Dissecting pi-helices: sequence, structure and function

A new procedure for the identification of regular secondary structures using a C-alpha trace has identified 659 pi-helices in 3582 protein chains, solved at high resolution. Taking advantage of this significantly expanded database of pi-helices, we have analysed the functional and structural roles of helices and determined the position-wise amino acid propensity within and around them. These helices range from 5 to 18 residues in length with the average twist and rise being 85.2 +/- 7.2 and 1.28 +/- 0.31 angstrom, respectively. A total of 546 (similar to 83%) out of 659 pi-helices occur in conjunction with alpha-helices, with 101 pi-helices being interspersed between two alpha-helices. The majority of interspersed pi-helices were found to be conserved across a large number of structures within a protein family and produce a significant bend in the overall helical segment as well as local distortions in the neighbouring a-helices. The presence of a pi-helical fragment leads to appropriate orientation of the constituent residues, so as to facilitate favourable interactions and also help in proper folding of the protein chain. In addition to intra helical 6 -> 1 N H center dot center dot center dot O hydrogen bonds, pi-helices are also stabilized by several other non-bonded interactions. pi-Helices show distinct positional residue preferences, which are different from those of a-helices.

Analysis of sine-triangle and zero-sequence injection modulation schemes for split-phase induction motor drive

A split-phase induction motor is fed from two three-phase voltage source inverters for speed control. This study analyses carrier-comparison based pulse width modulation (PWM) schemes for a split-phase motor drive, from a space-vector perspective. Sine-triangle PWM, one zero-sequence injection PWM where the same zero-sequence signal is used for both the inverters, and another zero-sequence injection PWM where different zero-sequence signals are employed for the two inverters are considered. The set of voltage vectors applied, the sequence in which the voltage vectors are applied, and the resulting current ripple vector are analysed for all the PWM methods. Besides all the PWM methods are compared in terms of dc bus utilisation. For the same three-phase sine reference, the PWM method with different zero-sequence signals for the two inverters is found to employ a set of vectors different from the other methods. Both analysis and experimental results show that this method results in lower total harmonic distortion and higher dc bus utilisation than the other two PWM methods.

Photocytotoxic ternary copper(II) complexes of histamine Schiff base and pyridyl ligands

Ternary copper(Il) complexes of salicylaldehyde-histamine Schiff base (HL) and pyridyl ligands, viz. Cu(bpy)(L)](ClO4) (1) and Cu(dppz)(L)](C104) (2), where bpy is 2,2'-bipyridine (in 1) and dppz is dipyrido3,2-a:2',3'-c]phenazine (in 2), were synthesized, characterized and their DNA binding, photo-activated DNA cleavage activity and photocytotoxicity studied. The 1:1 electrolytic one-electron paramagnetic complexes showed a d-d band near 670 nm in aqueous DMF (1:1 v/v). The crystal structure of complex 1 showed the metal in CuN4O distorted square-pyramidal geometry. Complex 2 intercalatively binds to calf-thymus (ct) DNA with a binding constant (K-b) of similar to 10(5) M-1. It exhibited moderate chemical nuclease activity but excellent DNA photocleavage activity in red light of 647 nm forming (OH)-O-center dot radicals. It showed remarkable photocytotoxicity in human cervical cancer cells (HeLa) giving IC50 of 1.6 mu M in visible light (400-700 nm) with low dark toxicity. The photo-induced cell death is via generation of oxidative stress by reactive oxygen species.

Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue96 in the Plasmodial Enzyme

Despite extensive research into triosephosphate isomerases (TIMs), there exists a gap in understanding of the remarkable conjunction between catalytic loop-6 (residues 166-176) movement and the conformational flip of Glu165 (catalytic base) upon substrate binding that primes the active site for efficient catalysis. The overwhelming occurrence of serine at position96 (98% of the 6277 unique TIM sequences), spatially proximal to E165 and the loop-6 residues, raises questions about its role in catalysis. Notably, Plasmodium falciparum TIM has an extremely rare residuephenylalanineat this position whereas, curiously, the mutant F96S was catalytically defective. We have obtained insights into the influence of residue96 on the loop-6 conformational flip and E165 positioning by combining kinetic and structural studies on the PfTIM F96 mutants F96Y, F96A, F96S/S73A, and F96S/L167V with sequence conservation analysis and comparative analysis of the available apo and holo structures of the enzyme from diverse organisms.

Remarkable photo-induced anticancer activity of vitamin-S6 Schiff base copper(II) complexes of pyridyl bases

Vitamin-B6 (VB6) Schiff base (H2L) copper(II) complexes of pyridyl bases, viz. Cu(bpy)(L)] (1), Cu(phen)(L)] (2) and Cu(dppz)(L)] (3), where bpy is 2,2'-bipyridine, phen is 1,10-phenanthroline and dppz is dipyrido3,2-a:2',3'c]phenazine are synthesized, characterized and their phto-induced anticancer activity studied. The non-electrolytic one electron paramagnetic complexes exhibit a d-d band near 700 nm in DMF. The dppz complex intercalatively binds to calf-thymus DNA with binding constant (K-b) values of similar to 10(6) M-1. This complex exhibits low chemical nuclease activity but excellent DNA photocleavage activity when irradiated with red light of 705 nm forming (OH)-O-center dot radical. It displays remarkable photocytotoxicity in human cervical cancer cells (HeLa) giving IC50 value of 0.9 mu M in visible light (400-700 nm) while being less toxic in darkness (IC50 : 23 mu M). The cellular uptake of the complexes seems to be via VB6 transporting membrane carrier mediated diffusion pathway. Photo-induced cell death follows apoptotic pathway involving photo-generated intracellular reactive oxygen species.

Análisis espacial y multitemporal de la cobertura y uso del suelo con base en imágenes de satélites en la subcuenca Río Dipilto, Nueva Segovia, Nicaragua (1993, 2000, 2011)

La cuantificación del cambio de uso del suelo presenta aún altos niveles de incertidumbre, lo que repercute por ejemplo en la estimación de las emisiones de CO 2 . En este estudio se desarrollaron métodos, basados en imágenes de satélite y trabajo de campo, para estimar la tasa de cambio de la cobertura y uso del suelo, y las emisiones de CO 2 en la subcuenca río Dipilto, Nueva Segovia. La superficie de los tipos de vegetación se determinó con imágenes Landsat. Se utilizaron datos de carbono de nueve parcelas de muestreo en bosque de pino que fueron correlacionadas, para establecer un modelo de regresión lineal con el objetivo de estimar el Stock de Carbono. La sobreposición y algebra de mapas se utilizó para el escenario de emisiones de CO 2 . El análisis con imágenes de los años 1993, 2000 y 2011 reveló que durante es tos 18 años la velocidad a la que se perdieron los bosques latifoliados cerrado fue variable. Durante los primeros 7 años (1993 a 2000) se registró un aumento de 99.95 ha , que corresponde a una tasa de deforestación de - 1.45 % anual. Durante los últimos once años (2000 a 2011) esta cantidad cambió totalmente, ya que se eliminaron 331.76 h a , que corresponde a una tasa de deforestación anual de 3.41 %. Finalmente considerando el periodo de análisis, se transformaron más de 232.01 h a por año, correspondiente a u na tasa de deforestación anual de 1.55 %. La imagen de 2011 demostró que las reservas o Stock de C oscila entre 40 - 150 t/ha. Este intervalo de valores fue estimado por un modelo de regresión con razonable ajuste (R2 = 0.73 ), cuyas variables independientes fueron la reflectancia de las distintas bandas como índices de vegetación e infrarrojo cercano. Las pérdidas de C se estimaron en intervalos 1 - 191 t/h a en 20.76% del área. El 32.85% del área se mantuvo estable y 46.39% ganancias de 1 - 210 t/ha. La combinación de imágenes de resolución espacial media como son las de la serie Landsat para definir trayectorias de cambio de la cobertura del suelo, es una opción viable para la solución de interrogantes relacionadas con el cambio climático, tales como la estimación de las emisiones de CO 2 derivadas del cambio de uso del suelo.

Evaluación de tres densidades de siembra de Clitoria spp. en la producción de biomasa forrajera en base a materia seca

El presente trabajo preliminar tuvo como objetivo evaluar, el efecto de tres densidades de siembra, sobre la producción de biomasa forrajera en base a materia seca de Clitoria spp. bajo riego en época seca y su valor económico. El estudio se llevó a cabo en la Hacienda "Santa Rosa", ubicada al norte de la comunidad de Sabana Grande, Municipio de Managua. Se utilizó un diseño de bloques completos al azar (BCA), en un arreglo sencillo de tres densidades de siembra, con 42, 63 y 84 kg/ha. Se realizaron dos cortes; el primero, a los 57 días después de su establecimiento y, el segundo, 57 días después de realizado el primer corte. Los resultados mostraron que, las densidades de siembra sobre la producción de biomasa en base a materia seca total por hectárea (PBMSTH}, para cada momento de corte realizado, reflejó su mayor valor en la densidad de 84 kg/ha, con 3.153 y 4.433 ton/MS/há para el 1 10 y 2do corte, sin embargo, estos no tuvieron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades (42 y 63 kg/ha), respectivamente. Por otra parte, las variables altura (ALT) y cobertura (COB) mostraron su mayor valor para la densidad (84 kg/ha), con 59.87 cm y 93.33 o/o respectivamente, pero estos no presentaron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades. La prueba de rangos múltiples de Tukey, para los efectos de densidad de siembra sobre la PBMSTH, ALT y COB, no presentaron diferencias significativas. (P> 0.05; P> 0.01). De todas las densidades evaluadas, los menores costos de producción de forraje fueron para la densidad 42 kg/ha con C$ 4127.00.

Characters of variation of LURR during the earthquake sequence of Xinjiang

The theory of the loading/unloading response ratio (LURR) was applied to the Jiashi earthquake sequence which occurred at the beginning of 1997 in Xinjiang, and found that, before the earthquakes with relatively high magnitudes In the sequence, the ratio showed anomalies of high values. That is to say, the LURR theory can be applied to the short-term earthquake prediction in some cases, especially in the early period after a strong earthquake, such as the forecasts for some strong earthquakes in the Jiashi sequence.

Evaluación del insecticida botánico NIM-20 (Azadirachtina) y dos insecticidas microbiales a base de bacillus thuringiensis en el manejo de la broca (Thecla basalides geyer) en el fruto de la piña (Ananas comosus (L) Merr)

El presente estudio se realizó en el año 1995-1996 en el período comprendido de Noviembre 95 a Abril 96 en el Municipio de Ticuantepe, Managua, con el objetivo de evaluar dos insecticidas biológicos y uno botánico para el control de la plaga Thecla basalides (perforador de la fruta), en elcultivo de la Piña, Este estudio de cuatro tratamientos (Nim 20, Dipel 8 L, Agree 50 WP y testigo), se estableció en un diseño de Bloques Completamente al Azar (B.C.A) con seis repeticiones "Los resultados demuestran que, las aplicaciones de insecticidas biológicos y Nim-20, son efectivos en el control del barrenador del fruto de Piña

Respuesta del sorgo granífero (Sorghum bicolor (L) moench) a la aplicación de fertilizantes a base de elementos mayores (NPK)

El presente trabajo se desarrolló en los predios de la Empresa Almacenadora del Agro (ALMAGRO) ubicada en el departamento de Masaya, en el período comprendido de septiembre a diciembre de 1996. El objetivo de la investigación fue generar información sobre la respuesta del sorgo granífero a la fertilización fosfórica y potásica, y evaluar el efecto de tipos de fertilizantes a base de N.P K sobre el cultivo de sorgo granífero. El factor en estudio fue formulaciones a base de nitrógeno (N), fósforo (P) y potasio (K). En total se establecieron cuatro tratamientos. Un tratamiento fue a base de N y P (27-69-00), un segundo tratamiento fue alto en N y P y bajo en K (18-46-30), un tercer tratamiento fue alto en K y bajo en N y P (13-34-45). Un cuarto tratamiento no recibió aplicación de fertilizante al momento de la siembra (testigo absoluto).El diseño empleado fue de bloques completos al azar (BCA), con cuatro repeticiones. Los resultados obtenidos muestran que no existió efecto significativo de los tratamientos sobre las variables de crecimiento del cultivo y sobre los componentes del rendimiento. En la variable rendimiento de grano se hicieron comparaciones ortogonales para obtener mayor precisión en los resultados y sí se obtuvieron diferencias significativas entre los tratamientos. Los mayores rendimientos de grano se obtuvieron en el tratamiento bajo en fósforo y en nitrógeno y alto en potasio (13- 34-45), sin embargo no difiere estadísticamente de los tratamientos con aplicación de fertilizante N-P y N-P-K. El tratamiento sin fertilización presentó el menor rendimiento. Los tratamientos altos en nitrógeno y fósforo tuvieron un comportamiento muy similar a los tratamientos con cantidades medias y bajas de dichos elementos. La utilización de fertilizantes a base de N y P resultó en aumentos significativos en el beneficio económico. El cambio del fertilizante a base de N y P por fertilización baja en N y P y alta en K, resultó en aumentos significativos en el beneficio económico. El mayor contenido de nitrógeno en el tejido de las plantas se obtuvo en el tratamiento medio en nitrógeno y fósforo y bajo en potasio. La producción de materia seca fue superior en el tratamiento bajo en nitrógeno y fósforo y alto en potasio.

Fixed-lag blind equalization and sequence estimation in digital communications systems using sequential importance sampling

We present methods for fixed-lag smoothing using Sequential Importance sampling (SIS) on a discrete non-linear, non-Gaussian state space system with unknown parameters. Our particular application is in the field of digital communication systems. Each input data point is taken from a finite set of symbols. We represent transmission media as a fixed filter with a finite impulse response (FIR), hence a discrete state-space system is formed. Conventional Markov chain Monte Carlo (MCMC) techniques such as the Gibbs sampler are unsuitable for this task because they can only perform processing on a batch of data. Data arrives sequentially, so it would seem sensible to process it in this way. In addition, many communication systems are interactive, so there is a maximum level of latency that can be tolerated before a symbol is decoded. We will demonstrate this method by simulation and compare its performance to existing techniques.

Evaluar el crecimiento de estacas de veranera (Bouganvillea glabra choisy) bajo el efecto de biofertilizante liquido a base de estiercol vacuno

El presente trabajo se realizó en la finca “Las Mercedes”, propiedad de La Universidad Nacional Agraria (UNA), ubicada en el Municipio de Managua, en el período comprendido entre el mes de Octubre del 2006 a Marzo del 2007.Esta investigación se hizo con la finalidad de establecer una nueva alternativa para la propagación de veranera (Bougainvillea glabra) aplicando diferentes dosis de biofertilizante líquido a base de estiércol vacuno y determinar como influye en el crecimiento. En el ensayo se utilizaron estacas de 30 centímetros sembradas directamente en las bolsas de polietileno y el sustrato utilizado para la propagación de la misma fue Compost en un 100%. La parcela experimental constó de 100 bolsas de polietileno de las cuales 36 bolsas fueron bordes y 64 al área útil, se tomaron 20 bolsas al azar a las cuales se les midió las variables en estudio. Para el estudio se recurrió a un diseño completamente azarizado (DCA) y en él se evaluaron diferentes tratamientos, (A) 2.0 litros (B) 1.5 litros (C) 1.0 litros de biofertilizante y (D) solamente agua, se analizaron las variables número de brotes, diámetro del brote, altura del brote, número de raíces y sobrevivencia de plantas. Se encontró diferencia significativa en el número de brotes en el tratamiento C (2.72) en el número de raíces el tratamiento A presento el mayor número (8) y la sobrevivencia el tratamiento A presentó el mayor porcentaje (87).

Evaluación de la base de recursos naturales de Nicaragua y estudios de casos de su uso en la producción y exportación de cultivos

Este es un estudio de la base de recursos naturales de Nicaragua con un énfasis especial en algunos cultivos agrícolas. Los objetivos del estudio fueron los siguientes: 1) Evaluar si la exportación de café refinado en vez de café verde (oro) seria más favorable para Nicaragua, y 2) evaluar la rentabilidad económica y capacidad de carga ecológica para cultivos de importancia en la agricultura tropical. Las metodologías de Síntesis de Emergía (SE), Estimación de Costos y Rentabili dad (ECR) y Huella Ecológica (HE) fueron usadas con el objetivo de investigar si los resultados obtenidos diferían entre si, debido a los distintos objetivos, marco teórico y diferencias en limites de sistema de estos tres métodos. La relación de intercambio de emergla (RIE) para las exportaciones de café entre Nicaragua y las naciones de mayor desarrollo económico indica que el comercio no fue favorable para Nicaragua, ya que el país exporta mucha más riqueza real (medida en emergía) en el café, que lo que importa con el dinero recibido por el café y de esa manera el país está agotando sus recursos naturales locales. Estos resultados concuerdan con los índices de emergía calculados a nivel nacional (porcentaje de renovables, relación exportaciones a importaciones, relación emergía a dinero, relación de carga ambiental e índice de sostenibilidad). En cuanto al uso de las metodologías de Síntesis de Emergía, Estimación de Costos y Rentabilidad y Huella Ecológica en los diferentes cultivos, el estudio indicó que los cultivos de repollo (Brassica o/earaceae L. var. capitata) y tomate (Lycopersicum escu/entum L. Mili) fueron los cultivos más rentables, tanto en términos económicos como de emergía. El cultivo de café (Coffea arabica L.) fue el menos rentable. Cuando la sostenibilidad se midió como capacidad de carga ecológica, los cultivos de frijol (Phaseolus vulgaris, L.), café y maíz (Zea mays L.) fueron los más sostenibles. La comparación de resultados de las metodologías de Síntesis de Emergía, Estimación de Costos y Rentabilidad y Huella Ecológica indican la pobre coherencia entre la rentabilidad económica a corto plazo y la sostenibilidad ecológica de largo plazo. Ningún método o índice fue capaz de contestar todas las preguntas e incluir todos los aspectos. Sin embargo, se encontró que la metodologfa de Sintesis de Emergía y su perspectiva teórica es una herramienta más amplia y que proporciona mayor información sobre el balance entre la sostenibilidad ecológica de largo plazo y rantabilidad económica que los otros dos métodos usados. El método de slntesis de emergla puede ser usado para evaluar la sostenibilidad total de un pals y proporcionar una base para proponer cambios en politicas de comercio.