Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine

Background: To enhance our understanding of complex biological systems like diseases we need to put all of the available data into context and use this to detect relations, pattern and rules which allow predictive hypotheses to be defined. Life science has become a data rich science with information about the behaviour of millions of entities like genes, chemical compounds, diseases, cell types and organs, which are organised in many different databases and/or spread throughout the literature. Existing knowledge such as genotype - phenotype relations or signal transduction pathways must be semantically integrated and dynamically organised into structured networks that are connected with clinical and experimental data. Different approaches to this challenge exist but so far none has proven entirely satisfactory. Results: To address this challenge we previously developed a generic knowledge management framework, BioXM™, which allows the dynamic, graphic generation of domain specific knowledge representation models based on specific objects and their relations supporting annotations and ontologies. Here we demonstrate the utility of BioXM for knowledge management in systems biology as part of the EU FP6 BioBridge project on translational approaches to chronic diseases. From clinical and experimental data, text-mining results and public databases we generate a chronic obstructive pulmonary disease (COPD) knowledge base and demonstrate its use by mining specific molecular networks together with integrated clinical and experimental data. Conclusions: We generate the first semantically integrated COPD specific public knowledge base and find that for the integration of clinical and experimental data with pre-existing knowledge the configuration based set-up enabled by BioXM reduced implementation time and effort for the knowledge base compared to similar systems implemented as classical software development projects. The knowledgebase enables the retrieval of sub-networks including protein-protein interaction, pathway, gene - disease and gene - compound data which are used for subsequent data analysis, modelling and simulation. Pre-structured queries and reports enhance usability; establishing their use in everyday clinical settings requires further simplification with a browser based interface which is currently under development.

A general definition and nomenclature for alternative splicing events

Understanding the molecular mechanisms responsible for the regulation of the transcriptome present in eukaryotic cells isone of the most challenging tasks in the postgenomic era. In this regard, alternative splicing (AS) is a key phenomenoncontributing to the production of different mature transcripts from the same primary RNA sequence. As a plethora ofdifferent transcript forms is available in databases, a first step to uncover the biology that drives AS is to identify thedifferent types of reflected splicing variation. In this work, we present a general definition of the AS event along with anotation system that involves the relative positions of the splice sites. This nomenclature univocally and dynamically assignsa specific ‘‘AS code’’ to every possible pattern of splicing variation. On the basis of this definition and the correspondingcodes, we have developed a computational tool (AStalavista) that automatically characterizes the complete landscape of ASevents in a given transcript annotation of a genome, thus providing a platform to investigate the transcriptome diversityacross genes, chromosomes, and species. Our analysis reveals that a substantial part—in human more than a quarter—ofthe observed splicing variations are ignored in common classification pipelines. We have used AStalavista to investigate andto compare the AS landscape of different reference annotation sets in human and in other metazoan species and found thatproportions of AS events change substantially depending on the annotation protocol, species-specific attributes, andcoding constraints acting on the transcripts. The AStalavista system therefore provides a general framework to conductspecific studies investigating the occurrence, impact, and regulation of AS.

Al cap i a la fi, en fi i en definitiva: tres marcadors discursius vehiculadors de la reformulació conclusiva en català

En aquest article analitzem el funcionament de tres marcadors discursius del català en textos escrits que comparteixen el fet que entre els seus components gramaticals hi ha la paraula fi: al cap i a la fi, en fi i en definitiva, per tal de ferneun estudi comparatiu.Tot i que el grau de fixació d’aquestes unitats és elevat —es caracteritzen per la invariablilitat—, la presència del mot fi com a un dels seus elements constitutius influeix decididament en el funcionament semanticopragmàctic d’aquestespeces lèxiques, de manera que en aquests marcadors s’evidencia clarament una interrelació entre la forma i la funció. Tots tres marcadors esdevenen vehiculadors de la reformulació conclusiva en català.

I-35 Corridor Trade Study - Final Executive Summary, 2005

The Federal Highway Administration (FHWA) and the Departments of Transportation in Texas, Oklahoma, Kansas, Missouri, Iowa and Minnesota combined their efforts to conduct a study of Interstate Highway 35 (I-35) from Laredo, Texas to Duluth, Minnesota. The purpose of the study was to assess the need for improved local, intrastate, interstate, and international service on I-35 and to clearly define a general feasible improvement plan to address those needs

Appropriateness of colonoscopy in Europe (EPAGE II): presentation of methodology, general results, and analysis of complications.

BACKGROUND AND STUDY AIMS: Appropriate use of colonoscopy is a key component of quality management in gastrointestinal endoscopy. In an update of a 1998 publication, the 2008 European Panel on the Appropriateness of Gastrointestinal Endoscopy (EPAGE II) defined appropriateness criteria for various colonoscopy indications. This introductory paper therefore deals with methodology, general appropriateness, and a review of colonoscopy complications. METHODS:The RAND/UCLA Appropriateness Method was used to evaluate the appropriateness of various diagnostic colonoscopy indications, with 14 multidisciplinary experts using a scale from 1 (extremely inappropriate) to 9 (extremely appropriate). Evidence reported in a comprehensive updated literature review was used for these decisions. Consolidation of the ratings into three appropriateness categories (appropriate, uncertain, inappropriate) was based on the median and the heterogeneity of the votes. The experts then met to discuss areas of disagreement in the light of existing evidence, followed by a second rating round, with a subsequent third voting round on necessity criteria, using much more stringent criteria (i. e. colonoscopy is deemed mandatory). RESULTS: Overall, 463 indications were rated, with 55 %, 16 % and 29 % of them being judged appropriate, uncertain and inappropriate, respectively. Perforation and hemorrhage rates, as reported in 39 studies, were in general < 0.1 % and < 0.3 %, respectively CONCLUSIONS: The updated EPAGE II criteria constitute an aid to clinical decision-making but should in no way replace individual judgment. Detailed panel results are freely available on the internet (www.epage.ch) and will thus constitute a reference source of information for clinicians.

“Ficino i els dimonis del geni”

La configuració del concepte de geni al Renaixement suposa una de les principals aportacions a la psicologia de l’artista, un procés que ha estat considerat com a dispositiu per la noció moderna del geni. En el seu tractat mèdico-astrològic De vita (1489), Ficino va definir els dispositius d’aquesta idea través d’una tríade que vinculava Saturn amb la malenconia i el furor diví. La hipòtesi que guia el treball és que, si bé aquests conceptes van obrar una forta influència en la posterior definició de la genialitat, Ficino seguia considerant el geni en la seva definició clàssica, això és, com un dimoni custodi de l’home. Ara bé, Ficino no va intentar una mera paràfrasi de la doctrina del genii o el daemon, sinó que sumant-l’hi les seves concepcions entorn la màgia i l’astrologia, va desenvolupar una teoria pròpia respecte a la naturalesa del geni personal, abordant la necessitat de l’home de conèixer el seu dimoni per actuar sobre les seves limitacions i explotar-ne les virtuts. Per aquest motiu, en aquest treball es parlarà dels dimonis del geni, en quant en l’explotació del daemon atorgat en la genitura intervenien, segons Ficino, els dimonis adquirits amb els artificis de la màgia natural o a través de la professió. Així doncs, l’objectiu general del treball és definir els diferents dimonis implicats en la concepció del geni en Ficino i les seves conseqüències en la psicologia de l’artista i l’art.

SIIMTA, Sistema Integrat d’Interacció de cos sencer generada en temps real i MusicoTeràpia per a persones amb discapacitats com l’Autisme

L’objectiu d’aquest Projecte Final de Carrera és el poder desenvolupar una nova eina de treball, segons el paradigme de l’interacció a cos sencer, per als terapeutes de la Fundació Tekhnikós, per a poder afavorir nous processos d’expressió, comunicació i interactivitat entre elpacient i el terapeuta en les sessions de Musicoteràpia.El Projecte tracta d’un sistema d’interacció a cos sencer per a pacients amb diferentspatologies o síndromes de conducta. Mitjançant un sistema de captura que treballa en el camp dels infrarojos, el pacient és capaç d’interactuar amb els elements de l’aplicació a través de lagesticulació. El moviment d’aquestes partícules (vegis el Glossari de termes en l’Annexe)generarà diferents sons segons posició i direcció en l’espai de la pantalla motivant al pacient a explorar el comportament el sistema de diferents maneres. Aquests estímuls sonors estan basatsen l’experiència prèvia de la Fundació amb les seves sessions de Musitoràpia, basades enl’observació de les reaccions del pacient davant estímuls sonors. Aquesta eina permetràexperimentat tot un món nou d’estímuls per al pacient, tant sonors, com visuals gràcies a la possibilitat de configuració de molts dels paràmetres del sistema. Gràcies al sistema de visió artifical s’aconsegueix una interacció màquina / pacient a cos sencer no intrusiu, molt interessant tenint en compte que l’aplicació està destinada a un gran espectre de patologies o síndromes. A més tenint en compte la tipologia general del pacient s’haoptat per una estètica molt minimalista, evitant qualsevol referència icònica per tal de no sobre estimular al pacient abans de que pugui interactuar amb el sistema.

El Negoci de l'esquí alpí als Pirineus catalans : Anàlisi del sector i recerca de noves oportunitats empresarials

El principal objectiu d’aquest estudi és fer un anàlisi sobre l’estat del negoci de l’esquí alpí al Pirineu català. El treball tracta des de diferents punts de vista com el climatològic, el purament econòmic o fins i tot el social, les diverses problemàtiques de les estacions d’esquí a Catalunya.En primer lloc, l’estudi es centra en la climatologia del Pirineu, observant les dades dels darrers anys i algun model de futur per constatar el descens de precipitacions i l’augment de temperatures i veure com pot evolucionar en el futur, analitzant també l’hipotètic impacte que causaria en les estacions d’esquí. Posteriorment, s’analitza detingudament l’estat general de les estacions d’esquí, comparant nombre de visitants, places hoteleres, cotes, domini esquiable o remuntadors, entre d’altres aspectes. La segona gran part de l’estudi es centra en l’anàlisi concret d’una estació, la de Vallter 2000, explicant-ne les condicions concretes i analitzant-ne l’evolució de clients o dies d’obertura i la situació econòmica de l’estació. A continuació, es fa un breu anàlisi del context internacional per poder comparar la situació del Pirineu català amb altres zonesdel Pirineu i amb els Alps. Finalment, com a conclusió, es presenten una sèrie d’alternatives, discernint entre les que podrien ser viables, que bàsicament van destinades a aconseguir una major injecció de capital, basant-se sobretot en diversificar les activitats i en integrar les activitats secundàries, i les que s’han considerat inviables, que contemplaven mesures com l’ampliació de les estacions cap a cotes més altes, l’augment dels canons de neu o la contractació d’assegurances climàtiques, descartades majoritàriament per requerir una inversió excessivament elevada.

Les Crisis asiàtiques i el procés de globalització : el cas de Corea del Sud

Corea del Sud ha vist en els últims 50 anys com la seva economia creixia a unsritmes espectaculars fins arribar a situar-se entre les primeres del món. El seu ascenssemblava imparable fins que l’any 1997, de forma inesperada per la majoria, esclatà lacrisis. En aquells moments, Corea del Sud s’havia convertit en la undècima economiadel planeta i la sisena potència comercial, sent el primer productor de vaixells imemòries DRAM, el quart de béns electrònics de consum, el cinquè d’automòbils i deproductes petroquímics, els sisè d’acer i el setè de productes tèxtils,A mitjans dels anys 50 el país tenia una economia agrària afectada per unapobresa massiva, la seva renta per càpita era inferior a les d’Angola o Moçambic, peròentre 1962 i 1996 el seu PNB per càpita passà de 87 dòlars a més de 12.000 i el seuPIB es multiplicà per 12, amb una taxa anual mitja de creixement del 8%, convertint-seen un país industrial avançat. A més, durant els anys 70 i 80 havia resistitsorprenentment bé les perturbacions (energètiques, monetàries i comercials) externes,malgrat el seu model de creixement depenia molt de les importacions de petroli, deldeute extern (fins mitjans dels 80) i de les exportacions de manufactures als mercatsoccidentals, i havia superat bé els problemes de deute extern que afectaren a altrespaïsos en vies de desenvolupament.Durant els anys 90 el procés de globalització financera contribuí, aparentment,a sostenir aquest creixement, amb l’entrada d’una quantitat ingent de fluxos de capitalestranger i la integració cada cop més plena dins dels mercats mundials de la mà d’unprocés de liberalització financera i comercial, arribant a aconseguir a finals de 1996 laseva admissió a la Organització de Cooperació i Desenvolupament Econòmic (OCDE).Però aquests factors que contribuïren al creixement li passarien factura, al propiciaruna sèrie de vulnerabilitats macroeconòmiques que acabarien sortint a la llum en elcontext de la crisis asiàtica del 97 i mostrarien la necessitat d’un canvi en el model dedesenvolupament, tan exitós durant anys, però incapaç d’adaptar-se per si sol alsnous paràmetres de l’economia globalitzada.2Com a continuació es veurà, la crisis coreana té unes característiques concretes,que la diferencien de la patida per la resta de països afectats per la crisis asiàtica del97, però comparteix també elements en comú. La crisis coreana s’entén millor dins elmarc en què es produí, el de les crisis asiàtiques. Però encara podem anar més lluny, jaque per molts experts les crisis del 97 han estat les primeres grans crisis de laglobalització i per tant és des d’aquí que s’ha d’analitzar, fins arribar al cas concret deCorea del Sud, incomprensible sense tot el context general.Les debilitats estructurals de les diferents economies asiàtiques afectadespoden explicar parcialment la gènesis de la crisis, però es tracta per molts d’una crisissistèmica global, que s’insereix en un context molt més ampli. Per això s’ha dividit elsegüent anàlisi en tres parts: els efectes de la globalització en general, les crisisasiàtiques i finalment el cas concret de Corea del Sud.

A qui li dic? : la detecció de l’abús sexual infantil i el traspàs d’informació entre professionals

Aquest treball s'estructura en una primera part de fonamentació teòrica. El procediment que s'ha seguit ha estat la recerca bibliogràfica. Es basa en els aspectes tècnics a tenir en compte per la detecció de l' Abusos Sexuals Infantils (ASI), la ubicació dels Serveis Bàsics d'Atenció Social (SBAS) dins el sistema català de serveis socials, el marc jurídic dels drets i de la protecció a la infància i l'adolescència així com de qüestions relatives al tractament de dades, de la confidencialitat de les informacions de què disposem els/les professionals, l'obligació de secret, complementat amb la deontologia professional, que ens pot orientar a l'hora de prendre les decisions més adequades a la nostra praxi. La segona part del treball és empírica. El procediment ha estat portar a terme un grup de reflexió ètica amb professionals del Consorci de Benestar Social del Pla de l'Estany-Banyoles. Partint de casos pràctics de sospita d'ASI, les persones participants han concretat els principals problemes (alguns dels quals relacionats amb l'ètica aplicada) davant els quals s'han trobat a la fase de detecció/intervenció. Les aportacions extretes de les diferents sessions en les quals es van treballar part dels objectius d'aquesta recerca ens permeten concretar la realitat i una primera deliberació sobre quina podria ser la bona pràctica general. La tercera part utilitza la fonamentació teòrica i els material del treball de camp per presentar la reflexió final que pretén donar resposta als objectius plantejats en aquesta recerca

Selective toxicity of the general anesthetic propofol for GABAergic neurons in rat brain cell cultures.

The intravenous, short-acting general anesthetic propofol was applied to three-dimensional (aggregating) cell cultures of fetal rat telencephalon. Both the clinically used formulation (Disoprivan, ICI Pharmaceuticals, Cheshire, England) and the pure form (2,6-diisopropylphenol) were tested at two different periods of brain development: immature brain cell cultures prior to synaptogenesis and at the time of intense synapses and myelin formation. At both time periods and for clinically relevant concentrations and time of exposure (i.e., concentrations > or = 2.0 micrograms/ml for 8 hr), propofol caused a significant decrease of glutamic acid decarboxylase activity. This effect persisted after removal of the drug, suggesting irreversible structural changes in GABAergic neurons. The gamma-aminobutyric acid type A (GABAA) blocking agents bicuculline and picrotoxin partially attenuated the neurotoxic effect of propofol in cultures treated at the more mature phase of development. This protective effect was not observed in the immature brain cells. The present data suggest that propofol may cause irreversible lesions to GABAergic neurons when given at a critical phase of brain development. In contrast, glial cells and myelin appeared resistant even to high doses of propofol.

The relation of body mass index and abdominal adiposity with dyslipidemia in 27 general populations of the WHO MONICA Project.

The association between adiposity measures and dyslipidemia has seldom been assessed in a multipopulational setting. 27 populations from Europe, Australia, New Zealand and Canada (WHO MONICA project) using health surveys conducted between 1990 and 1997 in adults aged 35-64 years (n = 40,480). Dyslipidemia was defined as the total/HDL cholesterol ratio >6 (men) and >5 (women). Overall prevalence of dyslipidemia was 25% in men and 23% in women. Logistic regression showed that dyslipidemia was strongly associated with body mass index (BMI) in men and with waist circumference (WC) in women, after adjusting for region, age and smoking. Among normal-weight men and women (BMI<25 kg/m(2)), an increase in the odds for being dyslipidemic was observed between lowest and highest WC quartiles (OR = 3.6, p < 0.001). Among obese men (BMI ≥ 30), the corresponding increase was smaller (OR = 1.2, p = 0.036). A similar weakening was observed among women. Classification tree analysis was performed to assign subjects into classes of risk for dyslipidemia. BMI thresholds (25.4 and 29.2 kg/m(2)) in men and WC thresholds (81.7 and 92.6 cm) in women came out at first stages. High WC (>84.8 cm) in normal-weight men, menopause in women and regular smoking further defined subgroups at increased risk. standard categories of BMI and WC, or their combinations, do not lead to optimal risk stratification for dyslipidemia in middle-age adults. Sex-specific adaptations are necessary, in particular by taking into account abdominal obesity in normal-weight men, post-menopausal age in women and regular smoking in both sexes.

L'adquisició de l'entonació en català, castellà i anglès

El principal objectiu del projecte és analitzar el desenvolupament de l’entonació de tres llengües, el català, el castellà i l’anglès. Pretenem investigar el desenvolupament dels diferents patrons entonatius que trobem en la producció primerenca, avaluant si, efectivament, aquests primers contorns produïts pels nens reflecteixen o no les propietats prosòdiques específiques de la llengua input dels adults. En resum, l'objectiu és poder esbrinar com l'infant va configurant la seva gramàtica entonativa així com el significat que va associat a aquestes produccions entonatives. Pretenem analitzar dos tipus de dades. Per una banda, un corpus d’entonació que conté els diàlegs controlats entre 36 nens i 36 adults (12 nens de cada llengua de 2, 4 i 6 anys) i que permet de comparar les mateixes frases produïdes pels adults i pels nens. Per altra banda, els corpus longitudinals de CHILDES que ens permeten analitzar dades sobre actes de parla i formes entonatives (corpus Serra-Solé per al català, corpus Ornat i Llinàs-Ojea per al castellà i el corpus Providence per a l'anglès americà i el Forrester per a l'anglès britànic).

La matèria de Bretanya a Catalunya, Escòcia i Anglaterra

Aquest projecte examina la literatura artúrica medieval catalana occitana, anglesa i escocesa. Un estudi comparatiu a partir de les fonts franceses originals palesa les seves diferents adaptacions i traduccions als models culturals autòctons, mostrant les característiques comunes i les diferenciadores dins del marc literari europeu. S’argumentà que els contexts històrics i intel•lectuals influïren en la composició d’aquestes obres de manera que la llegenda artúrica respon a les inquietuds polítiques i socials contemporànies. Les tensions interterritorials i internacionals existents a la Corona d'Aragó condicionaren la composició de les obres com és el cas de La faula de Guillem de Torroella, que pot ser interpretada en clau dels enfrontaments entre Pere III i Jaume III de Mallorca i el paper que hi podria haver jugat una intervenció francesa en favor dels illencs. Per la seva banda, el Roman de Fergus utilitza la figura artúrica per enaltir la reialesa normanda escocesa i excloure els habitants d'origen celta de les esferes de poder. Des del punt de vista de la traducció i els estudis vernaculars, s’examinà com la Matèria de Bretanya contribuí a l’establiment i promoció d’una cultura nacional escrita en llengua pròpia davant de la cultura llatina hegemònica. Les prestigioses fonts franceses de les quals es deriven els texts catalans, francesos i anglesos permeteren de manera simbòlica que les llengües d'aquests països adquiriren el mateix prestigi que el francès, tot ajudant a la promoció de les llengües vernaculars en ambients cultes.