New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.

Implicating the mechanisms of ADP-ribosylation factor activation in the resistance of invasive breast cancer cells to EGFR tyrosine kinase inhibitors

ADP-ribosylation factor-1 (ARF1) est une petite GTPase principalement connue pour son rôle dans la formation de vésicules au niveau de l’appareil de Golgi. Récemment, dans des cellules de cancer du sein, nous avons démontré qu’ARF1 est aussi un médiateur important de la signalisation du récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) contrôlant la prolifération, la migration et l'invasion cellulaire. Cependant, le mécanisme par lequel l’EGFR active la GTPase ainsi que le rôle de cette dernière dans la régulation de la fonction du récepteur demeure inconnue. Dans cette thèse, nous avions comme objectifs de définir le mécanisme d'activation de ARF1 dans les cellules de cancer du sein hautement invasif et démontrer que l’activation de cette isoforme de ARF joue un rôle essentiel dans la résistance de ces cellules aux inhibiteurs de l'EGFR. Nos études démontrent que les protéines d’adaptatrices Grb2 et p66Shc jouent un rôle important dans l'activation de ARF1. Alors que Grb2 favorise le recrutement d’ARF1 à l'EGFR ainsi que l'activation de cette petite GTPase, p66Shc inhibe le recrutement du complexe Grb2-ARF1 au récepteur et donc contribue à limiter l’activation d’ARF1. De plus, nous démontrons que ARF1 favorise la résistance aux inhibiteurs des tyrosines kinases dans les cellules de cancer du sein hautement invasif. En effet, une diminution de l’expression de ARF1 a augmenté la sensibilité descellules aux inhibiteurs de l'EGFR. Nous montrons également que de hauts niveaux de ARF1 contribuent à la résistance des cellules à ces médicaments en améliorant la survie et les signaux prolifératifs à travers ERK1/2, Src et AKT, tout en bloquant les voies apoptotiques (p38MAPK et JNK). Enfin, nous mettons en évidence le rôle de la protéine ARF1 dans l’apoptose en réponse aux traitements des inhibiteurs de l’EGFR. Nos résultats indiquent que la dépletion d’ARF1 promeut la mort cellulaire induite par gefitinib, en augmentant l'expression de facteurs pro-apoptotiques (p66shc, Bax), en altérant le potentiel de la membrane mitochondriale et la libération du cytochrome C. Ensemble, nos résultats délimitent un nouveau mécanisme d'activation de ARF1 dans les cellules du cancer du sein hautement invasif et impliquent l’activité d’ARF1 comme un médiateur important de la résistance aux inhibiteurs EGFR.

Haematological responses of green mussel Perna viridis (Linnaeus) to heavy metals copper and mercury

Department of Marine Biology, Microbiology and Biochemistry, Cochin University of Science and Technology

Effects of the Piscicides, Mahua Oil Cake and Croton Seed on the Prawn Culture System

Department of Marine Biology, Microbiology and Biochemistry

Solid acid-catalyzed dehydration/Beckmann rearrangement of aldoximes: towards high atom efficiency green processes

Rare earth metal ion exchanged (La3+, Ce3+, RE3+) KFAU-Y zeolites were prepared by simple ion-exchange methods and have been characterized using different physico-chemical techniques. In this paper a novel application of solid acid catalysts in the dehydration/ Beckmann rearrangement of aldoximes; benzaldoxime and 4-methoxybenzaldoxime is reported. Dehydration/Beckmann rearrangement reactions of benzaldoxime and 4-methoxybenzaldoxime is carried out in a continuous down flow reactor at 473K. 4-Methoxybenzaldoxime gave both Beckmann rearrangement product (4-methoxyphenylformamide) and dehydration product (4-methoxybenzonitrile) in high overall yields. The difference in behavior of the aldoximes is explained in terms of electronic effects. The production of benzonitrile was near quantitative under heterogeneous reaction conditions. The optimal protocol allows nitriles to be synthesized in good yields through the dehydration of aldoximes. Time on stream studies show a fast decline in the activity of the catalyst due to neutralization of acid sites by the basic reactant and product molecules.

Beckmann rearrangement of E,E-cinnamaldoxime on rare earth exchanged (Ce3+, La3+, and RE3+) HFAU-Y zeolites: An efficient green process for the synthesis of isoquinoline

In this paper, a novel application of solid acid catalysts in the Beckmann rearrangement of E,E-cinnamaldoxime in the synthesis of an important heterocyclic compound; isoquinoline is reported. E,E-Cinnamaldoxime under ambient reaction conditions on zeolite catalysts underwent Beckmann rearrangement to produce isoquinoline in yields of ca. 86–95%. Cinnamonitrile and cinnamaldehyde were formed as by-products. LaH-Y zeolite produces maximum amount of the desired product (yield 95.6%). However, the catalysts are susceptible for deactivation due to the basic nature of the reactants and products, which neutralize the active sites. H-Y zeolite is more susceptible (22% deactivation in 10 h) for deactivation compared to the cerium-exchanged counterpart (18% deactivation in 10 h). Thus, the optimal protocol allows isoquinoline to be synthesised in excellent yields through the Beckmann rearrangement of cinnamaldoxime. The reaction is simple, effective, does not involve any other additives, and environmentally benign.

Investigations on Dezincification of Brass and Epoxy Coated Brass

Brasses are widely used as constructional materials in marine environment due to their anticorrosive,antifouling and mechanical properties.However, its resistance to corrosion and fouling may vary according to local marine environmental condition and the seasons.The dezincification of brass is one of the forms of selective corrosion which has attracted the attention of researchers for the last two decades.Many of the dezincification mechanistic studies have been performed in noncomplex media and hence their conclusions cannot be extended to esturine water,which is of great significance since brass is extensively used in marine environment.Inhibited α brasses are largely immune to dezincication and the effect of tin and arsenic addition to α/beta brasses is not so reliable in controlling the dezincification. There have been many cases of dezincification in duplex brasses in both freshwater and seawater.Though there is some protection methods such as inhibitors,electro deposition and electro polymerization,there is no reliable method of inhibiting the dezincification of two-phase brass.Organic coatings are effectively used for the protection metals due to their capacity to act a physical barrieer between the metal surface and corrosive environment.Hence,pure epoxy coating is selected for this as it has antocorrosiion effect on brass.The dezincification behaviour of brass of the present study has been highlighted in terms of corrosion rate,weight gain/loss,corrosion current and polarization resistence,open circuit potential,dezincification factor. The marine fouling as biomass on brass was assessed and presented in this thesis, The physicochemical properties of estuarine water were correlated with corrosion behaviour of brass.The deterioration of the brass subjected to the effect of estuarine water was also investigated as a measure of loss in mechanical properties such as tensile strength,yield strength,percntage elongation and percentage reduction in area.To validate dezincification data,visual observation,spot analysis,surface morphology before and after removal of corrosion products and corrosion product analysis were performed.The dezincification behavior of epoxy coated brass of the present study has beenhighlighted in terms of corrosion rate ,weight gain/loss,corrosion current and polarization resistance,open circuit potential.dezincification factor.The marine fouling as biomass on epoxy coated brass subjeted to the effect of estuarine water was also investigated as ameasure of loss in mechanical properties such as tensile strength,percentage elongation and percentage reduction in area.The results of dezincification behavior of brass and epoxy coated brass in Cochin estuary water has been presented and discussed.Attempt has been made to correlate the dezincification behavior of brass with epoxy coated brass.

Fluorescence Decay Characteristics of the Green Emission From CaF2:Ho3+

Variations in the decay times of the characteristic green emissions at 522.7, 551.3, 549.6, 547.6, 542.2, 540.2, 535.9 and 533.5nm from CaF2 :H03+ with concentration are studied at RT and LNT. A pulsed N2 laser beam of power density 1.5 MW cm-2 is used for the excitation. Temperature dependent concentration quenching of the decay times are observed for all the emission bands. But an increase in the decay time due to the reabsorption process is also observed for a few of the above bands.

Influence of Si, Sb and Sr Additions on the Microstructure, Mechanical Properties and Corrosion Behavior of AZ91 Magnesium Alloy

All the exciting work on developing new and better alloys has led older alloys, such as AZ9l , being abandoned by researchers. lt is believed that the full potential of AZ9l in automotive design has not been realized. Whatever works have been carried out on AZ9lalloy to improve its mechanical properties are insufficient in terms of its potential usage in auto industries. Due to the fact that AZ91 offers high room temperature mechanical properties and good castability, still this alloy is a primary choice for the auto component manufactures. Small improvement in its creep properties will have a huge impact in the transportation industries. Hence, in the present work, “Influence of Si, Sb and Sr Additions on the Microstructure, Mechanical Properties and Corrosion Behavior of AZ91 Magnesium Alloy”, an attempt has been made to improve the creep properties of AZ9l alloy through minor alloying elemental additions and to understand its strengthening mechanisms. The effect of alloying additions on the ageing and tensile properties of AZ9l is also studied. In addition to that, role of various intermetallics formed due to the alloying additions on the corrosion properties of AZ9l alloy is investigated.