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Résumé Interaction entre les lipides alimentaires et l'inactivité physique sur la sensibilité à l'insuline et les lipides intramyocellulaires chez le sujet masculin en bonne santé Ces deux dernières décennies, l'incidence de la résistance à l'insuline n'a cessé de progresser dans les pays industrialisés. Un grand nombre de travaux suggèrent que ce trouble métabolique joue un rôle important dans la pathogenèse de maladies propres au monde industrialisé, telles que le diabète, l'hypertension et les maladies cardiovasculaires. Malgré de nombreuses études, les mécanismes à l'origine de la résistance à l'insuline restent encore incomplètement élucidés. En plus d'une composante génétique, de nombreux facteurs environnementaux semblent impliqués parmi ces derniers, nous nous sommes intéressés à l'effet d'une alimentation riche en graisses associée à une période d'inactivité physique de courte durée. Nous nous sommes également penchés sur la corrélation décrite entre la résistance à l'insuline et la concentration de graisses présentes à l'intérieur des cellules musculaires squelettiques, appelées lipides intramyocellulaires. Pour ce faire, 8 volontaires masculins ont été étudiés à deux occasions. Après deux jours de diète équilibrée associée à une activité physique, les participants étaient confinés au lit strict pour 60 heures et devaient manger une alimentation soit riche en graisses saturées soit riche en hydrates de carbones. Pour évaluer l'effet de l'alimentation seule, 6 des 8 volontaires ont été réétudiés après deux jours de diète équilibrée suivie par 60 heures d'alimentation riche en graisses saturées associées à une activité physique contrôlée. Nous avons estimé la sensibilité à l'insuline par la technique du clamp hyperinsulinémique euglycémique alors que la concentration de lipides intramyocellulaires a été déterminée par spectroscopie par résonance magnétique. Après 60 heures d'inactivité physique associée à une alimentation riche en lipides, nous avons observé une diminution de l'utilisation de glucose dépendante de l'insuline (-24±6%; p<0.05), alors qu'aucune modification significative de ce même paramètre n'a été constatée lorsque l'inactivité physique était associée à une alimentation riche en hydrates de carbones (+19±10%). Ces deux conditions se sont accompagnées d'une augmentation des lipides intramyocellulaires (+32±7% et +17±8% respectivement). Bien que l'augmentation des lipides intramyocellulaires observée après 60 heures d'une alimentation riche en graisses saturées associée à une activité physique modérée fût d'une ampleur similaire à celle de la condition associant une alimentation riche en graisses et inactivité physique, l'utilisation de glucose induite par l'insuline n'a pas été modifiée de manière significative (-7±9%) Ces résultats indiquent que l'inactivité physique et une alimentation riche en graisses saturées semblent interagir, induisant une diminution de la sensibilité à l'insuline globale. La concentration de lipides intramyocellulaires a été influencée par les lipides issus de l'alimentation et l'inactivité physique, sans être toutefois corrélée à la résistance à l'insuline. Abstract OBJECTIVE - To assess the effect of a possible interaction between dietary fat and physical inactivity on whole-body insulin sensitivity and intramyocellular lipids (IMCLs). RESEARCH DESIGN AND METHODS - Eight healthy male volunteers were studied on two occasions. After 2 days of an equilibrated diet and moderate physical activity, participants remained inactive (bed rest) for 60 h and consumed either a high-saturated fat (45% fat, of which ~60% was saturated fat [BR-HF]) or a high-carbohydrate (70% carbohydrate [BR-HCHO]) diet. To evaluate the effect of a high-fat diet alone, six of the eight volunteers were restudied after a 2-day equilibrated diet followed by 60 h on a high-saturated fat diet and controlled physical activity (PA-HF). Insulin sensitivity was measured by hyperinsulinemic-euglycemic clamp and IMCL concentrations by H-magnetic resonance spectroscopy. RESULTS - Insulin-mediated glucose disposal was decreased by BR-HF condition (-24 ± 6%, P < 0.05) but did not change with BR-HCHO ( + 19 ± 10%, NS). BR-HF and BR-HCHO increased IMCL levels (+32 ± 7%, P < 0.05 and +17 ± 8%, P < 0.0011, respectively). Although the increase in IMCL levels with PA-HF (+31 ± 19%, P = 0.12) was similar to that during BR-HF, insulin-mediated glucose disposal ( -7 ± 9%, NS) was not decreased. CONCLUSIONS - These data indicate that physical inactivity and a high-saturated fat diet may interact to reduce whole-body insulin sensitivity. IMCL content was influenced by dietary lipid and physical inactivity but was not directly associated with insulin resistance.

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RESUME INTRODUCTION Comprendre les déterminants de l'arrêt du tabagisme est un enjeu crucial, tant sur le plan clinique qu'en termes de santé publique. Dans l'étude transversale présentée ici, nous décrivons ce processus au travers de l'expérience d'ex-fumeurs. METHODE Sur une période de 4 mois, nous avons proposé à chaque patient consultant la Policlinique Médicale Universitaire de Lausanne de participer à une étude visant à examiner leur expérience de l'arrêt du tabagisme. Les critères d'inclusion étaient les suivants: (1) âge ≥ 18 ans (2) connaissance minimale de la langue française (capacité de comprendre et répondre aux questions) (3) être un ex-fumeur (défini comme une personne actuellement abstinente mais ayant fumé au moins 100 cigarettes [≥ 5 paquets] pendant > 6 mois dans le passé). Une infirmière formée a mené des entretiens semi-structurés en face-à-face avec les ex-fumeurs recrutés en utilisant un questionnaire explorant les 67 questions parmi les thèmes suivants : caractéristiques démographiques et socioéconomiques ; habitudes antérieures de consommation ; stades de motivation ; influence de l'environnement social ; état de santé et préoccupations au sujet de la santé ; perception des risques et des bénéfices du tabagisme ; perception de la dépendance nicotinique ; offre d'un counseling médical spécifique ; connaissances sur les modalités thérapeutiques disponibles et méthodes utilisées pour arrêter de fumer. Les résultats sont exprimés en nombres absolus, en pourcentages, en moyennes et en dispersion. RÉSULTATS 88 ex-fumeurs ont été inclus dans l'étude. Leurs caractéristiques démographiques et socioéconomiques sont les suivantes : La grande majorité d'entre eux sont des hommes (81%), l'âge moyen de 51 ans (variant de 19 à 81 ans), la moitié sont mariés, 72% de nationalité suisse et une grosse minorité (40%) ont une formation supérieure (universitaire ou équivalente). Leur histoire de consommation montre que l'âge moyen d'initiation du tabagisme est de 18 ans (entre 11 et 30 ans), et 23% ont commencé avant 16 ans. La consommation moyenne était de 26 cigarettes/jour. Presque tous les sujets (92%) étaient en contact fréquent avec des fumeurs à la maison, à l'école, au travail ou avec des amis au moment où ils ont commencé à fumer. La moitié des patients a essayé à une ou deux reprises d'arrêter de fumer avant de parvenir à une réelle abstinence. La durée depuis leur arrêt de consommation de cigarettes était en moyenne 5 ans et seuls 16% des sujets ont fumé occasionnellement depuis l'arrêt de leur consommation régulière. La majorité des ex-fumeurs (93%) dit avoir arrêté de manière abrupte et sans aucune aide thérapeutique (83%). 70 % des patients décrivent l'arrêt comme plutôt ou très difficile. Les problèmes décrits après l'interruption du tabagisme sont une prise pondérale (27%), la dépendance (23%), l'irritabilité (15%), les contacts avec des fumeurs (15%) et le manque de cigarette après les repas (11%). Les motivations principales à arrêter de fumer étaient des préoccupations générales au sujet de la santé (39%), des symptômes (23%) ou des signes cliniques spécifiques (22%), comme des problèmes cardiovasculaires ou respiratoires, ainsi que la conviction que le moment était venu d'arrêter (13%). D'autres motivations (comme les enfants, la grossesse, le coût...) étaient rarement mentionnées alors que 45% d'entre eux ont tout de même ressenti une pression de l'entourage, principalement de la part dé personnes vivant sous le même toit, de leurs famille ou amis. L'effet positif majeur de l'abstinence est, à leurs yeux, une amélioration globale de la santé (48%) ou de leurs problèmes cardiovasculaires ou respiratoires (32%). Trois quarts (74 %) des sujets savent que les cigarettes dites «légères »sont aussi nuisibles que les cigarettes normales, et 90 % sont conscients du fait que la nicotine peut induire une dépendance ; la moitié d'entre eux ne réalisent toutefois pas que le filtre ne protège pas contre les dangers de l'inhalation de fumée. Prés de trois quarts (73%) des ex-fumeurs disent avoir été interrogés sur leur consommation de tabac à l'occasion d'une consultation médicale motivée par un problème de santé et 30% clairement encouragés à arrêter par leur médecin. A ce sujet, 78 % sont d'avis qu'un médecin devrait par principe conseiller un arrêt du tabac. CONCLUSION Les 88 ex-fumeurs de cet échantillon ont, pour la plupart, arrêté la cigarette par leurs propres moyens, après un ou plusieurs échecs. Leurs motivations principales étaient le souci de leur propre santé, globalement ou relativement à des symptômes ou des signes cliniques spécifiques, ce qui reflète le fait que les patients sont relativement bien informés des dangers liés à la consommation de tabac. Enfin, le fumeur est sensible à l'influence de son environnement social, et, dans cette perspective, l'abstinence devrait être encouragée par les autorités sanitaires, les professionnels de la santé et les autres membres de la communauté.

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Résumé : Introduction : l'ostéoporose est une maladie caractérisée par une masse osseuse diminuée et une structure osseuse appauvrie amenant à une fragilité osseuse augmentée et par conséquent à une augmentation du risque fracturaire. Elle est associée à une morbidité et mortalité importantes. Il existe de nombreuses substances à disposition pour son traitement. La modalité d'administration est très variable selon la substance prescrite. Les bisphosphonates, puissants antirésorbeurs osseux, sont la classe médicamenteuse de référence. Malheureusement, prescrits per os, iIs ont fréquemment des effets secondaires digestifs limitant leur usage et sont donc mieux tolérés en iv. C'est le pamidronate qui a été le premier prescrit et reste le plus utilisé. Méthode : le meilleur régime d'administration du pamidronate n'étant pas connu, nous avons testé son effet à différentes doses sur les marqueurs du remodelage osseux et la densitométrie osseuse. Trois modalités d'administration pour une dose annuelle constante (30 mg tous les 3 mois, 40 mg tous les 4 mois et 60 mg tous les 6 mois) ont été comparées chez des femmes postménopausées avec une ostéoporose. 39 patientes ont été recrutées sur 2 ans et réparties en 2 groupes appelés EFAP 1 et 2 pour Evaluation de la Fréquence d'Administration du Pamidronate selon la fréquence des contrôles de sang. Résultats : au cours des 6 premiers mois de traitement, on observe une chute rapide des télopeptides sanguins dès le premier mois qui suit l'injection de 30, 40 ou 60 mg de pamidronate avec toutefois, une inhibition de la résorption osseuse plus efficace à long terme pour les traitements fractionnés (30 et 40 mg). Des résultats similaires sont obtenus pour l'ostéocalcine. Il n'existe en revanche pas de modifications significatives des autres paramètres (calcémie, PTH, vitamine D et phosphatase alcaline) dans les 3 groupes. Ces résultats se confirment après 24 mois de traitement avec une efficacité plus marquée pour les traitements 30 et 40 mg. Sur le plan des valeurs de densitométrie osseuse, après 2 ans de traitement, les valeurs sont augmentées de façon significative sur la colonne lombaire avec les trais dosages, de façon non significatives sur le col fémoral et de façon significative pour le trochanter avec le dosage de 40 mg seulement. Conclusions : bien que cette étude démontre des gains de densité osseuse quasi identiques entre les 3 modes d'administration pour une dose annuelle cumulée de 120 mg, l'inhibition du remodelage osseux est beaucoup plus importante avec les doses de 30 ou 40 mg tous les 3 ou 4 mois qu'avec 60 mg tous les 6 mois. Ces deux modes d'administration permettent de mieux expliquer le lien entre l'effet sur les marqueurs et sur la densitométrie osseuse.

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SUMMARY Pulmonary Pulmonary disease is the primary cause of morbidity and mortality in cystic fibrosis patients (CF). Airways of CF patients are early colonized by various bacteriae, and an intense inflammatory response participates to airways destruction. Accumulation of neutrophils releasing proteolytic enzymes and free radicals induce progressive lung tissue destruction in CF. Among several inflammatory mediators implicated in this process, chemotactic factors such as leukotriene B4 (LTB4), product of arachidonic omega-6 polyunsaturated fatty acid (PUFA), plays an important role. Many anti-inflammatory therapies including corticosteroids, ibuprofen, macrolides, antioxidants and antiproteinases have been proposed in CF over the last 20 years. In complement to these various approaches, dietary supplementation with polyunsaturated fatty acids (PUFA) omega-3, known to favor the synthesis of less inflammatory leukotriene B5 (LTB5), could also represent a potential. therapy. The objective of this thesis was to assess the impact of this nutritional approach on several CF neutrophil functions. In addition, we have also examined the influence of this approach on various clinical parameters, to assess the feasibility of future studies specifically oriented towards clinical effects. To that endeavour, a high performance liquid chromatography method has been developed and validated, allowing the simultaneous determination of LTB4 and LTB5 produced by stimulated human polymorphonuclear leukocytes. This method was applied for the analysis of samples collected from CF patients taking part to a double-blind, randomized, crossover placebo-controlled clinical trial aiming at evaluating in these patients the immunomodulatary effect of a liquid supplementation enriched in omega-3 PUFA in CF. This study has shown that omega-3 PUFA are incorporated in CF neutrophil membranes and results into a modulation of leucotrienes B production, as testified by a three fold decrease in LTB4/LTB5 ratio after omega-3 PUFA supplementation. However, no clinical improvement was observed upon omega-3 supplementation, very reproducible results observed allow to be optimistic for a future larger trial focused on clinical outcomes. In conclusion, even if the results show that omega-3 PUFA are absorbed by CF patients and that the subsequent decrease in LTB4/LTB5 ratio suggests that in such conditions, neutrophils may produce less pro-inflammatory mediators, the clinical relevance of those observations remains to be demonstrated. Future multicentric studies focusing on clinical endpoints are still warranted to determine the importance of omega-3 PUFA in CF therapeutics. RÉSUMÉ Les patients atteints de mucoviscidose (patients CF) souffrent d'infections pulmonaires récurrentes. Celles-ci provoquent un afflux permanent de neutrophiles dans le poumon, neutrophiles qui libèrent des enzymes protéolytiques et des radicaux libres responsables à long terme de la destruction du tissu pulmonaire et, finalement, de l'insuffisance respiratoire, première cause de morbidité et de mortalité chez ces patients. La réponse inflammatoire ainsi induite peut être réduite par divers traitements anti-inflammatoires, tels que corticoïdes, anti-inflammatoires non stéroïdiens ou azithromycine. L'apport oral en acides gras polyinsaturés (AGPI) oméga-3 pourrait être une autre approche thérapeutique intéressante. Ces nutriments sont décrits comme possédant des propriétés anti-inflammatoires notamment en favorisant la synthèse d'eicosanoïdes pourvus d'une activité inflammatoire moindre par rapport à ceux issus d'une autre famille d'AGPI, les oméga-6. Ce travail de thèse a pour objectif premier d'évaluer l'impact de cette approche nutritionnelle sur diverses fonctions du neutrophile chez des patients CF. Cependant un intérêt de nature prospective a également été porté à certains paramètres cliniques, afin d'évaluer la faisabilité d'une future étude axée sur des effets cliniques. Pour ce faire, une méthode de chromatographie liquide à haute performance couplée à un spectromètre de masse a été développée et validée. Cette analyse devait permettre le dosage simultané de deux eicosanoïdes, le leucotriène B4 (LTB4) issu des AGPI oméga-6 et le leucotriène B5 (LTB5) issu des AGPI oméga-3. Puis, une étude clinique, double aveugle, randomisée, croisée sans période de washout, mais contrôlée avec un placebo, a été mise au point pour évaluer l'effet immunomodulateur de ces AGPI oméga-3 donnés sous la forme d'un liquide nutritif chez des patients CF. Les résultats de cette étude ont permis de démontrer l'absorption intestinale des AGPI oméga-3 par les patients. De plus, leur administration a permis de modifier la production de teucotriène B. En effet, le ratio LTB4/LTB5 a été diminué de près de trois fois sous liquide nutritif enrichi en AGPI oméga-3. Enfin aucune différence n'a pu être notée pour les paramètres cliniques; toutefois les résultats reproductibles observés permettent d'envisager qu'une future étude multicentrique axée sur des effets cliniques est faisable. En conclusion, la modification de la composition en AGPI membranaires du neutrophile observée durant cette étude laisse penser que ces nutriments sont absorbés par les patients CF. La modulation de la production en LTBs qui en découle permet d'envisager un potentiel effet anti-inflammatoire. Toutefois, la relevance clinique de ces observations restent à être démontrée. A l'heure actuelle, une étude multicentrique, focalisée sur des paramètres cliniques, est nécessaire avant de pouvoir se prononcer sur l'utilisation des AGPI oméga-3 chez les patients CF.

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RESUME DESTINE A UN LARGE PUBLIC En biologie, si une découverte permet de répondre à quelques questions, en général elle en engendre beaucoup d'autres. C'est ce qui s'est produit récemment dans le monde des kallicréines. De la famille des protéases, protéines ayant la faculté de couper plus ou moins spécifiquement d'autres protéines pour exercer un rôle biologique, la famille des kallicréines humaines n'était composée que de 3 membres lors du siècle dernier. Parmi eux, une kallicréine mondialement utilisée pour détecter le cancer de la prostate, le PSA. En 2000, un chercheur de l'hôpital universitaire Mont Sinaï à Toronto, le Professeur Eleftherios Diamandis, a découvert la présence de 12 nouveaux gènes appartenant à cette famille, situés sur le même chromosome que les 3 premières kallicréines. Cette découverte majeure a placé les spécialistes des kallicréines face à une montagne d'interrogations car les fonctions de ces nouvelles protéases étaient totalement inconnues. La kallicréine humaine 14 (hK14) présente un intérêt particulier, car elle se retrouve associée à différents cancers, notamment les carcinomes ovariens et mammaires. Cette association ne répond cependant pas à la fonction de cette protéase. L'objectif de ce travail de thèse était donc de découvrir, dans un premier temps, la spécificité de cette nouvelle kallicréine, c'est-à-dire le type de coupure qu'elle engendre au niveau des protéines qu'elle cible. Utilisant une technologie de pointe qui exploite la propriété des bactériophages à se répliquer dans les bactéries à l'infini, des dizaines de millions de combinaisons protéiques aléatoires ont été présentées à hK14, qui a pu sélectionner celles qui lui étaient favorables pour la coupure. Cette technique qualitative porte le nom de Phage Display Substrate. Une fois la sélection réalisée, il fallait transférer ces séquences coupées ou substrats dans un système permettant de donner une valeur quantitative à l'efficacité de coupure. Pour cela nous avons développé une technologie qui permet d'évaluer cette efficacité en utilisant des protéines fluorescentes de méduse, modifiées génétiquement, dont l'excitation de la première (CFP : cyan fluorescent protein) par la lumière à une certaine longue d'onde permet le transfert d'énergie à la seconde (YFP : yellow fluorescent protein), via un substrat qui les lie. Pour que ce transfert d'énergie se produise, il faut que les deux protéines fluorescentes soient proches, comme c'est le cas lorsqu'elles sont liées par un substrat. La coupure de ce lien provoque un changement de transfert d'énergie qui est quantifiable en utilisant un spectrofluoromètre. Cette technologie permet donc de suivre la réaction d'hydrolyse (coupure) des protéases. Afin de poursuivre certaines expériences permettant de mieux comprendre la fonction biologique d'hK14 ainsi que son éventuelle implication dans le cancer, nous avons développé des inhibiteurs spécifiques d'hK14. Les séquences qui on été le plus efficacement coupées par hK14 ont été utilisées pour transformer deux types d'inhibiteurs classiques, qui circulent dans notre sang, en inhibiteurs d'hK14 hautement efficaces et spécifiques. Selon les résultats obtenus in vitro, ils pourront être évalués in vivo en tant que traitement potentiel contre le cancer. RESUME Les protéases sont des enzymes impliquées dans des processus physiologiques mais aussi parfois pathologiques. La famille des kallicréines tissulaires humaines représente le plus grand groupe de protéases humaines, dont plusieurs pourraient participer au développement de certaines maladies. D'autre part, ces protéases sont apparues comme des marqueurs de pathogénicité potentiels, notamment dans les cas de cancers hormono-dépendants. La kallicréine humaine 14 a été récemment découverte et son implication dans quelques maladies, particulièrement dans le cas de tumeurs, semble probable. En effet, son expression génique est augmentée au niveau des tissus cancéreux de la prostate et du sein et son expression protéique s'est révélée plus élevée dans le sérum de patientes atteintes d'un cancer du sein ou des ovaires. Cependant, comme c'est le cas pour la plupart des kallicréines, sa fonction est encore inconnue. Afin de mieux connaître son rôle biologique et/ou pathologique, nous avons décidé de caractériser son activité enzymatique. Nous avons tout d'abord mis au point un système de substrats entièrement biologique permettant d'étudier in vitro l'activité des protéases. Ce système est basé sur le phénomène de FRET, à savoir le transfert d'énergie de résonance fluorescente qui intervient entre deux molécules fluorescentes voisines si le spectre d'émission de la protéine donneuse chevauche le spectre d'excitation de la protéine receveuse. Nous avons fusionné de manière covalente une protéine fluorescente bleue (CFP) et une jaune (YFP) en les liant avec diverses séquences. Par clivage de la séquence de liaison, une perte du transfert d'énergie peut être mesurée par un spectrofluoromètre. Cette technologie représente un moyen facile de suivre la réaction d'hydrolyse des protéases. Les conditions optimales de production de ces substrats CFP-YFP ont été déterminées, de même que les paramètres pouvant éventuellement influencer le FRET. Ce système possède une grande résistance à la protéolyse non spécifique et est applicable à un grand nombre de protéase. Contrairement aux substrats fluorogéniques, il permet d'étudier les acides aminés se trouvant des deux côtés du site de clivage. Ce système étant entièrement biologique, il est le reflet des interactions protéine-protéine et représente un outil biologique facile, bon marché et rapide pour caractériser les protéases. Dans un premier temps, hK14 a été mise en présence d' une banque de haute diversité de pentapeptides aléatoires présentée à la surface de phages afin d'identifier des substrats spécifiques. Ensuite, le système CFP-YFP a été employé pour trier les peptides sélectionnés afin d'identifier les séquences de substrats les plus sensibles et spécifiques pour hK14. Nous avons montré, qu'en plus de sa prévisible activité de type trypsine, hK14 possède aussi une très surprenante activité de type chymotrypsine. Les séquences les plus sensibles ont été choisies pour cribler la banque de donnée Swissprot, permettant ainsi l'identification de 6 substrats protéiques humains potentiels pour hK14. Trois d'entre eux, la laminine α-5, le collagène IV et la matriline-4, qui sont des composants de la matrice extracellulaire, ont démontré une grande susceptibilité à l'hydrolyse par hK14. De plus, la séparation éléctrophorétique a montré que la dégradation de la laminine α-5 et de la matriline-4 par hK14 devait se produire aux sites identifiés par la technologie du phage display. Pour terminer, nous avons transformé, par mutagenèse dirigée, deux serpines (inhibiteurs de protéases de type sérine) connues, AAT et ACT (alpha anti-trypsine et alpha anti-chymotrypsine), qui inhibent un vaste éventail d'enzymes humaines en inhibiteurs d'hK14 hautement efficaces et spécifiques. Ces inhibiteurs pourront être utilisés d'une part pour poursuivre certaines expériences permettant de mieux comprendre l'implication d'hK14 dans des voies physiologiques ou dans le cancer et d'autre part pour les évaluer in vivo en tant que traitement potentiel contre le cancer. SUMMARY Proteases consist of enzymes involved in physiological events, but also, in case of dysregulation, in pathogenicity. The human tissue kallikrein family represents the largest human protease cluster and includes several members that either could participate in the course of certain diseases or emerged as potential biological markers, especially in hormone dependent cancers. The human kallikrein 14 has been recently discovered and suggested implications in some disorders, particularly in tumors since its gene expression is up-regulated in prostate and breast cancer tissues and its protein expression increased in the serum of patients with breast and ovarian cancers. However, like most kallikreins, its function remains unknown. To better understand hK14 biological and/or pathological role, we decided to characterize its enzymatic activity. First of all, we developped a biological system suitable for in vitro study of protease activity. This system is based on the so-called FRET phenomenon, that is the Fluorescence Resonance Energy Transfer that occurs between two nearby fluorescent proteins if the emission spectrum of the donor overlaps the excitation spectrum of the acceptor. We fused covalently a cyan fluorescent protein (CFP) and a yellow fluorescent protein (YFP) with diverses sequences. Upon cleavage of the linker sequence by protease, the loss of energy transfer can be measured by a spectrofluorometer allowing an easy following of hydrolysis reaction. The optimal conditions to produce in bacterial system these CFP-YFP substrates were determined as well as the parameters that could eventually influence the FRET. This system demonstrated a high degree of resistance to non-specific proteolysis and applicability to various conditions corresponding to a great number of existing proteases. Other avantages are the possibility to study the amino acids located both sides of the cleavage site as well as the interest to work in a full biological system reflecting protein-protein interaction. A phage substrate library with exhaustive diversity was used prior to CFP-substrate-YFP system to isolate specific human kallikrein 14 substrates. After that the CFP-YFP system was used to sort peptides and identify highly sensitive and specific substrate sequences for hK14. We showed that besides its predictable trypsin-like activity, hK14 also possesses a surprising chymotrypsin-like activity. The screening of the Swissprot database was achieved with the most sensitive sequences and allowed the identification of 6 potential human protein substrates for hK14. Three of them, laminin α-5, collagen IV and matrilin-4, which are components of the extracellular matrix were incubated with hK14, by which they were efficiently hydrolyzed. Moreover, electrophoretic separation revealed that degradation of laminin α-5 and matrilin-4 by hK14 generated fragments with identical molecular size than the predicted N-terminal fragments that would result from hK14 specific cleavage, proving the value of phage display substrate to identify potential substrates. Finally, with site-directed mutagenesis, we transformed two well-known serpins (serine protease inhibitors), AAT and ACT (alpha anti-trypsin and alpha anti-chymotrypsin), which inhibit a vast spectrum of human enzymes into highly efficient and specific hK14 inhibitors. These inhibitors will be used to pursue experiments that could help understand hK14 implication in physiological pathways as well as in cancer biology and also to perform their in vivo evalution as potential cancer treatment.

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Résumé Malgré l'apparition de nouvelles techniques chirurgicales dites « sans tension », l'antalgie post-opératoire après cure de hernie inguinale reste un défi pour les anesthésiologistes. Récemment on a suggéré que l'addition de ketamine ou d'un anti-inflammatoire non-stéroïdien (AINS) à un anesthésique local pourrait améliorer et prolonger l'analgésie postopératoire. Le but de cette étude, à laquelle ont participé 36 patients ASA I-II, était d'évaluer si la coadministration de S(+) ketamine ou de ketorolac renforcerait les effets analgésiques de la bupivacaïne après cure ambulatoire de hernie inguinale sous anesthésie générale. L'analgésie a consisté en une infiltration de la plaie associé à un bloc inguinal avec soit 30 ml de bupivacaïne 0,5 % (n=12), soit 27 ml de bupivacaïne 0,5 % + 3 ml de S(+) ketamine (75 mg) (n=12), soit 28 ml de bupivacaïne 0,5 % + 2 ml de ketorolac (60 mg) (n=12). La prise orale d'antalgique en phase postopératoire était standardisée. L'intensité des douleurs a été évaluée au moyen d'une échelle visuelle analogique (EVA), d'un score verbal d'estimation et par algométrie de pression respectivement 2, 4, 6, 24 et 48 heures après l'intervention. Les trois groupes de patients ont présenté le score de douleur évalué par EVA le plus élevé à 24 heures, score significativement différent de ceux mesurés à 6 et 48 heures (P <0.05). A part une sensation de douleurs significativement moindre (score verbal d'estimation) dans le groupe ketorolac à 24 et 48 heures et seulement à 48 heures dans le groupe ketamine, il n'y avait aucune autre différence entre les groupes pour la durée de l'étude (48 heures) en ce qui concerne les scores de douleur, les seuils de douleur à la pression ou la prise postopératoire d'antalgiques « de secours ». En conclusion, l'addition de S(+) ketamine ou de ketorolac, n'améliore que marginalement l'effet analgésique de la bupivacaïne. Ceci peut-être mis en relation avec la technique de cure de hernie « sans tension » induisant un bas niveau de douleur postopératoire. Abstract Objective: The aim of the study was to assess whether coadministration of S(±) ketamine or ketorolac would enhance or prolong local analgesic effect of bupivacaine after inguinal hernia repair. Design: Prospective double-blind randomized study evaluating pain intensity after surgery under general anesthesia. Setting: Outpatient facilities of the University Hospital of Lausanne. Patient: Thirty-six ASA I-II outpatients scheduled for elective day-case inguinal herniorraphy. Intervention: Analgesia strategy consisted of a wound infiltration and an inguinal field block either with 30 mL bupivacairie (0.5%) or with the same volume of a mixture of 27 mL bupivacaine (0.5%) + 3 mL S(+) ketamine (75 mg) or a 28 mL bupivacaine (0.5%) + 2 ML ketorolac (60 mg). Postoperative analgesic regimen was standardized. Outcome Measures: Pain intensity was assessed with a Visual Analog Seale, a verbal rating score, and by pressure algometry 2, 4, 6, 24, and 48 hours after surgery. Results: The 3 groups of patients experienced the highest Visual Analog Scale pain score at 24 hours, which was different from those at 6 and 48 hours (P < 0.05). Apart from a significantly lower pain sensation (verbal rating score) in the ketorolac group at 24 and 48 hours and only at 48 hours with ketamine, there were no other differences in pain scores, pain pressure thresholds, or rescue analgesic consumption between groups throughout the 48-hour study period. Conclusion: The addition of S (+)-ketamine or ketorolac only minimally improves the analgesic effect of bupivacaine. This may be related to the tension-free hernia repair technique associated with low postoperative pain.

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RESUME Le diagnostic d'infection tuberculeuse repose essentiellement sur le test tuberculinique (test de Mantoux). Cependant, le résultat de ce dernier est également influencé par d'autres facteurs, le plus important étant la vaccination par le Bacille Calmette-Guérin (BCG), interaction connue depuis de nombreuses années. Il est généralement admis que l'effet de la vaccination peut entraîner des réactions positives jusqu'à un diamètre d'induration de 15 mm. Au-delà, la positivité du test est en général attribuée à une primo-infection tuberculeuse. Peu d'études se sont réellement penchées sur le sujet. Chez le personnel de soins soumis à des Mantoux répétés, cette notion revêt une importance particulière pour interpréter correctement une réaction fortement positive en l'absence de facteurs de risque tuberculeux, dans un pays à faible endémie tuberculeuse. Notre étude a cherché à déterminer si le diamètre transversal de l'induration du Mantoux était un critère fiable pour distinguer une positivité associée à une infection tuberculeuse de celle associée à une ancienne vaccination. Elle s'est attachée à rechercher un seuil au-delà duquel l'infection tuberculeuse pourrait être considérée comme probable. Entre janvier 1991 et mars 1998, tous les nouveaux employés du CHUV ont été invités à recevoir un test tuberculinique à l'occasion de leur visite d'entrée à la Médecine du personnel. En cas de réponse négative, un deuxième test a été pratiqué une semaine plus tard, pour détecter un éventuel effet booster. Lors de la première visite, l'infirmière a rempli un questionnaire comprenant les données démographiques usuelles, des informations concernant les facteurs pouvant influencer la positivité du test, notamment les antécédents de vaccination par le BCG, les expositions à la tuberculose et l'existence d'antécédents d'infection tuberculeuse. Parmi les 5117 sujets inclus dans l'étude, nous avons trouvé que l'influence de la vaccination variait en fonction de l'âge. Chez les sujets de moins de 40 ans, la vaccination par le BCG était le prédicteur le plus important d'un Mantoux positif inférieur à 18 mm, de loin supérieur aux facteurs de risque habituels pour une infection tuberculeuse, eux aussi significatifs. L'effet du BCG était présent pour des réactions allant jusqu'à 20 mm. Pour les Mantoux supérieurs à 20 mm, l'odds ratio (OR) relatif au BCG demeure clairement élevé (supérieur à 3,4) bien que non significatif. Par contre, pour les employés âgés de plus de 40 ans, le BCG est un facteur prédictif pour les tests supérieurs à 10 mm (OR 2.4) mais n'est plus un facteur significatif pour une taille supérieure à 15 mm. Ces résultats montrent que l'interprétation d'un test tuberculinique même fortement positif, doit être faite avec prudence et discernement. En effet, notre étude démontre que chez les sujets vaccinés de moins de 40 ans, dans les zones de faible endémie tuberculeuse particulièrement en l'absence de facteurs de risque pour une infection tuberculeuse, un Mantoux positif jusqu'à 18 mm est dû, le plus probablement, à une ancienne vaccination par le BCG, plutôt qu'à une infection par M tuberczilosis. L'interprétation des Mantoux de taille inférieure à 18 mm et les Mantoux effectués chez des sujets de moins de 40 ans, doit prendre en compte l'existence d'un BCG antérieur. En conséquence, la mise en évidence d'une réaction de Mantoux fortement positive ne devrait pas conduire systématiquement à un traitement préventif. L'absence de spécificité du test Mantoux, utilisé pour le dépistage de la tuberculose depuis bientôt une centaine d'année, est un problème connu. Nous démontrons que la taille de l'induration ne peut pas être utilisée de façon fiable comme critère pour identifier une infection tuberculeuse chez une personne vaccinée avec le BCG, avec le risque de sui-traiter un nombre important de sujets. Dans notre étude, 21% des sujets avaient un Mantoux supérieur ou égal à 15 mm et auraient dû être traités selon les recommandations en vigueur en Suisse si l'on ne tenait pas compte du BCG antérieur. Des tests plus spécifiques sont actuellement à l'étude et permettront vraisemblablement, à l'avenir, de palier au problème de l'absence de spécificité du test de Mantoux. Abstract : Background. Previous bacillus Calmette-Guerin (BCG) vaccination can confound the results of a tuberculin skin test (TST). We sought to determine a cutoff diameter of TST induration beyond which the influence of BCG vaccination was negligible in evaluating potential Mycobacterium tuberculosis infection in a population of health care workers with a high vaccination rate and low incidence of tuberculosis. Methods. From 1991 through 1998, all new employees at the University Hospital of Lausanne, Switzerland, underwent a 2-step TST at entry visit. We also gathered information on demographic characteristics, along with factors commonly associated with tuberculin positivity, including previous BCG vaccination, history of latent M. tuberculosis infection, and predictors for M. tuberculosis infection. Results. Among the 5117 investigated subjects, we found that influence of BCG vaccination on TST results varied across categories of age (likelihood ratio test, 0.0001). Prior BCG vaccination had a strong influence on skin test results of mm in diameter among persons <40 years old, compared with the influence of factors predictive of M. tuberculosis infection. Prior latent M. tuberculosis infection and travel or employment in a country in which tuberculosis is endemic also had significant influences. Conclusions. Interpretation of TST reactions of mm among BCG-vaccinated persons <40 years of age must be done with caution in areas with a low incidence of tuberculosis. In such a population, except for persons who have never been vaccinated, TST reactions of ---518 mm are more likely to be the result of prior vaccination than infection and should not systematically lead to preventive treatment.

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Summary of the thesis Glucose has been considered the major, if not the exclusive, energy substrate for the brain. But under certain conditions other substrates, namely monocarboxylates (lactate, pyruvate, and ketone bodies), can contribute significantly to satisfy brain energy demands. These monocarboxylates need to be transported across the blood brain barrier as well as out of astrocytes into the extracellular space and taken up into neurons. It has been shown that monocarboxylates are transported by a family of proton-linked transporters called monocarboxylate transporters (MCTs). In the central nervous system, MCT2 is the predominant neuronal form and little is known about the regulation of its expression. The neurotransmitter noradrenaline (NA) was shown previously to enhance the expression of MCT2 in cultured cortical neurons via a translational mechanism. Here, we demonstrate that two other substances, namely, insulin and IGF-1 enhance MCT2 protein expression in cultured mouse cortical neurons in a time- and concentrationdependent manner without affecting MCT2 mRNA levels. This result confirmed that MCT2 protein expression is translationally regulated and extend the observation to different types of neuroactive substances. Then we sought to determine by which signaling pathway(s) NA, insulin and IGF-1 can induce MCT2 protein expression. First, we observed by Western blot that all three substances cause activation of the MAP kinase ERK as well as the kinase Akt via their phosphorylation. Moreover, the mTOR/S6K pathway which is known to play an important role in translation initiation regulation was also strongly stimulated by all three substances. Second, we sought to determine the implication of these signaling pathways on the NA-, insulin- and IGF-1-induced enhancement of MCT2 protein expression and used specific inhibitors of these signaling pathways. We observed that the Pia kinase and mTOR inhibitors LY294002 and rapamycin respectively, strongly prevent the enhancement. of MCT2 expression caused by either NA, insulin ar IGF-1. In contrast, the MEK inhibitor PD98059 and the p38 MAP kinase inhibitor SB202190 had only a slight effect on the enhancement of MCT2 expression in all three cases. These results suggest that NA, insulin and IGF-1 regulate MCT2 protein expression by a common mechanism most likely involving the Akt/PKB pathway and translational activation via mTOR. In conclusion, considering the roles of NA, insulin and IGF-1 in synaptic plasticity, the tight translational regulation of MCT2 expression by these substances may represent a common mechanism through which supply of potentiated synapses with nonglucose energy substrates can be adapted to the level of activity. Résumé du travail de thèse Le glucose représente le substrat énergétique majeur pour le cerveau. Cependant, dans certaines conditions physiologiques ou pathologiques, le cerveau a la capacité d'utiliser des substrats énergétiques appartenant à la classe des monocarboxylates (lactate, pyruvate et corps cétoniques) afin de satisfaire ses besoins énergétiques. Ces monocarboxylates doivent être transportés à travers la barrière hématoencéphalique mais aussi hors des astrocytes vers l'espace extracellulaire puis re-captés par les neurones. Leur transport est assuré par une famille de transporteurs spécifiques, protons-dépendants, appelés transporteurs aux monocarboxylates (MCTs). Dans le système nerveux central, les neurones expriment principalement l'isoforme MCT2 mais peu d'informations sont disponibles concernant la régulation de son expression. Il a été montré que le neurotransmetteur noradrénaline (NA) augmente l'expression de MCT2 dans les cultures de neurones corticaux de souris par le biais d'un mécanisme de régulation traductionnel. La présente étude nous a permis de démontrer que deux autres substances, l'insuline et 17GF-1, induisent une augmentation de la protéine MCT2 dans ces mêmes cultures selon un décours temporel et une gamme de concentrations particulière. Etonnamment, aucun changement n'a été observé concernant les niveaux d'ARNm de MCT2. Ce résultat .confirme que la protéine MCT2 est régulée de manière traductionnelle et révèle que différentes substances neuro-actives peuvent réguler l'expression de MCT2. Compte tenu de ces observations, nous avons voulu déterminer par quelle(s) voie(s) de signalisation la NA, l'insuline et l'IGF-1 exercent leur effet sur l'expression de MCT2. Dans un premier temps, nous avons pu observer par Western blot que ces trois substances activent la MAP kinase ERK ainsi que la kinase Akt via leur phasphorylation. De plus, la voie mTOR/S6K, connue pour son implication dans la régulation de l'initiation de la traduction est aussi fortement activée par ces trois substances. Dans un second temps, nous avons voulu déterminer I implication de chacune de ces voies de signalisation dans l'augmentation de l'expression de la protéine MCT2 observée après stimulation à la NA, à l'insuline et à l'IGF-1. Pour ce faire, nous avons utilisé des inhibiteurs spécifiques de chacune de ces voies. (Vous avons observé que les inhibiteurs des voies PI3 kinase et mTOR (LY294002 et rapamycin respectivement), prévenaient fortement l'augmentation de l'expression de MCT2 induite par la NA, l'insuline ou (IGF-1. A l'inverse, les inhibitions de la MAP kinase .kinase MEK ainsi que de la MAP kinase p38 (par l'utilisation des inhibiteurs spécifiques PD98059 et SB202190 respectivement) n'ont eu qu'un léger effet dans ces mêmes conditions. Ces résultats suggèrent que la NA, 'l'insuline et I~GF-1 régulent l'expression de la protéine MCT2 par un mécanisme commun impliquant probablement la voie Akt/PKB et l'activation de la traduction via mTOR. En conclusion, considérant l'implication de la NA, de l'insuline et de I`IGF-1 dans la plasticité synaptique, le contrôle traductionnel étroit exercé par ces substances sur l'expression de MCT2 pourrait être un moyen d'alimenter en substrats énergétiques autres que le glucose les synapses activées et également d'adapter l'approvisionnement en substrats énergétiques au niveau d'activité. Résumé « grand public » Le cerveau est un organe qui réalise des tâches complexes nécessitant un apport important en énergie. La principale source d'énergie du cerveau est le glucose. Bien que le cerveau ne représente que 2% de la masse corporelle, il consomme à lui seul plus de 25% du glucose et 20% de l'oxygène provenant de la circulation sanguine. La nécessité d'un tel apport en énergie réside dans la nature -même du fonctionnement des milliards de neurones qui utilisent des signaux électriques et chimiques pour communiquer entre eux. Hormis l'utilisation massive du glucose comme source d'énergie, le cerveau est capable de consommer d'autres substrats énergétiques dans certaines conditions physiologiques ou pathologiques. Les monocarboxylates (lactate, pyruvate et corps cétoniques) font partie de ces autres sources d'énergie. Contrairement au glucose, les monocarboxylates ne diffusent pas facilement de la circulation sanguine vers les neurones. Afin de pouvoir être consommés par les neurones, ils doivent être transportés par un système adapté. Ce sont des transporteurs appelés transporteurs aux monocarboxylates ou MCT qui permettent le passage de ces substrats énergétiques du sang vers les neurones. Le but de ce travail de thèse a été de comprendre comment est régulée l'expression de MCT2, l'un de ces transporteurs exprimé spécifiquement à la surface des neurones. Cette étude nous a permis de mettre en évidence que le neurotransmetteur noradrénaline ainsi que les hormones insuline et IGF-1 (insulinlike growth factor-1) sont capables d'induire une augmentation d'expression de MCT2 à la surface des neurones en culture. Nous avons ensuite voulu déterminer par quels mécanismes de signalisation ces substances agissent sur l'expression de MCT2. Nous avons pu observer que la surexpression de la protéine MCT2 est due à une augmentation d'activité traductionnelle (la traduction étant une des étapes qui permet la synthèse des protéines) induite par le biais d'une voie de signalisation particulière. En conclusion, lorsque la noradrénaline, l'insuline ou 17GF-1 agissent sur les neurones, la traduction de la protéine MCT2 est activée et on observe une augmentation de l'expression de MCT2. Ce mécanisme pourrait permettre d'augmenter l'apport énergétique au niveau des neurones en augmentant le nombre de transporteurs pour les substrats énergétiques que sont les monocarboxylates. D'un point de vue physiologique, cette régulation d'expression pourrait jouer un rôle primordial dans des situations d'apprentissage et de mémorisation. Sur le plan pathologique, cela pourrait permettre de prévenir les dommages causes aux neurones dans certains cas d'atteintes cérébrales.

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Résumé Les télomères sont les structures ADN-protéines des extrémités des chromosomes des eucaryotes. L'ADN télomérique est constitué de courtes séquences répétitives. L'intégrité des télomères est essentielle pour protéger les extrémités des chromosomes contre les systèmes de dégradations et pour les distinguer des cassures de l'ADN double brin. Parce que la machinerie de la réplication de l'ADN n'est pas capable de répliquer l'extrémité des chromosomes, les télomères raccourcissent au fur et à mesure des cycles de réplication. Dès que les télomères atteignent une longueur critique, leur structure protectrice est perdue. Cela induit un signal de dommage de l'ADN et l'arrêt du cycle cellulaire. Pour contrebalancer le raccourcissement des télomères, les cellules qui s'auto régénèrent, dont les cellules de la moelle osseuse, les lymphocytes activés et 80-90% des cellules cancéreuses, expriment la télomérase. C'est une ribonucléoprotéine qui a la capacité de synthétiser des séquences télomériques par transcription inverse d'une courte séquence contenue dans sa propre sous-unité ARN avec laquelle elle est associée. La télomérase humaine est une enzyme processive au niveau de l'addition des nucléotides et aussi des répétitions télomériques. La télomérase de levure et la télomérase humaine sont toutes deux dimériques et il a été montré que la télomérase humaine recombinante contient deux ARN qui coopèrent pour fonctionner ainsi que deux sous-unités catalytiques. Cependant, il n'a pas encore été montré quel est le rôle de la dimérisation dans l'activité de la télomérase. Afin d'élucider ce rôle, nous avons exprimé, reconstitué et purifié la télomérase humaine dimérique recombinante. Et pour étudier l'effet d'ARN mutants sur l'activité de la télomérase, nous avons développé une méthode pour reconstituer et enrichir en hétérodimères de télomérase. Les hétérodimères contiennent une sous-unité ARN sauvage et une sous-unité ARN mutée au niveau de la séquence de la matrice. Sur l'ARN muté nous avons introduit une étiquette aptamer ARN-S1 puis nous avons purifié la télomérase via l'etiquette Si. Nous avons montré que la dimérisation est essentielle pour l'activité de la télomérase. Nos données indiquent que chaque télomérase du dimère allonge leur substrat, l'ADN télomérique, indépendamment l'une de l'autre à chaque cycle d'élongation mais que l'addition itérative de répétitions télomériques nécessite une coopération entre les deux télomérases du dimère. Nous proposons donc un modèle dans lequel les deux télomérases du dimères se lient et allongent deux substrats télomères et que pendant l'élongation processive les deux enzymes subissent un changement de conformation de manière coordonnée, ce changement va permettre le repositionnement des substrats pour d'autres cycles d'additions de répétitions télomériques. Dyskeratosis congenita est une maladie mortelle due majoritairement au disfonctionnement de la moelle osseuse. Dans la forme autosomale de la maladie, l'ARN de la télomérase contient des mutations. En utilisant notre système de reconstitution, nous avons montré que ces ARN mutés, qui ont perdu leur activité enzymatique dans le cas d'un homodimère de mutants, sont dominant négatifs quand ils sont présents dans les hétérodimères sauvage/mutant. Cet effet trans-dominant négatif pourrait contribuer à la progression de la maladie. Abstract Telomeres are protein-DNA structures at the ends of linear eukaryotic chromosomes. The telomeric DNA consists of tandemly repeated sequences. Telomeric integrity is essential to protect chromosomal ends from nucleolytic degradation and to prevent their recognition as DNA double strand breaks. Due to the inability of the conventional DNA replication machinery to replicate terminal DNA stretches, telomeres shorten with continuous rounds of DNA replication. As soon as telomeres reach a critical length, their protective structure is lost and the deprotected telomeres will induce a DNA damage response leading to cell cycle arrest. To counteract telomere shortening, self-renewing cells, including bone marrow cells, activated lymphocytes and 80-90% of cancer cells express the cellular reverse transcriptase telomerase, which has the capacity to synthesize telomeric repeats by reverse transcription of a short template sequence encoded by its stably associated RNA subunit. Human telomerase is a processive enzyme for nucleotide as well as repeat addition. Both yeast and human telomerase are dimeric enzymes and recombinant human telomerase has been shown to contain two functionally cooperating RNAs and most probably also two protein subunits. However, it has remained unclear how dimerization may contribute to telomerase activity. To study the role of dimerization, we expressed, reconstituted and purified recombinant human telomerase. We also developed a new method to reconstitute and enrich for telomerase heterodimers containing wild-type (wt) and mutant telomerase RNA subunits. To this end we introduced an S1-RNA-aptamer tag into telomerase RNA and purified telomerase reconstituted with a mixture of untagged and tagged RNA via the S1-tag. Using this experimental system, we introduced template mutations in the tagged RNA subunit and examined the effect of mutant RNAs on wt telomerase activity in wt/mutant heterodimers. We obtained evidence that dimerization is essential for telomerase activity. Our data indicate that the two subunits elongate telomere substrates independently of each other during single rounds of elongation, but that iterative addition of telomeric repeats requires cooperation between the two subunits. We suggest a model, in which dimeric telomerases bind and elongate two telomere substrates and that the two subunits undergo coordinated conformational changes during processive elongation that enable repositioning the substrates for subsequent rounds of repeat addition. Dyskeratosis congenita is a multisystemic disease with bone marrow failure as the major cause of death. The autosomal form of this disease was found to harbor mutations in the telomerase RNA. Using our reconstitution system, we tested whether mutant dyskeratosis telomerase RNAs behaved in a dominant negative manner. We observed that dyskeratosis telomerase RNA mutants, which lacked enzymatic activity were dominant negative, when present in wt/ mutant heterodimers. The transdominant negative effect of these mutants may contribute to disease progression.

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SUMMARY Both proteasomes and additional proteases play an essential role in the generation of most antigenic peptides presented by MHC class I molecules. Therefore, it is of major importance to characterize the mechanisms leading to the production of correct antigenic peptides to improve the design of vaccines. As a model determinant we used the melanoma-associated protein Melan-A, which contains the immunodominant CTL-epitope Melan-A26/27-35/HLA-A*0201 and against which a high frequency of T lymphocytes has been detected in many melanoma patients. In a first part, we have studied the effects of antigen processing on the induction of a specific T cell response in vivo. Our results have shown that the immunoproteasome, expressed in most cells after exposure to Interferon-γ (IFN-γ) and constitutively in some specialized cells such as dendritic cells, does not efficiently process the HLA¬A2-restricted peptide Melan-A26-35. We have produced recombinant lentiviral vectors (rec. 1v) and vaccinia virus (rec. vv) encoding either preprocessed Melan-A26-35(A27L) peptide or full-length Melan-A(A27L). The immunization of HLA-A2/Kb mice with thoses viruses indicates that immunoproteasomes negatively affect the induction of anti-Melan-A T cell responses in animals immunized with vectors coding for the full- length protein. This negative effect was abrogated in HLA-A2/Kb LMP2-/- mice, lacking the immunoproteasomes. Therefore, we can conclude that the expression of immunoproteasomes limits the induction of the anti-Melan-A T cell response. In a second part, we show that the in vitro degradation of a Melan-A26/27-35 precursor by the proteasomes produces both the final antigenic peptide and N-terminally extended intermediates. When human melanoma cells expressing the corresponding fragments were exposed to specific CTL, those expressing the minimal antigenic sequence were recognized more efficiently than those expressing the N-terminally extended intermediates. We demonstrated that the N-terminally extended intermediates were inefficiently trimmed by cytosolic proteases. These results imply that both proteasomes and post-proteasomal peptidases influence the availability of antigenic peptides and that the efficiency of presentation may be affected by conditions that alter the ratio between fully and partially processed proteasomal products. RESUME Le protéasome ainsi que d'autres protéases jouent un rôle essentiel dans l'apprêtement de la plupart des peptides antigéniques présentés par les molécules de MHC classe I. Il est donc particulièrement important de connaître les mécanismes menant à la production du peptide antigénique correct afin de pouvoir mieux définir de futurs vaccins. Nous avons utilisé la protéine associée au mélanome, Melan-A, contenant un épitope immunodominant Melan-A26/27-35/HLA-A*0201 contre lequel une fréquence élevée de lymphocytes T a été detectée dans plusieurs patients atteints de mélanome. Dans une première partie, nous avons étudié les effets de l'apprêtement du peptide antigéniques Melan-A26-35 sur l'induction de cellules T spécifiques dans la souris. Nos résultats ont démontré que l'immunoprotéasome, exprimé dans la plupart des cellules après exposition à de l'IFN-γ et exprimé constitutivement dans certaines cellules spécialisées, telles les cellules dendritiques, n'apprête pas efficacement le peptide antigénique Melan-A26-35 restreint par HLA-A2 in vitro. Nous avons produit des vecteurs lentiviraux recombinants ainsi que des virus vaccinia codant pour le peptide antigénique Melan-A26-35(A27L) et pour la protéine entière Melan-A(A27L). L'immunisation de souris HLA-A2/Kb avec ces virus démontre que l'immunoprotéasome affecte négativement l'induction d'une réponse T contre Melan¬-A dans les souris immunisées avec des virus contenant la séquence de la protéine entière. Cet effet négatif est complètement aboli dans les souris HLA-A2/Kb LMP2-/- qui n'expriment pas l'immunoprotéasome. Deuxièmement, nous avons demontré que la dégradation d'un peptide précurseur contenant Melan-A26/27-35 par le protéasome produit à la fois le peptide antigénique ainsi que des peptides rallongés à leurs extrémités N-terminales. Lorsque ces fragments sont exprimés dans des cellules humaines et exposés à des cellules T cytotoxiques (CTL), celles qui expriment le peptide antigénique final sont reconnus plus efficacement que celles exprimant les peptides rallongés en N-terminus. Nous avons démontré que les peptides rallongés en N-terminus ne sont pas apprêtés efficacement par les peptidases du cytosol. L'inefficacité de l'apprêtement des peptides rallongés dans le cytosol offre un certain avantage pour les peptides directement produits par le protéasome. Ces résultats impliquent donc que le protéasome ainsi que les peptidases post-proteasomales influencent l'accessibilité des peptides antigéniques.

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SUMMARY Roots of crop plants are the target of soil-borne pathogens, mainly fungi that cause considerable damage to plant health. By antagonizing these pathogens, some root-colonizing pseudomonads provide plants with efficient biological protection from disease. Pseudomonas fluorescens CHAO is a soil bacterium with the ability to suppress a considerable range of root diseases. A major characteristic conferring biocontrol capacity to this strain is the production of antifungal compounds, in particular 2,4-diacetyphloroglucinol (DAPG) and pyoluteorin (PLT). The regulation of the biosyntheses of these metabolites is complex and involves several regulatory systems responding to multiple environmental signals. In the present work, we have developed reporter systems based on green (GFP) and red fluorescent (DsRed) proteins to monitor regulation of antifungal gene expression in vitro and on plant roots. Stable and unstable GFP-based reporter fusions to the DAPG and PLT biosynthetic genes allowed us to demonstrate that P. fluorescens CHAO keeps the two antifungal compounds at a fine-tuned balance that can be affected by environmental signals. A GFP-based screening technique helped us to identify two novel regulators of balanced antibiotic production, i.e. MvaT and MvaV that are functionally and structurally related to the nucleoid-binding protein H-NS. They act in concert as global regulators of DAPG and PLT production and other biocontrol-related traits in P. fluorescens CHAO, and are essential for the bacterium's capacity to control a root disease caused by Pythium. The combined use of autofluorescent reporters, flow cytometry, and epifluorescence microscopy permitted us to visualize and quantify the expression of DAPG and PLT biosynthetic genes on roots. A GFP- and DsRed-based two-color approach was then developed to further improve the sensitivity of the flow cytometric quantitation method. The findings of this study shed more light on the complex regulatory mechanisms controlling antifungal activity of P. filuorescens in the rhizosphere. RESUME 4 e Les racines de plantes de culture sont la cible de divers pathogènes, principalement des champignons, qui nuisent gravement à la santé des plantes. Certains pseudomonades colonisant les racines peuvent avoir un effet antagoniste sur les pathogènes et protéger ainsi les plantes de manière efficace. Pseudomonas fluorescens CHAO est une bactérie du sol ayant la capacité de supprimer une gamme considérable de maladies racinaires. Une des caractéristiques principales conférant la capacité de biocontrôle à cette souche, est la production de composés antifongiques, en particulier le 2,4-diacétyphloroglucinol (DAPG) et la pyolutéorine (PLT). La régulation de la biosynthèse de ces métabolites est complexe et implique plusieurs systèmes régulateurs répondant à de multiples signaux environnementaux. Dans ce travail, nous avons développé des systèmes rapporteurs basés sur des protéines fluorescentes verte (GFP) et rouge (DsRed), afin d'étudier la régulation de l'expression des gènes d'antifongiques in vitro et sur les racines des plantes. Des fusions GFP stables et instables rapportrices de l'expression des gènes de biosynthèse du DAPG et de la PLT nous ont permis de démontrer que P. fluorescens CHAO gère les deux antifongiques dans une balance finement régulée pouvant être affectée par des signaux environnementaux. Une technique de criblage basée sur la GFP nous a permis d'identifier deux nouveaux régulateurs de la production d'antibiotiques, MvaT et MvaV, apparentés à la protéine H-NS liant l'ADN, Elles agissent de concert en tant que régulateurs globaux sur la production de DAPG et de PLT, ainsi que sur d'autres éléments relatifs au biocontrôle chez P. fluorescens CHAO. De plus, elles sont essentielles à la bactérie pour contrôler une maladie racinaire causée par Pythium. L'utilisation combinée de rapporteurs autofluorescents, de cytométrie de flux et de microscopie à épifluorescence nous a permis de visualiser et de quantifier l'expression des gènes de biosynthèse du DAPG et de la PLT sur les racines. Une approche utilisant simultanément la GFP et la DsRed a ensuite été développée afin d'améliorer la sensibilité de la méthode de quantification par cytométrie de flux. Les résultats de cette étude ont apporté plus de lumière sur les mécanismes régulateurs complexes contrôlant l'activité antifongique de P. fluorescens dans la rizosphère.

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RESUME Staphylococcus aureus est un important pathogène à gram-positif, à la fois responsable d'infections nosocomiales et communautaires. Le S. aureus résistant à la méthicilline est intrinsèquement résistant aux bêta-lactamines, inhibiteurs de la synthèse de la paroi bactérienne, grâce à une enzyme nouvellement acquise, la protéine liant la pénicilline 2A, caractérisée par une faible affinité pour ces agents et pouvant poursuivre la synthèse de la paroi, alors que les autres enzymes sont bloquées. Ce micro-organisme a également développé des résistances contre quasiment tous les antibiotiques couramment utilisés en clinique. Parallèlement au développement de molécules entièrement nouvelles, il peut être utile d'explorer d'éventuelles caractéristiques inattendues de médicaments déjà existants, par exemple en les combinant, dans l'espoir d'un potentiel effet synergique. Comprendre les mécanismes de tels effets synergiques pourrait contribuer à la justification de leur utilisation clinique potentielle. Récemment, un effet synergique contre le S. aureus résistant à la méthicilline a été décrit entre la streptogramine quinupristine-datfopristine et les bêta-lactamines, aussi bien in vitro qu'in vivo. Le présent travail a pour but de proposer un modèle pour le mécanisme de cette interaction positive et de l'étendre à d'autres classes d'antibiotiques. Premièrement, un certain nombre de méthodes microbiologiques ont permis de mieux cerner la nature de cette interaction, en montrant qu'elle agissait spécifiquement sur le S. aureus résistant à la méthicilline et qu'elle était restreinte à l'association entre inhibiteurs de la synthèse des protéines et bêta-lactamines. Deuxièmement, L'observation de l'influence des inhibiteurs de la synthèse des protéines sur la machinerie de la paroi bactérienne, c'est-à-dire sur l'expression des protéines liant la pénicilline, responsables de la synthèse du peptidoglycan, a montré une diminution de la quantité de ta protéine liant la pénicilline 2, connue pour posséder une activité de transglycosylation, indispensable au bon fonctionnement de la protéine liant la pénicilline 2A, responsable de la résistance à la méthicilline. Troisièmement, l'analyse fine de la composition du peptidoglycan extrait de bactéries, avant ou après traitement par des inhibiteurs de la synthèse des protéines, a montré des altérations corrélant avec leur capacité à agir en synergie avec les bêta-lactamines contre S. aureus résistant à ta méthicilline. Ces altérations dans les muropeptides pourraient représenter une signature de la diminution de la quantité de la protéine liant la pénicilline 2. Le modèle mécanistique retenu considère que les inhibiteurs de la synthèse des protéines pourraient diminuer l'expression de la protéine Liant la pénicilline 2, indispensable à la résistance à la méthiciltine, et que ce déséquilibre dans les enzymes synthétisant la paroi bactérienne pourrait générer une signature dans les muropeptides. SUMMARY Staphylococcus aureus is a major gram-positive pathogen causing both hospital-acquired and community-acquired infections. Methicillin- resistant Staphylococcus aureus is intrinsically resistant to the cell wall inhibitors beta-lactams by virtue of a newly acquired cell-wall-building enzyme, tow-affinity penicillin-binding protein 2A, which can build the wall when other penicillin-binding proteins are blocked. Moreover, the microorganism has developed resistance to virtually all non-experimental antibiotics. In addition of producing entirely new molecules, it is useful to explore unexpected features of existing drugs, for example by using them in combination, expecting drug synergisms. Understanding the mechanisms of such synergisms would help justify their putative clinical utilization. Recently, a synergism between the streptogramin quinupristin-dalfopristin and beta-lactams was reported against methicillin-resistant S. aureus, both in vitro and in vivo. The present work intends to propose a model for the mechanism of this positive interaction and to extend it to other drug classes. First, microbiological experimentation helped better defining the nature of this interaction, restricting it to methicillin-resistant S. aureus, and to the association of protein synthesis inhibitors with beta-lactams. Second, the observation of inhibitors of protein synthesis influence on the cell-wall-building machinery, i.e. on the expression of penicillin-binding proteins responsible for peptidoglycan synthesis, showed a decrease in the amount of penicillin-binding protein 2, known to provide a transglycosylase activity for glycan chain elongation, indispensable for the functionality of the low-affinity penicillin-binding protein 2A responsible for methicillin resistance. Third, the fine analysis of the peptidoglycan composition purified from bacteria before or after treatment with inhibitors of protein synthesis showed alterations that correlated with their ability to synergize with beta-lactams against methicillin-resistant S. aureus. These muropeptide alterations could be the signature of decrease in the amount of penicillin-binding protein 2. The retained mechanistic model is that inhibitors of protein synthesis could decrease the expression of penicillin-binding protein 2, wich is indispensable for methicillin-resistance, and that this imbalance in cell-wall-building enzymes could generate a muropeptide signature.

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SUMMARY: Iron is an essential element for nearly all organisms but it is poorly available in most environments and not sufficient to support microbial growth. Bacteria have evolved a range of strategies to acquire this important metal, the most common of these being siderophore-mediated iron uptake. Siderophores are high-affinity iron chelators which are released to the extracellular environment where they complex iron and deliver it to the bacterial cell, via specific uptake systems. The Gram-negative bacterium Pseudomonas aeruginosa produces two siderophores, pyoverdine and pyochelin, which both contribute to the virulence of this opportunistic human pathogen. The genes responsible for pyochelin-mediated iron uptake are grouped in the P. aeruginosa chromosome. The pyochelin biosynthetic genes are organized in two divergent operons, pchDCBA and pchEFGHI, which flank the regulatory gene pchR. The fptA gene, encoding the ferric pyochelin outer membrane receptor, occurs immediately downstream of the pchEFGHI genes. The biosynthesis of the siderophore and its receptor is subjected to dual regulation enabling P. aeruginosa to respond not only to the intracellular iron level but also to the presence of the siderophore in the extracellular environment. Negative regulation is mediated by the widespread Fur protein which employs ferrous iron as a corepressor and binds to a consensus sequence in the promoter region of iron-regulated genes. Positive regulation occurs during iron starvation and requires the AraC-type transcriptional regulator PchR. This regulator, together with pyochelin, induces the expression of pyochelin biosynthesis and uptake genes via a mechanism which was partly unraveled during this thesis. A 32-bp conserved sequence element (PchR-box) was identified in promoter regions of pyochelin-controlled genes. The PchR-box in the pchR-pchDCBA intergenic region was found to be essential for the induction of the pchDCBA operon and for the repression of the divergently transcribed pchR gene. PchR was purified as a fusion with maltose-binding protein (MBP). Mobility shift assays demonstrated specific binding of MBP-PchR to the PchR-box in the presence, but not in the absence of pyochelin. PchR-box mutations which interfered with pyochelin-dependent regulation in vivo, also affected pyochelin-dependent PchR-box recognition in vitro. These results show that pyochelin is the intracellular effector required for PchR-mediated regulation. The fact that extracellular pyochelin triggers this regulation implies that the siderophore can enter the cytoplasm. This conclusion was corroborated by analysing the importance of known and putative pyochelin uptake genes for pyochelin-dependent gene regulation. The pyochelin receptor gene fptA is followed by three genes, fptB, fptC, and fptX, which were shown here to be co-transcribed with fPtA. While fPtX encodes an inner membrane pen-I-lease, the functions of FptB and FptC are currently unknown. FptA and FptX, which are both required for pyochelin-mediated iron uptake, were found to be also needed for pyochelin-dependent gene regulation. FptB and FptC however, were not required and their role, if any, in the uptake of the PchR effector pyochelin remains elusive. RESUME Le fer est un élément essentiel pour la quasi-totalité des organismes, mais dans la plupart des environnements, il est difficilement accessible et insuffisant à la croissance microbienne. Les bactéries ont développé de multiples stratégies pour acquérir ce précieux métal, la plus commune étant l'acquisition au moyen de sidérophores. Les sidérophores sont des petites molécules dotées d'une forte affinité pour le fer qui, une fois relâchées dans l'environnement extracellulaire, vont complexer le fer et le délivrer à la cellule bactérienne par l'intermédiaire de systèmes d'acquisition spécifiques. La bactérie Gram-négative Pseudomonas aeruginosa produit deux sidérophores, la pyoverdine et la pyochéline, qui contribuent également à la virulence de ce pathogène opportuniste. Les gènes impliqués dans l'acquisition du fer à l'aide de la pyochéline sont regroupés sur t. le chromosome de P. aeruginosa. Les gènes de biosynthèse de la pyochéline sont organisés en deux opérons divergents, pchDCBA et pchEFGHI, qui flanquent le gène régulateur pchR. Le gène fptA, codant pour le récepteur de la pyochéline dans la membrane externe, est situé immédiatement en aval des gènes pchEFGHL La biosynthèse du sidérophore et de son récepteur est soumise à une double régulation permettant à P. aeruginosa de réagir non seulement à la quantité de fer intracellulaire, mais également à la présence du sidérophore dans le milieu extracellulaire. La répression se fait par l'intermédiaire de la protéine Fur, qui nécessite le fer ferreux comme co-répresseur et se lie à une séquence consensus dans la région promotrice des gènes régulés par le fer. L'induction se produit lorsque le fer est limitant, et requiert PchR, un régulateur transcriptionnel de la famille AraC. En présence de pyochéline, ce régulateur induit l'expression des gènes de biosynthèse et du récepteur de la pyochéline par l'intermédiaire d'un mécanisme partiellement résolu dans ce travail. Une séquence conservée (PchR-box) a été identifiée dans la région promotrice des gènes régulés par la pyochéline. La PchR-box située dans la région intergénique pchR-pchDCBA s'est révélée être importante pour l'induction de l'opéron pchDCBA et la répression du gène divergent pchR. PchR a été purifiée en tant que protéine de fusion avec une protéine liant le maltose (MBP). Des expériences de gel retard ont démontré la liaison spécifique de la protéine MBP-PchR sur la PchR-box en présence, mais non en absence de pyochéline. Les mutations de la PchR-box qui ont affecté la régulation pyochéline-dépendante in vivo, ont également eu un effet sur la liaison de la protéine in vitro. Ces résultats démontrent que la pyochéline est l'effecteur intracellulaire nécessaire à la régulation par PchR. Le fait que la pyochéline extracellulaire soit capable d'activer cette régulation implique que le sidérophore entre dans le cytoplasme. Cette conclusion a été corroborée par l'évaluation du rôle des gènes connus ou putatifs de l'incorporation du fer via la pyochéline sur la régulation pyochéline-dépendente. Le gène fPtA, codant pour le récepteur de la pyochéline, est suivi de trois gènes, fptB,fptC, et fptX, co-transcrits avec,ffitA. Si sffitX code pour une perméase de la membrane interne, la fonction de FptB et FptC reste obscure. FptA et FptX, nécessaires à l'acquisition du fer par l'intermédiaire de la pyochéline, se sont également révélés être requis pour la régulation pyochéline-dépendante des gènes pchDCBA, pchEFGHI et fptABCX. FptB et FptC n'ont quant à eux vraisemblablement pas de rôle majeur à jouer, si ce n'est aucun, dans l'incorporation de la pyochéline.

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SUMMARY The expression state of a eukaryotic gene depends in part on its location in the chromosome. This position effect results from the organization of eukaryotic genomes into discrete functional domains, defined by local differences in chromatin structure. The expression of genes within each domain appears to be defined and maintained by the concerted action of regulatory elements such as promoters, enhancers, silencers and locus control regions. Individual domains may be bordered by boundary elements that separate regions of permissive and silent chromatin. When located next to chromosomal elements such as telomeres, genes can be subjected to epigenetic silencing. In yeast, this is mediated by the propagation of the SIR proteins from telomeres towards more centromeric regions. Particular transcription factors can protect downstream genes from silencing when tethered between the gene and the telomere, and they may thus act as chromatin domain boundaries. Here we have studied one of these transcription factors, CTF-1, that binds directly histone H3. A deletion mutagenesis localized the barrier activity to CTF-1 histone-binding domain. A saturating point mutagenesis of this domain identified several amino-acid substitutions that similarly inhibited the boundary and histone-binding activities. Chromatin immunoprecipitation experiments indicated that the barrier protein efficiently prevents the spreading of SIR proteins, and that it separates domains of hypoacetylated and hyperacetylated histones. Together, these results suggest a mechanism by which proteins such as CTF-1 may interact directly with histone H3 to prevent the propagation of a silent chromatin structure, thereby defining boundaries of permissive and silent chromatin domains. RESUME L'expression des gènes eucaryotes dépend en partie de leur localisation sur les chromosomes. Cet effet de position résulte de l'organisation des génomes eucaryotes en domaines fonctionnels, définis par des changements locaux au niveau de la structure de la chromatine. Dans chacun de ces domaines, l'expression des gènes est définie et maintenue par l'action concertée de différents éléments régulateurs tels que les promoteurs, les amplificateurs, les silenceurs et les locus control régions. Ces domaines peuvent être entourés par des éléments barrière, séparant les régions de chromatine répressive des régions permissive pour l'expression des gènes. Lorsqu'ils se situent à proximité d'éléments chromosomiques comme les telomères, les gènes peuvent être réprimés de manière épigénétique. Chez la levure, cette répression est établie par la propagation des protéines SIR depuis les télomères vers les régions centromériques. Certains facteurs de transcription peuvent empêcher la répression d'un gène, lorsqu'ils sont placés entre ce gène et le télomère. Nous avons étudié un de ces facteurs, CTF-1, qui a la particularité de lier directement l'histone H3. La délétion de certaines parties de CTF-1 a permis de déterminer que la région responsable de l'activité barrière correspond au domaine d'interaction avec H3. Plusieurs mutations points effectuées dans ce domaine inhibent à la fois l'activité barrière et la capacité de lier H3. Des expériences d'immuno-précipitation de la chromatine indiquent que la protéine barrière CTF-1 prévient efficacement la propagation des protéines SIR et sépare des domaines contenant des histones hypo-acétylées de ceux constitués d'histones hyper-acétylées. Ces résultats suggèrent que CTF-1 interagit directement avec l'histone H3 pour empêcher la propagation de la chromatine répressive, délimitant ainsi des domaines de chromatine permissive et des domaines de chromatine silencieuse.

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Les allergies sont très fréquentes au sein de la population générale puisque 30% ont un terrain atopique et 20% souffrent d'allergies (1). Parmi ces allergies, il en existe qui concernent essentiellement les boulangers et autres corps de métier gravitant autour de la formation du pain et d'autres produits. Il s'agit de l'allergie aux farines et enzymes utilisées dans la fabrication de pain et d'autres produits contenant de la farine (2). Cette allergie peut atteindre les voies respiratoires avec l'asthme et la rhinite, les muqueuses oculaires (conjonctivite) et la peau (eczéma) (3,4). Ce sont essentiellement les farines de blé et de seigle qui sont responsables de l'asthme professionnel chez le boulanger (5,6). En ce qui concerne les enzymes, c'est principalement l'alpha-amylase qui cause l'asthme du boulanger (2). L'allergie à la farine ou aux enzymes chez le boulanger est l'allergie professionnelle la plus fréquente en Suisse. Elle contraint bien trop souvent les allergiques à se réorienter professionnellement, principalement lorsqu'il y a de l'asthme. Notons que par crainte de perdre leur emploi et d'être obligés de se reconvertir, beaucoup de boulangers ne déclarent pas leur maladie (7). En effet, en Suisse, le nombre de personnes atteintes par un asthme professionnel n'a fait qu'augmenter durant le XXème Siècle et atteint chaque année plus de 100 personnes travaillant en boulangerie ou en pâtisserie. Plus de 50 d'entre elles doivent renoncer à leur activité et se réorienter professionnellement (8). Ces maladies sont souvent sous-déclarées, en particulier les rhinites qui passent souvent inaperçues (1). Les recherches ont montré que le risque de développer de telles allergies augmente avec la concentration de farines et additifs dans l'air ambiant (8,9). Le risque diffère en fonction de la présence ou non d'un terrain atopique. En effet, pour un travailleur non atopique ou non sensibilisé, la probabilité de développer des symptômes modérés du système respiratoire supérieur et la progression vers des symptômes sévères atteignant le système respiratoire inférieur s'élève à 0.4%, ce risque est deux fois supérieur pour un travailleur atopique (10). En outre, parmi les personnes présentant une allergie professionnelle en boulangerie, 36% ont des symptômes sévères sur une sensibilisation à la farine et 22% sur une sensibilisation à l'alpha- amylase. Il faut en moyenne une période d'environ 10 ans pour développer des symptômes respiratoires (3).