990 resultados para Transient Modeling
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Il a t dmontr que lhtrotachie, variation du taux de substitutions au cours du temps et entre les sites, est un phnomne frquent au sein de donnes relles. chouer modliser lhtrotachie peut potentiellement causer des artfacts phylogntiques. Actuellement, plusieurs modles traitent lhtrotachie : le modle mlange des longueurs de branche (MLB) ainsi que diverses formes du modle covarion. Dans ce projet, notre but est de trouver un modle qui prenne efficacement en compte les signaux htrotaches prsents dans les donnes, et ainsi amliorer linfrence phylogntique. Pour parvenir nos fins, deux tudes ont t ralises. Dans la premire, nous comparons le modle MLB avec le modle covarion et le modle homogne grce aux test AIC et BIC, ainsi que par validation croise. A partir de nos rsultats, nous pouvons conclure que le modle MLB nest pas ncessaire pour les sites dont les longueurs de branche diffrent sur lensemble de larbre, car, dans les donnes relles, le signaux htrotaches qui interfrent avec linfrence phylogntique sont gnralement concentrs dans une zone limite de larbre. Dans la seconde tude, nous relaxons lhypothse que le modle covarion est homogne entre les sites, et dveloppons un modle mlanges bas sur un processus de Dirichlet. Afin dvaluer diffrents modles htrognes, nous dfinissons plusieurs tests de non-conformit par chantillonnage postrieur prdictif pour tudier divers aspects de lvolution molculaire partir de cartographies stochastiques. Ces tests montrent que le modle mlanges covarion utilis avec une loi gamma est capable de reflter adquatement les variations de substitutions tant lintrieur dun site quentre les sites. Notre recherche permet de dcrire de faon dtaille lhtrotachie dans des donnes relles et donne des pistes suivre pour de futurs modles htrotaches. Les tests de non conformit par chantillonnage postrieur prdictif fournissent des outils de diagnostic pour valuer les modles en dtails. De plus, nos deux tudes rvlent la non spcificit des modles htrognes et, en consquence, la prsence dinteractions entre diffrents modles htrognes. Nos tudes suggrent fortement que les donnes contiennent diffrents caractres htrognes qui devraient tre pris en compte simultanment dans les analyses phylogntiques.
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Tesis (Doctor en Ciencias con Orientacin en Procesos Sustentables) UANL, 2013.
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Les systmes Matriels/Logiciels deviennent indispensables dans tous les aspects de la vie quotidienne. La prsence croissante de ces systmes dans les diffrents produits et services incite trouver des mthodes pour les dvelopper efficacement. Mais une conception efficace de ces systmes est limite par plusieurs facteurs, certains d'entre eux sont: la complexit croissante des applications, une augmentation de la densit d'intgration, la nature htrogne des produits et services, la diminution de temps daccs au march. Une modlisation transactionnelle (TLM) est considre comme un paradigme prometteur permettant de grer la complexit de conception et fournissant des moyens dexploration et de validation d'alternatives de conception des niveaux dabstraction levs. Cette recherche propose une mthodologie dexpression de temps dans TLM base sur une analyse de contraintes temporelles. Nous proposons d'utiliser une combinaison de deux paradigmes de dveloppement pour acclrer la conception: le TLM d'une part et une mthodologie dexpression de temps entre diffrentes transactions dautre part. Cette synergie nous permet de combiner dans un seul environnement des mthodes de simulation performantes et des mthodes analytiques formelles. Nous avons propos un nouvel algorithme de vrification temporelle bas sur la procdure de linarisation des contraintes de type min/max et une technique d'optimisation afin d'amliorer l'efficacit de l'algorithme. Nous avons complt la description mathmatique de tous les types de contraintes prsentes dans la littrature. Nous avons dvelopp des mthodes d'exploration et raffinement de systme de communication qui nous a permis d'utiliser les algorithmes de vrification temporelle diffrents niveaux TLM. Comme il existe plusieurs dfinitions du TLM, dans le cadre de notre recherche, nous avons dfini une mthodologie de spcification et simulation pour des systmes Matriel/Logiciel base sur le paradigme de TLM. Dans cette mthodologie plusieurs concepts de modlisation peuvent tre considrs sparment. Base sur l'utilisation des technologies modernes de gnie logiciel telles que XML, XSLT, XSD, la programmation oriente objet et plusieurs autres fournies par lenvironnement .Net, la mthodologie propose prsente une approche qui rend possible une rutilisation des modles intermdiaires afin de faire face la contrainte de temps daccs au march. Elle fournit une approche gnrale dans la modlisation du systme qui spare les diffrents aspects de conception tels que des modles de calculs utiliss pour dcrire le systme des niveaux dabstraction multiples. En consquence, dans le modle du systme nous pouvons clairement identifier la fonctionnalit du systme sans les dtails relis aux plateformes de dveloppement et ceci mnera amliorer la "portabilit" du modle d'application.
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La douleur est une exprience perceptive comportant de nombreuses dimensions. Ces dimensions de douleur sont inter-relies et recrutent des rseaux neuronaux qui traitent les informations correspondantes. Llucidation de l'architecture fonctionnelle qui supporte les diffrents aspects perceptifs de l'exprience est donc une tape fondamentale pour notre comprhension du rle fonctionnel des diffrentes rgions de la matrice crbrale de la douleur dans les circuits corticaux qui sous tendent l'exprience subjective de la douleur. Parmi les diverses rgions du cerveau impliques dans le traitement de l'information nociceptive, le cortex somatosensoriel primaire et secondaire (S1 et S2) sont les principales rgions gnralement associes au traitement de l'aspect sensori-discriminatif de la douleur. Toutefois, l'organisation fonctionnelle dans ces rgions somato-sensorielles nest pas compltement claire et relativement peu d'tudes ont examin directement l'intgration de l'information entre les rgions somatiques sensorielles. Ainsi, plusieurs questions demeurent concernant la relation hirarchique entre S1 et S2, ainsi que le rle fonctionnel des connexions inter-hmisphriques des rgions somatiques sensorielles homologues. De mme, le traitement en srie ou en parallle au sein du systme somatosensoriel constitue un autre lment de questionnement qui ncessite un examen plus approfondi. Le but de la prsente tude tait de tester un certain nombre d'hypothses sur la causalit dans les interactions fonctionnelle entre S1 et S2, alors que les sujets recevaient des chocs lectriques douloureux. Nous avons mis en place une mthode de modlisation de la connectivit, qui utilise une description de causalit de la dynamique du systme, afin d'tudier les interactions entre les sites d'activation dfinie par un ensemble de donnes provenant d'une tude d'imagerie fonctionnelle. Notre paradigme est constitu de 3 session exprimentales en utilisant des chocs lectriques trois diffrents niveaux dintensit, soit modrment douloureux (niveau 3), soit lgrement douloureux (niveau 2), soit compltement non douloureux (niveau 1). Par consquent, notre paradigme nous a permis d'tudier comment l'intensit du stimulus est cod dans notre rseau d'intrt, et comment la connectivit des diffrentes rgions est module dans les conditions de stimulation diffrentes. Nos rsultats sont en faveur du mode sriel de traitement de linformation somatosensorielle nociceptive avec un apport prdominant de la voie thalamocorticale vers S1 controlatrale au site de stimulation. Nos rsultats impliquent que l'information se propage de S1 controlatral travers notre rseau d'intrt compos des cortex S1 bilatraux et S2. Notre analyse indique que la connexion S1S2 est renforce par la douleur, ce qui suggre que S2 est plus lev dans la hirarchie du traitement de la douleur que S1, conformment aux conclusions prcdentes neurophysiologiques et de magntoencphalographie. Enfin, notre analyse fournit des preuves de l'entre de l'information somatosensorielle dans l'hmisphre controlatral au ct de stimulation, avec des connexions inter-hmisphriques responsable du transfert de l'information l'hmisphre ipsilatral.
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Lvolution des protines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intrt de trouver des outils d'alignement qui peuvent tre utiliss de manire fiable et modliser avec prcision l'volution d'une famille de protines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considr comme l'outil idal pour une telle tche, en termes de rapidit et de prcision. Par consquent, dans cette tude, TM-Align a t utilis comme point de rfrence pour faciliter la dtection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de prciser l'volution des protines. En parallle, nous avons largi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse galement tre utilis comme un outil pour la modlisation de l'volution des protines.
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Thse numrise par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Universit de Montral
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This thesis was created in Word and converted to PDF using Mac OS X 10.7.5 Quartz PDFContext.
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UNE EXPOSITION NONATALE LOXYGNE MNE DES MODIFICATIONS DE LA FONCTION MITOCHONDRIALE CHEZ LE RAT ADULTE Introduction: Lexposition loxygne (O2) des ratons nouveau-ns a des consquences lge adulte dont une hypertension artrielle (HTA), une dysfonction vasculaire, une nphropnie et des indices de stress oxydant. En considrant que les reins sont encore en dveloppement actif lors des premiers jours aprs la naissance chez les rats, jouent un rle cl dans le dveloppement de lhypertension et quune dysfonction mitochondriale est associ une augmentation du stress oxydant, nous postulons que les conditions dltres nonatales peuvent avoir un impact significatif au niveau rnal sur la modulation de lexpression de protines cls du fonctionnement mitochondrial et une production mitochondriale excessive despces ractives de l O2. Mthodes: Des ratons Sprague-Dawley sont exposs 80% dO2 (H) ou 21% O2 (Ctrl) du 3e au 10e jr de vie. En considrant que plusieurs organes des rats sont encore en dveloppement actif la naissance, ces rongeurs sont un modle reconnu pour tudier les complications dune hyperoxie nonatale, comme celles lies une naissance prmature chez lhomme. 4 et 16 semaines, les reins sont prlevs et les mitochondries sont extraites suivant une mthode dextraction standard, avec un tampon contenant du sucrose 0.32 M et diffrentes centrifugations. Lexpression des protines mitochondriales a t mesure par Western blot, tandis que la production d H202 et les activits des enzymes cls du cycle de Krebs ont t values par spectrophotomtrie. Les rsultats sont exprims par la moyenne SD. Rsultats: Les rats mles H de 16 semaines (n=6) prsentent une activit de citrate synthase (considr standard interne de lexpression protique et de labondance mitochondriales) augmente (12.4 8.4 vs 4.1 0.5 mole/mL/min), une diminution de lactivit daconitase (enzyme sensible au redox mitochondrial) (0.11 0.05 vs 0.20 0.04 moles/min/mg mitochondrie), ainsi quune augmentation dans la production de H202 (7.0 1.3 vs 5.4 0.8 moles/mg protines mitochondriales) comparativement au groupe Ctrl (n=6 mles et 4 femelles). Le groupe H (vs Ctrl) prsente galement une diminution dans lexpression de peroxiredoxin-3 (Prx3) (H 0.610.06 vs. Ctrl 0.780.02 unit relative, -23%; p<0.05), une protine implique dans llimination d H202, de lexpression du cytochrome C oxidase (Complexe IV) (H 1.020.04 vs. Ctrl 1.200.02 unit relative, -15%; p<0.05), une protine de la chaine de respiration mitochondriale, tandis que lexpression de la protine de dcouplage (uncoupling protein)-2 (UCP2), implique dans la dispersion du gradient proton, est significativement augmente (H 1.050.02 vs. Ctrl 0.900.03 unit relative, +17%; p<0.05). Les femelles H (n=6) (vs Ctrl, n=6) de 16 semaines dmontrent une augmentation significative de lactivit de laconitase (0.330.03 vs 0.170.02 moles/min/mg mitochondrie), de lexpression de lATP synthase sous unit (H 0.730.02 vs. Ctrl 0.590.02 unit relative, +25%; p<0.05) et de lexpression de MnSOD (H 0.890.02 vs. Ctrl 0.740.03 unit relative, +20%; p<0.05) (superoxide dismutase mitochondriale, important antioxidant), tandis que lexpression de Prx3 est significativement rduite (H 1.10.07 vs. Ctrl 0.850.01 unit relative, -24%; p<0.05). 4 semaines, les mles H (vs Ctrl) prsentent une augmentation significative de lexpression de Prx3 (H 0.720.03 vs. Ctrl 0.560.04 unit relative, +31%; p<0.05) et les femelles prsentent une augmentation significative de lexpression dUCP2 (H 1.220.05 vs. Ctrl 1.030.04 unit relative, +18%; p<0.05) et de lexpression de MnSOD (H 1.360.01 vs. 1.190.06 unit relative, +14%; p<0.05). Conclusions: Une exposition nonatale lO2 chez le rat adulte mne des indices de dysfonction mitochondriale dans les reins adultes, associe une augmentation dans la production despces ractives de loxygne, suggrant que ces modifications mitochondriales pourraient jouer un rle dans lhypertension artrielle et dun stress oxydant, et par consquent, tre un facteur possible dans la progression vers des maladies cardiovasculaires. Mots-cls: Mitochondries, Reins, Hypertension, Oxygne, Stress Oxydant, Programmation
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Cette thse tudie des modles de squences de haute dimension bass sur des rseaux de neurones rcurrents (RNN) et leur application la musique et la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent reprsenter les dpendances long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux squences d'intrt comme la vido, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas t utiliss leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficult de les entraner efficacement par descente de gradient. Rcemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entranement avances ont entran la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systmes de l'tat de l'art. Le travail de cette thse prend part ce dveloppement. L'ide centrale consiste exploiter la flexibilit des RNN pour apprendre une description probabiliste de squences de symboles, c'est--dire une information de haut niveau associe aux signaux observs, qui en retour pourra servir d' priori pour amliorer la prcision de la recherche d'information. Par exemple, en modlisant l'volution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonmes dans un nonc oral ou encore de sources individuelles dans un mlange audio, nous pouvons amliorer significativement les mthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de sparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modles ces tches est dtaille dans les quatre derniers articles prsents dans cette thse. Dans le premier article, nous remplaons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour dcrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxime article, nous valuons et proposons des mthodes avances pour entraner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons diffrentes faons de combiner nos modles symboliques des rseaux profonds et la factorisation matricielle non-ngative, notamment par des produits d'experts, des architectures entre/sortie et des cadres gnratifs gnralisant les modles de Markov cachs. Nous proposons et analysons galement des mthodes d'infrence efficaces pour ces modles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau haute dimension, la recherche en faisceau lagu et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'tiquette biaise, du matre imposant, du lissage temporel, de la rgularisation et du pr-entranement.
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Mammalian reoviruses exhibit a large host range and infected cells are generally killed; however, most studies examined only a few cell types and host species, and are probably not representative of all possible interactions between virus and host cell. Many questions thus remain concerning the nature of cellular factors that affect viral replication and cell death. In the present work, it was observed that replication of the classical mammalian reovirus serotype 3 Dearing in a bat epithelial cell line, Tb1.Lu, does not result in cell lysis and is rapidly reduced to very low levels. Prior uncoating of virions by chymotrypsin treatment, to generate infectious subviral particles, increased the initial level of infection but without any significant effect on further viral replication or cell survival. Infected cells remain resistant to virus reinfection and secrete an antiviral factor, most likely interferon, that is protective against the unrelated encephalomyocarditis virus. Although, the transformed status of a cell is believed to promote reovirus replication and viral oncolysis, resistant Tb1.Lu cells exhibit a classical phenotype of transformed cells by forming colonies in semisolid soft agar medium. Further transduction of Tb.Lu cells with a constitutively-active Ras oncogene does not seem cell growth or reovirus effect on these cells. Infected Tb1.Lu cells can produce low-level of infectious virus for a long time without any apparent effect, although these cells are resistant to reinfection. The results suggest that Tb1.Lu cells can mount an unusual antiviral response. Specific properties of bat cells may thus be in part responsible for the ability of the animals to act as reservoirs for viruses in general and for novel reoviruses in particular. Their peculiar resistance to cell lysis also makes Tb1.Lu cells an attractive model to study the cellular and viral factors that determine the ability of reovirus to replicate and destroy infected cells.
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One of the major concerns of scoliotic patients undergoing spinal correction surgery is the trunk's external appearance after the surgery. This paper presents a novel incremental approach for simulating postoperative trunk shape in scoliosis surgery. Preoperative and postoperative trunk shapes data were obtained using three-dimensional medical imaging techniques for seven patients with adolescent idiopathic scoliosis. Results of qualitative and quantitative evaluations, based on the comparison of the simulated and actual postoperative trunk surfaces, showed an adequate accuracy of the method. Our approach provides a candidate simulation tool to be used in a clinical environment for the surgery planning process.
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This study focuses on the onset of southwest monsoon over Kerala. India Meteorological Department (IMD) has been using a semi-objective method to define monsoon onset. The main objectives of the study are to understand the monsoon onset processes, to simulate monsoon onset in a GCM using as input the atmospheric conditions and Sea Surface Temperature, 10 days earlier to the onset, to develop a method for medium range prediction of the date of onset of southwest monsoon over Kerala and to examine the possibility of objectively defining the date of Monsoon Onset over Kerala (MOK). It gives a broad description of regional monsoon systems and monsoon onsets over Asia and Australia. Asian monsoon includes two separate subsystems, Indain monsoon and East Asian monsoon. It is seen from this study that the duration of the different phases of the onset process are dependent on the period of ISO. Based on the study of the monsoon onset process, modeling studies can be done for better understanding of the ocean-atmosphere interaction especially those associated with the warm pool in the Bay of Bengal and the Arabian Sea.
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It is proposed to study the suspended sediment transport characteristics of river basins of Kerala and to model suspended sediment discharge mechanism for typical micro-watersheds. The Pamba river basin is selected as a representative hydrologic regime for detailed studies of suspended sediment characteristics and its seasonal variation. The applicability of various erosion models would be tested by comparing with the observed event data (by continuous monitoring of rainfall, discharge, and suspended sediment concentration for lower order streams). Empirical, conceptual and physically distributed models were used for making the comparison of performance of the models. Large variations in the discharge and sediment quantities were noticed during a particular year between the river basins investigated and for an individual river basin during the years for which the data was available. In general, the sediment yield pattern follows the seasonal distribution of rainfall, discharge and physiography of the land. This confirms with similar studies made for other Indian rivers. It was observed from this study, that the quantity of sediment transported downstream shows a decreasing trend over the years corresponding to increase in discharge. For sound and sustainable management of coastal zones, it is important to understand the balance between erosion and retention and to quantify the exact amount of the sediments reaching this eco-system. This, of course, necessitates a good length of time series data and more focused research on the behaviour of each river system, both present and past. In this realm of river inputs to ocean system, each of the 41 rivers of Kerala may have dominant yet diversified roles to influence the coastal ecosystem as reflected from this study on the major fraction of transport, namely the suspended sediments
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The transient interaction between a refraction index grating and light beams during simultaneous writing and thermal fixing of a photorefractive hologram is investigated. With a diffusion- and photovoltaic-dominated carrier transport mechanism and carrier thermal activation (temperature dependent) considered in Fe:LiNbO3 crystal, from the standpoint of field-material coupling, the theoretical thermal fixing time and the space-charge field buildup, spatial distribution, and temperature dependence are given numerically by combining the band transport model with mobile ions with the coupled-wave equation
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In this Letter a new physical model for metal-insulatormetal CMOS capacitors is presented. In the model the parameters of the circuit are derived from the physical structural details. Physical behaviors due to metal skin effect and inductance have been considered. The model has been confirmed by 3D EM simulator and design rules proposed. The model presented is scalable with capacitor geometry, allowing designers to predict and optimize quality factor. The approach has been verified for MIM CMOS capacitors
