes. Des projets de PSE ont toutefois été lancés, dont les Acuerdos Reciprocos por el Agua (ARA), issus d'un partenariat public-privé dans le département de Santa Cruz. En analysant leur conception et leur fonctionnement au prisme du référentiel polanyien, nous montrons que, contrairement aux craintes gouvernementales, ces PSE ne font pas abstraction des logiques organisationnelles réciprocitaires et redistributives, ajustant au contexte local un objet global. The international dissemination of payments for ecosystem services (PES) has been interpreted in 2010 by the Bolivian government of Evo Morales as a strictly neo-liberal response to the need to ensure a sustainable management of natural resources. Supposed to contribute to the crowding-out of any other regulation than market - applied to the nature or the relationship between people - the implementation of PES was not encouraged by the Bolivian national authorities. However some PES projects stemming from a public-private partnership have been initiated at local level, as the Acuerdos Reciprocos por el Agua (ARA), in the department of Santa Cruz. Analysing their design and operating through the Polanyian framework, we show that, contrary to the government fears, these PES do not ignore the reciprocal and redistributive organisational logics, adjusting a global object to the local context.

Suomalaisten jäte- ja jätevesialan yritysten yhteistyömahdollisuudet sekä uudet tuotekonseptit koti- ja ulkomaisen liiketoiminnan kehittämisessä

Diplomityö on tehty osana InnoEnvi-hanketta, joka on Etelä-Suomen ympäristöalan verkostoitumiseen ja tietoyhteiskunnan kehittymiseen tähtäävä toimintakokonaisuus. InnoEnvi on osa Etelä-Suomen maakuntien valmistelemaa InnoElli-ohjelmaa. InnoEnvi-hankkeen päätavoitteena on kehittyvän ympäristöklusterin luominen Etelä-Suomeen. Monet suomalaiset ympäristöalalle erikoistuneet yritykset ovat vielä tänä päivänä pieniä, nuoria ja pirstaleisia, minkä vuoksi ne tarvitsevat tukea ja yhteistyötä varsinkin vientimarkkinoille pyrkiessään. Tämän työn oleellisimpana tavoitteena oli kartoittaa Etelä-Suomen jäte- ja jätehuoltoalan yritysten yhteistyön mahdollisuuksia ja etuja, sekä yhteistyön tuomaa vaikutusta koti- ja ulkomaiseen liiketoimintaan. Tutkimusongelmaa lähestyttiin kartoittamalla Suomen tämänhetkistä jäte- ja jätevesihuollon tilaa ja käytössä olevaa teknologiaa sekä ympäristöliiketoimintaan vaikuttavia ohjauskeinoja. Ympäristöalan liiketoimintakenttään syvennyttiin tutkimalla alan verkostoitumista ja uusia verkostoitumisen mahdollisuuksia. Verkostoituneita yrityksiä ja yhteistyön lisätarvetta selvitettiin InnoEnvissä tehtyjen aiempien tutkimustulosten sekä tässä tutkimuksessa tehtyjen yrityshaastattelujen avulla. Uudet EU-maat panostavat tiukentuvien ympäristösäädösten takia ympäristönsuojeluun, mikä tekee niistä houkuttelevan ympäristöteknologian vientikohteen. Tässä työssä valittiin tutkimuksen kohteiksi Latvia ja Puola, joiden ympäristöteknologian tasoa ja kehitystarpeita selvitettiin vientipotentiaalin hahmottamiseksi. Molempien maiden jätevesi- ja varsinkin jätehuollossa on paljon kehitettävää, ja maissa panostetaankin kehitystoimiin monin erilaisin valtiollisin ohjelmin. Kotimaisen ympäristöliiketoiminnan kehittämiseksi työssä käsiteltiin neljää tuote- ja palvelukonseptia, jotka valittiin InnoEnvi-hankkeessa tehdystä ajankohtaisesta ympäristöalan investointihankekartoituksesta. Valitut konseptit ovat: REF-valmistuslaitos, jätevesilietteen käsittelylaitteisto, pilaantuneiden maiden käsittelytoimet sekä kaatopaikan lopettaminen. Tuotekonseptit jaettiin osatuotteisiin ja –palveluihin, joita verkostoituneet yritykset voisivat yhdessä tuottaa. Työkaluiksi yritysten kontakteihin nähtiin InnoEnvi-hankkeessa muodostetut miniklusterit ja niiden sisällä kehittyvä toiminta sekä hankkeessa rakennettu www-pohjainen Matching-palvelu. Tutkimuksessa löydettiin uusia mahdollisuuksia yhteistyötoiminnalle. Verkostoitumisessa nähdään haastattelujen mukaan monia etuja: tiedonsaanti, taloudelliset edut, toiminnan luotettavuus sekä uudet virikkeet markkinointiin ja tuotekehitykseen. Lisäyhteistyökumppaneille on haastattelujen mukaan tarvetta. Verkostoituminen tuo vientitoimintaa aloitteleville pk-sektorin yrityksille mahdollisuuden saavuttaa kansainvälistymiseen tarvittavia resursseja. Niin koti- kuin ulkomaisessakin liiketoiminnassa verkoston tärkeimmäksi tekijäksi osoittautui veturiyritys, joka voi vastata verkostossa muun muassa markkinoinnista ja tuotekehityksestä Vientitoiminnassa kohdemaan lainsäädännön ja yleisien toimintatapojen tunteminen on tärkeää. Paikalliset kohdemaan suunnittelu- ja urakointiyritykset ovat tärkeitä yhteistyökumppaneita vientihankkeessa. Latviassa jätehuoltoteknologian kehittämisen tarve on niin yhdyskunta-, ongelma- kuin teollisuusjätteidenkin osalta merkittävä. Puolassa jätesektorin ajankohtaisia aiheita ovat muun muassa kaatopaikkojen vähentäminen ja pakkausjätteen käsittely. Molempien esimerkkimaiden kohdalla jätevesihuollossa tullaan keskittymään lietteiden käsittelyn vaatimiin teknologian tarpeisiin. Vientiosiossa tehtiin vientiyhteistyöesimerkki, jossa tutkittiin kuvitteellista rakennusjätteen käsittelylaitoksen toimittamisprojektia Puolaan. Esimerkkiin saatiin tietoja InnoEnvissä tehdystä Puolan markkinatutkimuksesta. Tulokseksi saatiin viitteitä mahdollisista suomalaisista laitetoimittajista, viisi potentiaalista puolalaista suunnitteluyritystä sekä viisi puolalaista urakoitsijaa. On tärkeää, että kotimaisella yritysryppäällä on kokemusta sujuvasta yhteistyöstä ennen vientiprojektin toteuttamista. Tuotekonseptiesimerkkeihin kartoitettiin pääosa eteläsuomalaisista tuotteiden ja palvelujen tarjoajista. Tarkasteluun otettiin mukaan myös yrityksiä, joiden tuotteet tai palvelut olivat lähellä käsiteltyä konseptia. Tehtyjen yrityslistojen avulla on tarkoitus antaa virikkeitä uusien yritysryppäiden muodostamisesta sekä uusista tuote- ja palveluideoista, joille on nähtävissä markkinapotentiaalia. InnoEnvi-hankkeessa valmisteltujen työkalujen avulla eteläsuomalaiset yhteistyöstä kiinnostuneet yritykset voivat luoda kontakteja ja kokoontua miettimään tulevien investointihankkeiden toteuttamista kotimaassa ja myöhemmin jopa ulkomailla. Työn tuloksia esitellään InnoEnvi-hankkeen toimijoiden kautta jäteminiklusterissa toimiville eteläsuomalaisille yrityksille.