MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.

BACKGROUND: DNA sequence integrity, mRNA concentrations and protein-DNA interactions have been subject to genome-wide analyses based on microarrays with ever increasing efficiency and reliability over the past fifteen years. However, very recently novel technologies for Ultra High-Throughput DNA Sequencing (UHTS) have been harnessed to study these phenomena with unprecedented precision. As a consequence, the extensive bioinformatics environment available for array data management, analysis, interpretation and publication must be extended to include these novel sequencing data types. DESCRIPTION: MIMAS was originally conceived as a simple, convenient and local Microarray Information Management and Annotation System focused on GeneChips for expression profiling studies. MIMAS 3.0 enables users to manage data from high-density oligonucleotide SNP Chips, expression arrays (both 3'UTR and tiling) and promoter arrays, BeadArrays as well as UHTS data using MIAME-compliant standardized vocabulary. Importantly, researchers can export data in MAGE-TAB format and upload them to the EBI's ArrayExpress certified data repository using a one-step procedure. CONCLUSION: We have vastly extended the capability of the system such that it processes the data output of six types of GeneChips (Affymetrix), two different BeadArrays for mRNA and miRNA (Illumina) and the Genome Analyzer (a popular Ultra-High Throughput DNA Sequencer, Illumina), without compromising on its flexibility and user-friendliness. MIMAS, appropriately renamed into Multiomics Information Management and Annotation System, is currently used by scientists working in approximately 50 academic laboratories and genomics platforms in Switzerland and France. MIMAS 3.0 is freely available via http://multiomics.sourceforge.net/.

Information leaflet concerning Working Visas / Work Authorisations for employment in Ireland

The growth of the Irish economy in recent years is resulting in shortages of skilled employees in some sectors such as information and computing technologies, construction professionals and across a broad range of medical, health and social care professions (including Medical Practitioners, nurses, speech and language therapists, occupational therapists, radiographers, physiotherapists, social workers) Download document here

Sistema de Gestión deOperaciones Comerciales deFinanciación

L'objectiu consisteix en el desenvolupament d'un sistema d'informació (una aplicació java empresarial) que satisfaci les necessitats d'una empresa financera respecte a la gestió de les operacions comercials de finançament que realitza.

XML/XQuery Languages : estat de l'Art

Aquesta memòria vol introduir el lector dins del camp de l'XML, fent referència al mateix llenguatge XML i a l'anomenada família XML, formada per totes les tecnologies i els estàndards que estan relacionats amb l'XML i que en fan un llenguatge realment potent i versàtil.

Sistemes de BD XML natius : estat de l'art

Aquest projecte avalua l'estat actual dels sistemes de BD:XML natius que permeten desar i recuperar documents XML, i alhora els compara amb les solucions clàssiques adoptades per als SGBD relacionals, els quals afegeixen extensions (XML, per exemple) al capdamunt del model relacional.

Comparativa entre Xindice i eXist com a sistemes de bases de dades XML natives

Aquest TFC es basa en el desenvolupament d'un sistema informàtic que permeti fer cerques de persones dins una organització del tipus d'un institut de formació professional, en el qual s'imparteixin cicles formatius de grau mitjà i de grau superior, i batxillerat. La informació estarà desada en documents que incorporaran dades sobre els alumnes, els cursos i la relació que hi ha entre aquests alumnes i diferents organitzacions (per exemple, empreses on fan les seves pràctiques).

BD:XML natives per a documents MPEG-7

Aquest projecte avalua diferents BD:XML natives per a desar i recuperar documents XML basats en l'estàndard MPEG-7. Es tracta d'un estàndard que proposa un llenguatge per descriure el contingut (metadades) de documents multimèdia, és a dir, àudio i vídeo. El seu format de representació és XML i es basa en un esquema ja predefinit (XMLSchema d'MPEG-7).

Version brève du DISCERN, une voie d'amélioration de la recherche d'information médicale sur le net [Brief-DISCERN, a possible way to improve patient's search on the health-related web]

Internet is increasingly used as a source of information on health issues and is probably a major source of patients' empowerment. This process is however limited by the frequently poor quality of web-based health information designed for consumers. A better diffusion of information about criteria defining the quality of the content of websites, and about useful methods designed for searching such needed information, could be particularly useful to patients and their relatives. A brief, six-items DISCERN version, characterized by a high specificity for detecting websites with good or very good content quality was recently developed. This tool could facilitate the identification of high-quality information on the web by patients and may improve the empowerment process initiated by the development of the health-related web.

Estudi del model de representació XML/RDF

L'objectiu fonamental d'aquest treball és estudiar les relacions que hi ha a nivell teòric entre XML (eXtensible Markup Language) i RDF (Resource Description Language).

Solució global per la gestió de dades d'empleat mitjançant J2ME/J2EE.

Aquest treball final de carrera es basa en l'anàlisi, disseny i implementació d'una solució per comunicar un empleat i la seva empresa per tal de gestionar informació i dades de l'empleat com poden ser: la nòmina, el full d'hores, el full de despeses i la consulta i sol·licitud de vacances.

ideaD : aplicació per a l'intercanvi de documents en entorns asíncrons i distribuïts

El projecte ideaD és un entorn per a l'intercanvi de documents i informació en general per a grups de treball asíncrons i distribuïts. Entenem per asíncrons aquells grups els membres dels quals no es troben en un mateix moment del temps i distribuïts com a aquells en què la informació no es troba en un mateix lloc.

Generació automàtica de l'esquema de bases de dades relacional d'una aplicació a partir del seu diagrama de classes representat en XML i creació automàtica d'interfícies de control d'intercanvi d'informació

En aquest projecte, amb la finalitat d'analitzar per mitjà d'un exemple (la base de dades d'una botiga que opera en línia) algunes de les possibilitats que dóna XML, s'ha construït un sistema que permet generar bases de dades relacionals (amb SQL) a partir de diagrames de classes definits en XML. D?aquesta manera es mostra la flexibilitat que aporta XML a la definició, el processament i la transformació dels documents.

Disseny i implementació en Java d'un sistema segur de descàrrega anònima de fitxers format per aplicacions web basades en XML i amb autenticació del client per part d'un tercer mitjançant una PKI

En aquest TFC s'ha proposat dissenyar i implementar en llenguatge Java un sistema segur de descàrrega anònima de fitxers. Per fer aquesta tasca es proposa un conjunt d'aplicacions web que es s'intercanviaran dades en format XML de forma segura, sempre sota protocol HTTPS i mantenint la integritat, autenticitat i autenticació de les parts amb l'ajut d'un PKI.

Estudio del modelo de representación XML/RDF

Aquest estudi té com a objectiu introduir el lector en dues tecnologies complementàries, XML i RDF. L'estudi mostra els inicis dels llenguatges de marcatge i explica perquè van ser concebuts.

Elaboració d'un protocol basat en XML per a una xarxa de sensors

La progressiva reducció de dimensió i cost en els dispositius electrònics, la dràstica retallada de consum elèctric i la independència de què això els dota han fet créixer en els últims temps l'interès de les comunitats científiques i tecnològiques per les xarxes sense fils de petits dispositius. Per altra banda, l'XML (eXtensible Markup Language) és un metallenguatge extensible que ha esdevingut un estàndard per a l'intercanvi d'informació estructurada entre diferents plataformes. L'objectiu d'aquest treball és explorar les possibilitats que pot oferir la introducció de l'XML en les xarxes de sensors amb l'elaboració d'un protocol de comunicació basat en aquest llenguatge i demostrar la transparència en el canvi de plataforma. Per fer-ho, es disposa de dos dispositius amb capacitat de comunicació sense fils equipats amb detectors de temperatura, lluminositat, efecte Hall i nivell de càrrega de la bateria. El projecte constarà de dues parts: una, més extensa, dedicada al desenvolupament del programari per a aquests dispositius, encarregat de obtenir les lectures dels diferents sensors i emetre-les per la xarxa utilitzant el llenguatge XML, i una altra, per recollir aquesta informació present a la xarxa, interpretar-la, salvar-la en una base de dades i exposar-la al món en una plana web. El programari dels dispositius sensors s'escriurà en llenguatge nesC dins el sistema tinyOS que és el sistema operatiu que equipen. La part d'explotació de les dades es desenvoluparà sota la plataforma .NET de Microsoft.