Molecular diagnosis of strongyloidiasis in tropical areas: a comparison of conventional and real-time polymerase chain reaction with parasitological methods

This study aimed to evaluate the use of conventional polymerase chain reaction (cPCR) and real-time quantitative PCR (qPCR) in the diagnosis of human strongyloidiasis from stool samples in tropical areas. Stool samples were collected from individuals and were determined to be positive for Strongyloides stercoralis (group I), negative for S. stercoralis (group II) and positive for other enteroparasite species (group III). DNA specific to S. stercoralis was found in 76.7% of group I samples by cPCR and in 90% of group I samples by qPCR. The results show that molecular methods can be used as alternative tools for detecting S. stercoralis in human stool samples in tropical areas.

Tropical diseases screening in immigrant patients with HIV infection in a European country.

Prospective observational study of all HIV infected immigrants visited at the Infectious Diseases Department of the Hospital Universitari Vall d’Hebron from June 2010 to May 2011. Screening of most prevalent tropical diseases was performed according to geographical origin. 190 patients were included. Overall, 36.8% (70/190) patients had at least one positive result for any parasitic disease, including Chagas disease, schistosomiasis, strongyloidiasis, leishmaniasis, intestinal parasitosis and malaria. We propose a screening and management strategy of latent parasitic infections in immigrant HIV infected patients.

Gene duplication, population genomics, and species-level differentiation within a tropical mountain shrub.

Gene duplication leads to paralogy, which complicates the de novo assembly of genotyping-by-sequencing (GBS) data. The issue of paralogous genes is exacerbated in plants, because they are particularly prone to gene duplication events. Paralogs are normally filtered from GBS data before undertaking population genomics or phylogenetic analyses. However, gene duplication plays an important role in the functional diversification of genes and it can also lead to the formation of postzygotic barriers. Using populations and closely related species of a tropical mountain shrub, we examine 1) the genomic differentiation produced by putative orthologs, and 2) the distribution of recent gene duplication among lineages and geography. We find high differentiation among populations from isolated mountain peaks and species-level differentiation within what is morphologically described as a single species. The inferred distribution of paralogs among populations is congruent with taxonomy and shows that GBS could be used to examine recent gene duplication as a source of genomic differentiation of nonmodel species.

Thermal energetics of the New-Guinean moss-forest rat (Rattus niobe) in comparison with other tropical murid rodents.

The thermal energetics of rodents from cool, wet tropical highlands are poorly known. Metabolic rate, body temperature and thermal conductance were measured in the moss-forest rat, Rattus niobe (Rodentia), a small murid endemic to the highlands of New Guinea. These data were evaluated in the context of the variation observed in the genus Rattus and among tropical murids. In 7 adult R. niobe, basal metabolic rate (BMR) averaged 53.6±6.6mLO2h(-1), or 103% of the value predicted for a body mass of 42.3±5.8g. Compared to other species of Rattus, R. niobe combines a low body temperature (35.5±0.6°C) and a moderately low minimal wet thermal conductance cmin (5.88±0.7mLO2h(-1)°C(-1), 95% of predicted) with a small size, all of which lead to reduced energy expenditure in a constantly cool environment. The correlations of mean annual rainfall and temperature, altitude and body mass with BMR, body temperature and cmin were analyzed comparatively among tropical Muridae. Neither BMR, nor cmin or body temperature correlated with ambient temperature or altitude. Some of the factors which promote high BMR in higher latitude habitats, such as seasonal exposure to very low temperature and short reproductive season, are lacking in wet montane tropical forests. BMR increased with rainfall, confirming a pattern observed among other assemblages of mammals. This correlation was due to the low BMR of several desert adapted murids, while R. niobe and other species from wet habitats had a moderate BMR.

Annual Report 2006 Neglected Tropical Diseases

World health organization

ESPÉCIES DO GÉNERO CURVULARIA (FUNGOS ANAMÓRFICOS: HYPHOMYCETES) NA ILHA DE SANTIAGO, CABO VERDE

Nos estudos sobre a micoflora de muitos ecossistemas os fungos do género Curvularia Boedijn 1933, constituem um dos mais fascinantes grupos, devido à frequência com que são observados especímenes do género e ao elevado número de espécies que são normalmente identificadas. Apesar da maioria dos táxones do género ser conhecida como saprófita em diferentes substratos vegetais e no solo, podendo ainda ser isolada a partir do solo e do ar, muitas espécies são fitopatogénicas, sobretudo em gramíneas e em regiões de clima tropical e subtropical (SIVANESAN 1987). Um pequeno número de espécies pode raramente originar doenças em animais, incluindo humanos, surgindo como agentes de onicomicoses, sinusite alérgica, pneumonia, endocardite e alergia broncopulmonar (CARTER & BOUDREAUX 2004). Descrito com a espécie tipo C. lunata (Wakker) Boedijn, o género Curvularia permitiu acomodar espécies da família Dematiaceae que possuíam conidióforos macronematosos, mononematosos, direitos ou flexuosos, frequentemente geniculados, por vezes nodosos, células conidiogénicas politétricas, integradas, terminais e simpodiais, fragmoconídios solitários, acropleurógenos por proliferação subterminal do conidióforo, oliváceos a castanhos, elipsóides, cilíndricos, obovóides ou piriformes, três ou mais septos transversais, terceira célula ou segunda e terceira distintamente maiores e escuras, muitas vezes desigualmente curvos devido ao alargamento de uma ou duas células centrais, raramente direitos, septos rígidos, hilo truncado ou protuberante (ELLIS 1971). O género actualmente é composto por mais de 40 táxones que se distinguem por diferenças mais ou menos evidentes na morfologia dos conídios, número de septos e aspectos culturais (SIVANESAN 1987, HOSOKAWA et al. 2003, SIVANESAN et al. 2003, ZHANG-MENG & ZHANG 2003, ZHANG-MENG et al. 2004, CHUNG 2005). Algumas espécies possuem teleomorfo conhecido no género Cochliobolus Drechsler 1934, formando ascósporos filiformes paralelos ou frouxamente enrolados em espiral, característica não evidenciada pela espécie tipo do género, C. heterostrophus (Drechsler) Drechsler, teleomorfo de Bipolaris maydis (Nisik. & Miyake) Shoem., na qual os ascósporos se mostram enrolados formando uma espiral fechada. Por isso, teleomorfos dos fungos do género Curvularia são considerados por alguns autores como sendo do género Pseudocochliobolus Tsuda, Ueyama & Nishih. 1978, que é tido como uma sinonímia de Cochliobolus (ALCORN 1983, SIVANESAN 1987). De notar, no entanto, que sendo filogeneticamente próximo do género Bipolaris Shoem. 1959, as suas espécies apresentam semelhanças morfológicas com espécies do género Bipolaris que têm conídios pequenos e direitos e estudos com análise de sequências ITS e com o marcador enzimático gliceraldeído-3-P desidrogenase mostraram que partilham teleomorfo no grupo 2 do género Cochliobolus (BERBEE et al. 1999). A variabilidade morfológica observada nos fungos enquadrados em Curvularia levou a que ao ser criado o género as espécies fossem separadas em três grupos, ‘geniculata’, com a espécie-tipo C. geniculata (Tracy & Earle) Boedijn, ‘lunata’, com a espécie-tipo C. lunata (Tracy & Earle) Boedijn, e ‘maculans’, com a espécie-tipo C. maculans (Bancroft) Boedijn (=C. eragrostidis (Henn.) Mey.), que se diferenciaram pela forma dos conídios e número de septos (CORBETTA 1964). Nos grupos ‘lunata’ e ‘maculans’ ficaram colocadas as espécies com conídios 3-septados e no grupo ‘geniculata’ as espécies que tinham conídios 4- septados ou com maior número de septos. As espécies do grupo ‘lunata’ distinguiram-se das do grupo ‘maculans’ principalmente por apresentarem curvatura mais pronunciada, célula mediana mais volumosa e habitual presença de estroma em cultura. O reconhecimento das características principais do género Curvularia é relativamente fácil, o que permite que seja normalmente possível a identificação ao género de um qualquer espécimen. No entanto, a identificação em espécie é por vezes complicada pelas descrições vagas e ausência de ilustrações em trabalhos mais antigos, inconstância de características morfológicas e biométricas dos esporos, causada por diferentes condições em que ocorre o crescimento, e sobreposição dos valores das medidas apresentadas por diferentes autores (TSUDA & UEYAMA 1982, HOSOKAWA et al. 2003). Contudo, esta situação não impede que a identificação das espécies continue a ser feita numa aproximação fenotípica, com base em características morfológicas e culturais. Recentemente, as espécies C. fallax Boedijn, C. geniculata (Tracy & Earle) Boedijn e C. senegalensis (Speg.) Subram., do grupo ‘geniculata’, que eram aceites como táxones válidos em monografias clássicas do género (ELLIS 1971, SIVANESAN 1987) mostraram-se interférteis (HOSOKAWA et al. 2003), vindo a ser consideradas, com base em características morfológicas e análise de DNA total por RFLP (HOSOKAWA et al. 2003) e na análise da sequência do gene Brn1 (SUN et al. 2003), como espécie única e sinonimizadas com C. geniculata. Sabido que a diversidade dos fungos que ocorrem nos diferentes ecossistemas de Cabo Verde tem sido pouco estudada, iniciou-se um levantamento da micoflora associada a gramíneas, tendo-se obtido uma colecção de Magnaporthe grisea (Hebert) Barr (LIMA & DUCLOS 2001) e de espécies dos géneros Bipolaris, Exserohilum Leonard & Suggs e Curvularia. O presente trabalho tem como objectivo descrever e ilustrar as espécies de Curvularia identificadas na ilha de Santiago e contribuir para o melhor conhecimento do género naquele país. Na bibliografia consultada não foram encontradas referências a fungos do género Curvularia para Cabo Verde.

Flora de Cabo Verde

O Projecto Flora de Cabo Verde é uma iniciativa conjunta do Instituto de Investigação Científica Tropical (IICT) e do Instituto Nacional de Investigação e Desenvolvimento Agrário (INIDA) de Cabo Verde, iniciado em 1990. O objectivo do projecto é a publicação, em português e em forma de Flora, de fascículos contendo, cada um, o estudo de uma família de plantas vasculares ocorrendo no Arquipélago de Cabo Verde, tanto as nativas, em que se incluem as endémicas, como as exóticas naturalizadas. A obra é dirigida por uma Comissão Editorial constituída por dois elementos do IICT, dois do INIDA e um do Instituto Botânico de Coimbra. O estudo das diversas famílias é feito de acordo com o sistema de classificação de Cronquist, de utilização comum na região oeste-africana. O tratamento taxonómico é o mais uniforme possível. Todos os taxa são introduzidos em chaves dicotómicas para permitir uma rápida distinção com recurso a características facilmente observáveis e descritos morfologicamente. Para cada espécie ou taxon infra-específico é citada a bibliografia respectiva respeitante à área geográfica, assim como as sinonímias igualmente respeitantes à área. É referida a sua distribuição em Cabo Verde com uma ou duas citações de materiais por ilha e a distribuição mundial. São ainda feitas referências à ecologia, utilizações e nomes vulgares nas diversas ilhas. A obra é iconografada com estampas relativas a todos os géneros com espécies nativas ou naturalizadas. A base do estudo é constituída pelos materiais depositados nos diversos herbários que reconhecidamente possuem plantas colectadas na região, com particular ênfase nos Herbários do Instituto de Investigação Científica Tropical (LISC), do Instituto Nacional de Investigação e Desenvolvimento Agrário, de Cabo Verde (CECV), do Instituto Botânico da Universidade de Coimbra (COI), do Instituto Botânico da Universidade de Lisboa (LISU), do Muséum National d’Histoire Naturelle, de Paris (P) e do Botanical Garden and Museum, de Oslo (O). Quando finalizada, a Flora de Cabo Verde irá abranger mais de 700 taxa pertencentes a diversas famílias de Pteridófitos, a 97 famílias de Dicotiledóneas e a 18 famílias de Monocotiledóneas. Até à data foram publicadas 88 famílias, incluindo 232 géneros e 417 taxa. Este projecto, ao ter por finalidade o conhecimento da diversidade vegetal nas ilhas do Arquipélago, constituirá um suporte básico para outros tipos de estudos como sejam a caracterização da vegetação, a avaliação de impactos ambientais, o planeamento de políticas ambientais e agrárias ou conservação da biodiversidade.

Descrição de uma nova espécie de Cordiluroides Albuquerque (Diptera, Muscidae, Coenosiinae)

Description of a new species of Cordiluroides Albuquerque (Diptera, Muscidae, Coenosiinae). Cordiluroides paulistensis sp. nov. from Salesopolis, São Paulo, Brazil is described and illustrated.

Espécies de cigarrinhas (Hemiptera, Cicadellidae, Cicadellinae) em pomares de citros da região de Bebedouro, SP, com descrição de uma espécie nova de Acrogonia Stål

Sharpshooter leafhoppers (Hemiptera, Cicadellidae, Cicadellinae) in citrus groves of the area of Bebedouro, SP, with description of a new species of Acrogonia Stål. Sixteen species of Cicadellidae, subfamily Cicadellinae, were collected and identified: 11 of the tribe Cicadellini and five of the tribe Proconiini. The ten most common species, together with a new species, are characterized based on external morphology and male genitalia: Acrogonia citrina Marucci & Cavichioli sp. nov.; Bucephalogonia xanthophis (Berg, 1879); Dilobopterus costalimai Young, 1977; Ferrariana trivittata (Signoret, 1854); Hortensia similis (Walker, 1851); Macugonalia cavifrons (Stål, 1862); M. leucomelas (Walker, 1851); Oncometopia facialis (Signoret, 1854); Plesiommata corniculata Young, 1977 and P. mollicella (Fowler, 1900). The leafhopper samples were collected in citrus groves and in adjacent habitats (woods, swamp, cultivable plain, spontaneous vegetation of the grove, coffee crop and sugarcane) at the counties of Bebedouro and Monte Azul Paulista and in the district of Turvínia. The collecting methods were: insect net, yellow sticky cards, portable suction trap and Malaise trap. Identification keys were elaborated for the 16 species. There is a great diversity of Cicadellinae species in the citric groves. In the three areas sampled, it was collected a larger number of species of the tribe Cicadellini than of the tribe Proconiini. In the Bebedouro area, the vector species of Xylella fastidiosa, A. citrina sp. nov., B. xanthophis, D. costalimai and O. facialis, were collected in the citrus groves and in all adjacent habitats.

O subgênero Centris (Aphemisia) Ayala: notas complementares e descrição de uma nova espécie (Hymenoptera, Apoidea)

The subgenus Centris (Aphemisia) Ayala: complementary notes and description of a new species (Hymenoptera, Apoidea). Centris (Aphemisia) Ayala, 2002 is redescribed pointing out some others important distinctive characters. The nominal species designated by Ayala as the type species, Centris plumipes Smith, 1854, is preocupied by Centris plumipes (Fabricius, 1781) originaly described in Apis Linnaeus. Being so, Centris xanthosara nom. nov. is proposed to replace Centris plumipes Smith, 1854 non Centris plumipes (Fabricius, 1781). Two other species are considered to belong in this subgenus: Centris (Aphemisia) lilacina Cockerell, 1919, and Centris (Aphemisia) plumbea sp. nov., from Tingo Maria, Peru. A key for the species, illustrations, and geographical distribution are also added.

O subgênero Centris (Schisthemisia) Ayala: notas complementares e descrição de uma nova espécie (Hymenoptera, Apoidea)

The subgenus Centris (Schisthemisia) Ayala: complementary notes and description of a new species (Hymenoptera, Apoidea). Centris (Schisthemisia)Ayala, 2002 is redescribed, pointing out some other important distinctive characters. It includes: Centris (Schisthemisia) flavilabris Mocsáry, 1899 (type species), Centris (Schisthemisia) boliviensis Mocsáry, 1899 stat. nov., Centris (Schisthemisia) fulva Friese, 1924 stat. nov., and Centris (Schisthemisia) restrepoi sp. nov. from Colombia, Villa Vicencio. A key to the species and illustrations are added.

Kanaima Distant, 1909: descrição de uma nova espécie (Hemiptera, Auchenorrhyncha, Cercopidae, Tomaspidinae)

Kanaima Distant, 1909: description of a new species (Hemiptera, Auchenorrhyncha, Cercopidae, Tomaspidinae). A new species, Kanaima dubia, is described from São José dos Pinhais, Paraná, Brazil. It is similar, in general aspect, to Kanaima fluvialis (Lallemand, 1924).