Estimación de la frecuencia y duración del riego mediante el uso de sensores de humedad

Este trabajo presenta los resultados de la campaña de riego 2010 realizada en la finca Villavieja, ubicada en Tordesillas (Valladolid) y perteneciente a la asociación para la investigación y la mejora del cultivo de remolacha azucarera (AIMCRA). El objetivo general es determinar el tiempo y frecuencia de riego óptimos, para mejorar así la eficiencia del riego y reducir el coste de los agricultores. Para ello se considera el manejo del riego tradicional que aplica el regante de la zona al cultivo de remolacha azucarera y se mide el contenido de humedad en puntos determinados de la finca y la distribución del agua en el suelo, a partir de esas medidas. Además, se realizaron varias evaluaciones de las unidades de riego a lo largo de la campaña. Un sensor de frecuencia FDR (EnviroScan) se utilizó para medir el contenido de humedad en un perfil de suelo de la finca. Previamente se determinó la textura del suelo. Los regantes de la zona conocían, con cierta aproximación, las necesidades hídricas semanales del cultivo, a partir de la información de la evapotranspiración semanal de la remolacha, recibida vía mensajes cortos de texto de telefonía móvil (SMS). Ésta se determinada a partir de las estación meteorológicas más cercanas (pertenecientes a la red de Inforiego) y de la red de tanques de evaporación repartidos por las diferentes zonas. Sin embargo, y debido a la necesidad de reducir costes, muchos regantes no se ajustan a dichas necesidades y aplican un calendario de riego ajustándose a la tarifa eléctrica mínima . Esta situación puede provocar estrés hídrico, durante algunos días de la campaña y, como consecuencia, riegos excesivamente largos que intentan compensar el estrés acumulado. Los suelos, principalmente arenosos mostraron valores altos de la infiltración; el tiempo medio de riego, de unas 6 horas, llegó incluso a duplicar el necesario para la saturación de los primeros 60 cm de suelo. Además, la frecuencia de riego no fue siempre la adecuada y, en varias ocasiones, se observaron visualmente síntomas de estrés hídrico en el cultivo.

Estimación de la infiltración en suelos mediante la utilización del"AHFO method"

Se ha caracterizado la infiltración de un suelo colocado en una columna de suelo de metacrilato, de base hexagonal de diagonal 1 m y 0,6 m de alto, con una densidad aparente de 1,5 g/cm3. El procedimiento utilizado ha sido la fibra óptica y el método denominado “Active Heating pulse method with Fiber Optic temperature sensing” AHFO method, que consiste en emitir un pulso óptico con láser y medir en el tiempo la señal reflejada, de baja intensidad, en diferentes puntos de la fibra óptica. Del espectro de luz reflejada solamente un rango de frecuencias específico, determinado por análisis de frecuencia, se correlaciona con la temperatura. La precisión en la medida es de ± 0,1ºC en una distancia de ± 12,5 cm. En el interior de la columna se colocó el cable de fibra óptica formando tres hélices concéntricas separadas 20 cm , 40 cm y 60 cm del centro. Asimismo, se cubrió la superficie del suelo con una altura media de agua que osciló entre 1,5 a 2,5 cm a lo largo de los 140 min que duró el proceso de calentamiento del cable. El incremento de temperatura antes y después del calentamiento se utilizó para determinar la infiltración instantánea a partir de la expresión de Perzlmaeir et al (2004) y de los números adimensional de Nusselt y Prandtl. Considerando los errores inherentes al procedimiento de cálculo, los resultados muestran que el AHFO method es una herramienta útil en el estudio de la variabilidad espacial de la infiltración en el suelo que permite, además, determinar su valor. Asimismo, muestra su potencial para incluir dichas estimaciones en la calibración de modelos relacionados con la gestión de recursos hídricos.

Indicadores energéticos para aplicar estrategias inteligentes en redes de riego a presión

El coste de la energía es, en la actualidad, una de las principales preocupaciones de determinadas zonas regables. Aquellos proyectos de mejora de regadíos, que consistieron fundamentalmente en la sustitución de las redes de distribución en lámina libre por redes a presión, se ven ahora en una situación en la que su rentabilidad financiera se pone en duda y, como consecuencia, su sostenibilidad. El relativamente reciente comienzo del incremento del precio de la energía y otros cambios, como por ejemplo los acaecidos en la política agraria común PAC o la eliminación de las tarifas eléctricas estacionales para riego, han provocado que los proyectos estén operando en puntos alejados de las previsiones iniciales, en los que la rentabilidad social, económica y ambiental quedaba justificada. Ante esta situación, las comunidades de regantes están abordando cambios. Entre estos, destacan, por un lado, las actuaciones sobre las infraestructuras, tales como modificación de equipos de bombeo, reducción de la resistencia al flujo de determinados tramos o zonas de las redes. Por el otro, están abordando cambios en la gestión de estas últimas. En algunos casos, en el riego a la demanda, a través de la aprobación del colectivo, se pierde cierta libertad con la intención de reducir la factura energética. Sin embargo, al final, es el propio regante el que tiene que actuar. En algunos casos, se cambian los cultivos por otros de cosecha temprana o incluso se dejan de regar parte de las tierras regables. En esta situación, que se puede calificar de frágil, por un lado, conviene identificar aquellas actuaciones que por unidad monetaria invertida producirán el máximo beneficio. Y, por el otro, aquellas que por unidad monetaria perdida en el beneficio redunden en una reducción máxima de los costes. Este trabajo trata de centrar el objetivo general arriba enunciado al ámbito de las redes de riego a presión. Si bien hay ya algunos trabajos sobre auditorías energéticas, su aplicación no permite desarrollar el objetivo de este trabajo, ya que van dirigidas hacia la recopilación y elaboración de información. Por este motivo, se proponen y analizan indicadores de rendimiento basados en el balance energético tanto de las infraestructuras, desglosados según la funcionalidad de sus elementos, como del manejo y las condiciones de funcionamiento.

Utilización del "dfot heat pulse method" para el estudio del bulbo mojado en goteros

Aunque se conocen muchos métodos precisos para medidas de humedad puntuales, hasta hace muy poco, no existían métodos in situ para la medida del contenido de humedad a escala de metros o de kilómetros, importantes cuando pensamos a nivel de cuenca hidrográfica. La fibra óptica ha sido muy utilizada en el área de las comunicaciones. Sin embargo, entre sus aplicaciones más recientes, destaca la de su uso para medir la temperatura incluso en grandes distancias (hasta 10 km) y con una alta frecuencia temporal, lo que ha abierto un amplio abanico de posibilidades muy importantes en el seguimiento medioambiental (Selker et al. 2006a; 2006b, Tyler et al. 2008; Westhoff et al., 2007; Freifeld et al., 2008). La precisión en la medida puede alcanzar ± 0,2ºC en una distancia de ± 25 cm. El método utilizado en los ensayos explicados en esta comunicación es el denominado “Distributed Fiber Optic Temperature Measurement” (medida distribuida de la temperatura con fibra óptica) o DFOT, que consiste en emitir un impulso óptico con láser y medir en el tiempo la señal reflejada en diferentes puntos de la fibra. Este método se ha utilizado en el estudio de filtraciones de minas abandonadas (Selker et al. 2006a) y en proyectos relacionados con el cambio climático, como en el estudio del deshielo en glaciares y balances hídricos en pequeñas cuencas (Selker et al. 2006b). Además, en medios porosos, se ha usado, con buenos resultados para la detección de rotura de diques en presas (Perzlmaier et al. 2004a y 2004b) y para la detección de entrada de agua en vertederos urbanos con cubierta vegetal (Weiss, 2003b). Imhoff et al. (2006) en su revisión de técnicas de medidas de contenido de agua en el suelo destaca el uso del “DFOT heat pulse method” (método DFOT del pulso de calor).

Energy requirements in pressure irrigation systems

Modernization of irrigation schemes, generally understood as transformation of surface irrigation systems into pressure –sprinkler and trickle- irrigation systems, aims at, among others, improving irrigation efficiency and reduction of operation and maintenance efforts made by the irrigators. However, pressure irrigation systems, in contrast, carry a serious energy cost. Energy requirements depend on decisions taken on management strategies during the operation phase, which are conditioned by previous decisions taken on the design project of the different elements which compose the irrigation system. Most of the countries where irrigation activity is significant bear in mind that modernization irrigation must play a key role in the agricultural infrastructure policies. The objective of this study is to characterize and estimate the mean and variation of the energy consumed by common types of irrigation systems and their management possibilities. The work includes all processes involved from the diversion of water into irrigation specific infrastructure to water discharge by the emitters installed on the crop fields. Simulation taking into account all elements comprising the irrigation system has been used to estimate the energy requirements of typical irrigation systems of several crop production systems. It has been applied to extensive and intensive crop systems, such us extensive winter crops, summer crops and olive trees, fruit trees and vineyards and intensive horticulture in greenhouses. The simulation of various types of irrigation systems and management strategies, in the framework imposed by particular cropping systems, would help to develop criteria for improving the energy balance in relation to the irrigation water supply productivity.

Key quality factors and travellers profiles at interurban interchanges

La planificación y las políticas de transporte no pueden descuidar la calidad del servicio, considerando que influye notablemente en el cambio modal del coche hacia otros medios de transporte más sostenibles. El concepto se aplica también a los intercambiadores de transporte público, los nodos del sistema donde se cruzan las distintas redes del transporte público y privado. Aunque se han logrado numerosos avances para medir y evaluar la calidad en el sector del transporte público, se han dedicado relativamente pocos esfuerzos a investigar estos aspectos relacionados con la calidad de los intercambiadores del transporte público. Este trabajo de investigación se concentra en la calidad del servicio de la transferencia modal en los intercambiadores interurbanos, según la perspectiva de los viajeros. Su objetivo es identificar los factores clave de la calidad del servicio y los perfiles de los viajeros en los intercambiadores. La investigación es exploratoria y ofrece información acerca de la percepción de los viajeros intermodales relacionada con los aspectos de la calidad, aportando nuevos elementos y datos para adentrarse en estudios más detallados. La metodología del trabajo combina técnicas de análisis estadístico multivariante para analizar los datos de las encuestas sobre la satisfacción de los clientes y se subdivide en tres etapas. En primer lugar, se ha implementado el análisis de correspondencias múltiples para explorar los constructos latentes relacionados con la satisfacción de las características cualitativas de los intercambiadores interurbanos, identificando así los factores clave de la calidad. En segundo lugar, se ha aplicado un análisis de conglomerados de k-medias sobre los factores clave de calidad para clasificar a los viajeros en grupos de usuarios de transportes homogéneos, de acuerdo con su percepción de satisfacción, identificando de este modo los perfiles de los viajeros. Por último, se han formulado sugerencias y recomendaciones sobre la calidad para respaldar la formulación de políticas, estableciendo las prioridades para los intercambiadores interurbanos. La metodología se aplicó en cuatro intercambiadores interurbanos (estaciones de ferrocarriles o de autobuses ) en Madrid, Zaragoza, Gothenburg y Lion, analizando los datos recogidos mediante una encuesta de satisfacción del cliente llevada a cabo en 2011 en los cuatro casos de estudio, donde se interconectan distintos medios de transporte público y privado, de corta y larga distancia. Se recogieron datos sobre la satisfacción de los viajeros con 26 criterios de calidad, así como información sobre aspectos socio-económicos y pautas de comportamiento de viajes. Mediante el análisis de correspondencias múltiples se identificaron 4-5 factores clave de calidad en cada intercambiador, que se asocian principalmente con el sistema de emisión de billetes, el confort y la interconexión, mientras que los viajeros no perciben los temas clásicos como la información. Mediante el análisis de conglomerados se identificaron 2-5 perfiles de viajeros en cada intercambiador. Se reconocieron dos grupos de viajeros en casi todos los casos de estudio: viajeros de cercanía/trabajadores y turistas. Por lo que concierne a las prioridades para apoyar a las partes interesadas en la formulación de políticas, la expedición de billetes es el factor clave para los intercambiadores interurbanos españoles, mientras que la interconexión y los aspectos temporales se destacan en los intercambiadores de Francia y Suecia. Quality of Service can not be neglected in public transport planning and policy making, since it strongly influences modal shifts from car to more sustainable modes. This concept is also related to Public Transport interchanges, the nodes of the transport system where the different sub-systems of public passenger transport and personal vehicles meet. Although a lot of progress has been generally done to measure and assess quality in public transport sector, relatively little investigation has been conducted on quality at PT interchanges. This research work focusses on Quality of Service in the use of transfer facilities at interurban interchanges, according to current travellers’ perspective. It aims at identifying key quality factors and travellers profiles at interurban interchanges. The research is exploratory and offers insight into intermodal travellers’ perception on quality aspects, providing new elements and inputs for more definitive investigation. The methodology of the work combines multivariate statistical techniques to analyse data from customer satisfaction surveys and is subdivided in three steps. Firstly, multiple correspondence analysis was performed to explore latent constructs as concern satisfaction of quality attributes at interurban interchanges, thus identifying the so-called Key Quality Factor. Secondly, k-means cluster analysis was implemented on the key quality factors to classify travellers in homogeneous groups of transport users, according to their perception of satisfaction, thus identifying the so-called Travellers Profiles. Finally, hints and recommendations on quality were identified to support policy making, setting priorities for interurban interchanges. The methodology was applied at four interurban interchanges in Madrid, Zaragoza, Gothenburg and Lyon, analysing the data collected through a customer satisfaction survey carried out in 2011 at the four railway or bus stations where different modes of public and private transport are interconnected covering both short and long trips. Data on travellers’ satisfaction with 26 quality attributes were collected, as well as information on socio-economical and travel patterns. Through multiple correspondence analysis were identified 4-5 key quality factors per interchange. They are mainly related to ticketing, comfort and connectivity, while classical issues, as information, are not perceived as important by travellers’. Through cluster analysis were identified 2-5 travellers profiles per interchange. Two groups of travellers can be found in almost all case studies: commuter / business travellers and holiday travellers. As regards the priorities to support stakeholders in policy making, ticketing is the key-issue for the Spanish interurban interchanges, while connectivity and temporal issues emerge in the French and Swedish case studies.

Evaluación del ruido ambiental en espacios naturales protegidos: implicaciones para su gestión

Esta Tesis Doctoral trata sobre la caracterización acústica de los ecosistemas naturales y la evaluación del impacto ambiental del ruido antropogénico sobre sus potenciales receptores en estos lugares, incluidos los receptores no humanos y sus efectos ecológicos, además, analiza las implicaciones para su gestión a distintas escalas y se lleva a cabo una valoración económica. Este trabajo ofrece soluciones para caracterizar los paisajes sonoros de forma compatible con distintas escalas de trabajo, nivel de esfuerzo técnico y en contextos de recursos limitados que haga viable su tratamiento como cualquier otra variable ambiental en el ámbito de la conservación y gestión del medio natural. Se han adaptado herramientas y metodologías propias de disciplinas como la acústica ambiental, bioacústica y ecología del paisaje, para servir a los objetivos específicos de la evaluación y gestión de los paisajes sonoros y el ruido ambiental en amplias extensiones geográficas. Se ha establecido un método general de muestreo sistemático para trabajo de campo y también se han adaptado métodos de modelización informática, que permiten analizar escenarios sonoros dinámicos en el tiempo y en el espacio, desde localizaciones puntuales hasta la escala del paisaje. Es posible elaborar cartografía ambiental con esta información y se ha representado gráficamente la zona de influencia de distintas fuentes de ruido sobre la calidad de distintos hábitats faunísticos. Se recomienda el uso del indicador del nivel de presión sonora equivalente (Leq) por su operatividad en medición y modelización, y su adaptabilidad a cualquier dimensión espacial y temporal que se requiera, por ejemplo en función del paisaje, actividades o especies que se establezcan como objeto de análisis. Se ha comprobado que las voces y conversaciones de parte de los excursionistas en zonas de reposo, observación y descanso (Laguna Grande de Peñalara) es la fuente de ruido que con mayor frecuencia identifican los propios visitantes (51%) y causa un incremento del nivel de presión sonora equivalente de unos 4,5 dBA sobre el nivel correspondiente al ambiente natural (Lnat). También se ha comprobado que carreteras con bajo nivel de tráfico (IMD<1000) pueden causar estrés fisiológico sobre la fauna y afectar a la calidad de sus hábitats. La isófona de 30 dBA del índice Leq (24h) permite dividir a los corzos de la zona de estudio en dos grupos con diferente nivel de estrés fisiológico, más elevado en los que se sitúan más cerca de la carretera con mayor volumen de tráfico y se expone a mayores niveles de ruido. Por otro lado, ha sido posible delimitar una zona de exclusión para la nidificación de buitre negro alrededor de las carreteras, coincidente con la isófona Leq (24h) de 40 dBA que afecta al 11% de su hábitat potencial. Además se ha llevado a cabo una novedosa valoración económica de la contaminación acústica en espacios naturales protegidos, mediante el análisis de la experiencia sonora de los visitantes del antiguo Parque Natural de Peñalara, y se ha constatado su disposición al pago de una entrada de acceso a estos lugares (aproximadamente 1 euro) si redundara en una mejora de su estado de conservación. En conclusión, los espacios naturales protegidos pueden sufrir un impacto ambiental significativo causado por fuentes de ruido localizadas en su interior pero también lejanas a ellos, que se sitúan fuera del ámbito de competencias de sus gestores. Sucesos sonoros como el sobrevuelo de aviones pueden incrementar en aproximadamente 8 dBA el nivel de referencia Lnat en las zonas tranquilas del parque. Se recomienda llevar a cabo una gestión activa del medio ambiente sonoro y se considera necesario extender la investigación sobre los efectos ecológicos del ruido ambiental a otros lugares y especies animales. ABSTRACT This PhD Thesis deals with acoustic characterization of natural ecosystems and anthropogenic noise impact assessment on potential receivers, including non-human receivers and their ecological effects. Besides, its management implications at different scales are analyzed and an economic valuation is performed. This study provides solutions for characterizing soundscapes in a compatible way with different working scales, level of technical effort and in a context of limited resources, so its treatment becomes feasible as for any other environmental variable in conservation and environmental management. Several tools and methodologies have been adapted from a variety of disciplines such as environmental acoustics, bioacoustics and landscape ecology, to better serve the specific goals of assessing and managing soundscapes and environmental noise in large areas. A procedure has been established for systematic field measurement surveys and noise common computer modelling methods have also been adapted in order to analyze dynamic soundscapes across time and space, from local to landscape scales. It is possible to create specific thematic cartography as for instance delimiting potential influence zone from different noise sources on animal habitats quality. Use of equivalent continuous sound pressure level index (Leq) is recommended because it provides great flexibility in operation for noise measurement and modelling, and because of its adaptability to any required temporal and spatial dimension, for instance landscape, activities or the target species established as study subjects. It has been found that human voices and conversations in a resting and contemplation area (Laguna Grande de Peñalara) is the most frequently referred noise source by national park visitors (51 %) when asked. Human voices alter this recreational area by increasing the sound pressure level approximately 4.5 dBA over the natural ambient level (Lnat). It has also been found that low traffic roads (AADT<1000 ) may cause physiological stress on wildlife and affect the quality of their habitats. It has also been possible to define a road-effect zone by noise mapping, which suggests an effective habitat loss within the Leq (24h) 30 dBA isophone in case of Roe deer and also divide the study area in two groups with different physiological stress level, higher for those exposed to higher noise levels and traffic volume. On the other hand, it has been possible to determine an exclusion area for Cinereous vulture nesting surrounding roads which is coincident with the Leq (24h) 40 dBA isophone and affects 11 % of the vulture potential habitat. It has also been performed an economic estimation of noise pollution impact on visitors’ perception and results showed that visitors would be willing to pay an entrance fee of approximately 1 euro if such payment is really bringing an improvement of the conservation status. In conclusion, protected areas may be significantly affected by anthropogenic noise sources located within the park borders but perturbations may also be caused by large-distance noise sources outside the park managers’ jurisdiction. Aircraft overflight events disrupted quietness and caused Leq increases of almost 8 dBA during a monitoring period with respect to Lnat reference levels in the park quiet areas. It is recommended to actively manage the acoustic environment. Finally, further research on ecological impacts of environmental noise needs to be extended to other species and places.

Ecología de la dispersión de plantas en los bosques secos del suroccidente Ecuatoriano

La importancia del proceso de dispersión de semillas en la estructura y dinámica de los ecosistemas es ampliamente reconocida. Sin embargo, para los bosques tropicales estacionalmente secos los estudios relacionados con este proceso son aún escasos y dispersos en comparación con los bosques tropicales lluviosos. En este trabajo se estudió la importancia de los síndromes de dispersión de semillas en la estructuración de comunidades, mediante el análisis de los patrones de dispersión de semillas en el espacio y tiempo para comunidades de leñosas en los bosques secos del suroccidente Ecuatoriano. Esta área forma parte de la región Tumbesina, una de las áreas de endemismo más importantes del mundo, pero también uno de los hotspots más amenazados. El clima se caracteriza por una estación seca que va de mayo a noviembre y una estación lluviosa que se extiende desde diciembre a abril. Para toda esta zona se estima una temperatura promedio anual entre 20° y 26°C y una precipitación promedio anual entre 300 y 700 mm. El trabajo de campo se desarrolló entre febrero de 2009 y septiembre de 2012. El primer paso fue la recopilación de información sobre las especies leñosas nativas de los bosques secos del suroccidente de Ecuador, que permitiera asignar a cada especie a un síndrome de dispersión para determinar el espectro de síndromes de dispersión de semillas. Luego, utilizando la información disponible de 109 parcelas establecidas previamente a lo largo de cuatro cantones de la provincia de Loja que conservan bosques secos en buen estado, se analizó la relación entre el síndrome de dispersión y condiciones ambientales. La relación de los síndromes de dispersión con los patrones espaciales de las especies y con los patrones de la lluvia y banco de semillas se estudió dentro de una parcela permanente de 9 ha, en la Reserva Ecológica Arenillas. Dentro de esta parcela se estableció un transecto de aproximadamente 3,4 km, que se recorrió mensualmente para colectar excretas de cérvidos y analizar el rol de este grupo como dispersor de semillas. Una gran variedad de plantas en los bosques secos tropicales del suroccidente de Ecuador requirió la asistencia de animales para la dispersión de semillas. Sin embargo, un análisis del espectro de dispersión considerando no solo la riqueza, sino también la abundancia relativa de especies, permitió determinar que a pesar de la alta variedad de especies zoócoras, la mayor parte de la comunidad correspondía a individuos anemócoros, que no proveen ninguna recompensa para la dispersión por animales. Este patrón puede deberse a la abundancia relativa de hábitats adecuados para especies con diferente síndrome de dispersión. Las condiciones ambientales afectaron la estructura del espectro de dispersión en la comunidad de bosque seco neotropical estudiada. El análisis de la importancia relativa del síndrome de dispersión y de la heterogeneidad espacial en la formación de patrones espaciales de árboles adultos permitió determinar que la heterogeneidad ambiental ejercía un efecto adicional (y en algunos el único) en la formación de patrones agregados de la mayoría de especies estudiadas. Los resultados señalaron diferencias en los patrones espaciales de las especies dependiendo del síndrome de dispersión, pero también una gran variación en los patrones espaciales incluso entre especies del mismo síndrome de dispersión. El análisis simultáneo de los patrones de la lluvia de semillas y banco de semillas de una comunidad de leñosas y su relación con la vegetación establecida indicaron que la lluvia de semillas era temporalmente variable en número de especies y abundancia de semillas, y dependía del síndrome de dispersión. El síndrome de dispersión también influyó en la formación de bancos de semillas, siendo las especies con capacidad de dispersión limitada (autócoras) las de mayor riqueza de especies y abundancia de semillas. Los cérvidos también se consideraron como un elemento clave en el proceso de dispersión de semillas. Al menos ocho especies leñosas fueron dispersadas legítimamente vía endozoócora. La mayoría de las especies dispersadas presentaron diásporas sin adaptaciones obvias para la dispersión, por lo que la ingestión de semillas por cérvidos se constituye en una vía potencial para la dispersión de sus semillas a largas distancias y, con ello, mejora la posibilidad de colonizar nuevos sitios y mantener el flujo genético. Los resultados de este estudio aportan nuevas evidencias para el entendimiento de la importancia de los procesos de dispersión de semillas en la estructura de los bosques secos neotropicales. Uno de los principales hallazgos a partir de estos cuatro capítulos es que los patrones espaciales de las especies, así como las estrategias que utilizan para dispersarse y hacer frente a las condiciones adversas (es decir, lluvia o banco de semillas) llevan consigo un efecto del síndrome de dispersión, y que la intensidad ese efecto depende a la vez de las condiciones ambientales del lugar. ABSTRACT The importance of seed dispersal process in the estructuring and ecosystem dynamic is widely recongnized. However, for seasonally tropical dry forest studies related to this process are still scarce and scattered compared to tropical rain forests. The present research deals with the importance of seed dispersal syndromes as a driver in the community structure, focusing its attention to temporal and spatial patterns of seed dispersal in woody communities of seasonally dry forest at Southwestern Ecuador. This area is part of the Tumbesian region, one of the most important areas of endemism, but also one of the most threatened areas around the world. Climate is characterized by a dry season from May to November, and a rainy season from December to April. For the whole area an average temperature between 20 ° and 26 ° C, and an average annual rainfall between 300 and 700 mm are estimated. Fieldwork was carried out between February 2009 and September 2012. During a first step information about native woody species of dry forests of southwestern Ecuador was gathered, enabling to assign a dispersal syndrome to each species to determine the seed dispersal spectrum. In a second step, available information from 109 established plots along four municipalities in Loja province, which hold the highest and best conserved dry forest remanants, was analyzed to establish the relationship between dispersal syndromes and environmental conditions. The relationships between dispersal syndromes and species spatial patterns; and between dispersal syndromes and seed rain and seed bank patterns, were studied within a permanent plot of 9 ha, in the Arenillas Ecological Reserve. Within this plot one transect of approximately 3.4 km was set to collect monthly deer droppings, which were used to latter analyze the rol of this group as seed dispersers. The results showed that a large variety of plants in tropical dry forest of Southwestern Ecuador require animal assistance to dispers their seeds. However, an analysis of seed dispersal spectrum considering not only species richness, but also the relative abundance of species, allowed to determine that despite the high variety of zoochorous species, most individuals in the community corresponds to anemochoruos species. This shift may be due to the relative abundance of habitats that are suitable for species with different dispersal syndromes. Moreover, quantitative data analysis showed that environmental conditions affect the structure of seed dispersal spectrum in the studied community. The analysis of relative importance of dispersal syndrome, and the environmental heterogeneity on formation of adult trees spatial patterns, indicated that environmental heterogeneity exert an additional (or was the only) effect limiting the distribution of most species in this forest. The findings showed differences in spatial patterns related to dispersal syndrome, but also showed a large variation in spatial patterns even among species sharing the same dispersal syndrome. Simultaneous analysis of seed rain and seed bank patterns of a woody community, and their relationship with established vegetation, suggested that seed rain is temporally variable in species number and seeds abundance, and that variation is related to the dispersal syndrome. Dispersal syndrome also influenced on the formation of seed banks, being species with limited dispersal abilities (autochorous) the ones with highest species richness and seed abundance. Deer were found as a key element in the seed dispersal process. At least to eight woody species were dispersed legitimately by ingestion. Diaspores of most dispersed species had no obvious adaptations to seed dispersal, therefore, seed ingestion by deer represents a potential pathway for long-distance dispersal, and hence, improves the chances to colonizing new sites and to maintain gene flow. Overall, these results provide new evidence for understanding the importance of seed dispersal processes in the structure of Neotropical dry forests. One of the major findings from these four chapters is that spatial patterns of species, and the strategies used to disperse their seeds and to deal with the adverse conditions (i.e. seed rain or seed bank) are related with dispersal syndromes, and the intensity of that relation depends in turn, on environmental conditions.

Self-regulation of discharge in non-compensating subsurface drip irrigation emitters

Se muestra los resultados de un studio con modelos de goteros enterrados donde se observa un efecto de autoreegulación del efecto de sobrepresión del agua en el suelo.

Modelo para la integración del trazado de infraestructuras lineales en el paisaje y el medio ambiente basado en SIG

El análisis de las diferentes alternativas en la planificación y diseño de corredores y trazados de carreteras debe basarse en la correcta definición de variables territoriales que sirvan como criterios para la toma de decisión y esto requiere un análisis ambiental preliminar de esas variables de calidad. En España, los estudios de viabilidad de nuevas carreteras y autovías están asociados a una fase del proceso de decisión que se corresponde con el denominado Estudio Informativo, el cual establece condicionantes físicos, ambientales, de uso del suelo y culturales que deben ser considerados en las primeras fases de la definición del trazado de un corredor de carretera. Así, la metodología más frecuente es establecer diferentes niveles de capacidad de acogida del territorio en el área de estudio con el fin de resumir las variables territoriales en mapas temáticos y facilitar el proceso de trazado de las alternativas de corredores de carretera. El paisaje es un factor limitante a tener en cuenta en la planificación y diseño de carreteras y, por tanto, deben buscarse trazados más sostenibles en relación con criterios estéticos y ecológicos del mismo. Pero este factor no es frecuentemente analizado en los Estudios Informativos e incluso, si es considerado, los estudios específicos de la calidad del paisaje (estético y ecológico) y de las formas del terreno no incorporan las recomendaciones de las guías de trazado para evitar o reducir los impactos en el paisaje. Además, los mapas de paisaje que se generan en este tipo de estudios no se corresponden con la escala de desarrollo del Estudio Informativo (1:5.000). Otro déficit común en planificación de corredores y trazados de carreteras es que no se tiene en cuenta la conectividad del paisaje durante el proceso de diseño de la carretera para prevenir la afección a los corredores de fauna existentes en el paisaje. Este déficit puede originar un posterior efecto barrera en los movimientos dispersivos de la fauna y la fragmentación de sus hábitats debido a la ocupación parcial o total de las teselas de hábitats con importancia biológica para la fauna (o hábitats focales) y a la interrupción de los corredores de fauna que concentran esos movimientos dispersivos de la fauna entre teselas. El objetivo principal de esta tesis es mejorar el estudio del paisaje para prevenir su afección durante el proceso de trazado de carreteras, facilitar la conservación de los corredores de fauna (o pasillos verdes) y la localización de medidas preventivas y correctoras en términos de selección y cuantificación de factores de idoneidad a fin de reducir los impactos visuales y ecológicos en el paisaje a escala local. Concretamente, la incorporación de valores cuantitativos y bien justificados en el proceso de decisión permite incrementar la transparencia en el proceso de diseño de corredores y trazados de carreteras. Con este fin, se han planteado cuatro preguntas específicas en esta investigación (1) ¿Cómo se seleccionan y evalúan los factores territoriales limitantes para localizar una nueva carretera por los profesionales españoles de planificación del territorio en relación con el paisaje? (2) ¿Cómo pueden ser definidos los corredores de fauna a partir de factores del paisaje que influyen en los movimientos dispersivos de la fauna? (3) ¿Cómo pueden delimitarse y evaluarse los corredores de fauna incluyendo el comportamiento parcialmente errático en los movimientos dispersivos de la fauna y el efecto barrera de los elementos antrópicos a una escala local? (4) ¿Qué y cómo las recomendaciones de diseño de carreteras relacionadas con el paisaje y las formas del terreno pueden ser incluidas en un modelo de Sistemas de Información Geográfica (SIG) para ayudar a los ingenieros civiles durante el proceso de diseño de un trazado de carreteras bajo el punto de vista de la sostenibilidad?. Esta tesis doctoral propone nuevas metodologías que mejoran el análisis visual y ecológico del paisaje utilizando indicadores y modelos SIG para obtener alternativas de trazado que produzcan un menor impacto en el paisaje. Estas metodologías fueron probadas en un paisaje heterogéneo con una alta tasa de densidad de corzo (Capreolus capreolus L.), uno de los grandes mamíferos más atropellados en la red de carreteras españolas, y donde está planificada la construcción de una nueva autovía que atravesará la mitad del área de distribución del corzo. Inicialmente, se han analizado las variables utilizadas en 22 estudios de proyectos de planificación de corredores de carreteras promovidos por el Ministerio de Fomento entre 2006 y 2008. Estas variables se agruparon según condicionantes físicos, ambientales, de usos del suelo y culturales con el fin de comparar los valores asignados de capacidad de acogida del territorio a cada variable en los diferentes estudios revisados. Posteriormente, y como etapa previa de un análisis de conectividad, se construyó un mapa de resistencia de los movimientos dispersivos del corzo en base a la literatura y al juicio de expertos. Usando esta investigación como base, se le asignó un valor de resistencia a cada factor seleccionado para construir la matriz de resistencia, ponderándolo y combinándolo con el resto de factores usando el proceso analítico jerárquico y los operadores de lógica difusa como métodos de análisis multicriterio. Posteriormente, se diseñó una metodología SIG para delimitar claramente la extensión física de los corredores de fauna de acuerdo a un valor umbral de ancho geométrico mínimo, así como la existencia de múltiples potenciales conexiones entre cada par de teselas de hábitats presentes en el paisaje estudiado. Finalmente, se realizó un procesado de datos Light Detection and Ranging (LiDAR) y un modelo SIG para calcular la calidad del paisaje (estético y ecológico), las formas del terreno que presentan características similares para trazar una carretera y la acumulación de vistas de potenciales conductores y observadores de los alrededores de la nueva vía. Las principales contribuciones de esta investigación al conocimiento científico existente en el campo de la evaluación del impacto ambiental en relación al diseño de corredores y trazados de carreteras son cuatro. Primero, el análisis realizado de 22 Estudios Informativos de planificación de carreteras reveló que los métodos aplicados por los profesionales para la evaluación de la capacidad de acogida del territorio no fue suficientemente estandarizada, ya que había una falta de uniformidad en el uso de fuentes cartográficas y en las metodologías de evaluación de la capacidad de acogida del territorio, especialmente en el análisis de la calidad del paisaje estético y ecológico. Segundo, el análisis realizado en esta tesis destaca la importancia de los métodos multicriterio para estructurar, combinar y validar factores que limitan los movimientos dispersivos de la fauna en el análisis de conectividad. Tercero, los modelos SIG desarrollados Generador de alternativas de corredores o Generator of Alternative Corridors (GAC) y Eliminador de Corredores Estrechos o Narrow Corridor Eraser (NCE) pueden ser aplicados sistemáticamente y sobre una base científica en análisis de conectividad como una mejora de las herramientas existentes para la comprensión el paisaje como una red compuesta por nodos y enlaces interconectados. Así, ejecutando los modelos GAC y NCE de forma iterativa, pueden obtenerse corredores alternativos con similar probabilidad de ser utilizados por la fauna y sin que éstos presenten cuellos de botella. Cuarto, el caso de estudio llevado a cabo de prediseño de corredores y trazado de una nueva autovía ha sido novedoso incluyendo una clasificación semisupervisada de las formas del terreno, filtrando una nube de puntos LiDAR e incluyendo la nueva geometría 3D de la carretera en el Modelo Digital de Superficie (MDS). El uso combinado del procesamiento de datos LiDAR y de índices y clasificaciones geomorfológicas puede ayudar a los responsables encargados en la toma de decisiones a evaluar qué alternativas de trazado causan el menor impacto en el paisaje, proporciona una visión global de los juicios de valor más aplicados y, en conclusión, define qué medidas de integración paisajística correctoras deben aplicarse y dónde. ABSTRACT The assessment of different alternatives in road-corridor planning and layout design must be based on a number of well-defined territorial variables that serve as decision-making criteria, and this requires a high-quality preliminary environmental analysis of those quality variables. In Spain, feasibility studies for new roads and motorways are associated to a phase of the decision procedure which corresponds with the one known as the Informative Study, which establishes the physical, environmental, land-use and cultural constraints to be considered in the early stages of defining road corridor layouts. The most common methodology is to establish different levels of Territorial Carrying Capacity (TCC) in the study area in order to summarize the territorial variables on thematic maps and facilitate the tracing process of road-corridor layout alternatives. Landscape is a constraint factor that must be considered in road planning and design, and the most sustainable layouts should be sought based on aesthetic and ecological criteria. However this factor is not often analyzed in Informative Studies and even if it is, baseline studies on landscape quality (aesthetic and ecological) and landforms do not usually include the recommendations of road tracing guides designed to avoid or reduce impacts on the landscape. The resolution of the landscape maps produced in this type of studies does not comply with the recommended road design scale (1:5,000) in the regulations for the Informative Study procedure. Another common shortcoming in road planning is that landscape ecological connectivity is not considered during road design in order to avoid affecting wildlife corridors in the landscape. In the prior road planning stage, this issue could lead to a major barrier effect for fauna dispersal movements and to the fragmentation of their habitat due to the partial or total occupation of habitat patches of biological importance for the fauna (or focal habitats), and the interruption of wildlife corridors that concentrate fauna dispersal movements between patches. The main goal of this dissertation is to improve the study of the landscape and prevent negative effects during the road tracing process, and facilitate the preservation of wildlife corridors (or green ways) and the location of preventive and corrective measures by selecting and quantifying suitability factors to reduce visual and ecological landscape impacts at a local scale. Specifically the incorporation of quantitative and well-supported values in the decision-making process provides increased transparency in the road corridors and layouts design process. Four specific questions were raised in this research: (1) How are territorial constraints selected and evaluated in terms of landscape by Spanish land-planning practitioners before locating a new road? (2) How can wildlife corridors be defined based on the landscape factors influencing the dispersal movements of fauna? (3) How can wildlife corridors be delimited and assessed to include the partially erratic movements of fauna and the barrier effect of the anthropic elements at a local scale? (4) How recommendations of road design related to landscape and landforms can be included in a Geographic Information System (GIS) model to aid civil engineers during the road layout design process and support sustainable development? This doctoral thesis proposes new methodologies that improve the assessment of the visual and ecological landscape character using indicators and GIS models to obtain road layout alternatives with a lower impact on the landscape. These methodologies were tested on a case study of a heterogeneous landscape with a high density of roe deer (Capreolus capreolus L.) –one of the large mammals most commonly hit by vehicles on the Spanish road network– and where a new motorway is planned to pass through the middle of their distribution area. We explored the variables used in 22 road-corridor planning projects sponsored by the Ministry of Public Works between 2006 and 2008. These variables were grouped into physical, environmental, land-use and cultural constraints for the purpose of comparing the TCC values assigned to each variable in the various studies reviewed. As a prior stage in a connectivity analysis, a map of resistance to roe deer dispersal movements was created based on the literature and experts judgment. Using this research as a base, each factor selected to build the matrix was assigned a resistance value and weighted and combined with the rest of the factors using the analytic hierarchy process (AHP) and fuzzy logic operators as multicriteria assessment (MCA) methods. A GIS methodology was designed to clearly delimit the physical area of wildlife corridors according to a geometric threshold width value, and the multiple potential connections between each pair of habitat patches in the landscape. A Digital Surface Model Light Detection and Ranging (LiDAR) dataset processing and a GIS model was performed to determine landscape quality (aesthetic and ecological) and landforms with similar characteristics for the road layout, and the cumulative viewshed of potential drivers and observers in the area surrounding the new motorway. The main contributions of this research to current scientific knowledge in the field of environmental impact assessment for road corridors and layouts design are four. First, the analysis of 22 Informative Studies on road planning revealed that the methods applied by practitioners for assessing the TCC were not sufficiently standardized due to the lack of uniformity in the cartographic information sources and the TCC valuation methodologies, especially in the analysis of the aesthetic and ecological quality of the landscape. Second, the analysis in this dissertation highlights the importance of multicriteria methods to structure, combine and validate factors that constrain wildlife dispersal movements in the connectivity analysis. Third, the “Generator of Alternative Corridors (GAC)” and “Narrow Corridor Eraser (NCE)” GIS models developed can be applied systematically and on a scientific basis in connectivity analyses to improve existing tools and understand landscape as a network composed of interconnected nodes and links. Thus, alternative corridors with similar probability of use by fauna and without bottlenecks can be obtained by iteratively running GAC and NCE models. Fourth, our case study of new motorway corridors and layouts design innovatively included semi-supervised classification of landforms, filtering of LiDAR point clouds and new 3D road geometry on the Digital Surface Model (DSM). The combined used of LiDAR data processing and geomorphological indices and classifications can help decision-makers assess which road layouts produce lower impacts on the landscape, provide an overall insight into the most commonly applied value judgments, and in conclusion, define which corrective measures should be applied in terms of landscaping, and where.

The exaptive excellence of spandrels as a term and prototype

In 1979, Lewontin and I borrowed the architectural term “spandrel” (using the pendentives of San Marco in Venice as an example) to designate the class of forms and spaces that arise as necessary byproducts of another decision in design, and not as adaptations for direct utility in themselves. This proposal has generated a large literature featuring two critiques: (i) the terminological claim that the spandrels of San Marco are not true spandrels at all and (ii) the conceptual claim that they are adaptations and not byproducts. The features of the San Marco pendentives that we explicitly defined as spandrel-properties—their necessary number (four) and shape (roughly triangular)—are inevitable architectural byproducts, whatever the structural attributes of the pendentives themselves. The term spandrel may be extended from its particular architectural use for two-dimensional byproducts to the generality of “spaces left over,” a definition that properly includes the San Marco pendentives. Evolutionary biology needs such an explicit term for features arising as byproducts, rather than adaptations, whatever their subsequent exaptive utility. The concept of biological spandrels—including the examples here given of masculinized genitalia in female hyenas, exaptive use of an umbilicus as a brooding chamber by snails, the shoulder hump of the giant Irish deer, and several key features of human mentality—anchors the critique of overreliance upon adaptive scenarios in evolutionary explanation. Causes of historical origin must always be separated from current utilities; their conflation has seriously hampered the evolutionary analysis of form in the history of life.

CIKS, a connection to IκB kinase and stress-activated protein kinase

Pathogens, inflammatory signals, and stress cause acute transcriptional responses in cells. The induced expression of genes in response to these signals invariably involves transcription factors of the NF-κB and AP-1/ATF families. Activation of NF-κB factors is thought to be mediated primarily via IκB kinases (IKK), whereas that of AP-1/ATF can be mediated by stress-activated protein kinases (SAPKs; also named Jun kinases or JNKs). IKKα and IKKβ are two catalytic subunits of a core IKK complex that also contains the regulatory subunit NEMO (NF-κB essential modulator)/IKKγ. The latter protein is essential for activation of the IKKs, but its mechanism of action is not known. Here we describe the molecular cloning of CIKS (connection to IKK and SAPK/JNK), a previously unknown protein that directly interacts with NEMO/IKKγ in cells. When ectopically expressed, CIKS stimulates IKK and SAPK/JNK kinases and it transactivates an NF-κB-dependent reporter. Activation of NF-κB is prevented in the presence of kinase-deficient, interfering mutants of the IKKs. CIKS may help to connect upstream signaling events to IKK and SAPK/JNK modules. CIKS could coordinate the activation of two stress-induced signaling pathways, functions reminiscent of those noted for tumor necrosis factor receptor-associated factor adaptor proteins.

The ARKdb: genome databases for farmed and other animals

The ARKdb genome databases provide comprehensive public repositories for genome mapping data from farmed species and other animals (http://www.thearkdb.org) providing a resource similar in function to that offered by GDB or MGD for human or mouse genome mapping data, respectively. Because we have attempted to build a generic mapping database, the system has wide utility, particularly for those species for which development of a specific resource would be prohibitive. The ARKdb genome database model has been implemented for 10 species to date. These are pig, chicken, sheep, cattle, horse, deer, tilapia, cat, turkey and salmon. Access to the ARKdb databases is effected via the World Wide Web using the ARKdb browser and Anubis map viewer. The information stored includes details of loci, maps, experimental methods and the source references. Links to other information sources such as PubMed and EMBL/GenBank are provided. Responsibility for data entry and curation is shared amongst scientists active in genome research in the species of interest. Mirror sites in the United States are maintained in addition to the central genome server at Roslin.

Intermediate hosts of Toxoplasma gondii and food safety:epidemiology, genetics and parasite survival in meat-producing animals in Italy

Toxoplasma gondii is a coccidian parasite with a global distribution. The definitive host is the cat (and other felids). All warm-blooded animals can act as intermediate hosts, including humans. Sexual reproduction (gametogony) takes place in the final host and oocysts are released in the environment, where they then sporulate to become infective. In intermediate hosts the cycle is extra-intestinal and results in the formation of tachyzoites and bradyzoites. Tachyzoites represent the invasive and proliferative stage and on entering a cell it multiplies asexually by endodyogeny. Bradyzoites within tissue cysts are the latent form. T. gondii is a food-borne parasite causing toxoplasmosis, which can occur in both animals and humans. Infection in humans is asymptomatic in more than 80% of cases in Europe and North-America. In the remaining cases patients present fever, cervical lymphadenopathy and other non-specific clinical signs. Nevertheless, toxoplasmosis is life threatening if it occurs in immunocompromised subjects. The main organs involved are brain (toxoplasmic encephalitis), heart (myocarditis), lungs (pulmonary toxoplasmosis), eyes, pancreas and parasite can be isolated from these tissues. Another aspect is congenital toxoplasmosis that may occur in pregnant women and the severity of the consequences depends on the stage of pregnancy when maternal infection occurs. Acute toxoplasmosis in developing foetuses may result in blindness, deformation, mental retardation or even death. The European Food Safety Authority (EFSA), in recent reports on zoonoses, highlighted that an increasing numbers of animals resulted infected with T. gondii in EU (reported by the European Member States for pigs, sheep, goats, hunted wild boar and hunted deer, in 2011 and 2012). In addition, high prevalence values have been detected in cats, cattle and dogs, as well as several other animal species, indicating the wide distribution of the parasite among different animal and wildlife species. The main route of transmission is consumption of food and water contaminated with sporulated oocysts. However, infection through the ingestion of meat contaminated with tissue cysts is frequent. Finally, although less frequent, other food products contaminated with tachyzoites such as milk, may also pose a risk. The importance of this parasite as a risk for human health was recently highlighted by EFSA’s opinion on modernization of meat inspection, where Toxoplasma gondii was identified as a relevant hazard to be addressed in revised meat inspection systems for pigs, sheep, goats, farmed wild boar and farmed deer (Call for proposals -GP/EFSA/BIOHAZ/2013/01). The risk of infection is more highly associated to animals reared outside, also in free-range or organic farms, where biohazard measure are less strict than in large scale, industrial farms. Here, animals are kept under strict biosecurity measures, including barriers, which inhibit access by cats, thus making soil contamination by oocysts nearly impossible. A growing demand by the consumer for organic products, coming from free-range livestock, in respect of animal-welfare, and the desire for the best quality of derived products, have all led to an increase in the farming of free-range animals. The risk of Toxoplasma gondii infection increases when animals have access to environment and the absence of data in Italy, together with need for in depth study of both the prevalence and genotypes of Toxoplasma gondii present in our country were the main reasons for the development of this thesis project. A total of 152 animals have been analyzed, including 21 free-range pigs (Suino Nero race), 24 transhumant Cornigliese sheep, 77 free-range chickens and 21 wild animals. Serology (on meat juice) and identification of T. gondii DNA through PCR was performed on all samples, except for wild animals (no serology). An in-vitro test was also applied with the aim to find an alternative and valid method to bioassay, actually the gold standard. Meat samples were digested and seeded onto Vero cells, checked every day and a RT-PCR protocol was used to determine an eventual increase in the amount of DNA, demonstrating the viability of the parasite. Several samples were alos genetically characterized using a PCR-RFLP protocol to define the major genotypes diffused in the geographical area studied. Within the context of a project promoted by Istituto Zooprofilattico of Pavia and Brescia (Italy), experimentally infected pigs were also analyzed. One of the aims was to verify if the production process of cured “Prosciutto di Parma” is able to kill the parasite. Our contribution included the digestion and seeding of homogenates on Vero cells and applying the Elisa test on meat juice. This thesis project has highlighted widespread diffusion of T. gondii in the geographical area taken into account. Pigs, sheep, chickens and wild animals showed high prevalence of infection. The data obtained with serology were 95.2%, 70.8%, 36.4%, respectively, indicating the spread of the parasite among numerous animal species. For wild animals, the average value of parasite infection determined through PCR was 44.8%. Meat juice serology appears to be a very useful, rapid and sensitive method for screening carcasses at slaughterhouse and for marketing “Toxo-free” meat. The results obtained on fresh pork meat (derived from experimentally infected pigs) before (on serum) and after (on meat juice) slaughter showed a good concordance. The free-range farming put in evidence a marked risk for meat-producing animals and as a consequence also for the consumer. Genotyping revealed the diffusion of Type-II and in a lower percentage of Type-III. In pigs is predominant the Type-II profile, while in wildlife is more diffused a Type-III and mixed profiles (mainly Type-II/III). The mixed genotypes (Type-II/III) could be explained by the presence of mixed infections. Free-range farming and the contact with wildlife could facilitate the spread of the parasite and the generation of new and atypical strains, with unknown consequences on human health. The curing process employed in this study appears to produce hams that do not pose a serious concern to human health and therefore could be marketed and consumed without significant health risk. Little is known about the diffusion and genotypes of T. gondii in wild animals; further studies on the way in which new and mixed genotypes may be introduced into the domestic cycle should be very interesting, also with the use of NGS techniques, more rapid and sensitive than PCR-RFLP. Furthermore wildlife can become a valuable indicator of environmental contamination with T. gondii oocysts. Other future perspectives regarding pigs include the expansion of the number of free-range animals and farms and for Cornigliese sheep the evaluation of other food products as raw milk and cheeses. It should be interesting to proceed with the validation of an ELISA test for infection in chickens, using both serum and meat juice on a larger number of animals and the same should be done also for wildlife (at the moment no ELISA tests are available and MAT is the reference method for them). Results related to Parma ham do not suggest a concerning risk for consumers. However, further studies are needed to complete the risk assessment and the analysis of other products cured using technological processes other than those investigated in the present study. For example, it could be interesting to analyze products such as salami, produced with pig meat all over the Italian country, with very different recipes, also in domestic and rural contexts, characterized by a very short period of curing (1 to 6 months). Toxoplasma gondii is one of the most diffuse food-borne parasites globally. Public health safety, improved animal production and protection of endangered livestock species are all important goals of research into reliable diagnostic tools for this infection. Future studies into the epidemiology, parasite survival and genotypes of T. gondii in meat producing animals should continue to be a research priority.

Structural Polymorphism in Tau Filaments: An Implication for Neurodegenerative Diseases

Tau filaments are the pathological hallmark of >20 neurodegenerative diseases including Alzheimer's disease, Pick's disease, and progressive supranuclear palsy. In the adult human brain, six isoforms of tau are expressed that differ by presence or absence of the second of the four semiconserved repeats. As a consequence, half of the tau isoforms have three repeats (3R tau), whereas the other half has four repeats (4R tau). Site-directed spin labeling of recombinant tau in conjunction with electron paramagnetic resonance spectroscopy was used to obtain structural insights into tau filaments. The studies showed that the filaments of 4R tau and 3R tau share a highly ordered core structure in the third repeat with parallel, in-register arrangement of beta-strands. This structure in 3R and 4R is conserved regardless of whether full-length isoforms (htau40 and htau23) or truncated constructs (K18 and K19) are used. When mixed, 3R tau and 4R tau coassembled into heterogeneous filaments. Hence, these findings indicate that there are at least three compositionally distinct types of filaments: homogeneous 3R tau, homogeneous 4R tau, and heterogeneous 3R/4R tau. In vitro experiments show that the seeded filament growth, a prerequisite for tau spreading in tissue culture and brain, is crucially dependent on the isoform composition of individual seeds. Seeds of 3R tau and 3R/4R tau recruit both types of isoforms whereas seeds of 4R tau can recruit 4R tau, but not 3R tau, establishing an asymmetric barrier. Conformational templating of 4R tau onto 3R tau seeds eliminates this barrier, giving rise to a new type of tau filament. Conformational studies at the molecular level of tau filaments were done using Double electron-electron resonance spectroscopy, which allows the determination of distances between pairs of spin labels. These studies revealed structural differences between filaments of 3R tau and 4R tau. Furthermore, they indicated that 4R tau assumed the conformation of 3R tau when templated on 3R tau seeds. Our measurements have also provided insights into the heterogeneity of tau filament structure. Conformational differences due to variation in filament composition and seeding properties of tau filaments have shown that they are structurally polymorphic in nature. This structural polymorphism of tau filaments has widespread implications in understanding and treatment of neurodegenerative diseases.