Sequence specific complexation of b DNA at sites containing g,c base pairs

A series of eight related analogs of distamycin A has been synthesized. Footprinting and affinity cleaving reveal that only two of the analogs, pyridine-2- car box amide-netropsin (2-Py N) and 1-methylimidazole-2-carboxamide-netrops in (2-ImN), bind to DNA with a specificity different from that of the parent compound. A new class of sites, represented by a TGACT sequence, is a strong site for 2-PyN binding, and the major recognition site for 2-ImN on DNA. Both compounds recognize the G•C bp specifically, although A's and T's in the site may be interchanged without penalty. Additional A•T bp outside the binding site increase the binding affinity. The compounds bind in the minor groove of the DNA sequence, but protect both grooves from dimethylsulfate. The binding evidence suggests that 2-PyN or 2-ImN binding induces a DNA conformational change.

In order to understand this sequence specific complexation better, the Ackers quantitative footprinting method for measuring individual site affinity constants has been extended to small molecules. MPE•Fe(II) cleavage reactions over a 10^5 range of free ligand concentrations are analyzed by gel electrophoresis. The decrease in cleavage is calculated by densitometry of a gel autoradiogram. The apparent fraction of DNA bound is then calculated from the amount of cleavage protection. The data is fitted to a theoretical curve using non-linear least squares techniques. Affinity constants at four individual sites are determined simultaneously. The distamycin A analog binds solely at A•T rich sites. Affinities range from 10^(6)- 10^(7)M^(-1) The data for parent compound D fit closely to a monomeric binding curve. 2-PyN binds both A•T sites and the TGTCA site with an apparent affinity constant of 10^(5) M^(-1). 2-ImN binds A•T sites with affinities less than 5 x 10^(4) M^(-1). The affinity of 2-ImN for the TGTCA site does not change significantly from the 2-PyN value. At the TGTCA site, the experimental data fit a dimeric binding curve better than a monomeric curve. Both 2-PyN and 2-ImN have substantially lower DNA affinities than closely related compounds.

In order to probe the requirements of this new binding site, fourteen other derivatives have been synthesized and tested. All compounds that recognize the TGTCA site have a heterocyclic aromatic nitrogen ortho to the N or C-terminal amide of the netropsin subunit. Specificity is strongly affected by the overall length of the small molecule. Only compounds that consist of at least three aromatic rings linked by amides exhibit TGTCA site binding. Specificity is only weakly altered by substitution on the pyridine ring, which correlates best with steric factors. A model is proposed for TGTCA site binding that has as its key feature hydrogen bonding to both G's by the small molecule. The specificity is determined by the sequence dependence of the distance between G's.

One derivative of 2-PyN exhibits pH dependent sequence specificity. At low pH, 4-dimethylaminopyridine-2-carboxamide-netropsin binds tightly to A•T sites. At high pH, 4-Me_(2)NPyN binds most tightly to the TGTCA site. In aqueous solution, this compound protonates at the pyridine nitrogen at pH 6. Thus presence of the protonated form correlates with A•T specificity.

The binding site of a class of eukaryotic transcriptional activators typified by yeast protein GCN4 and the mammalian oncogene Jun contains a strong 2-ImN binding site. Specificity requirements for the protein and small molecule are similar. GCN4 and 2-lmN bind simultaneously to the same binding site. GCN4 alters the cleavage pattern of 2-ImN-EDTA derivative at only one of its binding sites. The details of the interaction suggest that GCN4 alters the conformation of an AAAAAAA sequence adjacent to its binding site. The presence of a yeast counterpart to Jun partially blocks 2-lmN binding. The differences do not appear to be caused by direct interactions between 2-lmN and the proteins, but by induced conformational changes in the DNA protein complex. It is likely that the observed differences in complexation are involved in the varying sequence specificity of these proteins.

Experimente über die Wirkung von UV-B auf pelagische Fischembryonen in einem Sonnenscheinsimulator

One of the supposed effects of the observed ozone depletion is the increase of solar UV-B irradiation at the seasurface. This will cause an impact on certain compartments of marine ecosystems. Especially, sensitive developmental stages of pelagic fish embryos might be affected. Embryos of dab (Limanda limanda) and plaice (Pleuronectes plalessa) were experimentally exposed 10 different amounts of UVB irradiation in a sunshine simulator. This programmable device allows the dosage of realistic solar irradiation in quality and guantity. Experiments were carried out in March 1995 and February 1996. Either artificially inserninated and reared emhryos of dab and plaice or embryos caught in the German Bight were exposed to simulated solar irradiation. The 1995 experiments served to identify the effective irradiation dosages. For the 1996 experiments irradiation applied was much lower, being dose to realistic valucs expected over the North Sea as a consequence of ozone depletion. The following end points were studied: 1. Mortality, 2. sublethal morphological effects (malformations), 3. DNA damage, 4. changes in buoyancy of embryos measured as changes in osmolarity of the perivitelline fluid. Conditions for the simulation of daylight were a c1oudless sky with a solar zenith distance of 34 % (air mass 1.2). The adopted ozone depletion was 40 % corresponding to 180 DU (Dobson Units) instead of 300 DU. In the 1995 experiments time and dosage dependent influenccs on mortality and buoyancy of embryos of dab and plaice were found. Even in those embryos which were protected from the UV-B spectral range a loss of buoyancy was registered after 12 hours in the simulator. No diffcrences in DNA integrity as determined by DNA unwinding of exposed and control embryos were found. Also with lower amounts of irradiation in the 1996 experiments dosage dependent acute mortality, malformations, and impact on the buoyancy of the emhryos was registered. Sublethal effects occurred as well in embryos protected against UV-B in the exposure chambers, but were not found in the dark controls. The impact of low dosages of UV-B on the buoyancy of pelagic fish embryos might indicate an important ecological threat and deserves further studies.

Short-pulse laser absorption via J x B heating in ultrahigh intensity laser plasma interaction

An analytical fluid model for JxB heating during the normal incidence by a short ultraintense linearly polarized laser on a solid-density plasma is proposed. The steepening of an originally smooth electron density profile as the electrons are pushed inward by the laser is included self-consistently. It is shown that the JxB heating includes two distinct coupling processes depending on the initial laser and plasma conditions: for a moderate intensity (a <= 1), the ponderomotive force of the laser light can drive a large plasma wave at the point n(e)=4 gamma(0)n(c) resonantly. When this plasma wave is damped, the energy is transferred to the plasma. At higher intensity, the electron density is steepened to a high level by the time-independent ponderomotive force, n(e)> 4 gamma(0)n(c), so that no 2 omega resonance will occur, but the longitudinal component of the oscillating ponderomotive field can lead to an absorption mechanism similar to "vacuum heating." (c) 2006 American Institute of Physics.

Studies toward the total synthesis of ritterazine B : the investigation of alkynylation reactions for use in the synthesis of the western fragment

The ritterazine and cephalostatin natural products have biological activities and structures that are interesting to synthetic organic chemists. These products have been found to exhibit significant cytotoxicity against P388 murine leukemia cells, and therefore have the potential to be used as anticancer drugs. The ritterazines and cephalostatins are steroidal dimers joined by a central pyrazine ring. Given that the steroid halves are unsymmetrical and highly oxygenated, there are several challenges in synthesizing these compounds in an organic laboratory.

Ritterazine B is the most potent derivative in the ritterazine family. Its biological activity is comparable to drugs that are being used to treat cancer today. For this reason, and the fact that there are no reported syntheses of ritterazine B to date, our lab set out to synthesize this natural product.

Herein, efforts toward the synthesis of the western fragment of ritterazine B are described. Two different routes are explored to access a common intermediate. An alkyne conjugate addition reaction was initially investigated due to the success of this key reaction in the synthesis of the eastern fragment. However, it has been found that a propargylation reaction has greater reactivity and yields, and has the potential to reduce the step count of the synthesis of the western fragment of ritterazine B.

Expressão do colágeno I, III e metaloproteinase nos diferentes graus de Gleason e estadio patológico do câncer prostático

O objetivo deste trabalho foi avaliar se a expressão do colágeno tipo I, III e metaloproteinase podem estar relacionadas com o grau de Gleason, estadio patológico e PSA pré-operatório, e se isto poderia servir como prognóstico de doença. O grupo de estudo incluiu espécimes de prostatectomia radical de 33 pacientes com adenocarcinoma submetidos à cirurgia no período de 2001 a 2009. Os pacientes foram divididos em 3 grupos: grau de Gleason = 6 (13 pacientes), escore de Gleason = 7 (10 pacientes), escore de Gleason ≥ 8 (10 pacientes). O tecido prostático benigno adjacente à area de câncer nos graus de Gleason foi utilizado como grupo controle. As áreas de adenocarcinoma e de tecido benigno foram selecionados sob análise microscópica e processados para colágeno I e III sob análise do gene por PCR em Tempo Real. Dez seções desparafinadas de cada grupo foram utilizados para avaliar o colágeno I, III e a imunoexpressão de metaloproteinase. Os resultados foram relacionados com o grau de Gleason, PSA pré-operatório e estadio patológico. Apesar da diferença significativa na expressão gênica de ambos colágeno I e III entre as áreas de tecido prostático benigno e tumor nas amostras de próstata Gleason = 6 (colágeno I = 0,4 0,2 vs 5 2,4, p<0,05; colágeno III = 0,2 0,06 vs 0,7 0,1, p<0,05) e grau de Gleason ≥ 8 (I = 8 3,4 vs 1,4 0,8, p<0,05; colágeno III = 1,8 0,5 vs 0,6 0,1, p<0,05), não houve correlação com grau de Gleason, PSA pré-operatório ou estadio patológico. Houve uma correlação positiva entre a expressão de metaloproteinases e grau de Gleason (r2 = 0,47). Concluindo, tem-se que a correlação positiva entre a expressão de metaloproteinases e o grau de Gleason sugere que a metaloproteinase pode ser um fator promissor para melhorar o grau de Gleason. Sua expressão e regulação não parecem estar relacionados com a degradação do colágeno. Não há correlação entre expressão de colágeno e grau de Gleason, nem a nível gênico nem protéico.

Aderência, invasão e persistência intracelular de estreptococos do grupo B em células epiteliais respiratórias A549

Estreptococos do grupo B (EGB) comumente colonizam adultos saudáveis, sem sintomas, mas sob certas circunstâncias possui a capacidade de invadir tecidos do hospedeiro, evadir da detecção imunológica e causar doenças invasivas graves. Por conseguinte, os EGB continuam sendo uma das principais causas de mortalidade neonatal, pneumonia, sepse e meningite. Contudo, a patogênese desta infecção ainda está pouco elucidada. O sorotipo V é freqüentemente associado à doença invasiva em mulheres adultas não gestantes e o segundo mais prevalente em mulheres grávidas. O principal objetivo deste trabalho foi estudar a aderência, invasão e persistência intracelular de amostras pertencentes ao sorotipo V (88641-vagina/portador e 90186-sangue/paciente) usando as células epiteliais respiratórias A549. As amostras de EGB demonstraram capacidade de aderir e invadir as células epiteliais A549, mas somente a amostra 90186-sangue apresentou maior invasão quando comparada com a de vagina (P <0.001). Ambas as amostras demonstraram persistência intracelular sem replicação no interior das células A549. Apenas o isolado 90186-sangue sobreviveu dentro das células epiteliais até 24h de incubação (P <0,05). A fusão dos lisossomas das células epiteliais com vacúolos contendo bactérias foi observada em células A549 tratadas com Lyso Tracker Grenn DND-26 para todas as amostras testadas. Nossos dados indicam pela primeira vez que as amostras viáveis do sorotipo V permanecem dentro de vacúolos ácidos epiteliais. Curiosamente, a amostra 90186- sangue induziu vacuolização celular e a amostra 88641-vagina promoveu a morte celular após 7h de incubação. Finalmente, nossos resultados aumentam o nosso conhecimento sobre eventos celulares da fagocitose e da patogênese das doenças invasivas promovidas pelos EGB.

A. An investigation of the relation between the tensile strength and (Brinell) hardness of non-ferrous alloys. B. A design of a fatigue testing machine for a college laboratory

[no abstract]

Flavor SU(3) predictions for charmed baryon and B-meson decays

The predictions of the SU(3) flavor symmetry of the strong interactions for the weak decay of charmed baryons and B-mesons are detailed. It is hoped that comparison between these predictions and experiment will shed some light on the underlying dynamics involved in these weak decays. Although only a few decay modes of the charmed baryons and B-mesons have been studied experimentally it is hoped that the next generation of B-factories and even Z-decays at LEP will provide enough events to test these predictions.

Estudo clínico randomizado duplo cego comparando duas técnicas de plicatura nasal após osteotomias tipo Le Fort I

A correção de deformidades esqueléticas da face por meio de um tratamento ortodôntico-cirúrgico tornou-se uma opção segura e previsível. Os movimentos ósseos são milimetricamente calculados e executados cirurgicamente, assim como a oclusão é meticulosamente engrenada através dos movimentos ortodônticos. Os efeitos que os tecidos moles sofrem com as cirurgias ortognáticas são, no entanto, menos previsíveis, e apesar do principal objetivo da cirurgia ortognática ser uma melhora funcional, o componente estético é sem dúvida de extrema importância. Em especial, a região de base alar apresenta resultados muito variáveis, a despeito dos bons resultados esqueléticos atingidos. O objetivo deste estudo foi comparar 2 diferentes tipos de sutura utilizados na região de base do nariz, e observar qual tipo apresenta um resultado que melhor acompanhe os movimentos realizados pelo tecido esquelético. Trinta e cinco pacientes foram aleatoriamente distribuídos em 2 grupos. O grupo 1 funcionou como controle e os pacientes receberam a plicatura nasal intra-oral, que é o tipo de plicatura nasal mais descrito na literatura. Já os pacientes do grupo 2 receberam plicatura nasal extra-oral. Para análise estatística foram calculadas as médias e desvios padrões dos grupos, e a hipótese nula de que não havia diferença entre os 2 grupos foi testata com o teste T de Student. Em ambos os grupos ocorreu um alargamento da base do nariz, porém a média de alargamento do grupo 1 foi de 2,50 milímetros (mm), enquanto que a média de alargamento do grupo 2 foi de 1,26 mm. Além disso, o desvio padrão foi menor para o grupo 2, e a hipótese nula foi rejeitada (p<0,05), demonstrando que a diferença entre os grupos foi estatisticamente significativa. Pôde-se concluir que quando objetiva-se um controle mais previsível e rigoroso da base do nariz, a plicatura nasal extra-oral cumprirá melhor esta função.

Avaliação das propriedades de barreira a gases de membranas obtidas a partir de dispersões aquosas à base de poliuretanos e argila

Materiais nanoestruturados têm recebido destaque na comunidade científica, destacando-se, dentre eles, os nanocompósitos à base de polímeros e argila. Quando esses materiais são obtidos no estado líquido, ressalta-se também o uso de água em substituição a solventes orgânicos, devido a questões ambientais. Neste trabalho foram sintetizadas dispersões aquosas à base de poliuretanos (WPUs) e argila hidrofílica do tipo montimorilonita (MMT) de natureza sódica, com o objetivo de avaliar as propriedades de barreira a gases conferidas pela presença de argila e pela variação nas proporções entre os segmentos flexíveis poli(glicol propilênico) (PPG) e o copolímero em bloco à base de poli(glicol etilênico) e poli(glicol propilênico) (EG-b-PG). Os monômeros empregados na síntese foram: poli(glicol propilênico) (PPG); copolímero em bloco à base de poli(glicol etilênico) e poli(glicol propilênico) (EG-b-PG), com teor de 7% de EG; ácido dimetilolpropiônico (DMPA), diisocianato de isoforona (IPDI) e etilenodiamina (EDA), como extensor de cadeia. Foram sintetizadas dispersões aquosas com e sem a presença de argila, fixando-se a razão entre o número de equivalentes-grama de grupos diisocianato e hidroxila (razão NCO/OH) em 1,5. Nas formulações foi variado também o teor de argila em relação à massa de prepolímero em 0,5% e 1%. Foi adicionada uma etapa de agitação adicional com dispersor Turrax em algumas formulações. A argila foi previamente deslaminada em água deionizada e incorporada à formulação na etapa da dispersão do prepolímero. As dispersões foram avaliadas, quanto ao teor de sólidos totais, tamanho médio de partícula e viscosidade aparente. Os filmes vazados a partir das dispersões foram caracterizados por espectrometria na região do infravermelho (FTIR) e permeabilidade ao CO2. A resistência térmica dos filmes foi determinada por termogravimetria (TG). Foram observadas modificações nas propriedades dos filmes obtidos com a inserção da argila e com a variação no teor de segmentos à base de poli(glicol etilênico). A inserção da argila promoveu uma melhoria na resistência térmica das membranas bem como uma redução na permeabilidade das mesmas. Foi observado um aumento na permeabilidade das membranas obtidas a partir das formulações com maior percentual de copolímero (EG-b-PG), com e sem argila.

MicroRNA-132 is a physiological regulator of hematopoietic stem cell function and B-cell development

MicroRNAs are a class of small non-coding RNAs that negatively regulate gene expression. Several microRNAs have been implicated in altering hematopoietic cell fate decisions. Importantly, deregulation of many microRNAs can lead to deleterious consequences in the hematopoietic system, including the onset of cancer, autoimmunity, or a failure to respond effectively to infection. As such, microRNAs fine-tune the balance between normal hematopoietic output and pathologic consequences. In this work, we explore the role of two microRNAs, miR-132 and miR-125b, in regulating hematopoietic stem cell (HSC) function and B cell development. In particular, we uncover the role of miR-132 in maintaining the appropriate balance between self-renewal, differentiation, and survival in aging HSCs by buffering the expression of a critical transcription factor, FOXO3. By maintain this balance, miR-132 may play a critical role in preventing aging-associated hematopoietic conditions such as autoimmune disease and cancer. We also find that miR-132 plays a critical role in B cell development by targeting a key transcription factor, Sox4, that is responsible for the differentiation of pro-B cells into pre-B cells. We find that miR-132 regulates B cell apoptosis, and by delivering miR-132 to mice that are predisposed to developing B cell cancers, we can inhibit the formation of these cancers and improve the survival of these mice. In addition to miR-132, we uncovered the role of another critical microRNA, miR-125b, that potentiates hematopoietic stem cell function. We found that enforced expression of miR-125b causes an aggressive myeloid leukemia by downregulation of its target Lin28a. Importantly, miR-125b also plays a critical role in inhibiting the formation of pro-B cells. Thus, we have discovered two microRNAs with important roles in regulating normal hematopoiesis, and whose dregulation can lead to deleterious consequences such as cancer in the aging hematopoietic system. Both miR-132 and miR-125b may therefore be targeted for therapeutics to inhibit age-related immune diseases associated with the loss of HSC function and cancer progression.

Características pessoais e institucionais e comportamentos de autocuidado de docentes de enfermagem segundo os modos adaptativos de Roy: estudo em Instituições Públicas do Estado do Rio de Janeiro

Este trabalho enfoca a promoção da vida através de comportamentos saudáveis, tendo como objetivos: delinear o perfil sociodemográfico e institucional/profissional dos docentes de enfermagem e analisar seus hábitos de vida, segundo os modos adaptativos de Roy. Foi utilizada a Teoria de Sister Callista Roy, destacando-se os modos de adaptação: fisiológico, autoconceito e interdependência. Implementou-se o método descritivo, quantitativo, transversal através da técnica de autorelato em amostra de 101 docentes. Para investigar esses aspectos, utilizou-se dois questionários, um deles com a escala de Likert, adaptado para a pesquisa. A produção de dados transcorreu de janeiro a março de 2009, após aprovação do Comitê de Ética em Pesquisa, Protocolo 2187, e concordância das quatro instituições públicas de ensino universitário, do Estado do Rio de Janeiro-Brasil, selecionadas. Os dados obtidos foram submetidos á estatística, aplicando-se medidas de tendência central. Quanto ao perfil docente: predomina a faixa etária de 40 a 59 anos, com 69,3%, de união estável. Relacionando cor e crença religiosa, constatou-se 37,6% de católicos brancos. Dos 50 docentes, 5% têm residência própria, na zona norte. Possuem renda individual acima de 8 salários mínimos, 67,32%, a maioria com vínculo trabalhista. No tempo de serviço, 22,94% situam-se entre 11 a 15 anos, com carga horária de 20 a 40 horas. Quanto à titulação, 42,56% são doutores e 80,2% possuem um tipo de regime estatutário. Concernente aos Modos Adaptativos de Roy foi atribuído, predominantemente, o conceito A- hábitos de vida saudável, aos modos Fisiológicos e de Autoconceito, seguindo-se o de Interdependência, que apresentou quatro conceitos B- em busca de hábitos de vida saudável, sendo o mais homogêneo dos três modos. Identificou-se que o Modo Fisiológico foi heterogêneo, pois os valores das medidas de tendência central se distanciam entre si. Concluindo-se que o pressuposto formulado atendeu parcialmente às expectativas dos docentes por utilizarem, em benefício próprio, seus saberes sobre o cuidar promovendo o bem-estar com qualidade. Considerou-se que a interdependência pode ser conquistada pelos sujeitos, visto que o enfrentamento das suas atividades profissionais, paralelamente ao viver pessoal, pode ser motivo de satisfação com o trabalho docente, remuneração recebida, ambiente institucional, relações de poder/saber no trabalho, além da possibilidade de atender sua necessidade gregária promovendo o convívio com a família e amigos. Lembra-se que lidar com pessoas cujas subjetividades devem ser objetivadas, visando sua compreensão para o atendimento de saúde, exige equilíbrio e progresso das dimensões corporais física, mental e espiritual do profissional.

On the population dynamics of Eudiaptomus gracilis Sars and Heterocope borealis Fischer in the Bodensee-Obersee. Part B. Eudiaptomus gracilis Sars. [Translation from: Trudy Instituta Biologii Vnutrennykh Vodnany 12(15) 170-174, 1966.]

Experimental research was conducted to study the development of eggs of Eudiaptomus gracilis Sars. The egg production was studied as well as the population dynamics. Factors like losses in the lake and through the effluent Rhine at Konstanz were considered.

Desenvolvimento de material compósito polimérico para utilização na confecção de troquéis

Na Odontologia, ao se confeccionar peças restauradoras dentárias, pela técnica indireta, o processo mais rotineiramente empregado utiliza um modelo de gesso, obtido a partir de um molde de elastômero, tomado de um dente preparado. Vários fatores podem influenciar na boa precisão de ajustes destas peças como o escoamento do material de vazamento dentro da moldagem, a compatibilidade do material de vazamento com o da moldagem, o tempo de presa, a estabilidade dimensional, a resistência mecânica do material quando da separação moldagem/modelo, a resistência a abrasão e a fidelidade de reprodução de detalhes. Materiais foram introduzidos na odontologia para utilização na confecção de troquéis no intuito de minimizar as desvantagens do gesso, como baixa resistência a abrasão e ligeira expansão de presa. Dentre eles os troquéis metalizados e as resinas epóxicas, que tem vantagens em relação às propriedades mecânicas, porém o primeiro exige técnica demorada e de alto custo e o segundo apresenta contração. O presente trabalho se propõe a testar uma nova composição de poliéster insaturado com estireno adicionado ao carbonato de cálcio em diferentes proporções (10, 20, 30, 40, 50, 60 e 70%) e compará-la ao gesso tipo IV e a resina epoxídica com óxido de alumínio, através de ensaios mecânicos, de abrasão e de alteração dimensional, para avaliar a possibilidade de sua utilização como material de confecção de troquéis para a construção de restaurações indiretas. Para caracterização dos materiais foram feitas análises de espectrometria no infravermelho, Calorimetria de varredura diferencial, termogravimétrica e Microscopia eletrônica de varredura. O compósito a base de poliéster insaturado com 50% de carbonato de cálcio se mostrou viável para utilização como material para troquel. Quando comparado aos materiais de controle mostrou propriedades mecânicas próximas as da resina epoxídica e bem superiores ao gesso, resistência a abrasão superior ao gesso e inferior a resina epoxídica e alteração dimensional próxima a resina epoxídica e maior ao gesso. Sendo a formulação do poliéster/carbonato de cálcio apenas constituída de polímero, catalisador e carga, é possível melhorar a formulação modificando a carga e/ou acrescentando aditivos visando minimizar a contração de polimerização.