Research Directions in Cyber Physical Systems

Cyber Physical systems (CPS) connect the physical world with cyber world. The events happening in the real world is enormous and most of it go unnoticed and information is lost. CPS enables to embed tiny smart devices to capture the data and send it to Internet for further processing. The entire set-up call for lots of challenges and open new research problems. This talk is a journey through the landscape of research problems in this emerging area.

Artificial boundary conditions for the Stokes and Navier-Stokes equations in domains that are layer-like at infinity

Artificial boundary conditions are presented to approximate solutions to Stokes- and Navier-Stokes problems in domains that are layer-like at infinity. Based on results about existence and asymptotics of the solutions v^infinity, p^infinity to the problems in the unbounded domain Omega the error v^infinity - v^R, p^infinity - p^R is estimated in H^1(Omega_R) and L^2(Omega_R), respectively. Here v^R, p^R are the approximating solutions on the truncated domain Omega_R, the parameter R controls the exhausting of Omega. The artificial boundary conditions involve the Steklov-Poincare operator on a circle together with its inverse and thus turn out to be a combination of local and nonlocal boundary operators. Depending on the asymptotic decay of the data of the problems, in the linear case the error vanishes of order O(R^{-N}), where N can be arbitrarily large.

Innovation and Globalization Policy in Small Transition Countries ; Case study: Macedonia and Slovenia

Diese Arbeit befasst sich mit der Innovations- und Globalisierungspolitik in kleinen Transformationsländern am Beispiel Mazedoniens; diese wurde mit der Lage in Slowenien verglichen, einem Land von ungefähr gleicher Größe und mit gemeinsamer Vergangenheit als Teilrepublik der Jugoslawischen Föderation, aber mit einem wesentlich höheren ökonomischen Entwicklungsstand. Innovation wird dabei verstanden als „Herstellung, Anpassung und Ausnutzung von Neuerungen“, und sie wird durch das Umfeld, in dem sie stattfindet, beeinflusst. Anpassung und Ausnutzung sind gerade für kleine Transformationsländer von erheblicher Bedeutung, da ihre Fähigkeit zu Herstellung von Neuerungen sehr begrenzt sind. Die Rolle der Innovationspolitik besteht hierbei darin, institutionelle und organisationelle Regulierungen einzuführen, die ein günstiges Umfeld sowohl für Innovationen als auch für die Entwicklung eines nationalen Innovationssystems schaffen. Die Rolle der Politik besteht also nicht in der Innovation als solcher, sondern in der Herstellung der notwendigen Bedingungen für die Industrie und die Forschungseinrichtungen dahingehend zu schaffen, dass sie ihr Wissen, ihre Fertigkeiten und ihre praktischen Erfahrungen für innovative Tätigkeiten einsetzen können. Auf der einen Seite gibt es Institutionen und Organisationen, ohne die die Unternehmen rückständig und wenig leistungsstark wären (etwa das Patentamt oder Institutionen höherer Bildung), und auf der anderen Seite gibt es Institutionen und Organisationen, welche die Unternehmen dabei unterstützen, dass sie ihre Tätigkeit weiter unterstützen (z.B. durch Technologietransfer-Zentren und Netzwerke). Die Leistungen dieser Institutionen und Organisationen sind von großer Bedeutung für die nationalen Innovationssysteme und sollten ihrerseits durch Innovationspolitik unterstützt werden; dies bedeutet jedoch nicht, dass diese Leistungen vom Staat bereitgestellt werden, vielmehr sollte die Wirtschaftspolitik Möglichkeiten für die öffentlich/private oder sogar rein private Bereitstellung solcher Leistungen in Erwägung ziehen; dies würde nicht nur die Kosten für den Staat senken, sondern auch die Effizienz bei der Erstellung dieser Leistungen steigern. Die Arbeit kommt zu dem Schluss, dass das größte Problem der Innovationspolitik in Mazedonien darin besteht, dass es sie gar nicht gibt, und zwar nicht als Folge einer bewussten Entscheidung darüber. Tatsächlich müssen Ressourcen und Zeit für die Schaffung eines nationalen Innovationssystems eingesetzt werden mit Hilfe einer Politik, die sich auf die wesentlichen Umrisse konzentriert, wobei die Nachfrage nach Technologie im Unternehmensbereich gesteigert wird und das Wissen und das Informationsangebot restrukturiert wird. Dieses System muss offen sein, unter beständigem Verbesserungsdruck stehen und fähig sein, sich an Veränderungen anzupassen. Damit eine solche Politik erfolgreich ist, muss es einen Konsens darüber zwischen allen beteiligten Akteuren geben und darüber hinaus auch eine Kohärenz zwischen den verschiedenen politischen Institutionen. Das ist deswegen wichtig, weil der Innovationsprozess komplex ist und verschiedene Politikbereiche berührt. Ziel sollte die Schaffung eines Systems sein, das einerseits auf Autonomie und Kooperation aufbaut, andererseits aber auch Wettbewerb zwischen den beteiligten Institutionen und Organisationen fördert. Eine wichtige Bedingung für ein positives Investitionsklima im Bereich der Innovation ist die Erreichung von makroökonomischer Stabilität. Die gegenwärtige Situation ist gekennzeichnet durch Instabilität des Rechtswesens, durch Korruption und Probleme des Vertragsschutzes, die sowohl ausländische als auch inländische Akteure davon abhält, sich in wirtschaftlichen Aktivitäten in Mazedonien zu engagieren. Bei der Suche nach einem Ausweg aus diesen Problemen ist es wichtig für Mazedonien, von anderen Ländern wie Slowenien zu lernen, die ähnliche Probleme haben, aber auch schon Erfahrungen in der Problemlösung. Man muss dabei beachten, dass der Entwicklungsstand, das wirtschaftliche und das politische Umfeld in beiden Vergleichsländern sich erheblich unterscheiden, so dass die Lektionen, die Mazedonien von Slowenien lernen könnte, nicht direkt übertragen und kopiert werden können, sondern entsprechend angepasst werden müssen. Die vorliegende Arbeit liefert Einsichten in die Probleme der Innovationspolitik in Transformationsländern und liefert daher sowohl einen Anreiz als auch eine Quelle von Informationen für künftige Analysen der wirtschaftlichen Bedingungen und vor allem Innovationspolitik in Transformationsländern.

Künstliche Randbedingungen und Algebraische Äquivalenzen in der Elastizitätstheorie

In dieser Arbeit werden zwei Aspekte bei Randwertproblemen der linearen Elastizitätstheorie untersucht: die Approximation von Lösungen auf unbeschränkten Gebieten und die Änderung von Symmetrieklassen unter speziellen Transformationen. Ausgangspunkt der Dissertation ist das von Specovius-Neugebauer und Nazarov in "Artificial boundary conditions for Petrovsky systems of second order in exterior domains and in other domains of conical type"(Math. Meth. Appl. Sci, 2004; 27) eingeführte Verfahren zur Untersuchung von Petrovsky-Systemen zweiter Ordnung in Außenraumgebieten und Gebieten mit konischen Ausgängen mit Hilfe der Methode der künstlichen Randbedingungen. Dabei werden für die Ermittlung von Lösungen der Randwertprobleme die unbeschränkten Gebiete durch das Abschneiden mit einer Kugel beschränkt, und es wird eine künstliche Randbedingung konstruiert, um die Lösung des Problems möglichst gut zu approximieren. Das Verfahren wird dahingehend verändert, dass das abschneidende Gebiet ein Polyeder ist, da es für die Lösung des Approximationsproblems mit üblichen Finite-Element-Diskretisierungen von Vorteil sei, wenn das zu triangulierende Gebiet einen polygonalen Rand besitzt. Zu Beginn der Arbeit werden die wichtigsten funktionalanalytischen Begriffe und Ergebnisse der Theorie elliptischer Differentialoperatoren vorgestellt. Danach folgt der Hauptteil der Arbeit, der sich in drei Bereiche untergliedert. Als erstes wird für abschneidende Polyedergebiete eine formale Konstruktion der künstlichen Randbedingungen angegeben. Danach folgt der Nachweis der Existenz und Eindeutigkeit der Lösung des approximativen Randwertproblems auf dem abgeschnittenen Gebiet und im Anschluss wird eine Abschätzung für den resultierenden Abschneidefehler geliefert. An die theoretischen Ausführungen schließt sich die Betrachtung von Anwendungsbereiche an. Hier werden ebene Rissprobleme und Polarisationsmatrizen dreidimensionaler Außenraumprobleme der Elastizitätstheorie erläutert. Der letzte Abschnitt behandelt den zweiten Aspekt der Arbeit, den Bereich der Algebraischen Äquivalenzen. Hier geht es um die Transformation von Symmetrieklassen, um die Kenntnis der Fundamentallösung der Elastizitätsprobleme für transversalisotrope Medien auch für Medien zu nutzen, die nicht von transversalisotroper Struktur sind. Eine allgemeine Darstellung aller Klassen konnte hier nicht geliefert werden. Als Beispiel für das Vorgehen wird eine Klasse von orthotropen Medien im dreidimensionalen Fall angegeben, die sich auf den Fall der Transversalisotropie reduzieren lässt.

Modellfehler und Greensche Funktionen in der Statik

Die vorliegende Arbeit befasst sich mit den Fehlern, die bei der Berechnung von Tragstrukturen auftreten können, dem Diskretisierungs- und dem Modellfehler. Ein zentrales Werkzeug für die Betrachtung des lokalen Fehlers in einer FE-Berechnung sind die Greenschen Funktionen, die auch in anderen Bereichen der Statik, wie man zeigen kann, eine tragende Rolle spielen. Um den richtigen Einsatz der Greenschen Funktion mit der FE-Technik sicherzustellen, werden deren Eigenschaften und die konsistente Generierung aufgezeigt. Mit dem vorgestellten Verfahren, der Lagrange-Methode, wird es möglich auch für nichtlineare Probleme eine Greensche Funktion zu ermitteln. Eine logische Konsequenz aus diesen Betrachtungen ist die Verbesserung der Einflussfunktion durch Verwendung von Grundlösungen. Die Greensche Funktion wird dabei in die Grundlösung und einen regulären Anteil, welcher mittels FE-Technik bestimmt wird, aufgespalten. Mit dieser Methode, hier angewandt auf die Kirchhoff-Platte, erhält man deutlich genauere Ergebnisse als mit der FE-Methode bei einem vergleichbaren Rechenaufwand, wie die numerischen Untersuchungen zeigen. Die Lagrange-Methode bietet einen generellen Zugang zur zweiten Fehlerart, dem Modellfehler, und kann für lineare und nichtlineare Probleme angewandt werden. Auch hierbei übernimmt die Greensche Funktion wieder eine tragende Rolle, um die Auswirkungen von Parameteränderungen auf ausgewählte Zielgrößen betrachten zu können.

Electron-Nuclear Correlation in Laser-Driven Diatomic Molecules

The interaction of short intense laser pulses with atoms/molecules produces a multitude of highly nonlinear processes requiring a non-perturbative treatment. Detailed study of these highly nonlinear processes by numerically solving the time-dependent Schrodinger equation becomes a daunting task when the number of degrees of freedom is large. Also the coupling between the electronic and nuclear degrees of freedom further aggravates the computational problems. In the present work we show that the time-dependent Hartree (TDH) approximation, which neglects the correlation effects, gives unreliable description of the system dynamics both in the absence and presence of an external field. A theoretical framework is required that treats the electrons and nuclei on equal footing and fully quantum mechanically. To address this issue we discuss two approaches, namely the multicomponent density functional theory (MCDFT) and the multiconfiguration time-dependent Hartree (MCTDH) method, that go beyond the TDH approximation and describe the correlated electron-nuclear dynamics accurately. In the MCDFT framework, where the time-dependent electronic and nuclear densities are the basic variables, we discuss an algorithm to calculate the exact Kohn-Sham (KS) potentials for small model systems. By simulating the photodissociation process in a model hydrogen molecular ion, we show that the exact KS potentials contain all the many-body effects and give an insight into the system dynamics. In the MCTDH approach, the wave function is expanded as a sum of products of single-particle functions (SPFs). The MCTDH method is able to describe the electron-nuclear correlation effects as the SPFs and the expansion coefficients evolve in time and give an accurate description of the system dynamics. We show that the MCTDH method is suitable to study a variety of processes such as the fragmentation of molecules, high-order harmonic generation, the two-center interference effect, and the lochfrass effect. We discuss these phenomena in a model hydrogen molecular ion and a model hydrogen molecule. Inclusion of absorbing boundaries in the mean-field approximation and its consequences are discussed using the model hydrogen molecular ion. To this end, two types of calculations are considered: (i) a variational approach with a complex absorbing potential included in the full many-particle Hamiltonian and (ii) an approach in the spirit of time-dependent density functional theory (TDDFT), including complex absorbing potentials in the single-particle equations. It is elucidated that for small grids the TDDFT approach is superior to the variational approach.

Effects of Organic and Inorganic Fertilizers on Growth and Yield of Banana (Musa AAA cv. Malindi) in Oman

The Sultanate of Oman is located on the south-eastern coast of the Arabian Peninsula, which lies on the south-western tip of the Asian continent. The strategic geographical locations of the Sultanate with its many maritime ports distributed on the Indian Ocean have historically made it one of the Arabian Peninsula leaders in the international maritime trade sector. Intensive trading relationships over long time periods have contributed to the high plant diversity seen in Oman where agricultural production depends entirely on irrigation from groundwater sources. As a consequence of the expansion of the irrigated area, groundwater depletion has increased, leading to the intrusion of seawater into freshwater aquifers. This phenomenon has caused water and soil salinity problems in large parts of the Al-Batinah governorate of Oman and threatens cultivated crops, including banana (Musa spp.). According to the Ministry of Agriculture and Fisheries, the majority of South Al-Batinah farms are affected by salinity (ECe > 4 dS m-1). As no alternative farmland is available, the reclamation of salt-affected soils using simple cultural practices is of paramount importance, but in Oman little scientific research has been conducted to develop such methods of reclamation. This doctoral study was initiated to help filling this research gap, particularly for bananas. A literature review of the banana cultivation history revealed that the banana germplasm on the Arabian Peninsula is probably introduced from Indonesia and India via maritime routes across the Indian Ocean and the Red Sea. In a second part of this dissertation, two experiments are described. A laboratory trial conducted at the University of Kassel, in Witzenhausen, Germany from June to July 2010. This incubation experiment was done to explore how C and N mineralization of composted dairy manure and date palm straw differed in alkaline non-saline and saline soils. Each soil was amended with four organic fertilizers: 1) composted dairy manure, 2) manure + 10% date palm straw, 3) manure + 30% date palm straw or 4) date palm straw alone, in addition to un-amended soils as control. The results showed that the saline soil had a lower soil organic C content and microbial biomass C than the non-saline soil. This led to lower mineralization rates of manure and date palm straw in the saline soil. In the non-saline soil, the application of manure and straw resulted in significant increases of CO2 emissions, equivalent to 2.5 and 30% of the added C, respectively. In the non-amended control treatment of the saline soil, the sum of CO2-C reached only 55% of the soil organic C in comparison with the non-saline soil. In which 66% of the added manure and 75% of the added straw were emitted, assuming that no interactions occurred between soil organic C, manure C and straw C during microbial decomposition. The application of straw always led to a net N immobilization compared to the control. Salinity had no specific effect on N mineralization as indicated by the CO2-C to Nmin ratio of soil organic matter and manure. However, N immobilization was markedly stronger in the saline soil. Date palm straw strongly promoted saprotrophic fungi in contrast to manure and the combined application of manure and date palm straw had synergistic positive effects on soil microorganisms. In the last week of incubation, net-N mineralization was observed in nearly all treatments. The strongest increase in microbial biomass C was observed in the manure + straw treatment. In both soils, manure had no effect on the fungi-specific membrane component ergosterol. In contrast, the application of straw resulted in strong increases of the ergosterol content. A field experiment was conducted on two adjacent fields at the Agricultural Research Station, Rumais (23°41’15” N, 57°59’1” E) in the South of Al-Batinah Plain in Oman from October 2007 to July 2009. In this experiment, the effects of 24 soil and fertilizer treatments on the growth and productivity of Musa AAA cv. 'Malindi' were evaluated. The treatments consisted of two soil types (saline and amended non-saline), two fertilizer application methods (mixed and ring applied), six fertilizer amendments (1: fresh dairy manure, 2: composted dairy manure, 3: composted dairy manure and 10% date palm straw, 4: composted dairy manure and 30% date palm straw, 5: only NPK, and 6: NPK and micronutrients). Sandy loam soil was imported from another part of Oman to amended the soil in the planting holes and create non-saline conditions in the root-zone. The results indicate that replacing the saline soil in the root zone by non-saline soil improved plant growth and yield more than fertilizer amendments or application methods. Particularly those plants on amended soil where NPK was applied using the ring method and which received micronutrients grew significantly faster to harvest (339 days), had a higher average bunch weight (9.5 kg/bunch) and were consequently more productive (10.6 tonnes/hectare/cycle) compared to the other treatments.

Lost in Research - Wissensmanagement in komplexen (psychoanalytischen) Forschungsprojekten

Die Wissenschaft weist im Zuge der Entwicklung von der Industrie- zu einer Wissensgesellschaft einschneidende Veränderungen in der Wissensordnung auf, welche sich bis hin zu einem zunehmenden Verlust der wissenschaftlichen Selbststeuerungsmechanismen bemerkbar machen und einen veränderten Umgang mit dem generierten Wissensschatz erfordern. Nicht nur Änderungen in der Wissensordnung und -produktion stellen die Psychoanalyse vor neue Herausforderungen: In den letzten Jahrzehnten geriet sie als Wissenschaft und Behandlungsverfahren zunehmend in die Kritik und reagierte mit einer konstruktiven Diskussion um ein dem Forschungsgegenstand – die Untersuchung unbewusster Prozesse und Fantasien – adäquates psychoanalytisches Forschungsverständnis. Die Auseinandersetzung mit Forderungen gesellschaftlicher Geldgeber, politischer Vertreter und Interessensgruppen wie auch der wissenschaftlichen Community stellt die Psychoanalyse vor besondere Herausforderungen. Um wissenschaftsexternen wie -internen Gütekriterien zu genügen, ist häufig ein hoher personeller, materieller, finanzieller, methodischer wie organisatorischer Aufwand unabdingbar, wie das Beispiel des psychoanalytischen Forschungsinstitutes Sigmund-Freud-Institut zeigt. Der steigende Aufwand schlägt sich in einer zunehmenden Komplexität des Forschungsprozesses nieder, die unter anderem in den vielschichtigen Fragestellungen und Zielsetzungen, dem vermehrt interdisziplinären, vernetzten Charakter, dem Umgang mit dem umfangreichen, hochspezialisierten Wissen, der Methodenvielfalt, etc. begründet liegt. Um jener Komplexität des Forschungsprozesses gerecht zu werden, ist es zunehmend erforderlich, Wege des Wissensmanagement zu beschreiten. Tools wie z. B. Mapping-Verfahren stellen unterstützende Werkzeuge des Wissensmanagements dar, um den Herausforderungen des Forschungsprozesses zu begegnen. In der vorliegenden Arbeit werden zunächst die veränderten Forschungsbedingungen und ihre Auswirkungen auf die Komplexität des Forschungsprozesses - insbesondere auch des psychoanalytischen Forschungsprozesses - reflektiert. Die mit der wachsenden Komplexität einhergehenden Schwierigkeiten und Herausforderungen werden am Beispiel eines interdisziplinär ausgerichteten EU-Forschungsprojektes näher illustriert. Um dieser wachsenden Komplexität psychoanalytischer Forschung erfolgreich zu begegnen, wurden in verschiedenen Forschungsprojekten am Sigmund-Freud-Institut Wissensmanagement-Maßnahmen ergriffen. In der vorliegenden Arbeit wird daher in einem zweiten Teil zunächst auf theoretische Aspekte des Wissensmanagements eingegangen, die die Grundlage der eingesetzten Wissensmanagement-Instrumente bildeten. Dabei spielen insbesondere psychologische Aspekte des Wissensmanagements eine zentrale Rolle. Zudem werden die konkreten Wissensmanagement-Tools vorgestellt, die in den verschiedenen Forschungsprojekten zum Einsatz kamen, um der wachsenden Komplexität psychoanalytischer Forschung zu begegnen. Abschließend werden die Hauptthesen der vorliegenden Arbeit noch einmal reflektiert und die geschilderten Techniken des Wissensmanagements im Hinblick auf ihre Vor- und Nachteile kritisch diskutiert.

Understanding Subsystems in Biology through Dimensionality Reduction, Graph Partitioning and Analytical Modeling

Biological systems exhibit rich and complex behavior through the orchestrated interplay of a large array of components. It is hypothesized that separable subsystems with some degree of functional autonomy exist; deciphering their independent behavior and functionality would greatly facilitate understanding the system as a whole. Discovering and analyzing such subsystems are hence pivotal problems in the quest to gain a quantitative understanding of complex biological systems. In this work, using approaches from machine learning, physics and graph theory, methods for the identification and analysis of such subsystems were developed. A novel methodology, based on a recent machine learning algorithm known as non-negative matrix factorization (NMF), was developed to discover such subsystems in a set of large-scale gene expression data. This set of subsystems was then used to predict functional relationships between genes, and this approach was shown to score significantly higher than conventional methods when benchmarking them against existing databases. Moreover, a mathematical treatment was developed to treat simple network subsystems based only on their topology (independent of particular parameter values). Application to a problem of experimental interest demonstrated the need for extentions to the conventional model to fully explain the experimental data. Finally, the notion of a subsystem was evaluated from a topological perspective. A number of different protein networks were examined to analyze their topological properties with respect to separability, seeking to find separable subsystems. These networks were shown to exhibit separability in a nonintuitive fashion, while the separable subsystems were of strong biological significance. It was demonstrated that the separability property found was not due to incomplete or biased data, but is likely to reflect biological structure.

Workforce Issues in the Greater Boston Health Care Industry: Implications for Work and Family

Interviews with more than 40 leaders in the Boston area health care industry have identified a range of broadly-felt critical problems. This document synthesizes these problems and places them in the context of work and family issues implicit in the organization of health care workplaces. It concludes with questions about possible ways to address such issues. The defining circumstance for the health care industry nationally as well as regionally at present is an extraordinary reorganization, not yet fully negotiated, in the provision and financing of health care. Hoped-for controls on increased costs of medical care – specifically the widespread replacement of indemnity insurance by market-based managed care and business models of operation--have fallen far short of their promise. Pressures to limit expenditures have produced dispiriting conditions for the entire healthcare workforce, from technicians and aides to nurses and physicians. Under such strains, relations between managers and workers providing care are uneasy, ranging from determined efforts to maintain respectful cooperation to adversarial negotiation. Taken together, the interviews identify five key issues affecting a broad cross-section of occupational groups, albeit in different ways: Staffing shortages of various kinds throughout the health care workforce create problems for managers and workers and also for the quality of patient care. Long work hours and inflexible schedules place pressure on virtually every part of the healthcare workforce, including physicians. Degraded and unsupportive working conditions, often the result of workplace "deskilling" and "speed up," undercut previous modes of clinical practice. Lack of opportunities for training and advancement exacerbate workforce problems in an industry where occupational categories and terms of work are in a constant state of flux. Professional and employee voices are insufficiently heard in conditions of rapid institutional reorganization and consolidation. Interviewees describe multiple impacts of these issues--on the operation of health care workplaces, on the well being of the health care workforce, and on the quality of patient care. Also apparent in the interviews, but not clearly named and defined, is the impact of these issues on the ability of workers to attend well to the needs of their families--and the reciprocal impact of workers' family tensions on workplace performance. In other words, the same things that affect patient care also affect families, and vice versa. Some workers describe feeling both guilty about raising their own family issues when their patients' needs are at stake, and resentful about the exploitation of these feelings by administrators making workplace policy. The different institutions making up the health care system have responded to their most pressing issues with a variety of specific stratagems but few that address the complexities connecting relations between work and family. The MIT Workplace Center proposes a collaborative exploration of next steps to probe these complications and to identify possible locations within the health care system for workplace experimentation with outcomes benefiting all parties.

Context Mediation in the Semantic Web: Handling OWL Ontology and Data Disparity through Context Interchange

The COntext INterchange (COIN) strategy is an approach to solving the problem of interoperability of semantically heterogeneous data sources through context mediation. COIN has used its own notation and syntax for representing ontologies. More recently, the OWL Web Ontology Language is becoming established as the W3C recommended ontology language. We propose the use of the COIN strategy to solve context disparity and ontology interoperability problems in the emerging Semantic Web – both at the ontology level and at the data level. In conjunction with this, we propose a version of the COIN ontology model that uses OWL and the emerging rules interchange language, RuleML.

Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research. Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchers working on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences, biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information is encoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problems in cancer research in which analysis of compositions plays an important role. The problems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection of lung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostic tumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it's role in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partial solution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas in which additional statistical development is needed with the hope of encouraging more compositional data analysts to become involved in biomedical research

Effect of Gas Sparging in Mammalian Cell Bioreactors

One of the major problems in the operations of mammalian cell bioreactors is the detrimental effect of gas sparging. Since the most convenient way to oxygenate any bioreactor is by gas sparging, this adverse effect has often been one of the limiting oxygen transport problems in both laboratory and industrial mammalian cell bioreactors. When one examines the literature on the effect of gas sparging on the death of mammalian cells, a great deal of confusions has been reported. It is not clear from the published literature as to the leading cause for gas-sparged related cell death. These confusions prevent the rational design and operations of mammalian cell bioreactors. In our laboratory, we have attempted to address this problem both fundamentally as well as attempt to obtain a general understanding on the adverse effect of gas sparging. Our analyses first examined the fluid shear associated with the various sections that the gas bubbles encounter during entrance, passage through the bioreactor and the final exit of the gas bubbles. Our analyses showed that the major damage of the mammalian cells by gas bubbles is due to the burst of the bubbles when exiting the bioreactor. It was also our hypothesis that the entrained cells in the liquid boundary layer of the gas bubble upon bursting is the major cause for cell death. We have corroborated this hypothesis by correlating the liquid entrainment with the cell death rate using results from our laboratory as well as other studies. Pluonic F-68, a weak surfactant, has routinely been used in laboratory and industrial bioreactors. In the past, the protective effect of Pluronic F-68 has never been shown as to why it is effective. In our research, we have data using microphotography which clearly demonstrated and corroborated our entrainment hypothesis is the major reason for the effectiveness of Pluronic F-68 in protecting the cells from gas-sparged related cell death.

Group preference structures in AHP–group decision making

This paper presents a procedure that allows us to determine the preference structures (PS) associated to each of the different groups of actors that can be identified in a group decision making problem with a large number of individuals. To that end, it makes use of the Analytic Hierarchy Process (AHP) (Saaty, 1980) as the technique to solve discrete multicriteria decision making problems. This technique permits the resolution of multicriteria, multienvironment and multiactor problems in which subjective aspects and uncertainty have been incorporated into the model, constructing ratio scales corresponding to the priorities relative to the elements being compared, normalised in a distributive manner (wi = 1). On the basis of the individuals’ priorities we identify different clusters for the decision makers and, for each of these, the associated preference structure using, to that end, tools analogous to those of Multidimensional Scaling. The resulting PS will be employed to extract knowledge for the subsequent negotiation processes and, should it be necessary, to determine the relative importance of the alternatives being compared using anyone of the existing procedures