Highly parallel genetic approaches in Mendelian and complex diseases

The recent advance in high-throughput sequencing and genotyping protocols allows rapid investigation of Mendelian and complex diseases on a scale not previously been possible. In my thesis research I took advantage of these modern techniques to study retinitis pigmentosa (RP), a rare inherited disease characterized by progressive loss of photoreceptors and leading to blindness; and hypertension, a common condition affecting 30% of the adult population. Firstly, I compared the performance of different next generation sequencing (NGS) platforms in the sequencing of the RP-linked gene PRPF31. The gene contained a mutation in an intronic repetitive element, which presented difficulties for both classic sequencing methods and NGS. We showed that all NGS platforms are powerful tools to identify rare and common DNA variants, also in case of more complex sequences. Moreover, we evaluated the features of different NGS platforms that are important in re-sequencing projects. The main focus of my thesis was then to investigate the involvement of pre-mRNA splicing factors in autosomal dominant RP (adRP). I screened 5 candidate genes in a large cohort of patients by using long-range PCR as enrichment step, followed by NGS. We tested two different approaches: in one, all target PCRs from all patients were pooled and sequenced as a single DNA library; in the other, PCRs from each patient were separated within the pool by DNA barcodes. The first solution was more cost-effective, while the second one allowed obtaining faster and more accurate results, but overall they both proved to be effective strategies for gene screenings in many samples. We could in fact identify novel missense mutations in the SNRNP200 gene, encoding an essential RNA helicase for splicing catalysis. Interestingly, one of these mutations showed incomplete penetrance in one family with adRP. Thus, we started to study the possible molecular causes underlying phenotypic differences between asymptomatic and affected members of this family. For the study of hypertension, I joined a European consortium to perform genome-wide association studies (GWAS). Thanks to the use of very informative genotyping arrays and of phenotipically well-characterized cohorts, we could identify a novel susceptibility locus for hypertension in the promoter region of the endothelial nitric oxide synthase gene (NOS3). Moreover, we have proven the direct causality of the associated SNP using three different methods: 1) targeted resequencing, 2) luciferase assay, and 3) population study. - Le récent progrès dans le Séquençage à haut Débit et les protocoles de génotypage a permis une plus vaste et rapide étude des maladies mendéliennes et multifactorielles à une échelle encore jamais atteinte. Durant ma thèse de recherche, j'ai utilisé ces nouvelles techniques de séquençage afin d'étudier la retinite pigmentale (RP), une maladie héréditaire rare caractérisée par une perte progressive des photorécepteurs de l'oeil qui entraine la cécité; et l'hypertension, une maladie commune touchant 30% de la population adulte. Tout d'abord, j'ai effectué une comparaison des performances de différentes plateformes de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) lors du séquençage de PRPF31, un gène lié à RP. Ce gène contenait une mutation dans un élément répétable intronique, qui présentait des difficultés de séquençage avec la méthode classique et les NGS. Nous avons montré que les plateformes de NGS analysées sont des outils très puissants pour identifier des variations de l'ADN rares ou communes et aussi dans le cas de séquences complexes. De plus, nous avons exploré les caractéristiques des différentes plateformes NGS qui sont importantes dans les projets de re-séquençage. L'objectif principal de ma thèse a été ensuite d'examiner l'effet des facteurs d'épissage de pre-ARNm dans une forme autosomale dominante de RP (adRP). Un screening de 5 gènes candidats issus d'une large cohorte de patients a été effectué en utilisant la long-range PCR comme étape d'enrichissement, suivie par séquençage avec NGS. Nous avons testé deux approches différentes : dans la première, toutes les cibles PCRs de tous les patients ont été regroupées et séquencées comme une bibliothèque d'ADN unique; dans la seconde, les PCRs de chaque patient ont été séparées par code barres d'ADN. La première solution a été la plus économique, tandis que la seconde a permis d'obtenir des résultats plus rapides et précis. Dans l'ensemble, ces deux stratégies se sont démontrées efficaces pour le screening de gènes issus de divers échantillons. Nous avons pu identifier des nouvelles mutations faux-sens dans le gène SNRNP200, une hélicase ayant une fonction essentielle dans l'épissage. Il est intéressant de noter qu'une des ces mutations montre une pénétrance incomplète dans une famille atteinte d'adRP. Ainsi, nous avons commencé une étude sur les causes moléculaires entrainant des différences phénotypiques entre membres affectés et asymptomatiques de cette famille. Lors de l'étude de l'hypertension, j'ai rejoint un consortium européen pour réaliser une étude d'association Pangénomique ou genome-wide association study Grâce à l'utilisation de tableaux de génotypage très informatifs et de cohortes extrêmement bien caractérisées au niveau phénotypique, un nouveau locus lié à l'hypertension a été identifié dans la région promotrice du gène endothélial nitric oxide sinthase (NOS3). Par ailleurs, nous avons prouvé la cause directe du SNP associé au moyen de trois méthodes différentes: i) en reséquençant la cible avec NGS, ii) avec des essais à la luciférase et iii) une étude de population.

Assimilació, integració laboral, domini de l'idioma i segregació residencial

La literatura econòmica sobre immigració i mercat de treball ha analitzat dos grans temes. Un és l’efecte que genera la immigració sobre les condicions laborals (ocupació i salaris) dels nadius. L’altre és l’assimilació dels immigrants en el país d’acollida. Aquest projecte s'emmarca en aquesta segona línia de recerca. L’assimilació s’entén com un procés complex en el que un immigrant s’integra completament en el seu país d’acollida en diferents aspectes interrelacionats: l’estatus socioeconòmic, el progrés salarial, el domini de l’idioma o la segregació residencial, entre d'altres. El nostre projecte es centra en l’anàlisi de l’assimilació dels immigrants que han arribat recentment al nostre mercat de treball. Des d'aquesta perspectiva, s'ha analitzat si com a conseqüència de la transferibilitat limitada del capital humà entre països, es produeix o no una degradació ocupacional inicial que porti associada una quantiosa diferència salarial amb els nadius de similars característiques. De fet, com menys transferible sigui el capital humà d'origen, major serà la degradació ocupacional i la consegüent bretxa salarial inicial. També s'ha analitzat de manera més directa quin paper juga la portabilitat del capital humà a l'hora d'explicar el progrés econòmic dels immigrants. L’evidència obtinguda permet concloure que, a mesura que s'amplia el temps de residència al país de destinació, el capital humà es va adaptant als requeriments del mercat laboral del país hoste, especialment a través de l'experiència en el lloc de treball, però també per aprenentatge del nou idioma o fins i tot realització d'estudis. El capital humà així acumulat permet millorar posicions en l'escala ocupacional i augmentar en paral•lel els ingressos, assimilant-los amb el temps als dels nadius d'iguals característiques. Per últim, l’anàlisi del paper de les xarxes socials dels immigrants mostra un efecte positiu sobre la probabilitat de trobar feina però un pitjor emparellament en el mercat de treball.

Direct and indirect subsidies in markets with system goods in the presence of externalities. Preliminary version

This paper derives a model of markets with system goods and two technological standards. An established standard incurs lower unit production costs but causes a negative externality. The paper derives the conditions for policy intervention and compares the effect of direct and indirect cost-reducing subsidies in two markets with system goods in the presence of externalities. If consumers are committed to the technology by purchasing one of the components, direct subsidies are preferable. For a medium-low cost difference between technological standards and a low externality cost it is optimal to provide a direct subsidy only to the first technology adopter. As the higher the externality cost raises, the more technology adopters should be provided with direct subsidies. This effect is robust in all extensions. In the absence of consumers commitment to a technological standard indirect and direct subsidies are both desirable. In this case, the subsidy to the first adopter is lower then the subsidy to the second adopter. Moreover, for the low cost difference between technological standards and low externality cost the fi rst fi rm chooses a superior standard without policy intervention. Finally, a perfect compatibility between components based on different technological standards enhances an advantage of indirect subsidies for medium-high externality cost and cost difference between technological standards. Journal of Economic Literature Classi fication Numbers: C72, D21, D40, H23, L13, L22, L51, O25, O33, O38. Keywords: Technological standards; complementary products; externalities; cost-reducing subsidies; compatibility.

Perspectives et défis de la gestion durable du sous-sol en Suisse : analyse des droits de propriété et d'usages relatifs à l'espace souterrain et aux éléments physiques du sous-sol

La présente publication s'intéresse à un nouveau domaine de recherche des politiques environnementales. Elle se propose de théoriser et d'analyser le sous-sol comme une ressource naturelle potentiellement menacée. Le sous-sol suisse est depuis quelques années l'objet d'une forte intensification des demandes d'utilisation. Une pression démographique croissante s'exerce sur le Plateau, entrainant une augmentation du nombre d'infrastructures. Parallèlement, l'accroissement général de la valeur des terrains dans les villes pousse à une utilisation accrue de l'espace souterrain. Les progrès techniques rendent possible l'implantation d'infrastructures dans presque tous les contextes géologique. Enfin, la volonté politique et sociale de voir certains ouvrages ou substances, comme les déchets nucléaires, enterrés peut s'avérer déterminante. L'approche théorique privilégiée dans cette étude pour aborder le thème de la gestion durable de l'exploitation du sous-sol est celle, développée à l'IDHEAP, des « Régimes institutionnels de ressources » (RIR). Cette démarche se caractérise par sa volonté d'aborder la gestion d'une ressource de manière globale, en faisant fi des découpages territoriaux et institutionnels. Les résultats de l'analyse des juridictions cantonales et fédérales indiquent un risque clair de surexploitation de la ressource. En cause, le flou qui règne autour de la définition des droits de propriété du sous-sol et la faible coordination des politiques publiques concernées. L'étude se conclut sur une mise en perspective des possibilités de régulation qui s'offrent aux décideurs politiques, s'ils décident de prendre en charge le risque de surexploitation du sous-sol.

Nou model de mobilitat urbana: Carsharing

"... Unim el progrés de l'home i d'aquest possible canvi i no trobarem cap símbol millor que el carsharing: compartir la modernitat i els reptes de mobilitat amb eficiència econòmica i moral."Un carsharing, nascut a la bella Suïssa, de paratges que ens podrien recordar a l'estat pur de naturalesa perdut que, s'ha expandit i s'expandeix amb intensitat vital. Ens arriba aquí, amb força única a Barcelona...Estem preparats per poder aprofitar i gaudir d'aquesta nova cultura i servei? Explorem, doncs, que és aquest nou model de mobilitat i comprovem sin'estem, de preparats... Cap a on anem? Què fer? Puja al nostre cotxe i t'ho expliquem.El treball s'estructura en tres blocs diferenciats i numerats. Aquest fet no implica discontinuïtat, sinó que vol ajudar al lector a comprendre millor el nou model de mobilitat d'estudi i conduir-lo poc a poc per la carretera per on citcula el carsharing. La primera secció és de caire teòric i té com objectiu la contextualització i conceptualització; la segona combina un anàlisi empresarial i un estadístic per veure com es percep en el nostre entorn proper; i, finalment, la tercera intenta aportar conclusions, visions de futur i reptes a superar a través d'ambdues parts anteriors, alhora també, afegint raonaments nous i mirades personals.

Diagnosi de necessitats socials i educatives de l'aula multilingüe: aproximació des del cas de matemàtiques

El nostre objectiu principal ha estat estudiar el desenvolupament de competències discursives de l’alumnat (d’origen) estranger que contribueixin a entendre i atendre les seves necessitats socials i educatives a l’aula (de matemàtiques) multilingüe. Amb aquesta intenció, hem dut a terme accions científiques a dos nivells: amb professorat i amb estudiants. Quant a la caracterització de la complexitat normativa de l’aula de matemàtiques multilingüe, tal com estava previst: 1) hem exemplificat diverses normes socials i lingüístiques existents en el desenvolupament de pràctiques matemàtiques a l’aula; i 2) hem particularitzat el fenomen de la diversitat de normes socials i lingüístiques en casos de sessions de classe de secundària. Quant a la documentació d'indicadors de progrés en la comprensió de normes socials i lingüístiques de l’aula, i en el desenvolupament de competències discursives d’adequació a aquestes normes, tal com estava previst: 1) hem caracteritzat estratègies d’ensenyament i aprenentatge de normes socials i lingüístiques en situacions d’interacció social en petit i gran grup; i 2) hem construït criteris de seguiment del grau de desenvolupament de competències discursives d’adequació a les normes, tant pel que a professorat com alumnat. Finalment, quant a l'anàlisi de la contribució de les competències discursives a la construcció d’identitats socials, lingüístiques i matemàtiques compartides: 1) hem estudiat els usos que l’estudiant (d’origen) estranger fa de normes escolars vinculades a pràctiques socials, lingüístiques i matemàtiques; i 2) hem examinat la construcció de significats socials, lingüístics i matemàtics compartits en un ampli ventall de processos d’adequació a normes de l’aula orquestrades pel professorat de la nostra mostra.

The impact of information on decision-making in palliative care

Résumé Ce travail vise à clarifier les résultats contradictoires de la littérature concernant les besoins des patients d'être informés et de participer à la prise de décision. La littérature insiste sur le contenu de l'information comme base de la prise de décision, bien qu'il existe des preuves que d'autres contenus sont importants pour les patients. La thèse essaie en outre d'identifier des possibilités de mieux répondre aux préférences d'information et de participation des patients. Les travaux ont porté en particulier sur les soins palliatifs. Une analyse de la littérature donne un aperçu sur les soins palliatifs, sur l'information des patients et sur leur participation à la prise de décisions thérapeutiques. Cette analyse résume les résultats d'études précédentes et propose un: modèle théorique d'information, de prise de décision et de relation entre ces deux domaines. Dans le cadre de ce travail, deux études empiriques ont utilisé des questionnaires écrits adressés à des personnes privées et à des professionnels de la santé, couvrant la Suisse et le Royaume Uni, pour identifier d'éventuelles différences entre ces deux pays. Les enquêtes ont été focalisées sur des patients souffrant de cancer du poumon. Les instruments utilisés pour ces études proviennent de la littérature afin de les rendre comparables. Le taux de réponse aux questionnaires était de 30-40%. La majorité des participants aux enquêtes estime que les patients devraient: - collaborer à la prise de décision quant à leur traitement - recevoir autant d'information que possible, positive aussi bien que négative - recevoir toutes les informations mentionnées dans le questionnaire (concernant la maladie, le diagnostic et les traitements), tenant compte de la diversité des priorités des patients - être soutenus par des professionnels de la santé, leur famille, leurs amis et/ou les personnes souffrant de la même maladie En plus, les participants aux enquêtes ont identifié divers contenus de l'information aux patients souffrant d'une maladie grave. Ces contenus comprennent entre autres: - L'aide à la prise de décision concernant le traitement - la possibilité de maintenir le contrôle de la situation - la construction d'une relation entre le patient et le soignant - l'encouragement à faire des projets d'avenir - l'influence de l'état émotionnel - l'aide à la compréhension de la maladie et de son impact - les sources potentielles d'états confusionnels et d'états anxieux La plupart des contenus proposés sont positifs. Les résultats suggèrent la coexistence possible de différents contenus à un moment donné ainsi que leur changement au cours du temps. Un modèle est ensuite développé et commenté pour présenter le diagnostic d'une maladie grave. Ce modèle est basé sur la littérature et intègre les résultats des études empiriques réalisées dans le cadre de ce travail. Ce travail analyse également les sources préférées d'information et de soutien, facteurs qui peuvent influencer ou faire obstacle aux préférences d'information et de participation. Les deux groupes de participants considèrent les médecins spécialistes comme la meilleure source d'information. En ce qui concerne le soutien, les points de vue divergent entre les personnes privées et les professionnels de la santé: généralement, les rôles de soutien semblent peu définis parmi les professionnels. Les barrières à l'information adéquate du patient apparaissent fréquemment liées aux caractéristiques des professionnels et aux problèmes d'organisation. Des progrès dans ce domaine contribueraient à améliorer les soins fournis aux patients. Finalement, les limites des études empiriques sont discutées. Celles-ci comprennent, entre autres, la représentativité restreinte des participants et les objections de certains groupes de participants à quelques détails des questionnaires. Summary The present thesis follows a call from the current body of literature to better understand patient needs for information and for participation in decision-making, as previous research findings had been contradictory. Information so far seems to have been considered essentially as a means to making treatment decisions, despite certain evidence that it may have a number of other values to patients. Furthermore, the thesis aims to identify ways to optimise meeting patient preferences for information and participation in treatment decisions. The current field of interest is palliative care. An extensive literature review depicts the background of current concepts of palliative care, patient information and patient involvement into treatment decisions. It also draws together results from previous studies and develops a theoretical model of information, decision-making, and the relationship between them. This is followed by two empirical studies collecting data from members of the general public and health care professionals by means of postal questionnaires. The professional study covers both Switzerland and the United Kingdom in order to identify possible differences between countries. Both studies focus on newly diagnosed lung cancer patients. The instruments used were taken from the literature to make them comparable. The response rate in both surveys was 30-40%, as expected -sufficient to allow stastical tests to be performed. A third study, addressed to lung cancer patients themselves, turned out to require too much time within the frame available. A majority of both study populations thought that patients should: - have a collaborative role in treatment-related decision-making -receive as much information as possible, good or bad - receive all types of information mentioned in the questionnaire (about illness, tests, and treatment), although priorities varied across the study populations - be supported by health professionals, family members, friends and/or others with the same illness Furthermore they identified various 'meanings' information may have to patients with a serious illness. These included: - being an aid in treatment-related decision-making - allowing control to be maintained over the situation - helping the patient-professional relationship to be constructed - allowing plans to be made - being positive for the patient's emotional state - helping the illness and its impact to be understood - being a source of anxiety - being a potential source of confusion to the patient Meanings were mostly positive. It was suggested that different meanings could co-exist at a given time and that they might change over time. A model of coping with the disclosure of a serious diagnosis is then developped. This model is based on existing models of coping with threatening events, as takeñ from the literature [ref. 77, 78], and integrates findings from the empirical studies. The thesis then analyses the remaining aspects apparent from the two surveys. These range from the identification of preferred information and support providers to factors influencing or impeding information and participation preferences. Specialist doctors were identified by both study populations as the best information providers whilst with regard to support provision views differed between the general public and health professionals. A need for better definition of supportive roles among health care workers seemed apparent. Barriers to information provision often seem related to health professional characteristics or organisational difficulties, and improvements in the latter field could well help optimising patient care. Finally, limitations of the studies are discussed, including questions of representativness of certain results and difficulties with or objections against questionnaire details by some groups of respondents.

Nouveau regard sur l'information documentaire publique : régulation d'une ressource en émergence dans l'univers des archives, des bibliothèques et de l'administration suisses

Résumé : Ce travail jette un regard nouveau sur l'information documentaire publique. A travers l'analyse des régulations qui régissent l'archivage, la préservation du patrimoine documentaire et la gestion des documents au niveau national en Suisse, il propose en effet l'application d'un concept d'analyse fédérateur, habituellement exploité pour la compréhension du fonctionnement des res¬sources naturelles. Après avoir exposé que la création, la gestion et la préservation de l'information sont historiquement liées à l'exercice du pouvoir, au système politique en place et au développement des technologies de l'information, ce travail montre que - à la suite des importants changements dus au développe¬ment de la société du savoir et des nouvelles technologies de l'information - les politiques concernées en Suisse sont en train de converger. Ce mouve¬ment, signe de la lente reconnaissance de l'existence d'une ressource unique, va de pair avec le développement d'un système de règles. Cette ressource, désignée par le terme générique d'information, est en train de devenir un enjeu politique et économique fondamental : comme les ressources natu¬relles, elle exige de la part des acteurs publics une prise en charge appropriée afin d'assurer sa durabilité - c'est-à-dire sa capacité de renouvellement - en régulant les rivalités entre usages compétitifs, qui risquent de mettre cette ressource en péril. Ainsi, par l'application d'un modèle d'analyse appelé Régime institutionnel des ressources (RIR), ce travail évalue la durabilité de la ressource information en vérifiant l'existence et la mise en oeuvre de règles pour cha¬cun des usages identifiés de cette ressource. A partir des huit études de cas (consacrées aux archives d'Etat, aux Helvetica, aux données météoro¬logiques et climatologiques, aux données statistiques, aux données d'observation des sols, aux données de la mensuration officielle, aux don¬nées d'état civil et aux données de la taxe sur la valeur ajoutée), notre analyse qualitative montre que, si la durabilité de la ressource est assurée à court terme, elle ne l'est pas sur le long terme. En effet, en dépit des progrès significatifs qui ont été faits ces dernières années, notamment en termes de gestion des documents, le régime institu¬tionnel de la ressource information présente des failles : les principales rivalités existantes ne sont pas contrôlées par des régulations spécifiques. Ainsi, l'identification des informations disponibles, la traçabilité de celles-ci, la sélection de celles qu'il convient de préserver à long terme et, enfin, leur conservation physique continueront à poser problème à l'avenir. Le document se clôt sur l'encouragement à poursuivre les travaux scienti¬fiques et politiques dans ce domaine, dans le but de bénéficier enfin d'une compréhension plus approfondie des mécanismes qui le régissent.

Arythmies supraventriculaires chez les patients adultes porteurs d'une cardiopathie congénitale

Mon projet de recherche s'est articulé autour des arythmies supraventriculaires chez les patients adultes porteurs d'une cardiopathie congénitale (Adults with Congenital Heart Disease ou ACHD). Grâce aux progrès de la chirurgie cardiaque et de la cardiologie, la survie à l'âge adulte des enfants nés avec une malformation cardiaque est excellente et la population des ACHD ne cesse de croître, tout en vieillissant. Les arythmies cardiaques sont une complication à long terme bien connue chez ces patients et une des principales causes de mortalité et de morbidité. Mon travail de recherche comporte une perspective épidémiologique avec une étude de population et une perspective anatomique, avec une étude d'imagerie cardiaque par échographie. 1. Étude épidémiologique : Arythmies auriculaires (AA) chez les patients porteurs d'une cardiopathie congénitale. Sous le titre anglais Atrial Arrhythmias in Adults with Congenital Heart Disease, cette étude a été publiée dans le journal américain Circulation. A travers les résultats de cette étude, j'ai démontré, pour la première fois dans une aussi grande population, que les AA étaient fréquentes chez les patients ACHD, que le risque à long-terme pour ces patients de développer des AA était élevé, et que le développement d'AA avait un impact négatif en termes de mortalité, de morbidité et d'intervention. 2. Étude anatomique : Les paramètres échographiques associés à la fibrillation auriculaire (FA) chez les patients adultes porteurs d'une cardiopathie congénitale. Sous le titre anglais Mirror image atrial dilatation in Adult Patients with Atrial Fibrillation and Congenital Heart Disease, cette étude a été publiée dans le journal américain International Journal of Cardiology, j'ai démontré dans cette étude que les patients ACHD avec une pathologie isolée du coeur gauche présentaient une dilatation progressive de l'oreillette gauche (OG) lorsqu'ils développaient de la FA. Chez les patients avec une pathologie isolée du coeur droit, j'ai décrit une image « miroir » : l'oreillette droite (OD) était toujours plus grande que l'OG βί présentait une dilatation progressive lors de FA. Ces résultats soutiennent l'hypothèse que la FA pourrait provenir de l'OD dilatée chez les patients ACHD avec une pathologie du coeur droit et ouvrent de nouvelles perspectives diagnostiques et thérapeutiques chez ces patients:

Pharmacokinetic and pharmacogenetic factors influencing plasma and cellular antiretroviral drug disposition

Abstract: The improvement in antiretroviral drug therapy has transformed HIV infection into a chronic disease. However, treatment failure and drug toxicity are frequent. Inadequate response to treatment is clearly multifactorial and, therefore, dosage individualisation based on demographic factors, genetic markers and measurement of cellular and plasma drug level may enhance both drug efficacy and tolerability. At present, antiretroviral drugs levels are monitored in plasma, whereas only drugs penetrating into cells are able to exert an antiviral activity, suggesting that cellular drug determination may more confidently reflect drug exposure at the site of pharmacological action. The overall objective of this thesis is to provide a better understanding of the Pharmacokinetic and pharmacogenetic factors influencing the plasma and cellular disposition of antiretroviral drugs. To that endeavour, analytical methods for the measurements of plasma and cellular drug levels have been developed and validated using liquid chromatography methods coupled with ultraviolet and tandem mass spectrometry detection, respectively. Correlations between plasma and cellular exposures were assessed during observational and experimental studies. Cytochrome (CYP) 2B6, efflux transporters (ABCB1, ABCC1, ABCC2 and ABCG2) and orosomucoid (ORM) polymorphisms were determined and were related to plasma and cellular exposures, as well as toxicity of antiretroviral drugs. A Pharmacokinetic population model was developed to characterise inter- and intra-patient variability of atazanavir pharmacokinetics, and to identify covariates influencing drug disposition. In that context, a Pharmacokinetic interaction study between atazanavir and lopinavir, both boosted with ritonavir, has beén conducted to assess the safety and pharmacokinetics of this boosted double-protease inhibitors regimen. Well to moderately-correlated cellular and plasma drug levels are .observed or protease inhibitors, whereas for efavirenz and nevirapine these correlations are weak. Cellular exposure, and CYP2B6 genotype (516G>T) are predictors of efavirenz neuropsychological toxicity. Nevirapine plasma exposure is also influenced by CYPZB6 polymorphism. Nelfinavir cellular exposure appears to be significantly associated only with ABCB1 genotype (3435C>T and intron 26 + 80T>C). Indinavir and lopinavir clearance and lopinavir cellular/plasma exposure ratio are influenced by the concentration of the variant S of ORM, suggesting-a specific binding of these drugs to this variant. Nelfinavir and efavirenz are not influenced by ORM concentration and phenotype. The Pharmacokinetic parameters of atazanavir are adequately described by our population model. The atazanavir-lopinavir interaction study indicates no influence on plasma and cellular atazanavir pharmacokinetics, while limited decrease in lopinavir concentrations was observed after atazanavir addition. The residual variability unexplained by the considered variables suggests that other covariates either uncontrolled at present or remaining to be identified, such as genetic and environmental factors influence antiretroviral drug pharmacokinetics, with substantial impact on treatment efficacy and tolerability. In that context, a comprehensive approach taking into account drug pharmacokinetics and patient genetic background is expected to contribute to increase treatment success, and to reduce the occurrence of adverse drug reactions by stratifying patients in an individualised antiretroviral therapy approach. Résumé Facteurs pharmacocinétiques et pharmacogénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux Les progrès de la thérapie antirétrovirale ont transformé l'infection par le VIH d'une affection mortelle à une maladie chronique. En dépit de ce succès, l'échec thérapeutique et la toxicité médicamenteuse restent fréquents. Une réponse inadéquate au traitement est clairement multifactorielle et une individualisation de la posologie des médicaments qui se baserait sur les facteurs démographiques et génétiques des patients et sur les taux sanguins des médicaments pourrait améliorer à la fois l'efficacité et la tolérance de la thérapie. Par ailleurs, seules les concentrations plasmatiques sont actuellement considérées pour le suivi thérapeutique des médicaments, alors que les taux cellulaires pourraient mieux refléter l'activité de ses médicaments qui agissent au niveau intracellulaire. L'objectif global de cette thèse était de mieux comprendre les facteurs pharmacocinétiques et pharmacocénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des médicaments antirétroviraux. A cet effet, des méthodes pour quantifier les concentrations plasmatiques et cellulaires des antirétroviraux ont été développées et validées en utilisant la chromatographie liquide couplée à la détection ultraviolette et la spectrométrie de masse en tandem, respectivement. La corrélation entre l'exposition cellulaire et plasmatique de ces médicaments a été étudiée lors d'études observationnelles et expérimentales. Les polymorphismes du cytochrome (CYP) 2B6, ainsi que des transporteurs d'efflux (ABCB1, ABCC1, ABCC2 et ABCG2) et de l'orosomucoïde (ORM) ont été déterminés et corrélés avec l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux, ainsi qu'à leur toxicité. Un modèle de pharmacocinétique de population a été établi afin de caractériser la variabilité inter- et intra-individuelle de l'atazanavir, et d'identifier les covariables pouvant influencer le devenir de ce médicament. Dans ce contexte, une étude d'interaction entre l'atazanavir et le lopinavir a été effectuée afin de déterminer la sécurité et le profil pharmacocinétique de ce régime thérapeutique. Des corrélations modérées à bonnes ont été observées entre les taux cellulaires et plasmatiques des inhibiteurs de protéase, alors que pour l'efavirenz et la névirapine ces corrélations sont faibles. L'exposition cellulaire, ainsi que le génotype du CYP2B6 (516G>T) sont des indices de la toxicité neuropsychologique de l'efavirenz. L'exposition plasmatique de la névirapine est également influencée par le polymorphisme du CYPZB6. L'exposition cellulaire du nelfinavir est significativement associée au génotype du ABCB1 (3435C>T et intron 26 + 80T>C). La clairance de l'indinavir et du lopinavir, ainsi que le rapport entre exposition cellulaire et plasmatique du lopinavir sont influencés par la concentration du variant S de l'ORM, suggérant une liaison spécifique de ces médicaments à ce variant. La clairance du nelfinavir et de l'efavirenz n'est pas influencée ni par la concentration ni par le phénotype de l'ORM. Les paramètres pharmacocinétiques de l'atazanavir ont été décrits de façon adéquate par le modèle de population proposé. De plus, le lopinavir n'influence pas les concentrations plasmatiques et cellulaires de l'atazanavir; alors que celui-ci conduit à une baisse limitée des taux de lopinavir. L'importante variabilité pharmacocinétique des antirétroviraux suggère que d'autres facteurs génétiques et environnementaux -qui restent encore à découvrir- influencent également leur disponibilité. Dans un proche futur, une prise en charge qui tienne. compte de la pharmacocinétique des médicaments et des caractéristiques génétiques du patient devrait permettre d'individualiser le traitement, contribuant certainement à une amélioration de la réponse thérapeutique et à une diminution de la toxicité. Résumé grand public Facteurs pharmacocinétiques et pharmacogénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux Les progrès effectués dans le traitement de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine acquise (VIH), ont permis de transformer une maladie avec un pronostic sombre, en une maladie chronique traitable avec des médicaments de plus en plus efficaces. Malgré ce succès, de nombreux patients ne répondent pas de façon optimale à leur traitement et/ou souffrent d'effets indésirables médicamenteux entraînant fréquemment une modification de leur thérapie. Actuellement, le suivi de la réponse au traitement s'effectue par la mesure chez les patients de la quantité de virus et du nombre des cellules immunitaires dans le sang, ainsi que par la concentration sanguine des médicaments administrés. Cependant, comme le virus se réplique à l'intérieur de la cellule, la mesure des concentrations médicamenteuses au niveau intracellulaire pourrait mieux refléter l'activité pharmacologique au site d'action. De plus, il a été possible de mettre en évidence la grande variabilité des concentrations plasmatiques de médicaments chez des patients prenant pourtant la même dose de médicament. Comme cette variabilité est notamment due à des facteurs génétiques qui sont susceptibles d'influencer la réponse au traitement antirétroviral, des analyses génétiques ont été également effectuées chez ces patients. Cette thèse a eu pour objectif de mieux comprendre les facteurs pharmacologiques et génétiques influençant l'activité et la toxicité des médicaments antirétroviraux afin de réduire la variabilité de la réponse thérapeutique. A cet effet, une méthode de dosage permettant la quantification des médicaments anti-HIV au niveau intracellulaire a été développée. Par ailleurs, nos études ont également porté .sur les variations génétiques influençant la quantité et l'activité des protéines impliquées dans le métabolisme et dans le transport des médicaments antirétroviraux. Enfin, les conséquences de ces variations sur la réponse clinique et la toxicité du traitement ont été évaluées. Nos études ont mis en évidence des associations significatives entre les variations génétiques considérées et la concentration sanguine, cellulaire et la toxicité de quelques médicaments antirétroviraux. La complémentarité des connaissances pharmacologiques, génétiques et virales pourrait aboutir à une stratégie globale permettant d'individualiser le traitement et la dose administrée, en fonction des caractéristiques propres de chaque patient. Cette approche pourrait contribuer à une optimisation du traitement antirétroviral dans la perspective d'une meilleure- efficacité thérapeutique à long terme et d'une diminution des effets indésirables rencontrés.

VERS UN ACCÈS UNIVERSEL

Avec près de 33 millions de personnes qui vivent avec le VIH et 2,7 millions de nouvelles infections en 2007, l’épidémie de VIH continue de représenter une menace majeure pour la santé mondiale. Bien que les engagements politiques et fi nanciers et les activités des pays aient permis d’élargir l’accès aux services ces dernières années, le nombre réel de nouvelles infections demeure élevé et continue de dépasser l’augmentation annuelle du nombre de patients qui reçoivent un traitement. Le rapport de situation 2009 donne des informations actualisées sur les progrès accomplis pour étendre les interventions prioritaires du secteur de la santé en matière de prévention, de traitement et de soins du VIH en 2008 en vue de l’accès universel, objectif adopté par la communauté internationale.

Pertinence d'un programme de remédiation cognitive pour patients schizophrènes : l'hypothèse de la plasticité cérébrale

L'importance des déficits neurocognitifs des patients schizophrènes a conduit la section «E. Minkowski» du Département universitaire de psychiatrie adulte de Lausanne à développer un programme de remédiation cognitive pour jeunes patients schizophrènes. Les résultats préliminaires de ce programme indiquent une très nette amélioration des performances cognitives chez la plupart des patients. Les mécanismes cérébraux responsables de ces progrès ne sont cependant pas élucidés. De nouveaux éléments concernant les mécanismes de plasticité synaptique sont évoqués pour expliquer les modifications cérébrales associées aux fonctions cognitives exercées.

Mobilités numériques. De l'usage à l'expérience utilisateur (UX) du monde.

Résumé La mobilité ne signifie plus uniquement se mouvoir d'un point à un autre ; il s'agit d'un concept lui-même en constante évolution, grâce au progrès technique et à l'innovation sociale notamment. Aujourd'hui, la recherche de la vitesse n'est plus le seul enjeu au coeur de nos préoccupations. Elle a été remplacée par un retour au voyage enrichi par l'expérience et ce quelle que soit sa durée. Cet enrichissement s'est principalement fait par le truchement des technologies de l'information et de la communication et peut prendre plusieurs formes liées aux problématiques contemporaines de la ville et du territoire. Citons comme exemple la valorisation du temps de déplacement, grâce à un meilleur accès à l'information (travail, réseaux sociaux, etc.) et à la recherche d'une plus grande cohérence entre l'acte de se mouvoir et l'environnement proche ou lointain. Cette « recontextualisation » du mouvement nous interpelle dans notre rapport à l'espace et nous donne également des pistes pour repenser le métier d'urbaniste de la ville intelligente. Abstract Mobility issues do not only involve the act of moving nowadays. The concept itself evolves continuously thanks to technological and social innovations. The main stakes do not focus anymore on improving speed, but on enriching the experience of travelling, even in the case of short trips. One of the main factors that fosters this evolution is the progressive adoption of information and communication technologies that help to reshape the issues of contemporary cities. For example, the quality of travel time has improved thanks to the ubiquitous accessibility to information, and by offering a better coherence between the trip and the immediate social environment. The "recontextualisation" of everyday activities (working, interacting, etc.) challenges the relationship individuals have with space and offers many clues in regard to the required skills that urban planners and designers of the smart city should possess.

La médecine légale : une discipline médiatique et médiatisée

Pendant longtemps, la médecine légale est restée une discipline mal ou peu connue, en marge de la médecine conventionnelle. Actuellement, le domaine est mieux perçu par le public, notamment grâce à l'image qu'en reflètent les médias. Il n'empêche que le médecin légiste reste, à l'aune du 3e millénaire, un personnage énigmatique dont la profession attire, voire fascine, mais dont la formation et le rôle demeurent encore mal définis: est-il un vrai médecin? Un juriste? Est-il les deux à la fois? Au fil des ans, la formation de médecin légiste s'est complexifiée et son rôle s'est accru, du fait des progrès de la médecine et de la police scientifique, ainsi que de l'émergence de nouveaux besoins et domaines d'investigation.

Hypoxie-ischémie cérébrale néonatale : rôle de la voie de JNK et implication de l'autophagie dans la mort neuronale

Résumé : Malgré les immenses progrès réalisés depuis plusieurs années en médecine obstétricale ainsi qu'en réanimation néonatale et en recherche expérimentale, l'asphyxie périnatale, une situation de manque d'oxygène autour du moment de la naissance, reste une cause majeure de mortalité et de morbidité neurologique à long terme chez l'enfant (retard mental, paralysie cérébrale, épilepsie, problèmes d'apprentissages) sans toutefois de traitement pharmacologique réel. La nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques pour les complications de l'asphyxie périnatale est donc aujourd'hui encore essentielle. Le but général de ce travail est l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques impliquées dans des mécanismes moléculaires pathologiques induits par l'hypoxie-ischémie (HI) dans le cerveau immature. Pour cela, le modèle d'asphyxie périnatale (proche du terme) le plus reconnu chez le rongeur a été développé (modèle de Rice et Vannucci). Il consiste en la ligature permanente d'une artère carotide commune (ischémie) chez le raton de 7 jours combinée à une période d'hypoxie à 8% d'oxygène. Il permet ainsi d'étudier les lésions de type hypoxique-ischémique dans différentes régions cérébrales dont le cortex, l'hippocampe, le striatum et le thalamus. La première partie de ce travail a abordé le rôle de deux voies de MAPK, JNK et p38, après HI néonatale chez le raton à l'aide de peptides inhibiteurs. Tout d'abord, nous avons démontré que D-JNKI1, un peptide inhibiteur de la voie de JNK présentant de fortes propriétés neuroprotectrices dans des modèles d'ischémie cérébrale adulte ainsi que chez le jeune raton, peut intervenir sur différentes voies de mort dont l'activation des calpaïnes (marqueur de la nécrose précoce), l'activation de la caspase-3 (marqueur de l'apoptose) et l'expression de LC3-II (marqueur de macroautophagie). Malgré ces effets positifs le traitement au D-JNKI1 ne modifie pas l'étendue de la lésion cérébrale. L'action limitée de D-JNKI1 peut s'expliquer par une implication modérée des JNKs (faiblement activées et principalement l'isotype JNK3) après HI néonatale sévère. Au contraire, l'inhibition de la voie de nNOS/p38 par le peptide DTAT-GESV permet une augmentation de 20% du volume du tissu sain à court et long terme. Le second projet a étudié les effets de l'HI néonatale sur l'autophagie neuronale. En effet, l'autophagie est un processus catabolique essentiel au bien-être de la cellule. Le type principal d'autophagie (« macroautophagie » , que nous appellerons par la suite « autophagie ») consiste en la séquestration d'éléments à dégrader (protéines ou organelles déficients) dans un compartiment spécialisé, l'autophagosome, qui fusionne avec un lysosome pour former un autolysosome où le contenu est dégradé par les hydrolases lysosomales. Depuis peu, l'excès ou la dérégulation de l'autoptiagie a pu être impliqué dans la mort cellulaire en certaines conditions de stress. Ce travail démontre que l'HI néonatale chez le raton active fortement le flux autophagique, c'est-à-dire augmente la formation des autophagosomes et des autolysosomes, dans les neurones en souffrance. De plus, la relation entre l'autophagie et l'apoptose varie selon la région cérébrale. En effet, alors que dans le cortex les neurones en voie de mort présentent des caractéristiques mixtes apoptotiques et autophagiques, ceux du CA3 sont essentiellement autophagiques et ceux du CA1 sont principalement apoptotiques. L'induction de l'autophagie après HI néonatale semble donc participer à la mort neuronale soit par l'enclenchement de l'apoptose soit comme mécanisme de mort en soi. Afin de comprendre la relation pouvant exister entre autophagie et apoptase un troisième projet a été réalisé sur des cultures primaires de neurones corticaux exposés à un stimulus apoptotique classique, la staurosporine (STS). Nous avons démontré que l'apoptose induite par la STS était précédée et accompagnée par une forte activation du flux autophagique neuronal. L'inhibition de l'autophagie de manière pharmacologique (3-MA) ou plus spécifiquement par ARNs d'interférence dirigés contre deux protéines autophagiques importantes (Atg7 et Atg5) a permis de mettre en évidence des rôles multiples de l'autophagie dans la mort neuronale. En effet, l'autophagie prend non seulement part à une voie de mort parallèle à l'apoptose pouvant être impliquée dans l'activation des calpaïnes, mais est également partiellement responsable de l'induction des voies apoptotiques (activation de la caspase-3 et translocation nucléaire d'AIF). En conclusion, ce travail a montré que l'inhibition de JNK par D-JNKI1 n'est pas un outil neuroprotecteur efficace pour diminuer la mort neuronale provoquée par l'asphyxie périnatalé sévère, et met en lumière deux autres voies thérapeutiques beaucoup plus prometteuses, l'inhibition de nNOS/p38 ou de l'autophagie. ABSTRACT : Despite enormous progress over the last«decades in obstetrical and neonatal medicine and experimental research, perinatal asphyxia, a situation of lack of oxygen around the time of the birth, remains a major cause of mortality and long term neurological morbidity in children (mental retardation, cerebral palsy, epilepsy, learning difficulties) without any effective treatment. It is therefore essential to develop new therapeutic strategies for the complications of perinatal asphyxia. The overall aim of this work was to identify new therapeutic targets involved in pathological molecular mechanisms induced by hypoxia-ischemia (HI) in the immature brain. For this purpose, the most relevant model of perinatal asphyxia (near term) in rodents has been developed (model of Rice and Vannucci). It consists in the permanent ligation of one common carotid artery (ischemia) in the 7-day-old rat combined with a period of hypoxia at 8% oxygen. This model allows the study of the hypoxic-ischemic lesion in different brain regions including the cortex, hippocampus, striatum and thalamus. The first part of this work addressed the role of two MAPK pathways (JNK and p38) after rat neonatal HI using inhibitory peptides. First, we demonstrated that D-JNKI1, a JNK peptide inhibitor presenting strong neuroprotective properties in models of cerebral ischemia in adult and young rats, could affect different cell death mechanisms including the activation of calpain (a marker of necrosis) and caspase-3 (a marker of apoptosis), and the expression of LC3-II (a marker of macroautophagy). Despite these positive effects, D-JNKI1 did not modify the extent of brain damage. The limited action of D-JNKI1 can be explained by the fact that JNKs were only moderately involved (weakly activated and principally the JNK3 isotype) after severe neonatal HI. In contrast, inhibition of nNOS/p38 by the peptide D-TAT-GESV increased the surviving tissue volume by around 20% at short and long term. The second project investigated the effects of neonatal HI on neuronal autophagy. Indeed, autophagy is a catabolic process essential to the well-being of the cell. The principal type of autophagy ("macroautophagy", that we shall henceforth call "autophagy") involves the sequestration of elements to be degraded (deficient proteins or organelles) in a specialized compartment, the autophagosome, which fuses with a lysosome to form an autolysosome where the content is degraded by lysosomal hydrolases. Recently, an excess or deregulation of autophagy has been implicated in cell death in some stress conditions. The present study demonstrated that rat neonatal HI highly enhanced autophagic flux, i.e. increased autophagosome and autolysosome formation, in stressed neurons. Moreover, the relationship between autophagy and apoptosis varies according to the brain region. Indeed, whereas dying neurons in the cortex exhibited mixed features of apoptosis and autophagy, those in CA3 were primarily autophagíc and those in CA1 were mainly apoptotic. The induction of autophagy after neonatal HI seems to participate in neuronal death either by triggering apoptosis or as a death mechanism per se. To understand the relationships that may exist between autophagy and apoptosis, a third project has been conducted using primary cortical neuronal cultures exposed to a classical apoptotic stimulus, staurosporine (STS). We demonstrated that STS-induced apoptosis was preceded and accompanied by a strong activation of neuronal autophagic flux. Inhibition of autophagy pharmacologically (3-MA) or more specifically by RNA interference directed against two important autophagic proteins (Atg7 and AtgS) showed multiple roles of autophagy in neuronal death. Indeed, autophagy was not only involved in a death pathway parallel to apoptosis possibly involved in the activation of calpains, but was also partially responsible for the induction of apoptotic pathways (caspase-3 activation and AIF nuclear translocation). In conclusion, this study showed that JNK inhibition by D-JNKI1 is not an effective neuroprotective tool for decreasing neuronal death following severe perinatal asphyxia, but highlighted two more promising therapeutic approaches, inhibition of the nNOSlp38 pathway or of autophagy.