High-Throughput Screening for Novel Prostate Cancer Drug Targets –Getting Personal

Prostate cancers form a heterogeneous group of diseases and there is a need for novel biomarkers, and for more efficient and targeted methods of treatment. In this thesis, the potential of microarray data, RNA interference (RNAi) and compound screens were utilized in order to identify novel biomarkers, drug targets and drugs for future personalized prostate cancer therapeutics. First, a bioinformatic mRNA expression analysis covering 9873 human tissue and cell samples, including 349 prostate cancer and 147 normal prostate samples, was used to distinguish in silico prevalidated putative prostate cancer biomarkers and drug targets. Second, RNAi based high-throughput (HT) functional profiling of 295 prostate and prostate cancer tissue specific genes was performed in cultured prostate cancer cells. Third, a HT compound screen approach using a library of 4910 drugs and drug-like molecules was exploited to identify potential drugs inhibiting prostate cancer cell growth. Nine candidate drug targets, with biomarker potential, and one cancer selective compound were validated in vitro and in vivo. In addition to androgen receptor (AR) signaling, endoplasmic reticulum (ER) function, arachidonic acid (AA) pathway, redox homeostasis and mitosis were identified as vital processes in prostate cancer cells. ERG oncogene positive cancer cells exhibited sensitivity to induction of oxidative and ER stress, whereas advanced and castrate-resistant prostate cancer (CRPC) could be potentially targeted through AR signaling and mitosis. In conclusion, this thesis illustrates the power of systems biological data analysis in the discovery of potential vulnerabilities present in prostate cancer cells, as well as novel options for personalized cancer management.

Modelagem do balanço hídrico em microbacia cultivada com plantio comercial de Eucalyptus grandis x urophylla no leste de Minas Gerais, Brasil

No Brasil, o número de plantios comerciais de espécies florestais de crescimento rápido vem aumentando consideravelmente nas últimas décadas. Contudo, os possíveis impactos desse aumento sobre os recursos hídricos ainda são desconhecidos. O objetivo deste estudo foi realizar a modelagem do balanço hídrico em uma microbacia cultivada com plantio comercial de híbridos de Eucalyptus grandis x urophylla no Leste de Minas Gerais, Brasil. O trabalho foi realizado em uma microbacia experimental com área total de 40 ha durante o ano hidrológico, compreendido entre outubro de 2009 e setembro de 2010. A principal entrada de água no sistema via precipitação pluvial e os dados meteorológicos foram coletados por uma estação automática instalada no interior da área de estudo. As principais saídas foram estimadas pela equação modificada de Penman-Monteith e pela mensuração do deflúvio gerado na saída da bacia. Do total precipitado (1.123 mm) durante o ano, 9% (106 mm) retornaram à atmosfera via interceptação, 66% (740 mm) via transpiração da cultura e 11% (119 mm) pela evaporação do solo, que somados corresponderam à aproximadamente 86% da entrada de água na microbacia. Do deflúvio total gerado (~147 mm), apenas 4,29 mm (0,4%) foram convertidos em escoamento superficial. Pode-se concluir que durante o ano hidrológico monitorado o balanço entre as principais entradas e as saídas de água na microbacia foi equalizado, não comprometendo a disponibilidade hídrica natural no curso d'água.

Avaliação da função hiperbólica truncada para a descrição da distribuição de povoamentos debastados de eucalipto

Objetivou-se, neste estudo, avaliar a utilização da função hiperbólica completa de três parâmetros, com a supressão e utilização do parâmetro de locação como diâmetro mínimo e a função com truncamento à direita, em função do diâmetro máximo da descrição da distribuição diamétrica de povoamentos de eucalipto submetidos a desbastes. As parcelas permanentes utilizadas foram mensuradas aos 27, 40, 50, 58, 61, 76, 87, 101 e 112, 125, 135, 147 e 160 meses, com um primeiro desbaste realizado aos 58 meses e um segundo desbaste aos 130 meses. Todos os ajustes resultaram em aderência aos dados pelo teste de Kolmogorov-Smirnov em nível de 0,01. Os valores médios do teste foram 0,0562; 0,0386; 0,0532; e 0,0387, para a função com três parâmetros, dois parâmetros, parâmetro de locação igual ao diâmetro mínimo e truncada à direita, respectivamente.

ABELHAS EUGLOSSINA (HYMENOPTERA: APIDAE) ASSOCIADAS À MONOCULTURA DE EUCALIPTO NO CERRADO MATO-GROSSENSE

O objetivo deste estudo foi avaliar a composição de abelhas Euglossina em três áreas distintas, com monocultura de eucalipto de diferentes idades, utilizando a vegetação nativa como controle, com base nos aspectos de riqueza e abundância. O trabalho foi realizado em três propriedades particulares, localizadas na região Sudoeste de Mato Grosso, em monocultura de eucaliptos de diferentes idades e vegetação nativa (Cerrado). As coletas foram realizadas mensalmente, de dezembro de 2011 a março de 2012, utilizando-se seis essências: eugenol, eucaliptol, vanilina, benzoato de benzila, salicitato de metila e acetato de benzila, das 8 às 16 h. Foram coletados 430 espécimes, de quatro gêneros e 18 espécies. Eulaema nigritaLepeletier, 1841, Euglossa melanotricha Moure, 1967 e Eulaema cingulata Fabricius, 1804 foram as espécies mais abundantes e comuns a todas as áreas estudadas. A área com maior abundância de abelhas foi ApS (166 indivíduos) e com maior riqueza, a Tol (14 espécies). A composição de espécies foi semelhante nas áreas analisadas, e a abundância apresentou dissimilaridade entre a Tol e as áreas SanR e ApS. A área AC (área-controle) apresentou maior abundância (147) e riqueza (n = 15) em relação à monocultura de eucalipto.

ESTUDO DA RELAÇÃO ENTRE CONDIÇÕES DE POLPAÇÃO E PROPRIEDADES FÍSICO-MECÂNICAS DO PAPEL

RESUMOO objetivo deste estudo foi avaliar a influência da condição de polpação nas propriedades físico-mecânicas do papel branqueado de eucalipto. Para este estudo, foram utilizados cavacos de um híbrido clonal de eucalipto (Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla) de 7 anos de idade. As polpas foram produzidas por duas condições distintas de polpação Lo-SolidsTM, sendo elas: Condição PI – álcali efetivo de 16,5%, sulfidez de 30% e temperatura de cozimento de 155 ºC; e Condição PII – álcali efetivo de 17,5%, sulfidez de 32% e temperatura de cozimento de 147 ºC. Ambos os cozimentos foram realizados buscando-se número kappa de 18,0 ± 0,5. Os branqueamentos foram realizados pela sequência de branqueamento OA(Ze)DP, buscando-se a alvura de 90,0 ± 1,0% ISO. Os refinos foram realizados a 0, 750, 1.500 e 3.000 níveis de revoluções e as correlações, feitas utilizando o índice de tração como variável independente da curva de refino. As propriedades físico-mecânicas do papel foram influenciadas pela condição de polpação, com aumento da drenabilidade, densidade aparente, índice TEA, alongamento e índice de rasgo para a polpa PI, considerando-se um mesmo índice de tração. A polpa PII, entretanto, atingiu o mesmo índice de tração da polpa PI com menor nível de refino e, consequentemente, menor gasto de energia. A condição de polpação PII foi mais adequada para a produção de papel por preservar mais a integridade das fibras, alcançando um mesmo índice de tração com um menor nível de refino.

Isän visiot, tyttären urotyöt

Kirjallisuusarvostelu

Delay reduction in courts of justice – possibilities and challenges of process improvement in professional public organizations

Delays in the justice system have been undermining the functioning and performance of the court system all over the world for decades. Despite the widespread concern about delays, the solutions have not kept up with the growth of the problem. The delay problem existing in the justice courts processes is a good example of the growing need and pressure in professional public organizations to start improving their business process performance.This study analyses the possibilities and challenges of process improvement in professional public organizations. The study is based on experiences gained in two longitudinal action research improvement projects conducted in two separate Finnish law instances; in the Helsinki Court of Appeal and in the Insurance Court. The thesis has two objectives. First objective is to study what kinds of factors in court system operations cause delays and unmanageable backlogs and how to reduce and prevent delays. Based on the lessons learned from the case projects the objective is to give new insights on the critical factors of process improvement conducted in professional public organizations. Four main areas and factors behind the delay problem is identified: 1) goal setting and performance measurement practices, 2) the process control system, 3) production and capacity planning procedures, and 4) process roles and responsibilities. The appropriate improvement solutions include tools to enhance project planning and scheduling and monitoring the agreed time-frames for different phases of the handling process and pending inventory. The study introduces the identified critical factors in different phases of process improvement work carried out in professional public organizations, the ways the critical factors can be incorporated to the different stages of the projects, and discusses the role of external facilitator in assisting process improvement work and in enhancing ownership towards the solutions and improvement. The study highlights the need to concentrate on the critical factors aiming to get the employees to challenge their existing ways of conducting work, analyze their own processes, and create procedures for diffusing the process improvement culture instead of merely concentrating of finding tools, techniques, and solutions appropriate for applications from the manufacturing sector

Análise energética em sistema de produção de suínos com aproveitamento dos desejos como biofertilizante em pastagem

O objetivo deste trabalho foi estimar a quantidade de energia para a produção de suínos, em ciclo completo, e o balanço energético do sistema com reaproveitamento dos resíduos gerados como biofertilizante, em área de pastagem, utilizando dados médios de cinco ciclos, em granja comercial no município de Diamantina - MG. Quantificou-se o coeficiente energético de cada componente envolvido no processo produtivo de suínos terminados, tratamento dos resíduos e produção de pastagem de Brachiaria decumbens, nas formas de ração, trabalho humano, energia elétrica, máquinas e equipamentos, combustíveis e lubrificantes, instalações, produção de suínos vivos e produção de Brachiaria decumbens. A quantidade média de energia para produzir 1 kg de suíno vivo foi de 53,35 MJ. De toda energia empregada no sistema, 76,03% (1.067.106,07 MJ) referem-se às entradas e 23,97% (331.400 MJ) às saídas, resultando em coeficiente de eficiência energética de 0,31. A energia transformada em suínos para abate correspondeu a 55,58% (184.200 MJ) das saídas, ao passo que a pastagem de Brachiaria decumbens assumiu o valor de 44,42% (147.200 MJ).

Application of fuzzy logic for the evaluation of livestock slaughtering

The fuzzy logic admits infinite intermediate logical values between false and true. With this principle, it developed in this study a system based on fuzzy rules, which indicates the body mass index of ruminant animals in order to obtain the best time to slaughter. The controller developed has as input the variables weight and height, and as output a new body mass index, called Fuzzy Body Mass Index (Fuzzy BMI), which may serve as a detection system at the time of livestock slaughtering, comparing one another by the linguistic variables "Very Low", "Low", "Average ", "High" and "Very High". For demonstrating the use application of this fuzzy system, an analysis was made with 147 Nellore beeves to determine Fuzzy BMI values for each animal and indicate the location of body mass of any herd. The performance validation of the system was based on a statistical analysis using the Pearson correlation coefficient of 0.923, representing a high positive correlation, indicating that the proposed method is appropriate. Thus, this method allows the evaluation of the herd comparing each animal within the group, thus providing a quantitative method of farmer decision. It was concluded that this study established a computational method based on fuzzy logic that mimics part of human reasoning and interprets the body mass index of any bovine species and in any region of the country.

Energetic efficiency of an agricultural tractor in function of tire inflation pressure

The tire inflation pressure, among other factors, determines the efficiency in which a tractor can exert traction. It was studied the effect of using two tire inflation pressures, 110.4 kPa in the front and rear wheels, 124.2 kPa in the front wheel and 138 kPa in the rear wheels, the energetic efficiency of an agricultural tractor of 147 kW of engine power, in the displacement speed of 6.0 km.h-1, on track with firm surface, with the tractor engine speed of 2000 rpm. For each condition of the tire pressure, the tested tractor was subjected to constant forces in the drawbar of 45 kN and 50 kN, covering 30 meters. It was used a randomized complete block with a 2x2 factorial arrangement (tire pressure and drawbar power) with four replications, totaling 16 experimental units. Data were subjected to analysis of variance, using the Tukey test at 5% probability for comparison averages. The lowest hourly and specific fuel consumption, the lowest slippage of the wheelsets and the highest efficiency in the drawbar was obtained with the tire inflation pressure of 110.4 kPa in the front and rear tires of the tractor, highlighting that lower pressures improve energetic and operational performance of the tractor.

SOFTWARE TO ASSESS BEEF CATTLE BODY MASS THROUGH THE FUZZY BODY MASS INDEX

ABSTRACT The Body Mass Index (BMI) can be used by farmers to help determine the time of evaluation of the body mass gain of the animal. However, the calculation of this index does not reveal immediately whether the animal is ready for slaughter or if it needs special care fattening. The aim of this study was to develop a software using the Fuzzy Logic to compare the bovine body mass among themselves and identify the groups for slaughter and those that requires more intensive feeding, using "mass" and "height" variables, and the output Fuzzy BMI. For the development of the software, it was used a fuzzy system with applications in a herd of 147 Nellore cows, located in a city of Santa Rita do Pardo city – Mato Grosso do Sul (MS) state, in Brazil, and a database generated by Matlab software.

Fatores de risco e conduta nas complicações do trato biliar no transplante hepático

A reconstrução biliar é um dos pontos vulneráveis do transplante hepático apresentando incidência de complicações biliares, variando de 10 a 35%, nos diversos estudos da literatura. Esse trabalho tem por objetivo apresentar a experiência do nosso serviço em relação à incidência e ao manejo das complicações biliares no transplante de fígado. Foram incluídos no estudo 147 transplantes hepáticos ortotópicos, com idade média de 37,3 anos, correspondendo a 88 procedimentos em pacientes do sexo masculino e 59 do sexo feminino. Complicações biliares ocorreram em 27 transplantes (18,36%) em 25 pacientes (dois retransplantes). A presença de rejeição celular e de complicações vasculares foi identificada como fator de risco para as complicações biliares. A idade, o sexo, a etiologia da cirrose e a técnica utilizada na reconstrução biliar não foram fatores de risco. No total, foram empregados 52 cursos terapêuticos: tratamento cirúrgico em 23 vezes; tratamento endoscópico em 15 vezes; retransplante em sete vezes; drenagem biliar transparieto-hepática em seis vezes e um paciente está em lista de espera para retransplante. Conclui-se deste estudo que as complicações biliares são freqüentes após o transplante hepático e que as vasculares e a rejeição celular são fatores de risco.

Esvaziamento cervical seletivo no tratamento do carcinoma epidermóide do andar inferior da boca

OBJETIVO: O esvaziamento cervical seletivo, removendo apenas os linfonodos com maior probabilidade de metástases, pode ser adequado para o tratamento do pescoço nos carcinomas epidermóides do andar inferior da boca. O objetivo deste estudo é avaliar os níveis linfonodais acometidos por metástases em uma série de pacientes tratados em uma única instituição. MÉTODO: Foram avaliados os registros de 416 pacientes com câncer de lábio, língua oral, soalho de boca, gengiva inferior, região jugal e trígono retromolar, submetidos à 519 esvaziamentos cervicais entre 1977 e 2001, quanto ao níveis linfonodais acometidos por metástases. RESULTADOS: O nível I estava acometido em 107/519 (20%) esvaziamentos, o nível II em 147/519 (28%), o nível III em 75/519 (14%), o nível IV em 32/419 (7%) e o nível V em 22/419 (5%). A taxa de falso-negativos e de falso-positivos foi de 36% e 30%, respectivamente. Os pacientes com metástases nos níveis I e/ou II, III, IV ou V tiveram uma média 2,2; 4,8; 6,5 e 7,5 linfonodos comprometidos, respectivamente (p < 0.0001). As metástases no nível IIb foram diagnosticadas em 21 (5%) pacientes, sendo que 11 (52%) deles tinham metástases no nível V (p < 0,0001). CONCLUSÃO: O esvaziamento cervical dos níveis I a IV remove quase todos os linfonodos com risco de metástases no carcinoma epidermóide do andar inferior da boca. O esvaziamento seletivo com esta extensão é adequado para o tratamento eletivo do pescoço (N0), onde ocorrem aproximadamente 30% de casos falso-negativos, e também pode ser suficiente no esvaziamento terapêutico (N+). Quando ocorrem metástases no nível IIb, aumenta significativamente o risco de metástases no nível V.

Pesquisa nacional sobre condutas na pancreatite aguda

OBJETIVO: Avaliar como a pancreatite aguda é vista e tratada pelo cirurgião brasileiro. MÉTODO: Trata-se de um questionário prospectivo enviado aos membros do Colégio Brasileiro de Cirurgiões (CBC). Dois mil questionários foram enviados obtendo-se 618 respostas (30,9%). O questionário constituía de perguntas relacionadas à experiência do cirurgião e ao tratamento da PA. RESULTADOS: Cento e oitente e dois entrevistados (33,6%) disseram tratar até cinco casos por ano e 147 (27,2%) tratam de seis a 10 casos por ano. Dentre os critérios utilizados para a definição de PA, o mais citado foi a avaliação clínica por 306 (57,4%) entrevistados, seguido dos critérios de Ranson por 294 (55,2%) e TC por 262 (49,2%). Com relação ao uso da TC, 275 (51,5%) entrevistados responderam que realizam a TC em todos os doentes com PA. O suporte nutricional parenteral foi o método de escolha indicado por 248 (46,6%) entrevistados. A infecção da coleção e/ou necrose pancreática é a principal indicação operatória com 447 (83,6%) respostas. O melhor período para operar um doente com PA grave foi considerado até quatorze dias por 278 (54,2%) entrevistados. Com relação aos antibióticos, 371 (68,6%) entrevistados disseram que utilizam antibióticos no tratamento da PA grave. CONCLUSÃO: Estes resultados demonstram uma ampla variação no tratamento da PA no Brasil. A pouca experiência dos cirurgiões e os temas controversos são os fatores principais responsável para esta falta de padronização. A realização de um Consenso nacional baseado nos novos conceitos e na experiência mundial é crucial para ajustar estas condutas.