961 resultados para auxiliary
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The GAL11 gene encodes an auxiliary transcription factor required for full expression of many genes in yeast. The GAL11-encoded protein (Gal11p) has recently been shown to copurify with the holoenzyme of RNA polymerase II. Here we report that Gal11p stimulates basal transcription in a reconstituted transcription system composed of recombinant or highly purified transcription factors, TFIIB, TFIIE, TFIIF, TFIIH, and TATA box-binding protein and core RNA polymerase II. We further demonstrate that each of the two domains of Gal11p essential for in vivo function respectively participates in the binding to the small and large subunits of TFIIE. The largest subunit of RNA polymerase II was coprecipitated by anti-hemagglutinin epitope antibody from crude extract of GAL11 wild type yeast expressing hemagglutinintagged small subunit of TFIIE. Such a coprecipitation of the RNA polymerase subunit was seen but in a greatly reduced amount, if extract was prepared from gal11 null yeast. In light of these findings, we suggest that Gal11p stimulates promoter activity by enhancing an association of TFIIE with the preinitiation complex in the cell.
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We have previously shown that specific nuclear pre-mRNA transcripts and their splicing products, as well as the general population of nuclear poly(A)+ RNA, are packaged in large nuclear ribonucleoprotein (InRNP) particles that sediment at the 200S region in sucrose gradients. The InRNP particles contain all uridine-rich small nuclear ribonucleoprotein complexes required for pre-mRNA splicing, as well as protein splicing factors. In this paper we show that all of the phosphorylated, mAb 104 detectable, Ser/Arg-rich essential splicing factors (SR proteins) in the nucleoplasm are integral components of the InRNP particles, whereas only part of the essential splicing factor U2AF65 (U2 snRNP auxiliary factor) and the polypyrimidine tract binding protein (PTB) are associated with these particles. This finding suggests a limiting role for SR proteins in the assembly of the InRNP particles. We further show that the structural integrity of InRNP particles is sensitive to variations in the phosphorylation levels of the SR proteins.
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The peptide-binding motif of HLA-A29, the predisposing allele for birdshot retinopathy, was determined after acid-elution of endogenous peptides from purified HLA-A29 molecules. Individual and pooled HPLC fractions were sequenced by Edman degradation. Major anchor residues could be defined as glutamate at the second position of the peptide and as tyrosine at the carboxyl terminus. In vitro binding of polyglycine synthetic peptides to purified HLA-A29 molecules also revealed the need for an auxiliary anchor residue at the third position, preferably phenylalanine. By using this motif, we synthesized six peptides from the retinal soluble antigen, a candidate autoantigen in autoimmune uveoretinitis. Their in vitro binding was tested on HLA-A29 and also on HLA-B44 and HLA-B61, two alleles sharing close peptide-binding motifs. Two peptides derived from the carboxyl-terminal sequence of the human retinal soluble antigen bound efficiently to HLA-A29. This study could contribute to the prediction of T-cell epitopes from retinal autoantigens implicated in birdshot retinopathy.
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Transcription from the housekeeping promoter for the acetyl coenzyme A carboxylase (ACC) gene, which encodes the rate-controlling enzyme of fatty acid biosynthesis, is shown to be regulated by cellular sterol levels through novel binding sites for the sterol-sensitive sterol regulatory element binding protein (SREBP)-1 transcription factor. The position of the SREBP sites relative to those for the ubiquitous auxiliary transcription factor Sp1 is reminiscent of that previously described for the sterol-regulated low density lipoprotein receptor promoter. The experiments provide molecular evidence that the metabolism of fatty acids and cholesterol, two different classes of essential cellular lipids, are coordinately regulated by cellular lipid levels.
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Proliferating-cell nuclear antigen (PCNA) is a DNA damage-inducible protein that performs an essential function in DNA replication and repair as an auxiliary factor for DNA polymerases delta and epsilon. Examination of the human PCNA promoter DNA sequence revealed a site with homology to the consensus DNA sequence bound by p53. PCNA promoter fragments with this site intact bound p53 in vitro and were transcriptionally activated by wild-type p53 in transient expression assays in SAOS-2 cells. The resident p53-binding site could be functionally substituted by a previously described p53-binding site from the ribosomal gene cluster. A plasmid expressing a mutated version of p53 derived from a patient with Li-Fraumeni syndrome failed to activate the PCNA promoter in the cotransfection assay. In different cell types, activation of the PCNA promoter by the p53-binding sequence correlated with the status of p53. Activation of the PCNA promoter by wild-type p53 depends upon the level of p53 expression. This concentration dependence and cell type specificity reconciles the observations presented here with prior results indicating that wild-type p53 represses the PCNA promoter. These findings provide a mechanism whereby p53 modulates activation of PCNA expression as a cellular response to DNA damage.
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This paper describes a range of opportunities for military and government applications of human-machine communication by voice, based on visits and contacts with numerous user organizations in the United States. The applications include some that appear to be feasible by careful integration of current state-of-the-art technology and others that will require a varying mix of advances in speech technology and in integration of the technology into applications environments. Applications that are described include (1) speech recognition and synthesis for mobile command and control; (2) speech processing for a portable multifunction soldier's computer; (3) speech- and language-based technology for naval combat team tactical training; (4) speech technology for command and control on a carrier flight deck; (5) control of auxiliary systems, and alert and warning generation, in fighter aircraft and helicopters; and (6) voice check-in, report entry, and communication for law enforcement agents or special forces. A phased approach for transfer of the technology into applications is advocated, where integration of applications systems is pursued in parallel with advanced research to meet future needs.
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During anaerobic growth Escherichia coli uses a specific ribonucleoside-triphosphate reductase (class III enzyme) for the production of deoxyribonucleoside triphosphates. In its active form, the enzyme contains an iron-sulfur center and an oxygen-sensitive glycyl radical (Gly-681). The radical is generated in the inactive protein from S-adenosylmethionine by an auxiliary enzyme system present in E. coli. By modification of the previous purification procedure, we now prepared a glycyl radical-containing reductase, active in the absence of the auxiliary reducing enzyme system. This reductase uses formate as hydrogen donor in the reaction. During catalysis, formate is stoichiometrically oxidized to CO2, and isotope from [3H]formate appears in water. Thus E. coli uses completely different hydrogen donors for the reduction of ribonucleotides during anaerobic and aerobic growth. The aerobic class I reductase employs redox-active thiols from thioredoxin or glutaredoxin to this purpose. The present results strengthen speculations that class III enzymes arose early during the evolution of DNA.
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vpr is one of the auxiliary genes of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and is conserved in the related HIV-2/simian immunodeficiency virus lentiviruses. The unique feature of Vpr is that it is the only nonstructural protein incorporated into the virus particle. Secondary structural analysis predicted an amphipathic alpha-helical domain in the amino terminus of Vpr (residues 17-34) which contains five acidic and four leucine residues. To evaluate the role of specific residues of the helical domain for virion incorporation, mutagenesis of this domain was carried out. Substitution of proline for any of the individual acidic residues (Asp-17 and Glu-21, -24, -25, and -29) eliminated the virion incorporation of Vpr and also altered the stability of Vpr in cells. Conservative replacement of glutamic residues of the helical domain with aspartic residues resulted in Vpr characteristic of wild type both in stability and virion incorporation, as did substitution of glutamine for the acidic residues. In contrast, replacement of leucine residues of the helical domain (residues 20, 22, 23, and 26) by alanine eliminated virion incorporation function of Vpr. These data indicate that acidic and hydrophobic residues and the helical structure in this region are critical for the stability of Vpr and its efficient incorporation into virus-like particles.
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Nos países em desenvolvimento, como o Brasil, a secagem de produtos agrícolas com uso de secador solar representa uma alternativa promissora de baixo custo, reduzindo perdas e agregando valor aos produtos. Porém, devido à natureza periódica da radiação solar e das condições do tempo, nem sempre é viável sua utilização. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi a modelagem de um sistema auxiliar de armazenagem de energia térmica (SAET) em um secador solar, cuja finalidade é armazenar energia durante o dia para ser utilizada conforme necessário. Com base em registros de temperatura e umidade relativa, ambas do ar, de um secador solar, foi feito um estudo da termodinâmica dos processos envolvidos, a fim de propor meios para o dimensionamento do SAET. Foram explorados a estimativa do fluxo de massa de ar no secador, a modelagem da temperatura em função da radiação, e o dimensionamento para diferentes modos de operação do SAET, considerando o sistema ideal. Este dimensionamento tratou tanto do caso de fornecimento contínuo de fluxo de água preaquecida, como de uso de automação para controlar o fluxo. A estimativa de fluxo de ar no secador se aproximou de valores típicos encontrados na literatura. O dimensionamento do sistema, embora considerado ideal, mostra que a utilização do SAET melhora o desempenho do secador, servindo como parâmetro para melhor compreender o comportamento das variáveis durante seu funcionamento.
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Trata-se de um estudo descritivo e exploratório, com abordagem qualitativa dos dados. Objetivou-se analisar a percepção da equipe de enfermagem sobre as condições geradoras de absenteísmo e suas implicações na assistência nas unidades de Urgência e Emergência (UE) das cinco distritais de saúde no município de Ribeirão Preto/SP. Os sujeitos foram profissionais da equipe de enfermagem (enfermeiro, auxiliar e técnico de enfermagem) que atuam nestas unidades. Foram selecionados 2 profissionais de cada categoria, a partir dos critérios de inclusão do estudo, sem considerar sexo, faixa etária e tempo de trabalho no serviço, totalizando 30 participantes. Os dados foram coletados por meio de entrevistas individuais semiestruturadas, conduzidas a partir de um roteiro norteador composto pelas variáveis (Processo de Gestão de Recursos Humanos (RH); Condição de Trabalho em Equipe e Qualidade do Cuidado Prestado) abordadas no estudo. Para análise dos dados utilizou-se análise de conteúdo, modalidade temática. Após análise dos dados, as categorias encontradas foram: TEMA 1 - Gerenciamento, organização e enfrentamento para a operacionalização do trabalho de enfermagem (Subtema 1 - Operacionalização da escala de trabalho frente ao desafio do quantitativo da equipe de enfermagem na unidade de UE; Subtema 2 - Reorganização do trabalho e a perspectiva dos trabalhadores frente à mudança para as 30h/semanais e a terceirização do serviço; Subtema 3 - Tempo de permanência do profissional no serviço; Subtema 4 - Comunicação como ferramenta para desenvolver o trabalho em equipe e gerenciar conflitos); TEMA 2 - Condições impostas ao trabalhador e sua influência no desenvolvimento do trabalho (Subtema 1 - Plano de carreira e salário como estimulantes para desenvolvimento do trabalho; Subtema 2 - Vínculo empregatício: vantagens e desvantagens; Subtema 3 - Educação permanente e sua importância para desenvolvimento do trabalho; Subtema 4 - Influência da estrutura física, materiais e equipamentos no cuidado) e TEMA 3 - Avaliação do serviço e da assistência prestada. No que diz respeito ao quantitativo de enfermagem disposto nas unidades, todos os entrevistados relatam que é um quantitativo razoável e que, em alguns momentos, se sentem sobrecarregados quando ocorrem ausências não previstas. Ao se tratar da terceirização das unidades estatutárias, relata-se que não houve comunicação prévia do evento e é visível a insegurança e frustração por parte dos entrevistados. Ressalta-se que a unidade terceirizada não sofreu mudanças em sua rotina. A rotatividade é presente nestas unidades de UE, sendo maior em determinada unidade e ocorre por inúmeros motivos, dentre eles, aposentadoria, transferência para Unidade Básica de Saúde (UBS), conflitos na equipe e/ou com pacientes, dentre outros. Todos os entrevistados sugerem que a comunicação é fundamental para o desenvolvimento do trabalho em equipe e é através dela que os conflitos possam vir a ser resolvidos. Neste momento, percebe-se, a partir das falas, que a comunicação é diferente entre as unidades e, portanto, existem níveis diferentes de conflitos entre as unidades. O município não possui um plano de carreira efetivo, portanto os entrevistados demonstram desmotivação para buscar novos conhecimentos. Quanto ao salário, estes têm a visão de que é razoável, sendo considerado elevado em relação às demais instituições de saúde do município, porém, defasado em relação à categoria profissional. Os profissionais terceirizados relatam uma certa insatisfação por trabalhar da mesma forma que os estatutários, recebendo um menor salário e sem os mesmos benefícios, o que nos leva à categoria vínculo empregatício, onde a estabilidade é abordada com visões positivas e negativas. Ao se tratar da visão negativa, os entrevistados sugerem que muitos colegas não sabem lidar com esse benefício, se ausentando do trabalho ou trabalhando de uma forma não adequada, prejudicando a rotina do serviço. No que tange à educação permanente, temos a diferença mais gritante do estudo, visto que os entrevistados estatutários relatam que não possuem a disponibilização, através da prefeitura, de cursos de atualização, capacitação e constante aprendizado enquanto que os terceirizados relatam atualizações constantes e apoio por parte da instituição com a qual eles estão vinculados. É unânime que todos os entrevistados consideram que a estrutura física, materiais e equipamentos interferem diretamente no cuidado. Ao serem questionados em relação à avaliação do cuidado prestado, eles o consideram bom, podendo ser melhor caso fossem disponibilizadas condições de trabalho mais adequadas. Considera-se o estudo como um possível instrumento de avaliação dos serviços prestados em unidade de UE, bem como das condições de trabalho fornecidas ao trabalhador e sua satisfação profissional
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A necessidade de obter solução de grandes sistemas lineares resultantes de processos de discretização de equações diferenciais parciais provenientes da modelagem de diferentes fenômenos físicos conduz à busca de técnicas numéricas escaláveis. Métodos multigrid são classificados como algoritmos escaláveis.Um estimador de erros deve estar associado à solução numérica do problema discreto de modo a propiciar a adequada avaliação da solução obtida pelo processo de aproximação. Nesse contexto, a presente tese caracteriza-se pela proposta de reutilização das estruturas matriciais hierárquicas de operadores de transferência e restrição dos métodos multigrid algébricos para acelerar o tempo de solução dos sistemas lineares associados à equação do transporte de contaminantes em meio poroso saturado. Adicionalmente, caracteriza-se pela implementação das estimativas residuais para os problemas que envolvem dados constantes ou não constantes, os regimes de pequena ou grande advecção e pela proposta de utilização das estimativas residuais associadas ao termo de fonte e à condição inicial para construir procedimentos adaptativos para os dados do problema. O desenvolvimento dos códigos do método de elementos finitos, do estimador residual e dos procedimentos adaptativos foram baseados no projeto FEniCS, utilizando a linguagem de programação PYTHONR e desenvolvidos na plataforma Eclipse. A implementação dos métodos multigrid algébricos com reutilização considera a biblioteca PyAMG. Baseado na reutilização das estruturas hierárquicas, os métodos multigrid com reutilização com parâmetro fixo e automática são propostos, e esses conceitos são estendidos para os métodos iterativos não-estacionários tais como GMRES e BICGSTAB. Os resultados numéricos mostraram que o estimador residual captura o comportamento do erro real da solução numérica, e fornece algoritmos adaptativos para os dados cuja malha retornada produz uma solução numérica similar à uma malha uniforme com mais elementos. Adicionalmente, os métodos com reutilização são mais rápidos que os métodos que não empregam o processo de reutilização de estruturas. Além disso, a eficiência dos métodos com reutilização também pode ser observada na solução do problema auxiliar, o qual é necessário para obtenção das estimativas residuais para o regime de grande advecção. Esses resultados englobam tanto os métodos multigrid algébricos do tipo SA quanto os métodos pré-condicionados por métodos multigrid algébrico SA, e envolvem o transporte de contaminantes em regime de pequena e grande advecção, malhas estruturadas e não estruturadas, problemas bidimensionais, problemas tridimensionais e domínios com diferentes escalas.
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One of the main technical difficulties in the fabrication of optical antennas working as light detectors is the proper design and manufacture of auxiliary elements as load lines and signal extraction structures. These elements need to be quite small to reach the location of the antennas and should have a minimal effect on the response of the device. Unfortunately this is not an easy task and signal extraction lines resonate along with the antenna producing a complex signal that usually masks the one given by the antenna. In order to decouple the resonance from the transduction we present in this contribution a parametric analysis of the response of a bolometric stripe that is surrounded by resonant dipoles with different geometries and orientations. We have checked that these elements should provide a signal proportional to the polarization state of the incoming light.
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Um modelo dedicado ao planejamento da conservação e restauração de habitats deve incluir informações estratégicas para assegurar a eficácia e de fácil obtenção, para assegurar a agilidade necessária. Planos e estratégias para conservação usualmente são complexos e demandam informações detalhadas, difíceis de se obter, como inventários biológicos e certos tipos de mapeamento, o que traz limitações em termos de disponibilidade, qualidade e custo das informações. Assim, procurou-se testar a eficiência de métodos simples para a seleção, em escala local, de áreas prioritárias para conservação de habitats fortemente fragmentados e reduzidos, uma situação comum no sul do Brasil, usando dados de imagens LANDSAT e planos de informações disponíveis em mapeamentos comuns, e trabalho de campo. Inicialmente analisou-se a estrutura da paisagem e o padrão de fragmentação em parte da região norte do estado do Paraná, e testar se tamanho e forma são adequados para selecionar os fragmentos florestais mais importantes para a conservação, ou seja, as que contribuem para manter maior quantidade e melhor qualidade de habitats, bem como tenham maior impacto (positivo) na conectividade e em outras variáveis da paisagem. Os resultados mostram que a floresta madura cobre cerca de 3% da paisagem, e a cobertura florestal total atinge perto de 8%, consistindo principalmente de pequenos fragmentos (82% tem entre 1 e 10 ha). Fragmentos grandes (>100 ha) são apenas 1,4% dos remanescentes, mas somam 34% da área de floresta. Apesar de estarem sujeitos a efeitos de borda em toda ou quase toda a sua área, fragmentos pequenos mostraram ter um papel importante na conectividade da paisagem. Numa área maior, foi feita uma pré-seleção de áreas com potencial para estabelecimento de redes de conservação. A pré-seleção procurou responder às seguintes perguntas: 1-Quais são os sítios com maior potencial para a conservação da biodiversidade? 2-Quais são os sítios sob maior risco para objetivos de conservação? e 3-Quais sítios têm melhores oportunidades para o estabelecimento de zonas de conservação de uso múltiplo? Foi identificado um conjunto de 11 fragmentos pertencendo a 5 sub-regiões, sofrendo variados graus de pressão antrópica. Adicionalmente, usando medidas simples de estrutura da paisagem, relacionadas com tamanho, forma e conectividade dos fragmentos, procurou-se identificar tipos estruturais de fragmentos, como uma forma alternativa para auxiliar o estabelecimento de prioridades para conservação a partir do seu papel, efetivo ou potencial, na paisagem. Foram identificados 5 tipos de fragmentos, pequenos (ilhotas isoladas, trampolins), médios (núcleos auxiliares e corredores) e grandes (núcleos principais), que podem ser usados para subsidiar estratégias de conservação. Utilizando informações sobre a estrutura da paisagem, hidrografia e legislação ambiental, propõe-se aqui uma estratégia de conservação para o complexo das bacias dos ribeirões Apertados-Três Bocas (CATB), ordenando atividades de restauração e conservação de fragmentos florestais, criação e expansão de unidades de conservação, além da proposição de formas de uso do solo compatíveis com o entorno de unidades de conservação.
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O Brasil possui uma posição privilegiada quando se refere à produção de etanol. Por questões históricas e geográficas o país é responsável por mais de 30 % da produção mundial de etanol, com uma produção nacional de mais de 28 bilhões de litros em 2014. Para maximizar o rendimento desse processo, está em desenvolvimento a tecnologia associada ao etanol de segunda geração ou etanol lignocelulósico. Os principais desafios desta tecnologia são: melhorar a eficiência de conversão do substrato em produto e a produção em grande escala utilizando substratos de baixo custo. Com o objetivo de melhorar a eficiência do processo de conversão foram estudadas proteínas auxiliares (expansinas) que, em conjunto com celulases, melhoram a despolimerização de biomassa lignocelulósica em açúcares fermentescíveis. Além disso, realizou-se também a caracterização de enzimas ativas de carboidratos (CAZymes) de origem termofílica do organismo Thermogemmatispora sp. T81, devido a capacidade que estas proteínas apresentam de manter a atividade e conformação estrutural em altas temperaturas por um prolongado período de tempo. A partir de análises utilizando bioinformática, os genes que codificam para expansinas de Xanthomonas campestris, Bacillus licheniformis e Trichoderma reesei foram clonados e expressos em E. coli, e seus produtos gênicos (as expansinas) tiveram seus índices de sinergismo (devido atuação conjunta com coquetéis comerciais) e atividade catalítica determinados. Adicionalmente, dispondo de alinhamentos estruturais, foi proposto um mecanismo hidrolítico para elas. Em relação à bactéria Thermogemmatispora sp. T81, foram realizadas análises genômicas e proteômicas, a fim de selecionar enzimas superexpressas em meio celulósico. Seus genes foram clonados heterologamente em E. coli e o produto de expressão caracterizado bioquimicamente (cromatografia, ensaios de atividade e perfil de hidrólise) e estruturalmente (SAXS e dicroísmo circular). Os índices de sinergismo determinados foram de 2,47; 1,96 e 2,44 para as expansinas de Xanthomonas campestris, Bacillus licheniformis e Trichoderma reesei, respectivamente. A partir dos alinhamentos estruturais foi proposto a díade Asp/Glu como sitio catalítico em expansinas. As análises de proteômica possibilitaram a seleção de quatro alvos de clonagem, por apresentarem alto índice de expressão quando a bactéria foi cultivada em meio celulósico. Estas proteínas foram caracterizadas quanto a atividade e apresentaram um perfil comum: temperatura ótima de ação (de 70 a 75 °C), pH ótimo de 5, e hidrolisam preferencialmente substratos hemicelulósicos (xilano). A porcentagem de estruturais secundárias das proteínas em estudo foram confirmadas com predições teóricas ao se utilizar a técnica de dicroísmo circular. Desta maneira, os objetivos iniciais propostos neste projeto foram concluídos com a determinação do grau de sinergismo das proteínas expansinas em estudo e a proposição de um mecanismo de hidrólise para as mesmas, considerando que tais proteínas por mais de 20 anos tiveram sua atividade definida exclusivamente como acessória. Além disso, este estudo contribui com a identificação e seleção de genes para CAZymes termofilícas com aplicação biotecnológica devido às propriedades termoestáveis apresentadas.
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Este estudo teve por objetivo analisar as possíveis correlações entre as taxas de recomposição do fundo, pluviometria e marés para a região do Terminal Marítimo de Ponta da Madeira, Maranhão, Brasil. Foram analisados os dados de levantamentos batimétricos, pluviometria e marés, realizados na região do Terminal, além de dados de chuvas e vazões líquidas e sólidas provenientes do sistema fluvial da sub-bacia do rio Mearim, ligado ao estuário em que se localiza o Terminal. O período analisado compreende os anos de 2010 a 2013. Observou-se que há boa correlação entre vazões sólidas e líquidas no sistema fluvial, sendo que há variação sazonal de vazão líquida, relacionada aos períodos chuvoso e seco, com maiores vazões no período chuvoso. Foram observadas influências desta sazonalidade nas áreas de dragagem mais a sul no Terminal, com boa correlação entre taxas de recomposição do fundo e pluviometria. Em relação às marés, as influências foram melhor observadas nas áreas mais a norte, com boa correlação entre taxas de recomposição do fundo e marés nestas áreas. Os períodos com maiores intensidades de movimentação de fundo estão, de maneira geral, relacionados ao período de intensificação das chuvas e aos solstícios e equinócios, principalmente o equinócio de primavera. O método utilizado provou ser uma boa ferramenta de auxílio à previsão de movimentação e deposição de sedimentos.