Tethering preferences of domain families co-occurring in multi-domain proteins

Genomic data of several organisms have revealed the presence of a vast repertoire of multi-domain proteins. The role played by individual domains in a multi-domain protein has a profound influence on the overall function of the protein. In the present analysis an attempt has been made to better understand the tethering preferences of domain families that occur in multi-domain proteins. The analysis has been carried out on an exhaustive dataset of 2 961 898 sequences of proteins from 930 organisms, where 741 274 proteins are comprised of at least two domain families. For every domain family, the number of other domain families with which it co-occurs within a protein in this dataset has been enumerated and is referred to as the tethering number of the domain family. It was found that, in the general dataset, the AAA ATPase family and the family of Ser/Thr kinases have the highest tethering numbers of 450 and 444 respectively. Further analysis reveals significant correlation between the number of members in a family and its tethering number. Positive correlation was also observed for the extent of a sequence and functional diversity within a family and the tethering numbers of domain families. Domain families that are present ubiquitously in diverse organisms tend to have large tethering numbers, while organism/kingdom-specific families have low tethering numbers. Thus, the analysis uncovers how domain families recombine and evolve to give rise to multi-domain proteins.

Pulsed electric field mediated in vitro cellular response of fibroblast and osteoblast-like cells on conducting austenitic stainless steel substrate

This article reports the intermittent pulse electric field stimulus mediated in vitro cellular response of L929 mouse fibroblast/SaOS2 osteoblast-like cells on austenitic steel substrates in reference to the field strength dependent behavior. The cellular density and morphometric analyses revealed that the optimal electric (E) fields for the maximum cell density of adhered L929 (similar to 270 % to that of untreated sample) and SaOS2 (similar to 280 % to that of untreated sample) cells are 1 V (0.33 V/cm) and 2 V (0.67 V/cm), respectively. The trend in aspect ratio of elongated SaOS2 cells did not indicate any significant difference among the untreated and treated (up to 3.33 V/cm) cells. The average cell and nucleus areas (for SaOS2 cells) were increased with an increase in the applied voltage up to 8 V (2.67 V/cm) and reduced thereafter. However, the ratio of nucleus to total cell area was increased significantly on the application of higher voltages (2-10 V), indicating the possible influence of E-field on cell growth. Further, the cell density results were compared with earlier results obtained with sintered Hydroxyapatite (HA) and HA-BaTiO3 composites and such comparison revealed that the enhanced cell density on steel sample occurs upon application of much lower field strength and stimulation time. This indicates the possible role of substrate conductivity towards cell growth in pulsed E-field mediated culture conditions.

Phylogeography unplugged: comparative surveys in the genomic era

In March 2012, the authors met at the National Evolutionary Synthesis Center (NESCent) in Durham, North Carolina, USA, to discuss approaches and cooperative ventures in Indo-Pacific phylogeography. The group emerged with a series of findings: (1) Marine population structure is complex, but single locus mtDNA studies continue to provide powerful first assessment of phylogeographic patterns. (2) These patterns gain greater significance/power when resolved in a diversity of taxa. New analytical tools are emerging to address these analyses with multi-taxon approaches. (3) Genome-wide analyses are warranted if selection is indicated by surveys of standard markers. Such indicators can include discordance between genetic loci, or between genetic loci and morphology. Phylogeographic information provides a valuable context for studies of selection and adaptation. (4) Phylogeographic inferences are greatly enhanced by an understanding of the biology and ecology of study organisms. (5) Thorough, range-wide sampling of taxa is the foundation for robust phylogeographic inference. (6) Congruent geographic and taxonomic sampling by the Indo-Pacific community of scientists would facilitate better comparative analyses. The group concluded that at this stage of technology and software development, judicious rather than wholesale application of genomics appears to be the most robust course for marine phylogeographic studies. Therefore, our group intends to affirm the value of traditional (''unplugged'') approaches, such as those based on mtDNA sequencing and microsatellites, along with essential field studies, in an era with increasing emphasis on genomic approaches.

A Novel C-Terminal Homologue of Aha1 Co-Chaperone Binds to Heat Shock Protein 90 and Stimulates Its ATPase Activity in Entamoeba histolytica

Cytosolic heat shock protein 90 (Hsp90) has been shown to be essential for many infectious pathogens and is considered a potential target for drug development. In this study, we have carried out biochemical characterization of Hsp90 from a poorly studied protozoan parasite of clinical importance, Entamoeba histolytica. We have shown that Entamoeba Hsp90 can bind to both ATP and its pharmacological inhibitor, 17-AAG (17-allylamino-17-demethoxygeldanamycin), with K-d values of 365.2 and 10.77 mu M, respectively, and it has a weak ATPase activity with a catalytic efficiency of 4.12 x 10(-4) min(-1) mu M-1. Using inhibitor 17-AAG, we have shown dependence of Entamoeba on Hsp90 for its growth and survival. Hsp90 function is regulated by various co-chaperones. Previous studies suggest a lack of several important co-chaperones in E. histolytica. In this study, we describe the presence of a novel homologue of co-chaperone Aha1 (activator of Hsp90 ATPase), EhAha1c, lacking a canonical Aha1 N-terminal domain. We also show that EhAha1c is capable of binding and stimulating ATPase activity of EhHsp90. In addition to highlighting the potential of Hsp90 inhibitors as drugs against amoebiasis, our study highlights the importance of E. histolytica in understanding the evolution of Hsp90 and its co-chaperone repertoire. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Silent katydid females are at higher risk of bat predation than acoustically signalling katydid males

Males that produce conspicuous mate attraction signals are often at high risk of predation from eavesdropping predators. Females of such species typically search for signalling males and their higher motility may also place them at risk. The relative predation risk faced by males and females in the context of mate-finding using long-distance signals has rarely been investigated. In this study, we show, using a combination of diet analysis and behavioural experiments, that katydid females, who do not produce acoustic signals, are at higher risk of predation from a major bat predator, Megaderma spasma, than calling males. Female katydids were represented in much higher numbers than males in the culled remains beneath roosts of M. spasma. Playback experiments using katydid calls revealed that male calls were approached in only about one-third of the trials overall, whereas tethered, flying katydids were always approached and attacked. Our results question the idea that necessary costs of mate-finding, including risk of predation, are higher in signalling males than in searching females.

Nest site characterization of sympatric hornbills in a tropical dry forest

Hornbills, among the largest and most threatened tropical frugivores, provide important seed dispersal services. Hornbill nest site characteristics are known primarily from wet tropical forests. Nests of the Indian grey hornbill Ocyceros birostris and Oriental pied hornbill Anthracoceros albirostris were characterized in a tropical dry forest. Despite A. albirostris being twice the size of O. birostris, few of the nest cavity attributes were different. A. albirostris nests were surrounded by higher proportion of mixed forest and lower sal forest compared to O. birostris. In this landscape, the larger A. albirostris may prefer to nest in sites with more food plants compared to the smaller O. birostris.

Modelling Proximity Effects in Transverse Magnetic Mode for Lightning Studies

Lightning strike to instrumented and communication towers can be a source of electromagnetic disturbance to the system connected. Long cables running on these towers can get significant induction to their sheath/core, which would then couple to the connected equipments. For a quantitative analysis of the situation, suitable theoretical analysis is necessary. Due to the dominance of the transverse magnetic mode during the fast rising portion of the stroke current, which is the period of significant induction, a full wave solution based on Maxwell's equations is necessary. Owing to the large geometric aspect ratio of tower lattice elements and for feasibility of a numerical solution, the thin-wire formulation for the electric field integral equation is generally adopted. However, the classical thin-wire formulation is not set for handling non-cylindrical conductors like tower lattice elements and the proximity of other conductors. The present work investigates further into a recently proposed method for handling such a situation and optimizes the numerical solution approach.

Interplay of vector-like top partner multiplets in a realistic mixing set-up

The ATLAS and CMS collaborations at the LHC have performed analyses on the existing data sets, studying the case of one vector-like fermion or multiplet coupling to the standard model Yukawa sector. In the near future, with more data available, these experimental collaborations will start to investigate more realistic cases. The presence of more than one extra vector-like multiplet is indeed a common situation in many extensions of the standard model. The interplay of these vector-like multiplet between precision electroweak bounds, flavour and collider phenomenology is a important question in view of establishing bounds or for the discovery of physics beyond the standard model. In this work we study the phenomenological consequences of the presence of two vector-like multiplets. We analyse the constraints on such scenarios from tree-level data and oblique corrections for the case of mixing to each of the SM generations. In the present work, we limit to scenarios with two top-like partners and no mixing in the down-sector.

Prevalencia de abscesos en bovinos sacrificados en el matadero de Amerrisque

En el presente trabajo, se estudió la situación existente con respecto a la prevalencia de abscesos en animales sacrificados en la Empresa Agrícola Centroamericana S.A. Matadero Amerrisque. Ubicada en el km.l28 carretera al Rama, Juigalpa, Chontales. Para esto se analizaron los datos de la inspección post-morten de los años 1984, 1990, 1991, 1992, 1993; para los cuales las variables consideradas fueron: el órgano más afectado, la categoría animal más afectada, el departamento y el año con más prevalencia y las pérdidas económicas. Los análisis estadísticos, fueron conducidos usando el programa SAS 1987 en su rutina PROD CATMOD controlada por el modelo aditivo lineal. Se determinó que la prevalencia de abscesos total es de 2.92%, además el órgano del cual llevan registro únicamente fue de hígados, la categoría animal más afectada fue la categoría vaca, el departamento con mayor prevalencia de abscesos fue Chontales y el año con más prevalencia fue 1990. Las pérdidas económicas resultaron de USD $ 51,929.63 por lo que el país deja de captar divisas de unos USD $ 122,350 por disminuir las exportaciones de carne.

Utilizacion del metodo Ovsynch (ovulacion sincronizada) en hembras bovinas receptoras para transplante de embriones en la finca Santa Rosa - UNA, Managua

El presente estudio investigativo fue realizado en la finca Santa Rosa, propiedad de la Universidad Nacional Agraria, ubicada en el departamento de Managua-Nicaragua. El objetivo fue determinar la efectividad del método Ovsynch (ovulación sincronizada) en la inducción de la ovulación en hembras bovinas receptoras. El tamaño de la muestra utilizado fue de 20 hembras receptoras; las cuales fueron previamente seleccionadas según la condición corporal, la edad comprendida entre los 3-5 años y los resultados del examen clínico y ginecológico para constatar que cumplieran con los requisitos o parámetros de salud estimados para la aplicación de este tratamiento hormonal. Las variables evaluadas fueron: 1) Tasa de ovulación. 2) Porcentaje de hembras con presentación de síntomas del celo. 3) Identificar la estructura de costos en la aplicación del método Ovsynch. Para el análisis estadístico se utilizó la Prueba de media de t de Student, estableciendo dos grupos, grupo 1 y grupo 2. Donde el grupo 1 fue el grupo bajo tratamiento (Ovsynch) y el grupo 2 fue el grupo control. Los resultados se obtuvieron con un nivel de confianza de un 95%. Para la variable porcentaje de ovulación se alcanzó una respuesta positiva de un 100% en las hembras del grupo 1 y un 70% en el grupo 2. La variable presentación de los síntomas clínicos del celo obtuvo un 100% en el grupo 1 y un 70% en el grupo 2. Se logró un 100% de hembras con presencia de cuerpo lúteo en el grupo 1 y un 70% des hembras del grupo 2. En la efectividad del tratamiento hormonal manifestó un 100% de efectividad en la inducción y sincronización de la ovulación, a diferencia del tratamiento con ovulación espontánea el cual presentó un 70% de efectividad y un 30% de no efectividad. Por lo tanto se concluye que debido a la adecuada efectividad del tratamiento hormonal y los bajos costos del mismo el método Ovsynch es factible y rentable para su implementación por parte de medianos productores de nuestro país.

Caracterización y evaluación preliminar de diecinueve accesiones de frijol tepari (Phaseolus acutifolius gray)

El presente trabajo se realizó en el período de postrera (Octubre, 1991) en el Centro Experimental La Compañía, localizado en San Marcos, Carazo. Trata sobre la caracterización y evaluación preliminar de 19 accesiones de frijol tepari (Phaseolus acutifolius Gray). El germoplasma utilizado fue colectado por el Programa de Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN). en diferentes localidades de Chinandega, León, Masaya y Rivas. El diseño utilizado consistió en un arreglo típico de ensayos preliminares sin réplicas en el que se incluyó una parcela del testigo cada 3 accesiones. El análisis de los caracteres cuantitativos se utilizó el valor máximo, promedio, mínimo coeficiente de variación y la desviación estándar y para los cualitativos se incluyó la variante predominante dentro del carácter. Para los diferentes caracteres en estudio presentaron variación entre y dentro de las accesiones, esto puede atribuirse a las condiciones ambientales, genotipo y la interacción de ambos. En las condiciones ecológicas en que se efectuó el experimento, las accesiones. 2261, 1796 y 1652 superaron al testigo (Revolución 79A) en rendimiento. La accesiones 2281, 245, 1798, 1852, 1991, 1996 y 2105 mostraron los menores grados de severidad para la enfermedad Mancha angular (lsariopsis griseola Sacc). Se presenta un catálogo de 19 accesiones estudiados conteniendo el valor máximo, promedio, mínimo, desviación estándar y coeficiente de variación para los caracteres cuantitativos y la moda para caracteres cualitativos

Obtención de lineas avanzadas a partir de cuatro variedades criollas de frijol común (Phaseolus vulgaris L.), recolectadas en distintas localidades de Nicaragua

El presente trabajo, consta de dos fases y sus respectivos ensayos fueron realizados en el año de 1992 durante la época de primera-postrera en la Estación Experimental "La Compañía" localizada en el municipio de San Marcos, departamento de Carazo. El trabajo tuvo como principal objetivo obtener líneas avanzadas a partir de cuatro variedades criollas de frijol común mediante el método de mejoramiento, de selección individual. El material utilizado es parte de la colección existente en los bancos de germoplasma del Programa Recursos Genéticos Nicaragüenses (RECEN), se utilizó un 10% de presión de selección por cada variedad, considerando criterios agronómicos tales como: precocidad, buena condición fitosanitaria, buena arquitectura y componentes del rendimiento. Los resultados que se presentan corresponden a los materiales seleccionados en cada una de las fases, obteniendo como resultado final 45 líneas avanzadas en las cuatro poblaciones en estudio.

环形激波绕射, 反射和聚焦的数值模拟研究

应用频散可控耗散格式对环形激波在圆柱形激波管内绕射、反射和聚焦的问题进行了数值模拟研究. 研究结果表明环形激波形成强烈聚焦的关键因素是环形激波在圆柱形管道中向对称轴运动时，绕射激波就不断加速而不作通常情况下的衰减；不同马赫数的环形激波绕射也产生不同马赫数及形状的准柱形激波，导致聚焦效果和位置的差异；另外，环形激波聚焦于一个点而圆柱形激波聚焦于一条线,两者有本质不同.

Efecto de tres niveles de nitrógeno en el cultivo de arroz (Oryza sativa L.) con cinco líneas promisorias en la localidad de Malacatoya, bajo el sistema de riego por inundación

El presente estudio se realizó en la Empresa Agropecuaria Las Lajas, en el municipio de Malacatoya, departamento de Granada. El propósito del ensayo fue evaluar el efecto de tres niveles de nitrógeno con cinco líneas promisorias de arroz bajo el sistema de riego por inundación. El trabajo de campo estuvo comprendido entre el 19 de abril y el 12 de agosto de 1996. Para dicho trabajo se utilizó el diseño experimental de bloques completos al azar (BCA), con 15 tratamientos y 3 repeticiones. Se evaluaron 8 variables: Altura, volcamiento, longitud de panícula, panículas por metro cuadrado, número de granos, fertilidad de espiguillas peso de 1000 granos, además del rendimiento. Como resultado de la evaluación en las características agronómicas, componentes del rendimiento y rendimiento agrícola se seleccionaron dos líneas con buen rendimiento y buenas características agronómicas. Estas fueron la línea 203 con el primer nivel de que corresponde a 74.2 kg/ha de nitrógeno y la línea IG-2282 con el tercer nivel equivalente a 104 kg/ha de nitrógeno, la línea 203 con 74.2 kg/ha de nitrógeno obtuvo escala 1 de volcamiento y la línea IG-2282 con 104 kg/ha de nitrógeno presentó escala 3 de volcamiento; escala de volcamiento aceptada comercialmente.