A new member of the ribbon-helix-helix transcription factor superfamily from the plant pathogen Xanthomonas axonopodis pv. citri

XACb0070 is an uncharacterized protein coded by the two large plasmids isolated from Xanthomonas axonopodis pv. cirri, the agent of citrus canker and responsible for important economical losses in citrus world production. XACb0070 presents sequence homology only with other hypothetical proteins belonging to plant pathogens, none of which have their structure determined. The NMR-derived solution structure reveals this protein is a homodimer in which each monomer presents two domains with different structural and dynamic properties: a folded N-terminal domain with beta alpha alpha topology which mediates dimerization and a long disordered C-terminal tail. The folded domain shows high structural similarity to the ribbon-helix-helix transcriptional repressors, a family of DNA-binding proteins of conserved 3D fold but low sequence homology: indeed XACb0070 binds DNA. Primary sequence and fold comparison of XACb0070 with other proteins of the ribbon-helix-helix family together with examination of the genes in the vicinity of xacb0070 suggest the protein might be the component of a toxin-antitoxin system. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

Structure, Dynamics, and RNA Interaction Analysis of the Human SBDS Protein

Shwachman-Bodian-Diamond syndrome is an autosomal recessive genetic syndrome with pleiotropic phenotypes, including pancreatic deficiencies, bone marrow dysfunctions with increased risk of myelodysplasia or leukemia, and skeletal abnormalities. This syndrome has been associated with mutations in the SBDS gene, which encodes a conserved protein showing orthologs in Archaea and eukaryotes. The Shwachman-Bodian-Diamond syndrome pleiotropic phenotypes may be an indication of different cell type requirements for a fully functional SBDS protein. RNA-binding activity has been predicted for archaeal and yeast SBDS orthologs, with the latter also being implicated in ribosome biogenesis. However, full-length SBDS orthologs function in a species-specific manner, indicating that the knowledge obtained from model systems may be of limited use in understanding major unresolved issues regarding SBDS function, namely, the effect of mutations in human SBDS on its biochemical function and the specificity of RNA interaction. We determined the solution structure and backbone dynamics of the human SBDS protein and describe its RNA binding site using NMR spectroscopy. Similarly to the crystal structures of Archaea, the overall structure of human SBDS comprises three well-folded domains. However, significant conformational exchange was observed in NMR dynamics experiments for the flexible linker between the N-terminal domain and the central domain, and these experiments also reflect the relative motions of the domains. RNA titrations monitored by heteronuclear correlation experiments and chemical shift mapping analysis identified a classic RNA binding site at the N-terminal FYSH (fungal, Yhr087wp, Shwachman) domain that concentrates most of the mutations described for the human SBDS. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

PILZ Protein Structure and Interactions with PILB and the FIMX EAL Domain: Implications for Control of Type IV Pilus Biogenesis

The PilZ protein was originally identified as necessary for type IV pilus (T4P) biogenesis. Since then, a large and diverse family of bacterial PilZ homology domains have been identified, some of which have been implicated in signaling pathways that control important processes, including motility, virulence and biofilm formation. Furthermore, many PilZ homology domains, though not PilZ itself, have been shown to bind the important bacterial second messenger bis(3`-> 5`)cyclic diGMP (c-diGMP). The crystal structures of the PilZ orthologs from Xanthomonas axonopodis pv Citri (PilZ(XAC1133), this work) and from Xanthomonas campestris pv campestris (XC1028) present significant structural differences to other PilZ homologs that explain its failure to bind c-diGMP. NMR analysis of PilZ(XAC1133) shows that these structural differences are maintained in solution. In spite of their emerging importance in bacterial signaling, the means by which NZ proteins regulate specific processes is not clear. In this study, we show that PilZ(XAC1133) binds to PilB, an ATPase required for TV polymerization, and to the EAL domain of FiMX(XAC2398), which regulates TV biogenesis and localization in other bacterial species. These interactions were confirmed in NMR, two-hybrid and far-Western blot assays and are the first interactions observed between any PilZ domain and a target protein. While we were unable to detect phosphodiesterase activity for FimXX(AC2398) in vitro, we show that it binds c-diGMP both in the presence and in the absence of PilZ(XAC1133). Site-directed mutagenesis studies for conserved and exposed residues suggest that PilZ(XAC1133) interactions with FimX(XAC2398) and PilB(XAC3239) are mediated through a hydrophobic surface and an unstructured C-terminal extension conserved only in PilZ orthologs. The FimX-PilZ-PilB interactions involve a full set of ""degenerate"" GGDEF, EAL and PilZ domains and provide the first evidence of the means by which PilZ orthologs and FimX interact directly with the TP4 machinery. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Stoichiometry and thermodynamics of the interaction between the C-terminus of human 90 kDa heat shock protein Hsp90 and the mitochondrial translocase of outer membrane Tom70

A large majority of the 1000-1500 proteins in the mitochondria are encoded by the nuclear genome, and therefore, they are translated in the cytosol in the form and contain signals to enable the import of proteins into the organelle. The TOM complex is the major translocase of the outer membrane responsible for preprotein translocation. It consists of a general import pore complex and two membrane import receptors, Tom20 and Tom70. Tom70 contains a characteristic TPR domain, which is a docking site for the Hsp70 and Hsp90 chaperones. These chaperones are involved in protecting cytosolic preproteins from aggregation and then in delivering them to the TOM complex. Although highly significant, many aspects of the interaction between Tom70 and Hsp90 are still uncertain. Thus, we used biophysical tools to study the interaction between the C-terminal domain of Hsp90 (C-Hsp90), which contains the EEVD motif that binds to TPR domains, and the cytosolic fragment of Tom70. The results indicate a stoichiometry of binding of one monomer of Tom70 per dimer of C-Hsp90 with a K(D) of 360 30 nM, and the stoichiometry and thermodynamic parameters obtained suggested that Tom70 presents a different mechanism of interaction with Hsp90 when compared with other TPR proteins investigated. (C) 2011 Elsevier Inc. All rights reserved.

Coopetição entre empresas atuantes na rede de negócio de terminal líquido na cidade de Santos

Dissertação de mestrado apresentada como exigência parcial para obtenção do título de Mestre em Administração no Programa de Pós-graduação em Administração da Universidade Municipal de São Caetano do Sul.

Ensaio sobre o agente racional: esparadrapos para um paciente terminal?

The Rational Agent model have been a foundational basis for theoretical models such as Economics, Management Science, Artificial Intelligence and Game Theory, mainly by the ¿maximization under constraints¿ principle, e.g. the ¿Expected Utility Models¿, among them, the Subjective Expected Utility (SEU) Theory, from Savage, placed as most influence player over theoretical models we¿ve seen nowadays, even though many other developments have been done, indeed also in non-expected utility theories field. Having the ¿full rationality¿ assumption, going for a less idealistic sight ¿bounded rationality¿ of Simon, or for classical anomalies studies, such as the ¿heuristics and bias¿ analysis by Kahneman e Tversky, ¿Prospect Theory¿ also by Kahneman & Tversky, or Thaler¿s Anomalies, and many others, what we can see now is that Rational Agent Model is a ¿Management by Exceptions¿ example, as for each new anomalies¿s presentation, in sequence, a ¿problem solving¿ development is needed. This work is a theoretical essay, which tries to understand: 1) The rational model as a ¿set of exceptions¿; 2) The actual situation unfeasibility, since once an anomalie is identified, we need it¿s specific solution developed, and since the number of anomalies increases every year, making strongly difficult to manage rational model; 3) That behaviors judged as ¿irrationals¿ or deviated, by the Rational Model, are truly not; 4) That¿s the right moment to emerge a Theory including mental processes used in decision making; and 5) The presentation of an alternative model, based on some cognitive and experimental psychology analysis, such as conscious and uncounscious processes, cognition, intuition, analogy-making, abstract roles, and others. Finally, we present conclusions and future research, that claims for deeper studies in this work¿s themes, for mathematical modelling, and studies about a rational analysis and cognitive models possible integration. .

Hiperparatireoidismo secundário e hipertrofia ventrticular em pacientes com insuficiência renal crônica terminal mantidos em hemodiálise

Justificativa: Embora pacientes portadores de insuficiência renal crônica terminal (IRCT) desenvolvam, freqüentemente, anormalidades estruturais cardíacas, em particular a hipertrofia ventricular esquerda (HVE), nem todos os mecanismos envolvidos neste processo estão adequadamente estudados. Objetivo: Avaliar a associação entre o paratormônio (PTH) e a massa ventricular esquerda (MVE) em indivíduos urêmicos terminais. Métodos: Pacientes estáveis em hemodiálise crônica foram avaliados por ecocardiografia bidimensional e tiveram seus níveis de PTH medidos por radioimunoensaio (iPTH - molécula intacta). Foram excluídos pacientes hipertensos não controlados, diabéticos e os com mais de 65 anos. Os pacientes foram estratificados de acordo com os níveis de iPTH em níveis baixos ( 100 pg/ml), níveis intermediários (101 à 280 pg/ml) e níveis elevados (281 pg/ml). Resultados: Quarenta e um pacientes em hemodiálise, com tempo de tratamento hemodialítico de 3-186 meses foram avaliados. A média de idade foi de 45 anos (18 a 61) e houve predomínio de homens (63%). Foi identificada uma associação estatisticamente significativa e positiva entre o índice de MVE (IMVE) e o iPTH (r=0,34; P=0,03) em toda a amostra. Na análise de subgrupos não se constatou associação estatisticamente significativa nos grupos com iPTH baixo e intermediário, no entanto, no grupo com iPTH elevado observou-se maior correlação com o aumento do índice de massa do ventrículo esquerdo (IMVE) (r=0,62; p=0,003). O IMVE esteve inversamente associado a hemoglobina (r=-0,34; p=0,031). Não foi observada associação estatisticamente significativa entre o IMVE e idade, índice de massa corporal, pressão arterial sistólica e diastólica, colesterol, triglicerídeos, produto cálcio-fósforo, albumina, tempo ou adequação da diálise. Na análise multivariada, após o ajuste para idade, níveis de hemoglobina, índice de massa corporal e pressão arterial o único preditor independente do aumento do IMVE foi o nível de iPTH. Conclusões: Em pacientes em hemodiálise crônica o iPTH é um preditor do aumento da MVE. O hiperparatireoidismo secundário pode contribuir para a elevada morbidade cardiovascular observada em pacientes com insuficiência renal crônica terminal.

Programa de relacionamento em telefonia celular : o incentivo via troca de terminal

O objetivo deste trabalho é avaliar os resultados provenientes da utilização de um Programa de Relacionamento em uma empresa de telefonia celular. A pertinência do tema é decorrente do acirramento da competição nesse segmento e do aumento da importância de ferramentas capazes de ampliar o grau de fidelidade dos clientes em empresas prestadoras de serviços. Para que fosse possível alcançar o objetivo proposto, foi estudada a base de clientes de determinada operadora celular brasileira atingida por uma ação de incentivo à troca de seus aparelhos através de um desconto adicional. Foram considerados os resultados alcançados em três públicos distintos: clientes que aceitaram a oferta, clientes que não aceitaram a oferta e clientes de um grupo de controle. Em cada um deles, considerou-se o impacto nos gastos em telefonia celular nos cinco meses subseqüentes à ação, e o índice de churn (percentual de cancelamento das linhas) dezoito meses após a ação. O prazo de dezoito meses foi considerado, pois esse é o período durante o qual o cliente que aceita a oferta se compromete, através da assinatura de um contrato, a permanecer com sua linha de celular ativa. Os resultados do estudo indicam que, tanto para o consumo quanto para o índice de churn, existe significância estatística nos números encontrados. No entanto, eles também mostram que os ganhos, do ponto de vista financeiro, são baixos. Portanto, embora o resultado seja superior para os clientes que aceitam a oferta, como investimentos desse tipo só se justificam se o retorno financeiro for positivo, a empresa que optar por programas nesse formato precisará minimizar e otimizar seus custos ao máximo a fim de obter um retorno razoável e aceitável.

O mercado imobiliário: um estudo exploratório na área de influência direta da estação terminal de Santana da linha Norte-Sul do metrô

Este trabalho tem por objetivo fornecer elementos para que outros estudos venham a se desenvolver, como forma de aperfeiçoar e/ou complementá-los. A preocupação primordial que orientou este trabalho foi fornecer, tanto aos investidores, quanto aos executivos que atuam ou pretendem atuar na área, subsídios sobre a problemática gerada no mercado imobiliário, com especial atenção ao mercado de apartamentos residenciais. Assim, foram estabelecidos conceitos teóricos de "marketing", que identificam os problemas a serem tratados. No Capítulo II, mostra-se que à medida que evolui o ambiente onde atuam as empresas, um maior número de fatores passa a influenciar as decisões mercadológicas. Por conseguinte, torna-se necessário adotar procedimentos para uma adequada percepção e aproveitamento das oportunidades que o mercado oferece.