Proteomic analysis of cytosolic proteins associated with petite mutations in Candida glabrata

The incidence of superficial or deep-seated infections due to Candida glabrata has increased markedly, probably because of the low intrinsic susceptibility of this microorganism to azole antifungals and its relatively high propensity to acquire azole resistance. To determine changes in the C. glabrata proteome associated with petite mutations, cytosolic extracts from an azole-resistant petite mutant of C. glabrata induced by exposure to ethidium bromide, and from its azole-susceptible parent isolate were compared by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. Proteins of interest were identified by peptide mass fingerprinting or sequence tagging using a matrix-assisted laser desorption/ionization tandem time-of-flight mass spectrometer. Tryptic peptides from a total of 160 Coomassie-positive spots were analyzed for each strain. Sixty-five different proteins were identified in the cytosolic extracts of the parent strain and 58 in the petite mutant. Among the proteins identified, 10 were higher in the mutant strain, whereas 23 were lower compared to the parent strain. The results revealed a significant decrease in the enzymes associated with the metabolic rate of mutant cells such as aconitase, transaldolase, and pyruvate kinase, and changes in the levels of specific heat shock proteins. Moreover, transketolase, aconitase and catalase activity measurements decreased significantly in the ethidium bromide-induced petite mutant. These data may be useful for designing experiments to obtain a better understanding of the nuclear response to impairment of mitochondrial function associated with this mutation in C. glabrata.

Influence of eNOS gene polymorphism on cardiometabolic parameters in response to physical training in postmenopausal women

The health-promoting effects of exercise training (ET) are related to nitric oxide (NO) production and/or its bioavailability. The objective of this study was to determine whether single nucleotide polymorphism of the endothelial NO synthase (eNOS) gene at positions -786T>C, G894T (Glu298Asp) and at the variable number of tandem repeat (VNTR) Intron 4b/a would interfere with the cardiometabolic responses of postmenopausal women submitted to physical training. Forty-nine postmenopausal women were trained in sessions of 30-40 min, 3 days a week for 8 weeks. Genotypes, oxidative stress status and cardiometabolic parameters were then evaluated in a double-blind design. Both systolic and diastolic blood pressure values were significantly reduced after ET, which was genotype-independent. However, women without eNOS gene polymorphism at position -786T>C (TT genotype) and Intron 4b/a (bb genotype) presented a better reduction of total cholesterol levels (-786T>C: before = 213 ± 12.1, after = 159.8 ± 14.4, Δ = -24.9% and Intron 4b/a: before = 211.8 ± 7.4, after = 180.12 ± 6.4 mg/dL, Δ = -15%), and LDL cholesterol (-786T>C: before = 146.1 ± 13.3, after = 82.8 ± 9.2, Δ = -43.3% and Intron 4b/a: before = 143.2 ± 8, after = 102.7 ± 5.8 mg/dL, Δ = -28.3%) in response to ET compared to those who carried the mutant allele. Superoxide dismutase activity was significantly increased in trained women whereas no changes were observed in malondialdehyde levels. Women without eNOS gene polymorphism at position -786T>C and Intron 4b/a showed a greater reduction of plasma cholesterol levels in response to ET. Furthermore, no genotype influence was observed on arterial blood pressure or oxidative stress status in this population.

Association of MICA gene polymorphisms with liver fibrosis in schistosomiasis patients in the Dongting Lake region

Major histocompatibility complex class I chain-related A (MICA) is a highly polymorphic gene located within the MHC class I region of the human genome. Expressed as a cell surface glycoprotein, MICA modulates immune surveillance by binding to its cognate receptor on natural killer cells, NKG2D, and its genetic polymorphisms have been recently associated with susceptibility to some infectious diseases. We determined whether MICA polymorphisms were associated with the high rate of Schistosoma parasitic worm infection or severity of disease outcome in the Dongting Lake region of Hunan Province, China. Polymerase chain reaction-sequence specific priming (PCR-SSP) and sequencing-based typing (SBT) were applied for high-resolution allele typing of schistosomiasis cases (N = 103, age range = 36.2-80.5 years, 64 males and 39 females) and healthy controls (N = 141, age range = 28.6-73.3 years, 73 males and 68 females). Fourteen MICA alleles and five short-tandem repeat (STR) alleles were identified among the two populations. Three (MICA*012:01/02, MICA*017 and MICA*027) showed a higher frequency in healthy controls than in schistosomiasis patients, but the difference was not significantly correlated with susceptibility to S. japonicum infection (Pc > 0.05). In contrast, higher MICA*A5 allele frequency was significantly correlated with advanced liver fibrosis (Pc < 0.05). Furthermore, the distribution profile of MICA alleles in this Hunan Han population was significantly different from those published for Korean, Thai, American-Caucasian, and Afro-American populations (P < 0.01), but similar to other Han populations within China (P > 0.05). This study provides the initial evidence that MICA genetic polymorphisms may underlie the severity of liver fibrosis occurring in schistosomiasis patients from the Dongting Lake region.

Specific alterations in plasma proteins during depressed, manic, and euthymic states of bipolar disorder

Bipolar disorder (BD) is a common psychiatric mood disorder affecting more than 1-2% of the general population of different European countries. Unfortunately, there is no objective laboratory-based test to aid BD diagnosis or monitor its progression, and little is known about the molecular basis of BD. Here, we performed a comparative proteomic study to identify differentially expressed plasma proteins in various BD mood states (depressed BD, manic BD, and euthymic BD) relative to healthy controls. A total of 10 euthymic BD, 20 depressed BD, 15 manic BD, and 20 demographically matched healthy control subjects were recruited. Seven high-abundance proteins were immunodepleted in plasma samples from the 4 experimental groups, which were then subjected to proteome-wide expression profiling by two-dimensional electrophoresis and matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight/time-of-flight tandem mass spectrometry. Proteomic results were validated by immunoblotting and bioinformatically analyzed using MetaCore. From a total of 32 proteins identified with 1.5-fold changes in expression compared with healthy controls, 16 proteins were perturbed in BD independent of mood state, while 16 proteins were specifically associated with particular BD mood states. Two mood-independent differential proteins, apolipoprotein (Apo) A1 and Apo L1, suggest that BD pathophysiology may be associated with early perturbations in lipid metabolism. Moreover, down-regulation of one mood-dependent protein, carbonic anhydrase 1 (CA-1), suggests it may be involved in the pathophysiology of depressive episodes in BD. Thus, BD pathophysiology may be associated with early perturbations in lipid metabolism that are independent of mood state, while CA-1 may be involved in the pathophysiology of depressive episodes.

Paineventtiilien hitsauksen laadunhallinnan kehittäminen

Diplomityössä tarkastellaan keinoja Temet Oy:n valmistamien paineventtiilien hitsauksen laadunhallinnan kehittämiseen. Työn avulla hitsauksen laadunhallinta on tarkoitus saada vastaamaan paremmin yrityksen asiakkaiden vaatimuksia sekä samalla parantaa yrityksen kilpailukykyä. Työn alkupuolella perehdytään laatuun ja laadunhallintaan, erityisesti hitsauksen näkökulmasta. Lisäksi tutustutaan laadunhallinnan työkaluihin, ISO 9001- ja ISO 3834 -standardeihin sekä tarkemmin jälkimmäisen vaatimuksiin. Lisäksi työhön sisältyy kahden erityyppisen paineventtiilin hitseille tehtävä makrohietutkimus. Työssä haetaan myös paineventtiilien valmistukselle vaatimuksia antavia viranomaismääräyksiä tai standardeja. Oleellinen osa hitsauksen laadunhallinnan kehitystyötä on yrityksen hitsaustoiminnan nykytilanteen kartoittaminen ja tarvittavien kehitystoimien suunnittelu tehtyihin selvityksiin perustuen. Työn valmistuttua yrityksellä on ehdotus siitä, miten toteuttaa ISO 3834-2 kattavien laatuvaatimusten mukaisen hitsauksen laadunhallintajärjestelmä paineventtiilien hitsaukseen. Yrityksellä on myös laadunhallintajärjestelmän kannalta oleelliset asiakirjat ja ehdotus siitä, miten hitsauksen laadunhallinnan kehitystyötä kannattaisi tulevaisuudessa jatkaa.

Development of a rapid method for the determination of antibiotic residues in honey using UPLC-ESI-MS/MS

Abstract An accurate, reliable and fast multianalyte/multiclass ultra-performance liquid chromatography–tandem mass spectrometry (UPLC–MS/MS) method was developed and validated for the simultaneous analysis of 23 pharmaceuticals, belonging to different classes amphenicols, sulfonamides, tetracyclines, in honey samples. The method developed consists of ultrasonic extraction followed by UPLC–ESI–MS/MS with electrospray ionization in both positive mode and negative mode. The influence of the extraction solvents and mobile phase composition on the sensitivity of the method, and the optimum conditions for sample weight and extraction temperature in terms of analyte recovery were extensively studied. The identification of antibiotics is fulfilled by simultaneous use of chromatographic separation using an Acquity BEH C18 (100 mm x 2.1 mm, 1.7 µm) analytical column with a gradient elution of mobile phases and tandem mass spectrometry with an electrospray ionization. Finally, the method developed was applied to the determination of target analytes in honey samples obtained from the local markets and several beekeepers in Muğla, Turkey. Ultrasonic-extraction of pharmaceuticals from honey samples is a well-established technique by UPLC–ESI–MS/MS, the uniqueness of this study lies in the simultaneous determination of a remarkable number of compounds belonging to 23 drug at the sub-nanogram per kilogram level.

Robottihitsauksen toimintojen kehittäminen hitsaustuotannossa

Tämän diplomityön tarkoituksena oli kehittää robottihitsauksen toimintoja KKR Steel Oy:ssä. Tärkeimmät tutkimuskohteet olivat robottisolujen toiminnan tehostaminen ja uusien robottihitsaukseen sopivien tuotteiden kartoittaminen. Työ on jaettu teoreettiseen ja käytännön osuuteen. Teoriaosassa perehdytään kirjallisuuskatsauksen kautta robottihitsauksen perusteisiin, hitsauksen robotisointiin sekä tuottavuuteen ja laatuun. Robottihitsauksen osuudessa käsitellään hitsausrobotin rakennetta, siihen liittyviä oheislaitteita ja robottien ohjelmointia. Hitsauksen robotisoinnissa selvitetään syitä robottihitsauksen käyttöönotolle, robotisoitavilta tuotteilta vaadittavia ominaisuuksia sekä erilaisia toimenpiteitä robottiaseman toiminnan tehostamiseksi. Tuottavuuteen liittyvässä osuudessa selvitetään erilaisten laskentakaavojen ja tunnuslukujen käyttöä ja merkitystä hitsauksessa. Käytännön osuudessa kartoitettiin yrityksen robottihitsauksen lähtötilanne ja selvitettiin ongelmakohtien perusteella kehittämistoimenpiteitä. Tutkimuksissa seurattiin ja havainnoitiin hitsaustuotannon eri vaiheita, minkä perusteella laadittiin erilaisia parannuskeinoja. Toimenpiteistä saatavan hyödyn arviointiin käytettiin yrityksen tuotantoon sopivia mittareita kuten läpimenoaikaa ja kaariaikasuhdetta. Havaittujen ongelmakohtien perusteella ryhdyttiin kehittämään hitsauskiinnittimien suunnittelua ja käsittelylaitteiden käyttöä hitsaustuotannossa sekä hyödyntämään etäohjelmointia tuotteiden viennissä robottiasemille. Lisäksi robottiasemien käyttöastetta pyrittiin nostamaan tutkimalla käsinhitsattavia tuotteita ja siirtämällä niistä robotille soveltuvimmat robottiasemille hitsattavaksi.

Modifioidun MAG-kaarihitsausprosessin hyödyntäminen railotilavuuden pienentämisessä mekanisoidussa orbitaalihitsauksessa.

Länsimaisen työn hinta luo jatkuvan paineen hitsauksen tuottavuuden parantamiseen. MIG/MAG-hitsauksen tuottavuutta voidaan parantaa tehostamalla hitsausprosessia, vähentämällä hitsien lukumäärää ja pienentämällä hitsiaineen tarvetta. Eri virtalähdevalmistajat tuovat markkinoille hitsausprosesseja hitsauksen tehostamiseen, joilla pystytään korvata vähemmän tuottavia hitsaustyövaiheita. Hitsien lukumäärän vähentäminen on rakenteen suunnitteluun liittyvä tekijä ja hitsiaineen tarpeen pienentäminen voidaan toteuttaa railogeometrian muutoksilla tai tuotteen sopivalla suunnittelulla. Diplomityössä on tutkittu 30 mm paksujen S355 rakenneteräsputkien hitsauksen tuottavuuden kasvattamista käyttäen nykyaikaisia modifioituja kaarihitsausprosesseja ja railotilavuutta pienentämällä. Työssä vertailtiin 30o ja 60o railokulmalla tehtyjä liitoksia. Railogeometrian muutoksen lisäksi diplomityössä vertailtiin eri menetelmien tehokkuutta putken pohjapalon hitsauksessa.

Hitsatun alumiinirakenteen suunnittelu

Alumiiniseosten käyttö konstruktiomateriaalina lisääntyy johtuen sen lukuisista variaatioista lujuuden ja muovattavuuden suhteen. Alumiinin keveys on merkittävä kilpailuetu teräkseen nähden. Alumiiniseosten hitsattavuus on parantunut hitsausmenetelmien kehittyessä. Uusilla menetelmillä lämmöntuontia hallitaan paremmin, kuten myös alumiinin huokoisuutta sekä lujuuden laskua hitsauksen yhteydessä. Tässä diplomityössä tutkitaan alumiinin metallurgiaa, hitsausmenetelmiä, sekä alumiinin ja teräksen sekaliitoksen toteutusta. Tutkimuksella pyritään tekemään hitsatun alumiinirakenteen suunnittelua ymmärrettävämmäksi. SFS-EN standardit antavat perustuksen alumiinirakenteen suunnittelulle. Tässä diplomityössä tehdään suunnitteluesimerkki hitsatun alumiinirakenteen hitsien suunnittelusta. Suunnitteluesimerkissä tutkitaan alumiiniseoksen lujuuden laskua hitsattaessa, ja etsitään standardien antamia ratkaisuja toimivan hitsatun rakenteen toteuttamiseksi.

Orbitaali-TIG-hitsauksen kehittäminen compoundputkien hitsaamisessa

Tässä työssä tutkittiin orbitaali-TIG-hitsauksen hyödyntämistä paineenalaisten compoundputkien jatkohitsien hitsaamiseen. Tutkimus tehtiin Warkaus Works Oy:n omistamalle konepajalle. Tutkimuksen tavoitteena oli laatia standardin SFS-EN ISO 15613 mukaan hyväksytty hitsausmenetelmä. Työn kirjallisuuskatsauksessa esiteltiin orbitaalihitsauksessa käytettävät hitsausprosessit ja laitteistot eri liitosmuodoille. Työssä esiteltiin myös kuumavedettyjen compoundputkien valmistusprosessia ja rakennetta. Tämän lisäksi kerrottiin putkien hitsattavuudesta ja hitsauksen esivalmisteluista, sekä käyttökohteista voimalaitoskattilassa. Ennen menetelmäkokeen hitsausta suoritettiin suuri määrä koehitsauksia yrityksen orbitaali-TIG-laitteistolla. Onnistuneiden koehitsausten perusteella laadittiin hitsausohjelma, jolla hitsattiin testiputket menetelmäkokeeseen. Hitsausmenetelmää varten valittiin Sandvikin valmistama compoundputki. Testihitseille suoritettiin rikkomattomia ja rikkovia tarkastuksia. Hyväksyttyjen tarkastusten pohjalta laadittiin hitsausmenetelmän hyväksymispöytäkirjan. Lisäksi diplomityössä verrattiin mekanisoidun hitsauksen hitsausaikaa käsinhitsauksen hitsausaikaa. Orbitaali-TIG-hitsauksen käyttäminen edellyttää hitsattavalta railolta aina mahdollisimman samanlaisen lähtötilanteen, jotta sen suoritusvarmuus saadaan mahdollisimman korkeaksi. Railon valmistamisen tarkkuudella on mahdollista saada riittävän tarkkoja railoja hitsien laadukkaaseen hitsaukseen. Hitsaus edellyttää laitteiston langansyötön ja elektrodin tarkkoja asetuksia, jotta hitsaus on laadukasta. Lisäaineen jähmeä sula ja hitsin tunkeumavaatimus hankaloittavat orbitaalihitsausta.

Sellumassan varastosäiliön rakenneanalyysi

Tämä työ käsittelee valkaistun ja valkaisemattoman sellumassan varastosäiliön tärinää ja värähtelyä. Värähtelyn seurauksena säiliön seinämän jäykisterenkaan hitsausliitokseen on syntynyt särö. Työn tavoitteena on selvittää, mikä johtaa särön syntyyn ja miten kestäväm-piä varastosäiliöitä voidaan rakentaa materiaali-, valmistus- tai rakennemuutoksien avulla. Työ alkoi tutkimalla rakennemateriaalina olevan duplex-teräksen mikrorakenteen ominai-suuksia, sekä sen hitsattavuutta ja seostamista kirjallisuustutkimuksena. Kirjallisuustutki-musta jatkettiin selvittämällä mahdollisia vaurion syntymekanismeja seinämän särölle. Työssä analysoitiin myös tehtaalla mitattuja värähtelyarvoja. Lopuksi laskettiin FE-analyysillä tyhjän varastosäiliön ominaismuodot ja -taajuudet moodianalyysillä, sekä selvi-tettiin harmonisella analyysillä pinnankorkeuden vaihtelun vaikutus siirtymävasteeseen ja kriittisiin värähtelytaajuuksiin. Varastosäiliöön kohdistuvaa värähtelyä ei ole mahdollista poistaa kokonaan, mutta väräh-telyn aiheuttamia seurauksia kyetään rajaamaan useilla keinoilla. Toimenpiteinä voivat olla ainakin seinämän materiaalin paksuuden lisääminen, jäykisteripojen lisääminen ja kriittisten sellun pinnankorkeuksien välttäminen. Kriittiseksi pinnankorkeudeksi havaittiin 40–45 %:n täyttöaste ja turvalliseksi korkeudeksi 35–38 %:n täyttöaste. Varastosäiliölle kriittisen ominaistaajuuden katsotaan syntyvän taajuuksilla 3,3–3,8 Hz ja 5,8–6,4 Hz. Sellumassa putoaa varastosäiliöön noin 2 Hz taajuudella.

Suurlujuusterästen hitsausliitoksen muutosvyöhykkeen metallurgiset muutokset

Tässä kandidaatintyössä käsitellään suurlujuusteräksiä ja niiden hitsausta, keskittyen varsinkin hitsauksessa perusaineeseen syntyvään muutosvyöhykkeeseen. Työn alkuosio on suoritettu kirjallisuustutkimuksena ja siinä käydään läpi yleisesti suurlujuusterästen määrittelyä, valmistustapoja, hitsausta ja hitsaukseen liittyviä erityisnäkökohtia. Työn loppuosassa on tutustuttu suurlujuusteräksiä hitsattaessa syntyvään muutosvyöhykkeeseen koehitsien avulla. Suurlujuusteräksille ei ole luotu yleistä standardisoitua määrittelyasteikkoa, mutta teräksiä aletaan usein pitämään suurlujuusteräksinä kun niiden myötöraja ylittään 460–550 MPa. Tällaisia teräksiä voidaan valmistaa pääasiassa joko nuorruttamalla, termomekaanisesti valssaamalla tai suorakarkaisemalla. Valmistustavalla on suuri vaikutus teräksen hitsattavuuteen. Nuorrutetuille teräksille hitsattaessa muodostuvan muutosvyöhykkeen karkearakeisen osion raekoko voi kasvaa huomattavasti varsinkin suurempia lämmöntuonteja käytettäessä ja täten aiheuttaa merkittävääkin kovuuden kasvua, kuten myös tämän kandidaatintyön koehitseissä havaittiin. Termomekaanisesti valmistetuilla teräksillä ei vastaavanlaista kovuuden kasvua yleensä ilmene. Valmistustavasta riippumatta suurlujuusterästen mekaaniset ominaisuudet vaikuttaisivat heikentyvän kyseisellä vyöhykkeellä suurempia lämmöntuonteja käytettäessä. Suurlujuusterästen hitsausliitosten laatua pyritäänkin parantamaan jatkuvasti esimerkiksi kehittämällä materiaaleista paremmin hitsattavia ja hitsausprosesseista paremmin suurlujuusteräksien erityistarpeita huomioivia.

Asiakasohjautuvan hitsaustuotannon kehittäminen PK-konepajassa

Tässä diplomityössä tarkasteltiin asiakasohjautuvan hitsaustuotannon kehittämistä PK-konepajassa. Työn tarkoituksena oli kerätä taustatietoa asiakasohjautuvan hitsaustuotannon erityispiirteistä ja tarkastella hitsaustuotannon kehittämistä. Työssä tutustuttiin hitsausprosesseihin ja niiden kehitysversioihin sekä hitsausaineisiin. Tärkeänä osa-alueena olivat hitsin ja hitsaustuotannon laadun ja laadunhallinnan sekä hitsauksen mekanisoinnin ja automatisoinnin tarkastelu hitsauksen työsuojelua ja hitsausergonomiaa unohtamatta. Tämän jälkeen kartoitettiin yrityksen nykytilanne ja laadittiin kehittämistoimenpiteet sekä tarvittavat laskelmat ja kehitystyön implementointi. Sen jälkeen vertailtiin tehostettua toimintaa vanhaan toimintaan sekä tehtiin johtopäätökset toiminnan kehittämisestä.

Understanding the bioactivity of plant tannins: developments in analysis methods and structure-activity studies

Tannins, typically segregated into two major groups, the hydrolyzable tannins (HTs) and the proanthocyanidins (PAs), are plant polyphenolic secondary metabolites found throughout the plant kingdom. On one hand, tannins may cause harmful nutritional effects on herbivores, for example insects, and hence they work as plants’ defense against plant-eating animals. On the other hand, they may affect positively some herbivores, such as mammals, for example by their antioxidant, antimicrobial, anti-inflammatory or anticarcinogenic activities. This thesis focuses on understanding the bioactivity of plant tannins, their anthelmintic properties and the tools used for the qualitative and quantitative analysis of this endless source of structural diversity. The first part of the experimental work focused on the development of ultra-high performance liquid chromatography−tandem mass spectrometry (UHPLC-MS/MS) based methods for the rapid fingerprint analysis of bioactive polyphenols, especially tannins. In the second part of the experimental work the in vitro activity of isolated and purified HTs and their hydrolysis product, gallic acid, was tested against egg hatching and larval motility of two larval developmental stages, L1 and L2, of a common ruminant gastrointestinal parasite, Haemonchus contortus. The results indicated clear relationships between the HT structure and the anthelmintic activity. The activity of the studied compounds depended on many structural features, including size, functional groups present in the structure, and the structural rigidness. To further understand tannin bioactivity on a molecular level, the interaction between bovine serum albumin (BSA), and seven HTs and epigallocatechin gallate was examined. The objective was to define the effect of pH on the formation on tannin–protein complexes and to evaluate the stability of the formed complexes by gel electrophoresis and MALDI-TOF-MS. The results indicated that more basic pH values had a stabilizing effect on the tannin–protein complexes and that the tannin oxidative activity was directly linked with their tendency to form covalently stabilized complexes with BSA at increased pH.