Control horari

Aquest treball de final de carrera consisteix en l'anàlisi, disseny i implementació d'una aplicació web distribuïda per controlar l'estat horari dels treballadors d'una empresa. L'enginyeria d'aquest programari està basada en el paradigma d'orientació a objectes dins l'estàndard UML; la implementació s'ha fet en llenguatge Java i s'ha utilitzat l'arquitectura J2EE. L'aplicació resultant segueix principalment el patró arquitectònic Model Vista Controlador (MVC) utilitzant el framework Struts2 i el patró Data Access Object (DAO) per a la persistència de dades amb Hibernate 3.

Gestió Acadèmica d'un centre de formació

L'objectiu principal d'aquest TFC és el desenvolupament d'una aplicació completa i funcional amb un caire professional fent servir la plataforma .NET i emprant la major part de les seves tecnologies més importants (ASP.NET, ADO.NET, formularis Web i Windows).

Water-filtered infrared-A radiation (wIRA) is not implicated in cellular degeneration of human skin

Rapport de synthèse : Introduction : le vieillissement cutané est un processus biologique complexe auquel participe une exposition excessive au rayonnement ultraviolet du soleil. En particulier, les longueurs d'onde des rayons ultraviolets A et B (UV-A et UV-B) peuvent induire une augmentation de la synthèse de protéases, comme la métalloprotéinase matricielle 1 (MMP-1), qui est impliquée dans le processus de vieillissement. La thermothérapie par infrarouges, dont les longueurs d'onde sont plus longues que celles des UV, est largement utilisée à des fins thérapeutiques ou cosmétiques. Or, il a été démontré que les infrarouges en filtration aqueuse (IRFA) pouvaient induire une augmentation de la production de MMP-1 et par conséquent être nocifs. Il serait donc intéressant d'évaluer les effets des IRFA au niveau cellulaire et moléculaire. But Expérimental : étudier les effets des lampes à infrarouges en filtration aqueuse utilisées en clinique sur des fibroblastes cutanés humains en culture, afin d'analyser l'expression du gène codant pour la protéine MMP-1. Méthode : des fibroblastes cutanés humain ont été irradiés d'une part avec approximativement 88% d'IRFA (780-1400 nm) et 12% de lumière rouge (LR, 665-780 nm) avec 380 mW/cm2 IRFA(+LR) (333 mW/cm2 IRFA) et d'autre part avec des UV-A comme contrôle. Des courbes de survie cellulaire ont été établies après une exposition allant de 15 minutes à 8 heures au IRFA(+LR) (340-10880 J/cm2 wIRA(+RL), 300-9600 J/cm2 wIRA) ou de 15 à 45 minutes aux UV-A(+BL) (25-75 J/cm2 UV-A(+BL). L'induction de l'ARNm du gène de la MMP-1 a été analysé dans les fibroblastes cutanés humain à deux températures physiologiques (30°C et 37°C) lors d'expositions uniques de 15 à 60 minutes aux IRFA(+LR) (340-1360 J/cm2 IRFA(+LR), 300-1200 J/cm2 IRFA) ou de 30 minutes aux UV-A(+BL) (50 J/cm2 UVA(+BL)). De plus, nous avons effectué des irradiations répétées, une a chaque passage cellulaire jusqu'au passage. 10 de 15 minutes d'IRFA(+LR) 340 J/cm2 IRFA(+LR), 300 J/cm2 IRFA) . Résultats : une exposition unique aux UV-A (+BL) entraîne chez des fibroblastes cutanés humains une augmentation de la mort cellulaire, ainsi qu'une forte augmentation de l'expression du gène codant pour la MMP-1. L'augmentation mise en évidence pour cet ARNm varie en fonction de la technique utilisée : elle est de 11 ± 1 fois par RT-PCR classique, de 76 ± 2 fois par RT-PCR quantitative à 30°C, et de 75 ± 1 fois par RT-PCR quantitative à 37°C. Par contre, une exposition unique ou répétée aux IRFA (+LR) n'induit aucune augmentation de la mort cellulaire, ni de l'expression de l'ARNm de la MMP-1 chez ces fibroblastes. Conclusions : les résultats de cette étude montrent que, contrairement aux rayons ultraviolets, les IRFA (+LR) ne semblent impliqués ni dans le vieillissement, ni dans la mort cellulaire, même utilisés à des doses très élevées. Ces résultats sont en accord avec certaines investigations in vivo montrant une induction de MMP-1 par des UV et non des infrarouges. Ces dernières études suggèrent d'ailleurs plutôt un rôle protecteur des IRFA (+LR).

Anàlisi. Disseny i implementació d'una utilitat de Workflow aplicat a una web de gestió d'un centre de Reclamacions i Queixes mitjançant J2EE : una solució amb Struts i EJBs

El treball final de carrera està compost de l¿anàlisi, disseny i implementació d'una utilitat de Workflow que dóna servei a una web per gestionar les reclamacions i queixes d'una empresa. La part del Workflow s'ha pensat per ser totalment configurable a les particularitats d'un determinat aplicatiu i per donar servei a tantes aplicacions com faci falta simultàniament.L'anàlisi i el disseny s'han basat en la metodologia UML dins el paradigma de l'Orientació a Objectes juntament amb diversos patrons de disseny com pot ser el MVC que ha permès separar completament la lògica de negoci (Workflow) de la presentació (Web). Per les 2 parts: Workflow i web s¿ha fet ús d'una arquitectura distribuïda.

Detection of Brazilian hantavirus by reverse transcription polymerase chain reaction amplification of N gene in patients with hantavirus cardiopulmonary syndrome

We report a nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for hantavirus using primers selected to match high homology regions of hantavirus genomes detected from the whole blood of hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) patients from Brazil, also including the N gene nucleotide sequence of Araraquara virus. Hantavirus genomes were detected in eight out of nine blood samples from the HCPS patients by RT-PCR (88.9% positivity) and in all 9 blood samples (100% positivity) by nested-PCR. The eight amplicons obtained by RT-PCR (P1, P3-P9), including one obtained by nested-PCR (P-2) and not obtained by RT-PCR, were sequenced and showed high homology (94.8% to 99.1%) with the N gene of Araraquara hantavirus. Although the serologic method ELISA is the most appropriate test for HCPS diagnosis, the use of nested RT-PCR for hantavirus in Brazil would contribute to the diagnosis of acute hantavirus disease detecting viral genomes in patient specimens as well as initial genomic characterization of circulating hantaviruses.

e-Serveis : Botiga Virtual

Aquest projecte presenta un cas d'estudi a partir del qual es vol fer un procés de desenvolupament de programari. Concretament, l'objectiu és crear un sistema de venda de productes i serveis per mitjà de la xarxa d'Internet.

Anàlisi i disseny d'aplicacions enfocades a la gestió de continguts via web, amb tècniques d'orientació objectes.

L'objectiu principal ha estat obtenir un disseny aplicable a qualsevol sistema d'informació extret de l'entitat que vulgui publicar un site independent de la plataforma.

Generació automàtica d'una solució JEE (JPA + EJB + JSF) basada en el framework AndroMDA

En aquest projecte s'utilitzarà el framework AndroMDA per construir un programari que permeti generar automàticament a partir d'un model UML simple una aplicació JEE.

Reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction reference genes in the spared nerve injury model of neuropathic pain : validation and literature search

La douleur neuropathique est définie comme une douleur causée par une lésion du système nerveux somato-sensoriel. Elle se caractérise par des douleurs exagérées, spontanées, ou déclenchées par des stimuli normalement non douloureux (allodynie) ou douloureux (hyperalgésie). Bien qu'elle concerne 7% de la population, ses mécanismes biologiques ne sont pas encore élucidés. L'étude des variations d'expressions géniques dans les tissus-clés des voies sensorielles (notamment le ganglion spinal et la corne dorsale de la moelle épinière) à différents moments après une lésion nerveuse périphérique permettrait de mettre en évidence de nouvelles cibles thérapeutiques. Elles se détectent de manière sensible par reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction (RT- qPCR). Pour garantir des résultats fiables, des guidelines ont récemment recommandé la validation des gènes de référence utilisés pour la normalisation des données ("Minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments", Bustin et al 2009). Après recherche dans la littérature des gènes de référence fréquemment utilisés dans notre modèle de douleur neuropathique périphérique SNI (spared nerve injury) et dans le tissu nerveux en général, nous avons établi une liste de potentiels bons candidats: Actin beta (Actb), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), ribosomal proteins 18S (18S), L13a (RPL13a) et L29 (RPL29), hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1 (HPRT1) et hydroxymethyl-bilane synthase (HMBS). Nous avons évalué la stabilité d'expression de ces gènes dans le ganglion spinal et dans la corne dorsale à différents moments après la lésion nerveuse (SNI) en calculant des coefficients de variation et utilisant l'algorithme geNorm qui compare les niveaux d'expression entre les différents candidats et détermine la paire de gènes restante la plus stable. Il a aussi été possible de classer les gènes selon leur stabilité et d'identifier le nombre de gènes nécessaires pour une normalisation la plus précise. Les gènes les plus cités comme référence dans le modèle SNI ont été GAPDH, HMBS, Actb, HPRT1 et 18S. Seuls HPRT1 and 18S ont été précédemment validés dans des arrays de RT-qPCR. Dans notre étude, tous les gènes testés dans le ganglion spinal et dans la corne dorsale satisfont au critère de stabilité exprimé par une M-value inférieure à 1. Par contre avec un coefficient de variation (CV) supérieur à 50% dans le ganglion spinal, 18S ne peut être retenu. La paire de gènes la plus stable dans le ganglion spinal est HPRT1 et Actb et dans la corne dorsale il s'agit de RPL29 et RPL13a. L'utilisation de 2 gènes de référence stables suffit pour une normalisation fiable. Nous avons donc classé et validé Actb, RPL29, RPL13a, HMBS, GAPDH, HPRT1 et 18S comme gènes de référence utilisables dans la corne dorsale pour le modèle SNI chez le rat. Dans le ganglion spinal 18S n'a pas rempli nos critères. Nous avons aussi déterminé que la combinaison de deux gènes de référence stables suffit pour une normalisation précise. Les variations d'expression génique de potentiels gènes d'intérêts dans des conditions expérimentales identiques (SNI, tissu et timepoints post SNI) vont pouvoir se mesurer sur la base d'une normalisation fiable. Non seulement il sera possible d'identifier des régulations potentiellement importantes dans la genèse de la douleur neuropathique mais aussi d'observer les différents phénotypes évoluant au cours du temps après lésion nerveuse.

Hepatitis C virus genotypes in blood donors from the Federal District, Central Brazil

The objective of this study was to characterize hepatitis C virus (HCV) genotypes in blood donors from the Federal District, Central Brazil, and to compare HCV screening by serological assays and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Plasma samples from 57 individuals with reactive or indeterminate results in serological anti-HCV screening assays (ELISA or EIA) were tested for HCV RNA by RT-PCR. The results from a confirmatory LIA serological assay were also evaluated. The 5' non-coding region of the HCV genome was amplified from 41 PCR positive samples (71.9%), which were further characterized by nucleotide sequencing analysis. Of these, 60.9% were of HCV genotype 1 and 39.1% of genotype 3.

Generació automàtica de codi per aplicacions MVC amb AndroMDA i WebML

Aquest treball es centra es dues eines MDA: AndroMDA i WebML, amb les que es pretén generar una aplicació web basada en una arquitectura MVC. La introducció en el coneixement d'aquestes dues eines, es fa partint d'una visió global de l'arquitectura MDA, mostrant el seu funcionament, per a continuació passar a avaluar un conjunt d'eines MDA, de cara a realitzar una classificació en funció de les seves característiques.

Entorn d'autoaprenentatge per a assignatures d'Enginyeria del Programari

L'aplicació desenvolupada és un entorn web que permetrà als estudiants de la UOC millorarel seu rendiment en les assignatures d'Enginyeria del programari, mitjançant la utilització de l'eina de correcció automàtica de diagrames UML desenvolupada pel grup de recerca GRES-UOC.

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) genotyping in Rio de Janeiro, Brazil: assessing subtype and drug-resistance associated mutations in HIV-1 infected individuals failing highly active antiretroviral therapy

In order to assess the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) drug resistance mutation profiles and evaluate the distribution of the genetic subtypes in the state of Rio de Janeiro, Brazil, blood samples from 547 HIV-1 infected patients failing antiretroviral (ARV) therapy, were collected during the years 2002 and 2003 to perform the viral resistance genotyping at the Renageno Laboratory from Rio de Janeiro (Oswaldo Cruz Foundation). Viral resistance genotyping was performed using ViroSeqTM Genotyping System (Celera Diagnostic-Abbott, US). The HIV-1 subtyping based on polymerase (pol) gene sequences (protease and reverse transcriptase-RT regions) was as follows: subtype B (91.2%), subtype F (4.9%), and B/F viral recombinant forms (3.3%). The subtype C was identified in two patients (0.4%) and the recombinant CRF_02/AG virus was found infecting one patient (0.2%). The HIV-1 genotyping profile associated to the reverse transcriptase inhibitors has shown a high frequency of the M184V mutation followed by the timidine-associated mutations. The K103N mutation was the most prevalent to the non-nucleoside RT inhibitor and the resistance associated to protease inhibitor showed the minor mutations L63P, L10F/R, and A71V as the more prevalent. A large proportion of subtype B was observed in HIV-1 treated patients from Rio de Janeiro. In addition, we have identified the circulation of drug-resistant HIV-1 subtype C and are presenting the first report of the occurrence of an African recombinant CRF_02/AG virus in Rio de Janeiro, Brazil. A clear association between HIV-1 subtypes and protease resistance mutations was observed in this study. The maintenance of resistance genotyping programs for HIV-1 failing patients is important to the management of ARV therapies and to attempt and monitor the HIV-1 subtype prevalence in Brazil.

Antiretroviral resistance mutations in human immunodeficiency virus type 1 infected patients enrolled in genotype testing at the Central Public Health Laboratory, São Paulo, Brazil: preliminary results

Antiretroviral resistance mutations (ARM) are one of the major obstacles for pharmacological human immunodeficiency virus (HIV) suppression. Plasma HIV-1 RNA from 306 patients on antiretroviral therapy with virological failure was analyzed, most of them (60%) exposed to three or more regimens, and 28% of them have started therapy before 1997. The most common regimens in use at the time of genotype testing were AZT/3TC/nelfinavir, 3TC/D4T/nelfinavir and AZT/3TC/efavirenz. The majority of ARM occurred at protease (PR) gene at residue L90 (41%) and V82 (25%); at reverse transcriptase (RT) gene, mutations at residue M184 (V/I) were observed in 64%. One or more thymidine analogue mutations were detected in 73%. The number of ARM at PR gene increased from a mean of four mutations per patient who showed virological failure at the first ARV regimens to six mutations per patient exposed to six or more regimens; similar trend in RT was also observed. No differences in ARM at principal codon to the three drug classes for HIV-1 clades B or F were observed, but some polymorphisms in secondary codons showed significant differences. Strategies to improve the cost effectiveness of drug therapy and to optimize the sequencing and the rescue therapy are the major health priorities.

Diagnosis of Brazilian vesiculoviruses by reverse transcription-polymerase chain reaction

We describe a reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and a nested-PCR for diagnosis of Piry, Carajás, Cocal, and Alagoas vesiculoviruses from Brazil. The RNA extracts of viral and clinical samples were submitted to a RT-PCR using Vesiculovirus G primers that amplify part of the glycoprotein gene. The RT-PCR produced amplicons of expected size, 290 base pair, for the four studied viruses. The RT-PCR showed a high sensitivity being 151.3 times (2.18 log) more sensitive for the detection of Piry virus than the classical procedure for virus detection in tissue culture based on the viral cytophatic effect. Amplicons had nucleotides sequenced and were aligned in order to select internal primers for a nested-PCR to confirm the origin of Piry, Carajás, Cocal, and Alagoas Vesiculovirus. Ten blood and tarsal pad epithelial samples of infected Guinea-pigs had Vesiculovirus genome amplified by RT-nested-PCR.